154LA

The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type lysozymes lack a catalytic aspartate
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILINFIKTIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords GOOSE LYSOZYME
publication title The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type" lysozymes lack a catalytic aspartate residue.
pubmed doi rcsb
total genus 76
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 154lA00
2CGIA 3CSQA 5I4XA 1LJ3A 2BLXA 4WO9A 5KXYA 4UWUA 3BKVA 1XEKA 1JKDA 4XJBA 3RZ4A 1IORA 1CKCA 1UCOA 1CJ9A 4HPIA 3M3UA 4WLYA 3T6UA 3WH1A 5DLAA 1GF8A 4G4BA 1WQMA 3AGHA 5IDDA 4NIJA 2HEAA 1HSWA 4RDSA 4HTQA 4LYBA 4HV1A 5KXKA 4H8YA 4WM2A 1RCMA 1YILA 1LCNA 1GPQC 3A34A 3GXKA 2I25L 1GFRA 1WQQA 2H5ZA 1GFKA 1NF5A 3TXKA 5B1GA 4DDBA 5LYTA 4NGOA 2D4KA 1UIEA 4Z98A 4H91A 1N4FA 4CFOA 1J1OY 1PS5A 1ZVYB 1GFGA 2XTHA 3RT5X 6LYZA 3B0IA 2C8OA 3W6FA 1LJGA 4I8SA 4LYTA 1FLWA 2VB1A 2YBNA 3WU8A 4BADA 1CKGA 1DPXA 4WLXA 5KXZA 1AT5A 1OUFA 3W6CA 5ILCA 2G4PA 2X0AA 4WM5A 3WMKA 1C7PA 1HFZA 1LZDA 1WVVA 4DD1A 3B72A 1LOZA 3AYQA 4OW1A 1XGTC 3FE0A 1LSNA 2F4AA 4WM3A 2DBTA 1IWVA 1NKHA 1IY4A 1IP7A 4H8XA 4H9IA 4ZEEA 4OWHA 1G7MC 3P68A 5LVGA 2DQAA 4XJIA 1LMQA 154LA 3EXDA 2IHLA 4LFXA 4DC4A 4H9FA 4Z41A 3A96A 4ZIXA 2CWIA 5APFA 1QUTA 1FLQA 1SQ2L 4PHIA 2D4JA 1GDWA 2XBRA 1HFXA 3FI7A 5F14A 4WM4A 3VWOA 1JTOL 5J7CA 1B9OA 2Z37A 3J4GA 1OUCA 5F81A 5LA5A 1REZA 3EBAB 1UIGA 5JENB 4ANRA 1HMLA 4DD0A 3AGIA 1UIAA 2HEDA 2ZYPA 3D3DA 3P66A 4WG7A 3WUMA 1LSPA 2BQLA 2ZQ4A 2HECA 2FBBA 2IFFY 2XJWA 4O34A 4OOOA 1OUIA 1WQRA 2BPUA 3AGGG 1GF0A 1UA6Y 4NGZA 4NSJA 4DD2A 3HFMY 5C6JA 1T6VL 1LHMA 4L41A 5KXNA 5HNCA 4TWSA 1CJ7A 4EOFA 1GWDA 2MEHA 1B7MA 1LSBA 3AW6A 1VAUA 1YKXX 1OUEA 4H93A 1OUDA 5B05A 1LAAA 1LSMA 1LJHA 1RE2A 1WVUA 4YENA 193LA 1IP1A 2BQAA 1BB3A 1HENA 4DD7A 2EPEA 2YBIA 1ZV5L 1BWJA 4E3UA 1G7HC 3AZ7A 1IIZA 2I6ZA 1LSYA 1IC4Y 1QTKA 1OUBA 2MEDA 4DDAA 1GF9A 1GAYA 4H9EA 1UUZC 2HTXA 2Z2EA 3F6ZA 4X3BA 1REXA 1A2YC 1UIBA 3KAMA 4G4CA 5HQ1A 5KXRA 1NMMA 4GCEA 2EQLA 3IJVA 4XYYA 1IR7A 2BQFA 3TMXA 5IHGA 5KXTA 4LYOA 3CT1A 3WW5A 2DQFC 1LKRA 4HP0A 1XGRC 1V7SA 1LZEA 2MEAA 1B7QA 1IP3A 1KXWA 4N0JA 2DKVA 4LFPA 4RW1A 3WYHA 4DDCA 1H87A 4J1BA 4C3WA 4XENA 4OWCA 2A7FA 3AJNA 4QEQA 4H92A 4NFVA 3A67Y 4NGYA 3TXFA 1LZNA 1LPIA 1IY3A 4YM8A 5F9XA 1QUSA 1LHKA 3P4ZA 4N1CC 1TAYA 4YEOA 5I53A 194LA 1GB9A 3ZVQA 4ETDA 3CB7A 3WPKA 3A95A 1FKQA 1F10A 1LHHA 1GEZA 1JTTL 5HNLA 1HELA 1LMCA 4GCDA 2Z19A 1GE2A 1LSGA 1XEJA 2W1YA 4H90A 1LZAA 4QGZA 5L3HA 4NWEA 4WLTA 3A3QA 1LMTA 3B6LA 5K7OA 5KY1A 4TX7A 1LJNA 1IWXA 1EL1A 1RI8B 5LAFA 1KIQC 2XBSA 1H6MA 1JITA 4WG1A 207LA 1JJ3A 1XSFA 2F30A 5C6IA 3TXDA 3W3EA 2HU1A 4BAPA 1CKDA 1J1XY 4LZTA 1B0DA 1C10A 1DQJC 1NBZC 5L3IA 4HTNA 2NWDX 3GXRA 3W6BA 1GBOA 3WL2A 1IOSA 2F4GA 5HLLA 2ZWBA 3B0KA 4NGKA 4KXIA 1IP6A 4B4EA 6LYTA 4XADA 4PGJB 4J0LA 4WLDA 1BVKC 1LYOA 4G9SA 5ILFA 1LZ4A 1WQNA 5B59A 4NGVA 1IWYA 1YROA 3TXJA 1KXXA 1D6QA 3TMWA 5KXMA 1JJ0A 1IWTA 1F6RA 4OOTA 5LIOA 4LYCA 3IJUA 2GV0A 1LZCA 2DQHY 1KIPC 1GB2A 1GFJA 4DWXA 5FELA 1CJ8A 4A7DA 4DT3A 4H9CA 2EKSC 1HEMA 2BLYA 5C6LA 1VDSA 4NHTA 4RLMA 5AMYA 3QE8A 4LT1A 1AM7A 4R6CA 1LYYA 1LJJA 3HBEX 4HPEA 1D0LA 4MSTA 1AKIA 1VEDA 4ETEA 2BQEA 5DN5A 1LZGA 4H8ZA 1ZVHL 5KKJA 1GBZA 1HEWA 2RSCA 1FDLY 1AZFA 4B0DA 4D9ZA 2B5ZA 2W1XA 4XJFA 1GE0A 2N5ZA 1LYZA 5DL9A 3G3AB 1GB5A 3TXBA 1HC0A 4BAFA 5KXSA 4WO6A 1B2KA 3WPLA 3WXTA 1AT6A 1B7LA 1CJ6A 5LYMA 1JTPL 5LXWA 1BB5A 5APCA 132LA 1GXXA 1TCYA 1LZ8A 1GB0A 1MLCE 2YBJA 1LZYA 4LYZA 2FYDA 1GB6A 2BAAA 3HBHA 1LMNA 1GE3A 2Z12A 4Z3MA 1LHJA 1LZSA 3QY4A 5FCPA 1MELL 1JWRA 1YAPA 2Z39A 3LYMA 3LYOA 3WVXA 1HSXA 3OK0A 1CKHA 5D5CA 3ZEKA 1OUAA 1IOCA 4U3XB 3A3RX 4YOPA 1B5XA 2ZIJA 1IP2A 1BHZA 1W6ZA 4HTKA 1C45A 4DD9A 4OWEA 1NQIA 2W1MA 5B07A 3AZ6A 4H1PA 1B5YA 5KXXA 3CQLA 1IEEA 1BQLY 2G4QA 3A6CY 4XN6A 5HMJA 5KXLA 1F0WA 3M18B 3W6DA 4PRQA 1INUA 4ETAA 5F9UA 3WXUA 1KXYA 3A6BY 2CDSA 4HJZA 4ET9A 1GB3A 5KKIA 3N9AA 1B5VA 1NWGA 1I56A 1IC7Y 1XEIA 1VATA 5HMVA 1LHLA 2HU3A 4IATA 4NSHA 4TUNA 1IOQA 3A90A 3CSRA 1GFVA 1YAQA 1HERA 5B06A 1JJ1A 9LYZA 5I54A 4PRUA 3E3DA 1LZTA 1QIOA 2HEBA 1GF4A 2DQJY 1EQ5A 2Z2FA 4NEBA 2MEFA 3ULRA 4PPOA 2PC2A 4FDYA 1LHIA 1RJCB 2LZ2A 1LMPA 1GHLA 1LSZA 4M4OA 2CJLA 1WQOA 1JISA 1GBYA 4WOAA 1JPOA 2DQDY 1IR9A 1LZ5A 1LZRA 1HEPA 1WQPA 1BB6A 4HSFA 4N1EI 2AUBA 1UIHA 3WPJA 4C5FA 4XJDA 5FSTA 2ZNXY 4NHSA 2YSSC 3CT0A 3EO5A 4OWBA 4ZFPA 1QTEA 4P2EA 4B4JA 4W96A 1CKFA 5M1YA 3CSZA 4UWVA 3RNXA 1UIFA 4B4IA 1QSAA 1O23A 2LYZA 1IVMA 1HEQA 3TXHA 3N9EA 4ET8A 3AZ5A 2ZYCA 2BQCA 2Q0MX 4II8A 1B5WA 1B7PA 4QDNA 5I5QA 1G7IC 3IWRA 1EQEA 1DPWA 1IP5A 1UICA 2MEEA 1OUGA 5LYZA 5LINA 4DD3A 1HFYA 1I20A 1LJFA 1HHLA 4WM1A 2MEIA 1DI4A 1GXV2 2YBHA 1YKZX 4H9HA 1GFTA 5B1FA 1YL1X 4H9BA 3P65A 5D5FA 2D6BA 4AGAA 1GBWA 3HBDA 2FBDA 3TXIA 1C46A 2BQNA 2Y8PA 2YBMA 5KXPA 1HMKA 1DI5A 1LSEA 4NGIA 4QY9A 1IP4A 2I26L 3ZVQB 2G4NA 4ETBA 5LVJA 1B7NA 1LJEA 1NDGC 4OWAA 4GCCA 3W6EA 208LA 5LA8A 4H9AA 3TMUA 1C43A 1BGIA 1QDTA 4DYGA 1TEWA 8LYZA 5DM9A 1D6PA 4HV2A 1P2CC 5I4YA 2DQCY 5LVHA 4PJ2C 1G7LC 3CT5A 3RU5A 1LZBA 1LMAA 1W08A 5EBHA 1IC5Y 1GB7A 1VDPA 1DXJA 4TSBA 1FLUA 153LA 133LA 2A7DA 1GEVA 1LSCA 1Z55A 4NHPA 4XJHA 4B1AA 4KPMA 1LJIA 4WM6A 3WULA 1B7SA 1JSEA 1NBYC 1XGUC 1REYA 3TMVA 4J1AA 5LVIA 4TSCA 2BQGA 1C08C 3LYZA 3WU9A 1GF7A 3QNGA 1E8LA 134LA 2DQIY 3A93A 2LZTA 4Z46A 4B49A 7LYZA 4NGJA 1GB8A 4GCBA 1F6SA 4NSIA 2W1LA 3ATNA 1J1PY 4UWNA 4TTDA 4LT0A 3SP3A 1BVXA 3W6AA 1QQYA 4G4HA 1PZYA 2LYMA 1DKKA 5II3A 3D9AC 1NHEA 3AW7A 3LHMA 5FDJA 1YANA 5APDA 3K3TA 4CGEA 4G49A 4WMGA 3AZ4A 1A4VA 2MECA 3J6KA 3WW6A 3A8ZA 1GF3A 4BS7A 4EMNA 1QDRA 4N9RA 5KXOA 1IWUA 2YDGA 1GE1A 1LZ9A 2DQEY 1LZ1A 2ZILA 1QSWA 1VFBC 1BB4A 1B7RA 4RW2A 1LJ4A 4NG1A 3RW8A 4NWHA 1LJKA 1OQMA 3T36A 5KJ9A 1IWWA 3WU7A 1GD6A 2LYOA 1VDTA 3A91A 1FLYA 2Z18A 135LA 2FYCA 3A94A 5A3ZA 2Z38A 4LGKA 4H94A 1D9UA 1HEOA 2DQGY 1JIYA 1LKSA 3BKHA 4WL6A 1WTNA 2H9KA 2YVBA 4J7VA 4NHQA 2H9JA 1DI3A 1GFUA 1KIRC 1JEFA 1LYSA 1OUHA 1B7OA 1GE4A 2YBLA 5F16A 1BWHA 4NG8A 1GBXA 4GCFA 5A3EA 4CJ2A 2BQMA 5T3FA 5IELA 1HF4A 1JKCA 3WUNA 4N5RA 3OJPA 1XGQC 1LZ6A 5E4PA 4GN4A 1GFEA 3LYTA 2BQHA 3EMSA 1B5ZA 1B5UA 5E9RA 2D91A 4GN5C 4HJVA 1LMOA 2BQDA 1YIKA 4NSGA 1HNLA 5LAGA 2EIZC 1V7TA 4N8ZA 1I1ZA 1IO5A 2C8PA 4GN3A 4KT3A 3A92A 3LN2A 1LSFA 1UACY 1YQVY 1JSFA 1YKYX 3LZTA 4GLVA 5FHWA 4AXTA 1CNSA 4LT2A 1UC0A 1TBYA 1DZBX 2LHMA 4NGLA 5APEA 1YAMA 5I4WA 1G7JC 2BQJA 3MGWA 4RLNA 1D0KA 1LSDA 4YEMA 1OP9B 4HJYA 1SLYA 1EQ4A 3G3BB 1WTMA 1BB7A 1IX0A 2MEBA 3TXEA 3ATOA 4NY5A 2HEFA 1TDYA 1IWZA 4I0CA 1GF5A 4ML7A 1UBZA 1RFPA 4IASA 1REMA 1GAZA 4MR1A 1YAOA 1GBSA 1GDXA 1GFHA 1BWIA 1LTMA 3P64A 3LZ2A 2MEGA 1FKVA 4ETCA 2ZQ3A 2BQKA 1FN5A 1DKJA 4CFPA 5L9JA 3WUAA 2F2NA 2HUBA 1ZMYL 1JKAA 1FBIX 1LSAA 3AB6A 5LVKA 4LYMA 1IOTA 1JUGA 3B0OA 4W94A 3TXGA 2ZIKA 4YF2A 1OUJA 4NHIA 4LT3A 1NDMC 1ALCA 2HEEA 3WVYA 1IR8A 2BQIA 1UIDA 1VDQA 4MCKA 4WL7A 4GLAA 4IJ4A 4NGWA 1JHLA 5KXWA 1GFAA 1T3PA 2ZNWY 1XGPC 2BQOA 2WARA 4FJRA 4R0FA 3N9CA 4XJGA 5DN4A 4M6DA 1YL0X 1JKBA 4CHXA 2D4IA 5FEKA 1XFPL 2BQBA 1D0MA 1GF6A 4KL7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BLXA 4UWUA 3BKVA 195LA 2RBPA 177LA 3WH1A 1WQMA 247LA 1P36A 4NIJA 183LA 5KXKA 4LZMA 1WQQA 1L58A 149LA 3FI5A 3TXKA 5LYTA 4NGOA 1J1OY 1PS5A 2HUKA 3OE0A 192LA 1L28A 4WLXA 108LA 3ODUA 1QSBA 4LDLA 2X0AA 3WMKA 4OW1A 226LA 4WM3A 4EXMA 1IY4A 3P68A 5LVGA 2DQAA 4LFXA 4Z41A 4H9FA 1LPYA 2CWIA 5APFA 2D4JA 3DN0A 5J7CA 2Z37A 1OUCA 3HDFA 1T8AA 102LA 1UIGA 219LA 5JENB 4ANRA 4DD0A 3D3DA 3WUMA 2ZYPA 138LA 1G0PA 2FBBA 4OOOA 1OUIA 1PQJA 3AGGG 1LHMA 258LA 1CJ7A 4EKPA 1GWDA 1L52A 143LA 1LAAA 253LA 3FA0A 1BB3A 2EPEA 2YBIA 1L98A 1G7HC 1C6JA 1C6DA 1DYEA 1LSYA 1QSQA 1GAYA 1QUGA 1C6KA 3F6ZA 1REXA 4G4CA 5KXRA 1NMMA 2EQLA 1L06A 3IJVA 4XYYA 1IR7A 2BQFA 3TMXA 1OYUA 1LKRA 1V7SA 1L81A 2DKVA 4RW1A 1H87A 4C3WA 161LA 4NFVA 3TXFA 1LZNA 190LA 4YEOA 1GB9A 238LA 2HUMA 3HTGA 240LA 3A95A 1LHHA 1HELA 4GCDA 4QGZA 1GE2A 1XEJA 1LZAA 4WLTA 1C64A 3B6LA 5K7OA 5KY1A 1LJNA 3HH6A 1IWXA 1EL1A 2F2QA 1CV4A 2XBSA 1P5CA 1JITA 4WG1A 5C6IA 4BAPA 1CKDA 1J1XY 1B0DA 5L3IA 1L56A 1CV5A 3W6BA 4KXIA 1IP6A 6LYTA 4W54A 2OU0X 1OWYA 1BVKC 1LYOA 5ILFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CGI A;  3CSQ A;  5I4X A;  1LJ3 A;  2BLX A;  4WO9 A;  5KXY A;  4UWU A;  3BKV A;  1XEK A;  1JKD A;  4XJB A;  3RZ4 A;  1IOR A;  1CKC A;  1UCO A;  1CJ9 A;  4HPI A;  3M3U A;  4WLY A;  3T6U A;  3WH1 A;  5DLA A;  1GF8 A;  4G4B A;  1WQM A;  3AGH A;  5IDD A;  4NIJ A;  2HEA A;  1HSW A;  4RDS A;  4HTQ A;  4LYB A;  4HV1 A;  5KXK A;  4H8Y A;  4WM2 A;  1RCM A;  1YIL A;  1LCN A;  1GPQ C;  3A34 A;  3GXK A;  2I25 L;  1GFR A;  1WQQ A;  2H5Z A;  1GFK A;  1NF5 A;  3TXK A;  5B1G A;  4DDB A;  5LYT A;  4NGO A;  2D4K A;  1UIE A;  4Z98 A;  4H91 A;  1N4F A;  4CFO A;  1J1O Y;  1PS5 A;  1ZVY B;  1GFG A;  2XTH A;  3RT5 X;  6LYZ A;  3B0I A;  2C8O A;  3W6F A;  1LJG A;  4I8S A;  4LYT A;  1FLW A;  2VB1 A;  2YBN A;  3WU8 A;  4BAD A;  1CKG A;  1DPX A;  4WLX A;  5KXZ A;  1AT5 A;  1OUF A;  3W6C A;  5ILC A;  2G4P A;  2X0A A;  4WM5 A;  3WMK A;  1C7P A;  1HFZ A;  1LZD A;  1WVV A;  4DD1 A;  3B72 A;  1LOZ A;  3AYQ A;  4OW1 A;  1XGT C;  3FE0 A;  1LSN A;  2F4A A;  4WM3 A;  2DBT A;  1IWV A;  1NKH A;  1IY4 A;  1IP7 A;  4H8X A;  4H9I A; 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 2BQH A;  3EMS A;  1B5Z A;  1B5U A;  5E9R A;  2D91 A;  4GN5 C;  4HJV A;  1LMO A;  2BQD A;  1YIK A;  4NSG A;  1HNL A;  5LAG A;  2EIZ C;  1V7T A;  4N8Z A;  1I1Z A;  1IO5 A;  2C8P A;  4GN3 A;  4KT3 A;  3A92 A;  3LN2 A;  1LSF A;  1UAC Y;  1YQV Y;  1JSF A;  1YKY X;  3LZT A;  4GLV A;  5FHW A;  4AXT A;  1CNS A;  4LT2 A;  1UC0 A;  1TBY A;  1DZB X;  2LHM A;  4NGL A;  5APE A;  1YAM A;  5I4W A;  1G7J C;  2BQJ A;  3MGW A;  4RLN A;  1D0K A;  1LSD A;  4YEM A;  1OP9 B;  4HJY A;  1SLY A;  1EQ4 A;  3G3B B;  1WTM A;  1BB7 A;  1IX0 A;  2MEB A;  3TXE A;  3ATO A;  4NY5 A;  2HEF A;  1TDY A;  1IWZ A;  4I0C A;  1GF5 A;  4ML7 A;  1UBZ A;  1RFP A;  4IAS A;  1REM A;  1GAZ A;  4MR1 A;  1YAO A;  1GBS A;  1GDX A;  1GFH A;  1BWI A;  1LTM A;  3P64 A;  3LZ2 A;  2MEG A;  1FKV A;  4ETC A;  2ZQ3 A;  2BQK A;  1FN5 A;  1DKJ A;  4CFP A;  5L9J A;  3WUA A;  2F2N A;  2HUB A;  1ZMY L;  1JKA A;  1FBI X;  1LSA A;  3AB6 A;  5LVK A;  4LYM A;  1IOT A;  1JUG A;  3B0O A;  4W94 A;  3TXG A;  2ZIK A;  4YF2 A;  1OUJ A;  4NHI A;  4LT3 A;  1NDM C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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