197LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 197lA00
1L59A 250LA 1LW9A 1L09A 162LA 1L27A 1D3FA 1P2RA 4W51A 2LC9A 102LA 3HU8A 1L52A 3DN3A 2O7AA 3OE9A 1C6HA 1L14A 4LDOA 3C7YA 1C62A 1L99A 234LA 3HWLA 1L29A 4ARQB 1SWZA 3SB5A 1L54A 210LA 2F47A 2B6ZA 3FA0A 236LA 4YXCA 2L78A 140LA 1LI3A 185LA 1PQIA 1SSWA 1L53A 205LA 4DJHA 206LA 4EKSA 1P3NA 238LA 1L0KA 1G0GA 1PQJA 1T97A 1LLHA 115LA 2B74A 2RAZX 120LA 128LA 1LYHA 1L24A 1P7SA 3D4SA 1L31A 253LA 3C83A 1L97A 1SX7A 174LA 1CTWA 1JTMA 1OVJA 1P6YA 4EXMA 222LA 2B6XA 3SB7A 1D3NA 211LA 1L22A 1L51A 1LGXA 1C6AA 1C6FA 1L87A 1C65A 1KW5A 1C67A 1L38A 227LA 1L74A 3DN6A 1P5CA 1L42A 1L07A 1QSQA 1L73A 4I7NA 4E97A 3HH4A 3PDSA 186LA 1C6CA 4I7JA 3DN2A 1L03A 1L36A 256LA 243LA 160LA 1CV5A 3GUMA 3K2RA 3GUPA 200LA 130LA 1KY1A 3HT6A 1OVHA 1L70A 1DYGA 2OU8A 4W54A 1L69A 1CU2A 1C6EA 4I7PA 3HH6A 4ARMB 4YX7C 1JQUA 163LA 3GUJA 1G0JA 1QTHA 1L90A 3DN4A 1L35A 1QTVA 3V2WA 1L66A 126LA 1L04A 1LYGA 150LA 1ZWNA 198LA 3G3XA 1L62A 1DYDA 138LA 1L56A 1NHBA 1L25A 2B6YA 1QT5A 1LI6A 1T6HA 1L80A 2OTZX 2QARC 2RBNA 3C80A 254LA 2B6WA 1G07A 3C8RA 3L2XA 2OU9A 137LA 1C6MA 1L06A 4EPFA 187LA 195LA 2OE4X 146LA 4ARLA 1L93A 3GUNA 2OU0X 1QTBA 1CV6A 1CX6A 2RAYX 1L17A 4I7OA 3HDEA 4LDLA 2RB1X 152LA 237LA 172LA 176LA 4DAJA 1L30A 1LWGA 3C7WA 4ARQA 1G1VA 2NTGA 248LA 114LA 219LA 4S0WA 169LA 1L72A 3SBBC 240LA 3GUKA 2CUUA 1XJUA 142LA 159LA 1L41A 3NY9A 3OE8A 1C6BA 178LA 3ODUA 3PBLA 1OWZA 3CDTA 1OV5A 4EPIA 158LA 1L92A 1L91A 1JTNA 127LA 110LA 188LA 1L05A 233LA 2RBRA 244LA 1G0MA 1DYFA 139LA 3FI5A 226LA 3HH3A 3HH5A 1L13A 1L12A 2B73A 2B7XA 4AQNA 1LGUA 212LA 239LA 246LA 1L43A 1QT7A 3DN8A 1ZURA 1L26A 1CV4A 2ANXA 3SN6R 1G0LA 3UONA 3HTBA 148LE 1L81A 1D9WA 262LA 2LZMA 3CDOA 3HT7A 196LA 1C61A 1C6IA 2QB0B 199LA 2ANVA 5I14A 1QTCA 182LA 4I7SA 1L37A 1C6GA 2O79A 170LA 112LA 245LA 259LA 3HUKA 2IGCA 3VW7A 1DYEA 4ARMA 1PQMA 1KS3A 1L32A 1L77A 1L15A 3RZEA 1C6JA 4W57A 3DMVA 197LA 1QUGA 1L84A 1QTZA 189LA 3RUNA 1CV3A 213LA 1L71A 3C8SA 1L48A 4DKLA 2B72A 155LA 2HUMA 3GUOA 1QUHA 1L46A 161LA 1C6PA 1G06A 3C8QA 1L23A 4I7RA 4PK0A 2B75A 108LA 107LA 151LA 4ARPA 1L55A 1L00A 2Q9EA 1T8GA 4PJZA 4W53A 1OYUA 103LA 122LA 111LA 1OV7A 1LPYA 1QS5A 1LWKA 247LA 2Q9DA 2NTHA 1CU0A 3C7ZA 1K28A 209LA 4W55A 1CUQA 1L82A 218LA 177LA 1L18A 1QSBA 257LA 4I7QA 260LA 3OE6A 1L88A 1LYEA 4EJ4A 1QT4A 1G0PA 221LA 2OTYX 145LA 1C6QA 2OE7X 4LDEA 173LA 232LA 129LA 1C64A 3HTDA 1CU5A 1CU6A 4EKRA 3CDVA 4OO9A 1P36A 1QUDA 1QT8A 251LA 4GBRB 4K5YA 1L61A 1L40A 1SWYA 2A4TA 1L01A 1CV0A 3GUIA 125LA 1L20A 123LA 1L86A 1KW7A 165LA 1CX7A 2F2QA 1CV1A 1P46A 157LA 249LA 1L96A 3HTGA 2OE9X 3V2YA 118LA 4GRVA 3SB8A 1L0JA 1L76A 1LYIA 1L60A 171LA 192LA 3HTFA 119LA 4I7LA 181LA 1P64A 1PQOA 2Z6BA 1B6IA 1QT6A 3GULA 5LZMA 1WTHA 4YXAC 2B6TA 1CUPA 261LA 1L19A 1L34A 252LA 1L57A 3G3VA 255LA 1L02A 183LA 1L50A 1SSYA 241LA 113LA 168LA 223LA 1TLAA 1L49A 1QUOA 1LYDA 109LA 2RBOA 143LA 2RB2X 2O4WA 1G1WA 156LA 167LA 141LA 3DKEX 3DMXA 3F9LA 4W56A 3EMLA 3DMZA 1L10A 4IAPA 4EKQA 1LGWA 2RBSA 175LA 2LCBA 1L08A 220LA 3JR6A 144LA 2HULA 1PQKA 229LA 242LA 1L63A 3FADA 1C63A 1LI2A 1L95A 1L83A 4W58A 1L11A 3DNAA 166LA 3L64A 1ZYTA 1C68A 1C6TA 2RH1A 1DYBA 258LA 3SB6A 228LA 1L16A 3HT8A 1C60A 191LA 3DN0A 3HU9A 1L79A 3SBAA 1C66A 1LYJA 1L33A 216LA 1G0KA 184LA 3F8VA 3HUQA 3HDFA 215LA 1P37A 3SB9A 1C6NA 1CVKA 4I7KA 4W52A 2B70A 1L44A 3C81A 1DYCA 230LA 1C6LA 1G0QA 235LA 3HUAA 1PQDA 190LA 1L89A 4LZMA 4I7MA 1XEPA 2RBPA 201LA 149LA 1XJTA 1L39A 3DN1A 1L94A 1L98A 6LZMA 1P56A 3NYAA 1D3JA 1DYAA 225LA 217LA 2HUKA 1OVKA 180LA 147LA 1L28A 1D2WA 1L58A 1L47A 1QTDA 1C69A 2RB0X 1I6SA 3CDRA 1T8AA 1KY0A 1D3MA 3C82A 131LA 1C6KA 4EKPA 1L65A 1L21A 3G3WA 3CDQA 4ARJA 1QS9A 1P2LA 1C6DA 1L45A 1L64A 2F32A 104LA 3NY8A 4W59A 1L67A 1SX2A 3LZMA 7LZMA 164LA 1OWYA 1CU3A 1QT3A 3QAKA 231LA 214LA 1EPYA 4ZPUA 1L85A 1LYFA 1KNIA 4I7TA 1L68A 2RBQA 2OEAX 1T8FA 3OE0A 3HT9A 1D2YA 1L75A 224LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DN5A 1L59A 1LW9A 4Z3MA 135LA 1IIZA 102LA 1UIBA 1L52A 2MECA 1L99A 234LA 1L29A 1RJCB 4C5FA 2L78A 2Z2FA 4G4HA 3A34A 238LA 1PQJA 3EO5A 1IY4A 3WPLA 2BQMA 3D4SA 1GHLA 3EBAB 1P6YA 3P66A 4BS7A 1L22A 4L41A 1OUCA 2YBMA 5B06A 1XFPL 4ETBA 1C67A 227LA 5FSTA 4A7DA 1L07A 194LA 3LYOA 3FE0A 1MELL 1C6CA 2Z37A 3DN2A 3VWOA 256LA 4NGVA 160LA 1CV5A 5A3ZA 3N9CA 4W54A 2C8PA 1NBYC 1C6EA 1LHKA 4YX7C 5I54A 2IFFY 1B0DA 3WVXA 1D0LA 1CJ7A 4XJIA 1L90A 4H9EA 1H6MA 1UIHA 2Z19A 3TXHA 1FLWA 1LYGA 150LA 1JJ0A 1KXWA 4W96A 3QNGA 2HU3A 1L62A 4CFPA 1JKAA 1T6HA 3C80A 1L80A 4J0LA 4H8XA 1G07A 4EPFA 195LA 5APFA 1LMPA 1L93A 1AM7A 1JSFA 2RB1X 237LA 3WPKA 4DT3A 4DAJA 1L30A 2FYDA 1LWGA 4U3XB 4ARQA 153LA 1LSZA 1GXXA 1D6QA 248LA 4RW1A 3GUKA 2CUUA 4LYZA 1L41A 5KXSA 1JITA 1IWZA 1YANA 1IVMA 1OV5A 158LA 5KXXA 1L91A 1XEKA 110LA 5K7OA 5T3FA 3AZ4A 1DYFA 3T36A 3HH3A 1D0MA 1L13A 3HBHA 239LA 246LA 1L43A 3DN8A 2D4JA 4RDSA 5FELA 2ANXA 1T6VL 4QEQA 1LZSA 1A4VA 2XQOA 3HTBA 1LZ9A 148LE 1IP6A 2LYOA 3CT0A 2YVBA 3HT7A 1HEOA 1C61A 1C6IA 2QB0B 5KXNA 3CQLA 1LSEA 3TXFA 1L37A 170LA 1GXV2 1LMOA 2FYCA 259LA 3HUKA 4AGAA 4ARMA 1PQMA 2CWIA 1L15A 3DMVA 1GBSA 1QTZA 1L71A 1JKCA 2HUMA 132LA 1NQIA 3C8QA 4PGJB 4PK0A 2ZIKA 2BQCA 1LJEA 3WUMA 1OYUA 1OV7A 1IR7A 1LPYA 1QS5A 247LA 1LSDA 1IR9A 5C6LA 1TDYA 3C7ZA 1K28A 5DM9A 3WU8A 5L3IA 4W55A 1L82A 177LA 4Z46A 1G7JC 3OE6A 4CHXA 5HMJA 1NDGC 1C7PA 3ZVQA 4LDEA 5LA8A 4HSFA 2H9JA 3HTDA 1CU6A 2Z12A 4G4CA 2HECA 1XEJA 4X3BA 1KXYA 1SWYA 1LZGA 4PRUA 5L3HA 4LT3A 1L01A 4OWEA 1CV0A 3GUIA 4NG1A 3K3TA 4G4BA 249LA 4NGIA 4N1CC 3HTGA 2DBTA 118LA 4GRVA 3SB8A 1JEFA 1LYIA 1J1PY 1GB9A 192LA 4DD0A 2BQLA 4NFVA 2D4KA 3GULA 5LZMA 2Z38A 2MEFA 1WTHA 4YXAC 1IP7A 3AYQA 4NHIA 252LA 3CSQA 3G3VA 255LA 1L02A 1IP2A 5LAGA 2Z2EA 2W1LA 1SSYA 168LA 1IP4A 1C10A 4KXIA 1DZBX 2MEHA 1GF7A 2RBOA 143LA 1UIDA 1LMAA 1G1WA 156LA 1JIYA 3DKEX 3DMXA 1LHHA 4H8YA 4XJGA 5KXKA 4HTQA 1GE2A 5APEA 2LCBA 1L08A 4WM5A 1CJ9A 1PQKA 133LA 1B2KA 229LA 1HF4A 3FADA 1LI2A 5I5QA 2LYMA 4TSCA 4W58A 3L64A 1C68A 1XGRC 3EXDA 1NWGA 1LHMA 3WVYA 3SB6A 3HT8A 4KL7A 1C60A 1PS5A 4DWXA 1YAMA 3AZ6A 3TXIA 1J1XY 1RFPA 1L33A 216LA 3RNXA 3F8VA 3HDFA 215LA 3SB9A 1GE0A 2B70A 1LZDA 1C6LA 1G0QA 3A3QA 5J7CA 2RBPA 3B0KA 3P4ZA 4UWVA 2CJLA 4IASA 4UWNA 1DKKA 5C6IA 1OVKA 3AZ5A 5M1YA 1FBIX 1UICA 5KXLA 1D2WA 1QSWA 1L58A 1QIOA 1LAAA 1L47A 1QTDA 3CDRA 2LHMA 1T8AA 5KXOA 1C6KA 3G3WA 1SLYA 1LZNA 3WU9A 5KY1A 1LZ5A 5KXTA 1YAOA 1GB6A 1FN5A 2ZQ4A 4WM2A 1L67A 4XJHA 1BB4A 1SX2A 1GEVA 1GB3A 1IP1A 3LZMA 1LZ8A 7LZMA 4WM4A 1H87A 3AGIA 1LYFA 4I7TA 1L68A 4GLAA 1WQRA 1DI5A 4N1EI 5AMYA 3J4GA 2BQHA 1UIEA 1AZFA 162LA 1L27A 1D3FA 1P2RA 1UIGA 3DN3A 1C6HA 1LJHA 6LYTA 1C62A 4LFPA 3HWLA 5B1GA 4ARQB 3SB5A 1IO5A 2F47A 1FLQA 1A2YC 2ZWBA 3FA0A 4DQ5A 4DD2A 2YBIA 205LA 4DJHA 206LA 4EKSA 3A6CY 3BKVA 1P3NA 1TAYA 1L0KA 4NSGA 1B7LA 4RW2A 4GCDA 2RAZX 120LA 1B5ZA 4O34A 2YBHA 1LYHA 207LA 2G4QA 1L24A 1P7SA 253LA 1L97A 1SX7A 4ETCA 3P68A 1IORA 1YIKA 1L51A 1BWHA 1L87A 1IWWA 2ZYCA 1KW5A 1L38A 1L74A 1HMLA 1YQVY 1QSQA 2D6BA 5I53A 1L73A 5KJ9A 4NGJA 3HH4A 5LVJA 1YAPA 5KXPA 4GN4A 4HV2A 3ATOA 2H9KA 4DDCA 4CFOA 2OU8A 5JENB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5DN5 A;  1L59 A;  1LW9 A;  4Z3M A;  135L A;  1IIZ A;  102L A;  1UIB A;  1L52 A;  2MEC A;  1L99 A;  234L A;  1L29 A;  1RJC B;  4C5F A;  2L78 A;  2Z2F A;  4G4H A;  3A34 A;  238L A;  1PQJ A;  3EO5 A;  1IY4 A;  3WPL A;  2BQM A;  3D4S A;  1GHL A;  3EBA B;  1P6Y A;  3P66 A;  4BS7 A;  1L22 A;  4L41 A;  1OUC A;  2YBM A;  5B06 A;  1XFP L;  4ETB A;  1C67 A;  227L A;  5FST A;  4A7D A;  1L07 A;  194L A;  3LYO A;  3FE0 A;  1MEL L;  1C6C A;  2Z37 A;  3DN2 A;  3VWO A;  256L A;  4NGV A;  160L A;  1CV5 A;  5A3Z A;  3N9C A;  4W54 A;  2C8P A;  1NBY C;  1C6E A;  1LHK A;  4YX7 C;  5I54 A;  2IFF Y;  1B0D A;  3WVX A;  1D0L A;  1CJ7 A;  4XJI A;  1L90 A;  4H9E A;  1H6M A;  1UIH A;  2Z19 A;  3TXH A;  1FLW A;  1LYG A;  150L A;  1JJ0 A;  1KXW A;  4W96 A;  3QNG A;  2HU3 A;  1L62 A;  4CFP A;  1JKA A;  1T6H A;  3C80 A;  1L80 A;  4J0L A;  4H8X A;  1G07 A;  4EPF A;  195L A;  5APF A;  1LMP A;  1L93 A;  1AM7 A;  1JSF A;  2RB1 X;  237L A;  3WPK A;  4DT3 A;  4DAJ A;  1L30 A;  2FYD A;  1LWG A;  4U3X B;  4ARQ A;  153L A;  1LSZ A; 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