198LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 198lA00
1L62A 1C6AA 1D3MA 4LDEA 4I7QA 1L09A 176LA 1L68A 1C6JA 1CTWA 3C81A 4I7PA 4DKLA 180LA 3SBBC 1P3NA 1P2LA 1C6DA 1XJTA 243LA 250LA 1P64A 157LA 3C83A 1L85A 4PJZA 3DMXA 2IGCA 239LA 184LA 1D3FA 1T8FA 2ANXA 1QSQA 2RB1X 3C82A 1LYJA 2OEAX 2B6WA 1L29A 1C69A 5I14A 191LA 1C6BA 3HUQA 3NY9A 1C6HA 2QARC 1DYBA 128LA 2LC9A 214LA 3NYAA 1JTMA 4EXMA 171LA 1L30A 159LA 3GULA 1L92A 1L10A 3DN3A 3FADA 4EKQA 1G1WA 2RB0X 4PK0A 1QT4A 1L64A 251LA 1L38A 1KW7A 4W52A 236LA 1CX6A 1L16A 1L81A 253LA 1JTNA 1DYDA 1L53A 1KY1A 170LA 1QUOA 4ARMA 2NTGA 4K5YA 1QS5A 1LYGA 4AQNA 1PQDA 216LA 1L27A 1P36A 1L07A 4I7NA 1LGWA 115LA 1L70A 1KNIA 2RBSA 1L0JA 2NTHA 151LA 4S0WA 2OTZX 1ZYTA 131LA 6LZMA 4ARPA 107LA 1L31A 1L94A 3OE6A 190LA 2RBOA 1G0PA 3HDFA 177LA 2RB2X 1L12A 1LWKA 1C68A 3ODUA 140LA 109LA 219LA 2HUMA 3QAKA 3SB5A 146LA 1PQMA 1OVJA 1L66A 2OE4X 2RBPA 1PQIA 4LDLA 102LA 158LA 3VW7A 2F47A 1L76A 2B70A 1L17A 240LA 230LA 3D4SA 1OWYA 223LA 3HH3A 142LA 1L00A 1L05A 138LA 1L77A 1LI3A 227LA 198LA 114LA 1OV5A 1L37A 3HTDA 162LA 1PQOA 1PQJA 3DN0A 119LA 1CU5A 3HH4A 1DYFA 4ZPUA 1L40A 1C64A 4GBRB 3DN6A 4ARQA 4LZMA 3HUAA 1G1VA 2A4TA 1LYHA 2L78A 2ANVA 1SSYA 3DN4A 225LA 1L26A 3SB6A 3F9LA 145LA 1C6IA 165LA 1T8AA 258LA 3L2XA 1L42A 3GUMA 1L34A 221LA 1L01A 1P6YA 3GUKA 1SX7A 4ARMB 2O4WA 3FA0A 1C6GA 1L67A 1LI6A 147LA 1L43A 1L97A 1C65A 1L25A 1L82A 2B6TA 1L19A 2Q9EA 1L15A 4I7KA 4EKPA 3SB7A 4W53A 4LDOA 185LA 200LA 222LA 2B7XA 1DYGA 1P46A 1L80A 1P56A 2F2QA 189LA 1D3NA 4ARLA 241LA 127LA 3C8SA 3RZEA 3GUPA 1L0KA 2RAYX 224LA 1K28A 3PDSA 1L06A 3JR6A 211LA 139LA 1LYEA 232LA 2LZMA 3F8VA 181LA 197LA 1LLHA 1KY0A 1L69A 137LA 4I7LA 255LA 4ARJA 3DN2A 4W56A 1L98A 1LYIA 242LA 1L83A 2B6YA 3G3VA 1WTHA 3L64A 1L50A 174LA 2LCBA 1LGXA 1LI2A 1C6TA 1L52A 1C60A 1C66A 1D2YA 3UONA 104LA 1G06A 1L24A 220LA 143LA 182LA 1C62A 3C7ZA 1L04A 3C7WA 1QT6A 1L60A 1OYUA 3OE9A 1C6EA 4ARQB 2O7AA 3V2WA 1LWGA 1CU2A 4W58A 1L44A 1C6CA 123LA 1OVHA 1L03A 2RH1A 4EKRA 149LA 1LGUA 173LA 3HT8A 1T6HA 246LA 4YXCA 3OE0A 228LA 247LA 7LZMA 229LA 1C61A 2Z6BA 152LA 1P7SA 1CV5A 2F32A 168LA 1P2RA 237LA 4YX7C 144LA 1LW9A 1SWYA 1L35A 3CDTA 4EKSA 1DYEA 3GUIA 111LA 2B6ZA 4W59A 1DYCA 1QTDA 1CV3A 2OU0X 1QT7A 141LA 1P5CA 2HULA 3GUNA 4EPIA 110LA 1L63A 161LA 1L86A 4I7SA 1CX7A 1C6FA 1L96A 3CDQA 5LZMA 1EPYA 125LA 209LA 2B74A 231LA 2RBNA 1T8GA 1L51A 1QTVA 259LA 3SN6R 1CV0A 1D9WA 257LA 155LA 3LZMA 4W55A 249LA 3HH6A 108LA 3EMLA 1G07A 1KS3A 261LA 245LA 205LA 169LA 187LA 1QTHA 3GUOA 4GRVA 226LA 254LA 1G0MA 2OE7X 1CU6A 1L22A 1L89A 3DN8A 1G0JA 3DKEX 1L45A 4W57A 3HT9A 1CVKA 192LA 1I6SA 122LA 1L74A 212LA 1T97A 1C6MA 2HUKA 3C7YA 3DNAA 1OVKA 2CUUA 1L95A 3HTBA 175LA 4OO9A 235LA 1NHBA 3C8QA 1L23A 148LE 1L14A 213LA 2Q9DA 2B75A 1PQKA 2QB0B 3HUKA 4I7OA 3G3WA 1L33A 1L84A 1QSBA 1LYFA 1L47A 2B73A 3HU8A 1CUPA 2O79A 4DJHA 3OE8A 1P37A 1CU0A 1ZURA 156LA 1QUGA 3HDEA 1C63A 1C6KA 1L88A 256LA 1L36A 1B6IA 1L75A 1L55A 215LA 1L20A 2B72A 3SBAA 3CDVA 1L18A 3DMVA 1OWZA 3CDRA 130LA 217LA 3CDOA 2OE9X 129LA 1L90A 1L57A 3RUNA 1L39A 1L93A 3HT6A 163LA 160LA 1QTCA 1L58A 252LA 1L65A 113LA 112LA 2OU9A 1QUDA 1ZWNA 1CV6A 126LA 118LA 1C6LA 1L41A 1OV7A 1QTBA 150LA 3HTGA 1L28A 1L59A 244LA 1D2WA 3K2RA 1SWZA 206LA 3C80A 3SB9A 4I7TA 3NY8A 1L99A 3SB8A 1LYDA 3HH5A 1L48A 234LA 248LA 1SSWA 2B6XA 218LA 3PBLA 1L02A 3HWLA 233LA 1CV1A 1L56A 1L72A 4EJ4A 1L91A 3DMZA 1CUQA 1L11A 4W54A 3C8RA 1QT5A 3V2YA 2OTYX 1JQUA 1L32A 1L08A 4W51A 167LA 1L13A 195LA 1SX2A 3G3XA 2OU8A 3HU9A 178LA 1L71A 1XJUA 4YXAC 3HTFA 1L61A 1G0QA 1L21A 260LA 1LPYA 1G0LA 199LA 1QS9A 3HT7A 1QUHA 183LA 172LA 210LA 3GUJA 1L54A 196LA 1C67A 3DN1A 4I7MA 186LA 1CU3A 1CV4A 120LA 2RAZX 4I7JA 201LA 4EPFA 164LA 3FI5A 4I7RA 4DAJA 1DYAA 103LA 1QT3A 2RBQA 188LA 1G0KA 2RBRA 1L49A 1KW5A 1G0GA 262LA 1QTZA 1XEPA 1D3JA 1L79A 1L87A 1TLAA 238LA 4IAPA 1C6PA 1QT8A 4E97A 166LA 1L46A 1C6QA 1C6NA 1L73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z55A 5LA5A 3WU9A 1D3MA 1HERA 1L09A 3GXKA 1DZBX 3A6BY 1L68A 1LSFA 5IHGA 4O34A 2D91A 4J1AA 4G4CA 1P2LA 250LA 4PJZA 4DDBA 4QEQA 239LA 4N0JA 5KXNA 1LYJA 4GN3A 1LKRA 2B6WA 3TMWA 1C6BA 3QY4A 4Z41A 4NGYA 2C8PA 1IWZA 1NWGA 3J6KA 1IORA 1XGUC 4EXMA 159LA 5KKJA 5I4XA 4GCFA 1L92A 3VWOA 4EKQA 2RB0X 1GEVA 1QT4A 1YL0X 4WO9A 1KW7A 4W52A 1RFPA 236LA 1LMQA 253LA 1QDRA 2ZWBA 1KXYA 3AZ4A 2BQMA 1BB5A 4X3BA 1CJ7A 4K5YA 1LYGA 1PQDA 1L27A 1REYA 5AMYA 194LA 1L70A 2LHMA 3FI7A 1LYOA 3M3UA 1LHIA 4ARPA 4H8XA 1G0PA 177LA 4UWUA 2RB2X 1L12A 8LYZA 2BQLA 1J1OY 1C68A 140LA 4GLVA 146LA 1BWIA 1JKDA 2IFFY 2RSCA 3VW7A 4ETBA 1L76A 2B70A 4TSCA 240LA 1FDLY 1YAQA 3HH3A 1L77A 1LI3A 227LA 198LA 114LA 1N4FA 3HBDA 5A3ZA 162LA 4DT3A 1PQOA 4WG1A 5LIOA 1KXWA 2BQEA 3HUAA 1G1VA 4LT3A 1SSYA 3A92A 3SB6A 4XJGA 145LA 165LA 4NFVA 3L2XA 1SX7A 4ARMB 1L67A 1LI6A 4NGJA 1L25A 3TXFA 5DN5A 1CJ6A 1L15A 1GE2A 3P66A 1RCMA 1IX0A 1F6SA 3A3RX 4WG7A 1YROA 222LA 2BAAA 5LA8A 1L80A 1P56A 1D3NA 4PPOA 1LZ8A 1GB7A 127LA 3RZEA 3GUPA 1L0KA 1GB9A 1KIPC 1HNLA 4PRQA 4WM3A 3F8VA 2HU1A 1LLHA 2YBMA 3CQLA 3AB6A 1YAPA 4XJBA 2Z18A 2B6YA 2C8OA 4WL6A 1YKXX 1PZYA 5LVJA 3L64A 1LGXA 1LI2A 1C6TA 1L52A 1LCNA 1OUCA 1DKJA 2DQAA 3LZTA 1D2YA 1G06A 1L24A 3W6AA 143LA 5LAFA 4B4EA 5FELA 1L60A 4LYCA 1C6EA 1IR9A 4DYGA 1MELL 4DD0A 1G7MC 4W58A 4ZIXA 2Z12A 1GAZA 5LYZA 1OVHA 5KXRA 2RH1A 1LJNA 4EKRA 4HPEA 3HT8A 1AM7A 4NSJA 4NGLA 3OE0A 3A95A 1LJHA 1C61A 1LJJA 3TMUA 4N5RA 2F2NA 1P7SA 1CV5A 5F14A 1E8LA 1SWYA 1L35A 2BQKA 4HPIA 4W59A 1DYCA 3WXUA 1CV3A 4LZTA 4CHXA 3GUNA 2LYOA 4EPIA 110LA 5A3EA 1UA6Y 4XADA 1GBZA 4OW1A 4MCKA 1C6FA 3LYTA 2BQBA 1EPYA 125LA 4UWNA 2B74A 3SN6R 257LA 1QQYA 4LYBA 3P4ZA 3TMXA 1IC4Y 4LYZA 1G0MA 1JKBA 4ETAA 1GF5A 1B5UA 4J1BA 192LA 4B0DA 4DD3A 4HJZA 122LA 1GHLA 1L74A 2MEGA 1V7SA 3C7YA 2EIZC 3DNAA 2CUUA 235LA 1XEKA 3C8QA 5KXPA 1NBYC 1VDPA 1D0KA 2GV0A 1B5WA 2Q9DA 2QB0B 3HUKA 4TUNA 4LFPA 5KXZA 1QSBA 4H1PA 4WM6A 1CUPA 4DJHA 5F16A 4IATA 1ZURA 2BQCA 156LA 3N9AA 4GCCA 1LPIA 4NGKA 1C63A 1C6KA 2XQOA 3G3BB 4DDAA 2W1LA 1PS5A 1FLUA 1OWZA 129LA 1L57A 1LSMA 1L93A 2X0AA 4NSGA 5F9UA 2Z37A 1QTCA 1C08C 5L9JA 2YBHA 1LAAA 1JKCA 3HFMY 113LA 2BQJA 4HSFA 1QTBA 4HTQA 2YVBA 1LJIA 244LA 206LA 3C80A 4I7TA 1YILA 3SB8A 3HH5A 234LA 4GCDA 248LA 218LA 4H9HA 4LGKA 2MEEA 1L56A 1GWDA 4Z98A 3A67Y 3B6LA 3WUAA 1L08A 1C45A 4PHIA 5LVKA 167LA 1LYSA 1L13A 1VEDA 1XEIA 1SX2A 3TXDA 3HU9A 2HEAA 1BWHA 4B4IA 2W1YA 2Y8PA 1L61A 4CFOA 260LA 4H9CA 1LPYA 1G0LA 5HQ1A 1QS9A 3HT7A 3B0OA 1LJFA 183LA 172LA 1IC5Y 3D3DA 196LA 1IP6A 3WW6A 2D4IA 5L3IA 1O23A 4PGJB 1LHJA 2CJLA 188LA 1JIYA 1G0KA 2RBRA 1L49A 4H9AA 1XEPA 1L87A 238LA 166LA 2D4JA 5LVGA 1ZMYL 4LT0A 1B9OA 1GFKA 7LYZA 5APFA 1G7IC 4M4OA 1B7OA 1IR7A 1P64A 1L85A 4PRUA 2IGCA 4OWBA 3CSRA 1IWTA 2LYZA 1QUTA 1T8FA 4HJVA 1QSQA 2OEAX 1IO5A 1JJ3A 5HMJA 3TMVA 4YEOA 1BB3A 128LA 1I56A 1LHHA 3TXKA 2LC9A 1L30A 5HNLA 3DN3A 3FADA 1GFAA 5LVHA 1CX6A 4NGVA 1JTNA 4WM5A 4HTNA 1UICA 3K3TA 1KY1A 170LA 1NBZC 3LYOA 4ETCA 1C43A 3WL2A 1P36A 1L07A 2FBDA 3AW6A 3ATNA 4B49A 1GFRA 1KNIA 2RBSA 1L0JA 151LA 2OTZX 1LHLA 1NQIA 2YBLA 1UIHA 1DKKA 2ZQ3A 2RBOA 4NGWA 1LWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Z55 A;  5LA5 A;  3WU9 A;  1D3M A;  1HER A;  1L09 A;  3GXK A;  1DZB X;  3A6B Y;  1L68 A;  1LSF A;  5IHG A;  4O34 A;  2D91 A;  4J1A A;  4G4C A;  1P2L A;  250L A;  4PJZ A;  4DDB A;  4QEQ A;  239L A;  4N0J A;  5KXN A;  1LYJ A;  4GN3 A;  1LKR A;  2B6W A;  3TMW A;  1C6B A;  3QY4 A;  4Z41 A;  4NGY A;  2C8P A;  1IWZ A;  1NWG A;  3J6K A;  1IOR A;  1XGU C;  4EXM A;  159L A;  5KKJ A;  5I4X A;  4GCF A;  1L92 A;  3VWO A;  4EKQ A;  2RB0 X;  1GEV A;  1QT4 A;  1YL0 X;  4WO9 A;  1KW7 A;  4W52 A;  1RFP A;  236L A;  1LMQ A;  253L A;  1QDR A;  2ZWB A;  1KXY A;  3AZ4 A;  2BQM A;  1BB5 A;  4X3B A;  1CJ7 A;  4K5Y A;  1LYG A;  1PQD A;  1L27 A;  1REY A;  5AMY A;  194L A;  1L70 A;  2LHM A;  3FI7 A;  1LYO A;  3M3U A;  1LHI A;  4ARP A;  4H8X A;  1G0P A;  177L A;  4UWU A;  2RB2 X;  1L12 A;  8LYZ A;  2BQL A;  1J1O Y;  1C68 A;  140L A;  4GLV A;  146L A;  1BWI A;  1JKD A;  2IFF Y;  2RSC A;  3VW7 A;  4ETB A;  1L76 A;  2B70 A;  4TSC A;  240L A;  1FDL Y;  1YAQ A;  3HH3 A;  1L77 A;  1LI3 A;  227L A;  198L A;  114L A;  1N4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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