1IVMA

Solution structure of mouse lysozyme m
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVYERCEFARTLKRNGMAGYYGVSLADWVCLAQHESNYNTRATNYNRGDQSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPRAVNACGINCSALLQDDITAAIQCAKRVVRDPQGIRAWVAWRAHCQNRDLSQYIRNCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords lysozyme M
publication title Solution structure and activity of mouse lysozyme M
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 26
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ivmA00
4C5FA 1GAZA 2BQLA 4HJZA 4KPMA 3WPKA 5DLAA 4LT1A 4NHIA 1JTTL 3IJUA 4ET8A 4H8ZA 3HBEX 5A3ZA 1UIGA 1LZ4A 2EPEA 4OWEA 1GBYA 2CDSA 1WTMA 1B7PA 5F16A 1GF3A 2Y8PA 1D9UA 3HBHA 4WM5A 5II3A 4B49A 1JKCA 1LZSA 1HFXA 4L41A 1GB3A 4LYMA 3ULRA 4H1PA 1JTPL 3WU7A 1OUEA 3WXUA 5LIOA 4B0DA 1B7MA 1IWUA 1FLQA 3W6BA 2Z39A 1HEMA 2N5ZA 4MCKA 4H9EA 4YOPA 4LZTA 2G4NA 1LZEA 1IOTA 1HNLA 1GB8A 1LKRA 2DQHY 1WTNA 4H91A 4NGVA 1IR7A 1JISA 2HEFA 4TSCA 4DC4A 1CKCA 2CGIA 5ILFA 3ATNA 4OWCA 1Z55A 1LSEA 4M4OA 5HQ1A 5E9RA 3B72A 2D4IA 1G7LC 4NWEA 1IOCA 1J1OY 3LN2A 4XJHA 3RU5A 1GD6A 1LYOA 1XGTC 1UC0A 2Z19A 5DN4A 4N8ZA 5KXLA 1B5ZA 3AJNA 4DD3A 1GEVA 2YVBA 1W08A 1GF0A 1REXA 3J4GA 1XGPC 4QDNA 4H9FA 4WLTA 4WM4A 4DYGA 5F9XA 2D6BA 1IO5A 1NQIA 4WL7A 3LYMA 2ZNXY 1VAUA 5F9UA 4ZIXA 5C6JA 1IWXA 1GFKA 2IHLA 1LHKA 1HELA 4UWUA 1QDTA 2BQNA 2G4QA 2GV0A 1INUA 4B4EA 4NHTA 1HSWA 3CQLA 2AUBA 4A7DA 1GF9A 1O23A 5A3EA 2XTHA 4MR1A 4ETAA 4GCEA 1DZBX 5F81A 1AZFA 1OUGA 4H8XA 1CKFA 5LAGA 1DI3A 4NSJA 4XJIA 2BQFA 5APEA 1OUBA 1BB6A 1C43A 1VATA 1LHIA 4HTNA 5B1GA 3W6EA 5IELA 4I8SA 1LZDA 1QDRA 1LKSA 1AT5A 1LMPA 1MLCE 208LA 1GFEA 2A7FA 1ZVYB 2HEAA 3WXTA 1LMOA 1YAMA 2BQOA 3T6UA 1C46A 4H8YA 4G4BA 4N5RA 3T36A 5KXOA 1LTMA 4PPOA 1XEIA 3EBAB 1LSZA 1IP4A 1DKJA 4DD9A 1OUDA 1LZ1A 2D4JA 4CGEA 4HSFA 4N1CC 3W6AA 4LYOA 1REMA 1B7RA 3RT5X 3TXBA 4IATA 4NWHA 4BS7A 4ETEA 3SP3A 4N0JA 2F2NA 2D91A 4LGKA 5KXWA 3TMWA 1GBSA 1LHJA 2DQJY 2BAAA 1LSYA 1OUHA 3AZ4A 4UWNA 4M6DA 4CHXA 4DD7A 1YILA 5KXXA 1CNSA 1BB7A 1P2CC 1B0DA 1LZ6A 1WQPA 3WU8A 1UBZA 2MEIA 1B7SA 1LJ4A 4RW2A 1KIRC 1LJEA 4WM2A 1QQYA 5LXWA 5B1FA 1WVUA 1GBXA 1YQVY 3CT0A 1IWZA 1B5VA 1JJ3A 1B9OA 4WLXA 3AZ5A 4WM1A 1BB5A 2BQJA 4GN3A 1BWJA 1GE2A 1NDGC 3ZEKA 1JJ1A 3MGWA 5LINA 2MEHA 2BPUA 2ZILA 4WOAA 2ZIJA 1GFUA 3D9AC 1LJGA 5L9JA 1DPWA 3A96A 2EKSC 2MEDA 3CSZA 4KL7A 4B4JA 1LSAA 1JHLA 1DI4A 2W1XA 1J1XY 133LA 207LA 1JIYA 1IP1A 4RW1A 4WO9A 1VEDA 1HF4A 3TXIA 4H9HA 1JKDA 1VDQA 1GF4A 3CB7A 2YBNA 1NBYC 2ZNWY 3A94A 1RFPA 2C8PA 4I0CA 1V7TA 1UUZC 1QIOA 1UIHA 1YROA 3TXJA 1FLWA 1IC7Y 2FYCA 4NHQA 1IC4Y 1NDMC 1WQNA 4LYZA 4OOTA 4NGLA 3TXFA 2W1LA 4ANRA 4TSBA 1B5YA 1YKXX 1IP3A 4KT3A 1XGRC 4LT3A 1NF5A 1HHLA 1LSNA 1CJ7A 1YL1X 3A6CY 1T6VL 4LT2A 5LYTA 2YBHA 3RW8A 3EO5A 5FHWA 5FSTA 3TXKA 5AMYA 2EIZC 2BQCA 3LZTA 1LJIA 1GFAA 4OOOA 3AGHA 5FDJA 1JTOL 2MEAA 4H9CA 1UIAA 2ZWBA 2PC2A 4HJYA 4H9IA 1A2YC 1TCYA 3AZ7A 3EXDA 4GCCA 3WUAA 3ZVQB 3D3DA 1J1PY 5HNCA 1BWHA 1CJ6A 1ZV5L 5L3IA 5E4PA 1JSFA 1IOQA 5I4YA 5LAFA 3G3BB 1GE0A 4G9SA 1LMAA 2DQCY 1G7HC 4PGJB 4WO6A 1LJ3A 2I6ZA 2YBJA 1XGQC 1XSFA 4N9RA 1GXV2 1KXWA 1LPIA 2HEBA 1LYSA 154LA 2YDGA 3FE0A 3B0IA 1WQQA 2W1YA 4BAPA 9LYZA 1EQ4A 4WMGA 4RLNA 1B5WA 4H90A 1WVVA 3QE8A 1HFZA 3P68A 5LVIA 4PRUA 1LHHA 5HMJA 5KY1A 4QY9A 3A6BY 3HBDA 4FJRA 3WPLA 5KXSA 1LJNA 1QUTA 1UIEA 4PRQA 4XJFA 3TMUA 1GB7A 4NSGA 3CSQA 5I5QA 2BQAA 3AW7A 3W6FA 3LHMA 3OJPA 2LYMA 1LCNA 3TXGA 4H93A 3WU9A 4NGYA 5HMVA 6LYZA 1E8LA 4H92A 1TDYA 3WW5A 4XENA 5KXMA 2DQIY 4PHIA 1JKAA 1LMNA 1PS5A 2XJWA 5LA8A 4XADA 1YL0X 1NWGA 5DL9A 2DQAA 3A91A 1EQ5A 1BVXA 1LSMA 2B5ZA 2LZ2A 4GN4A 1JJ0A 1FLUA 1DI5A 3E3DA 4C3WA 2C8OA 1F6RA 1VDPA 3N9CA 3BKHA 1GHLA 4H94A 4B4IA 2YBIA 1HENA 1GFHA 3WPJA 4DDCA 1BHZA 4OWBA 2HECA 1B2KA 1C45A 2NWDX 5KXRA 2BQEA 1YKYX 1IWTA 1TBYA 3BKVA 1VDTA 1NBZC 1SQ2L 1GB5A 4Z46A 1GF6A 1OUCA 4DD2A 4DDBA 3A34A 3FI7A 3IWRA 1LJFA 3N9AA 5EBHA 4XJBA 4TUNA 1IOSA 2ZQ3A 1LZCA 1YAQA 4NGKA 3TXEA 2FYDA 1JKBA 4ML7A 1LMQA 5B06A 1GF8A 2F30A 4HTKA 193LA 1GB0A 2HU3A 3N9EA 4YEOA 1DKKA 5T3FA 1LZYA 1IP2A 1LZAA 4N1EI 4J0LA 1GBOA 1CJ9A 1LAAA 3WYHA 2YBMA 4PJ2C 1GE3A 5LYMA 1HEOA 4GCFA 5B05A 2Z18A 1D0KA 4TX7A 2HU1A 7LYZA 5I4XA 5I54A 2HUBA 1IP7A 2DQFC 1AT6A 1GFTA 1YANA 1YAPA 1SLYA 1YKZX 3A67Y 1C10A 5FEKA 1OQMA 6LYTA 2EQLA 3A95A 1GDWA 4MSTA 3RZ4A 153LA 1MELL 1RI8B 1DXJA 1OUFA 2XBRA 2ZYCA 1TAYA 2H5ZA 1G7JC 1LZ8A 1UIFA 1ZVHL 1V7SA 3WVXA 2IFFY 2BQMA 2H9KA 4WLDA 3LZ2A 3IJVA 1HEWA 3M3UA 1KIQC 3QY4A 4G4CA 4LT0A 1JEFA 1JITA 1GF7A 2Z37A 1B7NA 4H9BA 3TMVA 1GPQC 1G7MC 1GXXA 4YEMA 2D4KA 4NG1A 5APDA 5B59A 1F6SA 1GEZA 4WM3A 4ETDA 5APCA 3AZ6A 5KKJA 1UA6Y 3P4ZA 1OP9B 1ZMYL 3OK0A 3CSRA 4QEQA 4AGAA 4EOFA 3WVYA 1GFJA 1HC0A 4OW1A 4O34A 1HSXA 1XEJA 1D0LA 1WQOA 4DT3A 1B7QA 1LSCA 4R0FA 1QTKA 2DQDY 3WL2A 1IWVA 1B5XA 3QNGA 1HEQA 1LOZA 4HJVA 5I53A 5HNLA 3GXKA 1LSGA 4BADA 1IR9A 2BLXA 3W6CA 1HEPA 2DQGY 1GDXA 4GLAA 5C6IA 3AGGG 3F6ZA 4J1BA 4NIJA 1REZA 4TWSA 2BQGA 1JUGA 4BAFA 1QUSA 4H9AA 1IR8A 4NGJA 1FBIX 3AGIA 4DWXA 1GF5A 1LSPA 4HPIA 4CFPA 2YBLA 3LYTA 1IWYA 2BQBA 2H9JA 3G3AB 1EL1A 3TXDA 2MEEA 1LYYA 5C6LA 1I1ZA 1LHLA 1B7LA 4D9ZA 1UACY 1XGUC 2VB1A 4NGZA 2BLYA 1HMLA 1I56A 4DD0A 4GN5C 2F4AA 4XJGA 5F14A 3WH1A 1FKQA 1GB9A 2BQHA 4FDYA 1GFGA 1F10A 1IORA 1D6QA 1LMTA 1IIZA 1LSFA 1YAOA 3KAMA 1YIKA 1IC5Y 2MEBA 1UCOA 1UIBA 5I4WA 5KKIA 1KXYA 4NSIA 5J7CA 1PZYA 4XJDA 3W3EA 4EMNA 2DBTA 1I20A 5FELA 1LMCA 3ZVQA 134LA 3WW6A 3P66A 5APFA 3A3QA 2RSCA 4W96A 1EQEA 1GAYA 2CJLA 3VWOA 4NHPA 2MEGA 4DDAA 3AB6A 4GLVA 1LHMA 3LYZA 1BQLY 5KXPA 5M1YA 3CT5A 1IX0A 1W6ZA 1GBWA 1FLYA 3HFMY 4W94A 1CKHA 1B7OA 2ZIKA 3B6LA 2Z2FA 4X3BA 5B07A 1LZ5A 3A93A 4U3XB 2LYOA 4IASA 5IDDA 132LA 135LA 1XEKA 2W1MA 2YSSC 4G4HA 5KJ9A 4KXIA 4WG7A 4WLYA 4NHSA 1GFVA 2HEEA 1BB3A 4HV1A 4GCBA 1BB4A 1IWWA 5K7OA 5LYZA 1LZTA 3A92A 1H6MA 1IY3A 2BQIA 2Q0MX 4LFPA 2DQEY 4LYTA 194LA 1QSWA 1RJCB 1HFYA 4LYCA 4OWHA 4P2EA 1BWIA 1QTEA 1OUJA 5KXZA 3TXHA 4YENA 3EMSA 4NFVA 2LYZA 1IVMA 1NKHA 1BGIA 2Z12A 3AYQA 2LHMA 5LA5A 1LJKA 2HEDA 4YM8A 1GB6A 5KXKA 1DQJC 2HTXA 2BQKA 1H87A 2ZYPA 4NGIA 1LJJA 5FCPA 5LVHA 5D5CA 2MEFA 3CT1A 5DN5A 1N4FA 2MECA 5JENB 4E3UA 1IY4A 1D0MA 1JPOA 5LVGA 4J1AA 1KXXA 3J6KA 4Z41A 1LZNA 3LYOA 3W6DA 3GXRA 4XN6A 3P65A 4ETBA 1C7PA 4ET9A 4HPEA 3WULA 1GE4A 2I25L 4GCDA 4UWVA 1WQMA 1FKVA 1IEEA 1XFPL 4WG1A 4NEBA 2WARA 2Z38A 3P64A 1IP5A 1LZRA 4II8A 4R6CA 1GWDA 1FDLY 3A3RX 1UIDA 3B0OA 4YF2A 4HV2A 4WM6A 2LZTA 5IHGA 2CWIA 3M18B 1GE1A 2BQDA 2F4GA 1HMKA 4Z3MA 3RNXA 2XBSA 1LZGA 3WMKA 5HLLA 4RDSA 4OWAA 5KXYA 2DKVA 5L3HA 4NSHA 4HP0A 4DD1A 4LFXA 3WUMA 4ZFPA 2Z2EA 4LYBA 4AXTA 1REYA 4NGWA 1ALCA 1CKDA 1TEWA 1RCMA 2FBDA 5DM9A 4TTDA 3AW6A 1D6PA 1CJ8A 5D5FA 1B5UA 4QGZA 1FN5A 1NMMA 1DPXA 1OUAA 1NHEA 1UICA 4G49A 2A7DA 4NY5A 8LYZA 2G4PA 5KXTA 1QSAA 3WUNA 5LVJA 1LSBA 1G7IC 2ZQ4A 1GBZA 1GFRA 1RE2A 4NGOA 3B0KA 1CKGA 3A90A 3ATOA 4CJ2A 1T3PA 4B1AA 4RLMA 1LYZA 4J7VA 1HERA 1KIPC 1BVKC 2I26L 2X0AA 4WL6A 4CFOA 3A8ZA 1IP6A 1LSDA 1VDSA 5LVKA 1JSEA 1JWRA 4IJ4A 5ILCA 1OUIA 4XYYA 4ZEEA 1LZBA 1GB2A 4Z98A 1LJHA 1AM7A 5KXNA 1LZ9A 1A4VA 1WQRA 1C08C 3K3TA 4ETCA 3TMXA 1AKIA 1F0WA 1VFBC 4HTQA 4NG8A 2FBBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L54A 2ANVA 221LA 1UIGA 2EPEA 3HBHA 4WM5A 4L41A 4E97A 1GB3A 3ULRA 2RBPA 229LA 4ARMB 1LYDA 3CDOA 1B7MA 1HEMA 4YOPA 4LZTA 1LZEA 1IOTA 3HTFA 1WTHA 3L2XA 1IR7A 1JISA 215LA 1L88A 1SX7A 1L73A 3LN2A 4XJHA 1LYOA 1L0KA 1G1WA 5KXLA 1B5ZA 1GEVA 1LYGA 1W08A 4WLTA 5F9XA 1NQIA 188LA 4W59A 2G4QA 140LA 3C7YA 2AUBA 1O23A 2RB2X 4MR1A 1DZBX 1AZFA 4NSJA 4XJIA 4I7TA 5APEA 1C43A 3GUNA 1G06A 1AT5A 1P37A 1ZVYB 3WXTA 2BQOA 2B74A 3HTBA 4H8YA 4N5RA 4PPOA 1XEIA 1L09A 4IAPA 4DD9A 1OUDA 1L14A 1L83A 4BS7A 4LDLA 2D91A 3TMWA 4DD7A 1YILA 5KXXA 1B0DA 1LZ6A 4EPFA 3WU8A 1LJ4A 4WM2A 5B1FA 1WVUA 1GBXA 1SSWA 3L64A 1B9OA 4WM1A 2LC9A 1BB5A 4GN3A 103LA 1NDGC 3ZEKA 2BPUA 3HUQA 1GFUA 3K2RA 4LZMA 170LA 2OTYX 1DI4A 3D4SA 1IP1A 1L08A 4RW1A 4WO9A 158LA 1QTZA 4OO9A 1GF4A 197LA 1V7TA 1UUZC 1UIHA 115LA 1IC4Y 1NDMC 4LYZA 4OOTA 2W1LA 1IP3A 1NF5A 1QTVA 1LGXA 4LT2A 4YX7C 1G0JA 2YBHA 3TXKA 3HU8A 236LA 5AMYA 4OOOA 261LA 1UIAA 1A2YC 3AZ7A 1L42A 183LA 2B6WA 1ZV5L 1IOQA 5LAFA 3G3BB 1D2WA 4G9SA 1LMAA 2I6ZA 1KXWA 4ARMA 2YDGA 3B0IA 3HT7A 2W1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4C5F A;  1GAZ A;  2BQL A;  4HJZ A;  4KPM A;  3WPK A;  5DLA A;  4LT1 A;  4NHI A;  1JTT L;  3IJU A;  4ET8 A;  4H8Z A;  3HBE X;  5A3Z A;  1UIG A;  1LZ4 A;  2EPE A;  4OWE A;  1GBY A;  2CDS A;  1WTM A;  1B7P A;  5F16 A;  1GF3 A;  2Y8P A;  1D9U A;  3HBH A;  4WM5 A;  5II3 A;  4B49 A;  1JKC A;  1LZS A;  1HFX A;  4L41 A;  1GB3 A;  4LYM A;  3ULR A;  4H1P A;  1JTP L;  3WU7 A;  1OUE A;  3WXU A;  5LIO A;  4B0D A;  1B7M A;  1IWU A;  1FLQ A;  3W6B A;  2Z39 A;  1HEM A;  2N5Z A;  4MCK A;  4H9E A;  4YOP A;  4LZT A;  2G4N A;  1LZE A;  1IOT A;  1HNL A;  1GB8 A;  1LKR A;  2DQH Y;  1WTN A;  4H91 A;  4NGV A;  1IR7 A;  1JIS A;  2HEF A;  4TSC A;  4DC4 A;  1CKC A;  2CGI A;  5ILF A;  3ATN A;  4OWC A;  1Z55 A;  1LSE A;  4M4O A;  5HQ1 A;  5E9R A;  3B72 A;  2D4I A;  1G7L C;  4NWE A;  1IOC A;  1J1O Y;  3LN2 A;  4XJH A;  3RU5 A;  1GD6 A;  1LYO A;  1XGT C;  1UC0 A;  2Z19 A;  5DN4 A;  4N8Z A;  5KXL A;  1B5Z A;  3AJN A;  4DD3 A;  1GEV A;  2YVB A;  1W08 A;  1GF0 A;  1REX A;  3J4G A;  1XGP C;  4QDN A;  4H9F A;  4WLT A;  4WM4 A; 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 3LYO A;  3W6D A;  3GXR A;  4XN6 A;  3P65 A;  4ETB A;  1C7P A;  4ET9 A;  4HPE A;  3WUL A;  1GE4 A;  2I25 L;  4GCD A;  4UWV A;  1WQM A;  1FKV A;  1IEE A;  1XFP L;  4WG1 A;  4NEB A;  2WAR A;  2Z38 A;  3P64 A;  1IP5 A;  1LZR A;  4II8 A;  4R6C A;  1GWD A;  1FDL Y;  3A3R X;  1UID A;  3B0O A;  4YF2 A;  4HV2 A;  4WM6 A;  2LZT A;  5IHG A;  2CWI A;  3M18 B;  1GE1 A;  2BQD A;  2F4G A;  1HMK A;  4Z3M A;  3RNX A;  2XBS A;  1LZG A;  3WMK A;  5HLL A;  4RDS A;  4OWA A;  5KXY A;  2DKV A;  5L3H A;  4NSH A;  4HP0 A;  4DD1 A;  4LFX A;  3WUM A;  4ZFP A;  2Z2E A;  4LYB A;  4AXT A;  1REY A;  4NGW A;  1ALC A;  1CKD A;  1TEW A;  1RCM A;  2FBD A;  5DM9 A;  4TTD A;  3AW6 A;  1D6P A;  1CJ8 A;  5D5F A;  1B5U A;  4QGZ A;  1FN5 A;  1NMM A;  1DPX A;  1OUA A;  1NHE A;  1UIC A;  4G49 A;  2A7D A;  4NY5 A;  8LYZ A;  2G4P A;  5KXT A;  1QSA A;  3WUN A;  5LVJ A;  1LSB A;  1G7I C;  2ZQ4 A;  1GBZ A;  1GFR A;  1RE2 A;  4NGO A;  3B0K A;  1CKG A;  3A90 A;  3ATO A;  4CJ2 A;  1T3P A;  4B1A A;  4RLM A;  1LYZ A;  4J7V A;  1HER A;  1KIP C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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