1LYEA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIVKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyeA00
155LA 1L84A 1C60A 104LA 1L16A 1C69A 239LA 1DYAA 1LI3A 197LA 1NHBA 229LA 2OE7X 1C63A 3C8RA 1I6SA 128LA 1G0JA 1L64A 205LA 1L18A 226LA 1L30A 1LGWA 1G0LA 1L08A 1L55A 144LA 180LA 3SB5A 2O7AA 3FA0A 114LA 1ZWNA 4EPIA 1P6YA 3HU9A 146LA 186LA 1C67A 3C7WA 2B7XA 1L28A 1XJTA 3HTBA 1L25A 1L39A 4I7MA 2Z6BA 2HULA 4DJHA 2F2QA 1G1WA 1L99A 1QSBA 4ZPUA 152LA 3SB9A 1L54A 2B75A 2CUUA 1CV1A 1DYGA 4GBRB 4PJZA 3UONA 3FADA 2B6TA 4W59A 1L35A 4PK0A 3GUPA 3DN3A 4LDLA 1ZYTA 230LA 4IAPA 2B74A 200LA 3DN6A 1LYHA 2RBPA 3G3VA 1L81A 3D4SA 2QARC 2B70A 1CV5A 3RUNA 1L49A 2O4WA 109LA 172LA 3GUIA 3OE8A 1L91A 2RBQA 4ARJA 2RB0X 142LA 1L43A 3C7ZA 1D3NA 125LA 234LA 1L23A 1OWZA 1L57A 1CV3A 2RBNA 1P56A 3PDSA 4I7QA 1QT8A 1L56A 2F32A 1QUGA 1LPYA 4ARQB 4OO9A 231LA 168LA 258LA 3GUMA 3HT9A 1T6HA 1QUDA 215LA 1PQDA 1CV4A 1EPYA 4ARMB 149LA 3OE0A 3LZMA 241LA 2B6YA 120LA 1L69A 224LA 170LA 1L19A 4YXAC 1QTBA 2RBOA 1L70A 1L59A 183LA 3HT6A 1L83A 174LA 221LA 181LA 3DMZA 2QB0B 3SN6R 1C6NA 1PQJA 140LA 3HUAA 4W56A 1KW7A 262LA 185LA 211LA 1SX7A 1L60A 2Q9EA 4LDEA 163LA 3QAKA 1CU0A 1L13A 1LI2A 3NY9A 165LA 2HUMA 1L97A 225LA 2B73A 1D3FA 1LGXA 1OYUA 227LA 2RBRA 1CVKA 1SWYA 4ARPA 244LA 1CX6A 1C6BA 1L00A 261LA 1L71A 252LA 1L29A 1G0PA 214LA 3C82A 3G3XA 1L76A 198LA 110LA 189LA 1L80A 1L14A 3DMVA 249LA 1L15A 1L63A 3CDOA 1L21A 4LZMA 1L96A 1L20A 1D3JA 4I7PA 1QS5A 190LA 1L44A 126LA 1PQKA 3L2XA 2B72A 1L58A 1DYEA 158LA 2OTZX 1L32A 3DNAA 1T8FA 3L64A 1DYCA 199LA 1L86A 1C66A 1C6LA 3SBAA 175LA 1L41A 7LZMA 4I7SA 209LA 243LA 4I7KA 2OE9X 1C65A 217LA 2LCBA 4W52A 2RH1A 4ARLA 3DMXA 1CU3A 1L77A 1L09A 1QSQA 1C6AA 3DN8A 159LA 1OVJA 1D9WA 251LA 1P36A 1L10A 2L78A 148LE 112LA 1G07A 1L38A 3PBLA 164LA 1QTVA 1T8AA 2B6WA 3CDQA 1L94A 3HU8A 3CDVA 1C6PA 1L61A 1P64A 1L46A 1L74A 3HH5A 1L67A 3HDEA 3NY8A 1C6DA 195LA 115LA 1L66A 1QS9A 1L65A 3HT7A 1L31A 2RB2X 223LA 1C6KA 3FI5A 178LA 141LA 3HUQA 1G06A 1KNIA 1L82A 1SX2A 1L89A 1LLHA 150LA 1SSYA 1L53A 1L93A 1ZURA 3SB8A 1L36A 176LA 4I7OA 1L12A 4EKPA 169LA 1LYEA 2NTGA 1C6MA 1L51A 2RAYX 1C6GA 1OVKA 2Q9DA 4W57A 245LA 1G0GA 2LZMA 113LA 4GRVA 129LA 3C8SA 1L52A 2RAZX 2RB1X 3DN1A 4W54A 1QT3A 3GUKA 1C64A 3HTGA 4LDOA 1CX7A 4YX7C 1LWKA 1L42A 3VW7A 1CUPA 201LA 6LZMA 3DKEX 4EXMA 1KY1A 107LA 147LA 3CDRA 1C6JA 1QTHA 3RZEA 237LA 1C6IA 242LA 3HT8A 102LA 1DYFA 3CDTA 1LYGA 2HUKA 1L03A 259LA 151LA 1KY0A 1XJUA 3C80A 1DYBA 3EMLA 3GULA 3NYAA 1D3MA 1LYDA 137LA 250LA 103LA 1LWGA 1JTMA 256LA 2RBSA 3HH6A 3G3WA 1JQUA 1KS3A 1PQIA 1L01A 206LA 119LA 1G0KA 1L22A 1LW9A 1T97A 1LYFA 1L68A 161LA 1L75A 111LA 1L04A 3F9LA 1L06A 2F47A 3C8QA 3OE6A 4I7RA 1L26A 171LA 3C7YA 228LA 1QTCA 1LYIA 222LA 131LA 1L47A 1D2YA 1P46A 1C6QA 3DN2A 1B6IA 1D2WA 118LA 123LA 240LA 156LA 1L0JA 1OVHA 1G1VA 3C81A 1L27A 1SWZA 3HTFA 216LA 2OU9A 1L72A 3HH4A 4I7JA 1L90A 257LA 3GUNA 246LA 188LA 122LA 1L05A 1QT5A 3GUOA 2A4TA 1L85A 220LA 1P2RA 1PQMA 212LA 1QUOA 1WTHA 1QTZA 157LA 173LA 1C6HA 1P2LA 1CV6A 1L62A 4EPFA 1CU5A 2ANVA 4EKSA 4K5YA 4S0WA 1C68A 232LA 2B6XA 2NTHA 218LA 1CUQA 1SSWA 1C6TA 1L95A 1C6CA 162LA 4ARQA 1G0QA 3K2RA 4E97A 1L40A 1LYJA 2O79A 3HUKA 184LA 1P7SA 1L88A 1L37A 1L98A 1LI6A 2OE4X 3F8VA 4W55A 2IGCA 4AQNA 182LA 1CTWA 1QT6A 3V2WA 236LA 1KW5A 210LA 4ARMA 130LA 219LA 1L0KA 3ODUA 4DAJA 3DN0A 3SBBC 2B6ZA 143LA 187LA 233LA 238LA 196LA 1TLAA 4I7LA 192LA 1DYDA 1XEPA 3HDFA 4YXCA 247LA 1K28A 177LA 2OTYX 1PQOA 3SB7A 3DN4A 1QT4A 1OV5A 1L92A 1QTDA 248LA 1L87A 1C61A 1L45A 191LA 2ANXA 213LA 1L11A 5I14A 1G0MA 4W53A 2OU8A 4EKQA 1L50A 138LA 1C6EA 3HWLA 160LA 4DKLA 3OE9A 3SB6A 1QUHA 4EJ4A 1P5CA 1C6FA 4W58A 3HTDA 254LA 167LA 3C83A 4I7TA 260LA 166LA 1L02A 1CV0A 1L79A 4I7NA 1L24A 4EKRA 1C62A 1CU6A 235LA 3GUJA 108LA 3V2YA 3JR6A 139LA 1L34A 127LA 1LGUA 1L48A 1OWYA 4W51A 1CU2A 255LA 1P37A 2LC9A 2OEAX 1T8GA 145LA 1JTNA 1QT7A 5LZMA 253LA 1L07A 1L73A 1L33A 1L17A 1OV7A 1P3NA 2OU0X 3HH3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
155LA 4I8SA 3TXJA 1XFPL 1C69A 2AUBA 1GFKA 1GB7A 1GEZA 4HPIA 3A92A 1IR7A 194LA 1L18A 3W6FA 5F9XA 2CGIA 4RLNA 5LVGA 1C46A 1LJNA 4H8XA 144LA 3SB5A 3FA0A 1GF6A 4DD9A 4XADA 5LVHA 3A96A 186LA 3G3AB 1JIYA 1C67A 2ZWBA 4I7MA 2YBHA 2CJLA 2HULA 1L99A 1PS5A 1QIOA 1ZVHL 1L54A 2CUUA 4TTDA 3RNXA 1INUA 1LHMA 5B06A 4U3XB 1J1PY 4IAPA 4YOPA 2B74A 5L3HA 1PZYA 1HEWA 5DLAA 1FBIX 1IORA 2XTHA 1LZ9A 4WLYA 3RUNA 1IOSA 1LHLA 2RBQA 2RB0X 1YANA 234LA 1NHEA 4DQJA 1AT6A 2BLYA 1L56A 2F32A 4GCEA 1LPYA 1W6ZA 1LYYA 2W1YA 1LSFA 1I20A 1B5ZA 1T6HA 2HTXA 1QUDA 1JJ1A 5F81A 5DL9A 1EPYA 4CHXA 4WM4A 4M6DA 120LA 5KY1A 1L69A 3TMVA 1AZFA 4G9SA 5DN5A 5HQ1A 2BQDA 2QB0B 1C6NA 140LA 1KW7A 185LA 211LA 2HEEA 1L60A 4OWAA 2DQGY 4UWVA 1VFBC 3AGHA 163LA 1CU0A 1L97A 2G4QA 1G7LC 1F6SA 1LGXA 227LA 1VDPA 244LA 1EQ4A 1YAMA 3RU5A 1L29A 4WL7A 214LA 4WO9A 4QDNA 1L63A 3AW7A 1P2CC 4I7PA 190LA 4Z41A 2B72A 1GF9A 2VB1A 1T8FA 1OUIA 1KIQC 3L64A 4NY5A 1B5XA 1OUCA 1LZ5A 3LZ2A 133LA 2BQIA 2IHLA 1XEIA 4J0LA 217LA 1GF4A 4H8YA 1GE1A 1XEKA 1CU3A 1B5VA 1L77A 1QSQA 3DN8A 1OVJA 2HUBA 4LYTA 5LIOA 4BAPA 164LA 4NGIA 2BPUA 3HU8A 1IP1A 3CDVA 1C6PA 1L74A 4HV1A 3WU7A 4R0FA 3WH1A 1IP7A 1WQQA 4MSTA 5FSTA 3HT7A 1L31A 1QUTA 2RB2X 1C6KA 1CKGA 1IWZA 2MECA 3AZ4A 5C6LA 3HUQA 9LYZA 2H5ZA 1KNIA 1L82A 4NHSA 1JTOL 1LLHA 4DDCA 1L53A 3QY4A 3SB8A 1L36A 1LMAA 1G7MC 4ETCA 4I7OA 4TX7A 2NTGA 1NKHA 3VWOA 1C6GA 2Q9DA 1G0GA 4WM1A 4CJ2A 4P2EA 5F9UA 2YBNA 1LTMA 1QTEA 2RAZX 1G7HC 5B07A 4YX7C 3VW7A 1GB6A 1KY1A 3RZEA 1C6JA 1QTHA 6LYTA 1HSWA 4OOOA 2HEAA 1C6IA 102LA 1B7OA 1LYGA 4C3WA 2HUKA 151LA 2BQBA 3D3DA 4H9HA 3M18B 4QEQA 250LA 1XEJA 4L41A 1LZBA 2RBSA 1JQUA 1J1XY 1L01A 1N4FA 3A6CY 4NGZA 119LA 4OW1A 1L22A 1CJ6A 5KKJA 2F30A 4Z3MA 1OUGA 5DM9A 4DYGA 2DKVA 1L04A 3F9LA 5C6JA 3C8QA 3AZ7A 3OE6A 1L26A 171LA 3CSRA 5FELA 131LA 1L47A 3ZVQB 4DWXA 4NEBA 1A4VA 1C43A 123LA 5L9JA 1L27A 4HP0A 216LA 2OU9A 1L72A 1EQ5A 3HH4A 4I7JA 1L90A 246LA 122LA 1L05A 4B0DA 4H9AA 1ALCA 1P2RA 4NHIA 1WTHA 3AYQA 4N1EI 4UWNA 1VAUA 1J1OY 4EPFA 1XSFA 4K5YA 4S0WA 3TXKA 4WM6A 1YIKA 1UIHA 1GB0A 2B6XA 1JSEA 1C6CA 1G0QA 4E97A 1GXXA 1LYJA 4YEOA 1P7SA 2F2NA 2LYZA 1YKYX 3D9AC 2IGCA 4AQNA 1DPWA 5KXTA 1KW5A 1HFZA 130LA 2EQLA 3ULRA 3ODUA 3EXDA 1REXA 1IP4A 233LA 4I7LA 4H93A 4Z46A 1XEPA 1KXXA 2Z39A 177LA 1PQOA 2DQJY 3SB7A 2NWDX 2YBLA 1L87A 2XBSA 2ANXA 213LA 1LMQA 1G0MA 3GXKA 4W53A 1G7JC 5KXYA 1GF7A 4ETBA 1LZGA 4DD1A 1C6FA 132LA 5L3IA 254LA 4X3BA 2BQMA 166LA 3ATNA 4QGZA 1TCYA 1C62A 139LA 1B7QA 4WG1A 1LGUA 4NSJA 4HSFA 2LC9A 2OEAX 1T8GA 3AZ5A 5B05A 1GF0A 1L33A 1D0LA 1OV7A 3HH3A 1LSZA 1GF8A 1L84A 1F10A 4H91A 1C60A 1E8LA 4NIJA 4W94A 4J1AA 1BVKC 4WMGA 4GLAA 2I25L 3P65A 3HBEX 3W6BA 197LA 3GXRA 4NG8A 4DQ7A 5KKIA 2ZQ4A 1G0JA 4I0CA 1HEQA 1CKFA 1WTNA 3WPJA 1DPXA 1C7PA 5APDA 4N1CC 4H1PA 2D91A 3HU9A 146LA 3C7WA 2B7XA 1XJTA 4RLMA 1L25A 1L39A 4DJHA 1HFXA 1LSPA 1QSBA 4ZPUA 152LA 3SB9A 3TXIA 1YILA 4GBRB 3T36A 4NGOA 1HENA 2DQDY 3UONA 3W6AA 3FADA 4W59A 1L35A 1OUDA 3GUPA 1D0KA 1DXJA 1XGTC 1ZYTA 230LA 3FE0A 3A94A 3A3RX 5LA5A 1T6VL 2HU3A 3DN6A 3G3VA 1L81A 1GFRA 3D4SA 2B70A 4Z98A 1Z55A 1UA6Y 4RW2A 1ZVYB 1D3NA 125LA 1GE0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 155L A;  4I8S A;  3TXJ A;  1XFP L;  1C69 A;  2AUB A;  1GFK A;  1GB7 A;  1GEZ A;  4HPI A;  3A92 A;  1IR7 A;  194L A;  1L18 A;  3W6F A;  5F9X A;  2CGI A;  4RLN A;  5LVG A;  1C46 A;  1LJN A;  4H8X A;  144L A;  3SB5 A;  3FA0 A;  1GF6 A;  4DD9 A;  4XAD A;  5LVH A;  3A96 A;  186L A;  3G3A B;  1JIY A;  1C67 A;  2ZWB A;  4I7M A;  2YBH A;  2CJL A;  2HUL A;  1L99 A;  1PS5 A;  1QIO A;  1ZVH L;  1L54 A;  2CUU A;  4TTD A;  3RNX A;  1INU A;  1LHM A;  5B06 A;  4U3X B;  1J1P Y;  4IAP A;  4YOP A;  2B74 A;  5L3H A;  1PZY A;  1HEW A;  5DLA A;  1FBI X;  1IOR A;  2XTH A;  1LZ9 A;  4WLY A;  3RUN A;  1IOS A;  1LHL A;  2RBQ A;  2RB0 X;  1YAN A;  234L A;  1NHE A;  4DQJ A;  1AT6 A;  2BLY A;  1L56 A;  2F32 A;  4GCE A;  1LPY A;  1W6Z A;  1LYY A;  2W1Y A;  1LSF A;  1I20 A;  1B5Z A;  1T6H A;  2HTX A;  1QUD A;  1JJ1 A;  5F81 A;  5DL9 A;  1EPY A;  4CHX A;  4WM4 A;  4M6D A;  120L A;  5KY1 A;  1L69 A;  3TMV A;  1AZF A;  4G9S A;  5DN5 A;  5HQ1 A;  2BQD A;  2QB0 B;  1C6N A;  140L A;  1KW7 A;  185L A;  211L A;  2HEE A;  1L60 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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