1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
2RBOA 219LA 137LA 160LA 4YXCA 3HT8A 1CV0A 3HH4A 167LA 3NY8A 2F47A 1OV7A 3HT9A 2RBPA 3DN2A 4W52A 1P37A 1QUGA 2RAYX 149LA 4I7TA 4EPFA 1L12A 2QARC 2IGCA 1L83A 1L76A 251LA 3DMZA 4EKQA 1QT8A 4I7OA 4K5YA 3OE0A 3DN8A 3D4SA 3SBBC 2O79A 1L31A 211LA 1LYIA 1L62A 2OTYX 4OO9A 1L77A 221LA 3HWLA 1L21A 4ZPUA 214LA 3OE9A 190LA 1L22A 4I7QA 1CU5A 1L00A 155LA 178LA 1LGXA 1LYFA 3DN0A 235LA 4AQNA 1T6HA 1C68A 1OYUA 234LA 3NYAA 3FI5A 3GUMA 2OE7X 164LA 1L87A 1L56A 2RBQA 1L09A 4EPIA 1L01A 1T97A 186LA 4LDLA 1L94A 3FA0A 1WTHA 2LC9A 2B73A 1PQOA 1L57A 2O4WA 131LA 1PQDA 3HDFA 122LA 1C67A 3HUKA 4I7MA 1P2LA 184LA 2B7XA 1C6JA 1L24A 4DKLA 4EKRA 2RAZX 1L74A 2RB2X 1L73A 1C6MA 171LA 2RBRA 1L92A 1KW5A 255LA 237LA 254LA 107LA 1B6IA 1G1WA 1P46A 4I7JA 253LA 3C7YA 3DMVA 141LA 158LA 3HTBA 196LA 110LA 1L80A 1L60A 1QTVA 3HU9A 3G3VA 240LA 3SB7A 1D3MA 1G0PA 129LA 3HH3A 1P64A 1LPYA 140LA 169LA 7LZMA 1CV5A 1JTNA 3L2XA 2OE9X 1L0KA 1QT4A 142LA 2RB0X 1CV4A 3OE6A 5I14A 1L85A 1L06A 3GUNA 3K2RA 1OVKA 3GUPA 1L14A 151LA 1CUQA 1L02A 1L90A 6LZMA 1L58A 4EKPA 3HT7A 185LA 2RB1X 1L15A 173LA 243LA 258LA 1C65A 157LA 125LA 3HH5A 1L40A 1L68A 3C7WA 1L10A 2OE4X 114LA 1C6DA 1LW9A 1C62A 4ARMB 1C6NA 3GUKA 1G0QA 4IAPA 102LA 1L96A 246LA 3C83A 4I7KA 139LA 2L78A 1LYDA 225LA 260LA 4I7NA 112LA 127LA 1L93A 156LA 1QT3A 2ANXA 239LA 3RUNA 1L08A 1L37A 248LA 1D9WA 1OVHA 1KS3A 1K28A 4W51A 1SSYA 192LA 1L75A 1L70A 232LA 130LA 2HUKA 123LA 1C6FA 3HTDA 1L50A 3HUAA 3G3XA 1KNIA 1L33A 2F32A 2HUMA 3PDSA 195LA 1LGUA 1P3NA 1P6YA 2B6ZA 109LA 3GUOA 165LA 120LA 1G0GA 1L41A 3CDOA 152LA 166LA 1L71A 1C6LA 250LA 2NTGA 247LA 201LA 4EKSA 3LZMA 1C6TA 2CUUA 2QB0B 3ODUA 3FADA 1C6HA 1SX2A 188LA 4LZMA 4YXAC 4DAJA 3G3WA 3OE8A 1XJUA 1PQMA 200LA 1L42A 1QUDA 1CU2A 2Q9EA 3F8VA 1CX6A 1QS5A 3SN6R 4W57A 187LA 2B75A 1ZURA 3C80A 176LA 1OVJA 3DNAA 3C8RA 2F2QA 3NY9A 1TLAA 3SB9A 257LA 183LA 256LA 1G0MA 233LA 3HUQA 3V2YA 1PQJA 2ANVA 2B6YA 1L84A 210LA 1L54A 222LA 4LDEA 206LA 1C60A 147LA 143LA 3CDRA 1DYCA 1KY1A 3DN1A 1L61A 224LA 1I6SA 2B6XA 1L36A 3GUJA 1D2YA 1G0KA 1L51A 1EPYA 138LA 3CDTA 3GULA 1L23A 1L48A 215LA 175LA 182LA 1OV5A 1L0JA 1LYHA 1D3JA 1LWGA 104LA 4ARQA 1L66A 213LA 1P2RA 197LA 1L27A 1CTWA 1L55A 1QTCA 103LA 1P56A 2RBNA 1L30A 126LA 1OWYA 1L11A 262LA 1L18A 4W59A 170LA 1LGWA 230LA 1CU3A 1L07A 252LA 3C7ZA 1L86A 1XEPA 1CV6A 2Z6BA 1C6CA 4PK0A 2OU0X 108LA 4GBRB 259LA 4W58A 1T8GA 1JTMA 1JQUA 4GRVA 1C61A 1C6EA 227LA 168LA 209LA 1L20A 4S0WA 1L16A 1QT7A 1QTBA 1C6IA 3PBLA 1G07A 119LA 3DN4A 1L13A 1LLHA 1T8FA 4I7PA 128LA 1C6GA 1DYGA 1LYEA 1QSBA 1L19A 2Q9DA 1L53A 3DMXA 1LI3A 146LA 1D3NA 150LA 226LA 1L59A 4E97A 3EMLA 1DYFA 3SB8A 1C66A 3DN3A 1L64A 228LA 245LA 113LA 1CV3A 1QTHA 1L67A 1PQIA 2OEAX 2OTZX 3DN6A 1L79A 191LA 199LA 1P36A 1CU0A 1QT6A 1L03A 220LA 2B6WA 3CDQA 1L49A 1LI6A 1L45A 1L38A 1DYBA 118LA 115LA 4EXMA 1L04A 1QTZA 261LA 231LA 1G1VA 1L95A 4ARLA 1SSWA 1LYJA 172LA 1C6PA 238LA 2OU9A 1SX7A 5LZMA 1L69A 2RH1A 1L34A 1L97A 3SB5A 1C6BA 1L47A 1C6QA 1KY0A 4W56A 3QAKA 217LA 1G0LA 1CVKA 1L44A 163LA 3SB6A 145LA 1SWYA 2NTHA 3SBAA 1G0JA 1QTDA 161LA 3V2WA 241LA 2RBSA 1L32A 1LI2A 2B74A 1C6KA 1P5CA 2B70A 2A4TA 1L05A 1L91A 1XJTA 1L65A 2OU8A 3HTFA 177LA 1CX7A 1C63A 1T8AA 1QUHA 1L89A 244LA 144LA 1DYDA 1QT5A 249LA 1CU6A 1L99A 2B72A 1DYEA 3RZEA 4PJZA 3VW7A 3JR6A 4ARJA 1DYAA 1LWKA 181LA 1NHBA 1L39A 162LA 1LYGA 3HH6A 218LA 3L64A 1C64A 3UONA 3HU8A 236LA 1L88A 148LE 1L17A 189LA 3HTGA 1L72A 4EJ4A 212LA 4ARQB 4I7SA 1L63A 4I7RA 1G06A 1C6AA 3GUIA 216LA 174LA 1KW7A 2O7AA 1D2WA 205LA 111LA 3DKEX 3C8QA 1P7SA 159LA 2LCBA 4W55A 1L82A 1ZWNA 3C81A 1QUOA 1L52A 1C69A 4DJHA 4W54A 3HT6A 1CV1A 4ARPA 4LDOA 4I7LA 4YX7C 3HDEA 229LA 1QS9A 2LZMA 4ARMA 180LA 1CUPA 1L25A 1L28A 1L35A 1L29A 223LA 198LA 1QSQA 1L43A 1L46A 1L81A 3C8SA 3F9LA 2B6TA 1D3FA 1L98A 3C82A 4W53A 1OWZA 1PQKA 1ZYTA 3CDVA 2HULA 242LA 1SWZA 1L26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PRUA 1GB8A 4HPEA 2HEFA 4GCDA 1B5VA 1LZRA 1QUGA 2RAYX 4E3UA 2QARC 1DI4A 5KXYA 3KAMA 1QT8A 1LKRA 3SBBC 3WULA 4NSGA 2HU1A 1LYIA 1L62A 1IR9A 4J7VA 1L22A 1NBYC 2BLYA 4I7QA 3QNGA 4B4EA 1DKKA 4HJZA 178LA 1LGXA 1LSBA 235LA 1T6HA 1GFEA 234LA 3FI5A 3GUMA 164LA 1L87A 3A67Y 3EXDA 4LYMA 1T97A 186LA 2BLXA 1KXWA 3FA0A 1PQOA 1L57A 1CKDA 2BQJA 1IWTA 3HUKA 1XSFA 4I7MA 184LA 2D4IA 3TXHA 193LA 1JJ3A 2RBRA 3B0KA 4R6CA 4N5RA 2LZ2A 2WARA 4QDNA 1ALCA 3DMVA 5J7CA 2W1YA 158LA 196LA 2ZWBA 4WL6A 3G3VA 2C8OA 3HH3A 1CV5A 4PHIA 3L2XA 1L0KA 1L85A 1WVVA 1OVKA 1QUTA 1CUQA 1L02A 4DD3A 4EKPA 3AZ5A 1RFPA 2RB1X 1L15A 1V7SA 125LA 3HH5A 1L68A 2OE4X 4XJDA 1NF5A 2YBHA 2F4GA 102LA 1L96A 5HQ1A 1HELA 1XGUC 4H94A 1LZCA 1CKCA 1B5XA 1ZV5L 4CFOA 4I7NA 1IWWA 1L93A 2ANXA 2Z2FA 5HLLA 1UIFA 3RUNA 1D9WA 4PPOA 1K28A 1GE1A 4W51A 5KKIA 1LZ4A 3N9EA 1LMCA 1JTTL 2HUKA 4YF2A 4DQ5A 1L50A 2H9JA 1LMPA 2F32A 4J1BA 195LA 5B59A 3WPLA 5HMVA 2B6ZA 1GEZA 4TSBA 166LA 4LYBA 1C6LA 250LA 247LA 1J1XY 3FADA 4YXAC 1OUCA 3G3WA 5LA8A 1UUZC 3OE8A 4WLYA 3AGGG 1D0KA 1OQMA 3F8VA 3LYOA 5ILCA 1CX6A 3SN6R 2Z37A 5LA5A 2X0AA 4P2EA 1GAYA 1E8LA 6LYTA 4DYGA 1EQ5A 2F2QA 3NY9A 3SB9A 5DM9A 3V2YA 4ZEEA 4BADA 1PQJA 3A6CY 2Z38A 3LN2A 1L84A 5T3FA 5I4XA 1JPOA 1L54A 4LDEA 3HBDA 143LA 1WQOA 4DD0A 1GBWA 2B6XA 1WQRA 4NHSA 1L36A 4GN3A 1EPYA 1LZDA 1CKHA 3WW6A 4WG7A 4GN4A 1HFZA 175LA 3W6EA 1OV5A 4II8A 4I0CA 4RLMA 4NGVA 1L0JA 3P65A 1XGRC 4ARQA 4HV2A 3IWRA 262LA 5I4YA 1L18A 1LGWA 5KY1A 4WG1A 2YBLA 2MEIA 3A93A 1LSFA 1HF4A 1XEPA 2BQLA 4XN6A 5LINA 4W58A 4GLAA 3TXGA 1LHJA 4H1PA 4GRVA 1FKQA 2CDSA 1IOCA 2DQHY 1C6EA 2PC2A 4H8ZA 3A94A 209LA 4S0WA 5KXRA 1QTBA 1LHHA 1I1ZA 1G07A 119LA 1T8FA 1JISA 1DYGA 1LYEA 4ETEA 4DDAA 4M6DA 4WOAA 3W6FA 4BAPA 2MEBA 4E97A 1DYFA 6LYZA 1GDXA 1C66A 4HP0A 1GB2A 2XQOA 4NIJA 113LA 5LVHA 2OEAX 191LA 4H9CA 199LA 1B5ZA 1L03A 1HHLA 220LA 3T36A 1L49A 4TSCA 1RI8B 1L38A 1D9UA 4W94A 4EXMA 1L04A 1D0MA 2VB1A 3AB6A 4NSIA 1D0LA 1BVXA 4LT2A 1AKIA 2OU9A 3WMKA 1JTOL 1IC5Y 3B6LA 1KIRC 1GXV2 3SB5A 5LYTA 5II3A 217LA 194LA 163LA 2NTHA 1G0JA 161LA 2F30A 5DN4A 2B74A 4Z41A 2XJWA 177LA 1CX7A 1DYDA 249LA 1L99A 2B72A 1HEMA 4N8ZA 3JR6A 1LWKA 181LA 1NHBA 1A2YC 1W08A 162LA 4NSHA 3HH6A 5IDDA 4H8XA 5I53A 1G7IC 1L17A 2MEHA 1L72A 1LHKA 4MR1A 1YL0X 5M1YA 4NSJA 4I7RA 1G06A 1C6AA 1LTMA 1HERA 1KW7A 1OUDA 5DLAA 1ZWNA 1DPWA 4XJHA 2BQNA 4G49A 5F9UA 3EMSA 5I54A 5DL9A 1L25A 1L35A 1L43A 3ULRA 2DQEY 3F9LA 4NHTA 1D3FA 1WQPA 3C82A 1GFRA 4R0FA 3WPJA 1OWZA 3N9CA 1PQKA 3AZ7A 3WU8A 2RBOA 4YXCA 1XFPL 4LYTA 4OW1A 1B7QA 4ETCA 1CV0A 1GAZA 1VFBC 1XEJA 3NY8A 5LAFA 1GWDA 1LSPA 2LZTA 4W52A 3W6CA 3CQLA 154LA 1UA6Y 1LJHA 5KXKA 2BAAA 1L76A 2FYDA 4EKQA 4K5YA 4I7OA 3OE0A 4ZIXA 2D4JA 5APDA 2DQAA 1GDWA 1IP5A 1L77A 214LA 3OE9A 134LA 190LA 3A34A 1L00A 155LA 1LYFA 1INUA 1IY3A 1MLCE 2LYZA 4B0DA 1OYUA 4IATA 1C45A 4LDLA 1L94A 2B73A 1GFTA 2ZQ4A 1HC0A 4TTDA 2YVBA 4G4HA 2O4WA 4GN5C 1PQDA 122LA 1C67A 2XTHA 3BKHA 2B7XA 1L24A 4EKRA 3ZEKA 2RAZX 1L74A 1C6MA 171LA 1I20A 1IORA 1L92A 2HEDA 1YANA 4CHXA 255LA 2CGIA 1GB0A 1P46A 2Z39A 4I7JA 141LA 2MEDA 5FELA 110LA 3HU9A 5KXZA 2BQAA 1LHIA 1LZ9A 1ZMYL 4GLVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PRU A;  1GB8 A;  4HPE A;  2HEF A;  4GCD A;  1B5V A;  1LZR A;  1QUG A;  2RAY X;  4E3U A;  2QAR C;  1DI4 A;  5KXY A;  3KAM A;  1QT8 A;  1LKR A;  3SBB C;  3WUL A;  4NSG A;  2HU1 A;  1LYI A;  1L62 A;  1IR9 A;  4J7V A;  1L22 A;  1NBY C;  2BLY A;  4I7Q A;  3QNG A;  4B4E A;  1DKK A;  4HJZ A;  178L A;  1LGX A;  1LSB A;  235L A;  1T6H A;  1GFE A;  234L A;  3FI5 A;  3GUM A;  164L A;  1L87 A;  3A67 Y;  3EXD A;  4LYM A;  1T97 A;  186L A;  2BLX A;  1KXW A;  3FA0 A;  1PQO A;  1L57 A;  1CKD A;  2BQJ A;  1IWT A;  3HUK A;  1XSF A;  4I7M A;  184L A;  2D4I A;  3TXH A;  193L A;  1JJ3 A;  2RBR A;  3B0K A;  4R6C A;  4N5R A;  2LZ2 A;  2WAR A;  4QDN A;  1ALC A;  3DMV A;  5J7C A;  2W1Y A;  158L A;  196L A;  2ZWB A;  4WL6 A;  3G3V A;  2C8O A;  3HH3 A;  1CV5 A;  4PHI A;  3L2X A;  1L0K A;  1L85 A;  1WVV A;  1OVK A;  1QUT A;  1CUQ A;  1L02 A;  4DD3 A;  4EKP A;  3AZ5 A;  1RFP A;  2RB1 X;  1L15 A;  1V7S A;  125L A;  3HH5 A;  1L68 A;  2OE4 X;  4XJD A;  1NF5 A;  2YBH A;  2F4G A;  102L A;  1L96 A;  5HQ1 A;  1HEL A;  1XGU C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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