1LYIA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIDKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyiA00
1L75A 102LA 3DN6A 118LA 3HT6A 1G0PA 3HTFA 1XJTA 3VW7A 1L82A 1DYAA 4ARMA 1L40A 177LA 1OVKA 1QTDA 2B70A 1SWYA 1QUDA 178LA 206LA 183LA 229LA 1XJUA 1L31A 3CDOA 2QARC 1L28A 2L78A 1OWYA 1C6MA 1L30A 2NTGA 3QAKA 3OE0A 161LA 1G0GA 3HWLA 1LYHA 188LA 1L14A 1L29A 1P2RA 2RBRA 4GBRB 242LA 1P7SA 1QS5A 1CTWA 257LA 110LA 3C7YA 175LA 1OWZA 103LA 1C6HA 1L56A 1C6AA 1LI6A 1QSBA 4ARJA 1CV1A 1L49A 3HT7A 1C6LA 4PK0A 3CDQA 3HTGA 144LA 182LA 157LA 244LA 1L62A 1LWKA 3RZEA 1LGWA 1P36A 3DN4A 4W58A 3FI5A 2OU9A 1L76A 4W59A 1C6PA 1L32A 126LA 1L90A 142LA 131LA 220LA 3CDVA 1CU0A 2B72A 1L01A 213LA 1KW5A 230LA 3DN2A 111LA 1P6YA 1LGXA 211LA 3G3WA 3HH3A 1KS3A 4IAPA 4LDLA 5I14A 2RB2X 3EMLA 1LYFA 3GUIA 1T8FA 225LA 1SSYA 2CUUA 1L71A 1L05A 108LA 1L21A 1L47A 2O7AA 219LA 3F8VA 256LA 4E97A 254LA 1G0JA 1PQKA 261LA 3PDSA 125LA 251LA 4AQNA 3SB6A 1TLAA 1SX7A 1L19A 4W52A 1CU3A 4W55A 1P64A 2RAZX 3K2RA 1L68A 222LA 233LA 167LA 156LA 1PQDA 4W51A 3GUKA 1G07A 1L66A 2QB0B 1PQIA 163LA 4I7LA 1WTHA 1L65A 1T8AA 1SWZA 221LA 4GRVA 3HH6A 1LLHA 1L50A 1CUQA 1P3NA 112LA 7LZMA 147LA 197LA 258LA 1CUPA 1L96A 1L35A 241LA 1L84A 2F32A 3NY8A 3C8RA 192LA 1L91A 1C66A 1OV5A 1L41A 2Z6BA 1C6FA 1CV4A 223LA 231LA 1L99A 3GUNA 2B75A 1LI2A 152LA 1D3NA 1L43A 1L16A 1C6JA 3HU9A 1QTCA 3L64A 3C7WA 218LA 114LA 1L09A 1L24A 127LA 1G0KA 4ARQA 1QT4A 1B6IA 2LC9A 1P37A 255LA 195LA 236LA 1L11A 109LA 4W54A 252LA 3FADA 2B6YA 228LA 3SB7A 1OVHA 181LA 3HTBA 1NHBA 148LE 189LA 246LA 1CX6A 1L13A 2O4WA 4K5YA 1L39A 4EPFA 170LA 3LZMA 1I6SA 1D2YA 1CU5A 1L51A 1KY0A 1C6CA 2RBOA 4EPIA 4LDEA 1QTHA 239LA 120LA 2F47A 216LA 260LA 1L55A 3GUMA 2LZMA 1LYGA 3OE6A 3C80A 184LA 1CV6A 4I7MA 1L25A 1OVJA 1L72A 214LA 4EKSA 1G1WA 1L46A 249LA 2Q9EA 1PQOA 1L74A 2B6TA 4YX7C 1L42A 1C6TA 1L97A 2OTYX 4YXAC 238LA 2RBPA 2A4TA 3GULA 3G3XA 1CU6A 1CV0A 1C60A 1L08A 1L06A 1CV3A 130LA 2F2QA 172LA 3ODUA 200LA 1P5CA 1LYIA 1C6GA 104LA 1C69A 1LI3A 1DYBA 187LA 1L59A 3DKEX 2B6XA 245LA 1L0JA 138LA 1L12A 4EKQA 1QUOA 1G1VA 2RBNA 6LZMA 1SSWA 3HH5A 4ARQB 1L23A 240LA 1KW7A 4ARPA 1QT5A 4EXMA 2ANXA 2RBSA 1L88A 3DN0A 1L92A 1D9WA 1L98A 2Q9DA 128LA 1L86A 169LA 4I7PA 4I7RA 1C61A 186LA 1QT8A 122LA 1L04A 1L57A 1L60A 2OE9X 1L0KA 259LA 1LGUA 3GUPA 1G0LA 1DYCA 1C6NA 1L73A 4W53A 4I7OA 1L87A 2RB0X 2OE7X 113LA 2LCBA 4I7TA 3SBBC 3V2WA 3HUAA 196LA 2O79A 3OE8A 1DYGA 1C6EA 1LYDA 2HUKA 1D3FA 1L45A 4DAJA 5LZMA 1L94A 1QS9A 185LA 1L27A 1C6QA 1PQMA 2OU0X 3UONA 1CX7A 4I7KA 1LPYA 3SB5A 4ARLA 3HUQA 1L03A 4LDOA 1L52A 176LA 3C82A 3RUNA 165LA 1L83A 1C68A 210LA 1L80A 1G06A 2OEAX 199LA 1L33A 1QUHA 2B73A 3DNAA 1LYEA 143LA 2ANVA 180LA 253LA 4EJ4A 1L64A 1ZWNA 1DYFA 1L07A 217LA 243LA 226LA 140LA 1CV5A 3F9LA 3CDRA 4S0WA 3HH4A 1QTVA 1L79A 1T8GA 232LA 2IGCA 2OU8A 1C64A 4YXCA 158LA 3SBAA 3DN3A 3SB8A 137LA 1QTBA 234LA 3DN1A 1C6KA 4DKLA 4DJHA 190LA 1D2WA 1CVKA 166LA 247LA 4I7NA 1LWGA 1JTMA 3FA0A 159LA 3D4SA 1DYDA 3DMZA 1C62A 1QT7A 1D3JA 1L18A 3DMVA 3C81A 4ZPUA 1OV7A 1L54A 3G3VA 1L15A 2RH1A 2B6ZA 1C65A 1L63A 119LA 1XEPA 3SN6R 237LA 3C7ZA 3V2YA 1QUGA 1QSQA 235LA 4OO9A 1D3MA 3NYAA 1JQUA 3SB9A 1P56A 168LA 1SX2A 198LA 4LZMA 1CU2A 1L38A 162LA 1L02A 3C8QA 248LA 1ZYTA 2RBQA 4EKRA 224LA 4W56A 1G0MA 4EKPA 164LA 1LW9A 1JTNA 1L95A 1L53A 1L20A 4I7JA 141LA 3DN8A 1L48A 4PJZA 1L58A 1L44A 4I7SA 173LA 3HDFA 174LA 1EPYA 3C8SA 1L81A 3CDTA 1C6DA 1L00A 3C83A 146LA 3PBLA 107LA 1DYEA 1L69A 1QTZA 250LA 149LA 1L85A 212LA 2OTZX 150LA 1L34A 205LA 1L61A 2OE4X 3JR6A 1P46A 1L67A 1L89A 1L22A 160LA 1L10A 1C63A 1C6BA 145LA 3HDEA 4ARMB 151LA 2B6WA 1K28A 129LA 215LA 2HULA 201LA 1T97A 1QT6A 3HUKA 1L26A 2HUMA 1PQJA 1LYJA 155LA 1P2LA 1C6IA 1L36A 171LA 3GUJA 3OE9A 209LA 1L37A 3L2XA 1C67A 1L70A 2NTHA 3GUOA 1KY1A 139LA 1L93A 3HU8A 1OYUA 1L17A 115LA 1T6HA 3DMXA 3HT9A 2RAYX 227LA 2RB1X 2B74A 1KNIA 123LA 1QT3A 262LA 3HTDA 4W57A 1ZURA 3HT8A 1G0QA 4I7QA 3NY9A 1L77A 191LA 2B7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L75A 4H92A 1G0PA 1IOQA 1L82A 1C10A 2YVBA 3QE8A 1GF5A 134LA 1SWYA 1GFTA 206LA 183LA 5HLLA 1XJUA 1B5UA 1WTMA 1IIZA 2L78A 3OE0A 2FBBA 3HWLA 4PRQA 4TX7A 188LA 1L14A 1LHKA 1B7NA 1L29A 4G49A 4WM1A 3FE0A 1P2RA 1LYSA 2EIZC 4H9CA 1QS5A 2A7DA 257LA 110LA 3C7YA 175LA 1GAYA 4YEMA 1GE0A 4LFXA 3LYOA 4J7VA 1B5YA 157LA 1L76A 126LA 4UWNA 3TXFA 2B72A 4NHPA 1WQPA 3W6EA 1GFAA 4HP0A 3HH3A 4M6DA 1LYFA 4DQ7A 2O7AA 4H8ZA 1QSWA 3A3QA 219LA 2MEAA 4GLVA 4E97A 1PQKA 4CHXA 4RLNA 4C5FA 1VDPA 1EQ4A 4C3WA 4W52A 4OWEA 2RAZX 1GE2A 222LA 1TEWA 2QB0B 1IP2A 3E3DA 4I7LA 1WTHA 2HEAA 3WUAA 4B49A 1T8AA 221LA 1LLHA 1FDLY 1L50A 1LJJA 1BQLY 4LGKA 1LZNA 147LA 4H8XA 1IOSA 1L96A 2DQCY 1L35A 1LKRA 2F32A 1LZTA 2DQDY 1T6VL 1L91A 1C66A 1OV5A 4UWUA 2Z6BA 4LT3A 5L9JA 1L99A 1FN5A 2B75A 1RI8B 4I8SA 2HECA 1LI2A 5HQ1A 1JWRA 1D3NA 4H9BA 1HHLA 3AJNA 4L41A 1CKDA 2Z19A 1QT4A 1IWYA 2LC9A 4NHQA 255LA 236LA 3A91A 4OWHA 9LYZA 181LA 2BAAA 5LXWA 4NSJA 1L13A 2LHMA 4TSBA 170LA 5M1YA 1L51A 4ETDA 2RBOA 1LHHA 1RCMA 1EL1A 1OUJA 4XJIA 2WARA 4YM8A 1IY4A 1XFPL 3AGIA 4UWVA 3A95A 1L55A 1HFZA 2F4AA 2LZMA 3C80A 1WQNA 4HJZA 1L25A 1OVJA 5KXRA 4EKSA 1UBZA 1L46A 1PQOA 2B6TA 2MEFA 1C6TA 1L97A 2ZQ3A 4KPMA 1VEDA 238LA 4WM6A 1IOCA 2A4TA 4BADA 1HEQA 1D0MA 1L08A 1L06A 5KXKA 1CV3A 130LA 1OUFA 2F2QA 172LA 1EQEA 3ODUA 1UIHA 4HTKA 1LYIA 1C6GA 1L59A 1LSEA 4DDCA 2BQKA 4EKQA 1I1ZA 1IP5A 4QEQA 4O34A 4EXMA 2ANXA 4NY5A 1WQQA 2LZ2A 3TXDA 4WM4A 1OP9B 1L98A 4N8ZA 128LA 1PS5A 4I7PA 1DPWA 4I7RA 3A94A 122LA 1L60A 3P64A 3GUPA 1DZBX 1C6NA 4W53A 4I7OA 2RB0X 1GFUA 3V2WA 1IC7Y 2F4GA 1KXWA 3WU9A 1DKJA 1LYDA 3WVYA 1L45A 1QS9A 185LA 2MEGA 3AZ6A 1CX7A 4OWCA 4I7KA 4G4HA 4NGWA 176LA 5LVHA 3C82A 3RUNA 5HNCA 1GB7A 3LYZA 2VB1A 1YQVY 1B5ZA 1LTMA 2ANVA 2BQOA 1OUAA 4EJ4A 3B0KA 243LA 226LA 4S0WA 1GFRA 1L79A 5A3ZA 5II3A 3SB8A 3DN1A 193LA 1XSFA 2FYDA 1CJ7A 247LA 5APFA 1LWGA 1UIGA 3FA0A 3D4SA 3DMZA 1B5VA 5LVIA 1HELA 1D3JA 1CJ8A 2ZNXY 1L54A 3HFMY 237LA 3F6ZA 1GDWA 1QSQA 235LA 1J1XY 1YIKA 1D3MA 3B72A 3SB9A 1P56A 168LA 2BQAA 1VATA 4LFPA 3CT1A 4X3BA 1CU2A 1L38A 1NWGA 3TMWA 1L02A 4ML7A 3ZEKA 3C8QA 1RE2A 4EKRA 2YDGA 4II8A 1V7TA 4ZIXA 164LA 4NFVA 3A96A 2Z18A 1LSFA 5I5QA 4PJZA 1L44A 2YBJA 3B0OA 1GE1A 3C8SA 1C6DA 1GXXA 3C83A 3PBLA 5KXYA 1B7PA 1L34A 1HC0A 4XJFA 3BKHA 3JR6A 1L89A 5LA8A 1L10A 1RFPA 2ZYPA 1VDQA 1GB3A 1VDTA 1LZ9A 1LJKA 129LA 215LA 201LA 2CJLA 3HUKA 4Z41A 4XADA 1GDXA 155LA 1C6IA 1L36A 3GUJA 1GFEA 4J1BA 4TSCA 2LZTA 1LSGA 2X0AA 1OYUA 3P66A 1YANA 1LMOA 2RAYX 5KXPA 2XBRA 2B74A 1KNIA 5F9UA 1QT3A 262LA 1LZ4A 1LSNA 1B0DA 1UACY 4DD0A 2H9KA 1G0QA 4I7QA 1G7HC 4Z46A 1L77A 2B7XA 1VDSA 2DQEY 1YAPA 2LYOA 3A6BY 3HTFA 2MEEA 1N4FA 3P65A 4OW1A 1DYAA 1L40A 177LA 4NSHA 1E8LA 1DI5A 2C8PA 229LA 4Z98A 5LA5A 1L31A 1LJNA 1VAUA 2QARC 4DD1A 4P2EA 1L30A 5LAFA 1XGPC 5KXTA 3TMVA 1LYHA 2Y8PA 5FDJA 2BQNA 2F2NA 4GBRB 2PC2A 5HMJA 242LA 1HMKA 2I25L 5FSTA 4YEOA 2YBNA 3WMKA 2EPEA 2DBTA 1QSBA 1JHLA 1CV1A 1B5XA 1OUDA 2D4KA 182LA 1LWKA 3P4ZA 1P36A 1GFVA 4W58A 2XBSA 2OU9A 1C6PA 1ALCA 1HF4A 142LA 1B2KA 2DQIY 131LA 1JSFA 3CDVA 1CU0A 2Z39A 1KXXA 1KW5A 230LA 3WU8A 1LZ8A 1XEKA 1GFJA 4DDBA 1BB3A 1P6YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L75 A;  4H92 A;  1G0P A;  1IOQ A;  1L82 A;  1C10 A;  2YVB A;  3QE8 A;  1GF5 A;  134L A;  1SWY A;  1GFT A;  206L A;  183L A;  5HLL A;  1XJU A;  1B5U A;  1WTM A;  1IIZ A;  2L78 A;  3OE0 A;  2FBB A;  3HWL A;  4PRQ A;  4TX7 A;  188L A;  1L14 A;  1LHK A;  1B7N A;  1L29 A;  4G49 A;  4WM1 A;  3FE0 A;  1P2R A;  1LYS A;  2EIZ C;  4H9C A;  1QS5 A;  2A7D A;  257L A;  110L A;  3C7Y A;  175L A;  1GAY A;  4YEM A;  1GE0 A;  4LFX A;  3LYO A;  4J7V A;  1B5Y A;  157L A;  1L76 A;  126L A;  4UWN A;  3TXF A;  2B72 A;  4NHP A;  1WQP A;  3W6E A;  1GFA A;  4HP0 A;  3HH3 A;  4M6D A;  1LYF A;  4DQ7 A;  2O7A A;  4H8Z A;  1QSW A;  3A3Q A;  219L A;  2MEA A;  4GLV A;  4E97 A;  1PQK A;  4CHX A;  4RLN A;  4C5F A;  1VDP A;  1EQ4 A;  4C3W A;  4W52 A;  4OWE A;  2RAZ X;  1GE2 A;  222L A;  1TEW A;  2QB0 B;  1IP2 A;  3E3D A;  4I7L A;  1WTH A;  2HEA A;  3WUA A;  4B49 A;  1T8A A;  221L A;  1LLH A;  1FDL Y;  1L50 A;  1LJJ A;  1BQL Y;  4LGK A;  1LZN A;  147L A;  4H8X A;  1IOS A;  1L96 A;  2DQC Y;  1L35 A;  1LKR A;  2F32 A;  1LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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