1LYJA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIAKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyjA00
3CDRA 1L97A 1L56A 1L19A 2OU0X 1L88A 1PQKA 103LA 3CDVA 1LI6A 1L55A 2B70A 2LC9A 2F2QA 173LA 149LA 2A4TA 3G3VA 4ARQA 1L35A 4DKLA 1NHBA 3DMZA 255LA 239LA 2OTZX 1L15A 3SB6A 4EXMA 7LZMA 3VW7A 246LA 220LA 1OWYA 2B6TA 182LA 1P2LA 1L86A 1L93A 3PDSA 4W59A 1LYIA 1C66A 1SWYA 1P36A 213LA 3K2RA 228LA 185LA 3QAKA 3OE8A 4YX7C 3FA0A 127LA 1LGWA 1C60A 1LI2A 3C82A 4ARMB 155LA 1CU5A 1LWGA 1OV5A 243LA 2HULA 3NY8A 1L00A 1C6QA 111LA 110LA 4GRVA 3HT6A 2B6XA 1L70A 259LA 241LA 3HU8A 146LA 118LA 4YXCA 1L82A 2O4WA 1DYGA 1KY0A 1L64A 1C6PA 3PBLA 211LA 4I7NA 4GBRB 4EKRA 226LA 4LDOA 1L45A 240LA 2B73A 142LA 1T8FA 3RUNA 1L72A 1OWZA 3DN6A 122LA 1D9WA 167LA 120LA 258LA 1G06A 2RB1X 1L31A 1G1WA 200LA 247LA 1L05A 1L37A 1OV7A 3LZMA 206LA 3OE9A 1C6MA 1KW7A 1L58A 3GUKA 4W58A 137LA 1OYUA 1L13A 1L87A 1T97A 4LDLA 1LYFA 131LA 4ZPUA 215LA 2OE7X 242LA 1CV6A 1L75A 219LA 3EMLA 1EPYA 1QTZA 1G0KA 128LA 172LA 151LA 3CDOA 4K5YA 1LWKA 3HT8A 2RB0X 4W51A 1L89A 3GUOA 209LA 1C6LA 1QS5A 3DN8A 159LA 1L71A 3DN2A 1LYEA 214LA 3HH5A 3V2WA 1C6GA 1JTNA 1T8AA 2F32A 4ARLA 3HDEA 1DYAA 4EPFA 113LA 184LA 236LA 3HTGA 2RBOA 4I7OA 1QSBA 1L44A 186LA 1L04A 1QUDA 2B6YA 3C8SA 234LA 3F8VA 2B6WA 1CV5A 1L49A 178LA 3SBBC 1L80A 3HH6A 1L90A 1ZWNA 1LI3A 109LA 1PQDA 158LA 4EKQA 1L95A 248LA 1L48A 3GUIA 3SB5A 199LA 112LA 1G0PA 1C6FA 2RH1A 1CU6A 3GUJA 3HUKA 237LA 1OVKA 3C7ZA 107LA 4E97A 1DYBA 1L42A 140LA 1L74A 2OE4X 1KS3A 1QT3A 1L92A 2OE9X 3HH4A 4W54A 1QT4A 244LA 2B74A 4W56A 126LA 2F47A 205LA 1L81A 222LA 1OVHA 216LA 1L47A 230LA 3C7YA 191LA 3DNAA 145LA 252LA 2RBNA 2O7AA 3SBAA 3RZEA 1D3MA 1L33A 221LA 4OO9A 1C6TA 1ZURA 1LYDA 4ARJA 3DN3A 2B7XA 227LA 1CV1A 2QARC 1T6HA 3V2YA 2L78A 1QUHA 3NYAA 201LA 2OU8A 1L18A 190LA 183LA 1L0KA 1XJTA 1G1VA 4I7KA 175LA 2O79A 3DMXA 4YXAC 4I7JA 4I7MA 1C68A 2B6ZA 1C6NA 1C64A 1L26A 1LYGA 4I7QA 4DAJA 4ARPA 1D3NA 1C6IA 1CUQA 1CV4A 1L27A 1L02A 1QT6A 1QTVA 1L40A 1C67A 2QB0B 3G3WA 261LA 3FI5A 3HUQA 4PK0A 2ANXA 3HT9A 1P3NA 4W55A 1L39A 166LA 254LA 1L96A 2RB2X 1L73A 5I14A 188LA 3HWLA 1QT7A 4ARMA 143LA 1L65A 250LA 260LA 1L61A 187LA 1CTWA 1P6YA 1JQUA 1C62A 231LA 1OVJA 2RBSA 1L06A 3HTBA 245LA 1L41A 198LA 256LA 3FADA 1PQIA 1C65A 1DYCA 1CV3A 1L08A 1L98A 2NTHA 4I7LA 1CX7A 1I6SA 1L32A 1G0MA 157LA 1SSWA 1G0GA 4W53A 1SX7A 3CDQA 1LLHA 102LA 4I7RA 3ODUA 1L29A 1G07A 4I7TA 1L46A 170LA 3DN1A 1C63A 4PJZA 224LA 3DN0A 1L07A 4EKPA 3G3XA 108LA 4ARQB 3OE6A 3CDTA 232LA 1SWZA 139LA 1D2YA 2CUUA 1WTHA 3NY9A 2NTGA 2RBPA 1CUPA 229LA 1L85A 2OU9A 1L36A 1QS9A 1C6BA 1C6KA 3C8RA 1P5CA 1SSYA 3L64A 1LPYA 225LA 3HDFA 1QTDA 1D3FA 1C6CA 4IAPA 1CU2A 1G0LA 168LA 1P7SA 150LA 1DYFA 1C6DA 1L17A 2RBQA 3HTFA 2LCBA 1L43A 115LA 1D2WA 3HT7A 3HUAA 1PQJA 3JR6A 1L79A 1CV0A 4EKSA 1XEPA 1L10A 3GUMA 4EPIA 3DKEX 4AQNA 3SB9A 104LA 1L14A 1L84A 1QT8A 2RAZX 174LA 1P46A 1L11A 3UONA 1L21A 1G0JA 156LA 1L59A 1L83A 177LA 162LA 2OEAX 262LA 253LA 119LA 1CU0A 196LA 1LGUA 3GUNA 233LA 6LZMA 1L30A 138LA 1L23A 1QSQA 217LA 223LA 195LA 1JTMA 1CX6A 4DJHA 4S0WA 1L67A 1L50A 2RAYX 1L60A 1QUOA 129LA 2OTYX 1C6JA 1TLAA 3C83A 3C81A 164LA 3D4SA 5LZMA 1L91A 3GUPA 1L09A 1LYJA 1XJUA 1L99A 163LA 2Z6BA 2LZMA 4LZMA 171LA 1L0JA 169LA 176LA 1L68A 2HUMA 1DYDA 1KW5A 1P64A 212LA 161LA 238LA 218LA 4W57A 3HTDA 1QTCA 3HU9A 1CU3A 1C61A 1L66A 1ZYTA 1L52A 1L24A 189LA 3SB7A 1KNIA 1L22A 1B6IA 1L76A 123LA 1C6EA 1P37A 1KY1A 210LA 3GULA 1L63A 3F9LA 181LA 1L62A 1L16A 1L25A 1CVKA 2IGCA 4I7SA 148LE 1L77A 1PQOA 1QTHA 1D3JA 2RBRA 251LA 4I7PA 3C80A 147LA 125LA 1P56A 165LA 1LGXA 3DN4A 1L28A 152LA 160LA 2HUKA 1LW9A 3DMVA 1C6AA 1L12A 1L38A 1K28A 3L2XA 1L94A 2B72A 1L51A 1C69A 1P2RA 130LA 1L20A 3SN6R 1T8GA 180LA 144LA 1G0QA 1L54A 4LDEA 1DYEA 257LA 192LA 1LYHA 197LA 1L69A 2B75A 141LA 1C6HA 1L03A 1QT5A 249LA 2ANVA 1PQMA 1L53A 3SB8A 1QUGA 1L01A 1QTBA 4W52A 1SX2A 3OE0A 114LA 235LA 1L57A 4EJ4A 2Q9EA 3C7WA 3HH3A 1L34A 2Q9DA 3C8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LYOA 3CDRA 1L56A 1GE2A 2OU0X 4N0JA 4ETCA 1L55A 2B70A 5DL9A 1RE2A 3A91A 4YM8A 5APDA 2F2QA 1NHBA 2BLXA 255LA 5B05A 1L15A 4EXMA 220LA 1G7MC 1OWYA 1BWJA 3B72A 1L86A 1AKIA 3A93A 4FDYA 2BQMA 1XGUC 2EPEA 4TSBA 4LT0A 3QAKA 4YX7C 4H94A 2DQEY 1LI2A 1LGWA 3AZ6A 4M4OA 1CU5A 1OV5A 3TXJA 5D5CA 3HT6A 2DQGY 259LA 3AW6A 1UBZA 3HU8A 4B1AA 1CKHA 1GDWA 5HNLA 1DXJA 1INUA 1KY0A 3RT5X 4EKRA 3WPJA 3B0KA 1L45A 142LA 1GB8A 3IJVA 3W6CA 1XEIA 1XGRC 5I53A 5B07A 4DD1A 5LINA 3OE9A 3W6FA 2YBHA 1P2CC 3GUKA 1AM7A 5LA5A 4ETBA 1LHKA 1IWXA 4LDLA 1WQNA 2X0AA 2Z18A 5KXLA 1YAOA 1CV6A 1L75A 242LA 3P4ZA 1GEVA 219LA 1EPYA 128LA 172LA 2A7FA 1KIQC 3CDOA 4HTNA 1YAQA 4W51A 5LA8A 4DDBA 1FKQA 2YBIA 1BWHA 1L71A 3HH5A 1AT5A 3V2WA 2BQDA 1B7RA 2F32A 4ARLA 5FCPA 1VAUA 1L04A 4LGKA 1QUDA 234LA 1JSEA 1LMQA 3RW8A 1UC0A 1L80A 1L90A 5DN4A 4CHXA 4YF2A 4KPMA 3SB5A 9LYZA 3ULRA 4WO6A 1BGIA 4RLMA 1BB5A 1OUFA 107LA 140LA 2OE4X 1YL0X 4CJ2A 4W56A 1HEWA 4XENA 4WL6A 2BQCA 1CKFA 1LSFA 2ZIJA 3A6CY 1LJFA 1GE1A 230LA 2Y8PA 4AGAA 191LA 4DD0A 4QGZA 3RZEA 3A6BY 4OO9A 1C6TA 1CJ7A 4ARJA 2EIZC 2B7XA 2W1LA 3V2YA 201LA 5FDJA 6LYTA 1XJTA 4CFOA 2HTXA 2O79A 2XTHA 1LSAA 4PGJB 4I7QA 5KXKA 1YANA 1J1XY 1CUQA 1CV4A 1L02A 1QT6A 4P2EA 1QDTA 3MGWA 4DDCA 4TUNA 4GLVA 3FI5A 3HUQA 4PK0A 3EBAB 254LA 1L96A 5DM9A 1L65A 1L61A 2RBSA 1L06A 1B5WA 1PQIA 1C65A 2NTHA 1SQ2L 1CX7A 1JTPL 1HNLA 1L32A 5I4XA 5F9UA 1BVXA 1UIAA 1CJ6A 1GWDA 4DQ5A 102LA 4I7RA 3ODUA 5F81A 4Z46A 1XSFA 1GFUA 3G3XA 3SP3A 1FBIX 1SWZA 4L41A 1WTHA 3NY9A 229LA 3LHMA 1WTNA 5LIOA 4I8SA 1LPYA 1D3FA 1LZTA 1J1PY 2F4GA 1OP9B 4NGWA 1DYFA 1C6DA 2FYCA 5KJ9A 3J4GA 1PQJA 2Z38A 4LT2A 1L79A 1C7PA 3A3RX 5IELA 4NGZA 1L10A 3EMSA 4EPIA 2F30A 1WQMA 4WLXA 4NEBA 2VB1A 1WQPA 4NWEA 1LMOA 1L14A 1IOSA 4PPOA 4HP0A 3UONA 1LAAA 156LA 1L83A 1IVMA 3A92A 1D9UA 1PS5A 1UA6Y 4N5RA 2HU1A 1QSAA 3M18B 1L23A 223LA 3A94A 3LYTA 3P68A 1CX6A 5HNCA 4DJHA 2RAYX 1QUOA 2YBJA 129LA 1C6JA 164LA 1LHIA 1YIKA 3GUPA 3AZ7A 2Z6BA 2LZMA 4LZMA 1UIFA 4Z41A 4OW1A 1IP3A 3HU9A 1FN5A 1OUCA 1B7QA 3QNGA 1L66A 1L24A 2DQJY 1IWTA 3SB7A 1B6IA 1C6EA 1P37A 210LA 1JJ3A 4HV2A 1L63A 3F9LA 3B6LA 1L25A 1LMCA 1YL1X 4ML7A 2IGCA 1HERA 1PQOA 4I7PA 1JEFA 3C80A 147LA 3W6BA 1UIBA 3A34A 1UICA 1LZ1A 3DN4A 1REZA 152LA 1C6AA 3L2XA 1L51A 5KXYA 2BQHA 4E3UA 3BKVA 4WM4A 3SN6R 3WVXA 3LZTA 5DLAA 1L54A 2CWIA 2BQLA 1JPOA 2B75A 1I20A 1IP6A 1C6HA 1NQIA 5DN5A 1WQQA 1LSDA 1SX2A 1L57A 1GBZA 5T3FA 4NHPA 1LZBA 5KXSA 103LA 1LI6A 1EQ5A 208LA 2YBMA 173LA 2A4TA 5E4PA 5HMVA 4DKLA 3DMZA 239LA 2OTZX 1BB4A 3SB6A 7LZMA 246LA 182LA 5IHGA 134LA 1G7LC 207LA 1GEZA 5IDDA 1Z55A 2HEAA 4NGKA 1HF4A 4RLNA 1IO5A 1HSWA 1P36A 2BQGA 1LZDA 228LA 185LA 4OOTA 2ZYCA 2D4KA 4ARMB 1CKDA 1LSCA 3QE8A 1C6QA 4ET8A 1GFEA 1LYOA 1IOCA 1QTKA 1LMAA 3HBEX 1HELA 2XJWA 2I25L 241LA 146LA 4YXCA 1ZV5L 2BQIA 2EQLA 3PBLA 4I7NA 4LDOA 5HLLA 3RUNA 1OWZA 4DD2A 1VDQA 3DN6A 167LA 258LA 2WARA 4GCBA 1L31A 4H92A 200LA 1L05A 1OV7A 5C6IA 1C6MA 1L58A 137LA 1CKGA 4MR1A 2MEGA 1OYUA 5I4YA 1GF3A 4HSFA 2HEFA 2Z37A 1L87A 4NHSA 1HEQA 1LYFA 1GB3A 4D9ZA 1LKRA 4ZFPA 2EKSC 2DBTA 5LVJA 2RB0X 209LA 2CGIA 1QS5A 1KXWA 6LYZA 214LA 1GF6A 1NDGC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LYO A;  3CDR A;  1L56 A;  1GE2 A;  2OU0 X;  4N0J A;  4ETC A;  1L55 A;  2B70 A;  5DL9 A;  1RE2 A;  3A91 A;  4YM8 A;  5APD A;  2F2Q A;  1NHB A;  2BLX A;  255L A;  5B05 A;  1L15 A;  4EXM A;  220L A;  1G7M C;  1OWY A;  1BWJ A;  3B72 A;  1L86 A;  1AKI A;  3A93 A;  4FDY A;  2BQM A;  1XGU C;  2EPE A;  4TSB A;  4LT0 A;  3QAK A;  4YX7 C;  4H94 A;  2DQE Y;  1LI2 A;  1LGW A;  3AZ6 A;  4M4O A;  1CU5 A;  1OV5 A;  3TXJ A;  5D5C A;  3HT6 A;  2DQG Y;  259L A;  3AW6 A;  1UBZ A;  3HU8 A;  4B1A A;  1CKH A;  1GDW A;  5HNL A;  1DXJ A;  1INU A;  1KY0 A;  3RT5 X;  4EKR A;  3WPJ A;  3B0K A;  1L45 A;  142L A;  1GB8 A;  3IJV A;  3W6C A;  1XEI A;  1XGR C;  5I53 A;  5B07 A;  4DD1 A;  5LIN A;  3OE9 A;  3W6F A;  2YBH A;  1P2C C;  3GUK A;  1AM7 A;  5LA5 A;  4ETB A;  1LHK A;  1IWX A;  4LDL A;  1WQN A;  2X0A A;  2Z18 A;  5KXL A;  1YAO A;  1CV6 A;  1L75 A;  242L A;  3P4Z A;  1GEV A;  219L A;  1EPY A;  128L A;  172L A;  2A7F A;  1KIQ C;  3CDO A;  4HTN A;  1YAQ A;  4W51 A;  5LA8 A;  4DDB A;  1FKQ A;  2YBI A;  1BWH A;  1L71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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