1LYSA

X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313k. comparison of two independent molecules
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313 K. Comparison of two independent molecules.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lysA00
4WM4A 1JTPL 2MEIA 5AMYA 1YKZX 2IHLA 1P2CC 4GLAA 4NGYA 5KXNA 4HTQA 1OP9B 4AXTA 1FN5A 1IEEA 4I8SA 4LGKA 208LA 1DXJA 5D5CA 3W6CA 3AZ5A 4NSJA 2DQFC 3WXUA 1N4FA 1GF7A 3AZ6A 1QDTA 1LZSA 154LA 4XJGA 3CT1A 1RCMA 3WUMA 3SP3A 2BQFA 4C5FA 5C6JA 4RDSA 1TEWA 1IWUA 4ETCA 2ZWBA 3ZVQA 5C6LA 4OWEA 1F10A 2G4QA 3TMUA 1AM7A 5E4PA 1IY4A 3E3DA 4ZEEA 4PGJB 1LYZA 2DQHY 2W1MA 1WTMA 3P4ZA 4G49A 1LMAA 2HECA 1XEJA 1W08A 4H91A 4J0LA 3G3BB 1OUFA 1REXA 4HTNA 4NWHA 3TMWA 4YEOA 2H5ZA 2BQMA 1J1PY 132LA 1V7TA 4LT2A 1BB3A 5L9JA 3RZ4A 2ZILA 4LT0A 1IP2A 1RJCB 4B1AA 4M6DA 5M1YA 1IWVA 2HU1A 3AGGG 1FBIX 1GXV2 5B05A 2I6ZA 2XBSA 2YBIA 1CKDA 2HEEA 4NHPA 4TWSA 1LZNA 1UACY 4UWVA 1UIDA 3QE8A 4DD1A 1UIEA 3WU8A 4WO6A 2LYOA 2Y8PA 1DQJC 1NMMA 3MGWA 1B7NA 4IATA 3EBAB 1GPQC 1I1ZA 5APCA 3WMKA 2ZYCA 2N5ZA 1LZCA 5KY1A 1KXWA 4EMNA 1ZVYB 1HEWA 1GFJA 3HFMY 1GHLA 1LSCA 1LHLA 1NHEA 1NBYC 1EQEA 4N0JA 5DM9A 1O23A 1QSAA 1BB4A 1GBXA 4KL7A 2HUBA 4N9RA 1F6RA 1HMLA 1BVKC 1LSGA 4B0DA 5E9RA 4OW1A 1LAAA 4XN6A 1DZBX 5FCPA 1E8LA 4YM8A 1A2YC 4H9BA 3EXDA 1GF4A 1IOSA 3TXIA 4WLYA 4NGZA 1TDYA 4NEBA 4Z41A 5KXRA 1LZ9A 1GAYA 1GF3A 1JUGA 1XGUC 1BQLY 2D4IA 1I20A 3F6ZA 4OOOA 1LZAA 1ZMYL 2Z38A 2ZQ4A 1B7QA 4IJ4A 5LIOA 2F4AA 4LYZA 3WU9A 6LYTA 2NWDX 3W6FA 3WW5A 4LYTA 1NWGA 3AZ4A 2BQKA 1LKRA 4H92A 1UIBA 1OUEA 4GLVA 4J1BA 4RLMA 4XJFA 1IOQA 4CFOA 4H8XA 1H87A 3AB6A 1GB8A 3CSQA 3P68A 4HP0A 1OQMA 2CJLA 5LXWA 5KJ9A 1LSNA 1V7SA 1LMPA 4H9HA 1GF8A 3P64A 4WL7A 1BWJA 4DYGA 1JSFA 5A3ZA 5I4WA 3K3TA 2BQJA 3IJVA 1LZDA 193LA 1YROA 5A3EA 4WG7A 5KXXA 5LVHA 1YAPA 1D0LA 1OUGA 1VFBC 1B9OA 135LA 1G7JC 1WVUA 2MEFA 2XBRA 1GF0A 2Z12A 5DL9A 4BADA 1B5XA 1CJ6A 3WUNA 5KXMA 2BPUA 1LMOA 4H90A 4OWHA 5B1GA 2DQJY 1VDSA 1UBZA 1IORA 3ATOA 1JPOA 1IP3A 3BKVA 2MECA 4N1CC 1REYA 1XSFA 1JKDA 1YL1X 1WQMA 5KXPA 5HMVA 4P2EA 4HPEA 1IX0A 2BQIA 2XTHA 1XEKA 4Z46A 4HJVA 3W6DA 1LZRA 4WG1A 4XJIA 4QY9A 2DQDY 5B06A 3D3DA 4KXIA 3TXHA 1SLYA 2BQNA 1KXYA 4LFXA 4ANRA 3BKHA 5T3FA 1DKKA 4LYMA 3LN2A 5APDA 4KT3A 5L3IA 4OOTA 1GB0A 4FJRA 2F30A 1JKAA 2AUBA 1D6PA 4TTDA 5IHGA 4NSGA 1KIQC 1UCOA 5FDJA 4Z3MA 1WQOA 1UIFA 5LAFA 1C08C 1YIKA 1IY3A 1LSPA 4H9FA 2WARA 1C10A 4II8A 5J7CA 1GFGA 2ZIJA 1IOTA 1IP6A 1IP7A 3RW8A 3T6UA 4CFPA 1IOCA 5I53A 1EL1A 1GEZA 2BQCA 2YBJA 5FHWA 3N9AA 4YENA 4B4EA 1GF5A 3J6KA 1CKCA 5DLAA 1OUJA 1DPWA 1XGRC 1HFXA 3AGIA 5LAGA 2FBBA 4DD3A 3W3EA 9LYZA 1GBSA 3AW7A 1FKVA 1IWXA 4ETBA 1IWWA 4XADA 3WVXA 3D9AC 1YKXX 1LJGA 2EIZC 1XGTC 4E3UA 1HFZA 2BQLA 3P65A 1JJ1A 4N1EI 3TMXA 3A95A 3TXJA 4QGZA 1LHIA 1GWDA 2YBHA 1LSDA 4PRQA 3FE0A 1IVMA 1EQ4A 3A94A 3B0OA 2CGIA 3N9CA 1HERA 1UUZC 1J1OY 3TXKA 2W1XA 3WYHA 4QEQA 4BAPA 1HC0A 4DC4A 3ATNA 1IR8A 4NGKA 1GBYA 3A90A 1B5ZA 1KXXA 4XJBA 2BLXA 2YDGA 1BB5A 1LYSA 3LZ2A 5KXZA 3TXBA 3VWOA 1CKHA 133LA 1LZGA 1BVXA 1IC4Y 4NGJA 1JJ3A 2DQIY 4GCDA 3A3QA 1QUSA 3GXRA 4NG1A 4UWNA 2FYDA 1NDMC 4OWAA 3TMVA 2Q0MX 4YF2A 4IASA 4PHIA 5ILFA 1B5UA 1DI5A 1XFPL 3WH1A 3A96A 4XYYA 2HEDA 4CJ2A 3WUAA 4MSTA 2DKVA 1IWYA 3TXEA 1JTOL 1VDTA 4O34A 5HNLA 4B4JA 1IWZA 2EPEA 1LZ8A 1MLCE 3EO5A 2LYZA 3HBDA 4ML7A 4WM2A 2MEDA 4H9AA 2I25L 3WL2A 1LPIA 4LZTA 2H9JA 2MEHA 3G3AB 4TSBA 4XJHA 2F4GA 5I5QA 1IWTA 4GN4A 4NSHA 1YAQA 1LSBA 5LVIA 4L41A 1FLYA 2LZ2A 2DQEY 4ETEA 4NHTA 2BQAA 1GXXA 5LINA 2HTXA 1CKFA 1OUCA 4NGVA 3CSZA 1HSWA 3RNXA 1C7PA 3A91A 2YBNA 4NGLA 1VDPA 4KPMA 1GAZA 4HPIA 4DD9A 1B5WA 3EMSA 1JWRA 194LA 3TXFA 1DI4A 1GF6A 1A4VA 1GBOA 3B72A 3FI7A 4XJDA 1LYOA 5F81A 1GBZA 1GBWA 5C6IA 5LVGA 3A3RX 1LZ5A 1NBZC 4TUNA 3B0KA 1XGQC 1HFYA 4B49A 2MEEA 5KXTA 3AZ7A 3A8ZA 1B7SA 1JTTL 3WW6A 5KKIA 1B5VA 1LZTA 5HMJA 3LYMA 4R6CA 1NDGC 1ZV5L 3IWRA 4BAFA 5FSTA 134LA 2YBLA 1BB7A 1GDXA 2BQGA 3CQLA 4WM5A 4NSIA 4HV1A 1W6ZA 2D4JA 2LYMA 1FLWA 3QY4A 1LMCA 4GCCA 1LSZA 1VATA 2W1YA 1GEVA 1HNLA 1IC7Y 3WPKA 5JENB 4G4CA 2LZTA 4D9ZA 1B7OA 1GE0A 3WULA 5KXOA 1YQVY 4XENA 1WTNA 2EKSC 1BGIA 3HBHA 2A7FA 2EQLA 1CKGA 3A67Y 1FLQA 4EOFA 5I4YA 1LZBA 3P66A 1LOZA 4WM6A 1GE4A 3WPJA 1G7IC 1GFHA 1LKSA 1ZVHL 2D4KA 2YSSC 1TBYA 3J4GA 3T36A 1AZFA 1REMA 4LYOA 3LYZA 1UIHA 2BQOA 1IR7A 1YKYX 1WVVA 2YVBA 1GFKA 4NG8A 1OUAA 1TCYA 1VDQA 2HEAA 2D91A 2Z2EA 4TX7A 4H9CA 4WOAA 2Z19A 1OUHA 4H93A 4WLXA 5LVKA 3OJPA 3W6AA 4H94A 1YANA 1HHLA 4TSCA 4WM3A 1KIRC 1WQNA 4UWUA 4MR1A 1B7RA 4HTKA 3M18B 2LHMA 3N9EA 1HEMA 1J1XY 4NGWA 2G4NA 4YEMA 1DI3A 1GB5A 4GCFA 1VEDA 1BWIA 4ETAA 4ZFPA 1CNSA 1NQIA 1YL0X 2C8PA 1REZA 3HBEX 1HEOA 5B07A 3CT0A 2DQAA 1GE1A 1PZYA 4BS7A 1FKQA 4G4HA 4G4BA 1JJ0A 2IFFY 1F0WA 1UC0A 2Z2FA 3IJUA 1CJ9A 4H1PA 5APEA 5B1FA 4DDCA 2BQBA 3AJNA 1QIOA 4FDYA 1IO5A 1B2KA 5F9UA 4NHQA 3TXGA 4ZIXA 1B7PA 4HJYA 1GFRA 2CWIA 1LHJA 1B7MA 4NY5A 5I4XA 1D6QA 1GD6A 1LZEA 1UA6Y 1JITA 1HMKA 2PC2A 4G9SA 4OWCA 5APFA 1WQPA 1UIGA 2A7DA 1HEQA 1KIPC 5D5FA 2ZIKA 3WVYA 4WMGA 4DWXA 2X0AA 5K7OA 1QQYA 1QDRA 1QTKA 4CHXA 2ZNWY 5HLLA 4N8ZA 2H9KA 1C45A 1SQ2L 5LA5A 4ET8A 2ZNXY 1GB2A 6LYZA 3LYTA 4W94A 4GN3A 2BQDA 2FYCA 1LCNA 5ILCA 5IELA 1QSWA 4H9EA 3W6EA 1BHZA 4R0FA 1LJHA 1GFVA 2FBDA 4Z98A 4LFPA 3ULRA 4DD7A 2GV0A 2HU3A 1GF9A 2DQCY 3A92A 5DN5A 4NWEA 5LA8A 1JKCA 4RW1A 3A6BY 1JSEA 3A93A 4PJ2C 1LJEA 4PRUA 3ZVQB 4M4OA 1CJ8A 1LMQA 1LJJA 1LHKA 3LHMA 1JEFA 1HSXA 1LJ3A 1LJ4A 207LA 5LYZA 4QDNA 5KXYA 3TXDA 2MEBA 1G7LC 1JIYA 1LZ4A 3KAMA 4RLNA 1DKJA 2ZQ3A 5FEKA 1I56A 5F16A 2D6BA 5EBHA 3B0IA 4WL6A 4X3BA 4DT3A 1HEPA 2HEBA 1HENA 1ALCA 1LTMA 2I26L 2VB1A 1LMNA 3CT5A 4J7VA 1AKIA 5LYMA 3B6LA 3OK0A 3WXTA 4A7DA 2DQGY 1VAUA 1LYYA 1QUTA 3RT5X 3LZTA 1C43A 5DN4A 1GE2A 1D9UA 1LJKA 5I54A 1C46A 1GB9A 1LSEA 2B5ZA 2MEGA 4RW2A 1LSYA 1GB6A 3M3UA 1LJIA 4W96A 2YBMA 1RE2A 2ZYPA 4CGEA 3CSRA 4H8ZA 1FDLY 4J1AA 4NGOA 2CDSA 2Z18A 5F9XA 4LYCA 4HSFA 4WM1A 1RI8B 5HQ1A 1OUIA 5KXWA 4DD2A 1AT6A 1OUBA 8LYZA 1JISA 1IC5Y 1G7MC 3WU7A 5B59A 4OWBA 1WQRA 1LSMA 4LYBA 1LJNA 2HEFA 4ETDA 1INUA 2C8OA 1GFEA 2BAAA 3GXKA 5KXSA 5L3HA 5KXKA 3LYOA 4NHIA 3AYQA 1BB6A 1EQ5A 1FLUA 2DBTA 1DPXA 4GN5C 5KKJA 3WPLA 1PS5A 1LJFA 4AGAA 3A34A 1LZYA 1GDWA 4C3WA 3AGHA 1D0KA 3QNGA 4DDBA 4PPOA 1H6MA 1UICA 3ZEKA 1GFAA 4HV2A 1NF5A 5F14A 1Z55A 5LYTA 4N5RA 1NKHA 2BLYA 1IP5A 1GFTA 1JHLA 4HJZA 2XJWA 2BQEA 3A6CY 1GB3A 1T3PA 4NGIA 1LHMA 5FELA 4ET9A 4I0CA 4DDAA 1LMTA 1GE3A 2Z37A 1LSAA 4NIJA 1HF4A 4DD0A 1XGPC 4H8YA 1LHHA 1LZ1A 1TAYA 7LYZA 5LVJA 4NHSA 1CJ7A 1LZ6A 1OUDA 4YOPA 2F2NA 1YAMA 1WQQA 3W6BA 5KXLA 4GCBA 153LA 4WLDA 5HNCA 4U3XB 4LT1A 4B4IA 1YAOA 1AT5A 1B7LA 1UIAA 2Z39A 4H9IA 1IIZA 1D0MA 4WLTA 2MEAA 1IR9A 2RSCA 3RU5A 1IP1A 1QTEA 3CB7A 1LSFA 1T6VL 1B5YA 1BWHA 1B0DA 5IDDA 1IP4A 1JKBA 3AW6A 1F6SA 4NFVA 1GB7A 4WO9A 2BQHA 1GFUA 4MCKA 1XEIA 4GCEA 1RFPA 1MELL 2W1LA 1YILA 4LT3A 1G7HC 2G4PA 1HELA 5II3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DMXA 2OU8A 5AMYA 4GLAA 1FN5A 1DXJA 5D5CA 4NSJA 1P36A 2DQFC 1QSBA 1GF7A 1QDTA 1LZSA 1L63A 1RCMA 3WUMA 1LI2A 1TEWA 2ZWBA 3ZVQA 1F10A 1OVJA 217LA 241LA 250LA 5E4PA 1ZYTA 1LYZA 2W1MA 4W54A 4G49A 184LA 1W08A 4H91A 1KY0A 1OUFA 3G3BB 1L15A 2H5ZA 2RH1A 1CV1A 1J1PY 2HULA 4LT2A 235LA 3RZ4A 1CUQA 5M1YA 1GXV2 3HUAA 3FA0A 1CKDA 2HEEA 3C82A 4TWSA 2Z6BA 209LA 3EBAB 4YX7C 5KY1A 4EMNA 1DYGA 1ZVYB 174LA 3SB9A 1L97A 1LSCA 1LHLA 1L10A 5DM9A 4N9RA 3SB8A 5E9RA 4XN6A 1LAAA 4YM8A 3EXDA 3TXIA 4Z41A 1LZ9A 1GF3A 1JUGA 4ARJA 4EKPA 2D4IA 4OOOA 1B7QA 2F4AA 200LA 1QTDA 1LKRA 4H92A 1OUEA 4CFOA 1L71A 1GB8A 3P68A 4HP0A 197LA 3OE0A 2F32A 1JSFA 3K3TA 2BQJA 1LZDA 173LA 5A3EA 1L02A 1ZWNA 243LA 5LVHA 1OUGA 1VFBC 1B9OA 2XBRA 2Z12A 4BADA 5KXMA 1CJ6A 1LMOA 198LA 1VDSA 1IORA 3ATOA 3BKVA 1K28A 3OE9A 2XTHA 4HJVA 4QY9A 2DQDY 4KXIA 3TXHA 1SLYA 5T3FA 4W59A 123LA 5L3IA 141LA 1LYFA 1JKAA 1L34A 1YIKA 1LSPA 4II8A 1QTCA 1IP7A 3RW8A 4CFPA 1IOCA 2F2QA 1SWZA 2YBJA 4YENA 1G1VA 2RBQA 1OUJA 1DPWA 199LA 3SBBC 5LAGA 4DD3A 3W3EA 1IWXA 3WVXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WM4 A;  1JTP L;  2MEI A;  5AMY A;  1YKZ X;  2IHL A;  1P2C C;  4GLA A;  4NGY A;  5KXN A;  4HTQ A;  1OP9 B;  4AXT A;  1FN5 A;  1IEE A;  4I8S A;  4LGK A;  208L A;  1DXJ A;  5D5C A;  3W6C A;  3AZ5 A;  4NSJ A;  2DQF C;  3WXU A;  1N4F A;  1GF7 A;  3AZ6 A;  1QDT A;  1LZS A;  154L A;  4XJG A;  3CT1 A;  1RCM A;  3WUM A;  3SP3 A;  2BQF A;  4C5F A;  5C6J A;  4RDS A;  1TEW A;  1IWU A;  4ETC A;  2ZWB A;  3ZVQ A;  5C6L A;  4OWE A;  1F10 A;  2G4Q A;  3TMU A;  1AM7 A;  5E4P A;  1IY4 A;  3E3D A;  4ZEE A;  4PGJ B;  1LYZ A;  2DQH Y;  2W1M A;  1WTM A;  3P4Z A;  4G49 A;  1LMA A;  2HEC A;  1XEJ A;  1W08 A;  4H91 A;  4J0L A;  3G3B B;  1OUF A;  1REX A;  4HTN A;  4NWH A;  3TMW A;  4YEO A;  2H5Z A;  2BQM A;  1J1P Y;  132L A;  1V7T A;  4LT2 A;  1BB3 A;  5L9J A;  3RZ4 A;  2ZIL A;  4LT0 A;  1IP2 A;  1RJC B;  4B1A A;  4M6D A;  5M1Y A;  1IWV A;  2HU1 A;  3AGG G;  1FBI X;  1GXV 2;  5B05 A;  2I6Z A;  2XBS A;  2YBI A;  1CKD A;  2HEE A;  4NHP A;  4TWS A;  1LZN A;  1UAC Y;  4UWV A;  1UID A;  3QE8 A;  4DD1 A;  1UIE A;  3WU8 A; 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 4DD2 A;  1AT6 A;  1OUB A;  8LYZ A;  1JIS A;  1IC5 Y;  1G7M C;  3WU7 A;  5B59 A;  4OWB A;  1WQR A;  1LSM A;  4LYB A;  1LJN A;  2HEF A;  4ETD A;  1INU A;  2C8O A;  1GFE A;  2BAA A;  3GXK A;  5KXS A;  5L3H A;  5KXK A;  3LYO A;  4NHI A;  3AYQ A;  1BB6 A;  1EQ5 A;  1FLU A;  2DBT A;  1DPX A;  4GN5 C;  5KKJ A;  3WPL A;  1PS5 A;  1LJF A;  4AGA A;  3A34 A;  1LZY A;  1GDW A;  4C3W A;  3AGH A;  1D0K A;  3QNG A;  4DDB A;  4PPO A;  1H6M A;  1UIC A;  3ZEK A;  1GFA A;  4HV2 A;  1NF5 A;  5F14 A;  1Z55 A;  5LYT A;  4N5R A;  1NKH A;  2BLY A;  1IP5 A;  1GFT A;  1JHL A;  4HJZ A;  2XJW A;  2BQE A;  3A6C Y;  1GB3 A;  1T3P A;  4NGI A;  1LHM A;  5FEL A;  4ET9 A;  4I0C A;  4DDA A;  1LMT A;  1GE3 A;  2Z37 A;  1LSA A;  4NIJ A;  1HF4 A;  4DD0 A;  1XGP C;  4H8Y A;  1LHH A;  1LZ1 A;  1TAY A;  7LYZ A;  5LVJ A;  4NHS A;  1CJ7 A;  1LZ6 A;  1OUD A;  4YOP A;  2F2N A;  1YAM A;  1WQQ A;  3W6B A;  5KXL A;  4GCB A;  153L A;  4WLD A;  5HNC A;  4U3X B;  4LT1 A;  4B4I A;  1YAO A;  1AT5 A;  1B7L A;  1UIA A;  2Z39 A;  4H9I A;  1IIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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