1LZ6A

Structural and functional analyses of the arg-gly-asp sequence introduced into human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVTGRGDSPANACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structural and functional analyses of the Arg-Gly-Asp sequence introduced into human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 138
sequence length 138
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz6A00
1C45A 1GF8A 2DKVA 3WH1A 1YAQA 4DD2A 4DD3A 1LZ5A 2BQJA 3EO5A 4OOOA 1IX0A 2FBDA 1INUA 1YL1X 1D6PA 1JITA 3CT0A 3J4GA 3EBAB 3FE0A 4C5FA 5LINA 3WVYA 5L3HA 2F2NA 2LZ2A 1OQMA 1ZMYL 2ZIKA 4WO9A 1C43A 4DYGA 4OWHA 1LTMA 207LA 4NHIA 2ZQ4A 1XFPL 5KXNA 3W3EA 4NHTA 3P64A 1GFVA 4MSTA 5HQ1A 4H9EA 3RZ4A 1BB5A 1IP7A 2BQCA 3SP3A 4J7VA 4ETAA 1AZFA 1REYA 2ZILA 1JTPL 1EQEA 3W6DA 4N0JA 1AM7A 1LZ6A 1B7QA 1LZGA 1LZYA 2N5ZA 3A94A 2PC2A 1JKDA 1TBYA 4GCEA 1BB7A 2DQDY 4I8SA 5LVKA 4LFPA 3HBEX 1D0KA 4H9CA 1YROA 3CT1A 1D9UA 3TXKA 1BWJA 5LYTA 3LYZA 3ZVQA 3WUAA 1UIGA 1DI4A 1GF4A 2CGIA 4B4EA 4CJ2A 2MEFA 1HEWA 4ML7A 4C3WA 4QDNA 1NDGC 4KXIA 3WPKA 1LHIA 2ZNXY 3P65A 2BQGA 1IR7A 1OUDA 3HBDA 1H6MA 1GBOA 1NQIA 2ZWBA 154LA 2BQLA 1OUAA 1UIAA 1LJJA 1IC7Y 5LAGA 3WVXA 1JTTL 1CNSA 2I25L 1QDTA 4HPEA 3WL2A 1YAOA 1B7SA 2RSCA 4G9SA 5B07A 3KAMA 4OOTA 4N1EI 1TAYA 1GB7A 1J1OY 1A2YC 1YQVY 4GN5C 4DD7A 4WL7A 2IFFY 4B49A 3QE8A 3AGIA 2B5ZA 1GFEA 2HU1A 1LZRA 4DT3A 4P2EA 1HSWA 1BWHA 1C46A 1T6VL 5F9UA 1GF3A 4TUNA 4M4OA 1GE3A 1B5YA 2W1LA 1B7MA 1GF5A 1C7PA 3LN2A 194LA 2G4NA 1GF0A 2W1MA 4HJYA 3VWOA 2XTHA 4NGLA 1TEWA 2XBSA 4NHSA 5DL9A 4CFOA 5L3IA 4WM4A 1YIKA 1WTMA 4WMGA 1GDXA 4ZFPA 4GLVA 2I26L 4DC4A 2HEFA 1DZBX 1IIZA 1I1ZA 1DQJC 4NGIA 1IY4A 1I56A 2WARA 5C6IA 4DDBA 4DD9A 5KXLA 3WW6A 1LKRA 2HEDA 3CSQA 1LZ9A 4BAFA 3WPJA 1GF7A 4BS7A 1LYSA 1GB2A 2A7DA 3B0KA 3CB7A 4NSJA 4ANRA 1DKJA 4CHXA 4DD1A 4XENA 4OWAA 1GBZA 1VFBC 2YBHA 1JWRA 1UIHA 3W6FA 4GCBA 1LSPA 4LYZA 1HEQA 9LYZA 5APFA 1IR9A 2LZTA 5KXOA 1FBIX 3A95A 1WVVA 1DI3A 1B5ZA 1YL0X 2DQGY 1LJEA 1HFYA 4QEQA 4WM5A 1LZSA 4XJDA 1UIBA 2FYDA 2XJWA 5ILFA 1WQNA 1OUBA 2C8PA 1KXXA 132LA 1B5UA 2BQMA 4WLTA 1CKHA 2D91A 3A91A 5FCPA 3P4ZA 2Z18A 8LYZA 1GXXA 1JEFA 5I54A 1LJNA 1QIOA 1IP5A 1LJIA 1JKCA 2Z12A 4HV2A 1IWTA 1CKDA 4CGEA 1IWVA 1GFRA 4H9FA 3WW5A 1JJ0A 5LVJA 1GE4A 1KXYA 2BQBA 1HMKA 3D3DA 3A8ZA 1XGUC 2HEAA 1A4VA 4ET8A 1FDLY 4NSHA 2EPEA 1LZBA 4YF2A 1RCMA 4XADA 4YENA 1J1PY 1LJKA 5LVHA 1YILA 5J7CA 1UIEA 1C10A 1JIYA 2BLXA 1GFGA 1GWDA 1MELL 4MR1A 1DKKA 3N9AA 1KIRC 1WQRA 3CQLA 3M18B 4YEMA 1YAMA 4NEBA 1J1XY 1WTNA 3J6KA 1BGIA 1OUEA 1CJ6A 1T3PA 2BQAA 2G4PA 4H92A 4LGKA 3TMUA 4QY9A 2HEEA 4HTNA 2AUBA 2BLYA 133LA 1N4FA 1LHHA 1YKYX 3A6CY 5HNCA 1GB0A 3LZTA 1REZA 4TSBA 1XSFA 2DQAA 2MEGA 5FEKA 3AW7A 1REMA 1XGQC 1YKZX 1OUCA 4HP0A 1UA6Y 4WOAA 4XJIA 5B59A 1RE2A 1RJCB 2MEBA 4KT3A 135LA 2HTXA 4H94A 1LMCA 1CKGA 3AJNA 1LSBA 2Q0MX 1LZDA 5E9RA 2VB1A 3B0OA 1QUTA 5F16A 5E4PA 2DQFC 2CDSA 4WO6A 1NBYC 5HMJA 3T36A 4B0DA 4EOFA 1GEVA 1HELA 4D9ZA 1HENA 2HEBA 3ATNA 5AMYA 1VDSA 1CJ8A 1XGRC 5FDJA 4GCFA 4IASA 1WQPA 5LA8A 3RW8A 3TXEA 1B5WA 4BAPA 1G7HC 1UACY 3AZ7A 2D4JA 3TMXA 4DWXA 1BQLY 4G49A 4GLAA 4ETDA 1HNLA 5D5FA 4TX7A 1LSZA 5APDA 2BQNA 5B05A 1HC0A 4LT0A 1JPOA 2FBBA 1FLWA 3G3AB 4LT3A 6LYZA 5K7OA 1JKAA 1ALCA 4H93A 4OWEA 5IELA 4O34A 1FLUA 1LKSA 4PGJB 2CWIA 3RT5X 5HMVA 3ATOA 1REXA 1VAUA 4H9AA 1OP9B 5DLAA 1HMLA 3IJVA 5B06A 2BQHA 5LVGA 4H9HA 5T3FA 5F81A 3WUNA 4TTDA 1HF4A 1WVUA 4NGWA 1GFAA 3A3RX 1GB5A 3AB6A 4NG8A 1OUGA 1FN5A 4PJ2C 5I4XA 3A34A 4RLNA 1LMPA 4E3UA 1ZV5L 1IOCA 2BQDA 4PPOA 1LJ4A 1GF9A 1QDRA 2Z2EA 3B0IA 4W96A 5F9XA 1IWZA 1GFTA 1LMQA 3LYMA 1RI8B 4XN6A 3AZ5A 3E3DA 3TXGA 3W6EA 3D9AC 5LYZA 1LJFA 1GB8A 1GE1A 1E8LA 1LPIA 2DQEY 2Z38A 2C8OA 2H9KA 1B7OA 4NSGA 5I4WA 1LAAA 2BQKA 1JJ1A 3A6BY 2G4QA 1IEEA 4GCDA 5B1GA 1QTKA 3WU9A 2BQEA 4HJZA 1QSWA 4NHPA 4OWBA 1IP1A 4RDSA 4DDAA 1GB3A 1KIQC 5KXTA 4J0LA 4MCKA 4U3XB 2DQJY 3RU5A 4TWSA 3TXIA 1IC4Y 1GAZA 2HUBA 3M3UA 4TSCA 3QNGA 1IWYA 5KXKA 1PS5A 4LT2A 2MEIA 1LMOA 1JHLA 4NGZA 4ET9A 1HFZA 3LHMA 5A3ZA 1QUSA 5KXPA 4OWCA 4NGKA 5DN5A 1XEIA 1LYZA 1LJGA 1KXWA 4NGJA 3WPLA 1GDWA 4A7DA 1WQMA 5FHWA 2HU3A 1LMAA 4OW1A 1IP3A 2DBTA 1BVXA 3AGHA 5KXRA 1LYOA 4H90A 4WL6A 1P2CC 1LZ4A 1UCOA 1IORA 2EQLA 1LSDA 1CJ7A 4DDCA 1QTEA 1LSGA 4L41A 4UWVA 1NWGA 3EMSA 1XEKA 4XYYA 1F6RA 4WG1A 1NDMC 2LYOA 1W6ZA 2ZQ3A 1V7SA 3CSRA 4PHIA 1LSNA 1IOQA 1JJ3A 1DPWA 1DXJA 1GBSA 3B72A 3CT5A 4H91A 1QQYA 1GFJA 1CKCA 1GBXA 2YBMA 2YDGA 5LAFA 5LXWA 1GEZA 3K3TA 3TXJA 5I53A 1VDPA 2H9JA 1IO5A 2F4GA 4Z98A 1EQ5A 1LZAA 3TMVA 1GHLA 1LJ3A 3AGGG 2ZIJA 1F6SA 1YKXX 3GXRA 4WM6A 1SLYA 1BB4A 1B0DA 3TXBA 1DI5A 1GE2A 1D0MA 1YAPA 1QSAA 1IC5Y 3EXDA 4LYCA 4ZEEA 5IHGA 4GCCA 3W6CA 2YBJA 3TMWA 4XJBA 4FJRA 4Z41A 2YVBA 1XEJA 2BQIA 1GXV2 1TCYA 2BQOA 1LSAA 3AZ4A 2MEHA 1NMMA 5C6JA 5KJ9A 1NHEA 4NIJA 3WUMA 1IP6A 1BWIA 3N9CA 5D5CA 1NBZC 5DM9A 4LYOA 1CJ9A 1LMTA 1LZ1A 1IP2A 1XGTC 1F10A 2CJLA 3IWRA 1PZYA 1C08C 1ZVYB 1IOTA 2F30A 1LSEA 4II8A 4R6CA 1HEMA 2YBNA 2Z37A 2ZNWY 3IJUA 1FLYA 1HERA 2W1XA 3TXDA 1LZ8A 1CKFA 1LZCA 2MECA 4G4HA 4R0FA 4B4IA 2LHMA 1BB6A 4RW1A 5APCA 4XJFA 2EKSC 153LA 1GB6A 1HHLA 1EQ4A 1XGPC 1OUJA 1B5VA 1KIPC 2F4AA 2MEEA 5I4YA 2IHLA 5KXMA 4B1AA 5KXSA 5LA5A 4NSIA 1GBYA 3OK0A 1FLQA 1BVKC 4YM8A 1JSFA 5F14A 4LYMA 4J1AA 2ZYPA 3ZEKA 1ZVHL 1MLCE 5KXZA 1UIFA 2A7FA 2YBIA 4NHQA 208LA 3WXTA 4YOPA 1B7LA 2H5ZA 2Z39A 4HJVA 1TDYA 4GN4A 3A92A 3HFMY 4BADA 5KKJA 2W1YA 4GN3A 1SQ2L 2DQIY 2EIZC 4ETBA 4WG7A 5IDDA 3FI7A 5KXWA 4H9IA 1AKIA 1UC0A 1GD6A 3QY4A 4LYTA 1O23A 3AYQA 4H1PA 1GFHA 1IOSA 1IWUA 2DQCY 2FYCA 7LYZA 5LVIA 1VDTA 1HEOA 1LMNA 4LZTA 1WQQA 3A90A 1B7PA 1HFXA 3T6UA 1GFUA 3BKVA 1UUZC 4HTKA 5KY1A 5LIOA 1VEDA 3GXKA 4G4BA 4IJ4A 4HSFA 4XJGA 2Y8PA 1IVMA 5EBHA 5KXXA 3F6ZA 1LJHA 4J1BA 4PRQA 5DN4A 4M6DA 3AW6A 4N8ZA 1LZEA 4X3BA 1RFPA 3N9EA 2YSSC 4PRUA 1GFKA 1NF5A 4RW2A 3CSZA 3WXUA 5C6LA 4HV1A 4WLXA 2DQHY 1IR8A 1UBZA 4B4JA 2X0AA 1LOZA 1W08A 5FSTA 5HLLA 1LSYA 1JUGA 4I0CA 3RNXA 2I6ZA 1B2KA 4Z46A 2Z2FA 1AT5A 2BAAA 3LZ2A 4H8ZA 1VATA 3OJPA 4XJHA 4ETEA 4ZIXA 3LYTA 2YBLA 5ILCA 2Z19A 1IWWA 2LYMA 1BB3A 1JTOL 3P66A 4H8YA 1GF6A 1DPXA 4WM2A 5L9JA 4NGOA 1IP4A 1LHKA 4HPIA 4IATA 4RLMA 1FKQA 1LHLA 4NY5A 3A93A 1LSMA 4UWNA 1BHZA 2HECA 4W94A 2BQFA 1OUIA 1G7IC 3MGWA 1IY3A 3TXHA 3G3BB 4HTQA 5KKIA 1GE0A 1GB9A 4DD0A 3WU7A 2BPUA 3LYOA 4LT1A 5A3EA 5II3A 4EMNA 3A96A 4NG1A 2NWDX 3WU8A 4CFPA 3TXFA 5B1FA 4UWUA 3WMKA 1GBWA 1LYYA 2GV0A 2LYZA 1HEPA 1D6QA 4Z3MA 5I5QA 1VDQA 4H9BA 193LA 1D0LA 4WM1A 1GPQC 4KL7A 1H87A 4WLDA 1B7NA 1LSFA 1I20A 4YEOA 3W6BA 3HBHA 3BKHA 2D4KA 1B5XA 3A3QA 2D4IA 1IWXA 1G7JC 1AT6A 2XBRA 1LSCA 3WYHA 2MEDA 3P68A 4AXTA 1B7RA 1OUFA 3A67Y 5FELA 1JISA 4FDYA 4AGAA 134LA 1Z55A 4NWHA 4WM3A 4NFVA 5HNLA 1YANA 1UICA 1B9OA 1V7TA 1LCNA 4NGYA 3W6AA 1WQOA 4KPMA 5KXYA 1GAYA 2ZYCA 4ETCA 1HSXA 4H8XA 4NWEA 1EL1A 5M1YA 1JKBA 1F0WA 1G7MC 4LYBA 1LZNA 1NKHA 1LHMA 4N9RA 5LYMA 2D6BA 3B6LA 1LHJA 3WULA 4NGVA 4N5RA 1G7LC 3ZVQB 4QGZA 1LZTA 1OUHA 4WLYA 3ULRA 2MEAA 4G4CA 3AZ6A 5APEA 1UIDA 4LFXA 6LYTA 1JSEA 1FKVA 4N1CC 5JENB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 174LA 188LA 1LZ5A 1T6HA 2FBDA 1YL1X 1D6PA 4ARJA 1LYDA 5KXNA 207LA 1L37A 2ZQ4A 4MSTA 5HQ1A 4H9EA 1BB5A 3SP3A 1AZFA 1REYA 113LA 4AQNA 1AM7A 1B7QA 122LA 1LZYA 2N5ZA 1JKDA 1BB7A 4I8SA 5LVKA 3CT1A 3OE0A 1ZWNA 1UIGA 1L82A 4ML7A 4QDNA 1L42A 2BQGA 115LA 1QS5A 1OUAA 1UIAA 1YAOA 1B7SA 3JR6A 4OOTA 1J1OY 1A2YC 4GN5C 4DD7A 2IFFY 2HU1A 1GF3A 1GE3A 1GF5A 194LA 2G4NA 1LGWA 4CFOA 4WM4A 1L73A 1WTMA 1GDXA 4ZFPA 4DC4A 2HEFA 1IIZA 4NGIA 1KW5A 3SBAA 1LKRA 4BAFA 4I7JA 3CB7A 1L65A 1DKJA 1I6SA 4XENA 198LA 1JWRA 1UIHA 3W6FA 1L77A 4GCBA 1L75A 9LYZA 1IR9A 1T8GA 4WM5A 1YL0X 1LJEA 1LW9A 5LZMA 2F2QA 1D9WA 2C8PA 1CKHA 2D91A 3CDOA 158LA 1JEFA 1GXXA 1QIOA 1IP5A 1LJIA 2Z12A 256LA 4HV2A 224LA 1JJ0A 2L78A 1LYHA 1GE4A 142LA 4NSHA 1QTVA 141LA 3OE9A 2BLXA 1MELL 4I7SA 4MR1A 1WQRA 1L88A 3J6KA 1BGIA 1CJ6A 1L39A 4H92A 4QY9A 2HEEA 2QARC 2AUBA 3A6CY 1N4FA 216LA 3LZTA 1REZA 199LA 1L36A 2DQAA 2MEGA 1REMA 1YKZX 4HP0A 1UA6Y 1RJCB 2MEBA 1LSBA 156LA 1LZDA 229LA 240LA 1QUTA 1JTNA 5LVGA 2DQFC 2CDSA 239LA 4WO6A 4EOFA 1LYGA 3HU8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C45 A;  1GF8 A;  2DKV A;  3WH1 A;  1YAQ A;  4DD2 A;  4DD3 A;  1LZ5 A;  2BQJ A;  3EO5 A;  4OOO A;  1IX0 A;  2FBD A;  1INU A;  1YL1 X;  1D6P A;  1JIT A;  3CT0 A;  3J4G A;  3EBA B;  3FE0 A;  4C5F A;  5LIN A;  3WVY A;  5L3H A;  2F2N A;  2LZ2 A;  1OQM A;  1ZMY L;  2ZIK A;  4WO9 A;  1C43 A;  4DYG A;  4OWH A;  1LTM A;  207L A;  4NHI A;  2ZQ4 A;  1XFP L;  5KXN A;  3W3E A;  4NHT A;  3P64 A;  1GFV A;  4MST A;  5HQ1 A;  4H9E A;  3RZ4 A;  1BB5 A;  1IP7 A;  2BQC A;  3SP3 A;  4J7V A;  4ETA A;  1AZF A;  1REY A;  2ZIL A;  1JTP L;  1EQE A;  3W6D A;  4N0J A;  1AM7 A;  1LZ6 A;  1B7Q A;  1LZG A;  1LZY A;  2N5Z A;  3A94 A;  2PC2 A;  1JKD A;  1TBY A;  4GCE A;  1BB7 A;  2DQD Y;  4I8S A;  5LVK A;  4LFP A;  3HBE X;  1D0K A;  4H9C A;  1YRO A;  3CT1 A;  1D9U A;  3TXK A;  1BWJ A;  5LYT A;  3LYZ A;  3ZVQ A;  3WUA A;  1UIG A;  1DI4 A;  1GF4 A;  2CGI A;  4B4E A;  4CJ2 A;  2MEF A;  1HEW A;  4ML7 A;  4C3W A;  4QDN A;  1NDG C;  4KXI A;  3WPK A;  1LHI A;  2ZNX Y;  3P65 A;  2BQG A;  1IR7 A;  1OUD A;  3HBD A;  1H6M A;  1GBO A; 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 1GF6 A;  1DPX A;  4WM2 A;  5L9J A;  4NGO A;  1IP4 A;  1LHK A;  4HPI A;  4IAT A;  4RLM A;  1FKQ A;  1LHL A;  4NY5 A;  3A93 A;  1LSM A;  4UWN A;  1BHZ A;  2HEC A;  4W94 A;  2BQF A;  1OUI A;  1G7I C;  3MGW A;  1IY3 A;  3TXH A;  3G3B B;  4HTQ A;  5KKI A;  1GE0 A;  1GB9 A;  4DD0 A;  3WU7 A;  2BPU A;  3LYO A;  4LT1 A;  5A3E A;  5II3 A;  4EMN A;  3A96 A;  4NG1 A;  2NWD X;  3WU8 A;  4CFP A;  3TXF A;  5B1F A;  4UWU A;  3WMK A;  1GBW A;  1LYY A;  2GV0 A;  2LYZ A;  1HEP A;  1D6Q A;  4Z3M A;  5I5Q A;  1VDQ A;  4H9B A;  193L A;  1D0L A;  4WM1 A;  1GPQ C;  4KL7 A;  1H87 A;  4WLD A;  1B7N A;  1LSF A;  1I20 A;  4YEO A;  3W6B A;  3HBH A;  3BKH A;  2D4K A;  1B5X A;  3A3Q A;  2D4I A;  1IWX A;  1G7J C;  1AT6 A;  2XBR A;  1LSC A;  3WYH A;  2MED A;  3P68 A;  4AXT A;  1B7R A;  1OUF A;  3A67 Y;  5FEL A;  1JIS A;  4FDY A;  4AGA A;  134L A;  1Z55 A;  4NWH A;  4WM3 A;  4NFV A;  5HNL A;  1YAN A;  1UIC A;  1B9O A;  1V7T A;  1LCN A;  4NGY A;  3W6A A;  1WQO A;  4KPM A;  5KXY A;  1GAY A;  2ZYC A;  4ETC A;  1HSX A;  4H8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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