1RCMA

Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1rcmA00
5B06A 4NHPA 5I5QA 1QIOA 4UWUA 4NHQA 3A6BY 4H8ZA 1LHMA 1GBOA 1JTTL 3WW5A 4OWAA 1NDGC 1CKDA 1INUA 1IOSA 1MELL 3HBHA 4ETEA 4L41A 4QY9A 1GXV2 1LSZA 5KXMA 1IR9A 5C6LA 5APCA 1IWZA 4ET9A 3A3RX 1SQ2L 1TDYA 1BVKC 1JWRA 2EKSC 2MEEA 5D5CA 5KXNA 3TXEA 3TXJA 3P65A 1N4FA 1XGPC 2DQIY 4ETCA 1IWWA 3A91A 4NSIA 5FDJA 1YAQA 4RLMA 1CJ8A 1GFTA 4G4CA 2BQNA 4J0LA 1JKCA 1OUFA 2H5ZA 4DC4A 4H9CA 5L3HA 1LKRA 5C6JA 2XBRA 3G3BB 1HC0A 4NFVA 3VWOA 5B1GA 1UA6Y 4N0JA 4KXIA 4YF2A 5KXPA 4NSHA 2PC2A 1UACY 3AZ5A 1GE0A 1GHLA 1D6PA 1JPOA 1T6VL 1XGUC 4PRQA 4ZIXA 4WLTA 1NMMA 1BGIA 1FDLY 3TXHA 1IOCA 1JUGA 1OUGA 3WVXA 1UIEA 2HEDA 4U3XB 1G7IC 1RI8B 2W1LA 1ALCA 1JIYA 2BQDA 1QQYA 2CDSA 1IP1A 1MLCE 3IWRA 3OJPA 1HEWA 1W6ZA 2HEFA 2Z18A 1LJJA 1EQ4A 4H92A 4LT1A 4D9ZA 1GB5A 1HEOA 2XJWA 4IJ4A 2Z37A 1IWVA 4NGWA 4NHIA 4DWXA 1BQLY 5LYZA 3TXBA 3WUNA 1GFEA 2BQMA 2Z2EA 2MEGA 2G4QA 1YAOA 2D4KA 2ZNXY 4WM3A 1GFHA 5FHWA 1LSMA 2DQDY 5B59A 4CFOA 208LA 1GB8A 3CQLA 1VDPA 5J7CA 1UICA 1DPWA 5HMJA 4WO9A 4CJ2A 1CKCA 1QSAA 1REXA 1UIHA 1OUHA 4EOFA 1C7PA 1LYZA 1YL0X 3ZVQA 1GF7A 4XJHA 4W96A 2ZWBA 2BQLA 1HNLA 4B49A 5F14A 1JEFA 1IEEA 1I20A 4PHIA 3AYQA 1GAYA 4TTDA 1HFZA 3WUAA 4HJYA 4LYCA 4LYZA 1WQOA 1QTKA 1JISA 1WQQA 1GF0A 1DI3A 4H91A 4LT3A 1REZA 4BS7A 3HFMY 1B7QA 2A7DA 4N9RA 5LVIA 2BQBA 2YBJA 3CSQA 5HMVA 1IP6A 1IP7A 4H9FA 1HHLA 2LZ2A 3CB7A 1LMQA 5LAFA 1WVUA 5KKJA 1IC7Y 1LJEA 2YBNA 7LYZA 1LMPA 5L3IA 1IR8A 2MEFA 1B5UA 1I56A 1D6QA 5EBHA 1IP5A 1IVMA 1IOTA 1IIZA 1IWTA 1D0MA 3TXKA 3W6DA 1BB6A 1LMNA 4M4OA 3B0KA 1GF5A 3A67Y 3RT5X 1B7RA 4AXTA 1DZBX 1F6RA 2Z38A 3A94A 5APEA 5LA5A 2G4NA 4H9BA 5APFA 5DL9A 1NDMC 4NGLA 1XEKA 2BQKA 1NWGA 3A96A 3M3UA 1FBIX 1LZGA 4NHTA 4WM5A 1GB6A 1VDSA 2BQGA 2DKVA 1A2YC 4W94A 1LZNA 2W1MA 3RNXA 207LA 4H8XA 1LSPA 4J1AA 4WLXA 5KXRA 3WH1A 2YVBA 4LGKA 3LZ2A 1PZYA 1Z55A 4XADA 4ANRA 4HP0A 3AB6A 3RU5A 5LVJA 4WLDA 3TMVA 1C10A 2MEAA 2XTHA 5F9UA 6LYTA 1HEMA 3CT0A 1C43A 1HSXA 4H9IA 1LHHA 4XJBA 4NY5A 1XEJA 4WL7A 1FLQA 5A3ZA 1IY3A 1VDTA 1LJ4A 3A95A 4NWEA 4B4EA 4NSJA 5LVHA 4LYOA 4WMGA 1HEPA 1AKIA 4Z46A 1B0DA 1DKKA 4H90A 1JTOL 1OUJA 4I0CA 4ZFPA 4WOAA 4XENA 1LHJA 2BLXA 1GFGA 2YSSC 1HENA 1YILA 5DN5A 2YDGA 1YROA 1BWIA 4HPIA 3SP3A 3LHMA 4WM4A 1GE1A 4TWSA 4NHSA 1BWJA 2BQIA 1GF4A 1HMLA 5F9XA 1B7LA 3HBDA 1F6SA 1LSGA 1D9UA 2N5ZA 1B5XA 1LKSA 1KIQC 4NGJA 2A7FA 3AGIA 3W6AA 4B1AA 5I54A 1I1ZA 1GFRA 3IJVA 5I4XA 3WUMA 5I4WA 2MEBA 3D9AC 4J1BA 4UWVA 1OUEA 3GXRA 3A34A 5ILCA 1GFVA 2Y8PA 1OQMA 2HU3A 4OWBA 5APDA 1YAMA 1B5VA 1T3PA 3TMWA 2DQAA 4XYYA 5B05A 1ZVHL 3A93A 3LYMA 4NGYA 2ZILA 4BAPA 1IOQA 6LYZA 1REMA 1UUZC 2X0AA 5LVGA 4TSCA 2ZIKA 4DD7A 1KIRC 1JKDA 1HEQA 1NF5A 135LA 5KY1A 4QGZA 1CJ6A 1VEDA 4DD3A 1E8LA 4RLNA 1GB0A 1LSAA 3B72A 5KKIA 5FSTA 1GBXA 4WL6A 5F81A 3ZVQB 3IJUA 3F6ZA 1JSFA 5LYMA 1AM7A 1B7MA 1GPQC 3ATOA 1DI5A 4B0DA 3AZ7A 1QUTA 1G7MC 4NWHA 2MEIA 3WL2A 9LYZA 4GCDA 5LYTA 1YIKA 3N9CA 1HERA 1GBYA 4X3BA 4FJRA 1UIBA 1B7PA 1GFJA 1LZYA 4PGJB 1VFBC 4P2EA 1ZVYB 5KXOA 1CKHA 4EMNA 1HFYA 1GEVA 4YM8A 2F2NA 4MCKA 2W1YA 1BB4A 1GBWA 1IP4A 1LZ1A 3T6UA 4DT3A 154LA 4QDNA 1XGRC 1LJFA 5B07A 1IWYA 3N9EA 1JJ0A 1LZ4A 2EIZC 1LJKA 1HELA 5E4PA 2LZTA 2BQOA 1FKVA 2ZYCA 3J6KA 1XEIA 4HSFA 1GB7A 4KL7A 1VDQA 4C5FA 3FE0A 1GF8A 1GF9A 1LYYA 4GN5C 5FEKA 4ETDA 4GCBA 1B5YA 1DXJA 1QSWA 5M1YA 3EO5A 3KAMA 4N8ZA 5T3FA 4BAFA 4LYMA 1LSEA 1IO5A 1NBZC 5C6IA 3WXUA 4N5RA 1IR7A 1WQPA 1YQVY 1LSDA 2AUBA 1LZCA 4YENA 1LZ9A 3MGWA 4KPMA 4WLYA 4DD9A 1B5ZA 5KXKA 4G49A 1LSFA 3QE8A 1LZ6A 5HNCA 1XSFA 1OUBA 1WTMA 3WW6A 1A4VA 1LZAA 3B0OA 1JTPL 2CGIA 3BKHA 5LA8A 3W6BA 4CFPA 4PRUA 3ATNA 3EMSA 1IC4Y 2F30A 3T36A 1EQEA 1GB2A 3WPLA 1UIAA 4ET8A 1FLYA 4QEQA 2ZYPA 2H9JA 1UIFA 4NG8A 3WPJA 1LJ3A 1NQIA 1WTNA 1YKZX 3M18B 2EPEA 1G7LC 1LSYA 4NIJA 5HLLA 2DQGY 2XBSA 4GN4A 1SLYA 4H1PA 1GB9A 1LJNA 3AW6A 5LVKA 1H6MA 1W08A 4Z3MA 1JSEA 4G4HA 1C46A 5FELA 1JKBA 1BB5A 3P4ZA 1GDWA 4FDYA 1CNSA 2YBHA 3AW7A 1HFXA 2BLYA 2Z12A 3CT1A 1D0KA 3OK0A 1ZV5L 3FI7A 4H94A 4PPOA 4WG7A 2ZQ4A 3LYTA 3CSRA 1NHEA 4KT3A 2ZNWY 1LZBA 3AJNA 2BPUA 1GE2A 1LHKA 4LT0A 1UIGA 5B1FA 1LYSA 1GEZA 1B5WA 2BQHA 3A3QA 4GLAA 2HEBA 4XJDA 1GWDA 1LOZA 3LYOA 2BAAA 1V7SA 4NGIA 1BB7A 1LZEA 1P2CC 3TXIA 1DI4A 5II3A 3LZTA 1WQNA 3ZEKA 2EQLA 3P64A 4H93A 1IP2A 1WQMA 4DD0A 2I25L 5DN4A 2FBDA 1F10A 1LMTA 4YEMA 2ZIJA 1XGQC 4OWHA 1FLWA 1LZSA 1XFPL 1KXYA 2CWIA 2D6BA 5KXZA 1BVXA 1J1PY 3A90A 3TMUA 5JENB 4HTKA 1YAPA 4N1CC 4C3WA 1QTEA 1OP9B 5KXYA 1GE3A 4G9SA 4XJGA 1B2KA 4CHXA 2HTXA 4IASA 4MSTA 1TAYA 4UWNA 1LJHA 5AMYA 2FBBA 2WARA 4HV1A 4GCFA 5E9RA 1JITA 2I26L 2MECA 1C08C 2DQJY 1LZTA 1NKHA 1XGTC 1JHLA 1GFKA 3LN2A 4DYGA 4WM1A 3EBAB 5KJ9A 1GF6A 4TUNA 1LTMA 5IHGA 4B4JA 3QY4A 5ILFA 1UIDA 2BQCA 1IP3A 2BQAA 4H9AA 2LHMA 1OUDA 4XN6A 1QDTA 4DDBA 4HTQA 2LYZA 2D4JA 4ZEEA 1LYOA 3WULA 1GXXA 2DQEY 3EXDA 4E3UA 1VATA 2BQFA 3B6LA 1RJCB 3N9AA 3CSZA 5F16A 4R6CA 1TBYA 1LZ5A 5HQ1A 1YANA 2FYCA 4AGAA 4ETAA 2W1XA 3AZ6A 2C8OA 2MEHA 2CJLA 4OOTA 193LA 1JJ1A 3J4GA 4H9HA 1DKJA 2VB1A 2BQEA 3G3AB 2HUBA 1UCOA 2B5ZA 2IFFY 4OOOA 4LT2A 4RW2A 3RZ4A 1GBZA 4HPEA 4MR1A 4NGZA 4RDSA 4Z98A 4DD1A 4IATA 1LMAA 153LA 1GFAA 1GDXA 1AZFA 2GV0A 194LA 2HECA 5DLAA 1KXXA 4YEOA 3P66A 4I8SA 1NBYC 3AGHA 3BKVA 1C45A 1CKGA 5KXLA 1LPIA 2Q0MX 4HJZA 1LZDA 5A3EA 1LSNA 5LINA 4HV2A 1EQ5A 4GN3A 1LAAA 2I6ZA 4NGKA 1FKQA 3A6CY 2G4PA 1FLUA 1QDRA 4LYBA 2D4IA 4NSGA 3A8ZA 2MEDA 5LAGA 4NGVA 4HJVA 1J1XY 2YBLA 1YL1X 2D91A 1LJIA 4LYTA 1B9OA 4M6DA 4OWEA 5IDDA 1JJ3A 1LZ8A 3P68A 3WYHA 3TXGA 1JKAA 4DD2A 1GFUA 3D3DA 1IC5Y 1OUIA 2HEEA 4OW1A 1FN5A 1B7OA 1CKFA 4G4BA 1WVVA 4O34A 3A92A 1IY4A 3LYZA 1DPXA 4II8A 4OWCA 1YKXX 3CT5A 3W3EA 1UBZA 2RSCA 3TXDA 4B4IA 1LHIA 1EL1A 1B7NA 4R0FA 3E3DA 132LA 1VAUA 2FYDA 1BB3A 1HSWA 2YBIA 3WU8A 1IWXA 1RCMA 4TSBA 3ULRA 1TCYA 1HF4A 1B7SA 3K3TA 4LFPA 5DM9A 4NEBA 1HMKA 1G7JC 5I4YA 1RE2A 1YKYX 4YOPA 4WM6A 1UC0A 1O23A 1CJ7A 1IX0A 2Z2FA 5FCPA 2BQJA 5L9JA 4LZTA 5IELA 3RW8A 3B0IA 1OUAA 1WQRA 2DQCY 1ZMYL 8LYZA 1GF3A 1H87A 2DQHY 4Z41A 4WM2A 1LMCA 2DBTA 1AT6A 3HBEX 3WPKA 1PS5A 4H8YA 4WO6A 3QNGA 2HEAA 3AGGG 1AT5A 3W6FA 4NG1A 1REYA 4A7DA 4GLVA 4XJIA 4BADA 1GAZA 3TMXA 5LIOA 1LSCA 2DQFC 4PJ2C 1IORA 4J7VA 4GCCA 5HNLA 3WMKA 1J1OY 2YBMA 3WU7A 4WG1A 2ZQ3A 4N1EI 1IWUA 3W6EA 4XJFA 5K7OA 2Z39A 4H9EA 4CGEA 1CJ9A 4ML7A 3TXFA 1LMOA 1BWHA 4NGOA 1RFPA 2LYMA 1DQJC 5KXSA 1D0LA 1F0WA 2C8PA 4RW1A 3WXTA 5LXWA 4ETBA 1QUSA 1KXWA 1TEWA 2LYOA 4GCEA 1LZRA 1LSBA 3AZ4A 2H9KA 5D5FA 2NWDX 1G7HC 4LFXA 1OUCA 5I53A 4DDCA 1BHZA 2F4GA 133LA 2IHLA 5KXXA 1LJGA 2HU1A 2F4AA 3GXKA 1GE4A 2Z19A 5KXTA 1KIPC 4TX7A 4HTNA 3WU9A 3WVYA 1GB3A 3W6CA 1GBSA 1GD6A 134LA 1V7TA 1LHLA 1LCNA 4DDAA 5KXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I5QA 3PBLA 1JTTL 1NDGC 1MELL 1INUA 4L41A 244LA 5KXMA 3A3RX 1L26A 1BVKC 1LPYA 2MEEA 1CU5A 1L69A 1IWWA 1L56A 4J0LA 1JKCA 4H9CA 5I14A 5L3HA 219LA 1HC0A 1OWYA 3VWOA 3HT6A 5B1GA 5KXPA 1UACY 1GE0A 1PQOA 1JPOA 1T6VL 4PRQA 4WLTA 3TXHA 1IOCA 1JUGA 1OUGA 1RI8B 4ARQB 3OE0A 1QQYA 2OEAX 3IWRA 2Z18A 1LJJA 1GB5A 260LA 4IJ4A 5ILCA 1L30A 1BQLY 3TXBA 3WUNA 2G4QA 1YAOA 1L70A 5FHWA 1LYDA 3L64A 4YX7C 2B6YA 157LA 1DPWA 1D2WA 1REXA 1UIHA 1YL0X 1L85A 2ZWBA 4B49A 5F14A 1G0JA 1IEEA 168LA 1GAYA 4TTDA 1HFZA 3WUAA 1L36A 1L71A 1GF0A 262LA 3SB8A 1C6LA 2BQBA 4H9FA 1LMQA 5LAFA 1WVUA 5KKJA 2YBNA 1LMPA 3HTFA 1CV0A 2MEFA 3DN6A 250LA 5EBHA 4M4OA 1D0MA 3DN3A 3A67Y 3RT5X 2Z38A 5LA5A 2G4NA 2BQKA 3M3UA 1L89A 1GB6A 1A2YC 2W1MA 3RNXA 207LA 205LA 1LSPA 4WLXA 5KXRA 4LGKA 1Z55A 2L78A 4XADA 3C7WA 1C6GA 1C43A 3SB7A 4XJBA 4ARMA 1C69A 2B70A 1XEJA 177LA 5A3ZA 3A95A 4B4EA 4LYOA 125LA 1B0DA 1JTOL 1OUJA 4I0CA 1LHJA 2BLXA 1GFGA 2YSSC 3CDVA 1YROA 4HPIA 188LA 181LA 4WM4A 1GE1A 243LA 1BWJA 5F9XA 1SWYA 3HBDA 189LA 1D9UA 4B1AA 1KIQC 1GFRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B06 A;  4NHP A;  5I5Q A;  1QIO A;  4UWU A;  4NHQ A;  3A6B Y;  4H8Z A;  1LHM A;  1GBO A;  1JTT L;  3WW5 A;  4OWA A;  1NDG C;  1CKD A;  1INU A;  1IOS A;  1MEL L;  3HBH A;  4ETE A;  4L41 A;  4QY9 A;  1GXV 2;  1LSZ A;  5KXM A;  1IR9 A;  5C6L A;  5APC A;  1IWZ A;  4ET9 A;  3A3R X;  1SQ2 L;  1TDY A;  1BVK C;  1JWR A;  2EKS C;  2MEE A;  5D5C A;  5KXN A;  3TXE A;  3TXJ A;  3P65 A;  1N4F A;  1XGP C;  2DQI Y;  4ETC A;  1IWW A;  3A91 A;  4NSI A;  5FDJ A;  1YAQ A;  4RLM A;  1CJ8 A;  1GFT A;  4G4C A;  2BQN A;  4J0L A;  1JKC A;  1OUF A;  2H5Z A;  4DC4 A;  4H9C A;  5L3H A;  1LKR A;  5C6J A;  2XBR A;  3G3B B;  1HC0 A;  4NFV A;  3VWO A;  5B1G A;  1UA6 Y;  4N0J A;  4KXI A;  4YF2 A;  5KXP A;  4NSH A;  2PC2 A;  1UAC Y;  3AZ5 A;  1GE0 A;  1GHL A;  1D6P A;  1JPO A;  1T6V L;  1XGU C;  4PRQ A;  4ZIX A;  4WLT A;  1NMM A;  1BGI A;  1FDL Y;  3TXH A;  1IOC A;  1JUG A;  1OUG A;  3WVX A;  1UIE A;  2HED A;  4U3X B;  1G7I C;  1RI8 B;  2W1L A;  1ALC A;  1JIY A;  2BQD A;  1QQY A;  2CDS A;  1IP1 A;  1MLC E;  3IWR A;  3OJP A; 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 2FYD A;  1BB3 A;  1HSW A;  2YBI A;  3WU8 A;  1IWX A;  1RCM A;  4TSB A;  3ULR A;  1TCY A;  1HF4 A;  1B7S A;  3K3T A;  4LFP A;  5DM9 A;  4NEB A;  1HMK A;  1G7J C;  5I4Y A;  1RE2 A;  1YKY X;  4YOP A;  4WM6 A;  1UC0 A;  1O23 A;  1CJ7 A;  1IX0 A;  2Z2F A;  5FCP A;  2BQJ A;  5L9J A;  4LZT A;  5IEL A;  3RW8 A;  3B0I A;  1OUA A;  1WQR A;  2DQC Y;  1ZMY L;  8LYZ A;  1GF3 A;  1H87 A;  2DQH Y;  4Z41 A;  4WM2 A;  1LMC A;  2DBT A;  1AT6 A;  3HBE X;  3WPK A;  1PS5 A;  4H8Y A;  4WO6 A;  3QNG A;  2HEA A;  3AGG G;  1AT5 A;  3W6F A;  4NG1 A;  1REY A;  4A7D A;  4GLV A;  4XJI A;  4BAD A;  1GAZ A;  3TMX A;  5LIO A;  1LSC A;  2DQF C;  4PJ2 C;  1IOR A;  4J7V A;  4GCC A;  5HNL A;  3WMK A;  1J1O Y;  2YBM A;  3WU7 A;  4WG1 A;  2ZQ3 A;  4N1E I;  1IWU A;  3W6E A;  4XJF A;  5K7O A;  2Z39 A;  4H9E A;  4CGE A;  1CJ9 A;  4ML7 A;  3TXF A;  1LMO A;  1BWH A;  4NGO A;  1RFP A;  2LYM A;  1DQJ C;  5KXS A;  1D0L A;  1F0W A;  2C8P A;  4RW1 A;  3WXT A;  5LXW A;  4ETB A;  1QUS A;  1KXW A;  1TEW A;  2LYO A;  4GCE A;  1LZR A;  1LSB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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