216LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKWELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 216lA00
255LA 4DAJA 1LYGA 1LI2A 1LGUA 1QT4A 1ZURA 1P64A 216LA 1PQOA 4I7PA 1L60A 1DYCA 1L63A 1ZYTA 3OE8A 3C8RA 1L41A 1L79A 3GUJA 3PDSA 160LA 1C65A 3HT7A 246LA 2RAZX 1PQKA 2NTGA 250LA 2RBNA 225LA 1CU2A 1QUGA 3HDEA 165LA 1QT6A 3DN8A 2B6YA 2OE4X 1CX7A 1L39A 1C6BA 3DN0A 3SBAA 3VW7A 1L21A 3SB6A 1CU6A 3ODUA 2RBSA 1EPYA 3NYAA 1CV3A 2B74A 1KS3A 4EPFA 3JR6A 4W59A 229LA 1L26A 1C6HA 4ARQB 1QUDA 150LA 158LA 1L89A 1SSYA 1P37A 3HH6A 123LA 1LW9A 4ARPA 1CV6A 1OVHA 2F2QA 2RBPA 3C80A 1P3NA 1G0JA 1C64A 1LWKA 3F8VA 228LA 2RAYX 1L52A 1L47A 1L84A 223LA 1DYAA 1L50A 1LGXA 2B70A 3D4SA 161LA 233LA 2OEAX 1C6FA 1L77A 1P7SA 1L86A 2ANVA 4EJ4A 5LZMA 3HUQA 2B6WA 1L09A 1L24A 2L78A 1L31A 1P2RA 3HT6A 1QTHA 4I7MA 1L32A 230LA 1SX7A 182LA 1L72A 4ARQA 1L35A 3HTBA 1T8GA 1XEPA 2HUMA 3C7YA 1P6YA 3GUIA 1L87A 3OE6A 3LZMA 1SWYA 4I7SA 1L91A 152LA 2O7AA 3DN3A 2RBRA 2B75A 235LA 4EKRA 163LA 1CVKA 251LA 3CDRA 2Q9DA 3HH4A 4K5YA 3V2WA 1L0JA 2CUUA 2F47A 1L58A 2Q9EA 4I7NA 183LA 4W58A 1L11A 127LA 1LGWA 1L46A 3DN6A 1P5CA 3SBBC 144LA 1L49A 3UONA 1G0QA 3GULA 1DYFA 2Z6BA 4PJZA 3GUMA 1L07A 3HH5A 1L57A 1L37A 143LA 1OV5A 1LYEA 176LA 3CDTA 1L82A 214LA 1T6HA 1L12A 1LLHA 1L01A 147LA 1L64A 206LA 3G3VA 1D3MA 3K2RA 1C66A 1LYDA 4DJHA 140LA 3C8SA 1L45A 2LC9A 1KY1A 4EKQA 189LA 1C6PA 4W52A 3OE9A 1I6SA 1QTBA 1QSQA 1LYIA 205LA 248LA 3HU8A 122LA 215LA 4I7OA 1XJTA 262LA 4EKSA 162LA 1QUHA 3SB9A 1G0PA 211LA 1DYDA 149LA 171LA 3RZEA 3DN2A 4I7LA 3NY9A 3FA0A 209LA 218LA 257LA 1D3JA 174LA 1DYBA 242LA 2RBOA 3C7WA 3GUOA 111LA 139LA 1KNIA 118LA 243LA 2B6XA 234LA 1OVJA 1PQDA 1L62A 1CV0A 3HDFA 3HTGA 1G1VA 4YXAC 1NHBA 2QARC 184LA 1CV5A 1G07A 1L66A 1L73A 239LA 1C6TA 2ANXA 1L81A 2HULA 4I7JA 3C82A 245LA 4ZPUA 175LA 1L65A 1KW7A 166LA 1L15A 1L43A 2OTYX 4EXMA 1CX6A 2OU0X 238LA 4S0WA 112LA 1XJUA 131LA 3DMXA 3HH3A 1CUQA 1L27A 3EMLA 1L69A 227LA 180LA 1LPYA 142LA 1G0KA 172LA 1L90A 1C6QA 107LA 1LI6A 1L48A 3DKEX 4I7TA 114LA 1L03A 1PQJA 1L68A 2LZMA 102LA 1K28A 4I7QA 187LA 3HUAA 1P46A 156LA 3C81A 3V2YA 178LA 1CU5A 1SSWA 164LA 1CU3A 259LA 1L04A 1L96A 236LA 1L42A 3F9LA 1L14A 2B73A 4LDEA 3GUNA 190LA 195LA 186LA 3DNAA 1C69A 4E97A 1L36A 1L97A 1PQIA 1L93A 1L92A 4W54A 1PQMA 3NY8A 1QUOA 1L70A 4LDLA 3G3WA 1C68A 1L88A 3L2XA 169LA 1T97A 1JTNA 1C61A 141LA 1C6AA 247LA 256LA 2RH1A 252LA 3GUKA 1L80A 2O4WA 1C6JA 3HWLA 1L99A 241LA 3DMVA 1L71A 4W55A 2RB2X 4W56A 249LA 1L38A 1ZWNA 167LA 1KW5A 1L34A 212LA 3HT8A 1L30A 4W53A 1QT5A 1CU0A 113LA 237LA 1L59A 3C83A 4GBRB 1L75A 1L44A 1QT8A 198LA 1L85A 200LA 1P2LA 1L23A 199LA 2OU9A 2RB0X 2OU8A 3HT9A 4I7RA 146LA 1T8FA 103LA 1OWZA 2B72A 1OYUA 1L98A 1D9WA 3FADA 1L20A 6LZMA 1LYHA 196LA 254LA 1C6IA 1L94A 1DYGA 1L76A 2IGCA 177LA 1L19A 125LA 1QS5A 1D3NA 1LYJA 188LA 2NTHA 3G3XA 126LA 1G0MA 151LA 1WTHA 138LA 261LA 260LA 221LA 4LZMA 157LA 2OE9X 1L18A 1L33A 4ARMB 2O79A 2B6TA 1L53A 1JQUA 226LA 3HTFA 1C6EA 4W57A 1G1WA 224LA 2RB1X 1OVKA 168LA 3L64A 244LA 4W51A 1P36A 1C62A 1L06A 145LA 1L67A 1L16A 3DN1A 3CDOA 220LA 1L25A 1C67A 1LWGA 2F32A 7LZMA 3C8QA 3QAKA 1G0GA 2OTZX 1QTVA 231LA 3SN6R 1C6LA 192LA 1L40A 1C63A 1SX2A 1L29A 1SWZA 1QTDA 1C6DA 1P56A 2B7XA 137LA 170LA 1OV7A 210LA 1L56A 1G06A 185LA 2HUKA 4ARMA 1QT7A 181LA 130LA 1L02A 4IAPA 1L95A 213LA 3C7ZA 1CV1A 1L05A 3SB8A 1C6MA 197LA 2RBQA 191LA 3HUKA 159LA 1CV4A 253LA 2QB0B 120LA 1B6IA 115LA 1C6NA 4GRVA 108LA 1JTMA 173LA 1QS9A 1L55A 1OWYA 219LA 3OE0A 2LCBA 1L13A 3CDVA 4YXCA 4AQNA 1L0KA 1D2WA 1D3FA 3HTDA 1C6KA 4I7KA 4OO9A 1L08A 4ARLA 1C60A 1G0LA 1L22A 1C6CA 3SB7A 109LA 1L28A 4YX7C 1LYFA 1LI3A 3GUPA 1L17A 3FI5A 155LA 3CDQA 1L61A 4DKLA 1QT3A 2OE7X 110LA 4EKPA 104LA 1L54A 222LA 4PK0A 2A4TA 217LA 3DMZA 1QTZA 128LA 148LE 1L10A 1QSBA 1QTCA 3PBLA 4ARJA 129LA 1L83A 2B6ZA 1TLAA 1D2YA 1CUPA 4LDOA 1T8AA 4EPIA 201LA 1CTWA 119LA 3HU9A 3DN4A 1KY0A 1DYEA 1C6GA 232LA 3RUNA 240LA 1L74A 1L00A 258LA 5I14A 1L51A 3SB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DAJA 4Z98A 1UIGA 1LGUA 4CFPA 4I7PA 1L60A 1DYCA 1QIOA 3W6DA 4YOPA 1A4VA 1OUFA 3ZEKA 5KJ9A 3HDEA 3DN8A 1T3PA 1L39A 1ZV5L 2HEDA 3SBAA 4DD2A 1LZ5A 3SB6A 2ZNXY 1JEFA 2BQIA 1D0LA 4W59A 1Z55A 4HSFA 1C6HA 4FDYA 1DI5A 1LZDA 158LA 2G4PA 5IDDA 1LW9A 2Z19A 1OP9B 1YILA 2YBHA 4PRQA 5APEA 5B05A 1CV6A 5JENB 1OVHA 3C80A 5LVIA 1P3NA 5KXWA 1B7PA 2RAYX 1GB6A 1L50A 1XGRC 208LA 1CJ8A 161LA 1J1XY 233LA 4H9CA 5KXPA 3WU9A 5LZMA 1HFYA 2MEAA 2YBMA 4H91A 3HT6A 1EQ4A 4YEOA 1GBSA 2EQLA 1LHMA 1SX7A 1L72A 1XSFA 1T8GA 1XEPA 1P6YA 2D6BA 2N5ZA 4LT2A 2H9JA 1CKDA 3WULA 2RBRA 4EKRA 2BAAA 1C10A 2BQDA 3D9AC 4PGJB 1JKAA 5ILCA 1G7JC 4LT0A 2CUUA 1L58A 4OWCA 1LMAA 2Q9EA 183LA 1UA6Y 1JTPL 1L46A 3DN6A 1P5CA 5KXRA 144LA 1L49A 4RLNA 1G0QA 3CSZA 1DYFA 1LZGA 2Z6BA 4IJ4A 3GUMA 1LSCA 1GHLA 1JTOL 4ETDA 143LA 5I54A 1OV5A 2LZTA 1GFGA 1JKCA 3W6FA 147LA 1RJCB 1B7QA 1LJIA 1DPXA 5E9RA 2LC9A 5LYZA 2Z12A 4HPEA 4NSIA 4DD3A 1I6SA 1QSQA 205LA 3ATOA 4KPMA 3HU8A 1YQVY 5KY1A 3TXBA 4I7OA 1NHEA 4NHIA 1LZ8A 1TCYA 3W3EA 1VFBC 1G0PA 1DYDA 3RZEA 4WL6A 1LSZA 1D3JA 242LA 5HNCA 2Z38A 139LA 118LA 1IVMA 3A92A 4B4EA 4DDBA 1L62A 1G1VA 2F30A 2YBNA 4YXAC 2QARC 1B2KA 1CV5A 2GV0A 1G07A 4DQ5A 239LA 2FYDA 1LZYA 1B5XA 3C82A 245LA 4AXTA 1L65A 1KW7A 4EXMA 2MEGA 2OTYX 4NWEA 3RU5A 238LA 4S0WA 1AT6A 5D5FA 1IWWA 5APDA 1HF4A 1O23A 4TTDA 227LA 1LPYA 3QNGA 1GF5A 5I4WA 1L90A 1C6QA 1JKDA 1GFHA 2MEIA 1L48A 3WUNA 1L68A 4H90A 4ZFPA 2LZMA 4OWBA 187LA 178LA 1CU5A 4D9ZA 1L04A 4LDEA 5DN4A 5FDJA 1C69A 1HMLA 1LJJA 1L92A 1WQPA 1IOSA 2XQOA 3G3WA 169LA 2A7DA 1T97A 4O34A 1JTNA 3WPLA 4DD7A 3GUKA 1L80A 3G3AB 6LYZA 135LA 3HWLA 1LSDA 4XJBA 5DL9A 1D0KA 1BVKC 4W55A 4WLTA 2VB1A 5ILFA 1F10A 1YAQA 1GE3A 1LMNA 1J1PY 1L34A 3VWOA 1WTNA 3HT8A 1WQMA 1L30A 1QT5A 9LYZA 4J1AA 1CU0A 3J6KA 1L59A 2LZ2A 1QT8A 1HSWA 1NF5A 1NDGC 1GBWA 1GBYA 1NKHA 3HT9A 5APCA 1T8FA 103LA 2B72A 5IELA 4DD9A 5F14A 254LA 1DYGA 1L76A 1QUTA 1QS5A 1D3NA 2Z37A 1LYJA 1LYOA 1E8LA 1G0MA 1WTHA 260LA 4LZMA 3A6CY 1IP1A 2X0AA 1LMQA 2DQHY 4W57A 3WH1A 1AT5A 1DI3A 3CQLA 1BHZA 4WG1A 1L67A 3B0KA 4NHTA 2BQFA 4XENA 1L16A 4ET8A 3CT5A 1C67A 3B72A 3RT5X 3QAKA 1G0GA 1ZMYL 1C6LA 4WLDA 4ML7A 1LHKA 4LGKA 3IJUA 2ZILA 1L56A 1IORA 3AZ7A 130LA 1L02A 2DQDY 4XJGA 2HU1A 191LA 159LA 1CV4A 253LA 115LA 1C08C 5LVKA 1FBIX 2LYZA 1NDMC 3AJNA 3ULRA 1OUHA 1OWYA 219LA 3A67Y 5D5CA 3CDVA 1FN5A 5KKIA 1I20A 1L0KA 1LSYA 4H9AA 2G4QA 1GBOA 4B4JA 1GFKA 3WUMA 3TXEA 4LYCA 1F0WA 1C60A 3SB7A 5HQ1A 1CJ9A 4YX7C 4ETCA 3AGGG 1LI3A 3GXRA 1UIBA 4GCDA 3AZ4A 4XJFA 5F16A 4H94A 1L54A 3A96A 1GF6A 1VATA 5I4XA 1DKKA 1JJ1A 4WM3A 148LE 4NGZA 5B59A 1BWHA 1L10A 5B07A 1RCMA 3PBLA 3BKHA 1L83A 5C6IA 1T8AA 4EPIA 1PS5A 201LA 1CTWA 1IWUA 3HBHA 4C5FA 3DN4A 1LZTA 1QTEA 1UICA 3LYTA 5I14A 4NGWA 3HH5A 1L51A 4NG1A 4NWHA 1LSNA 1LI2A 1ZURA 1P64A 216LA 1PQOA 1YL0X 4RW2A 1INUA 3AGHA 4QDNA 1L41A 2EPEA 4LFPA 4XN6A 4HTQA 2EIZC 1LSFA 1C65A 246LA 2RAZX 4H93A 1C45A 1PQKA 2NTGA 4WM1A 1UIEA 2RBNA 1QUGA 2OE4X 1BB5A 2HEEA 3DN0A 5KXXA 4YM8A 1B7LA 1IR8A 3ODUA 1CKHA 5LVHA 2B74A 5KXMA 4PJ2C 1KS3A 1TDYA 229LA 1IP5A 1IP4A 4KXIA 1LZAA 1L89A 4HTNA 3TXIA 4H9IA 3F8VA 1VDSA 1L47A 1L84A 3WW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DAJ A;  4Z98 A;  1UIG A;  1LGU A;  4CFP A;  4I7P A;  1L60 A;  1DYC A;  1QIO A;  3W6D A;  4YOP A;  1A4V A;  1OUF A;  3ZEK A;  5KJ9 A;  3HDE A;  3DN8 A;  1T3P A;  1L39 A;  1ZV5 L;  2HED A;  3SBA A;  4DD2 A;  1LZ5 A;  3SB6 A;  2ZNX Y;  1JEF A;  2BQI A;  1D0L A;  4W59 A;  1Z55 A;  4HSF A;  1C6H A;  4FDY A;  1DI5 A;  1LZD A;  158L A;  2G4P A;  5IDD A;  1LW9 A;  2Z19 A;  1OP9 B;  1YIL A;  2YBH A;  4PRQ A;  5APE A;  5B05 A;  1CV6 A;  5JEN B;  1OVH A;  3C80 A;  5LVI A;  1P3N A;  5KXW A;  1B7P A;  2RAY X;  1GB6 A;  1L50 A;  1XGR C;  208L A;  1CJ8 A;  161L A;  1J1X Y;  233L A;  4H9C A;  5KXP A;  3WU9 A;  5LZM A;  1HFY A;  2MEA A;  2YBM A;  4H91 A;  3HT6 A;  1EQ4 A;  4YEO A;  1GBS A;  2EQL A;  1LHM A;  1SX7 A;  1L72 A;  1XSF A;  1T8G A;  1XEP A;  1P6Y A;  2D6B A;  2N5Z A;  4LT2 A;  2H9J A;  1CKD A;  3WUL A;  2RBR A;  4EKR A;  2BAA A;  1C10 A;  2BQD A;  3D9A C;  4PGJ B;  1JKA A;  5ILC A;  1G7J C;  4LT0 A;  2CUU A;  1L58 A;  4OWC A;  1LMA A;  2Q9E A;  183L A;  1UA6 Y;  1JTP L;  1L46 A;  3DN6 A;  1P5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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