217LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKEELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 217lA00
2A4TA 2RAYX 2NTGA 1G0LA 1KW7A 110LA 3C8QA 1XJTA 1P56A 1DYCA 129LA 2OU8A 1C6PA 3G3VA 1L93A 2B75A 3UONA 3HUAA 2O7AA 1XJUA 4W56A 1B6IA 216LA 4I7QA 1L23A 3SN6R 147LA 158LA 1L03A 4K5YA 173LA 1QTCA 2L78A 1L72A 3DMZA 1KY1A 3D4SA 164LA 4ARMA 248LA 191LA 198LA 1L52A 125LA 1L83A 3FA0A 1C6BA 3HT9A 142LA 1L97A 206LA 251LA 3SBAA 1OWZA 119LA 4I7PA 4I7RA 1CUQA 247LA 212LA 2ANXA 2B6ZA 254LA 1G0JA 4EJ4A 4I7MA 1L96A 4YXAC 166LA 3C8SA 3HTDA 1QT3A 1L06A 1DYGA 1L15A 2HUMA 205LA 3DN1A 3L2XA 4W59A 1CU0A 1D3MA 3HU9A 1D2YA 1C64A 1L53A 4DKLA 148LE 1L79A 4ARPA 4W54A 1LGUA 1L30A 1LYFA 3CDTA 3GUPA 4GRVA 187LA 185LA 3LZMA 1D3NA 1L64A 261LA 262LA 2QARC 1L67A 1JTMA 1L89A 1L41A 213LA 1L19A 118LA 1L43A 1QTBA 165LA 1C6GA 4ARMB 1G07A 1CU6A 1L66A 1L48A 1L95A 1L02A 1L75A 2OE9X 1KNIA 228LA 1L59A 1LYEA 1JQUA 2F32A 1C6FA 1L74A 3V2WA 1L80A 167LA 1G0KA 3DN0A 109LA 1L26A 1L77A 144LA 1L31A 4W52A 3SB7A 1C67A 3HUQA 1C68A 1L07A 1LYIA 1L55A 1L20A 1QT7A 1L0JA 215LA 102LA 4I7NA 1LYJA 222LA 108LA 1L81A 3HH5A 1QS9A 3G3XA 176LA 1L51A 3GUJA 2RH1A 112LA 1LLHA 1C60A 3EMLA 1C6EA 6LZMA 120LA 1CV1A 3F9LA 3HT6A 4EKSA 107LA 218LA 4LZMA 256LA 1G0MA 1P7SA 137LA 4EXMA 1G0PA 1T8FA 241LA 4ARQA 3JR6A 1L99A 2HUKA 1OVHA 3L64A 1L50A 4LDOA 3HT8A 3HUKA 3SB8A 180LA 244LA 223LA 1L68A 3SBBC 2ANVA 3CDRA 1CX6A 1L38A 182LA 2OU9A 3FADA 1L27A 190LA 192LA 4YXCA 3GUNA 1L16A 2B6XA 1PQJA 115LA 1L56A 4EKQA 1G1WA 224LA 149LA 3RUNA 3SB9A 4AQNA 1LWGA 1ZWNA 1C6DA 1L04A 1L10A 1OV7A 1P64A 151LA 209LA 245LA 1L88A 242LA 1LI6A 4W57A 4EKPA 1L46A 1L73A 1L49A 3HWLA 1C6IA 1D3FA 3NY9A 3C7YA 1L28A 1L98A 1L60A 226LA 4OO9A 4I7TA 3GUOA 4PJZA 238LA 1TLAA 4GBRB 186LA 1L45A 4ARQB 1L24A 1CU3A 1L42A 1PQDA 104LA 1L21A 1QT6A 7LZMA 1CV5A 259LA 1L82A 152LA 2RBSA 1LW9A 1LGXA 1WTHA 4EPFA 150LA 1D2WA 1L62A 1L87A 1OVKA 1L44A 2OEAX 221LA 1DYAA 3CDQA 3K2RA 1L54A 1T97A 2OE4X 4DJHA 1ZYTA 1L58A 225LA 1PQMA 4ZPUA 1L71A 1P36A 217LA 1L37A 3OE9A 1L22A 127LA 239LA 1G0QA 1CU2A 123LA 1C62A 1P3NA 1EPYA 1G0GA 1L36A 1L69A 249LA 3NY8A 1QT5A 3G3WA 1LGWA 1C6HA 250LA 2RBPA 1L63A 171LA 4LDLA 1L92A 1JTNA 155LA 122LA 1L25A 145LA 3C80A 2B6WA 1P2RA 234LA 255LA 1P46A 3OE0A 1L01A 1T6HA 3DN6A 3C8RA 3DMXA 3C81A 1CU5A 1SSYA 1L84A 1PQKA 200LA 1C65A 3QAKA 2HULA 3HDEA 3HH3A 4W55A 233LA 168LA 3DN2A 231LA 3OE6A 3HT7A 2Z6BA 3SB6A 1L70A 3HTBA 2OE7X 1C6KA 2Q9DA 220LA 1L47A 257LA 2B6TA 3RZEA 196LA 1D3JA 1OVJA 1DYBA 3GUKA 4W53A 1XEPA 140LA 253LA 1L76A 1QUGA 2O79A 2RBRA 2B70A 237LA 2IGCA 188LA 4ARJA 3C82A 128LA 1P37A 2RAZX 243LA 2B6YA 1L08A 1PQOA 131LA 199LA 1OWYA 219LA 1PQIA 3C7ZA 214LA 1L65A 3DNAA 1QSBA 3GUIA 1C6LA 1C6JA 1T8AA 2B74A 1DYEA 114LA 183LA 4EPIA 1G1VA 2F47A 143LA 146LA 2Q9EA 1OV5A 3VW7A 1QUDA 3FI5A 2RBQA 1L18A 2B72A 1L12A 4LDEA 227LA 157LA 1KY0A 1KS3A 1C61A 1LYGA 252LA 178LA 1L09A 3C83A 4IAPA 2QB0B 211LA 103LA 4I7OA 4DAJA 1QUOA 138LA 170LA 1L57A 1OYUA 1C66A 2CUUA 1G06A 240LA 4W58A 1L29A 1CV6A 1P2LA 4W51A 2RBNA 3HDFA 113LA 1L11A 1NHBA 2OTZX 172LA 5LZMA 3DMVA 2NTHA 3HTGA 177LA 1C6QA 1DYDA 1C6NA 184LA 1SSWA 1LI2A 1ZURA 1CUPA 1L86A 3SB5A 210LA 130LA 3NYAA 163LA 2RB1X 1LWKA 1QTDA 2OU0X 4S0WA 1L85A 139LA 4I7JA 2RB0X 1SX2A 1C6AA 236LA 2RBOA 1QUHA 3HH6A 1L35A 1LI3A 1DYFA 2LC9A 3GUMA 1L40A 1CX7A 4E97A 1SX7A 126LA 1L14A 161LA 4EKRA 1L13A 4YX7C 3PDSA 1QTZA 1L61A 3OE8A 159LA 1KW5A 1P6YA 3GULA 2LZMA 1C69A 229LA 1C6CA 1CTWA 1T8GA 1L05A 258LA 2OTYX 4I7SA 141LA 1L94A 3PBLA 1LYHA 2LCBA 1CV4A 1L90A 3DKEX 260LA 2O4WA 1CVKA 3DN4A 4I7LA 235LA 4ARLA 1QTVA 3C7WA 3HH4A 1D9WA 1L39A 2RB2X 3HTFA 232LA 1QT4A 201LA 2B73A 195LA 1QTHA 181LA 3CDVA 169LA 1CV0A 246LA 3F8VA 1QS5A 1I6SA 1LYDA 2F2QA 160LA 175LA 1C6TA 4PK0A 1C6MA 3HU8A 1QSQA 1L00A 1LPYA 3DN8A 1SWYA 1CV3A 162LA 1L34A 1SWZA 3ODUA 1L17A 3CDOA 3DN3A 1L33A 3V2YA 174LA 2B7XA 1C63A 4I7KA 1K28A 111LA 1P5CA 156LA 1L91A 5I14A 1L32A 1QT8A 197LA 189LA 1L0KA 230LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WTNA 1IP2A 1KW7A 1XJTA 2W1MA 4XJGA 129LA 2LZ2A 1CKGA 1F6SA 1IWXA 1VATA 2B75A 2Z2FA 1XEJA 3HUAA 2O7AA 1REYA 1B6IA 1LOZA 1C46A 4DDCA 3SN6R 4U3XB 2W1YA 5HLLA 1VDTA 2N5ZA 1KY1A 4H8ZA 1LSGA 3TMVA 4OWEA 164LA 1GF6A 4R0FA 1C6BA 1TAYA 4I7RA 4OW1A 5C6IA 1WVUA 1GB2A 1G0JA 2HEEA 1L96A 166LA 1XEIA 2HEFA 1DKJA 2HUMA 4ML7A 2BQHA 4M6DA 1QDTA 1D3MA 4LYCA 1L53A 2ZILA 4DKLA 1L79A 3A96A 4W54A 1LGUA 3A8ZA 3CDTA 3GUPA 9LYZA 185LA 3WPKA 3A95A 1LKSA 261LA 262LA 5F16A 5LYZA 4WM2A 5A3EA 3TXEA 1LMQA 213LA 4H92A 1L43A 1XEKA 1LJFA 5EBHA 1LMOA 5KXZA 2OE9X 1LYEA 5KXMA 3V2WA 4PJ2C 1GBZA 1MLCE 5APEA 167LA 3DN0A 1HMLA 1JWRA 4WMGA 1L31A 1LSEA 1C68A 1JKDA 1QT7A 3WXUA 5B1FA 4I7NA 222LA 1OP9B 5FCPA 4TTDA 1B7NA 1QS9A 3LYOA 2Z18A 1NBYC 1B5XA 3A90A 1JTOL 1CV1A 3F9LA 4EKSA 218LA 4W96A 4DYGA 4HPEA 1BQLY 4EXMA 241LA 2XTHA 1L99A 3JR6A 2HUKA 3AW6A 3SB8A 180LA 4Z98A 1L68A 2XBRA 1GF9A 6LYTA 5KXOA 3GUNA 1L16A 1PQJA 115LA 1AKIA 1B7OA 5L3IA 1L56A 3N9AA 224LA 4CFOA 134LA 2CDSA 1ZWNA 1C6DA 1DKKA 1NDGC 1OV7A 3ZEKA 4ZIXA 1AM7A 1UUZC 3W6CA 3RW8A 1HEOA 1LI6A 2YBNA 2BQOA 5KXKA 4CHXA 1KXWA 1L46A 1EQ5A 1LYYA 7LYZA 1L60A 1LKRA 1IC4Y 3B6LA 5KKIA 1LZGA 4GBRB 5A3ZA 1A4VA 4NWHA 4DDBA 1QDRA 1GFRA 3AZ6A 2BQJA 1IP4A 1B7PA 1UIGA 104LA 1L21A 2MEHA 4WLYA 3A91A 152LA 4HPIA 4WM1A 4P2EA 1HEPA 1WTHA 150LA 5DM9A 3TXJA 4E3UA 1TEWA 1H6MA 1L62A 1OVKA 4HSFA 2YVBA 4WL7A 221LA 2C8PA 2HU1A 1GFJA 1T97A 1UICA 2BQDA 1GWDA 2OE4X 3QNGA 4UWNA 1PQMA 1C43A 1GBWA 1GF7A 4DD1A 5LVKA 1G0QA 123LA 1C62A 2HEAA 1LAAA 1HEWA 1LMAA 1LGWA 4H1PA 1XGUC 250LA 1L63A 4HP0A 171LA 1W6ZA 155LA 2W1LA 1L25A 2B6WA 1JKBA 1JKAA 1CJ7A 1JPOA 5IDDA 1UC0A 255LA 3LZTA 1L01A 1QTKA 3DMXA 5FHWA 3QAKA 1CJ6A 3HH3A 4DQ5A 3WH1A 4W55A 4W94A 2Z6BA 1P2CC 3RU5A 1IP3A 2ZIJA 3SB6A 1HHLA 1L70A 1LZBA 5APFA 3TMXA 3TMWA 257LA 4NGOA 1YKYX 4W53A 2H5ZA 3MGWA 140LA 1NDMC 6LYZA 1ZV5L 2O79A 2DQAA 4NSHA 2YBHA 3ULRA 2IGCA 188LA 4ARJA 4LFXA 128LA 1P37A 243LA 2EQLA 4H9BA 1DPWA 1RCMA 1VEDA 1LSDA 3HFMY 2FBDA 1QSBA 1C6LA 1C6JA 2B74A 4MR1A 4DD2A 5JENB 183LA 2F47A 143LA 3WU8A 1LHHA 2Q9EA 1HC0A 3GXRA 1YL0X 1QUDA 1L18A 1QQYA 4TUNA 5KXNA 3AZ7A 178LA 3C83A 2PC2A 2BQEA 1D9UA 2HEDA 4IAPA 4H9EA 4KPMA 2QB0B 103LA 4NIJA 4XJIA 4UWVA 5LVJA 1REMA 1C66A 240LA 4WM6A 1CKHA 1WQNA 3P64A 2RBNA 4HV2A 1FDLY 1WQRA 172LA 5LZMA 3ATOA 1OUBA 3CT1A 5KXTA 177LA 5I5QA 4BADA 184LA 2BQKA 3IWRA 1FN5A 1J1XY 1LJHA 1CUPA 3K3TA 3NYAA 4PPOA 3W6BA 163LA 4DQ7A 2C8OA 1DI5A 1RJCB 1RFPA 4OWHA 1IOQA 236LA 2RBOA 5ILCA 2LC9A 4NGLA 2GV0A 1OUAA 4RW1A 1L14A 1JJ3A 4EKRA 4YX7C 5LYTA 3ZVQA 2BQGA 2EPEA 1LJ3A 1NMMA 3OE8A 1LTMA 1OUFA 159LA 4Z3MA 1IOSA 5L3HA 1C69A 2D4KA 258LA 2VB1A 141LA 4YENA 1IC5Y 1KXXA 2LCBA 1L90A 1BVKC 1LJIA 2O4WA 2DQCY 235LA 2FYDA 3HH4A 3F6ZA 3CSZA 1D9WA 2RB2X 1YKZX 3HTFA 4OWBA 1GBYA 2B5ZA 1AT5A 181LA 1FLUA 4BAPA 3CSRA 3EXDA 3HBEX 1I6SA 1LYDA 5ILFA 3TXBA 4PK0A 3HU8A 1HEMA 1UIFA 1LPYA 2YBIA 2XQOA 1LYOA 3ODUA 4XJHA 3CDOA 174LA 5KXSA 153LA 1BB4A 4RLNA 2ZYPA 197LA 1QT8A 1JITA 1OUEA 230LA 2F4GA 2NTGA 1D0LA 1GDWA 1IR7A 1LSPA 1P56A 1B5VA 2MEEA 3UONA 1LZ1A 5LXWA 4K5YA 173LA 1JISA 2BLYA 3D4SA 4CFPA 2DKVA 5AMYA 4YEOA 2DQIY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WTN A;  1IP2 A;  1KW7 A;  1XJT A;  2W1M A;  4XJG A;  129L A;  2LZ2 A;  1CKG A;  1F6S A;  1IWX A;  1VAT A;  2B75 A;  2Z2F A;  1XEJ A;  3HUA A;  2O7A A;  1REY A;  1B6I A;  1LOZ A;  1C46 A;  4DDC A;  3SN6 R;  4U3X B;  2W1Y A;  5HLL A;  1VDT A;  2N5Z A;  1KY1 A;  4H8Z A;  1LSG A;  3TMV A;  4OWE A;  164L A;  1GF6 A;  4R0F A;  1C6B A;  1TAY A;  4I7R A;  4OW1 A;  5C6I A;  1WVU A;  1GB2 A;  1G0J A;  2HEE A;  1L96 A;  166L A;  1XEI A;  2HEF A;  1DKJ A;  2HUM A;  4ML7 A;  2BQH A;  4M6D A;  1QDT A;  1D3M A;  4LYC A;  1L53 A;  2ZIL A;  4DKL A;  1L79 A;  3A96 A;  4W54 A;  1LGU A;  3A8Z A;  3CDT A;  3GUP A;  9LYZ A;  185L A;  3WPK A;  3A95 A;  1LKS A;  261L A;  262L A;  5F16 A;  5LYZ A;  4WM2 A;  5A3E A;  3TXE A;  1LMQ A;  213L A;  4H92 A;  1L43 A;  1XEK A;  1LJF A;  5EBH A;  1LMO A;  5KXZ A;  2OE9 X;  1LYE A;  5KXM A;  3V2W A;  4PJ2 C;  1GBZ A;  1MLC E;  5APE A;  167L A;  3DN0 A;  1HML A;  1JWR A;  4WMG A;  1L31 A;  1LSE A;  1C68 A;  1JKD A;  1QT7 A;  3WXU A;  5B1F A;  4I7N A;  222L A;  1OP9 B;  5FCP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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