221LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKSIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 221lA00
1PQIA 2LC9A 1LW9A 1PQDA 1L11A 3DN2A 164LA 2NTGA 175LA 1C6TA 162LA 125LA 1L25A 1L00A 1L29A 141LA 2HUMA 2B6ZA 2ANVA 1G0PA 1QT3A 3PDSA 254LA 1LYEA 1QUGA 3F8VA 115LA 185LA 3CDOA 226LA 1L20A 2RBNA 3SB8A 4ARQB 4GRVA 3HT8A 1L69A 1CU5A 1L15A 248LA 1P6YA 4DAJA 1QT7A 4I7TA 209LA 1L60A 1QUOA 2B72A 1C6CA 3CDRA 3C83A 3HT9A 186LA 1P36A 3SBAA 1D3NA 1L52A 1L99A 1QTZA 258LA 1L06A 1CX6A 1L54A 2RAYX 183LA 1C64A 4PJZA 1C6FA 1L42A 3HTFA 3EMLA 3HWLA 1L62A 213LA 2Q9EA 3OE8A 224LA 4YXAC 1LYJA 1L59A 1SWYA 2RH1A 3DN3A 2B6YA 2HULA 3DN4A 127LA 1XEPA 2O4WA 1T8FA 1L92A 222LA 2F47A 1B6IA 1L0KA 1PQJA 1L0JA 170LA 1L45A 3HH4A 1L57A 118LA 223LA 1C6KA 1D2WA 1P37A 3UONA 3GUOA 1P2LA 1L12A 1SSYA 234LA 2F2QA 1KW7A 4K5YA 191LA 114LA 256LA 1L55A 174LA 2O7AA 3VW7A 3SN6R 1QTCA 2Z6BA 246LA 123LA 119LA 1L36A 189LA 1P3NA 3DN1A 231LA 4DJHA 260LA 143LA 1DYDA 225LA 1QSQA 2B6TA 177LA 1LI2A 137LA 1CV6A 1C6IA 1L24A 1L44A 1KW5A 4LDEA 1G0GA 253LA 1CUPA 1PQOA 1P7SA 1QT6A 4YXCA 3HH5A 1D3FA 126LA 4I7OA 3DN6A 1L88A 3F9LA 1CUQA 4W53A 157LA 219LA 4EXMA 3SBBC 3C81A 1L64A 1L39A 4LZMA 4ZPUA 195LA 2NTHA 1L31A 1L16A 140LA 2LCBA 242LA 4I7RA 1L95A 3RUNA 1L46A 230LA 190LA 1C6LA 5LZMA 1G1VA 130LA 1C6JA 1L05A 1LGXA 1KY1A 3QAKA 3V2WA 108LA 1C63A 1L53A 2RBSA 139LA 5I14A 214LA 4LDOA 4W58A 3HUQA 104LA 2RB1X 1C6EA 1L87A 3C7WA 3C7YA 1L04A 4OO9A 215LA 112LA 3DKEX 4W52A 2O79A 2B73A 1LGWA 3DMZA 201LA 1CU2A 1P5CA 221LA 1QTDA 1L65A 217LA 111LA 1OV7A 2B6XA 1C65A 236LA 187LA 2OE4X 2L78A 2RB2X 1C6AA 4PK0A 145LA 2HUKA 3OE9A 178LA 251LA 1L18A 1L43A 255LA 1C66A 1L70A 1QUDA 3C80A 107LA 1C6GA 184LA 3C82A 4W51A 1QUHA 1L98A 4W59A 1T8GA 3FA0A 4E97A 1LPYA 244LA 2F32A 198LA 3CDTA 3C8QA 1OVHA 3RZEA 240LA 1L28A 3GULA 252LA 1PQKA 2IGCA 1DYBA 1L23A 4I7QA 1LWGA 3HUKA 4EKPA 161LA 262LA 4EKQA 103LA 237LA 4I7NA 4EJ4A 1G0KA 1XJTA 1CU3A 1LI3A 181LA 1DYCA 1C6NA 1L97A 1G07A 1P46A 1PQMA 218LA 235LA 129LA 238LA 1L13A 1D2YA 2OU8A 1CV3A 1L14A 1L80A 3OE6A 2RBQA 1L75A 122LA 1L76A 3HTGA 4GBRB 2B74A 1L61A 3PBLA 152LA 1L34A 1C6QA 1ZYTA 109LA 1L68A 1SSWA 247LA 249LA 1OWYA 1QTBA 3HT7A 1L66A 1DYAA 3NY9A 172LA 4IAPA 1L79A 192LA 2CUUA 3LZMA 3NY8A 1LYDA 3DN0A 197LA 1LWKA 176LA 1SX7A 250LA 1L96A 158LA 2QB0B 2B70A 259LA 1KS3A 1QT5A 182LA 1CV1A 1LYHA 1L56A 243LA 160LA 196LA 173LA 3CDQA 1L85A 3SB6A 4ARLA 146LA 1DYEA 163LA 1D9WA 1OYUA 1L01A 3C7ZA 3K2RA 3G3WA 228LA 113LA 120LA 1L27A 1L72A 2QARC 1ZURA 1G0QA 1L93A 156LA 3FI5A 1SWZA 1L41A 3JR6A 4I7MA 131LA 1L10A 1C6HA 216LA 1L73A 7LZMA 165LA 1L30A 3V2YA 1G0JA 4DKLA 1G0MA 1C6DA 232LA 1L37A 1C61A 227LA 1OWZA 200LA 1LYIA 1L67A 2OU0X 142LA 1LYGA 1L02A 3GUMA 1OV5A 4W54A 2OE9X 3HT6A 1DYGA 2RB0X 2OU9A 1L40A 3HU9A 3ODUA 3HDFA 3DMVA 1L32A 1SX2A 1L51A 168LA 3G3VA 3GUNA 4I7KA 188LA 4ARPA 2OE7X 3SB5A 1QS9A 1TLAA 1L71A 1C68A 3L2XA 1OVKA 128LA 4YX7C 1CV4A 4I7JA 3HDEA 1T97A 2ANXA 1CVKA 3CDVA 1CX7A 1P2RA 205LA 1L82A 3NYAA 206LA 102LA 1C69A 220LA 1C62A 1G0LA 2A4TA 4W57A 1L74A 3HH3A 1L33A 144LA 3C8SA 1L08A 3FADA 212LA 2B6WA 155LA 1CU6A 257LA 3HUAA 3HH6A 229LA 1K28A 1CTWA 3SB9A 233LA 2Q9DA 148LE 1CU0A 3GUKA 4I7LA 4LDLA 1LLHA 3DNAA 1L38A 1L77A 1KNIA 2RBOA 241LA 1L86A 1KY0A 1EPYA 1DYFA 1L94A 1C6BA 1C6MA 1L09A 1QT8A 210LA 1ZWNA 1C67A 1L35A 1JQUA 1L19A 3GUPA 1L89A 1L83A 6LZMA 3HTBA 180LA 1WTHA 171LA 147LA 1P56A 239LA 3DN8A 3G3XA 3SB7A 1L07A 1XJUA 1T6HA 3HTDA 4ARMA 4S0WA 1G06A 149LA 3OE0A 3L64A 4ARJA 159LA 2OTYX 1I6SA 1CV0A 3HU8A 166LA 1QS5A 1L22A 261LA 110LA 4AQNA 2RAZX 151LA 1L90A 1L84A 1QSBA 4W56A 1P64A 1L49A 3GUJA 1C60A 1JTMA 2RBPA 4I7PA 1L91A 211LA 1C6PA 4EPFA 1D3JA 1LI6A 1QT4A 1G1WA 2B7XA 199LA 150LA 2OTZX 2OEAX 245LA 4EKRA 3DMXA 4EPIA 1L63A 4I7SA 1L17A 4ARQA 1L50A 1LGUA 3GUIA 4EKSA 1L03A 1L58A 1L81A 1T8AA 1L26A 169LA 1JTNA 1L47A 2RBRA 1L48A 1QTVA 1OVJA 1LYFA 1NHBA 3C8RA 2LZMA 1L21A 138LA 1QTHA 4W55A 3D4SA 167LA 4ARMB 1D3MA 1CV5A 2B75A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LW9A 1JJ1A 1FLYA 4LYTA 4OW1A 1L11A 4G4HA 1JISA 3ZVQA 2DQHY 4RLMA 125LA 1IY3A 5JENB 1YAQA 1UA6Y 141LA 2HUMA 4YF2A 2ANVA 1GFJA 1QT3A 254LA 2LHMA 226LA 5B06A 4NGKA 5LAFA 1CKCA 4B4EA 1P6YA 1QT7A 1L60A 2B72A 1C6CA 3TXBA 1JKBA 186LA 2DKVA 1L52A 1QTZA 258LA 4TX7A 1L06A 1E8LA 5KXZA 1CX6A 2RAYX 183LA 132LA 3HTFA 1GWDA 1YILA 1NMMA 2DQEY 3OE8A 3ZVQB 4YXAC 2RH1A 3DN3A 5HNLA 1XGQC 2F47A 1REXA 1BWJA 4LT2A 1L0KA 5AMYA 1LHLA 1LZ8A 2HEDA 1L57A 4NWHA 1P37A 4Z98A 234LA 4TUNA 114LA 256LA 1CJ9A 3SN6R 2Z6BA 246LA 2EPEA 119LA 4J1BA 1IP4A 3DN1A 1DYDA 1FDLY 1B5WA 4LDEA 5APEA 1OUIA 4NY5A 3K3TA 2BQEA 4YXCA 4W94A 4B49A 3F9LA 1CUQA 2YBJA 3P68A 3C81A 2DQGY 3TMXA 4IATA 1L31A 242LA 4BAFA 3W6DA 5B1FA 4I7RA 5HMVA 1C43A 1JTTL 1JJ3A 1IWTA 134LA 1C6JA 3WULA 1KY1A 4GN5C 2BQJA 1MELL 4W58A 3HUQA 3C7WA 1B5XA 1L04A 1VATA 4O34A 1LJHA 1GB7A 2LZ2A 1OUBA 3DKEX 4W52A 5EBHA 4DD2A 1LGWA 5M1YA 1L65A 5I53A 1OV7A 3WU9A 2YVBA 2BQBA 236LA 187LA 1GFRA 4PK0A 1LMTA 255LA 4H9CA 5C6JA 1L98A 1B0DA 1A4VA 3E3DA 4LT3A 1LZGA 198LA 3CDTA 5KXMA 1UIDA 1RFPA 1WQPA 1BGIA 237LA 2DQFC 3WVYA 3AGHA 1NBZC 181LA 2BQCA 4NHTA 4GN4A 1GFEA 218LA 1LZAA 2YBIA 1CV3A 1LSBA 2RBQA 3P66A 3VWOA 1WTMA 3TXHA 4E3UA 1OUCA 152LA 133LA 1L68A 1SSWA 1QTKA 1QTBA 2H9JA 2YBLA 1DYAA 1SQ2L 192LA 1C46A 2G4PA 1JIYA 1HEPA 1LWKA 1FLUA 1QDRA 1L96A 2BQLA 2B70A 3CSZA 182LA 4YOPA 1L56A 160LA 1DPXA 2YSSC 4OOOA 1GE1A 3K2RA 2F30A 3P65A 4LYZA 228LA 1YKYX 4YENA 3FI5A 1L41A 4DC4A 4LT1A 4Z41A 1L73A 1GB5A 1B5YA 1BB6A 5LVJA 1L30A 1TBYA 1G0MA 3FE0A 1IOSA 1C61A 227LA 1LYIA 2DQJY 1AKIA 4G4CA 1HEQA 2OU0X 3GUMA 4HSFA 1OV5A 4HPIA 2OE9X 1DYGA 2RB0X 4XJGA 1L40A 4II8A 2Z37A 3GUNA 3P4ZA 4ARPA 5B05A 3SB5A 3AZ4A 1GFUA 3AB6A 1C68A 4DD3A 1MLCE 2A7FA 1OVKA 4OWHA 1IP6A 4WO6A 2EKSC 3LHMA 2Z39A 4I7JA 4RLNA 3WUNA 4QY9A 1JJ0A 2GV0A 1LZCA 3QNGA 1HSXA 5FDJA 4DDCA 1RE2A 1BB7A 5E9RA 1L08A 3WUAA 3M3UA 1G7JC 3FADA 1EQ5A 1CU6A 3HUAA 4WM4A 1LSPA 1B7MA 4AXTA 1CTWA 1YKZX 233LA 1I20A 1HEMA 4LDLA 3A3QA 1LLHA 4EOFA 5J7CA 2RBOA 5KXTA 1KY0A 1UIAA 1JEFA 1DYFA 1L09A 210LA 3EMSA 1DI5A 4NGYA 5KKIA 4UWNA 1YANA 1ZVYB 3HBHA 3A67Y 4FDYA 5KXRA 1WTHA 3HBDA 1P56A 3DN8A 3G3XA 1G7IC 3AYQA 2G4QA 1B7OA 1LJJA 3WXTA 4HTNA 4D9ZA 1HEOA 3OE0A 3L64A 166LA 3TXEA 261LA 2X0AA 151LA 2I6ZA 3GUJA 2CWIA 2RBPA 1L91A 1IOCA 1IWUA 193LA 4DD7A 1QT4A 1KIPC 1LZ4A 2ZNWY 4EMNA 1LSAA 135LA 150LA 1BVKC 1L63A 3LYMA 1WQQA 1L17A 2B5ZA 4XJBA 4ARQA 1LCNA 4DD9A 2I25L 1JTNA 5LVKA 2HEEA 3N9EA 1ZVHL 1GAZA 1QTVA 5I4WA 1NHBA 5I54A 138LA 1GF4A 3D4SA 1CV5A 1PQIA 1LZ1A 4IJ4A 1PQDA 2LZTA 3DN2A 4MSTA 2W1XA 5IDDA 5KJ9A 1UICA 4WLTA 1IX0A 1HC0A 3F8VA 1HFZA 1GB9A 1W6ZA 1XGTC 4NG1A 4TWSA 2RBNA 3SB8A 4ARQB 3A6BY 1L69A 1CU5A 1L15A 1QSWA 3B0IA 4DAJA 1QUOA 1IWZA 3J4GA 4RW1A 1LSGA 1L99A 1PZYA 5F81A 1L54A 3ZEKA 1JSFA 4PJZA 1IOQA 1F6RA 6LYTA 3HWLA 1L59A 1WTNA 2HULA 4DQ5A 127LA 1TDYA 5DL9A 4H9EA 1B6IA 3ATOA 4WG1A 1LSNA 1F10A 1DZBX 1RCMA 4BAPA 1L0JA 3A96A 3HH4A 2ZYCA 3A90A 1C6KA 2ZILA 1CKGA 1L12A 1NWGA 3A6CY 1HNLA 4XENA 1HHLA 4GCFA 3VW7A 1QTCA 1VDTA 1P3NA 5F9XA 5LINA 1CV6A 1AT6A 4I8SA 3RU5A 1GHLA 1P7SA 4LYMA 3DN6A 4W53A 157LA 1GXV2 1L39A 1L64A 2HECA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LW9 A;  1JJ1 A;  1FLY A;  4LYT A;  4OW1 A;  1L11 A;  4G4H A;  1JIS A;  3ZVQ A;  2DQH Y;  4RLM A;  125L A;  1IY3 A;  5JEN B;  1YAQ A;  1UA6 Y;  141L A;  2HUM A;  4YF2 A;  2ANV A;  1GFJ A;  1QT3 A;  254L A;  2LHM A;  226L A;  5B06 A;  4NGK A;  5LAF A;  1CKC A;  4B4E A;  1P6Y A;  1QT7 A;  1L60 A;  2B72 A;  1C6C A;  3TXB A;  1JKB A;  186L A;  2DKV A;  1L52 A;  1QTZ A;  258L A;  4TX7 A;  1L06 A;  1E8L A;  5KXZ A;  1CX6 A;  2RAY X;  183L A;  132L A;  3HTF A;  1GWD A;  1YIL A;  1NMM A;  2DQE Y;  3OE8 A;  3ZVQ B;  4YXA C;  2RH1 A;  3DN3 A;  5HNL A;  1XGQ C;  2F47 A;  1REX A;  1BWJ A;  4LT2 A;  1L0K A;  5AMY A;  1LHL A;  1LZ8 A;  2HED A;  1L57 A;  4NWH A;  1P37 A;  4Z98 A;  234L A;  4TUN A;  114L A;  256L A;  1CJ9 A;  3SN6 R;  2Z6B A;  246L A;  2EPE A;  119L A;  4J1B A;  1IP4 A;  3DN1 A;  1DYD A;  1FDL Y;  1B5W A;  4LDE A;  5APE A;  1OUI A;  4NY5 A;  3K3T A;  2BQE A;  4YXC A;  4W94 A;  4B49 A;  3F9L A;  1CUQ A;  2YBJ A;  3P68 A;  3C81 A;  2DQG Y;  3TMX A;  4IAT A;  1L31 A;  242L A;  4BAF A;  3W6D A; 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