224LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDSVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 224lA00
1LYIA 199LA 1L96A 1QUOA 170LA 2Z6BA 243LA 1L66A 1D3JA 1ZWNA 2HULA 2OE7X 245LA 119LA 5LZMA 1L25A 1L99A 2O7AA 107LA 237LA 1QT4A 262LA 1QT3A 1L0JA 171LA 2LCBA 4DJHA 1CU5A 230LA 118LA 1CVKA 3NYAA 3F9LA 3HH5A 1L04A 1C6FA 3DKEX 167LA 253LA 1L29A 2F2QA 145LA 251LA 3OE0A 257LA 1KY1A 120LA 3OE8A 195LA 1LYEA 4DKLA 3DMXA 4W55A 3C7ZA 3HT8A 3HDFA 2OU0X 219LA 1SSWA 241LA 109LA 1L35A 1CX7A 161LA 2B6ZA 1C6JA 244LA 1L44A 1CV4A 4AQNA 3C7WA 3PBLA 3C8RA 242LA 2Q9EA 1G07A 252LA 149LA 1L58A 3RZEA 1OV7A 4W54A 4EKSA 233LA 1L15A 3GUPA 3QAKA 209LA 4I7TA 1P46A 4W53A 226LA 247LA 1QTDA 1L21A 3CDOA 1QTBA 1G0LA 1L03A 1L08A 2A4TA 3EMLA 3SB7A 3RUNA 1L33A 3JR6A 1JQUA 1LYJA 172LA 4LDEA 1SX7A 169LA 227LA 159LA 1L02A 1L43A 255LA 3HTFA 2B70A 2B6TA 240LA 4K5YA 164LA 1L55A 115LA 1LPYA 3C81A 4W59A 1L28A 1SWYA 151LA 1EPYA 3FA0A 3HU9A 3HT6A 1QUDA 3F8VA 1C69A 1CU6A 4W51A 188LA 3OE9A 1L60A 2HUMA 1D3FA 3DN3A 1L09A 4YXCA 210LA 1L46A 1L70A 1P36A 176LA 2OU8A 2B72A 231LA 168LA 1CV0A 1KS3A 3SB9A 1L20A 1L41A 4S0WA 2RBQA 1DYEA 4W52A 1L74A 1L77A 1C61A 1DYBA 1P56A 1L76A 3V2WA 3DN0A 4LDLA 162LA 2B6WA 1CV3A 1L83A 1L91A 218LA 163LA 1ZURA 1G1WA 2OTYX 1P37A 1P2RA 1LI3A 234LA 1G1VA 1NHBA 1L37A 4EKPA 1C6BA 2QB0B 1L51A 229LA 3C82A 1L24A 3CDRA 1L42A 1WTHA 125LA 3VW7A 131LA 1P3NA 4I7KA 3GUNA 248LA 1L30A 1L45A 157LA 1JTNA 1KW5A 3DNAA 1L23A 1L86A 1KY0A 1L87A 225LA 254LA 1L26A 1QS5A 1DYDA 113LA 223LA 1L10A 1C6HA 1B6IA 2LC9A 3G3WA 2RB1X 1L92A 1C67A 232LA 6LZMA 221LA 4W57A 139LA 143LA 235LA 1L82A 3DN4A 166LA 4YX7C 228LA 128LA 222LA 4LDOA 1DYFA 1OWYA 2RB2X 1L48A 1G0JA 3DN6A 1C65A 4EKRA 2OU9A 256LA 1L68A 1XEPA 1L57A 212LA 1L05A 3DN2A 1L63A 2QARC 3FI5A 3NY9A 3HH3A 185LA 1P64A 122LA 1C6TA 3GUIA 1D2YA 3GUOA 3C8QA 4ARLA 1C66A 1SWZA 1L47A 1L73A 3CDVA 111LA 1L93A 1PQIA 1P6YA 1C6GA 3PDSA 1CX6A 1C62A 1QT8A 1C6MA 1L79A 1G0MA 7LZMA 1L88A 2RH1A 4EKQA 3FADA 1L38A 214LA 1L17A 2F32A 2IGCA 4EPFA 3SBAA 1OVKA 1G0GA 3DMZA 187LA 1L61A 1PQKA 1JTMA 1L75A 246LA 4I7PA 1PQJA 2B75A 2OE4X 1C6DA 4I7LA 138LA 1L34A 183LA 2NTGA 3HT7A 1C64A 238LA 3HTGA 141LA 3G3VA 4I7QA 1QUHA 2RAYX 110LA 3GUKA 1L95A 1L94A 200LA 198LA 1T6HA 144LA 192LA 2B6YA 196LA 1L98A 4ARPA 1SX2A 2B74A 1L22A 137LA 1LWKA 4EJ4A 1LYGA 177LA 1C6KA 1L84A 1CU3A 127LA 1L97A 1KNIA 4EPIA 206LA 213LA 184LA 1C6IA 1L36A 1L06A 2F47A 150LA 1L89A 1L90A 1L72A 4I7MA 5I14A 178LA 2ANXA 1L71A 2L78A 3GULA 3SN6R 4ZPUA 1QTCA 1CTWA 3SB6A 4IAPA 4I7JA 3CDQA 1G0PA 1T8AA 1KW7A 1D2WA 1L00A 211LA 173LA 3SBBC 140LA 1D3NA 114LA 1L32A 2NTHA 1OVHA 123LA 3HUQA 181LA 1T8FA 1G0QA 2ANVA 2Q9DA 197LA 1ZYTA 1L59A 3HT9A 104LA 1QUGA 189LA 1CUPA 1C6PA 3C7YA 3L2XA 112LA 152LA 2CUUA 2OTZX 1LGXA 4W58A 1LW9A 1PQMA 3V2YA 3SB8A 2HUKA 1T97A 1OVJA 190LA 1CUQA 1C63A 2RAZX 2OE9X 4I7RA 158LA 236LA 1OV5A 1L53A 1L27A 4YXAC 1LGUA 182LA 1CV5A 1L80A 1SSYA 258LA 1L14A 1QT7A 259LA 1QSQA 4ARMB 1LYHA 1D3MA 102LA 4ARMA 4GBRB 1L01A 217LA 3HDEA 1LYFA 3UONA 1CV6A 4I7NA 4DAJA 1L56A 126LA 1DYGA 3K2RA 205LA 1DYCA 1LYDA 4E97A 1L40A 2B73A 175LA 1L0KA 3OE6A 1PQOA 261LA 1LWGA 146LA 2RBPA 1L54A 1XJUA 3HUAA 1LLHA 1LI6A 4LZMA 156LA 1L81A 1C6NA 1L12A 3DMVA 1QSBA 3HU8A 1QS9A 4OO9A 1L49A 1P2LA 147LA 4EXMA 220LA 148LE 3L64A 201LA 1TLAA 129LA 3CDTA 1QTZA 3SB5A 224LA 1P7SA 1L52A 1L16A 165LA 250LA 4ARJA 3GUMA 142LA 249LA 2RBNA 1L67A 1L64A 174LA 4I7OA 1L39A 4I7SA 1L50A 1G0KA 191LA 215LA 2RBRA 1QT5A 1QT6A 108LA 3ODUA 4PK0A 1L11A 1L13A 1LI2A 1OYUA 3GUJA 155LA 1L65A 2RB0X 103LA 1C6EA 1L62A 160LA 2B6XA 1I6SA 3HTDA 4ARQB 4ARQA 130LA 3D4SA 1XJTA 1L69A 4W56A 3LZMA 1CV1A 1P5CA 3HUKA 3HTBA 186LA 1L18A 1G06A 3C83A 3HH4A 3C8SA 1CU2A 3C80A 1LGWA 1L85A 1C68A 1K28A 2RBOA 2O79A 1C6CA 1CU0A 3HH6A 1DYAA 1C6AA 1QTHA 180LA 1D9WA 1T8GA 1L31A 3G3XA 260LA 3DN1A 2O4WA 1OWZA 1QTVA 2LZMA 1C6LA 1L07A 1L19A 2B7XA 3DN8A 1PQDA 2RBSA 239LA 4GRVA 4PJZA 3HWLA 216LA 2OEAX 1C60A 1C6QA 3NY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HC0A 3IWRA 1LZ4A 4R6CA 1L96A 4L41A 2DQHY 1YAMA 1D6PA 243LA 1L66A 2HULA 2OE7X 3AB6A 1GF0A 1L25A 1L99A 3A34A 107LA 4HV2A 2ZNXY 1L0JA 171LA 1CU5A 118LA 3B6LA 3NYAA 1GF5A 1VEDA 4J0LA 2LZTA 167LA 1GBWA 4NGYA 4PRUA 1LZTA 1IP1A 195LA 1B7QA 3CSQA 5HNLA 1JEFA 219LA 1C46A 161LA 2B6ZA 3B0OA 244LA 4H94A 4AQNA 2Q9EA 1G07A 149LA 1L58A 1HMLA 4H90A 1L15A 1F6RA 4W53A 1JTOL 2YBMA 1G0LA 1L08A 1C43A 3OJPA 1L33A 1XGRC 4HPIA 1SX7A 5L3HA 1L43A 240LA 1H87A 4A7DA 1UIAA 4H9CA 4ZFPA 115LA 2MEDA 1EL1A 5I53A 1NWGA 4HJZA 3HT6A 4U3XB 1QUDA 3TXIA 1C69A 188LA 1GFEA 5E9RA 5KXMA 4YXCA 210LA 1WVUA 2DQCY 176LA 1BHZA 2OU8A 2B72A 231LA 168LA 3SB9A 4S0WA 2RBQA 4NGLA 4W52A 1L77A 3DN0A 1RFPA 4WO6A 1VDQA 1LSDA 1CV3A 218LA 3RT5X 1LSMA 1LI3A 4BAFA 4RLMA 1BVXA 4OW1A 1L51A 1L24A 1XGUC 5KXXA 3WVYA 3VW7A 1P3NA 4I7KA 1FN5A 1JTNA 1KW5A 2DQGY 1EQ5A 1ZMYL 254LA 225LA 3WL2A 1L26A 1GBZA 1B6IA 2LC9A 5D5CA 3TXJA 3ULRA 1SLYA 139LA 4G4CA 1NQIA 5IDDA 1UIDA 4YX7C 1IWWA 1DPWA 4LDOA 1DZBX 3TMXA 1OWYA 5HMVA 3IJUA 2DKVA 2F2NA 5KXTA 4KXIA 1GEVA 3TXHA 2QARC 3NY9A 3HH3A 185LA 122LA 134LA 3C8QA 5B06A 1C66A 1D0KA 1SWZA 3N9EA 2BAAA 5LAFA 1LZNA 1PQIA 3PDSA 1L79A 4NGOA 7LZMA 1FLQA 1GBSA 4HTKA 4EPFA 1G0GA 4RW1A 3DMZA 133LA 2FYCA 187LA 1JTMA 2YBJA 154LA 3LZTA 4I7LA 4HSFA 1LMTA 1C64A 1GFRA 1PS5A 3HTGA 4HP0A 2EIZC 2D91A 5LIOA 3G3VA 1QUHA 2DQJY 3FE0A 1L95A 198LA 144LA 1LZ9A 1BVKC 3WPKA 2B74A 3QY4A 1REMA 1LYGA 1C6KA 1LSNA 1CU3A 1QUTA 2W1MA 2BQCA 2DQIY 4PHIA 1C10A 1VDSA 1VDPA 2F47A 4DD1A 3P65A 4H9EA 1LTMA 3GULA 2ZYCA 3SN6R 4ZPUA 2HEFA 1D2WA 1L00A 1INUA 114LA 123LA 1LSPA 3D3DA 5KXKA 1YKYX 4DC4A 1BWJA 1LYOA 112LA 3SB8A 2HUKA 4WL6A 3OK0A 1B5WA 2BQFA 4II8A 4GN5C 1FKVA 2FBBA 1IWXA 5E4PA 4YOPA 4NGKA 1L80A 259LA 4ARMB 1LYHA 1D3MA 4ARMA 8LYZA 3RU5A 1FLUA 208LA 3HDEA 4N8ZA 2D4IA 1L56A 4WLDA 1DYGA 3K2RA 205LA 2CJLA 1DYCA 1LSCA 1LHKA 1LZSA 4Z98A 4E97A 2AUBA 3TXFA 4LT2A 1ZVYB 4H92A 4KT3A 1IY4A 3D9AC 146LA 1JJ3A 2X0AA 3HUAA 1LI6A 5FSTA 5APCA 1L12A 1GB5A 3LHMA 5KXWA 1L49A 5APDA 3CSZA 3TMWA 4BAPA 1IWTA 4EXMA 3A95A 1QTZA 4ETCA 3MGWA 1RI8B 1P7SA 2ZILA 4NGJA 3LYTA 1L16A 165LA 2FBDA 1XGTC 4NSHA 2RBNA 2HEAA 5DLAA 2BLXA 1L50A 4HPEA 1LSZA 4XJIA 1QT6A 1OYUA 1LI2A 1VFBC 1B0DA 1L65A 1JKDA 103LA 160LA 2BQBA 4B4JA 4OWAA 1AT5A 1L69A 1B5YA 186LA 2PC2A 4O34A 3C83A 4MCKA 1GFAA 4N9RA 4OOTA 1L85A 1C68A 1LJHA 1LHMA 2H9KA 1V7TA 1YIKA 5KXZA 3A91A 1YAPA 1C6AA 3T6UA 3HFMY 1B9OA 5F9XA 1L31A 2CDSA 1LJIA 2O4WA 4WM6A 2B7XA 1LHHA 3HWLA 1HF4A 2C8OA 1T6VL 3GXKA 3J4GA 4WLXA 1UIEA 1GWDA 1NF5A 1LSBA 170LA 2Z6BA 1D3JA 119LA 2O7AA 1QT4A 4DJHA 4DDCA 5LYTA 1B7PA 3GXRA 1LZDA 4LT1A 1L04A 1G7IC 4WM3A 4B1AA 4R0FA 3WUMA 1L29A 4ET8A 251LA 5B1FA 3EO5A 1XSFA 3RW8A 4D9ZA 4YEMA 2IFFY 3C7ZA 4GLVA 3HT8A 5B1GA 1L35A 1CX7A 5IHGA 1TBYA 1C6JA 1F0WA 2HU3A 4TSBA 4PJ2C 1CV4A 3C8RA 3W3EA 4J7VA 242LA 1GB2A 1CJ7A 1JISA 1JPOA 1OV7A 3QNGA 3QAKA 209LA 4I7TA 1L21A 4H8XA 3CDOA 1JKCA 3EMLA 3SB7A 4RDSA 1LZBA 1LZYA 3EBAB 5F81A 6LYZA 1AT6A 2B5ZA 4LDEA 4NGWA 4YM8A 2B70A 1LZRA 1B7OA 1L55A 3WUAA 1OUEA 4DD9A 1CKFA 1AKIA 3HU9A 3AGGG 1LMCA 2ZNWY 5B59A 1GAYA 4E3UA 4W51A 3A3RX 1BWHA 3OE9A 1L60A 2HUMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HC0 A;  3IWR A;  1LZ4 A;  4R6C A;  1L96 A;  4L41 A;  2DQH Y;  1YAM A;  1D6P A;  243L A;  1L66 A;  2HUL A;  2OE7 X;  3AB6 A;  1GF0 A;  1L25 A;  1L99 A;  3A34 A;  107L A;  4HV2 A;  2ZNX Y;  1L0J A;  171L A;  1CU5 A;  118L A;  3B6L A;  3NYA A;  1GF5 A;  1VED A;  4J0L A;  2LZT A;  167L A;  1GBW A;  4NGY A;  4PRU A;  1LZT A;  1IP1 A;  195L A;  1B7Q A;  3CSQ A;  5HNL A;  1JEF A;  219L A;  1C46 A;  161L A;  2B6Z A;  3B0O A;  244L A;  4H94 A;  4AQN A;  2Q9E A;  1G07 A;  149L A;  1L58 A;  1HML A;  4H90 A;  1L15 A;  1F6R A;  4W53 A;  1JTO L;  2YBM A;  1G0L A;  1L08 A;  1C43 A;  3OJP A;  1L33 A;  1XGR C;  4HPI A;  1SX7 A;  5L3H A;  1L43 A;  240L A;  1H87 A;  4A7D A;  1UIA A;  4H9C A;  4ZFP A;  115L A;  2MED A;  1EL1 A;  5I53 A;  1NWG A;  4HJZ A;  3HT6 A;  4U3X B;  1QUD A;  3TXI A;  1C69 A;  188L A;  1GFE A;  5E9R A;  5KXM A;  4YXC A;  210L A;  1WVU A;  2DQC Y;  176L A;  1BHZ A;  2OU8 A;  2B72 A;  231L A;  168L A;  3SB9 A;  4S0W A;  2RBQ A;  4NGL A;  4W52 A;  1L77 A;  3DN0 A;  1RFP A;  4WO6 A;  1VDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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