4DQ7A

Structural investigation of bacteriophage phi6 lysin (v207f mutant)
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
173
structure length
168
Chain Sequence
LQALLPKNSRVRFTTAEVDSAVARISQKIGVPASYYQFLIPIENFVVAGGFETTVSGSFRGLGQFNRQTWDGLRRLGRNLPAFEEGSAQLNASLYAIGFLYLENKRAYEASFKGRVFTHEIAYLYHNQGAPAAEQYLTSGRLVYPKQSEAAVAAFAAARNQHVKESWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Membrane protein Phi6 P5
publication title Selective pressure causes an RNA virus to trade reproductive fitness for increased structural and thermal stability of a viral enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas phage phi6
total genus 56
structure length 168
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.50 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dq7A00
4DQJA 4DQ7A 4DQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E3DA 1LZSA 3WPJA 1QSAA 1IWTA 1DYAA 165LA 1F6RA 1L07A 4YXCA 1C64A 3W3EA 4WL6A 4GCFA 1G0MA 3RZ4A 4W58A 1L62A 4DJHA 1GBOA 128LA 1P37A 4WL7A 5A3EA 1C62A 1C08C 2C8OA 1IP5A 1L45A 2LZ2A 1OVKA 2DKVA 3NY8A 1D0MA 133LA 4EPIA 4QDNA 5EBHA 2G4PA 1KIPC 3WVYA 3QNGA 1T6VL 5L3IA 2DBTA 4I7TA 5HMVA 3SBBC 4ZIXA 1C6QA 3A94A 1C6HA 1T8AA 188LA 1L12A 3HBHA 1ZYTA 1L30A 4LYCA 3QE8A 4QEQA 261LA 1DPXA 1L61A 1GBWA 5I54A 1T6HA 3PDSA 3LN2A 1LYEA 1D6QA 1EQ5A 4B49A 1LZ9A 1YAOA 4BADA 5F9XA 2Z38A 122LA 1B7QA 5APDA 120LA 2F2QA 2IGCA 1LOZA 1I56A 168LA 3G3BB 4WLYA 1GFUA 4BAFA 1OUHA 3HH6A 1ZWNA 4G9SA 4Z98A 2DQFC 3C8RA 3WPKA 253LA 1L95A 3J6KA 1OQMA 4C5FA 1LZDA 1NMMA 5B06A 3WMKA 1NWGA 4GBRB 1L22A 1DYEA 1LSBA 1CV1A 1REZA 1B9OA 3WW6A 1NBYC 5FEKA 131LA 1L58A 3B0IA 3V2WA 1CU6A 112LA 1T3PA 1REYA 1YKYX 4HSFA 4HJYA 3C80A 2CUUA 3RW8A 196LA 2C8PA 2DQEY 4NY5A 3HUQA 1KW7A 2YBNA 4W52A 3TMXA 4NGOA 1L41A 3VW7A 1OVJA 4DT3A 1L64A 1I20A 1DYFA 2FBBA 2Z37A 3ATNA 4HJVA 1G0LA 1KIQC 1LLHA 1LCNA 1GD6A 1OUJA 1LSGA 1SLYA 4EMNA 4I7RA 1JUGA 3WU7A 4OWAA 4OOTA 5LXWA 5LAFA 2DQGY 5L3HA 4G4BA 5T3FA 4LYZA 3CT5A 3AJNA 111LA 206LA 125LA 1IR9A 176LA 1QUGA 4OWCA 1IEEA 2BQBA 3HH5A 1L99A 5I4XA 1C6PA 3TMVA 4HTQA 4NSGA 2MEGA 1DKKA 1C6FA 3JR6A 3B0OA 2B70A 2YBHA 1IORA 4NHPA 2B6WA 1B6IA 4I7SA 1B5UA 147LA 187LA 3W6EA 1HSXA 4WM4A 5D5FA 2BQCA 2HEBA 5DLAA 1P36A 144LA 3UONA 1GB2A 1L89A 1BGIA 4DQ7A 2CJLA 1LZ4A 4H92A 1L94A 4NG1A 1GB0A 5KXLA 1H87A 4CFOA 2FBDA 4N1CC 1L31A 230LA 1L16A 245LA 5B1GA 1HEPA 1BWIA 3WPLA 4WM3A 4I7JA 1QUHA 3N9EA 1LHLA 2CGIA 5F14A 2NTGA 3VWOA 3V2YA 1GF0A 3A6BY 1QTHA 4PHIA 4J7VA 3SB5A 1QUTA 1LZTA 1I6SA 4EKPA 5I4YA 1DYGA 1YAMA 1L68A 1UUZC 1H6MA 1OUEA 1XJUA 1C7PA 1QTEA 1XFPL 1LMCA 1C6MA 1A4VA 2HU1A 1LJEA 5LA8A 3G3WA 1QTCA 1PZYA 4OOOA 5C6LA 2F32A 1JITA 4LYMA 4WM2A 2XTHA 5C6IA 192LA 1FLYA 1LPIA 4EKSA 1JWRA 226LA 4XJFA 235LA 1L37A 4WOAA 1G0GA 4EJ4A 1LWKA 180LA 3CT0A 4XENA 1SX7A 3B0KA 3LYMA 2Y8PA 1L25A 1UA6Y 3WXTA 2RBQA 1LZ8A 3GUPA 4LYOA 2EIZC 2HEFA 3LYOA 4ANRA 4D9ZA 3DMXA 2RBPA 1GB7A 4ETEA 5FELA 5LYMA 3EXDA 1GFVA 3LZMA 1OV5A 1ZVHL 1CKFA 1IY3A 1L34A 4PJZA 4XJBA 1HF4A 209LA 3ODUA 1L59A 1YKXX 2BQMA 1CV6A 185LA 3C82A 2Q9EA 151LA 251LA 4YEMA 5IDDA 1HHLA 1P64A 4RLMA 1HC0A 1G0PA 5KXRA 2FYDA 1Z55A 5F9UA 1C45A 4GCCA 3RU5A 3W6FA 157LA 2Q0MX 3W6BA 260LA 1L66A 1TAYA 1IC4Y 1LYDA 222LA 5FCPA 2BQIA 4YENA 4M4OA 1DYDA 1L96A 1C6GA 3CQLA 142LA 132LA 1GBYA 4H8YA 4J0LA 3EO5A 1L26A 4J1BA 2RSCA 4I7LA 4NGVA 3AGGG 5KXOA 1LHJA 1JTNA 3WULA 1JSEA 1SX2A 2OU9A 3LZTA 1GFHA 2O7AA 212LA 1L17A 5F16A 1JTOL 2OTZX 1C65A 228LA 1L23A 1GDXA 149LA 1CUPA 1NDMC 3IJUA 1P56A 4W55A 3NY9A 3HU9A 2RAZX 1LKRA 3SBAA 1HNLA 2O4WA 2ZNWY 3EMSA 1C6CA 1OV7A 3TMUA 1LYGA 3HUKA 177LA 3K3TA 1WTMA 5I14A 229LA 2XBRA 4I7MA 4ARPA 4OWBA 1L18A 193LA 2LYZA 1HFXA 5B1FA 181LA 1L50A 1IP4A 3F8VA 4BAPA 1CKDA 1CJ6A 3HT7A 4LGKA 1P2RA 1LSNA 1VEDA 2CWIA 4R0FA 3GUKA 2RBNA 4QGZA 1UC0A 1LYOA 1GFJA 1AT5A 1YKZX 1GF3A 3CDOA 1AM7A 3HBDA 1JSFA 1V7TA 4GCEA 4HPIA 118LA 4H8ZA 4C3WA 1BB4A 247LA 2RB2X 5JENB 127LA 1FLQA 3HDFA 1GFGA 219LA 1L28A 161LA 1L98A 1UICA 1L93A 1CV3A 2OEAX 4IJ4A 1YILA 2B75A 3SB6A 3GXKA 172LA 4NSHA 5I5QA 4GN4A 1LSEA 103LA 1IWUA 2LC9A 4E97A 1VDSA 4YF2A 3P66A 4ZEEA 4DC4A 4NFVA 3HTBA 1CJ8A 1OUIA 1RI8B 2Z2FA 5M1YA 1C60A 4Z41A 3SB7A 1L04A 2EQLA 1L14A 1JKBA 2A4TA 5KXWA 2QB0B 1G0KA 2B72A 4YEOA 104LA 1V7SA 4PRQA 3GUJA 1QUOA 1RE2A 1L52A 1L81A 1IWWA 2B74A 1BVXA 1PQIA 3A93A 4NGIA 3WVXA 2ZIKA 1GFAA 1LJJA 1K28A 1BB6A 2HTXA 4AGAA 194LA 1BWJA 1OWZA 3HDEA 1QT6A 4HPEA 5FSTA 1GBSA 1ZMYL 4W59A 4LFPA 1PQMA 1LSPA 5LIOA 1LJIA 1LI6A 2MECA 3DN8A 3AGIA 138LA 3WUMA 4H9FA 1L01A 3A92A 4ZPUA 3P4ZA 1XGQC 3C83A 1UIDA 4W54A 1L63A 1NHBA 205LA 1LYSA 1JPOA 1XGUC 119LA 4YX7C 1GXXA 2HEDA 2DQCY 5DN5A 1L0KA 198LA 1L73A 4XYYA 5F81A 3C8SA 1G1WA 1DI3A 4H8XA 1E8LA 3TXIA 1XEPA 5APEA 1OUBA 2DQJY 3QAKA 3TXJA 5L9JA 4IAPA 2B6YA 2BQJA 3HTFA 2BQAA 3HWLA 1CU0A 1LZ1A 5KXYA 162LA 201LA 1W6ZA 4CJ2A 1B5VA 1KS3A 3P65A 3QY4A 1VAUA 2QARC 1QQYA 4H9BA 1HERA 1AZFA 4TUNA 1ALCA 1LYYA 3D4SA 5LVHA 4DAJA 3AGHA 2D4IA 3CSRA 4OO9A 1INUA 4NSJA 5KXSA 4NIJA 1XJTA 3EBAB 3CDVA 1JKCA 2RBRA 3A91A 2BQGA 3DN2A 4M6DA 5LVGA 4YM8A 1P2LA 2LZMA 1UBZA 4DQ5A 3PBLA 2I6ZA 3DN1A 1GF7A 1LAAA 1YIKA 5APFA 191LA 3HU8A 1L86A 3AZ6A 1L40A 2ZNXY 156LA 1PQOA 238LA 4IASA 4TSCA 1EQ4A 1UIFA 1LZYA 4R6CA 1JJ1A 2IHLA 2ZQ3A 1F6SA 3BKVA 4XN6A 1L77A 1LZRA 225LA 4RLNA 4WO6A 3SB9A 1B7MA 4CHXA 1NBZC 3GUIA 1OWYA 3RUNA 240LA 1IY4A 152LA 4MSTA 1TLAA 5DN4A 1C10A 2D4KA 3NYAA 233LA 1L27A 1VDQA 130LA 5KKIA 182LA 1D9WA 218LA 4QY9A 236LA 4Z46A 4ARLA 223LA 3AZ7A 6LZMA 4KPMA 5K7OA 1L09A 2CDSA 2OE9X 4W94A 1HELA 3TXEA 1JTMA 2OTYX 1TBYA 155LA 1L75A 1QUSA 3AW7A 3A3RX 4A7DA 1EPYA 4DD3A 5ILFA 3ZEKA 4RW2A 4DQJA 1GFKA 1PQJA 4PJ2C 3ATOA 3A3QA 1JEFA 4N0JA 1L51A 2G4QA 195LA 4N9RA 1YQVY 3SP3A 2BQOA 4OW1A 1GPQC 1LHKA 4LDLA 2OE7X 1FLWA 2MEBA 4LYBA 4NWEA 1CJ7A 1QS9A 1WTNA 257LA 3ZVQA 3HBEX 1YANA 1LYIA 4O34A 1L97A 1B7LA 4I7OA 2AUBA 1LHHA 4GCBA 2HUBA 1LJHA 1C67A 4IATA 1DI5A 4DD0A 4LDEA 5FHWA 3HFMY 3SB8A 1D3JA 1L48A 4ZFPA 4MCKA 5B05A 169LA 4NSIA 2YBMA 1CKCA 3GUMA 3AYQA 3FI5A 1L06A 1B5XA 2ZYPA 3D9AC 2IFFY 1DI4A 115LA 5HQ1A 2BQEA 1G7IC 2ANVA 1HFZA 135LA 1ZV5L 1LSCA 3WW5A 1BVKC 140LA 2YVBA 1L00A 1L71A 1C6NA 4DD1A 2ANXA 1FDLY 2Z2EA 1C6AA 4W96A 1L10A 5HNLA 1L32A 4H9EA 3L2XA 3OJPA 3TXDA 4WM6A 1CUQA 1L20A 1L38A 1OVHA 1DKJA 4E3UA 2YBIA 4DDCA 3B6LA 1GDWA 1IOCA 1HMLA 2RB0X 2MEIA 2YDGA 170LA 3T6UA 4WMGA 258LA 5KXNA 4HV2A 186LA 1P5CA 1D3FA 4WG7A 1OUDA 3GULA 4DYGA 1C6KA 1L36A 5FDJA 234LA 4DWXA 1NQIA 4AQNA 1UIHA 2HUKA 3F9LA 1L13A 1D2YA 1QT4A 1QTZA 1LJNA 3BKHA 4LT1A 4WLTA 221LA 1HENA 2DQAA 2XJWA 248LA 4NHQA 1DYBA 4UWNA 3FA0A 4AXTA 4TTDA 1JQUA 1L65A 3C81A 1L11A 1L76A 4G4CA 3OE6A 5E4PA 3A96A 1OUFA 1IVMA 3OE0A 4ET9A 3WYHA 3FI7A 4H9HA 1UIEA 243LA 1G7HC 4GN5C 1L84A 1VDPA 3WH1A 1XGRC 4NGYA 1T8GA 1IP3A 4I0CA 1YAQA 1WQPA 4N1EI 1TEWA 4ML7A 1C6JA 5J7CA 126LA 4WG1A 1QT5A 232LA 1FKVA 1YROA 2BQDA 1AKIA 2ZQ4A 5HNCA 110LA 134LA 5AMYA 2OE4X 2RB1X 1HEWA 1GB5A 2WARA 1LSFA 1KXWA 3TXBA 4DDAA 108LA 1KNIA 5I4WA 4I8SA 2DQDY 2BPUA 3HUAA 1CJ9A 2B6TA 1LYHA 3M18B 4WO9A 2PC2A 1GE4A 1YL1X 4ETCA 1L43A 1QSBA 4PK0A 1DYCA 1KXYA 211LA 5B07A 1IP1A 4TX7A 1ZVYB 1MLCE 1QIOA 3C7ZA 2BLXA 2YBJA 1GXV2 143LA 1GEVA 1QT3A 2GV0A 5ILCA 5IHGA 2ZWBA 1EQEA 1RCMA 2F4AA 4NGJA 1F10A 1GFEA 4NG8A 1J1XY 239LA 3OK0A 1XEIA 2F4GA 4GLAA 1LYFA 4RDSA 3G3AB 1IO5A 1IC7Y 4LDOA 4FDYA 4U3XB 1L35A 3M3UA 2Z12A 1L03A 4H91A 1NDGC 2LYMA 1L0JA 4W53A 5DM9A 3TMWA 1B7OA 3DNAA 210LA 255LA 1DQJC 1JKAA 262LA 4H9IA 1LZAA 252LA 1TDYA 3W6AA 1CKGA 2MEEA 3LYZA 4ARMA 1G0JA 1T97A 3F6ZA 1L85A 1DXJA 1L67A 4EPFA 1UIGA 1L46A 2DQIY 3AZ5A 4EKRA 4OWEA 1XEKA 4N8ZA 1IP7A 1L08A 1GB6A 1L29A 1IWZA 1C6LA 5HLLA 1CU5A 3J4GA 1RJCB 5KXZA 1QTDA 1XSFA 1WQQA 164LA 5KXPA 4XJHA 1IWYA 2HEAA 1LJ4A 1C6DA 1QT7A 2X0AA 4ARJA 4S0WA 109LA 1L83A 1NF5A 200LA 2RBOA 1D0LA 4YOPA 1SSWA 4LT2A 4W51A 207LA 1JTTL 4ETBA 1QT8A 3WU8A 250LA 166LA 4BS7A 5LINA 2BQHA 1BQLY 3WUNA 1L92A 3K2RA 1B5WA 4LFXA 4GN3A 1GF4A 1XEJA 1LSAA 5A3ZA 4CFPA 4P2EA 1JTPL 4I7KA 2YBLA 1UCOA 2ZIJA 3EMLA 1T8FA 2H9KA 2L78A 2B5ZA 2BQFA 3FE0A 4K5YA 2HECA 1L74A 2Z19A 3GUOA 1VATA 3WUAA 4NGLA 1IP6A 220LA 2B73A 1P7SA 5LZMA 1LPYA 217LA 3WU9A 3WL2A 1QS5A 1REXA 102LA 1B7RA 1NHEA 1L53A 159LA 141LA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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