4DYGA

Crystal structure of a family gh-19 chitinase from rye seeds in complex with (glcnac)4
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
SVSSIISHAQFDRMLLHRNDGACQAKGFYTYDAFVAAANAFPGFGATGSTDARKRDVAAFLAQTSHETTGGWATAPDGAFAWGYCFKQERGAAADYCTPSAQWPCAPGKRYYGRGPIQLSHNYNYGPAGRAIGVDLLRNPDLVATDPTVSFKTALWFWMTAQAPKPSSHAVITGKWSPSGADRAAGRAPGFGVITNIINGGLECGHGQDSRVADRIGFYKRYCDILGVGYGDNLDCYNQRPF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Basic endochitinase C
publication title Crystal structure and chitin oligosaccharide-binding mode of a 'loopful' family GH19 chitinase from rye, Secale cereale, seeds
pubmed doi rcsb
source organism Secale cereale
total genus 90
structure length 242
sequence length 242
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2012-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dygA01
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 4dygA02
4CFPA 1LJ3A 194LA 4ET9A 1C46A 1IR9A 1JIYA 1OUDA 3AGGG 1EQ4A 5I5QA 3TXDA 4LT3A 1FLQA 1LHKA 2FYDA 2MEFA 3OJPA 1NQIA 4WLDA 1IC5Y 1QSWA 5KXLA 4WM5A 1LZCA 5LVHA 4HP0A 1BB7A 4IATA 1LKSA 1GF5A 5E9RA 2HTXA 4GCDA 4ETCA 1KIPC 1LZ8A 3AJNA 3TXBA 2HEDA 4PRUA 5B07A 4DD0A 5ILFA 4WG1A 1LZSA 5APEA 1GE3A 4OWCA 1PS5A 1KXYA 4LZTA 1LZ5A 3TXGA 4J1AA 5E4PA 4ETAA 1N4FA 4G4CA 4GCBA 1LSMA 1CNSA 2W1LA 5KXNA 1RJCB 3AGHA 1IY4A 1FDLY 1YL1X 2ZYPA 1UCOA 3EMSA 5HNLA 5ILCA 1INUA 1D0MA 3MGWA 3WMKA 4NHQA 4GN5C 2DQFC 1JTTL 3A3RX 2ZIJA 4RW1A 3A96A 1BB5A 3WW6A 4H93A 4HJVA 1FKVA 4NEBA 1BVXA 1LYOA 2Z18A 3B72A 3LYMA 1AT5A 2EPEA 2F4GA 4I8SA 3WPLA 135LA 3A91A 1XSFA 1YAQA 3CT1A 1OUEA 3W6DA 4N5RA 1KXWA 2YVBA 134LA 1B5VA 1TEWA 2CDSA 1FN5A 2C8OA 1GB9A 4OWBA 1HENA 1QTEA 3B0IA 1XGTC 4OWAA 1B7RA 1IP6A 3WU9A 2WARA 1YKYX 3AW6A 3HBDA 1LHMA 3EO5A 5LA5A 2BQOA 1D6QA 4NWHA 1WQOA 4HJYA 4B0DA 1GEVA 2DQEY 4GCEA 1LSDA 2HEBA 4QDNA 1JITA 4WM1A 1LSAA 1QDTA 3WXTA 4ET8A 1B7PA 3EBAB 1OQMA 1JKDA 4H91A 4Z46A 1LMCA 5LVGA 3LN2A 2D91A 1DI4A 1RI8B 4WOAA 1IVMA 153LA 4HTKA 207LA 1GBZA 1NBYC 4GN3A 1LJNA 2XJWA 1BWIA 1F6RA 1GBXA 1NDMC 2LYMA 1JKAA 2YBLA 1GF6A 4WLTA 1YL0X 2ZWBA 1B5WA 2ZNXY 4UWVA 1GFVA 1IWXA 4NIJA 1IOTA 1KIRC 1OUAA 3E3DA 5LAGA 5C6LA 1VDPA 4WO6A 3B0OA 1IOSA 4H8XA 5APCA 2Z38A 4LT1A 1GF0A 1P2CC 4J0LA 1UIBA 1DQJC 3CB7A 3ULRA 4LYMA 2ZILA 3ATOA 4NSJA 4ML7A 4QGZA 1GDXA 2AUBA 4AGAA 2N5ZA 3A92A 5LYMA 1NF5A 4DYGA 5LYTA 5F16A 4XJHA 5LAFA 1GF7A 3RNXA 3A34A 4WO9A 3RW8A 1REYA 2YDGA 1LYSA 4N8ZA 154LA 2G4PA 1JTPL 3LYZA 1C45A 1QUTA 4BS7A 2NWDX 5KXZA 1YAOA 5HMJA 3WPKA 1IOQA 4WM2A 1DPXA 3LZTA 1FBIX 3TXIA 1GF3A 4HTNA 3RZ4A 4LT2A 1DKJA 2HUBA 1HEMA 1GWDA 4J1BA 3VWOA 2IFFY 4KXIA 1NKHA 3QE8A 4PRQA 3QNGA 4B4JA 1EL1A 4HTQA 4NGLA 1GBWA 4HV2A 2BQGA 1ZVHL 4WL6A 5KXSA 4NGIA 1GFHA 2LYZA 1OUGA 3GXRA 1SQ2L 1IX0A 5C6JA 1WQNA 2D4IA 4NGZA 1GXV2 3TMXA 2LYOA 4LYOA 1Z55A 1SLYA 1YAMA 2YBNA 1UIFA 1LYYA 1BGIA 5FSTA 4DT3A 4H9BA 1GBOA 1LZEA 1I56A 4WM3A 2DQCY 3WUMA 1D6PA 2DBTA 4NG8A 5B06A 1YKZX 2Z39A 3A6BY 4XJBA 1I1ZA 3IJVA 4M4OA 1GFRA 1LZAA 1UA6Y 2ZIKA 1RE2A 1BWJA 2BQCA 2HECA 1T3PA 5APDA 4Z3MA 4B4EA 133LA 1YROA 2EKSC 1J1PY 4WL7A 1OUFA 5F9UA 4DD7A 4E3UA 5A3EA 1WTMA 1LHLA 1FKQA 2MEAA 3G3BB 4WM4A 5LA8A 1F10A 1WVUA 2EIZC 1C10A 3QY4A 4NSIA 3W3EA 4B4IA 1UIAA 1IOCA 4W96A 1C7PA 1NBZC 1LZYA 2X0AA 5FDJA 1CJ9A 4C5FA 1B2KA 1LZ1A 4ANRA 3BKVA 1IR8A 1GFJA 1CKCA 5L3IA 2H9JA 4HPIA 1LAAA 3WL2A 4A7DA 2BQKA 4OOTA 5I54A 3P68A 132LA 1LJEA 1GB7A 1HFZA 5KJ9A 5HQ1A 1IIZA 2Z2EA 3A8ZA 1OUJA 1JPOA 208LA 3TMVA 3EXDA 2BPUA 1ALCA 1D9UA 1HNLA 1G7JC 4YEMA 5JENB 1GB3A 2VB1A 2Z12A 1VFBC 2G4NA 3CT5A 1YKXX 1HMLA 4IASA 3WU8A 4M6DA 7LYZA 1TDYA 2DQAA 3AB6A 4H90A 1B7QA 5LVKA 3WUAA 3ZVQB 5KXRA 5DM9A 5KXMA 2D6BA 4BADA 1F6SA 1GDWA 1NMMA 2HEAA 4DDCA 2RSCA 5IHGA 1LZTA 4DWXA 5FHWA 3FE0A 5LVJA 1CJ7A 1GHLA 1V7TA 1XEKA 1LSFA 2MEEA 1HC0A 3CT0A 3G3AB 3ATNA 3B6LA 2ZQ4A 4OWHA 2DQGY 5LYZA 5L3HA 1UC0A 1TAYA 1LSYA 3RT5X 2BQNA 3KAMA 3TXFA 2LHMA 2Z2FA 4GCFA 4H9FA 1LZ4A 1WQPA 4CHXA 1GAZA 4NHPA 4H9AA 4YM8A 1IO5A 5DL9A 5A3ZA 2Z37A 1XEJA 1BHZA 1YQVY 1BB3A 4H8YA 1HELA 1DPWA 1MLCE 1UIEA 1LHIA 1XFPL 3HBHA 3T36A 3W6AA 1LTMA 5IDDA 3T6UA 3A3QA 1AZFA 1GBSA 4NGKA 3CQLA 4MSTA 2BLXA 3WVXA 1UIHA 2YBMA 3TXKA 1LSEA 1QUSA 4YENA 4H9EA 1B7OA 1B7SA 1UACY 1YAPA 4QEQA 4P2EA 4RLMA 3AGIA 3A94A 2I26L 1GBYA 1REZA 4YOPA 1CKDA 4NGWA 1LJGA 4XADA 5AMYA 4CFOA 1YILA 2BQDA 3HFMY 4GLAA 4Z41A 4HJZA 1DZBX 1UBZA 4FJRA 3A95A 1C08C 1OUBA 4LFXA 4WM6A 1DI3A 3WXUA 2DQIY 193LA 1H87A 1LMQA 2MEDA 4NY5A 4NFVA 4PPOA 1UICA 2HU1A 1JJ0A 3P66A 3A6CY 4R6CA 5B59A 3BKHA 2H5ZA 3F6ZA 4WLYA 5I4WA 4G49A 1IORA 1JJ3A 1AT6A 1XGQC 1HEOA 3WUNA 1LSPA 4XN6A 1HEWA 5B1GA 1B0DA 4WG7A 1PZYA 2BQJA 3ZVQA 3WPJA 2BQMA 1GE4A 4N1CC 1LZ6A 1O23A 1VAUA 4BAFA 4KPMA 1LSNA 1LZGA 4WLXA 4DDBA 4RDSA 5I53A 5LIOA 4ZIXA 1H6MA 4FDYA 5J7CA 4ZFPA 4G4HA 3A67Y 1LCNA 2FBDA 1TBYA 4OOOA 4NGVA 1IY3A 1B7MA 2MEIA 1LMNA 1LMAA 4HSFA 5KXOA 1IP1A 4H8ZA 2XBRA 1QTKA 1XGRC 2F30A 1IC4Y 5L9JA 4XENA 3TXHA 1OUCA 1IWUA 4W94A 3W6EA 1EQEA 1KXXA 4MR1A 3P65A 5B05A 4BAPA 4LYCA 4MCKA 1GB5A 1WQRA 1LZBA 2ZNWY 4TSBA 1J1XY 4LYTA 4U3XB 6LYTA 4DD3A 1LJIA 4OWEA 3AZ6A 1LSBA 1HSXA 4NHIA 1C43A 1G7LC 4NSGA 1OUIA 5DN4A 4B49A 3TMWA 5KXTA 1WTNA 5I4XA 1JHLA 4NG1A 4CJ2A 3CSQA 4TX7A 4GLVA 5KXYA 5DN5A 1GB2A 2A7DA 3LYTA 3WYHA 1LMOA 4NHSA 5KXKA 1I20A 5KKJA 1B5ZA 4NGYA 4UWUA 1IP4A 1VDSA 2IHLA 2F4AA 1UIGA 2BQFA 1ZV5L 5M1YA 4H9HA 1JKBA 1GAYA 1MELL 4ETEA 2B5ZA 4X3BA 1REXA 4XYYA 1D0KA 4N1EI 1IP5A 3J4GA 1HEQA 1IEEA 3K3TA 4QY9A 1GB6A 1HERA 1BB6A 4TUNA 1UIDA 1IP2A 1GFTA 2XBSA 1QDRA 1ZVYB 2BQIA 1JJ1A 1GD6A 4H9IA 1IWYA 5EBHA 1WQMA 1LJKA 1GXXA 1LSZA 4GN4A 3J6KA 4TSCA 3TMUA 4D9ZA 1GE0A 2DQJY 1GB0A 2G4QA 1GF4A 2BQBA 4R0FA 1TCYA 1JISA 1LSGA 4II8A 2YBIA 4NGJA 2HEEA 1E8LA 2Z19A 3N9AA 1B5UA 2HEFA 3WH1A 1BQLY 4Z98A 5KXWA 5DLAA 1HHLA 1IWTA 1WQQA 1B5XA 1CJ8A 4DD9A 1LMTA 4EOFA 5F14A 5II3A 1IC7Y 1LZDA 1XGPC 1B7NA 3AW7A 1LSCA 3M3UA 2DQDY 4IJ4A 4XJGA 4UWNA 4G9SA 2FBBA 5HLLA 1HFXA 1VATA 2ZQ3A 4HPEA 4KL7A 1IWVA 4RW2A 4LYZA 4NSHA 3TXJA 1GEZA 5FELA 4NHTA 1A4VA 2YBHA 1G7IC 1T6VL 1G7MC 4C3WA 9LYZA 5C6IA 1GFKA 1JSFA 2I25L 3LYOA 1BWHA 1QQYA 1XEIA 1LZRA 1HF4A 5LVIA 4DD2A 1EQ5A 1NHEA 1JKCA 1A2YC 1HEPA 4H1PA 3W6CA 3AZ5A 4ZEEA 3D9AC 2BQHA 4J7VA 3A90A 1LMPA 2A7FA 1GFEA 2H9KA 2LZ2A 2I6ZA 1OP9B 2DKVA 2PC2A 3CSZA 4HV1A 1LZNA 1LKRA 1IP7A 1GFUA 1QSAA 4XJDA 1D0LA 1DI5A 3WVYA 5HNCA 2XTHA 1DXJA 1JEFA 1LHJA 2MECA 3GXKA 3IWRA 4G4BA 2BAAA 3AZ4A 4GCCA 1GF8A 4EMNA 5F9XA 1CKGA 1YIKA 2ZYCA 3OK0A 2D4KA 2MEGA 4TTDA 5D5CA 1QIOA 2W1YA 5HMVA 4TWSA 1VDQA 1JWRA 1JUGA 3HBEX 3P4ZA 4LFPA 1LJJA 4XJFA 1GF9A 5F81A 3M18B 3RU5A 3WW5A 2BQEA 1GPQC 1LHHA 4L41A 3TXEA 2DQHY 1LJ4A 4KT3A 4N9RA 4PHIA 1LYZA 4YF2A 3D3DA 1LOZA 1W08A 2Y8PA 3FI7A 5I4YA 4CGEA 3WULA 4AXTA 5KY1A 5B1FA 3CSRA 4H92A 1GFGA 5FCPA 5LINA 4LYBA 5KXXA 4OW1A 1BB4A 2D4JA 4PJ2C 3B0KA 1BVKC 1AM7A 1IR7A 1GFAA 2GV0A 4YEOA 2HU3A 4LGKA 1UUZC 4PGJB 3W6BA 1VEDA 3SP3A 1YANA 4ETBA 3ZEKA 6LYZA 1NDGC 2CGIA 2MEHA 5KKIA 1JTOL 1NWGA 4O34A 1CKHA 1B5YA 2BLYA 2F2NA 1LPIA 3LHMA 3P64A 4NWEA 1VDTA 3AYQA 2LZTA 8LYZA 3IJUA 4H9CA 4XJIA 2EQLA 2W1MA 1XGUC 3AZ7A 4H94A 4N0JA 4RLNA 1CJ6A 2FYCA 5LXWA 2CWIA 2W1XA 4I0CA 1FLWA 1LJFA 2MEBA 5K7OA 1GE2A 4DDAA 1HMKA 1ZMYL 4ETDA 1B7LA 1IWWA 1J1OY 1GB8A 4B1AA 5T3FA 1JSEA 4LT0A 2YSSC 2C8PA 3N9EA 1OUHA 1G7HC 1IWZA 3A93A 3W6FA 1FLUA 1CKFA 1RFPA 1WVVA 3WU7A 2BQLA 5D5FA 5APFA 4DD1A 1IP3A 1HSWA 4NGOA 1RCMA 1W6ZA 2Q0MX 1DKKA 2YBJA 4WMGA 1LZ9A 3LZ2A 1GE1A 1B9OA 1F0WA 4DC4A 1FLYA 1HFYA 1KIQC 3N9CA 1REMA 5FEKA 5KXPA 2CJLA 2BQAA 1AKIA 1V7SA 5IELA 1LJHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFPA 1L63A 114LA 194LA 1C46A 1L21A 4ARPA 1LYEA 5I5QA 4LT3A 1LHKA 3OJPA 5KXLA 5LVHA 1C6KA 4HP0A 162LA 4ETCA 1L70A 1KIPC 1LZ8A 4PRUA 3GULA 4W52A 4WG1A 1L39A 2HUMA 1LZ5A 1DYBA 5E4PA 4ETAA 4G4CA 4GCBA 1LSMA 1CNSA 2ZYPA 1QT3A 1C6TA 3MGWA 4GN5C 3WW6A 3C7ZA 4NEBA 1LYOA 3LYMA 1XEPA 2EPEA 212LA 3W6DA 4N5RA 1KXWA 3C7YA 2C8OA 4OWBA 1HENA 1XGTC 2RAZX 1ZYTA 2WARA 1YKYX 3WU9A 1LHMA 3EO5A 141LA 1WQOA 4B0DA 1GEVA 4QDNA 1QDTA 3WXTA 4ET8A 1B7PA 1OQMA 205LA 1QSQA 1LMCA 3LN2A 2D91A 4WOAA 1IVMA 3QAKA 4HTKA 1L69A 1LJNA 1P2LA 1F6RA 1NDMC 2YBLA 137LA 1GF6A 1B5WA 1L88A 181LA 1IOSA 1P2CC 4J0LA 3ULRA 3GUOA 4LYMA 1LLHA 3A92A 3CDVA 1LYFA 4WO9A 1LYSA 118LA 1C45A 4BS7A 231LA 1IOQA 1DPXA 4OO9A 1FBIX 3HUAA 4HTNA 246LA 2HUBA 1CVKA 1G0MA 4NGLA 4HV2A 2BQGA 1DYCA 228LA 4NGZA 2YBNA 4EKQA 183LA 5B06A 4NG8A 2Z39A 1I1ZA 3IJVA 3VW7A 1LZAA 167LA 2BQCA 2RAYX 5APDA 4E3UA 1G0QA 1LHLA 1WVUA 2EIZC 215LA 1L82A 1LZYA 230LA 4ANRA 3BKVA 3C8RA 3P68A 225LA 5HQ1A 1IIZA 2Z2EA 3A8ZA 1L89A 3EXDA 1ALCA 1OVKA 4PK0A 4YEMA 188LA 140LA 2VB1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CFP A;  1LJ3 A;  194L A;  4ET9 A;  1C46 A;  1IR9 A;  1JIY A;  1OUD A;  3AGG G;  1EQ4 A;  5I5Q A;  3TXD A;  4LT3 A;  1FLQ A;  1LHK A;  2FYD A;  2MEF A;  3OJP A;  1NQI A;  4WLD A;  1IC5 Y;  1QSW A;  5KXL A;  4WM5 A;  1LZC A;  5LVH A;  4HP0 A;  1BB7 A;  4IAT A;  1LKS A;  1GF5 A;  5E9R A;  2HTX A;  4GCD A;  4ETC A;  1KIP C;  1LZ8 A;  3AJN A;  3TXB A;  2HED A;  4PRU A;  5B07 A;  4DD0 A;  5ILF A;  4WG1 A;  1LZS A;  5APE A;  1GE3 A;  4OWC A;  1PS5 A;  1KXY A;  4LZT A;  1LZ5 A;  3TXG A;  4J1A A;  5E4P A;  4ETA A;  1N4F A;  4G4C A;  4GCB A;  1LSM A;  1CNS A;  2W1L A;  5KXN A;  1RJC B;  3AGH A;  1IY4 A;  1FDL Y;  1YL1 X;  2ZYP A;  1UCO A;  3EMS A;  5HNL A;  5ILC A;  1INU A;  1D0M A;  3MGW A;  3WMK A;  4NHQ A;  4GN5 C;  2DQF C;  1JTT L;  3A3R X;  2ZIJ A;  4RW1 A;  3A96 A;  1BB5 A;  3WW6 A;  4H93 A;  4HJV A;  1FKV A;  4NEB A;  1BVX A;  1LYO A;  2Z18 A;  3B72 A;  3LYM A;  1AT5 A;  2EPE A;  2F4G A;  4I8S A;  3WPL A;  135L A;  3A91 A;  1XSF A;  1YAQ A;  3CT1 A;  1OUE A;  3W6D A;  4N5R A;  1KXW A;  2YVB A; 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 1GPQ C;  1LHH A;  4L41 A;  3TXE A;  2DQH Y;  1LJ4 A;  4KT3 A;  4N9R A;  4PHI A;  1LYZ A;  4YF2 A;  3D3D A;  1LOZ A;  1W08 A;  2Y8P A;  3FI7 A;  5I4Y A;  4CGE A;  3WUL A;  4AXT A;  5KY1 A;  5B1F A;  3CSR A;  4H92 A;  1GFG A;  5FCP A;  5LIN A;  4LYB A;  5KXX A;  4OW1 A;  1BB4 A;  2D4J A;  4PJ2 C;  3B0K A;  1BVK C;  1AM7 A;  1IR7 A;  1GFA A;  2GV0 A;  4YEO A;  2HU3 A;  4LGK A;  1UUZ C;  4PGJ B;  3W6B A;  1VED A;  3SP3 A;  1YAN A;  4ETB A;  3ZEK A;  6LYZ A;  1NDG C;  2CGI A;  2MEH A;  5KKI A;  1JTO L;  1NWG A;  4O34 A;  1CKH A;  1B5Y A;  2BLY A;  2F2N A;  1LPI A;  3LHM A;  3P64 A;  4NWE A;  1VDT A;  3AYQ A;  2LZT A;  8LYZ A;  3IJU A;  4H9C A;  4XJI A;  2EQL A;  2W1M A;  1XGU C;  3AZ7 A;  4H94 A;  4N0J A;  4RLN A;  1CJ6 A;  2FYC A;  5LXW A;  2CWI A;  2W1X A;  4I0C A;  1FLW A;  1LJF A;  2MEB A;  5K7O A;  1GE2 A;  4DDA A;  1HMK A;  1ZMY L;  4ETD A;  1B7L A;  1IWW A;  1J1O Y;  1GB8 A;  4B1A A;  5T3F A;  1JSE A;  4LT0 A;  2YSS C;  2C8P A;  3N9E A;  1OUH A;  1G7H C;  1IWZ A;  3A93 A;  3W6F A;  1FLU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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