4E97A

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-mercaptoethanol bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e97A00
151LA 237LA 3VW7A 3HDFA 2OU9A 254LA 236LA 4LDOA 1G0GA 159LA 1L90A 1T8FA 144LA 1L03A 200LA 3OE9A 110LA 4DJHA 3F9LA 161LA 3SN6R 1QSQA 1QTVA 1XEPA 175LA 1G0PA 3CDTA 122LA 1KW7A 109LA 2B6ZA 4I7OA 1L58A 3DN2A 239LA 1CUQA 160LA 1L99A 1CV6A 1L30A 1XJTA 4I7LA 118LA 1T97A 3DMVA 1KY1A 4YXAC 1CX6A 189LA 1L74A 1L20A 1P6YA 231LA 112LA 141LA 1C63A 222LA 166LA 3FADA 3D4SA 170LA 4W57A 1L39A 1P56A 3HH5A 2RAYX 4EKPA 2QB0B 1CX7A 182LA 1C61A 2O4WA 3CDOA 2RBSA 172LA 1L75A 111LA 1XJUA 210LA 3FI5A 1QUOA 1OWZA 4S0WA 3NYAA 3DN4A 3DN0A 1C6HA 1L46A 1LI2A 2RBPA 1LPYA 1KW5A 3GUIA 2L78A 157LA 3OE0A 1C6AA 2RB1X 1B6IA 3HUQA 191LA 3HUKA 1SX7A 1SWZA 4I7SA 1OYUA 1QUGA 1L76A 1L32A 3OE8A 255LA 1G0KA 1L79A 228LA 2OEAX 4EXMA 2NTGA 241LA 3HU8A 3CDVA 2LZMA 1D3JA 1L56A 230LA 211LA 1G1VA 1L93A 2A4TA 1L82A 227LA 1OVHA 1G1WA 123LA 4W53A 2O7AA 3HDEA 233LA 114LA 1LWGA 1L23A 3GUMA 3JR6A 206LA 1G0MA 1ZWNA 1PQIA 1C6NA 140LA 158LA 1L84A 213LA 3SB8A 4ARJA 1L73A 195LA 2OU0X 1L92A 212LA 1LGUA 128LA 1L83A 1L70A 3C7ZA 1L59A 1L68A 1EPYA 3G3VA 1L97A 1T6HA 3GUPA 1L27A 102LA 1QTCA 1P46A 4PJZA 1L88A 1L51A 1NHBA 3ODUA 4DAJA 1L86A 4W51A 1L28A 4E97A 4PK0A 243LA 115LA 174LA 1LYHA 1PQMA 250LA 165LA 4I7TA 1LWKA 131LA 190LA 4ARQB 4GRVA 1QTBA 4K5YA 2B6TA 3HH6A 4W56A 1L0KA 119LA 1L54A 1JQUA 113LA 1G0LA 2OTYX 229LA 1L72A 1SSWA 2B70A 1L29A 3FA0A 1L94A 205LA 1C6IA 1L95A 4W58A 1C69A 1CU2A 1SX2A 186LA 1C6QA 3GUNA 185LA 2OE7X 1I6SA 1L45A 1L67A 218LA 4EPFA 1JTMA 3SB9A 4LZMA 1L65A 199LA 1L22A 2B6XA 3C7YA 169LA 2B75A 4ARQA 1C6PA 214LA 1PQDA 252LA 147LA 1P2LA 2CUUA 137LA 1L44A 4ZPUA 217LA 1L18A 3NY8A 235LA 3C81A 1P3NA 3DN3A 2OTZX 2B7XA 1L35A 1JTNA 1DYDA 3SB5A 1C6KA 246LA 1QTDA 257LA 1L00A 2RBNA 249LA 142LA 261LA 3L2XA 3HTGA 1CU5A 1L89A 1LYDA 3K2RA 2RB2X 4W55A 258LA 120LA 3C83A 163LA 1OVJA 3HWLA 234LA 2NTHA 1DYEA 2O79A 3PBLA 1PQJA 1T8GA 1L07A 1CVKA 1LI3A 224LA 4LDLA 152LA 1L36A 3QAKA 1PQOA 3G3XA 1L40A 180LA 1G06A 3DNAA 4GBRB 1C60A 3C82A 1C66A 130LA 201LA 1KY0A 196LA 3C8SA 4ARMB 1L42A 1P7SA 3F8VA 177LA 4OO9A 209LA 259LA 1WTHA 1L96A 1P64A 1QT8A 192LA 2B6WA 6LZMA 108LA 1G0QA 3HTFA 125LA 148LE 3SB7A 197LA 3HUAA 2RAZX 1C6CA 1L49A 1QUHA 1C67A 188LA 3DMZA 5LZMA 4DKLA 1L66A 1T8AA 242LA 2IGCA 2B72A 1LGWA 1D9WA 4W54A 1ZYTA 2LCBA 4ARMA 3EMLA 1CV5A 1QT7A 3NY9A 1CV3A 1KNIA 1C6GA 1G0JA 1L08A 1D3MA 1QS9A 1L17A 3V2YA 1PQKA 1C68A 1L43A 1L13A 1OV5A 1L98A 149LA 178LA 1L57A 1C6EA 1C6MA 4EJ4A 1KS3A 2HULA 1DYFA 126LA 1L33A 1L41A 1L31A 251LA 176LA 1L47A 1P5CA 184LA 1L81A 2RBRA 3HT9A 1L63A 260LA 143LA 1L77A 1TLAA 1L71A 2ANVA 4I7QA 1L19A 3HU9A 1P37A 1L38A 1LYJA 1CV1A 3DN1A 1OVKA 129LA 1L26A 1LW9A 1L06A 1L64A 1C64A 1CV0A 1L15A 1CTWA 1CUPA 2QARC 4I7JA 146LA 244LA 1L61A 155LA 1QUDA 1QT5A 183LA 1K28A 2RBQA 4LDEA 1L34A 2Z6BA 3C8QA 1C6BA 2F2QA 1L09A 3G3WA 4ARPA 2B73A 1L10A 1LGXA 1SSYA 3DN6A 1CU6A 248LA 1OWYA 2Q9EA 1CV4A 225LA 3HH4A 104LA 2OE4X 103LA 1D3NA 1L62A 3C8RA 3SBAA 3GULA 1L05A 1LYGA 1OV7A 1L0JA 1DYGA 4W52A 1D2WA 1QT3A 1C65A 1ZURA 127LA 1L69A 1L25A 1L37A 4W59A 1L11A 1QTZA 1L52A 3HT6A 4YXCA 238LA 3V2WA 2HUKA 198LA 1L91A 187LA 138LA 2F32A 3DKEX 223LA 226LA 1L24A 4IAPA 2HUMA 3HTDA 215LA 4I7PA 1L04A 1SWYA 1L48A 1L85A 3HH3A 1G07A 1QTHA 232LA 3OE6A 107LA 1LYEA 3SBBC 1D2YA 262LA 216LA 1QT4A 4I7KA 3LZMA 181LA 3SB6A 3DMXA 1QT6A 1C6DA 164LA 4ARLA 3GUOA 1DYBA 168LA 3C7WA 7LZMA 150LA 3PDSA 3L64A 1C62A 2B74A 3GUJA 145LA 3CDQA 2F47A 3DN8A 1CU0A 1LYIA 167LA 3HT8A 1L01A 2RB0X 1L21A 219LA 3HT7A 3RUNA 5I14A 139LA 220LA 2OU8A 1C6TA 156LA 1LI6A 1CU3A 1QS5A 1L60A 3CDRA 4I7RA 4I7MA 1P36A 245LA 256LA 1DYCA 253LA 247LA 4EKSA 3HTBA 240LA 2RBOA 221LA 1L87A 4EKRA 1L80A 2RH1A 1L02A 1C6LA 4I7NA 2B6YA 1C6JA 2Q9DA 1L16A 4YX7C 1D3FA 4EKQA 4EPIA 1LYFA 2OE9X 1L12A 1QSBA 1L55A 3RZEA 162LA 1L50A 1P2RA 3C80A 1L53A 2LC9A 3UONA 1DYAA 3GUKA 171LA 173LA 1L14A 2ANXA 1C6FA 4AQNA 1LLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1INUA 237LA 2FYCA 5KKIA 236LA 1GEZA 4LDOA 159LA 2PC2A 4TSCA 3F9LA 4C3WA 2BQDA 2MECA 1HEQA 1JISA 175LA 1G0PA 4LT2A 5LYMA 4A7DA 2ZILA 1KW7A 1J1OY 3DN2A 5I4XA 1GF3A 4WO9A 1GE4A 3GXKA 118LA 4H92A 1PZYA 3DMVA 1KY1A 4YXAC 3RU5A 1IWVA 5KXZA 1L20A 1YKYX 1B7RA 3E3DA 2G4PA 4WM1A 5LIOA 4ETEA 4LT0A 1PS5A 1L39A 4DWXA 1O23A 4EKPA 1GBOA 3A95A 2BAAA 3CDOA 1L75A 1NDMC 1XJUA 5ILCA 1OWZA 1W6ZA 5KXRA 3WW6A 2ZYPA 1GF9A 2BQNA 2BQGA 1KW5A 3GUIA 4DD7A 1C6AA 4ZEEA 3HUKA 5I54A 3P66A 1L76A 1L32A 4FDYA 1OUJA 1I56A 4EXMA 4H9AA 2NTGA 4NIJA 5LVJA 3HU8A 3CDVA 1D3JA 1B7QA 154LA 4DQJA 211LA 2DQIY 1GBWA 1D6PA 4RLNA 1DZBX 4LT3A 4B4IA 4W53A 3D3DA 233LA 4LZTA 1LWGA 4N1CC 4YOPA 4GCDA 4TTDA 2W1XA 1ZWNA 4WG1A 140LA 4FJRA 1QDRA 158LA 135LA 4ARJA 1LGUA 1L83A 1L70A 5I4YA 4H91A 2D4KA 1EPYA 3GUPA 1XGUC 4PJZA 3W3EA 5LYZA 4PK0A 243LA 2D4IA 1GFGA 3QE8A 5KXMA 4BS7A 1LWKA 1YAOA 1LKSA 1YKXX 3ZVQA 4ARQB 1HHLA 3M3UA 208LA 4W56A 1HEPA 4DDCA 113LA 1JKAA 4GCBA 1JWRA 229LA 4W94A 2EQLA 1IX0A 4QGZA 2BQEA 4HPEA 186LA 4B4EA 3GUNA 1NHEA 2I6ZA 1L45A 1OUCA 2RSCA 4HJVA 5KXKA 1GWDA 4XJHA 1DI3A 214LA 147LA 217LA 3NY8A 1IP7A 1KXYA 4NSIA 1LMAA 3EXDA 2B7XA 4HJZA 1LSZA 1HF4A 4WLYA 1DYDA 1HC0A 1BHZA 3WPLA 1QQYA 1HFYA 249LA 1LSFA 1IWUA 261LA 4HTNA 3LHMA 3HTGA 2N5ZA 4Z46A 4EMNA 1UBZA 4ML7A 1PQJA 1T8GA 3CSZA 1LI3A 224LA 4H8YA 1HSWA 3W6CA 3QY4A 3LYOA 1IP5A 3C82A 130LA 5LVHA 4IJ4A 4ETCA 177LA 209LA 1UICA 1L96A 4PRQA 1IVMA 108LA 4PHIA 1KIQC 1DI5A 4GLAA 5A3EA 4Z41A 1L49A 1QUHA 2DQAA 2W1LA 188LA 194LA 4DDAA 1HFXA 4WOAA 1FBIX 1LGWA 1D9WA 1T3PA 1HEOA 1XEIA 4UWUA 2CDSA 1CV3A 1LJ4A 1UIGA 1YILA 1QS9A 1L17A 1PQKA 3B0IA 6LYTA 5LA8A 1LYOA 3LZTA 1WQMA 5HNCA 1LHHA 4H9EA 4HSFA 5IELA 2XBSA 4GLVA 260LA 1L77A 2ANVA 2MEFA 3HU9A 1P37A 1P2CC 1L06A 2I25L 1L64A 1L15A 2YSSC 1CUPA 2QARC 1ZVYB 155LA 1QUDA 1GF4A 2Z6BA 3HBEX 1C6BA 4W96A 3G3WA 1SSYA 248LA 4UWNA 1RE2A 2Q9EA 1CV4A 4B1AA 1GXV2 5FCPA 2OE4X 103LA 1L62A 1YAPA 3C8RA 3SBAA 1LYGA 2HTXA 4W52A 1B7LA 5KXNA 153LA 3WUMA 1L52A 3HT6A 3F6ZA 1CKGA 198LA 1QSAA 1A2YC 134LA 4N8ZA 3FI7A 1GFEA 1GFJA 1L24A 2ZQ4A 1IY3A 2BPUA 1GEVA 1B7MA 1GFHA 6LYZA 5KKJA 3HTDA 4I7PA 1SWYA 2IHLA 3A67Y 1G07A 3HH3A 2LYZA 5APDA 3RT5X 3SB6A 3DMXA 1XEKA 1IWWA 5APFA 1IC5Y 3OK0A 1JITA 1LSNA 164LA 1REZA 4II8A 2H5ZA 1CJ7A 2H9JA 3L64A 1C62A 1OUHA 3GUJA 4ZFPA 1B9OA 2F47A 2ZNXY 3DN8A 4NHIA 4DQ7A 1KIRC 4DT3A 7LYZA 3W6EA 3HT7A 4D9ZA 1OUIA 3A91A 1WQRA 3A94A 1IC4Y 156LA 1LTMA 1QS5A 3CDRA 4XYYA 4I7RA 2Z37A 1CJ9A 256LA 3ZVQB 2BQHA 5DM9A 4YF2A 240LA 4H90A 2MEDA 1UIHA 2RH1A 5KXYA 1UC0A 4I7NA 5FELA 4ZIXA 2B6YA 1GF0A 2YBIA 2YVBA 3AZ6A 4EKQA 1LYFA 2ZQ3A 2OE9X 1YROA 1L55A 4GN4A 1L50A 3T6UA 1P2RA 1L53A 3TXIA 3WXTA 1FKQA 2ANXA 4G9SA 1LSBA 1C6FA 2D91A 4CHXA 1BB4A 3VW7A 3HDFA 1E8LA 1T8FA 1L90A 5HMJA 200LA 3OE9A 4ETAA 3WW5A 3D9AC 3TMVA 3TMXA 5IDDA 1QSQA 2Z39A 1XEPA 4G4BA 3CDTA 122LA 1HEWA 1GB9A 239LA 1CUQA 1JSEA 1L99A 1CV6A 2D6BA 1T97A 3A93A 1HELA 193LA 3B6LA 1DI4A 1L74A 3CSQA 3QNGA 1P6YA 2CJLA 4LYZA 112LA 1C63A 4HV2A 1P56A 2XTHA 1EL1A 1LHKA 1GB6A 1UIBA 1ZMYL 4E3UA 4LGKA 4YEOA 1GD6A 1RFPA 2DQJY 4I0CA 4CGEA 3FI5A 4HP0A 1JSFA 1ZVHL 5L9JA 1LZDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1INU A;  237L A;  2FYC A;  5KKI A;  236L A;  1GEZ A;  4LDO A;  159L A;  2PC2 A;  4TSC A;  3F9L A;  4C3W A;  2BQD A;  2MEC A;  1HEQ A;  1JIS A;  175L A;  1G0P A;  4LT2 A;  5LYM A;  4A7D A;  2ZIL A;  1KW7 A;  1J1O Y;  3DN2 A;  5I4X A;  1GF3 A;  4WO9 A;  1GE4 A;  3GXK A;  118L A;  4H92 A;  1PZY A;  3DMV A;  1KY1 A;  4YXA C;  3RU5 A;  1IWV A;  5KXZ A;  1L20 A;  1YKY X;  1B7R A;  3E3D A;  2G4P A;  4WM1 A;  5LIO A;  4ETE A;  4LT0 A;  1PS5 A;  1L39 A;  4DWX A;  1O23 A;  4EKP A;  1GBO A;  3A95 A;  2BAA A;  3CDO A;  1L75 A;  1NDM C;  1XJU A;  5ILC A;  1OWZ A;  1W6Z A;  5KXR A;  3WW6 A;  2ZYP A;  1GF9 A;  2BQN A;  2BQG A;  1KW5 A;  3GUI A;  4DD7 A;  1C6A A;  4ZEE A;  3HUK A;  5I54 A;  3P66 A;  1L76 A;  1L32 A;  4FDY A;  1OUJ A;  1I56 A;  4EXM A;  4H9A A;  2NTG A;  4NIJ A;  5LVJ A;  3HU8 A;  3CDV A;  1D3J A;  1B7Q A;  154L A;  4DQJ A;  211L A;  2DQI Y;  1GBW A;  1D6P A;  4RLN A;  1DZB X;  4LT3 A;  4B4I A;  4W53 A;  3D3D A;  233L A;  4LZT A;  1LWG A;  4N1C C;  4YOP A;  4GCD A;  4TTD A;  2W1X A;  1ZWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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