4EKPA

T4 lysozyme l99a/m102h with nitrobenzene bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekpA00
140LA 1L21A 3GUKA 1XJUA 1C64A 2OE7X 1L03A 2O7AA 1L44A 1LYJA 1P37A 1PQKA 2OU8A 3UONA 130LA 1L94A 1L91A 126LA 3G3WA 1L68A 2OEAX 1L81A 4GBRB 4W59A 2HUMA 1LI6A 4ZPUA 227LA 1L05A 235LA 1L16A 1L85A 4DAJA 219LA 123LA 257LA 2LC9A 4I7OA 3CDRA 246LA 1SSWA 1C61A 222LA 1L65A 185LA 1QT7A 4I7MA 3C7ZA 2F32A 1L04A 1WTHA 4ARQA 215LA 1CV1A 1L90A 3DN6A 3HUAA 1DYEA 225LA 1L70A 3PBLA 1KY0A 2IGCA 1G0PA 1DYAA 1L23A 3SB7A 1L26A 122LA 1QUHA 197LA 229LA 3HU9A 244LA 1L06A 1L66A 1L18A 152LA 1L98A 4S0WA 178LA 250LA 169LA 142LA 3HDFA 191LA 4I7LA 1QT4A 1L22A 1L07A 220LA 1LGWA 1L75A 245LA 3HTGA 1L40A 1L08A 1CU2A 2RH1A 254LA 1L46A 1C66A 1C62A 1L50A 1ZYTA 4I7SA 258LA 3C80A 1DYDA 2B6TA 160LA 2A4TA 2RBNA 253LA 1L92A 1QT8A 2B70A 1L54A 3L2XA 1P36A 247LA 4YXAC 1T8GA 1L62A 1SWZA 1D3JA 1L93A 224LA 1L64A 155LA 1C63A 200LA 180LA 4I7NA 3HTDA 5I14A 1L52A 1EPYA 146LA 171LA 241LA 2O4WA 4DKLA 1XEPA 3G3VA 3G3XA 168LA 3DN0A 3HH6A 1QT5A 3DN3A 1OYUA 4ARMB 1L34A 4PJZA 1G0KA 1L86A 210LA 1QTZA 1LLHA 4OO9A 1C69A 1OVKA 3SBAA 4W54A 1L80A 4LDEA 125LA 3HDEA 4YX7C 1PQJA 1L30A 262LA 1L42A 2L78A 3HWLA 1D3MA 1KY1A 1L20A 1C6TA 1L77A 1QSBA 211LA 4E97A 151LA 109LA 1L10A 3HH4A 1C6KA 1LYHA 1P64A 217LA 1G07A 230LA 1NHBA 2B75A 1C6QA 1CUPA 1QUGA 3NY9A 2B7XA 1D3NA 1L31A 1L11A 2RBOA 1L33A 1C6AA 213LA 115LA 1L36A 1L99A 1SWYA 1DYGA 3HUQA 114LA 1L83A 1L97A 199LA 1C68A 183LA 1LI3A 4ARJA 212LA 1QS9A 3LZMA 189LA 1T97A 1C6FA 3PDSA 1QTVA 1G0JA 1D3FA 3HT8A 1CV3A 3DN1A 1CV4A 1G06A 4ARMA 239LA 143LA 181LA 3SB8A 3OE0A 1LI2A 201LA 170LA 1CUQA 2OE9X 2RB2X 1SSYA 4EKSA 1C6IA 138LA 161LA 233LA 167LA 3GUJA 108LA 1G1VA 1PQMA 1OV7A 3D4SA 3C82A 1P6YA 2B73A 3NYAA 3GUMA 248LA 205LA 4I7TA 240LA 3V2WA 1C6BA 1D2WA 1L71A 1CX6A 3JR6A 4LZMA 1CU3A 259LA 163LA 1L87A 238LA 3HU8A 4PK0A 4EKPA 137LA 1QTHA 4GRVA 3FI5A 148LE 3OE8A 129LA 1L57A 237LA 243LA 2RB1X 4LDLA 131LA 1L53A 158LA 2B6XA 4W58A 2Q9EA 3C8QA 1L69A 164LA 4IAPA 1QUOA 162LA 223LA 242LA 1L76A 3K2RA 1L29A 3SB5A 1L67A 252LA 173LA 1L96A 2RB0X 214LA 139LA 184LA 3ODUA 1DYCA 1ZURA 2NTHA 1P56A 192LA 141LA 3SBBC 1L43A 1LGUA 3C83A 1OVJA 3HT9A 127LA 2F47A 1TLAA 1G1WA 1L88A 3HTFA 2OE4X 4W53A 1L72A 1CVKA 104LA 187LA 1L79A 231LA 1P46A 1QT3A 3SB6A 3CDVA 1L24A 1CU6A 261LA 3DNAA 6LZMA 1L39A 186LA 4ARPA 1L58A 1G0GA 1OVHA 1C6DA 119LA 1L47A 3HT6A 1LYFA 3CDTA 3DKEX 1P3NA 1OWZA 2B6ZA 196LA 113LA 3DMXA 1C65A 3DN4A 176LA 2RBQA 3V2YA 145LA 255LA 118LA 1CV0A 2CUUA 2QARC 3GUOA 4LDOA 234LA 3DMZA 3RZEA 157LA 4DJHA 1C6CA 4EKQA 177LA 107LA 147LA 4EPFA 190LA 1L0JA 4K5YA 3GUIA 182LA 2ANXA 1P2RA 7LZMA 1PQDA 1XJTA 1C6JA 3C8RA 3CDQA 1C6PA 3NY8A 1L63A 103LA 1CV6A 232LA 4AQNA 1P5CA 1DYBA 120LA 1P2LA 1L28A 1L61A 1CU5A 1L95A 175LA 1B6IA 1PQOA 2B6YA 218LA 3C7WA 1D9WA 3HT7A 1L14A 3FA0A 128LA 4I7RA 1L00A 1L60A 1LW9A 112LA 1ZWNA 1L0KA 5LZMA 1CV5A 1L73A 1L01A 216LA 172LA 206LA 2OTYX 3QAKA 4W57A 1L25A 4W56A 1JTNA 1KW7A 110LA 1L13A 4I7KA 1C6GA 2F2QA 1L02A 1I6SA 2LCBA 1C6NA 4EXMA 1QTCA 1LYGA 1T6HA 2HULA 3C7YA 1L38A 1LYIA 1DYFA 2OTZX 4I7JA 1PQIA 3RUNA 1L48A 1CX7A 2RBRA 1QUDA 4W52A 2ANVA 1L56A 1LWGA 3HH3A 111LA 3OE9A 4W55A 2O79A 188LA 1L17A 249LA 1QSQA 2QB0B 1L45A 4EPIA 260LA 1SX7A 1L15A 3GUNA 149LA 1L51A 2RBSA 1C6LA 1JTMA 198LA 4W51A 1CU0A 1C60A 1KW5A 3C8SA 150LA 1P7SA 3SN6R 3F8VA 3SB9A 1C6EA 256LA 1QT6A 1G0MA 1QTDA 1JQUA 1L55A 156LA 4ARLA 2B72A 4I7PA 1QTBA 1OV5A 228LA 1T8FA 1L82A 1L49A 1QS5A 209LA 1L12A 1C67A 2RAZX 1L09A 4YXCA 1L59A 3HH5A 1L32A 3L64A 3GUPA 1K28A 2B6WA 2RAYX 3VW7A 1L19A 3DN8A 3OE6A 2NTGA 1LYEA 166LA 2LZMA 1L37A 1D2YA 1T8AA 1LYDA 236LA 1CTWA 1KNIA 1KS3A 3C81A 3DN2A 1C6MA 144LA 4EKRA 2RBPA 1LPYA 3FADA 1SX2A 3CDOA 4ARQB 1LWKA 165LA 102LA 195LA 3GULA 174LA 3HTBA 251LA 2OU9A 2Q9DA 1L27A 1L35A 2OU0X 2B74A 1G0LA 1LGXA 4I7QA 221LA 1OWYA 226LA 1C6HA 1L41A 3EMLA 1L74A 2HUKA 3DMVA 1G0QA 159LA 1L84A 1L89A 4EJ4A 3HUKA 3F9LA 2Z6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VFBC 140LA 1B2KA 1L21A 4UWNA 1IVMA 3GUKA 4XJHA 2FYCA 2OE7X 1L03A 4WOAA 1C7PA 3RU5A 4N0JA 1L44A 2YBLA 1LSPA 3UONA 5FSTA 126LA 8LYZA 4G4HA 2Q0MX 2OEAX 2HUMA 4ZPUA 227LA 1L05A 1IOCA 5ILCA 219LA 257LA 2LC9A 4I7OA 2BQCA 246LA 5F9UA 1SSWA 1C61A 1L65A 3HUAA 1WQOA 225LA 193LA 1T6VL 5B59A 5APCA 2G4QA 1GFAA 1EQ4A 4DD2A 1LPIA 4OWCA 244LA 1IY3A 1IP1A 152LA 3A90A 1B5UA 1L07A 1LGWA 2HU1A 1L08A 4FJRA 3TXHA 254LA 1LOZA 1D0KA 3A34A 3T6UA 1UC0A 1GFVA 4BAFA 1G7JC 1ZYTA 1BVKC 3RW8A 2B6TA 2A4TA 1LSZA 3ATNA 2RBNA 253LA 2B70A 1P36A 4YXAC 4YM8A 3QE8A 2MEBA 1SWZA 1LZRA 2CWIA 155LA 200LA 1ZV5L 4I7NA 1DKKA 1L52A 4NGWA 1HSXA 1REYA 146LA 2O4WA 2ZIJA 1OYUA 4ET9A 1QDRA 4XN6A 3AZ6A 1L86A 210LA 3W6BA 5KKIA 1LJKA 194LA 1LSFA 2BQJA 1OVKA 3IWRA 1L80A 1CKCA 1PQJA 1LCNA 262LA 1L42A 1VDSA 3LYZA 1L20A 1UIAA 4DWXA 1VATA 2B5ZA 1L77A 2Z2FA 151LA 2DQFC 4GCBA 1J1OY 1LYHA 1CUPA 1LJGA 1GBOA 4W96A 3AZ4A 3NY9A 1ALCA 5KY1A 4LGKA 1L31A 2RBOA 1B5WA 1CKDA 2BQHA 1L36A 4KL7A 5LXWA 2BQAA 114LA 1L97A 1C68A 5I4XA 3N9EA 3PDSA 1G0JA 1JITA 3DN1A 1IWWA 1DXJA 239LA 5B1GA 2ZWBA 1A2YC 4WG1A 1LZ6A 2RB2X 4EKSA 138LA 1LMOA 167LA 4WM2A 4R0FA 1PQMA 3D4SA 2YBMA 3C82A 1IR9A 1P6YA 1AT6A 3GUMA 248LA 3IJUA 4I7TA 1V7SA 1C6BA 3TXJA 1D2WA 3A91A 1LKSA 1L71A 3JR6A 4PPOA 1PS5A 259LA 163LA 1L87A 2LHMA 1GD6A 4PK0A 4EKPA 1QTHA 4GRVA 148LE 1GBZA 237LA 3CSQA 2B6XA 4OW1A 1ZMYL 1C08C 164LA 2F4AA 1D6PA 1L29A 1WQNA 4U3XB 252LA 5LVJA 173LA 1L96A 1XEKA 139LA 3ODUA 1B5VA 3G3AB 3AW6A 1TAYA 1HEPA 141LA 5KXKA 1GFUA 3HT9A 1DI5A 2BLXA 2HUBA 3HFMY 2MEIA 127LA 2F47A 1GB8A 4N1EI 1TLAA 1L88A 5D5FA 4A7DA 1YL1X 3HTFA 3CT5A 2NWDX 1E8LA 1F6SA 261LA 4LT2A 5I53A 1GXV2 1LJNA 1GB9A 1L58A 1G0GA 1OVHA 2DQDY 3HT6A 3DKEX 4H8ZA 4NGVA 1TDYA 1C65A 3DN4A 2RBQA 145LA 2LYZA 1GFJA 4J1BA 2CUUA 3LYMA 1GF3A 4GCFA 3DMZA 107LA 4EPFA 4K5YA 1C6JA 1JSFA 3C8RA 2H9JA 1P5CA 3B72A 1L95A 175LA 1RCMA 1B6IA 3KAMA 2DQIY 128LA 1NDGC 2BQOA 5FEKA 4H8XA 1ZWNA 2G4NA 4NWHA 1CV5A 1BB5A 1LMAA 4NHTA 172LA 2OTYX 4W57A 1UIDA 4XJDA 1HEMA 1LJFA 1GF9A 3P68A 110LA 5DN4A 1L02A 1I6SA 2LCBA 2BLYA 3EXDA 1OUCA 1T6HA 2HULA 2N5ZA 3C7YA 3TXFA 1DYFA 2OTZX 5DL9A 3AW7A 1OUEA 1FKVA 4H9CA 3TMWA 1LWGA 2ZNWY 4LYTA 1DI4A 1H6MA 1LHJA 3W3EA 1EL1A 3SP3A 1B7MA 1L51A 4LYZA 1CU0A 3FI7A 1LMNA 256LA 1QT6A 1JQUA 4WL7A 4ARLA 2B72A 1BB7A 1OV5A 1GEZA 154LA 4GN3A 1HENA 3W6FA 1QS5A 1JTTL 4YXCA 2RAZX 3GUPA 2B6WA 1DI3A 3A3QA 2A7DA 4QEQA 1GB7A 1LYEA 2DKVA 2FBDA 2D4KA 236LA 1QUTA 3ZVQA 1C6MA 144LA 4BADA 4EKRA 3WW6A 4ANRA 4NEBA 5KXOA 1XGTC 1IOTA 2I6ZA 4I8SA 4NGYA 1CJ6A 5KXTA 207LA 4ZEEA 3HTBA 2Q9DA 4ETEA 3D3DA 1FLYA 1GE1A 1NDMC 1YAPA 1GB6A 2B74A 5HNCA 4Z3MA 4I7QA 221LA 226LA 1C6HA 1L41A 3A94A 1HEOA 1G0QA 1L89A 5FELA 1IY4A 1XJUA 4B4IA 4MR1A 2O7AA 1LZTA 2OU8A 130LA 2Z37A 3G3WA 1C43A 5KKJA 4GBRB 4XENA 1L16A 5E4PA 1L85A 1NKHA 4XJFA 5C6JA 4DD7A 2BQMA 222LA 185LA 1LYZA 2F32A 1WTHA 4TX7A 3BKHA 3PBLA 4WO9A 5C6LA 4G4BA 3WVYA 1GFTA 4HV2A 1GE2A 1AKIA 3SB7A 1REMA 1L26A 122LA 3RT5X 1LZ1A 3P65A 4WM4A 1BQLY 4YOPA 178LA 4DQJA 4H92A 3HBEX 1VDQA 1QT4A 1L22A 4X3BA 3HTGA 1L40A 2EQLA 1CU2A 2RH1A 1WTMA 1OP9B 4B1AA 5HQ1A 1HERA 5HNLA 1GDWA 1L50A 1AT5A 2DQAA 5II3A 1GB2A 1WQRA 4HJVA 1IWXA 4NSHA 1L54A 1IWZA 247LA 1BB4A 1T8GA 1L62A 2G4PA 3WPLA 224LA 4Z46A 5KXWA 3TXKA 5M1YA 4I0CA 1CJ7A 1EPYA 241LA 3G3VA 2BQBA 3DN0A 3G3BB 4ETCA 1UIGA 1G0KA 1W6ZA 2DQCY 1LLHA 1C69A 2YBJA 1HC0A 4WM5A 3HWLA 1D3MA 4N8ZA 1GBWA 1KY1A 3AGGG 4LZTA 1QSBA 2MEFA 4H9FA 4H9BA 1L10A 1UCOA 1C6KA 2W1MA 1P64A 4LT3A 4G49A 4N1CC 1C6QA 2B7XA 6LYZA 5HMVA 4XJIA 1GE4A 4DYGA 1JKBA 183LA 2WARA 2D4JA 1T97A 2HTXA 4DQ7A 5KJ9A 1JKDA 1TCYA 1GAZA 1YROA 1CV3A 2D4IA 4H93A 1CV4A 5DLAA 4ARMA 1REXA 1JJ3A 1GB3A 1RI8B 4LYOA 1CUQA 1C6IA 4CHXA 108LA 4IJ4A 2B73A 4ML7A 1LJIA 205LA 1B7OA 2I25L 1GBXA 3V2WA 4TWSA 4LZMA 238LA 5E9RA 3HU8A 2DQGY 3OE8A 129LA 243LA 1HFYA 2BQDA 1MELL 2Q9EA 1F6RA 1LZYA 1QUOA 1GBYA 162LA 1HFZA 1L76A 3N9AA 3SB5A 1YKYX 1L67A 4P2EA 3AZ5A 4ETDA 2RB0X 1QDTA 3LHMA 3QNGA 1GAYA 1JKAA 1NBZC 1DZBX 1TBYA 4C3WA 1ZURA 2NTHA 1P56A 4ZFPA 5KXYA 4W94A 1IWTA 3WPKA 2RSCA 3TXIA 1GXXA 1L72A 1CVKA 5LVIA 2Z19A 1WVVA 231LA 2DBTA 1RE2A 4BAPA 4WM6A 4QDNA 3DNAA 6LZMA 1WQMA 4H9EA 1REZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VFB C;  140L A;  1B2K A;  1L21 A;  4UWN A;  1IVM A;  3GUK A;  4XJH A;  2FYC A;  2OE7 X;  1L03 A;  4WOA A;  1C7P A;  3RU5 A;  4N0J A;  1L44 A;  2YBL A;  1LSP A;  3UON A;  5FST A;  126L A;  8LYZ A;  4G4H A;  2Q0M X;  2OEA X;  2HUM A;  4ZPU A;  227L A;  1L05 A;  1IOC A;  5ILC A;  219L A;  257L A;  2LC9 A;  4I7O A;  2BQC A;  246L A;  5F9U A;  1SSW A;  1C61 A;  1L65 A;  3HUA A;  1WQO A;  225L A;  193L A;  1T6V L;  5B59 A;  5APC A;  2G4Q A;  1GFA A;  1EQ4 A;  4DD2 A;  1LPI A;  4OWC A;  244L A;  1IY3 A;  1IP1 A;  152L A;  3A90 A;  1B5U A;  1L07 A;  1LGW A;  2HU1 A;  1L08 A;  4FJR A;  3TXH A;  254L A;  1LOZ A;  1D0K A;  3A34 A;  3T6U A;  1UC0 A;  1GFV A;  4BAF A;  1G7J C;  1ZYT A;  1BVK C;  3RW8 A;  2B6T A;  2A4T A;  1LSZ A;  3ATN A;  2RBN A;  253L A;  2B70 A;  1P36 A;  4YXA C;  4YM8 A;  3QE8 A;  2MEB A;  1SWZ A;  1LZR A;  2CWI A;  155L A;  200L A;  1ZV5 L;  4I7N A;  1DKK A;  1L52 A;  4NGW A;  1HSX A;  1REY A;  146L A;  2O4W A;  2ZIJ A;  1OYU A;  4ET9 A;  1QDR A;  4XN6 A;  3AZ6 A;  1L86 A;  210L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VFB C;  140L A;  1B2K A;  1L21 A;  4UWN A;  1IVM A;  3GUK A;  4XJH A;  2FYC A;  2OE7 X;  1L03 A;  4WOA A;  1C7P A;  3RU5 A;  4N0J A;  1L44 A;  2YBL A;  1LSP A;  3UON A;  5FST A;  126L A;  8LYZ A;  4G4H A;  2Q0M X;  2OEA X;  2HUM A;  4ZPU A;  227L A;  1L05 A;  1IOC A;  5ILC A;  219L A;  257L A;  2LC9 A;  4I7O A;  2BQC A;  246L A;  5F9U A;  1SSW A;  1C61 A;  1L65 A;  3HUA A;  1WQO A;  225L A;  193L A;  1T6V L;  5B59 A;  5APC A;  2G4Q A;  1GFA A;  1EQ4 A;  4DD2 A;  1LPI A;  4OWC A;  244L A;  1IY3 A;  1IP1 A;  152L A;  3A90 A;  1B5U A;  1L07 A;  1LGW A;  2HU1 A;  1L08 A;  4FJR A;  3TXH A;  254L A;  1LOZ A;  1D0K A;  3A34 A;  3T6U A;  1UC0 A;  1GFV A;  4BAF A;  1G7J C;  1ZYT A;  1BVK C;  3RW8 A;  2B6T A;  2A4T A;  1LSZ A;  3ATN A;  2RBN A;  253L A;  2B70 A;  1P36 A;  4YXA C;  4YM8 A;  3QE8 A;  2MEB A;  1SWZ A;  1LZR A;  2CWI A;  155L A;  200L A;  1ZV5 L;  4I7N A;  1DKK A;  1L52 A;  4NGW A;  1HSX A;  1REY A;  146L A;  2O4W A;  2ZIJ A;  1OYU A;  4ET9 A;  1QDR A;  4XN6 A;  3AZ6 A;  1L86 A;  210L A; 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