4EKRA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-cyanophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekrA00
3K2RA 1L24A 1PQJA 3OE9A 217LA 210LA 2B7XA 228LA 1PQMA 1C6BA 1G1WA 1C68A 244LA 4OO9A 1L18A 241LA 2B6ZA 249LA 166LA 177LA 108LA 1D2YA 199LA 1L26A 4E97A 216LA 190LA 126LA 1L85A 1L80A 143LA 137LA 1QTDA 1L57A 1DYFA 1CU6A 1G0PA 1KNIA 1CU3A 236LA 3HU9A 1C6JA 2B6XA 3NYAA 243LA 1C64A 1KW5A 148LE 1G0JA 164LA 2HUMA 189LA 112LA 1L06A 2LCBA 1P5CA 1QT3A 225LA 150LA 1L49A 4EKSA 1L15A 3F9LA 128LA 1K28A 1T8AA 1C6AA 1D9WA 1DYEA 1SWYA 1QT4A 6LZMA 227LA 1LPYA 3C83A 1CV3A 1L0KA 246LA 3DMZA 3HH5A 187LA 1L47A 1L25A 3CDQA 220LA 2ANVA 218LA 2NTHA 3NY8A 1LLHA 4W59A 4W51A 1QT6A 1T8GA 1C65A 1LW9A 1L07A 1L22A 1P6YA 1CV5A 175LA 3DN4A 3GUPA 1P56A 145LA 3C8RA 2RBNA 3RZEA 127LA 182LA 3OE8A 3DN8A 1L48A 1P46A 1C6KA 3DMVA 3NY9A 3FI5A 1OWZA 3C8QA 1C6FA 1DYGA 1PQDA 1C6HA 2O7AA 1L03A 1L17A 2RBRA 198LA 2OTYX 1L51A 1QTCA 1C67A 3HT9A 3GULA 1SX7A 238LA 4K5YA 242LA 1L81A 1CTWA 1ZWNA 172LA 3L2XA 4IAPA 1L61A 3HDEA 4I7SA 1L21A 139LA 4EPIA 167LA 1JQUA 1P2LA 1L01A 1L11A 2Q9EA 181LA 1C6CA 183LA 219LA 232LA 159LA 1L89A 251LA 3LZMA 3SB8A 4ARPA 2O4WA 104LA 176LA 3SBBC 1L10A 1LGXA 4PK0A 4YXAC 245LA 3HTBA 235LA 1C6IA 1C60A 1OYUA 107LA 1C6LA 1OVKA 2RH1A 1L08A 1C66A 205LA 1L34A 102LA 206LA 138LA 1L99A 188LA 1OWYA 3HTFA 4ARQB 4AQNA 2F32A 3ODUA 155LA 1LI3A 1CUPA 1G07A 1L42A 3HDFA 2IGCA 160LA 231LA 4W55A 122LA 1T8FA 1C63A 1LGUA 3DNAA 3HUAA 3GUOA 248LA 4W56A 1QUGA 2Q9DA 2B6TA 1PQOA 3HH6A 4ARLA 1B6IA 3SB9A 113LA 3CDRA 255LA 3C81A 1QTVA 3C7WA 4LZMA 3C8SA 1L87A 3G3XA 2LZMA 3DN0A 1L04A 3UONA 140LA 2RBPA 1CV0A 1ZURA 3PBLA 257LA 1I6SA 3VW7A 180LA 3V2WA 3CDOA 3HTGA 3G3VA 3F8VA 254LA 3RUNA 1QUHA 3SB5A 1PQIA 178LA 3HUQA 211LA 4EKPA 2RB1X 1C6EA 7LZMA 261LA 125LA 2HULA 191LA 158LA 1L05A 1L63A 1C69A 1L76A 156LA 119LA 1L72A 4I7QA 1PQKA 3HU8A 1L67A 2QARC 1QS5A 1L23A 174LA 1G0LA 1L94A 1QTZA 4LDLA 3SN6R 1D3FA 3L64A 1C6QA 1L96A 1LWKA 252LA 144LA 4W58A 2A4TA 4YX7C 111LA 4ARMB 233LA 1QT5A 162LA 165LA 1JTNA 3HT8A 2F47A 1DYAA 1L95A 1L56A 131LA 213LA 3OE6A 1L30A 4I7LA 1P37A 196LA 1L36A 250LA 2OE7X 2B75A 1L13A 214LA 1L58A 4W57A 1CV4A 1L79A 4DKLA 1G0GA 3HH4A 1L33A 1CU5A 4I7TA 3DN6A 4W53A 1CX7A 200LA 1L45A 2RB2X 1G0QA 2Z6BA 4I7JA 4GRVA 1L27A 2B74A 209LA 1P2RA 258LA 1LYHA 2F2QA 1LYIA 1L43A 1D3NA 1SSYA 1CV1A 1LGWA 103LA 3HUKA 4EPFA 129LA 2B6YA 1SSWA 1L53A 4DJHA 170LA 4EKQA 4S0WA 1C6DA 120LA 1C62A 1XJTA 1L91A 1L66A 4I7OA 3GUMA 1L65A 1KW7A 2B73A 157LA 1KS3A 1L50A 2B72A 1L35A 1XJUA 3DN1A 1TLAA 3CDTA 123LA 1L90A 115LA 229LA 1D2WA 1L60A 185LA 262LA 1L12A 1JTMA 1L09A 3C80A 1LYFA 2RBSA 1L82A 197LA 1CV6A 1CVKA 152LA 1L97A 2RBQA 149LA 1T97A 3HT7A 1L77A 1L83A 1L68A 1LYJA 3DN3A 173LA 2ANXA 4LDEA 1DYCA 1L88A 260LA 1L37A 2OU8A 3PDSA 1ZYTA 234LA 3FADA 3QAKA 3FA0A 5I14A 3V2YA 1L73A 3HH3A 1CU2A 4YXCA 1DYDA 1L32A 1L98A 224LA 2OE4X 146LA 1L92A 3OE0A 4I7PA 1QT7A 1LI2A 253LA 2L78A 2RBOA 114LA 1LYDA 223LA 2OE9X 1QS9A 4ARQA 1LYGA 3SB7A 130LA 1L62A 1L74A 1XEPA 1L39A 1L29A 3CDVA 184LA 3DMXA 2RAZX 3SB6A 195LA 1OVJA 1L70A 3GUJA 171LA 215LA 4I7RA 1C6MA 1D3MA 1L69A 2O79A 4W54A 168LA 4ARJA 2NTGA 237LA 1KY1A 1WTHA 147LA 1L16A 2QB0B 5LZMA 1G06A 1QUDA 4PJZA 3SBAA 201LA 4EXMA 4DAJA 1CX6A 1P36A 2HUKA 1G0MA 3JR6A 4I7MA 1L00A 1L59A 4ZPUA 4EJ4A 2RB0X 230LA 1P3NA 151LA 3DKEX 221LA 2LC9A 3C7YA 1KY0A 256LA 4LDOA 1L84A 1G0KA 1L86A 1P7SA 4EKRA 1G1VA 1L38A 1C6GA 3HT6A 161LA 1L41A 3HTDA 1QTBA 1LWGA 192LA 2CUUA 3GUKA 186LA 169LA 1EPYA 1DYBA 1QSBA 1QSQA 1D3JA 1C61A 1OV5A 2OU0X 1L20A 1OV7A 1QUOA 1L71A 1OVHA 163LA 4ARMA 109LA 4I7NA 259LA 2B6WA 1QT8A 3C7ZA 4GBRB 1CU0A 118LA 4W52A 240LA 1L28A 1L14A 3HWLA 1L64A 110LA 1SX2A 1SWZA 1L0JA 3GUNA 1CUQA 1L40A 222LA 2OU9A 1L44A 226LA 1NHBA 4I7KA 1L46A 1LYEA 1L19A 1L02A 239LA 3GUIA 1L93A 1QTHA 3EMLA 1C6PA 1L55A 247LA 1L52A 142LA 2OEAX 3DN2A 2RAYX 3D4SA 1L54A 1L75A 2B70A 3G3WA 212LA 141LA 1T6HA 3C82A 1L31A 1C6TA 2OTZX 1P64A 1LI6A 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K2RA 1GF3A 5I4XA 1G1WA 5HMVA 1L18A 2BQMA 166LA 4RLMA 3WUAA 177LA 199LA 216LA 3TXJA 3LYZA 143LA 4YM8A 3CB7A 4B1AA 3ATNA 3HU9A 2EQLA 4XYYA 1YILA 1JHLA 208LA 1QSWA 4ETCA 1V7TA 1LZ4A 150LA 3LN2A 1BVKC 3LYOA 1LZ6A 1IX0A 1L15A 2LZ2A 1K28A 2H9KA 1DKKA 4XN6A 1SWYA 227LA 1GHLA 3C83A 1L0KA 3HH5A 5HLLA 3WVYA 2ANVA 1CJ8A 4GCCA 1QT6A 1GFHA 1LW9A 2YBLA 4Z46A 1RCMA 1YAOA 3GUPA 3DN4A 1P56A 1XEJA 1WTNA 127LA 3DN8A 1P46A 4HJVA 3DMVA 1IWXA 3J4GA 3FI5A 1AT5A 1OWZA 1IOTA 1C6FA 4H91A 1LZSA 2O7AA 3F6ZA 2A7FA 198LA 1L51A 1QTCA 3AB6A 1C67A 3HT9A 3D9AC 2FYDA 242LA 1ZWNA 4IAPA 172LA 1LJGA 1LYZA 1TDYA 4I7SA 4II8A 1LJFA 1F6RA 1XGPC 4EPIA 1MLCE 2BQFA 1I1ZA 1JQUA 1VFBC 232LA 159LA 2Z18A 1L89A 1GB3A 251LA 4ARPA 1TBYA 3TXGA 3BKVA 1IOSA 1IP1A 235LA 1LAAA 1C6IA 1JITA 1GB7A 1B7RA 1C6LA 1D0LA 1L34A 1LSYA 4LYTA 2BQLA 4WMGA 4O34A 1D0KA 4WL7A 3A34A 2BQCA 160LA 4OWHA 5LAFA 3HUAA 5C6IA 248LA 4W56A 1QUGA 5L9JA 1DI4A 3WPKA 5J7CA 2CJLA 3G3XA 3W6DA 3UONA 1LZNA 1CV0A 1YQVY 4YF2A 1LJ4A 1I6SA 4G4BA 4TWSA 3HTGA 1KXXA 4N8ZA 1QUHA 1LYYA 1B2KA 3W6EA 1AM7A 1HENA 1C6EA 125LA 134LA 4LT3A 156LA 1PQKA 1L67A 4A7DA 4UWVA 174LA 1QTZA 3SN6R 1D3FA 1L96A 5LYMA 252LA 4W58A 4ARMB 1IEEA 162LA 4WM5A 1L95A 1QTEA 3OE6A 5ILCA 5I54A 1OUFA 4C3WA 1L36A 4FJRA 3EBAB 2B75A 1IWYA 4N9RA 2BLXA 4G4HA 1L58A 1YANA 4NSJA 5I5QA 3B0IA 1GB5A 3B0OA 5KXMA 2RB2X 4I7JA 5F14A 4NHPA 1LYIA 1CV1A 1LGWA 2Z2EA 4ML7A 4EPFA 129LA 2B6YA 1L53A 1IP7A 1C62A 2DBTA 1QIOA 1F6SA 5APDA 1XGQC 1L91A 1L66A 4UWUA 4W94A 4NHSA 1LJHA 4DD3A 157LA 1KS3A 2ZQ4A 2N5ZA 1XJUA 4QY9A 123LA 1D2WA 1L60A 185LA 3WMKA 1L12A 2ZWBA 4NGJA 1GFUA 2RBSA 1L82A 1WQQA 4M4OA 1CV6A 1CVKA 5I4YA 4WG7A 4H9CA 149LA 3QY4A 2XTHA 4DDAA 1QTKA 3HT7A 1L83A 3DN3A 3N9CA 1JKCA 2ANXA 4DC4A 1HEMA 1L88A 4ET8A 4WO9A 2OU8A 1L37A 3PDSA 2HU3A 3RNXA 2HEDA 3QAKA 1CU2A 1BB4A 1GFGA 5FEKA 4YXCA 1DYDA 1UIHA 1LZ9A 1FKQA 1JISA 4H93A 2ZILA 4H9BA 2ZIJA 1L92A 2BQNA 5KKJA 3G3AB 2RBOA 1LYDA 2OE9X 1WQRA 1LYGA 1UIDA 3A8ZA 2CWIA 2Z12A 1HEPA 184LA 4TUNA 4WLYA 4B4JA 3B72A 1QUSA 2MEGA 5APCA 1HSXA 4I7RA 2ZYCA 4W54A 4CFPA 168LA 2NTGA 1I56A 1WTHA 3WPLA 147LA 1INUA 1LOZA 1REMA 5LZMA 3AZ5A 1B5VA 1SLYA 1HFXA 1UIAA 1P36A 1G0MA 1IC7Y 1UIEA 4I7MA 4ZPUA 3TXDA 2W1LA 221LA 2LC9A 4GN4A 1L86A 1GF0A 1P7SA 2C8OA 4LYMA 1L38A 3HBDA 135LA 5LYZA 1GF8A 1LWGA 2CUUA 3GUKA 186LA 169LA 4NEBA 1QSQA 2FBBA 2MEAA 2OU0X 1L20A 1GBZA 3AJNA 1CKDA 1YL1X 1JSFA 118LA 240LA 1JSEA 1L14A 3HWLA 2YDGA 4DT3A 1L40A 3G3BB 1CJ6A 2OU9A 4G4CA 3A3QA 5LYTA 4I7KA 1L46A 1UIFA 2Q0MX 1LJIA 4L41A 1L93A 1C6PA 1L55A 3LHMA 4WOAA 1NWGA 1IP5A 1GF4A 3DN2A 193LA 3T36A 4ETDA 3D4SA 4PRQA 4N5RA 2B70A 3A92A 1HEOA 5E9RA 1P64A 1HF4A 1W08A 1L24A 1PQJA 3OE9A 2F2NA 210LA 228LA 4NGKA 1F0WA 1PQMA 4D9ZA 1C68A 4N0JA 244LA 2HTXA 5B1GA 3LYMA 241LA 1JWRA 4CHXA 3VWOA 1L85A 137LA 1QTDA 3WU9A 5AMYA 1GDWA 236LA 2DQFC 8LYZA 4DYGA 1C64A 2HUMA 1BB6A 4Z41A 3WUNA 4YOPA 1L06A 2LCBA 225LA 3M3UA 4H9HA 2MEFA 4NIJA 5KXWA 4AXTA 128LA 4NGOA 1IY4A 3CSQA 4QGZA 1C6AA 1DYEA 4MR1A 1LPYA 4LYOA 4IATA 3DMZA 187LA 4NWEA 2G4QA 218LA 3NY8A 1LLHA 2A7DA 2F4GA 1LZCA 153LA 1GFTA 1LHMA 1C65A 4XJBA 1GFEA 1L07A 1LMTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K2R A;  1GF3 A;  5I4X A;  1G1W A;  5HMV A;  1L18 A;  2BQM A;  166L A;  4RLM A;  3WUA A;  177L A;  199L A;  216L A;  3TXJ A;  3LYZ A;  143L A;  4YM8 A;  3CB7 A;  4B1A A;  3ATN A;  3HU9 A;  2EQL A;  4XYY A;  1YIL A;  1JHL A;  208L A;  1QSW A;  4ETC A;  1V7T A;  1LZ4 A;  150L A;  3LN2 A;  1BVK C;  3LYO A;  1LZ6 A;  1IX0 A;  1L15 A;  2LZ2 A;  1K28 A;  2H9K A;  1DKK A;  4XN6 A;  1SWY A;  227L A;  1GHL A;  3C83 A;  1L0K A;  3HH5 A;  5HLL A;  3WVY A;  2ANV A;  1CJ8 A;  4GCC A;  1QT6 A;  1GFH A;  1LW9 A;  2YBL A;  4Z46 A;  1RCM A;  1YAO A;  3GUP A;  3DN4 A;  1P56 A;  1XEJ A;  1WTN A;  127L A;  3DN8 A;  1P46 A;  4HJV A;  3DMV A;  1IWX A;  3J4G A;  3FI5 A;  1AT5 A;  1OWZ A;  1IOT A;  1C6F A;  4H91 A;  1LZS A;  2O7A A;  3F6Z A;  2A7F A;  198L A;  1L51 A;  1QTC A;  3AB6 A;  1C67 A;  3HT9 A;  3D9A C;  2FYD A;  242L A;  1ZWN A;  4IAP A;  172L A;  1LJG A;  1LYZ A;  1TDY A;  4I7S A;  4II8 A;  1LJF A;  1F6R A;  1XGP C;  4EPI A;  1MLC E;  2BQF A;  1I1Z A;  1JQU A;  1VFB C;  232L A;  159L A;  2Z18 A;  1L89 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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