4EPFA

The crystal structure of pesticin from yersinia pestis
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
343
structure length
333
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
molecule keywords Pesticin
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 333
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epfA02
1P37A 260LA 158LA 1L06A 1QS9A 252LA 3C8SA 1D9WA 1OVJA 237LA 1G07A 1L91A 4E97A 1I6SA 1CU2A 1L53A 1SSYA 1G0PA 3HT7A 3G3VA 1G0MA 4IAPA 230LA 1D3NA 1L36A 1C6GA 2RB0X 1QT7A 2ANXA 1L52A 1L14A 1XJUA 3SB7A 125LA 4ARMA 3GUPA 1L90A 152LA 2Q9DA 4DAJA 1T6HA 1L20A 115LA 1K28A 222LA 1KS3A 1L24A 3GUKA 1L82A 3V2YA 1L79A 160LA 161LA 210LA 151LA 1L35A 1CU3A 184LA 225LA 1L0JA 3HUAA 3L2XA 1L31A 4AQNA 1L46A 2RH1A 256LA 2OEAX 1QSBA 1C60A 1L49A 4W55A 1QTCA 1QTDA 1L25A 1C65A 1C66A 1DYBA 3JR6A 1L33A 1DYGA 1L62A 249LA 4I7QA 1D3MA 4W53A 1CUPA 150LA 1P64A 2RBNA 188LA 146LA 1C6EA 1QTZA 191LA 1KY1A 5LZMA 1L68A 1L50A 251LA 1C6MA 4I7PA 4I7LA 1QUHA 1L08A 1QT6A 187LA 1TLAA 1L27A 1P5CA 157LA 195LA 102LA 119LA 183LA 200LA 3G3XA 1OVKA 1L81A 2F32A 1L47A 1L16A 2B6TA 1L22A 1L32A 217LA 1PQJA 2B6YA 2HULA 2RBOA 4W52A 1SX2A 171LA 1CV0A 1L66A 1C6JA 104LA 1L74A 1L89A 250LA 2B72A 1D3FA 159LA 2LZMA 2O4WA 3OE8A 1CU6A 209LA 3HWLA 3HUQA 1P2RA 1T97A 211LA 4W54A 4EKPA 1CUQA 1P3NA 1L41A 1QUGA 1CTWA 1NHBA 181LA 1LW9A 2F2QA 143LA 1G0LA 232LA 3GUIA 2OE9X 3NY9A 2OE7X 1CU5A 1EPYA 215LA 111LA 235LA 1JTNA 3V2WA 4ARPA 1OWZA 1LYGA 1OV5A 3C8RA 3QAKA 120LA 5I14A 3EMLA 1L23A 1ZURA 216LA 3HH5A 1L12A 1C68A 3SN6R 1L70A 1L11A 2L78A 4I7OA 1C6KA 1QSQA 4GRVA 192LA 2CUUA 1L61A 1T8AA 4ARLA 114LA 3GUJA 2B70A 1L44A 4W58A 3FA0A 3CDQA 1PQDA 1L28A 4LDEA 1P36A 170LA 1L58A 4EPFA 142LA 6LZMA 147LA 3HUKA 2HUKA 234LA 1L09A 1B6IA 1P46A 1XJTA 231LA 4I7TA 236LA 1G0JA 221LA 4ARMB 7LZMA 168LA 2OTZX 2RBPA 1JTMA 4I7NA 138LA 165LA 4EJ4A 3C82A 4EKQA 108LA 261LA 1L64A 1C62A 1L94A 3HU8A 1L0KA 1D2WA 1L26A 1L76A 1LGUA 205LA 1LYDA 223LA 4EXMA 233LA 1C63A 1L93A 1QS5A 166LA 1G0QA 1QUOA 3SB9A 2QB0B 1LGWA 174LA 238LA 1C6AA 182LA 2NTHA 3GUOA 1C61A 3CDVA 1P56A 1L92A 3SB6A 3CDTA 1OVHA 2ANVA 122LA 1G06A 4S0WA 3OE0A 1JQUA 1SX7A 1C6NA 1C69A 1LYHA 3VW7A 1L18A 1L71A 1DYEA 1XEPA 1L55A 3OE9A 1L73A 4EKRA 1L39A 1G0KA 1OWYA 3RUNA 3HTBA 4W51A 190LA 1C6FA 1L63A 148LE 1CU0A 2B75A 2HUMA 167LA 3DMXA 4PJZA 1T8GA 1L72A 2NTGA 3C7YA 172LA 2OE4X 1PQMA 4ARQA 1L95A 1L97A 198LA 3L64A 1L03A 1L05A 113LA 1LYFA 180LA 3K2RA 1KW7A 4I7JA 3LZMA 3DN2A 4ARJA 103LA 185LA 2B73A 1L84A 1L65A 112LA 1L75A 1L99A 4LZMA 1L40A 2B6XA 229LA 1C6HA 1C64A 2IGCA 1L42A 3DMZA 1CV3A 1L88A 1CX6A 3HT6A 246LA 1L83A 262LA 177LA 3SB5A 2O79A 176LA 1DYFA 243LA 1C6IA 3RZEA 2RBQA 1L54A 1D2YA 2RB2X 1G1VA 212LA 240LA 4YXCA 110LA 4I7SA 131LA 1L00A 3GUNA 1C6QA 1L59A 3C81A 242LA 1KNIA 4PK0A 219LA 2LCBA 255LA 1L02A 1SWZA 1QT5A 189LA 3C7ZA 3C7WA 3FADA 1LGXA 3ODUA 1L38A 4LDOA 1L07A 2RBSA 169LA 3DN3A 118LA 1QT8A 1G1WA 1SSWA 130LA 3GULA 2Z6BA 1C6DA 206LA 1C67A 1L98A 1L30A 1L57A 1LYJA 239LA 3HH6A 218LA 197LA 1QTVA 3F8VA 1DYAA 1L10A 123LA 164LA 1L56A 254LA 4EPIA 1C6CA 145LA 3DN4A 1LLHA 1L29A 1QUDA 3HDEA 140LA 4EKSA 1T8FA 3F9LA 1C6LA 2QARC 1ZYTA 1L48A 1G0GA 4DJHA 1DYDA 3FI5A 2B6ZA 1L60A 127LA 3HT8A 149LA 1L69A 2RAYX 3C83A 3UONA 3HTFA 139LA 1CV1A 1PQIA 3DN1A 214LA 3HU9A 4K5YA 4ZPUA 1KY0A 1OYUA 1CVKA 1P2LA 137LA 2B74A 2Q9EA 226LA 4LDLA 3SBBC 1L51A 1L80A 156LA 141LA 1CV6A 1KW5A 1L21A 2RBRA 4W56A 2B7XA 4GBRB 3SB8A 1LI2A 4I7MA 228LA 1LWKA 4YXAC 1C6BA 1CV5A 128LA 4I7RA 3OE6A 3HDFA 1P7SA 4ARQB 1L86A 1LPYA 3DNAA 3PDSA 3DN0A 1L04A 1QTBA 3DN8A 1CX7A 1LI3A 258LA 107LA 1QTHA 1QT4A 259LA 3SBAA 2RB1X 3HTGA 1L37A 257LA 1L17A 2RAZX 4OO9A 3C8QA 3HTDA 1OV7A 1LWGA 186LA 224LA 2OU0X 2A4TA 3C80A 1L45A 1DYCA 1P6YA 1LYIA 1PQOA 3D4SA 201LA 2LC9A 3GUMA 2OTYX 3DN6A 1L15A 1LYEA 162LA 196LA 1L34A 4DKLA 1L85A 241LA 163LA 3HH3A 3HH4A 4W57A 173LA 1SWYA 1L67A 144LA 155LA 247LA 4W59A 244LA 1WTHA 220LA 227LA 178LA 1L43A 2OU9A 2OU8A 245LA 1L77A 109LA 3CDOA 3DKEX 1L87A 4I7KA 253LA 1C6PA 3PBLA 1L01A 1L13A 1PQKA 1L96A 2B6WA 3NYAA 2O7AA 199LA 2F47A 4YX7C 129LA 1D3JA 3CDRA 1C6TA 213LA 248LA 3DMVA 126LA 1QT3A 1L19A 1ZWNA 1CV4A 3HT9A 3NY8A 1LI6A 3G3WA 175LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBSA 158LA 1QS9A 4G49A 1D9WA 1OVJA 237LA 2LZTA 5A3EA 1LZBA 3OK0A 4WM6A 1L53A 1SLYA 4NHQA 4IAPA 1B9OA 1B7NA 230LA 1LSEA 4YM8A 2RB0X 4H90A 4QEQA 3SB7A 1XJUA 3TMXA 4YENA 2Q9DA 1UA6Y 1JTPL 1L82A 3V2YA 1L79A 4WO9A 3AGIA 161LA 4OWCA 3VWOA 1O23A 1TBYA 3L2XA 1VDQA 225LA 2YBHA 3M3UA 6LYTA 3AB6A 1L31A 1ZMYL 256LA 2PC2A 1L49A 1LZRA 2XTHA 2MEAA 1C65A 3D9AC 1L33A 1DYGA 4HJVA 1NQIA 3WH1A 1GFEA 150LA 1REXA 1B0DA 2RBNA 1JHLA 1KXYA 1C6EA 2Z12A 1L68A 5KXKA 1UUZC 2N5ZA 4I7LA 1L08A 5B59A 1ZVYB 4HJYA 1LJIA 183LA 3G3XA 1OVKA 1LZ9A 4TX7A 5HLLA 3WVXA 1L47A 2DQEY 2HULA 171LA 1LJ3A 104LA 4Z46A 4XJBA 1IORA 1LHIA 7LYZA 2B72A 1D3FA 159LA 1QIOA 4H9EA 4B49A 1CU6A 209LA 5I4WA 1JKBA 3A6BY 4WLYA 2F4AA 3B0IA 1BB5A 193LA 1YQVY 3W6DA 3A91A 1L41A 1CTWA 1LJFA 4J1AA 2HU1A 4WM2A 1KIRC 3V2WA 1HERA 1OWZA 3C8RA 4QDNA 1GE0A 1GF9A 3HH5A 3SN6R 1L11A 4GRVA 1L61A 1T8AA 2DBTA 2LYMA 3FA0A 3CDQA 1IY3A 2BQHA 3IJVA 1GB6A 1GWDA 3RT5X 1LMOA 1L58A 3IWRA 1LSMA 3HUKA 2HUKA 1LSAA 1HENA 1B6IA 1W6ZA 1J1OY 1GAYA 4MSTA 4H8XA 2RBPA 1JTMA 4I7NA 165LA 4EKQA 4R0FA 4PHIA 1L64A 1LSYA 2HUBA 1D2WA 1L26A 1LZ8A 1LYDA 233LA 1C63A 2BQCA 1LZ5A 1LZSA 1GFVA 3CDVA 1A2YC 1L92A 3CDTA 1OVHA 4NHPA 2DQDY 4WL6A 3AGGG 3WUAA 4N5RA 2CDSA 4S0WA 1G7LC 1PZYA 4NGIA 1VFBC 4GN4A 1C69A 3TXJA 4LYMA 4H9CA 1DYEA 1L55A 5E4PA 3LYTA 4YF2A 1L63A 1QDRA 2B75A 2HUMA 3WXTA 3B0KA 1RE2A 4H9AA 4WM5A 2DKVA 1L72A 4WG1A 1LCNA 4ARQA 4ET8A 1REYA 2EKSC 1OUGA 4WOAA 1L03A 113LA 4ARJA 1KW7A 103LA 185LA 4XENA 3LYOA 1L75A 3TXGA 1GHLA 4LZMA 5AMYA 4DD7A 1L88A 2W1MA 5L3IA 246LA 4XJGA 177LA 3T36A 2O79A 176LA 5DN4A 3LHMA 5FDJA 3K3TA 4WM4A 1GF7A 2RBQA 212LA 1GF5A 3AW6A 3C81A 1AT5A 242LA 1L02A 1HSWA 1XSFA 1NMMA 3C7WA 1GBXA 1SQ2L 1LPIA 2MEGA 4GCDA 1L07A 4H9FA 1IC4Y 169LA 1B2KA 1QT8A 1B5UA 1UACY 2DQCY 3GULA 2Z6BA 1JEFA 2YBNA 1C45A 1L57A 1LYJA 5F16A 197LA 3B6LA 164LA 1L56A 3A34A 1C6CA 1LJNA 1NHEA 5KXTA 135LA 1T8FA 1WQQA 3F9LA 1C6LA 1LSDA 1ZYTA 1G0GA 1LHKA 5DL9A 149LA 1L69A 3C83A 1KXWA 4DQJA 2ZYPA 1B5XA 4M6DA 1CV1A 1LZDA 3DN1A 2CJLA 3HU9A 4KL7A 1JTTL 4UWVA 137LA 1NWGA 1HFXA 3WU9A 1DQJC 226LA 1REZA 3SBBC 1L51A 1LYYA 3A67Y 1KW5A 1L21A 2ZIJA 2B5ZA 3WPLA 1JKAA 1B5ZA 1GFKA 3HBHA 4HSFA 3GXKA 3W6AA 4DDAA 1LOZA 128LA 2FYCA 1YILA 4D9ZA 2DQIY 1HFYA 2FBBA 4RW2A 3DNAA 3BKVA 2MEEA 1JSFA 1QTBA 4LT3A 1LI3A 4CGEA 5DM9A 3B72A 2RB1X 1FLWA 3HTGA 257LA 1L17A 3C8QA 3W6EA 1CJ6A 2I6ZA 3C80A 1TCYA 1PQOA 5ILFA 2Z39A 3GUMA 1L15A 1IP7A 1B5VA 1L85A 163LA 3HH3A 1CJ7A 1WTMA 4RDSA 144LA 3CSRA 3KAMA 1WTHA 4NHSA 1B7MA 2BQOA 2EIZC 4HTQA 5KXLA 1LHMA 4NG8A 3CDOA 1L87A 4I7KA 1JJ0A 1GFGA 3IJUA 3P66A 2D91A 5KXOA 3EXDA 1ALCA 199LA 2HECA 4YX7C 4NGOA 129LA 1YKXX 1C6TA 1QT3A 1L19A 4Z41A 1ZWNA 1CV4A 4UWNA 175LA 2WARA 5LA8A 1P37A 1L06A 5FCPA 5LAFA 4LYZA 1G07A 2F30A 2LYOA 3ULRA 1EQ5A 2YBMA 1CU2A 1LSFA 1YAQA 3HT7A 3WULA 4NWHA 1G0MA 1AT6A 4J7VA 1QT7A 2ANXA 1L14A 1BGIA 1VAUA 5F9XA 3GUPA 4ETCA 1FLQA 1I56A 1WVUA 1L24A 4ETAA 4WG7A 1HC0A 1LYSA 210LA 151LA 1CU3A 2EPEA 4AQNA 1L46A 2RH1A 5KY1A 2Z38A 2BQFA 2C8PA 1J1PY 2IFFY 1IOCA 1IP3A 1OQMA 249LA 3G3BB 4GN5C 2ZYCA 4GLVA 1OUHA 2H5ZA 3CSQA 1N4FA 1KY1A 3CT1A 5LZMA 5APCA 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3HTBA 1GB8A 4W51A 1C6FA 4XJIA 3TXHA 4IJ4A 1TEWA 1NDMC 1ZV5L 172LA 2OE4X 1PQMA 1LSNA 1YAPA 1LJGA 5APEA 4I7JA 180LA 1TDYA 3K2RA 4Z98A 1L84A 1L65A 4AXTA 3ZEKA 1GB3A 1HEMA 2B6XA 2IGCA 4P2EA 3DMZA 5HMJA 1IOSA 3RW8A 3SB5A 4NGYA 4WO6A 1HEWA 3RZEA 194LA 1D0KA 1L54A 1G1VA 4YXCA 110LA 1FKQA 3P64A 4I7SA 4DT3A 1LMAA 1L00A 1L59A 4PK0A 2BQIA 2LCBA 5KXNA 1D9UA 4WMGA 4PGJB 4LDOA 2YBIA 4N8ZA 3TXBA 5F14A 1G1WA 1SSWA 1NKHA 5D5CA 206LA 4WLDA 4Z3MA 3BKHA 5IELA 1NBYC 1L98A 1QTKA 4LT0A 5I5QA 218LA 1B5YA 1DYAA 1KIQC 123LA 3TMUA 3DN4A 4YEOA 4RLNA 1QUDA 1CKHA 4E3UA 1GB2A 2Z2EA 4PRQA 4GCBA 5FHWA 5KXRA 2BQJA 5KXXA 1NBZC 3FI5A 3HT8A 5JENB 2BQLA 4PJ2C 2RAYX 1JPOA 3UONA 1IO5A 1RFPA 3HTFA 139LA 4DD2A 4A7DA 5IHGA 1KY0A 3J6KA 2B74A 1IWZA 2Q9EA 3WXUA 1B7OA 1CKDA 1HEOA 3AGHA 4B4IA 141LA 1CV6A 4KXIA 4ET9A 2BLYA 4NG1A 4W56A 4NIJA 3AW7A 5LA5A 2B7XA 228LA 1LWKA 4DD1A 4YXAC 1C6BA 1IWTA 4I7RA 2MECA 1LZGA 1P2CC 5LVIA 1MELL 3RNXA 1LPYA 1NDGC 1QQYA 3PDSA 3A3QA 1JSEA 1BB7A 1QT4A 1TAYA 1RJCB 2D4KA 2RAZX 5D5FA 3TXKA 4OO9A 1OV7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBS A;  158L A;  1QS9 A;  4G49 A;  1D9W A;  1OVJ A;  237L A;  2LZT A;  5A3E A;  1LZB A;  3OK0 A;  4WM6 A;  1L53 A;  1SLY A;  4NHQ A;  4IAP A;  1B9O A;  1B7N A;  230L A;  1LSE A;  4YM8 A;  2RB0 X;  4H90 A;  4QEQ A;  3SB7 A;  1XJU A;  3TMX A;  4YEN A;  2Q9D A;  1UA6 Y;  1JTP L;  1L82 A;  3V2Y A;  1L79 A;  4WO9 A;  3AGI A;  161L A;  4OWC A;  3VWO A;  1O23 A;  1TBY A;  3L2X A;  1VDQ A;  225L A;  2YBH A;  3M3U A;  6LYT A;  3AB6 A;  1L31 A;  1ZMY L;  256L A;  2PC2 A;  1L49 A;  1LZR A;  2XTH A;  2MEA A;  1C65 A;  3D9A C;  1L33 A;  1DYG A;  4HJV A;  1NQI A;  3WH1 A;  1GFE A;  150L A;  1REX A;  1B0D A;  2RBN A;  1JHL A;  1KXY A;  1C6E A;  2Z12 A;  1L68 A;  5KXK A;  1UUZ C;  2N5Z A;  4I7L A;  1L08 A;  5B59 A;  1ZVY B;  4HJY A;  1LJI A;  183L A;  3G3X A;  1OVK A;  1LZ9 A;  4TX7 A;  5HLL A;  3WVX A;  1L47 A;  2DQE Y;  2HUL A;  171L A;  1LJ3 A;  104L A;  4Z46 A;  4XJB A;  1IOR A;  1LHI A;  7LYZ A;  2B72 A;  1D3F A;  159L A;  1QIO A;  4H9E A;  4B49 A;  1CU6 A;  209L A;  5I4W A;  1JKB A;  3A6B Y;  4WLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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