4ETAA

Lysozyme, room temperature, 400 kgy dose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etaA00
2X0AA 4DT3A 4TSCA 4TTDA 1YAOA 4H9HA 1UIBA 1LZDA 7LYZA 4OOTA 2HEDA 5B1GA 1ZVHL 3K3TA 1B7QA 2C8PA 4I8SA 3TXKA 2CGIA 4G4CA 5APEA 4CJ2A 2Z18A 1OUAA 1GAZA 2I6ZA 2ZQ4A 4G9SA 1KXWA 2HEEA 3WPLA 1XGUC 3CB7A 1GE2A 1LPIA 1TDYA 4NSHA 1VEDA 4NGJA 1GFEA 3HBDA 1IP6A 4GN5C 1YL1X 3G3AB 3P4ZA 1RI8B 1B5VA 4WM4A 1LHMA 4MR1A 4NGOA 1IP7A 1WTMA 3TXFA 1LZAA 4GCEA 4H92A 1VATA 5II3A 1FLYA 4HTQA 1IWTA 3ZVQA 1LHHA 1YQVY 1C7PA 4WLXA 1LSNA 5F14A 1GB6A 1IP1A 4H94A 1XEJA 1B5XA 1IWXA 1JJ0A 1HMLA 3IWRA 1GFHA 1BB5A 4MSTA 4R0FA 4FJRA 3WH1A 1BWHA 3WW6A 4HPIA 1LSZA 4BAFA 4GLAA 1IWYA 1HERA 1CKDA 1IOCA 1DZBX 4H9CA 1GPQC 1LSBA 134LA 4G4BA 1G7IC 2HEFA 4UWNA 3A3RX 1DPXA 1HEWA 1ZV5L 1OUFA 1BGIA 1FLWA 4AXTA 2YBMA 5LYMA 2YVBA 1GD6A 4HJYA 2H9KA 1AZFA 1REMA 4NIJA 1BHZA 1NF5A 1IOQA 4ZEEA 1B0DA 2BQNA 4EMNA 2EQLA 4LFXA 1UIFA 1YAQA 4OWBA 1F6SA 2XTHA 3EXDA 1JJ1A 4PRQA 5L9JA 2Z38A 1BB4A 1HENA 2HU1A 3GXRA 4NY5A 1GF9A 1VDQA 2W1LA 1D0LA 4NWHA 4U3XB 3G3BB 1IOSA 1REZA 4LT1A 5APCA 3WVXA 1LTMA 1F10A 1GBYA 3W6EA 2DBTA 2YBJA 5EBHA 1YAMA 5J7CA 5KXZA 3N9EA 1LZCA 2A7FA 1XGPC 1GBWA 1OUEA 3M18B 2WARA 4DD0A 4J1AA 1IOTA 4LT2A 1IP3A 2YBLA 1GFUA 4XADA 1JJ3A 3A8ZA 4Z46A 1YILA 1CKCA 5B05A 4CGEA 1IWVA 1BWJA 1LZ4A 5KJ9A 4OWHA 2LZ2A 4DYGA 4NHSA 1LZBA 1E8LA 1LZ8A 1OUGA 1LMNA 4IJ4A 1LZ9A 3AYQA 1YKXX 4QDNA 3AZ4A 3A91A 3TMUA 1IO5A 1KIRC 3J6KA 4ETCA 1GBZA 1GBSA 1NBZC 2FBDA 4B4EA 1LHIA 4NG8A 2HEBA 1UUZC 3QY4A 1GF3A 3WVYA 3AZ5A 1ALCA 4CFPA 3B6LA 1XFPL 1H87A 2BQOA 1GFTA 1T3PA 2YSSC 4ETDA 9LYZA 5KXXA 1VAUA 5KXYA 4NGIA 1CJ6A 2D6BA 1CJ8A 1WVVA 3WYHA 5B59A 1OUJA 4NHQA 4LT0A 1F6RA 1J1OY 3MGWA 3B72A 5FEKA 1CKFA 3A6BY 4I0CA 1D6QA 2ZWBA 1JTPL 1TAYA 2G4NA 4NGWA 4H9IA 1GF8A 3AGGG 1KXXA 4GN3A 5DLAA 1VDTA 3WW5A 4ZFPA 5I4WA 2I26L 5LA5A 5LXWA 1JKDA 1LZEA 4DDAA 1IR9A 1XSFA 1LSPA 1LYYA 1GDWA 1MLCE 3LYTA 4NGKA 194LA 3EMSA 208LA 2HTXA 4TX7A 5KXKA 3TXEA 2DQEY 4NWEA 1G7HC 5LAGA 2BQGA 1AKIA 2D4KA 1EL1A 3A95A 4ML7A 1A2YC 1B7MA 2LYZA 3A92A 1GB7A 1LMQA 4NSIA 4BADA 1LOZA 1B7OA 3WUMA 2A7DA 4H9EA 4H8XA 3N9CA 3AJNA 4KT3A 5DL9A 5F81A 1B7LA 1ZVYB 1JSEA 1JTTL 1UA6Y 2LZTA 3LYZA 3ATNA 1D6PA 1SQ2L 1WQNA 1GF5A 3A6CY 4WL7A 4N1CC 1LJJA 5HMJA 1C46A 1UACY 4J1BA 3IJUA 5E4PA 3D3DA 3WXTA 2MEEA 4KPMA 4ET8A 1V7TA 2VB1A 4LYCA 4NFVA 4PPOA 4P2EA 4WOAA 5LINA 1HHLA 1WQOA 4WG1A 4NGYA 1LHKA 1GFAA 3A34A 1LJGA 1QUTA 2DQGY 1GAYA 4B4JA 1WQRA 4XJBA 3WU9A 4DD1A 1UIAA 1UCOA 1J1PY 1GB8A 1GWDA 1FBIX 3TXDA 3HFMY 4RW2A 4CHXA 4QY9A 4WLYA 1QSWA 1LJKA 1IC4Y 2MECA 4RW1A 1I20A 4TUNA 3WXUA 4YEMA 5IHGA 5E9RA 5D5FA 4GLVA 5LVHA 1W08A 2MEAA 3N9AA 1KXYA 2Z2FA 1LHLA 1YL0X 3ULRA 4QEQA 5LAFA 1PZYA 1BVXA 4NSJA 1HEMA 1JPOA 1QUSA 1B9OA 2DQIY 1XGQC 3F6ZA 5FHWA 4NHIA 2BPUA 1HSWA 2BQJA 1GB3A 1GF7A 5DM9A 4GCBA 2D91A 5B06A 3AZ6A 4XJGA 1WVUA 1EQ4A 1VFBC 1LZRA 2MEFA 4IASA 1REYA 1B5ZA 3RW8A 1REXA 1UIDA 5F9UA 2H5ZA 2CDSA 5LVIA 4M4OA 3TXGA 2I25L 1AT5A 1B5YA 1LJ3A 2DQFC 2EPEA 1GEZA 2MEBA 1EQEA 2Y8PA 5C6IA 2YBNA 3D9AC 1QSAA 2BQCA 1NDMC 2ZYPA 5KXNA 5HQ1A 1BB6A 4HPEA 1I1ZA 1IWUA 1DXJA 5ILCA 1LSDA 2BQMA 1IC7Y 5DN5A 5LVKA 1QTEA 2YBIA 1JIYA 8LYZA 1G7LC 1P2CC 3LZ2A 3ZVQB 4BAPA 4WM3A 1HELA 1LSFA 1LHJA 1LMOA 1OUHA 2LYMA 3TXJA 3T36A 5FCPA 1RJCB 3EBAB 1GF4A 1LJEA 1GFGA 3WULA 1W6ZA 3TXBA 4DD3A 1LJHA 5I54A 2LHMA 1NWGA 1HEOA 4HSFA 1JTOL 1LSAA 3HBEX 5HMVA 1B7RA 1LJFA 1LZTA 2MEDA 3LN2A 3QE8A 5I4XA 4H91A 1C45A 1IR7A 3B0OA 4B0DA 1GFRA 1LZ1A 1WQMA 2Z2EA 2Z39A 1IP4A 3A67Y 5KXRA 5ILFA 4RLMA 2AUBA 2N5ZA 2ZNWY 4HJZA 4PRUA 2BQKA 4XENA 1CKHA 1JWRA 1LZGA 1BWIA 4WMGA 4OWEA 1IIZA 1NBYC 1UIEA 1GE1A 1AT6A 2F4AA 3P64A 5KKIA 1WTNA 2XBRA 1GF6A 2FYDA 2PC2A 2FBBA 1HFYA 4GCDA 3W6DA 1UIHA 3E3DA 4C3WA 1CJ9A 1Z55A 1D0MA 1FLUA 3FE0A 3EO5A 133LA 4LYBA 3BKHA 5DN4A 3TMVA 4QGZA 1JKCA 1FLQA 1HEPA 1WQPA 2DQDY 2MEGA 2W1XA 3ATOA 4OW1A 4B1AA 3A96A 3TXIA 3W6AA 4EOFA 1HC0A 4LYMA 1OUCA 3CSQA 4R6CA 4H9FA 1B7SA 1BQLY 5HNLA 4ANRA 3A93A 1GE0A 4DC4A 1CNSA 4J7VA 4NGLA 4OWCA 1FKQA 1JHLA 2Z37A 5IELA 1TCYA 4G4HA 4HV2A 1GFVA 4LGKA 3WUAA 2HECA 1YAPA 3AZ7A 1QDRA 2BQLA 5D5CA 1GDXA 4UWUA 2HEAA 3BKVA 3FI7A 3J4GA 4PGJB 3WUNA 4N5RA 2BQIA 2BQHA 2IHLA 1LMCA 2BQEA 3W6CA 3RU5A 4PJ2C 5K7OA 3OJPA 1NQIA 2G4PA 4NGZA 4ETEA 2ZQ3A 1IY3A 2YDGA 5KY1A 2BQFA 5A3ZA 5M1YA 3IJVA 193LA 3AGHA 4H1PA 5LVGA 1DPWA 1VDSA 4O34A 1T6VL 1RCMA 154LA 1VDPA 1GE4A 2Z19A 1GB2A 4WM6A 4N8ZA 5F9XA 1OP9B 1JKAA 5HLLA 1YIKA 1MELL 3A94A 3TMXA 5LYTA 4TWSA 3WL2A 1QIOA 5APDA 4DWXA 1LJ4A 4J0LA 5T3FA 5L3HA 1JISA 1RFPA 4N0JA 1LMPA 2F4GA 4NHTA 4H8YA 135LA 1QDTA 2LYOA 1LMTA 4NSGA 4WM5A 1NDGC 5B1FA 3CT0A 4XJHA 4NHPA 4WG7A 2DQCY 1GBOA 2MEHA 1IP2A 3LYMA 4W94A 4HTKA 1HMKA 1LZYA 1OUBA 1YANA 4HP0A 4HV1A 4XN6A 4WLDA 4Z41A 1JKBA 4YF2A 2Q0MX 1G7MC 4XYYA 1GEVA 1B5UA 1LJIA 1NMMA 5IDDA 4RLNA 1KIPC 1FN5A 1C08C 5JENB 2EKSC 1INUA 1TBYA 1JITA 1I56A 3CT5A 4YENA 3WPJA 1HEQA 3CSZA 1G7JC 4C5FA 1GB9A 4GCFA 2D4JA 5C6LA 4X3BA 5KXLA 1BVKC 1N4FA 4D9ZA 1B5WA 1HFZA 4Z3MA 1GE3A 3RT5X 1YROA 5KXWA 1NKHA 132LA 1YKYX 4LYZA 3ZEKA 4KL7A 3KAMA 1XGTC 207LA 4II8A 4NEBA 5KXMA 3A90A 1LYOA 4FDYA 5KXOA 4RDSA 1YKZX 1JUGA 1UICA 4LZTA 4YM8A 4H9AA 4WO9A 2G4QA 4IATA 4LT3A 4HJVA 5FELA 1D0KA 2XBSA 1LSYA 1LCNA 1GHLA 1LKSA 1LSCA 1HNLA 1QQYA 1UIGA 3AB6A 4NGVA 1EQ5A 4TSBA 4L41A 5I53A 4G49A 2IFFY 3W6BA 1OUIA 1XEIA 1GXXA 2ZNXY 4M6DA 2DKVA 3WU8A 1GF0A 2BLXA 4A7DA 3TMWA 4WM1A 4LYTA 1ZMYL 4YEOA 3LZTA 4PHIA 4NG1A 4AGAA 4H8ZA 2BQBA 5APFA 5LYZA 1JSFA 4HTNA 5LIOA 1LZSA 1LKRA 2DQAA 1CKGA 1GFKA 1JEFA 5AMYA 1H6MA 4BS7A 3RZ4A 2DQHY 4Z98A 5KXSA 5LA8A 2ZIJA 4B49A 4DD2A 1GB5A 1TEWA 2ZYCA 3AW6A 1GBXA 4KXIA 1DI5A 1GB0A 5C6JA 1PS5A 4GN4A 3WPKA 1B7PA 5KXTA 3B0KA 4ETAA 3P68A 5FDJA 2NWDX 4H93A 1DKJA 5L3IA 2H9JA 5F16A 4OWAA 3SP3A 1UBZA 6LYTA 1LSGA 1DKKA 4W96A 4CFOA 4OOOA 4DDCA 2W1MA 3CSRA 1IC5Y 2BAAA 5I5QA 3GXKA 1FDLY 2F2NA 4MCKA 4UWVA 1DQJC 4XJIA 1IORA 2BQAA 2C8OA 4ETBA 4ET9A 4N1EI 1BB7A 1HFXA 1LMAA 1OUDA 2XJWA 3LYOA 4LYOA 1B2KA 1CJ7A 1O23A 1GXV2 4H9BA 4WLTA 153LA 1FKVA 2CJLA 2D4IA 5KXPA 1DI3A 3WU7A 3AGIA 5I4YA 1BB3A 3TXHA 4DD7A 1GFJA 4N9RA 3M3UA 2YBHA 1DI4A 2FYCA 3T6UA 1LZ5A 5HNCA 1IR8A 1F0WA 4YOPA 1HSXA 1LSMA 1KIQC 4WL6A 4DD9A 1XEKA 1NHEA 1WQQA 3OK0A 1RE2A 1IEEA 2BQDA 1LYZA 6LYZA 3QNGA 2GV0A 4H90A 4WO6A 3B0IA 3P66A 3W3EA 4XJDA 1D9UA 4DDBA 1J1XY 1SLYA 3A3QA 1IWZA 1LZ6A 3LHMA 1LAAA 2CWIA 2W1YA 1C10A 2EIZC 3CQLA 3VWOA 3HBHA 2Z12A 5LVJA 1B7NA 1C43A 1IY4A 1HF4A 1QTKA 3P65A 1IP5A 2ZIKA 5B07A 3W6FA 3WMKA 1IX0A 1IVMA 3AW7A 4GCCA 5FSTA 5KKJA 1IWWA 1LSEA 2F30A 2HUBA 1LZNA 1XGRC 1A4VA 4XJFA 4E3UA 4WM2A 3CT1A 4LFPA 2HU3A 2BLYA 2DQJY 3RNXA 2ZILA 4B4IA 4ZIXA 2B5ZA 1UC0A 2RSCA 1OQMA 1LYSA 2MEIA 1V7SA 5A3EA 1AM7A 1LJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X0AA 1YAOA 4H9HA 2C8PA 1GAZA 1QTCA 1L80A 2HEEA 3WPLA 1XGUC 1QT3A 4ARQB 3HBDA 1QSBA 1LGWA 4GBRB 4WM4A 1FLYA 1YQVY 1GB6A 1IP1A 4MSTA 1GFHA 4FJRA 4HPIA 1QSQA 4BAFA 163LA 130LA 1GPQC 1L33A 4G4BA 1G7IC 2HEFA 2YBMA 1LWKA 1G0JA 4ZPUA 1NF5A 2BQNA 4EMNA 2QB0B 1L20A 1L77A 1VDQA 4U3XB 4NWHA 172LA 5APCA 1REZA 1F10A 2DBTA 185LA 5KXZA 1L13A 1GBWA 1G06A 4J1AA 1IP3A 2YBLA 1GFUA 4Z46A 2B74A 161LA 1CKCA 4EKPA 1BWJA 4S0WA 1LZ4A 4OWHA 2LZ2A 3OE8A 1LZBA 1LZ8A 1YKXX 3TMUA 1IO5A 1NBZC 112LA 4NG8A 3QY4A 169LA 1D9WA 4DQJA 9LYZA 4ETDA 2O4WA 1VAUA 4I7PA 3FADA 2D6BA 3DN8A 3MGWA 5FEKA 1XJUA 1JTPL 1C63A 1L11A 3AGGG 227LA 1L91A 4LDEA 1LYYA 3LYTA 3C83A 175LA 3TXEA 104LA 3A95A 4ML7A 1XJTA 1L51A 1L73A 1LOZA 1I6SA 2A7DA 3SBBC 165LA 3AJNA 1LYIA 1CTWA 2LZTA 1L03A 4ARMB 5HMJA 1C46A 3IJUA 191LA 2VB1A 3FI5A 4NGYA 1LHKA 1LJGA 2Q9EA 4DD1A 3WU9A 239LA 1UCOA 4CHXA 4YX7C 3F9LA 4PJZA 4GLVA 1L82A 1W08A 2MEAA 3F8VA 1LHLA 4QEQA 5LAFA 3RUNA 4NSJA 1HEMA 1C6EA 4EPFA 2BQJA 1GF7A 1SX2A 4GCBA 5B06A 4XJGA 1WVUA 4IASA 1REYA 1UIDA 3TXGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2X0A A;  4DT3 A;  4TSC A;  4TTD A;  1YAO A;  4H9H A;  1UIB A;  1LZD A;  7LYZ A;  4OOT A;  2HED A;  5B1G A;  1ZVH L;  3K3T A;  1B7Q A;  2C8P A;  4I8S A;  3TXK A;  2CGI A;  4G4C A;  5APE A;  4CJ2 A;  2Z18 A;  1OUA A;  1GAZ A;  2I6Z A;  2ZQ4 A;  4G9S A;  1KXW A;  2HEE A;  3WPL A;  1XGU C;  3CB7 A;  1GE2 A;  1LPI A;  1TDY A;  4NSH A;  1VED A;  4NGJ A;  1GFE A;  3HBD A;  1IP6 A;  4GN5 C;  1YL1 X;  3G3A B;  3P4Z A;  1RI8 B;  1B5V A;  4WM4 A;  1LHM A;  4MR1 A;  4NGO A;  1IP7 A;  1WTM A;  3TXF A;  1LZA A;  4GCE A;  4H92 A;  1VAT A;  5II3 A;  1FLY A;  4HTQ A;  1IWT A;  3ZVQ A;  1LHH A;  1YQV Y;  1C7P A;  4WLX A;  1LSN A;  5F14 A;  1GB6 A;  1IP1 A;  4H94 A;  1XEJ A;  1B5X A;  1IWX A;  1JJ0 A;  1HML A;  3IWR A;  1GFH A;  1BB5 A;  4MST A;  4R0F A;  4FJR A;  3WH1 A;  1BWH A;  3WW6 A;  4HPI A;  1LSZ A;  4BAF A;  4GLA A;  1IWY A;  1HER A;  1CKD A;  1IOC A;  1DZB X;  4H9C A;  1GPQ C;  1LSB A;  134L A;  4G4B A;  1G7I C;  2HEF A;  4UWN A;  3A3R X;  1DPX A;  1HEW A;  1ZV5 L;  1OUF A;  1BGI A;  1FLW A;  4AXT A; 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 6LYT A;  1LSG A;  1DKK A;  4W96 A;  4CFO A;  4OOO A;  4DDC A;  2W1M A;  3CSR A;  1IC5 Y;  2BAA A;  5I5Q A;  3GXK A;  1FDL Y;  2F2N A;  4MCK A;  4UWV A;  1DQJ C;  4XJI A;  1IOR A;  2BQA A;  2C8O A;  4ETB A;  4ET9 A;  4N1E I;  1BB7 A;  1HFX A;  1LMA A;  1OUD A;  2XJW A;  3LYO A;  4LYO A;  1B2K A;  1CJ7 A;  1O23 A;  1GXV 2;  4H9B A;  4WLT A;  153L A;  1FKV A;  2CJL A;  2D4I A;  5KXP A;  1DI3 A;  3WU7 A;  3AGI A;  5I4Y A;  1BB3 A;  3TXH A;  4DD7 A;  1GFJ A;  4N9R A;  3M3U A;  2YBH A;  1DI4 A;  2FYC A;  3T6U A;  1LZ5 A;  5HNC A;  1IR8 A;  1F0W A;  4YOP A;  1HSX A;  1LSM A;  1KIQ C;  4WL6 A;  4DD9 A;  1XEK A;  1NHE A;  1WQQ A;  3OK0 A;  1RE2 A;  1IEE A;  2BQD A;  1LYZ A;  6LYZ A;  3QNG A;  2GV0 A;  4H90 A;  4WO6 A;  3B0I A;  3P66 A;  3W3E A;  4XJD A;  1D9U A;  4DDB A;  1J1X Y;  1SLY A;  3A3Q A;  1IWZ A;  1LZ6 A;  3LHM A;  1LAA A;  2CWI A;  2W1Y A;  1C10 A;  2EIZ C;  3CQL A;  3VWO A;  3HBH A;  2Z12 A;  5LVJ A;  1B7N A;  1C43 A;  1IY4 A;  1HF4 A;  1QTK A;  3P65 A;  1IP5 A;  2ZIK A;  5B07 A;  3W6F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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