4ETBA

Lysozyme, room temperature, 200 kgy dose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etbA00
2F4AA 4PHIA 2CGIA 1JTTL 1B7MA 1FBIX 1B5YA 2MECA 1ZMYL 1YKZX 4WO6A 1GXXA 2EQLA 3AZ4A 3EMSA 1GF9A 1IC4Y 1IORA 2LYMA 3AJNA 2BQAA 4DYGA 2HEDA 1LAAA 2W1MA 2MEGA 1XFPL 3WYHA 2BAAA 4DDAA 2BQJA 153LA 1IP2A 1DKJA 4LYZA 4NGJA 2AUBA 5KXZA 1BB4A 3LYZA 1XEJA 4NSIA 3A93A 3A94A 4QEQA 4R0FA 1WQRA 1UACY 4H9CA 1O23A 1C08C 4KT3A 3WW6A 4W94A 1LSEA 1CKGA 1IP4A 2BQKA 2Z2EA 3QY4A 4OOTA 3ZVQB 194LA 1BQLY 1UIEA 1WQQA 1CJ7A 2BQLA 2X0AA 4GCDA 4HPEA 4YENA 5LYTA 1HSXA 1NBZC 1LJFA 4Z98A 5T3FA 1YQVY 3N9AA 3TMWA 4I0CA 4J7VA 4WOAA 4O34A 4ETDA 1SLYA 4KPMA 1BGIA 1JITA 3CQLA 1GB2A 5F9UA 3A8ZA 5I53A 4WM5A 1LYSA 4NSJA 1GFVA 5KY1A 1VDTA 1LJKA 2DQEY 4IASA 1LSGA 1IY3A 1IWYA 1QDRA 3A95A 1GBWA 1LZTA 4H9IA 4HV2A 1DPWA 4N9RA 1V7SA 3WH1A 1G7HC 1H6MA 2YVBA 3B0IA 1NBYC 5KXYA 3TXHA 2LYOA 5FSTA 2XJWA 4GCFA 3HFMY 1QDTA 3WPKA 3FE0A 3WPLA 4NWHA 1GE0A 3D9AC 3HBEX 1JPOA 4LZTA 4WM3A 2DQGY 1HEWA 1QQYA 1HMLA 2BQDA 3RW8A 4HTQA 5B1GA 5C6IA 1GBSA 1OUHA 1YAPA 1LSCA 1BB3A 2DQIY 2EIZC 3AYQA 1LHJA 3ZEKA 4B1AA 5E4PA 3TXEA 3WW5A 5D5FA 4WG1A 1G7MC 1GPQC 3WU9A 1HC0A 4LYMA 3B6LA 1GF5A 1UIDA 5KXXA 3A34A 5EBHA 1XGRC 1LMAA 4H9AA 4ETBA 4HJZA 4WLYA 4U3XB 4NGYA 5A3EA 1JJ3A 2HEBA 1G7JC 3VWOA 1KIQC 1LZ6A 1LZ4A 2I6ZA 2HU1A 2BLYA 2A7FA 4LFXA 2DQDY 1OUEA 3W6AA 1LHMA 3WVXA 2GV0A 1LSPA 2ZILA 1VAUA 2ZNXY 1KXXA 3ATOA 4N1EI 1GE4A 1GD6A 3TXIA 2G4QA 5F9XA 1LJNA 1LYOA 4QGZA 1GE2A 3QNGA 1GF6A 1NMMA 4OWEA 1AKIA 1VDPA 3A3RX 3TXJA 1HSWA 3P4ZA 3AGIA 2BLXA 2I26L 1NHEA 4LT0A 1IO5A 3IJVA 5DM9A 1C7PA 4J0LA 4RLNA 1JTPL 3ULRA 4J1BA 4ZIXA 8LYZA 4XJGA 4HP0A 4DD9A 135LA 1REYA 1GXV2 1Z55A 1REZA 4I8SA 4MCKA 1OUFA 1KIPC 2D4KA 1YANA 4NY5A 1BVKC 4KL7A 1OQMA 1C45A 4Z3MA 1OUAA 4NHPA 1B0DA 3GXKA 1NDMC 2DQFC 5F14A 4TUNA 1JKAA 1HEMA 4FDYA 5HNCA 1W08A 5DLAA 3P68A 5KXLA 4LYTA 4NGWA 4AXTA 1KXYA 2IHLA 4D9ZA 1GDWA 5ILFA 1B5VA 5IHGA 4NGLA 1QSAA 2HUBA 4BS7A 2CDSA 4RW1A 1GAZA 3LYOA 3M18B 2ZYPA 2DQJY 3RT5X 5FEKA 1OUJA 1H87A 2Q0MX 1LSAA 5LIOA 4IATA 1XEIA 1LMPA 4YOPA 1AT5A 2DKVA 1YAQA 1GEVA 4HJVA 2MEHA 4ETCA 1GF8A 2HEFA 1FLWA 1I1ZA 2D4JA 3CSRA 1IWTA 1LZ1A 1OUDA 1XSFA 1YILA 3EXDA 4NWEA 5KXSA 3WMKA 4YM8A 1JIYA 5KXKA 1B5WA 1LZ5A 1NQIA 3ZVQA 3TXKA 1JJ0A 3W6CA 1GB3A 1F0WA 1GBZA 4ET9A 1LYZA 5K7OA 4Z46A 1HNLA 1CKHA 1IP6A 4H9HA 1G7IC 1DI5A 5LAFA 2YBMA 1LZSA 1NDGC 1GWDA 4G4CA 4DDCA 1LMNA 4AGAA 2BQHA 3TMXA 1LJHA 2PC2A 4XJIA 4B0DA 1IR7A 4NGZA 5LINA 3HBDA 1EL1A 5AMYA 1CKDA 1WQPA 1V7TA 1LHKA 4GN3A 2HEAA 1WTMA 2F30A 3LZTA 1IP7A 4G9SA 1CJ9A 2C8PA 4H90A 1EQ4A 2D91A 2WARA 1IX0A 4RDSA 4BADA 5I4YA 1XGUC 3LN2A 1HF4A 4QDNA 5DN4A 1LJJA 4OWHA 1FLUA 2HTXA 2YBLA 5APCA 3B72A 2LHMA 5ILCA 3TXFA 1F6RA 1A2YC 1JJ1A 2F2NA 1GF4A 5I5QA 2DQHY 5F16A 5C6LA 2LYZA 3W6FA 4ETAA 2BPUA 3CT5A 4TX7A 3OJPA 1BB6A 4UWVA 4UWUA 1LZ8A 5J7CA 1FLQA 5HQ1A 2DBTA 1QUTA 2YSSC 1LKRA 4GCCA 4NHTA 1HFXA 1MELL 2YBIA 4WM6A 3LZ2A 2BQNA 1CNSA 3SP3A 1N4FA 1OUBA 5DN5A 1LZBA 4L41A 1IWXA 3T6UA 1GFGA 5LVGA 1D6QA 1JWRA 3N9EA 5D5CA 4ZEEA 1QIOA 1GFRA 1OUCA 1NKHA 4J1AA 1XGQC 1QTKA 3BKVA 3TMVA 5I54A 2CJLA 1B7QA 1XEKA 4NGOA 5B05A 1CKFA 4PGJB 2FBDA 2HU3A 2ZYCA 5LAGA 5KXOA 5LVJA 4GLAA 5KXMA 6LYTA 1LMQA 4XJBA 5LYZA 3MGWA 3T36A 1LMCA 1LZEA 3RU5A 4NGKA 2FYCA 5F81A 2XBRA 2D4IA 1DI3A 2ZNWY 4KXIA 4WMGA 2ZIJA 1BVXA 4II8A 1IOSA 1OUIA 4HTNA 4G49A 2Z12A 1WTNA 4NIJA 3WUAA 1LSBA 3AW7A 2Z19A 3TMUA 3A6BY 1LKSA 1LMTA 3A6CY 2EPEA 3G3BB 1JTOL 1YAOA 5KKIA 2Z39A 1UCOA 1UIHA 2FBBA 3AW6A 2LZ2A 3AZ5A 1HEPA 4N0JA 5KXWA 4ET8A 5HMVA 1LZNA 4LT2A 4Z41A 4A7DA 1B9OA 1GBYA 2FYDA 1YAMA 4HTKA 4EMNA 4MR1A 3EO5A 1KXWA 3A3QA 1LSYA 1DQJC 1YKYX 1GHLA 1B2KA 1RCMA 2BQFA 2H9KA 3OK0A 1RJCB 2F4GA 4LYOA 2BQBA 1INUA 1MLCE 4YF2A 3P66A 1JSFA 4NG1A 3K3TA 3EBAB 4FJRA 4WG7A 1D0MA 1GF3A 4G4BA 4GN5C 1WQNA 2A7DA 5DL9A 5B06A 1TEWA 4H8ZA 4DD7A 1GFAA 2Z37A 1T3PA 4H93A 4NHSA 1J1XY 2H9JA 4GLVA 3CT0A 4B4EA 1GB0A 1IWWA 3RNXA 4EOFA 4YEMA 1W6ZA 5APDA 5L9JA 4XJDA 2XBSA 2IFFY 1LCNA 134LA 1B7RA 2C8OA 4NHQA 5FHWA 3WXUA 1GFJA 1LJGA 4NSGA 1IP5A 4NGIA 4TWSA 1BWIA 1AT6A 1GBXA 1GE1A 1WVUA 1LJ3A 9LYZA 3AGGG 4HV1A 4GCEA 193LA 1JKDA 5E9RA 2Z38A 1I20A 5FDJA 1AZFA 133LA 1DPXA 1J1OY 4PPOA 5L3IA 5LVIA 3WUNA 1IEEA 3WU7A 3RZ4A 4LT3A 4H92A 4OW1A 4WM1A 1D0KA 1CJ8A 1REXA 1IWZA 5LVKA 4DDBA 1JKCA 1LHHA 5FCPA 4WO9A 1HEQA 1QUSA 5APEA 1ZV5L 1JSEA 1HFZA 1GB9A 1IP3A 3ATNA 4OWBA 1IOCA 5KXPA 1YL0X 4XENA 1ALCA 1B7LA 1EQEA 3F6ZA 1B5ZA 1ZVYB 1LZGA 3QE8A 1JKBA 4XYYA 3LYMA 5FELA 3GXRA 4GCBA 1UA6Y 4PRUA 4H1PA 1GFEA 1VDSA 4NG8A 2NWDX 1GFKA 2W1XA 3CB7A 4UWNA 4ML7A 1GB8A 3IWRA 3WL2A 4C3WA 4DD1A 1LSZA 5L3HA 1UIFA 2BQCA 2BQOA 4MSTA 1IWVA 1IP1A 4LFPA 1BWJA 3J6KA 4GN4A 1IR8A 1GAYA 1LTMA 4DC4A 5LVHA 1LSFA 2DQAA 4OWCA 1OP9B 1QTEA 5II3A 1GB5A 2RSCA 5I4XA 3W6BA 4IJ4A 5APFA 4NGVA 1ZVHL 3W6EA 1GB6A 5LA5A 1DXJA 1TAYA 2ZIKA 1GE3A 1B7SA 3AZ7A 2ZWBA 3WPJA 1UIAA 1EQ5A 1LSDA 4LT1A 4DWXA 2ZQ4A 2Z2FA 1VATA 4XN6A 4N8ZA 2D6BA 5KXNA 1FDLY 1D6PA 3A67Y 4WM2A 4PRQA 1GFHA 5IDDA 2DQCY 1JISA 1IC7Y 4YEOA 4N1CC 2YBHA 4DD0A 1YROA 4WL7A 2MEIA 5KKJA 1VDQA 1IOTA 4OWAA 2Y8PA 3J4GA 1XGPC 5KJ9A 4TTDA 5C6JA 2G4PA 4WLXA 1XGTC 4CFOA 3E3DA 1HELA 1PS5A 3A96A 4BAPA 1LMOA 154LA 4M4OA 1UIGA 3N9CA 3WVYA 1LSMA 4H8XA 1TBYA 5B07A 1REMA 4BAFA 1D9UA 1YKXX 2HECA 1F6SA 1GFTA 1FN5A 1RFPA 2MEAA 1UBZA 1GEZA 1DKKA 1DZBX 1RI8B 1OUGA 4XJHA 1LJEA 5KXTA 1SQ2L 2YDGA 4P2EA 1B5UA 1LSNA 3LHMA 4R6CA 1C10A 1WQMA 2MEBA 4H9BA 4DD2A 1C46A 1DI4A 1HEOA 1LYYA 1LPIA 3TXDA 3LYTA 2BQEA 1WVVA 4XJFA 3A91A 3TXBA 5JENB 1NWGA 1HMKA 2MEDA 2W1LA 5LXWA 1F10A 1GB7A 1GBOA 4WLTA 4TSCA 1JEFA 2BQMA 4CJ2A 1LJIA 1RE2A 4LYBA 1IIZA 1B7NA 1HENA 4CFPA 4ETEA 1HFYA 4CGEA 2YBJA 1IVMA 1D0LA 1T6VL 2W1YA 1G7LC 1JHLA 1LZAA 1I56A 3AB6A 1YL1X 1HHLA 4NHIA 4NEBA 4H9EA 4B4JA 3BKHA 1FKQA 1GF7A 4DD3A 5B1FA 4XADA 1UUZC 2I25L 5B59A 4NSHA 5KXRA 1HERA 3AGHA 4HPIA 5I4WA 3TXGA 3KAMA 5LA8A 1J1PY 1VFBC 4X3BA 3B0OA 2B5ZA 1GDXA 4W96A 3G3AB 4TSBA 1LOZA 1YIKA 1P2CC 5HLLA 3W6DA 4QY9A 4G4HA 4CHXA 2LZTA 1CKCA 4OOOA 1LZCA 4ANRA 5A3ZA 2XTHA 2MEFA 1LHLA 132LA 3CSZA 4HSFA 4RW2A 1B5XA 2YBNA 2HEEA 1CJ6A 2VB1A 4H9FA 3WUMA 3CT1A 3FI7A 1IY4A 2MEEA 4ZFPA 1LZDA 3M3UA 1BHZA 3A90A 1C43A 4M6DA 1E8LA 1A4VA 1BB7A 1IWUA 4N5RA 4WM4A 5HNLA 1TDYA 2BQIA 1IC5Y 4H8YA 1GFUA 3HBHA 3P65A 1LZ9A 1B7OA 1LHIA 1FKVA 1LZRA 2BQGA 7LYZA 1UC0A 1QSWA 1B7PA 1UICA 207LA 4H94A 4PJ2C 3IJUA 1WQOA 3WU8A 4E3UA 1UIBA 2EKSC 5HMJA 3D3DA 4DT3A 5LYMA 4C5FA 208LA 2G4NA 1BWHA 1FLYA 4WLDA 3WULA 2H5ZA 4H91A 3WXTA 1BB5A 2Z18A 4B4IA 6LYZA 1JUGA 1AM7A 1GF0A 3CSQA 1LJ4A 1VEDA 2ZQ3A 3P64A 3W3EA 4LYCA 1IOQA 4NFVA 3A92A 4B49A 4LGKA 5IELA 3B0KA 1LZYA 1TCYA 2CWIA 3AZ6A 4RLMA 5M1YA 1KIRC 1PZYA 4WL6A 1NF5A 4HJYA 2N5ZA 1IR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
235LA 2CGIA 1JTTL 2B72A 1ZMYL 4WO6A 191LA 3D4SA 1GF9A 1QTHA 1LAAA 173LA 3WYHA 1XFPL 4DDAA 2BAAA 4NGJA 4LYZA 1L60A 142LA 1WQRA 163LA 1UACY 1IVMA 1CKGA 1IP4A 2BQKA 1UIEA 244LA 234LA 1EPYA 3TMWA 4O34A 4KPMA 4ARQB 3A8ZA 4WM5A 3CDRA 4NSJA 2O4WA 2DQEY 1LSGA 1L81A 1GBWA 4N9RA 1ZURA 1C66A 1G7HC 2YVBA 1NBYC 104LA 1TLAA 3HFMY 1L74A 2B6YA 4NWHA 2OEAX 1GE0A 3D9AC 4PK0A 4W59A 2BQDA 2L78A 4ARLA 3ZEKA 5E4PA 5D5FA 1C68A 1G7MC 164LA 4ETBA 4WLYA 4NGYA 1JJ3A 240LA 1G7JC 1G0LA 1LZ6A 2BLYA 1L49A 2A7FA 4LFXA 2B6XA 1VAUA 1PQKA 1HSWA 3P4ZA 2BLXA 4LT0A 3IJVA 1JTPL 8LYZA 4DD9A 135LA 1L62A 1Z55A 4NY5A 1OUAA 4W55A 4TUNA 1L22A 4LYTA 4D9ZA 1C6BA 4NGLA 1L76A 4RW1A 3C8SA 2ZYPA 1H87A 1XEIA 2RBSA 4HJVA 4ETCA 2HEFA 1QTCA 197LA 1XSFA 3K2RA 1L02A 1D3NA 233LA 1GBZA 1LYZA 5K7OA 1L13A 258LA 1G7IC 5LAFA 175LA 1QTZA 2PC2A 4LDEA 1IR7A 3HBDA 1EL1A 1L68A 1CKDA 220LA 2Z6BA 3V2YA 4GN3A 2ANVA 1CJ9A 3HUQA 2C8PA 1EQ4A 4RDSA 1XGUC 1HF4A 5DN4A 4OWHA 3TXFA 1F6RA 1A2YC 3HTDA 5I5QA 4DAJA 178LA 1C6NA 1C6HA 2DBTA 1LKRA 126LA 5DN5A 4ARMB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F4A A;  4PHI A;  2CGI A;  1JTT L;  1B7M A;  1FBI X;  1B5Y A;  2MEC A;  1ZMY L;  1YKZ X;  4WO6 A;  1GXX A;  2EQL A;  3AZ4 A;  3EMS A;  1GF9 A;  1IC4 Y;  1IOR A;  2LYM A;  3AJN A;  2BQA A;  4DYG A;  2HED A;  1LAA A;  2W1M A;  2MEG A;  1XFP L;  3WYH A;  2BAA A;  4DDA A;  2BQJ A;  153L A;  1IP2 A;  1DKJ A;  4LYZ A;  4NGJ A;  2AUB A;  5KXZ A;  1BB4 A;  3LYZ A;  1XEJ A;  4NSI A;  3A93 A;  3A94 A;  4QEQ A;  4R0F A;  1WQR A;  1UAC Y;  4H9C A;  1O23 A;  1C08 C;  4KT3 A;  3WW6 A;  4W94 A;  1LSE A;  1CKG A;  1IP4 A;  2BQK A;  2Z2E A;  3QY4 A;  4OOT A;  3ZVQ B;  194L A;  1BQL Y;  1UIE A;  1WQQ A;  1CJ7 A;  2BQL A;  2X0A A;  4GCD A;  4HPE A;  4YEN A;  5LYT A;  1HSX A;  1NBZ C;  1LJF A;  4Z98 A;  5T3F A;  1YQV Y;  3N9A A;  3TMW A;  4I0C A;  4J7V A;  4WOA A;  4O34 A;  4ETD A;  1SLY A;  4KPM A;  1BGI A;  1JIT A;  3CQL A;  1GB2 A;  5F9U A;  3A8Z A;  5I53 A;  4WM5 A;  1LYS A;  4NSJ A;  1GFV A;  5KY1 A;  1VDT A;  1LJK A;  2DQE Y;  4IAS A;  1LSG A;  1IY3 A;  1IWY A;  1QDR A;  3A95 A;  1GBW A;  1LZT A;  4H9I A; 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 3BKH A;  1FKQ A;  1GF7 A;  4DD3 A;  5B1F A;  4XAD A;  1UUZ C;  2I25 L;  5B59 A;  4NSH A;  5KXR A;  1HER A;  3AGH A;  4HPI A;  5I4W A;  3TXG A;  3KAM A;  5LA8 A;  1J1P Y;  1VFB C;  4X3B A;  3B0O A;  2B5Z A;  1GDX A;  4W96 A;  3G3A B;  4TSB A;  1LOZ A;  1YIK A;  1P2C C;  5HLL A;  3W6D A;  4QY9 A;  4G4H A;  4CHX A;  2LZT A;  1CKC A;  4OOO A;  1LZC A;  4ANR A;  5A3Z A;  2XTH A;  2MEF A;  1LHL A;  132L A;  3CSZ A;  4HSF A;  4RW2 A;  1B5X A;  2YBN A;  2HEE A;  1CJ6 A;  2VB1 A;  4H9F A;  3WUM A;  3CT1 A;  3FI7 A;  1IY4 A;  2MEE A;  4ZFP A;  1LZD A;  3M3U A;  1BHZ A;  3A90 A;  1C43 A;  4M6D A;  1E8L A;  1A4V A;  1BB7 A;  1IWU A;  4N5R A;  4WM4 A;  5HNL A;  1TDY A;  2BQI A;  1IC5 Y;  4H8Y A;  1GFU A;  3HBH A;  3P65 A;  1LZ9 A;  1B7O A;  1LHI A;  1FKV A;  1LZR A;  2BQG A;  7LYZ A;  1UC0 A;  1QSW A;  1B7P A;  1UIC A;  207L A;  4H94 A;  4PJ2 C;  3IJU A;  1WQO A;  3WU8 A;  4E3U A;  1UIB A;  2EKS C;  5HMJ A;  3D3D A;  4DT3 A;  5LYM A;  4C5F A;  208L A;  2G4N A;  1BWH A;  1FLY A;  4WLD A;  3WUL A;  2H5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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