4ETCA

Lysozyme, room temperature, 24 kgy dose
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etcA00
2W1YA 1TBYA 3B72A 1IR9A 5B59A 2Q0MX 5HMVA 1H87A 1UIBA 1LMAA 2Z37A 1GFAA 3ATNA 1QDTA 4FJRA 1HNLA 1UUZC 4HJYA 4OW1A 1UIDA 4WO9A 5LAGA 1GF3A 1W6ZA 3WU7A 1QUTA 2EQLA 1BVKC 4Z46A 1LJEA 5I54A 2FBBA 1G7JC 4HJVA 4CFOA 1IP5A 1WQPA 1REYA 4KL7A 1YL1X 1GB5A 5KXZA 5DM9A 5HNCA 1FDLY 1LZ4A 1QQYA 4OOTA 1NBZC 3WYHA 1IEEA 4DD3A 4J7VA 5EBHA 3P4ZA 3ULRA 1OUIA 4ETAA 2W1MA 1YROA 1GBYA 1JUGA 4KT3A 4NY5A 4WM6A 1KIQC 1REXA 1BB4A 4GLAA 1WVVA 5FEKA 1OUBA 2LZ2A 4LYZA 4WM5A 2A7DA 4HTKA 1NHEA 5F9UA 5D5FA 3ZVQA 1VDPA 2H9JA 2XBSA 4BADA 2DQJY 2HUBA 3HBDA 2XJWA 5K7OA 5ILCA 4LT0A 3BKVA 3IJVA 1UIHA 1I1ZA 1UIFA 1IORA 1DKKA 5LVIA 1BWHA 1UC0A 2MEHA 1OUFA 1JTOL 1T3PA 2FYDA 1LSEA 1GFJA 1CKHA 1HHLA 2ZNXY 1BB3A 2YBLA 5I4YA 1XGQC 1PS5A 4WM1A 1GXV2 1D0LA 1WQMA 1FLWA 2BQLA 1GBXA 1MELL 2LZTA 3HFMY 4ML7A 1NDMC 4MSTA 2XTHA 4QGZA 2LYZA 4D9ZA 1EQ5A 3P68A 1B7OA 1GDWA 2X0AA 4UWVA 2ZIKA 5LA5A 1WQQA 5KXYA 3AJNA 1IOCA 3LN2A 4DDAA 1FKQA 2C8OA 3RNXA 5LYTA 2HEEA 1RJCB 2D4KA 4NGKA 4ETCA 5C6JA 4XN6A 4HV1A 3WU9A 2CDSA 4NHIA 1BHZA 1HF4A 2C8PA 3SP3A 1OUHA 4II8A 2H5ZA 4NGOA 2D91A 4NSGA 1REMA 2IHLA 1LMCA 4GCBA 4NHTA 5E9RA 1LSGA 1GE2A 2CWIA 3AZ6A 4C5FA 4EMNA 5FSTA 1HENA 4PJ2C 4G4BA 5KXPA 1LJJA 1GB2A 1UACY 4B4IA 1QSAA 1YKZX 1KXWA 4BAFA 3AW6A 4LYOA 1JPOA 1CJ7A 1A4VA 3WH1A 3EMSA 3WPLA 3AW7A 1GE4A 4TSCA 5IHGA 153LA 1LYOA 1LZ5A 1WTMA 4TWSA 1LHJA 193LA 3G3AB 4H93A 5KXXA 1B7NA 1LSZA 1HMLA 2LYMA 3MGWA 1GEZA 2BQHA 1F6RA 4XADA 1WVUA 2Z2EA 5KXTA 2EKSC 4NHPA 1BB5A 1GFUA 5KXNA 3W6AA 4DYGA 1GFVA 2BQNA 4N5RA 4DDBA 1IOSA 1LKRA 4PRQA 1XEIA 1C45A 2BQEA 1GDXA 4DD7A 1LZTA 1GB0A 2MEEA 2YDGA 2ZILA 5AMYA 1LKSA 1LAAA 3A96A 5LAFA 3W6EA 3A6CY 1TDYA 1IP4A 2DQFC 1DKJA 1QTKA 4H8XA 4H8ZA 4RW2A 4A7DA 4B1AA 4RLMA 1B0DA 1JISA 5D5CA 2YBNA 4DD1A 4WLXA 1LYYA 1NQIA 1LZBA 3EO5A 3LYTA 1LHKA 5M1YA 3ATOA 1IY4A 1JTTL 1UIEA 5APDA 1P2CC 1AT5A 4Z41A 3E3DA 1LJHA 1LSBA 4M4OA 2MEAA 4XJIA 3N9CA 1KIPC 4FDYA 1NMMA 2NWDX 2ZYPA 1B7QA 5KXSA 3A91A 4CFPA 4Z3MA 4KXIA 3P64A 4N0JA 1LZ9A 5B07A 4G4HA 1B5ZA 1D0MA 1HFXA 1MLCE 4NGVA 5KKIA 1LMNA 1XEKA 1YANA 3WMKA 5F81A 4YENA 3B0KA 3WULA 1OUAA 2BQBA 2LHMA 1EQEA 2YSSC 134LA 4ZEEA 5B1GA 1J1OY 4XJGA 1BB7A 1LZEA 1AT6A 5JENB 5B05A 1W08A 1GEVA 1GBOA 1XSFA 3OK0A 1GAZA 2Z19A 1GBZA 2F30A 4HPIA 4B0DA 5LINA 2D6BA 4ETEA 3CT5A 1LYSA 4KPMA 1DZBX 2F2NA 2G4PA 4L41A 4NSIA 1IWYA 1GF8A 1DQJC 3W3EA 1Z55A 1LZAA 3A94A 3TXBA 5KJ9A 2HECA 1IO5A 1IP6A 1DPWA 1LMTA 1GB9A 4PHIA 1B7MA 1OUCA 3FE0A 2BQJA 5I4XA 1LJIA 4LYMA 4NG8A 3AGHA 1C7PA 1ZVYB 1F10A 2RSCA 4HPEA 4RDSA 2BPUA 4GLVA 4YM8A 1YAPA 4XJDA 1GB3A 5LVHA 2Y8PA 4H94A 4PRUA 4BS7A 2HEFA 5ILFA 3AB6A 1OQMA 4IASA 1JEFA 1G7MC 2Z12A 1GF0A 3WW5A 1LHHA 3OJPA 2DQGY 1FLQA 4XENA 5A3ZA 1LHLA 3WUNA 4GN5C 1V7SA 1C46A 3CB7A 2CJLA 4N1EI 4H1PA 2D4JA 1XFPL 2CGIA 2ZNWY 3BKHA 4LFXA 5LIOA 3T36A 4WM4A 1JTPL 1HFZA 1YKXX 5LVKA 4WMGA 1IOQA 1OUGA 1JJ3A 4LT3A 1IP1A 1LSCA 1KXYA 1LMPA 1BGIA 2ZIJA 4MCKA 3CT0A 1D9UA 4WLDA 2BLXA 1DXJA 4NWEA 2DQDY 1N4FA 1C10A 1LSPA 4TTDA 1IR8A 1LZDA 3CSZA 4XJBA 3AGGG 1T6VL 1GE0A 2D4IA 1IWTA 1BWIA 1LZ1A 1BWJA 207LA 1QSWA 1GBWA 2YBHA 4LGKA 1HEQA 2ZQ4A 2B5ZA 1GHLA 1RFPA 1YKYX 1JSEA 4LT2A 1LZNA 4TSBA 1CKCA 5FCPA 1B5XA 4IATA 4U3XB 3HBEX 1XEJA 6LYTA 3QY4A 4NHQA 5HNLA 4CJ2A 3T6UA 1LMOA 1B5YA 2HU1A 2I25L 2H9KA 2I6ZA 3LYOA 4WOAA 1B7SA 3TMUA 3KAMA 1IWUA 1YAQA 5F16A 1BQLY 3A3QA 4G9SA 4H9IA 4NGZA 1J1XY 1IWXA 1AKIA 1VDQA 1F6SA 1LSYA 1C43A 1VDTA 2XBRA 3A8ZA 2YBIA 4O34A 1CKDA 4GCEA 4OOOA 2DBTA 5FHWA 8LYZA 1B5WA 2DQAA 4LFPA 1UCOA 4N1CC 1LSMA 4UWNA 1UICA 1GFGA 4ETBA 1FBIX 4N8ZA 2BQDA 3RW8A 5KXWA 3G3BB 1GFRA 4M6DA 5J7CA 1JKBA 2MEFA 2BQAA 2YBMA 2MEBA 2Z39A 1HSWA 1HELA 4YOPA 4WL6A 3WUMA 4LYTA 4ZFPA 5KKJA 1OUEA 4GN3A 3W6DA 3AZ4A 1YAOA 4GN4A 4H8YA 4ANRA 4ET8A 1IVMA 3A93A 3W6CA 3WPJA 1GF9A 3AGIA 2FBDA 4YEMA 4I0CA 2DQCY 4WL7A 1GD6A 4W96A 4HSFA 4RLNA 5B1FA 4ETDA 5B06A 3W6BA 1LSNA 4DD0A 1O23A 4QY9A 3M3UA 4WLTA 2YVBA 1FN5A 2W1LA 5FDJA 1CJ8A 2IFFY 1HFYA 4P2EA 1HEWA 1KXXA 3K3TA 4ZIXA 1CJ9A 1SQ2L 5APEA 4YEOA 2DKVA 1TEWA 2AUBA 3EBAB 5APCA 3IWRA 3J6KA 1KIRC 4H92A 1I20A 1D6PA 1TCYA 4NGJA 1EL1A 3FI7A 3WPKA 1DI4A 1EQ4A 4B4EA 2BQMA 1J1PY 2BQFA 5F14A 5LVGA 3WXUA 4J1BA 4PGJB 2N5ZA 1AZFA 2HU3A 1XGPC 2GV0A 1IIZA 3RT5X 1GB6A 4G4CA 5HMJA 1GF5A 5DLAA 1WQOA 2BQCA 1OUDA 5I4WA 1WQRA 4DWXA 3AZ5A 5A3EA 3TXKA 133LA 1XGTC 3GXKA 3RZ4A 1INUA 4DD2A 1OUJA 4TUNA 3TXEA 3CSRA 5LA8A 3N9AA 4OWAA 1IC5Y 5I5QA 5KXRA 1A2YC 1NWGA 1BB6A 1VATA 1JIYA 1GBSA 4DD9A 1D6QA 4EOFA 1QTEA 1GE1A 1V7TA 3N9EA 1FLYA 4WLYA 3TMXA 2EIZC 2WARA 1DI5A 1HSXA 1IP2A 1GAYA 1LHIA 4B49A 7LYZA 5HQ1A 1HEOA 1LJGA 1TAYA 1HEMA 1JKAA 1VEDA 3LHMA 3W6FA 2MEIA 1LZSA 1IY3A 3A90A 5LYMA 1LOZA 1B2KA 2DQEY 3WVYA 4DC4A 1LMQA 1UA6Y 1RCMA 1HERA 1JWRA 4R6CA 5IELA 3EXDA 5KXOA 1B7PA 1HMKA 3A95A 1LYZA 1QIOA 2PC2A 4H9BA 1JJ0A 2DQHY 4QDNA 4NEBA 132LA 2G4QA 2FYCA 4H91A 4LZTA 5L9JA 1REZA 194LA 1LTMA 2HEDA 2I26L 1XGUC 2BQIA 5L3IA 1HC0A 4H9HA 5E4PA 2BQOA 1JJ1A 1FKVA 1NF5A 3TXGA 2YBJA 4NGLA 4XJFA 3P66A 3TXHA 1F0WA 4ET9A 1B5UA 1GF4A 1LJKA 3LZTA 1IR7A 1GB8A 3A3RX 4BAPA 4NFVA 1WTNA 1NKHA 1IOTA 1GFTA 1DI3A 4H9EA 4OWBA 5KXKA 5DN5A 3J4GA 4H90A 2LYOA 1IWZA 1CNSA 1AM7A 4WM2A 3TXJA 5DL9A 1GB7A 3QNGA 5IDDA 4NWHA 1SLYA 4W94A 3WL2A 3ZVQB 1QDRA 5T3FA 3B6LA 1C08C 3D3DA 4WG7A 5C6IA 4AXTA 4TX7A 5DN4A 1B9OA 1CKFA 1LZYA 1LZ8A 1ZMYL 4H9AA 3TXFA 2HTXA 1OP9B 1LJNA 3WUAA 1XGRC 2F4GA 4LYBA 4OWCA 4NGWA 4PPOA 1CKGA 3F6ZA 154LA 3VWOA 2BLYA 1UBZA 1ZVHL 135LA 1I56A 3B0IA 3GXRA 4CGEA 5APFA 3D9AC 1YQVY 4MR1A 5KXLA 1B7LA 1IP3A 1E8LA 4IJ4A 4XYYA 4J0LA 2ZYCA 1QUSA 3ZEKA 1JKDA 2F4AA 4I8SA 4HJZA 4R0FA 4CHXA 1IWVA 1PZYA 2Z2FA 2G4NA 1IX0A 2A7FA 1YL0X 4NG1A 1B7RA 4NIJA 1GFEA 2HEBA 3TXIA 1LZCA 3WU8A 5LYZA 4N9RA 3CQLA 1IWWA 1IC4Y 1NDGC 1D0KA 3TXDA 4NGIA 1GE3A 1UIGA 2MECA 3A34A 3AYQA 4OWEA 4UWUA 5I53A 1RI8B 4GCFA 2EPEA 4QEQA 3A92A 4WM3A 4AGAA 5KY1A 4HTQA 3TMVA 3WW6A 2DQIY 4NSJA 3A6BY 4HTNA 1DPXA 1ZV5L 3RU5A 9LYZA 4J1AA 5FELA 3LYZA 2ZWBA 4Z98A 2MEDA 1VDSA 2BAAA 4C3WA 4GCCA 1G7HC 208LA 4H9CA 1YAMA 3LYMA 4H9FA 1ALCA 1JKCA 1NBYC 3CT1A 2W1XA 3P65A 4E3UA 5HLLA 4X3BA 1BVXA 1LJ3A 1LZ6A 4DT3A 1GPQC 5L3HA 4DDCA 5KXMA 1GXXA 3CSQA 4RW1A 1LZGA 1H6MA 1VFBC 4WO6A 1LJFA 1LSDA 3HBHA 4OWHA 1LZRA 1JITA 4G49A 5F9XA 4WG1A 3M18B 3WXTA 1YILA 4LT1A 1LPIA 1LJ4A 1JSFA 1G7LC 1LHMA 1FLUA 1B5VA 1WQNA 2Z38A 4NGYA 1GFKA 1LSAA 2HEAA 1IP7A 6LYZA 3LZ2A 2BQKA 1LSFA 4YF2A 4LYCA 4NHSA 4B4JA 2MEGA 2Z18A 3B0OA 5II3A 1GF6A 3A67Y 4HP0A 3TMWA 3AZ7A 4HV2A 1CJ6A 5LVJA 1GFHA 1G7IC 3QE8A 1JHLA 1LCNA 4NSHA 1HEPA 3WVXA 2ZQ3A 4XJHA 1YIKA 3IJUA 1IC7Y 5C6LA 1GWDA 2VB1A 1GF7A 1UIAA 1RE2A 4GCDA 5LXWA 1VAUA 2BQGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
243LA 2B75A 2Q0MX 1LMAA 1DYAA 183LA 1GFAA 1HNLA 4OW1A 4WO9A 1GF3A 1BVKC 1IP5A 1WQPA 1REYA 3DNAA 1C6FA 1FDLY 1QQYA 258LA 1G06A 1IEEA 4DD3A 7LZMA 1OUIA 4WM6A 4NY5A 239LA 1KIQC 1L58A 1REXA 1BB4A 1WVVA 5FEKA 2A7DA 2H9JA 3HT6A 2XJWA 130LA 1L97A 1DYDA 1OUFA 1FLWA 2BQLA 3HFMY 4ML7A 1NDMC 4I7SA 2O79A 2Z6BA 5LA5A 3AJNA 3RNXA 1KY1A 1C6PA 3C7ZA 177LA 4NHIA 1BHZA 1HF4A 1OUHA 1G0LA 4GCBA 4NHTA 1GE2A 3AZ6A 1UACY 4B4IA 1QSAA 2OE7X 1L89A 1DYEA 212LA 4LYOA 1JPOA 1CJ7A 1GE4A 1LYOA 1LZ5A 1OV5A 1LHJA 1L21A 2LYMA 4XADA 4NHPA 1CV3A 1XEIA 250LA 4DD7A 1GB0A 2ZILA 5LAFA 1C63A 1DKJA 4RW2A 1B0DA 4ARLA 4I7RA 4DD1A 4WLXA 1NQIA 1P46A 1IY4A 3SB9A 1PQKA 4ARQA 4W56A 2MEAA 174LA 3N9CA 1KIPC 4FDYA 2L78A 1NMMA 1L00A 1P2RA 2NWDX 4CFPA 4Z3MA 1L72A 1L30A 4G4HA 251LA 1C6KA 1QTZA 1JQUA 5LZMA 1OUAA 2BQBA 1LZEA 1AT6A 5JENB 5B05A 1GEVA 1GBOA 1C6GA 1GAZA 4HPIA 4B0DA 1L47A 1DZBX 2F2NA 4EKSA 5I4XA 201LA 1ZVYB 4RDSA 2BPUA 4GLVA 5LVHA 1L94A 2Y8PA 4PRUA 4BS7A 1SWYA 2HEFA 2RBOA 1JEFA 1GF0A 3WW5A 1LHHA 1PQJA 1L84A 3OJPA 1L10A 4XENA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2W1Y A;  1TBY A;  3B72 A;  1IR9 A;  5B59 A;  2Q0M X;  5HMV A;  1H87 A;  1UIB A;  1LMA A;  2Z37 A;  1GFA A;  3ATN A;  1QDT A;  4FJR A;  1HNL A;  1UUZ C;  4HJY A;  4OW1 A;  1UID A;  4WO9 A;  5LAG A;  1GF3 A;  1W6Z A;  3WU7 A;  1QUT A;  2EQL A;  1BVK C;  4Z46 A;  1LJE A;  5I54 A;  2FBB A;  1G7J C;  4HJV A;  4CFO A;  1IP5 A;  1WQP A;  1REY A;  4KL7 A;  1YL1 X;  1GB5 A;  5KXZ A;  5DM9 A;  5HNC A;  1FDL Y;  1LZ4 A;  1QQY A;  4OOT A;  1NBZ C;  3WYH A;  1IEE A;  4DD3 A;  4J7V A;  5EBH A;  3P4Z A;  3ULR A;  1OUI A;  4ETA A;  2W1M A;  1YRO A;  1GBY A;  1JUG A;  4KT3 A;  4NY5 A;  4WM6 A;  1KIQ C;  1REX A;  1BB4 A;  4GLA A;  1WVV A;  5FEK A;  1OUB A;  2LZ2 A;  4LYZ A;  4WM5 A;  2A7D A;  4HTK A;  1NHE A;  5F9U A;  5D5F A;  3ZVQ A;  1VDP A;  2H9J A;  2XBS A;  4BAD A;  2DQJ Y;  2HUB A;  3HBD A;  2XJW A;  5K7O A;  5ILC A;  4LT0 A;  3BKV A;  3IJV A;  1UIH A;  1I1Z A;  1UIF A;  1IOR A;  1DKK A;  5LVI A;  1BWH A;  1UC0 A;  2MEH A;  1OUF A;  1JTO L;  1T3P A;  2FYD A;  1LSE A;  1GFJ A;  1CKH A;  1HHL A;  2ZNX Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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