4ETDA

Lysozyme, room-temperature, rotating anode, 0.0026 mgy
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etdA00
1GBZA 1UACY 1LSPA 3J4GA 4QY9A 1NHEA 2DQFC 1UIGA 3AW7A 4IATA 4NEBA 2I25L 3CQLA 1C45A 6LYTA 1QDTA 1YL0X 3BKHA 4I0CA 4NHSA 4TUNA 5EBHA 4KL7A 1I1ZA 1HHLA 3LYTA 1LSDA 2HTXA 4HSFA 1UA6Y 2IFFY 1VFBC 4I8SA 5T3FA 3F6ZA 4PRUA 1CKDA 1IWYA 4WLTA 1ZVHL 5KKJA 3RZ4A 1GXV2 1LSFA 2BQBA 4NG1A 1YKYX 3HBEX 4TX7A 2BLXA 5L3HA 1EQ5A 5B05A 153LA 1IVMA 2BQFA 3BKVA 3E3DA 1GFUA 1YKXX 3A6CY 4L41A 1VDQA 1A2YC 1PZYA 1B5VA 3GXRA 2HU3A 1LZYA 4QDNA 3RW8A 4IASA 1GFRA 3TXKA 1TDYA 4OWHA 1IP5A 2DQCY 4RLMA 4WMGA 3LYMA 5HLLA 1BB5A 2MEGA 1UIEA 4ET8A 5C6LA 1P2CC 3G3BB 4NGWA 5KJ9A 1UC0A 3CT1A 4B0DA 2BQEA 4GN4A 3EO5A 1GBXA 4MSTA 1BVKC 1IWUA 2CDSA 4NGJA 1IP3A 4NHTA 3WH1A 4H92A 2BQKA 2Z39A 4LFPA 5HNCA 2LYMA 1TAYA 1LZSA 1ZVYB 3QY4A 1LKSA 3D9AC 4UWNA 1LJIA 1IOTA 3TXIA 1IY4A 4WM3A 2Z37A 1MELL 3A94A 5KXTA 1B7QA 2FBDA 2F4GA 2BQAA 5F16A 4NIJA 1BB7A 4HP0A 4WOAA 1DI5A 8LYZA 1BWIA 4MCKA 1LZEA 1HERA 4PPOA 1IWZA 2H5ZA 1REZA 1VDPA 3GXKA 3P66A 1GBYA 5HMJA 2FYDA 1LJJA 3FI7A 4HJZA 4ETBA 2BQMA 4W96A 5HNLA 4WL6A 4XENA 1B7RA 2YBIA 2BAAA 4TTDA 3WUNA 2D4KA 3AZ5A 5B06A 1OUFA 1B2KA 1TBYA 5KXSA 1DKJA 5FHWA 3WPJA 4N5RA 4ET9A 1B0DA 1DZBX 1HMLA 3A3QA 1LHHA 2HEFA 2MEHA 1LSNA 1NF5A 3HBDA 1B7LA 4HPEA 5DL9A 1XSFA 5M1YA 1BB3A 4H9AA 1GF0A 4WO9A 4Z98A 1JUGA 1LHKA 1GEVA 2Z38A 4NGKA 4PJ2C 3AZ7A 4GLVA 4XJDA 3WUAA 1LMQA 4RDSA 1C46A 3AW6A 1A4VA 1LSCA 3CSRA 1G7LC 1LTMA 1FLYA 4EMNA 1C10A 3WL2A 3WMKA 1SLYA 1LJ3A 1CJ8A 4DD2A 2EKSC 2F4AA 4M4OA 1D0KA 1IP6A 1NDGC 1XGPC 1LOZA 2YBJA 4G4CA 1TEWA 1GF6A 5JENB 2ZILA 1REMA 5KXKA 4O34A 5I4XA 1B5XA 1GF8A 1WVUA 1GEZA 3MGWA 5I53A 1GFGA 1LZ9A 1HFZA 2N5ZA 4C3WA 193LA 2F2NA 1OUCA 3A8ZA 1JKDA 1LJ4A 1GE0A 4H91A 1IY3A 1XFPL 4BAFA 2DQJY 1LJNA 3IWRA 5B1GA 1C43A 1HEMA 4CFOA 1BWJA 2C8OA 1GBOA 1HEOA 2W1MA 1AKIA 1YAPA 1QUTA 1IR8A 4XYYA 4Z46A 1IOSA 4H9EA 1OQMA 2G4QA 5J7CA 1AT5A 1XGQC 4HV1A 3LYOA 1IP4A 1KIQC 4NGLA 4XJFA 5I54A 5L3IA 5C6IA 1YAMA 3LZTA 4J1BA 1NQIA 4ANRA 1CJ7A 1LSGA 4H9HA 1D6QA 1GF3A 1HSXA 1OUIA 1XEJA 2VB1A 3A3RX 1IWXA 4PHIA 4KXIA 4DDAA 1HC0A 7LYZA 3ZVQB 4HTKA 3AJNA 4R6CA 1GB3A 5KXNA 1CNSA 1XEKA 4GCBA 4U3XB 3WYHA 3B0KA 1XGUC 5KXZA 3RT5X 4H8XA 3HBHA 4KT3A 1QUSA 4OOTA 4XN6A 2HUBA 4DD3A 2D6BA 4DD0A 5ILCA 1F6SA 3W6DA 1KIPC 4H9IA 4LT2A 1YL1X 3TMVA 1QSWA 4LT1A 4NWEA 4YEOA 1UCOA 1ALCA 1WTMA 5F9UA 1E8LA 3TXJA 4WG7A 1LJEA 3N9AA 4X3BA 1OUAA 1JKAA 1JSFA 4HJYA 5APEA 1J1PY 4NSJA 1JKCA 1G7JC 4N9RA 4RLNA 3WU9A 2RSCA 3T36A 3ZEKA 132LA 1N4FA 1GFKA 3WVYA 1LZAA 1Z55A 4LYOA 4TWSA 1LMCA 4XJGA 5IHGA 1HMKA 1RI8B 2W1YA 5A3EA 1F6RA 4NWHA 2DQIY 1GHLA 2ZYCA 2ZYPA 2HEBA 4AXTA 1LZTA 5FCPA 1GB0A 3ATOA 4GCCA 4HV2A 2CWIA 1ZV5L 1WVVA 1UICA 2W1LA 4LT0A 5LINA 1LZ6A 1NBZC 4R0FA 4J1AA 1UBZA 1GB9A 1LAAA 5IELA 1JISA 1DI4A 4WM6A 4EOFA 5LVJA 5E9RA 4HTNA 4NHPA 4YM8A 4ZIXA 2WARA 1UIDA 4OWBA 5I5QA 1LZDA 2GV0A 1H6MA 4WG1A 2F30A 1G7IC 1VAUA 2DQAA 4HTQA 4HJVA 2MEBA 1GFHA 4NGOA 1CKCA 1OUDA 207LA 4NHIA 4LYBA 2HEEA 2W1XA 1HELA 5I4YA 1JWRA 4DC4A 4H8YA 1GDWA 1LSMA 3B0OA 1GBWA 4WM5A 4H94A 3W6BA 3QNGA 1F10A 4NFVA 2XBSA 1WQOA 3TXBA 2G4NA 3W3EA 4N1CC 5LXWA 1JTPL 3A67Y 1GFVA 4ZFPA 3P64A 1GF7A 1LSEA 2EIZC 4NGVA 3WVXA 1OUHA 4LYZA 2Z2FA 3CSZA 4NGIA 1GD6A 1LSZA 5B59A 5KKIA 1FBIX 1MLCE 4DYGA 4BAPA 1QQYA 1GB8A 1DPWA 1TCYA 2D4IA 4NY5A 3T6UA 3B72A 1NMMA 2MEFA 1GWDA 1W08A 3IJUA 3WU7A 4RW1A 4AGAA 4LFXA 1I56A 4G49A 2HECA 1AT6A 2Z19A 4QGZA 5F81A 4BS7A 3SP3A 1B5YA 4GCDA 5HMVA 4DDBA 1LKRA 1KIRC 5FSTA 3TMXA 4PRQA 1JPOA 1FKVA 3TXEA 3M3UA 1LSBA 3W6EA 1IIZA 2XBRA 1BQLY 3TMWA 1OUEA 5KXMA 4NGZA 2YBNA 4OWAA 1V7TA 2DQDY 2LYZA 4XADA 1KXXA 4OWEA 3TXGA 194LA 2A7FA 3WXUA 5KXOA 1CJ6A 1BWHA 5DN4A 1FDLY 4YOPA 9LYZA 1NKHA 1FLQA 3CB7A 1WQNA 2NWDX 2Y8PA 1B5UA 1DXJA 1KXWA 1RCMA 1GFJA 3A92A 5B1FA 1LYZA 5LIOA 2DQGY 1LMOA 1UIAA 2ZQ4A 1HFYA 4WL7A 3WPLA 1FKQA 2BLYA 1DI3A 1EQ4A 4LYTA 5LVKA 1IOQA 2YDGA 4B4EA 3A6BY 3D3DA 1LZ1A 2B5ZA 1YAOA 4PGJB 1JTTL 2MEAA 5K7OA 1JJ3A 1XEIA 2BQGA 3LZ2A 1IEEA 4LYCA 1LYOA 4WLYA 2X0AA 2LHMA 1GE4A 1QSAA 1GE2A 1RFPA 1REXA 2G4PA 2ZIJA 1VATA 4H1PA 1GF4A 4LT3A 3W6FA 3TXHA 1GB7A 3TMUA 1BGIA 1NDMC 2BQOA 1WQRA 2Z2EA 1JTOL 2BQNA 4H9BA 5APCA 4NGYA 4J0LA 1LHLA 1QTEA 1GB5A 4NSHA 3RNXA 4GN5C 2BQCA 1DKKA 1UIBA 3CT5A 2Z12A 4G9SA 5F9XA 3TXFA 2H9KA 4B49A 1LHIA 1JITA 1VEDA 5LYMA 2I26L 4M6DA 1YIKA 2EQLA 1ZMYL 5HQ1A 1REYA 3G3AB 2YBLA 4LZTA 1EQEA 1HEPA 2XTHA 1B5ZA 1OP9B 1IR9A 1F0WA 3ATNA 2YVBA 1J1OY 1FLWA 1IP1A 4MR1A 1WQQA 4YENA 5IDDA 5D5FA 1B7SA 1IX0A 1QTKA 2CGIA 3EBAB 1DPXA 1GE1A 1OUGA 1LMNA 4DD1A 2H9JA 1OUBA 3QE8A 1FLUA 5LVHA 1C08C 1IWTA 133LA 4RW2A 1BVXA 1CKFA 2CJLA 1D9UA 2HEAA 1GF9A 5LA8A 1BB4A 1NWGA 3WXTA 1XGRC 4YEMA 2ZQ3A 3HFMY 4DD9A 1LHJA 1YANA 3WUMA 1GAZA 1RJCB 4XJBA 1LPIA 1AM7A 4LGKA 1IR7A 3WULA 1B5WA 3A96A 4DDCA 1LSAA 135LA 1JJ1A 2C8PA 2D91A 4II8A 4ML7A 4OOOA 4YF2A 4G4BA 3B0IA 1IORA 4XJIA 4WM4A 1JEFA 4ETCA 3VWOA 4ETDA 5KXLA 2BQJA 5LAFA 4NHQA 4DT3A 1LSYA 1B9OA 1PS5A 1GXXA 1B7NA 2MEEA 1IP7A 1HENA 4J7VA 3AZ4A 1QDRA 1HSWA 3B6LA 1IC7Y 4DD7A 1YQVY 3FE0A 3J6KA 1FN5A 1GFEA 1LYYA 5FEKA 1CKHA 1LZRA 1GAYA 4CFPA 1KXYA 1T6VL 5L9JA 1NBYC 1LZNA 3RU5A 5A3ZA 3A34A 1GFAA 2XJWA 2I6ZA 4H93A 4H8ZA 4BADA 3AGIA 2IHLA 4WLXA 1BB6A 1C7PA 1EL1A 2FYCA 1D0MA 4ZEEA 1GDXA 5FDJA 1LJKA 2LYOA 3AB6A 4P2EA 4D9ZA 3WPKA 2YBHA 4XJHA 1GE3A 4CJ2A 2ZNWY 3WW5A 2YBMA 5KXPA 1JHLA 3CT0A 4KPMA 1H87A 1RE2A 4LYMA 3A93A 3ZVQA 4GLAA 4ETAA 2BQDA 1LZ5A 2DQHY 1LZBA 1LZ8A 3A95A 4QEQA 1V7SA 1G7HC 1LJFA 5APFA 2BQLA 1IP2A 1XGTC 5F14A 3AZ6A 5KXWA 2MEIA 3ULRA 4H9FA 4FDYA 4IJ4A 3AGHA 1QIOA 1WTNA 5FELA 5KXXA 1LZ4A 1SQ2L 1GFTA 3EMSA 1B7MA 3K3TA 5LVGA 4GN3A 1J1XY 3P65A 3EXDA 2BPUA 4OWCA 1IC4Y 1UIHA 3P68A 1LYSA 1UUZC 2ZIKA 4WO6A 3KAMA 4N8ZA 3WW6A 1YAQA 2MEDA 1LZGA 1T3PA 5DN5A 3TXDA 1B7PA 4B1AA 2BQIA 4GCEA 5KXRA 2HU1A 5KY1A 5LYTA 4CHXA 1CJ9A 1JJ0A 5B07A 2D4JA 5KXYA 3IJVA 4Z41A 5II3A 3OJPA 1LMPA 1LMAA 1YKZX 1D6PA 2HEDA 4W94A 2MECA 1LJHA 1WQPA 2A7DA 2ZWBA 4UWVA 2DQEY 4H9CA 5LVIA 1GB2A 4G4HA 1DQJC 1VDSA 2LZTA 1INUA 1I20A 4UWUA 4A7DA 1GBSA 208LA 1IC5Y 1HEWA 2Z18A 4NSGA 5LAGA 1UIFA 2DBTA 4HPIA 1VDTA 4E3UA 2BQHA 1HEQA 1LCNA 1LHMA 1JSEA 2ZNXY 1LMTA 4NSIA 5APDA 3A91A 5LA5A 1OUJA 4WLDA 4DWXA 2LZ2A 4B4IA 5ILFA 3LYZA 1O23A 1G7MC 4GCFA 5DLAA 3CSQA 1B7OA 3AGGG 2Q0MX 3LN2A 1AZFA 5D5CA 5C6JA 1IO5A 1W6ZA 3M18B 4TSCA 4TSBA 1HFXA 134LA 4WM2A 3AYQA 1WQMA 4ETEA 2DKVA 2YSSC 5DM9A 1GF5A 1GPQC 1IWVA 1HF4A 3P4ZA 2EPEA 4NG8A 3N9EA 5AMYA 1LJGA 4CGEA 1D0LA 2PC2A 4B4JA 1JIYA 5I4WA 4N0JA 5E4PA 1IWWA 4H90A 1YROA 1GB6A 1JKBA 4WM1A 5LYZA 1IOCA 4C5FA 4FJRA 1BHZA 1HNLA 3OK0A 3WU8A 4N1EI 1YILA 3W6CA 4OW1A 4Z3MA 3N9CA 3A90A 2AUBA 3W6AA 6LYZA 1CKGA 2FBBA 154LA 3LHMA 1LZCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E97A 1LSPA 3J4GA 2I25L 1L86A 1QDTA 4TUNA 1HHLA 3LYTA 2HTXA 4HSFA 1L89A 4NG1A 3FI5A 3HBEX 2F2QA 3BKVA 1CV5A 1LZYA 2XQOA 4IASA 1GFRA 3TXKA 245LA 5HLLA 2MEGA 3HTDA 5KJ9A 1UC0A 4LDEA 4GN4A 3GUPA 2QARC 1IWUA 1SX7A 1IP3A 242LA 4H92A 1L94A 1LZSA 4UWNA 1LKSA 3D9AC 1LJIA 1QUHA 1MELL 3A94A 1B7QA 2F4GA 5F16A 225LA 1BB7A 4WOAA 1L27A 3P66A 1GBYA 213LA 4W96A 5HNLA 1L11A 3L2XA 219LA 248LA 2D4KA 3WPJA 4ET9A 5FHWA 1B0DA 1NF5A 3HBDA 4HPEA 5M1YA 4PK0A 3GUKA 4H9AA 4NGKA 1L72A 1QTHA 240LA 2B6TA 1FLYA 4EMNA 1LJ3A 1SSYA 3HTFA 1XGPC 3GUIA 4G4CA 185LA 5JENB 1TEWA 1GF6A 2ZILA 1C6TA 5I4XA 1C6LA 1HFZA 1G0GA 4C3WA 1OUCA 3A8ZA 1JKDA 1IY3A 3IWRA 1L03A 4CFOA 1GBOA 1HEOA 4XYYA 4H9EA 4I7NA 3LYOA 1KIQC 2ANVA 1NQIA 1T8AA 4ANRA 4H9HA 1GF3A 1XEJA 1IWXA 2ANXA 4KXIA 4PHIA 4DDAA 1P2LA 1T8GA 3ZVQB 1L15A 1L38A 3HBHA 4KT3A 4XN6A 3G3VA 4DD0A 5ILCA 1L24A 1L70A 1XJUA 5APEA 243LA 4X3BA 4HJYA 4NSJA 1JKCA 4N9RA 197LA 1Z55A 4LYOA 1LMCA 178LA 1RI8B 2W1YA 4NWHA 2ZYCA 2ZYPA 2HEBA 4HV2A 4GCCA 2CWIA 1ZV5L 250LA 1L22A 1UICA 6LZMA 1LZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GBZ A;  1UAC Y;  1LSP A;  3J4G A;  4QY9 A;  1NHE A;  2DQF C;  1UIG A;  3AW7 A;  4IAT A;  4NEB A;  2I25 L;  3CQL A;  1C45 A;  6LYT A;  1QDT A;  1YL0 X;  3BKH A;  4I0C A;  4NHS A;  4TUN A;  5EBH A;  4KL7 A;  1I1Z A;  1HHL A;  3LYT A;  1LSD A;  2HTX A;  4HSF A;  1UA6 Y;  2IFF Y;  1VFB C;  4I8S A;  5T3F A;  3F6Z A;  4PRU A;  1CKD A;  1IWY A;  4WLT A;  1ZVH L;  5KKJ A;  3RZ4 A;  1GXV 2;  1LSF A;  2BQB A;  4NG1 A;  1YKY X;  3HBE X;  4TX7 A;  2BLX A;  5L3H A;  1EQ5 A;  5B05 A;  153L A;  1IVM A;  2BQF A;  3BKV A;  3E3D A;  1GFU A;  1YKX X;  3A6C Y;  4L41 A;  1VDQ A;  1A2Y C;  1PZY A;  1B5V A;  3GXR A;  2HU3 A;  1LZY A;  4QDN A;  3RW8 A;  4IAS A;  1GFR A;  3TXK A;  1TDY A;  4OWH A;  1IP5 A;  2DQC Y;  4RLM A;  4WMG A;  3LYM A;  5HLL A;  1BB5 A;  2MEG A;  1UIE A;  4ET8 A;  5C6L A;  1P2C C;  3G3B B;  4NGW A;  5KJ9 A;  1UC0 A;  3CT1 A;  4B0D A;  2BQE A;  4GN4 A;  3EO5 A;  1GBX A;  4MST A;  1BVK C;  1IWU A;  2CDS A;  4NGJ A;  1IP3 A;  4NHT A;  3WH1 A;  4H92 A;  2BQK A;  2Z39 A;  4LFP A;  5HNC A;  2LYM A; 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 1T3P A;  5DN5 A;  3TXD A;  1B7P A;  4B1A A;  2BQI A;  4GCE A;  5KXR A;  2HU1 A;  5KY1 A;  5LYT A;  4CHX A;  1CJ9 A;  1JJ0 A;  5B07 A;  2D4J A;  5KXY A;  3IJV A;  4Z41 A;  5II3 A;  3OJP A;  1LMP A;  1LMA A;  1YKZ X;  1D6P A;  2HED A;  4W94 A;  2MEC A;  1LJH A;  1WQP A;  2A7D A;  2ZWB A;  4UWV A;  2DQE Y;  4H9C A;  5LVI A;  1GB2 A;  4G4H A;  1DQJ C;  1VDS A;  2LZT A;  1INU A;  1I20 A;  4UWU A;  4A7D A;  1GBS A;  208L A;  1IC5 Y;  1HEW A;  2Z18 A;  4NSG A;  5LAG A;  1UIF A;  2DBT A;  4HPI A;  1VDT A;  4E3U A;  2BQH A;  1HEQ A;  1LCN A;  1LHM A;  1JSE A;  2ZNX Y;  1LMT A;  4NSI A;  5APD A;  3A91 A;  5LA5 A;  1OUJ A;  4WLD A;  4DWX A;  2LZ2 A;  4B4I A;  5ILF A;  3LYZ A;  1O23 A;  1G7M C;  4GCF A;  5DLA A;  3CSQ A;  1B7O A;  3AGG G;  2Q0M X;  3LN2 A;  1AZF A;  5D5C A;  5C6J A;  1IO5 A;  1W6Z A;  3M18 B;  4TSC A;  4TSB A;  1HFX A;  134L A;  4WM2 A;  3AYQ A;  1WQM A;  4ETE A;  2DKV A;  2YSS C;  5DM9 A;  1GF5 A;  1GPQ C;  1IWV A;  1HF4 A;  3P4Z A;  2EPE A;  4NG8 A;  3N9E A;  5AMY A;  1LJG A;  4CGE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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