4EXMA

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of t4-lysozyme
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
315
structure length
291
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVIFEMLRIDERLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSIWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 83
structure length 291
sequence length 315
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4exmA02
233LA 1L01A 3SB7A 1L62A 1L43A 1LI2A 2B6ZA 3DN1A 1L06A 1D2YA 1G0MA 3UONA 3F8VA 1L18A 1L40A 1LGXA 2OE9X 3DN0A 2HUKA 147LA 2CUUA 1P37A 1L20A 1L82A 2LZMA 3HDFA 1QT4A 201LA 3HUQA 1L0KA 168LA 3LZMA 1C61A 2Q9EA 1LPYA 6LZMA 242LA 4W55A 163LA 186LA 182LA 1L25A 2A4TA 180LA 1PQIA 1DYBA 1KNIA 122LA 1L17A 253LA 1C60A 2RBSA 1OVKA 4ARPA 1QTDA 2B6WA 2B6TA 1L09A 3C81A 259LA 156LA 2RAYX 1D3MA 3GULA 1C6JA 2B6XA 1ZWNA 169LA 4OO9A 1L90A 1PQOA 103LA 2B75A 1KY0A 2Q9DA 142LA 1C6BA 1QTCA 183LA 1L29A 4W53A 115LA 3DN4A 3JR6A 118LA 1L99A 3G3VA 151LA 209LA 3NYAA 150LA 159LA 1DYGA 2OEAX 1QT6A 130LA 4W51A 3C80A 111LA 155LA 2O79A 1L73A 3L2XA 1L08A 245LA 2O7AA 1JTMA 260LA 1PQDA 1CUPA 1CV0A 3OE9A 1L28A 4I7QA 1L33A 4I7KA 108LA 4PK0A 218LA 1LGWA 1L58A 1L92A 1LWGA 1C67A 1L46A 1LW9A 2B74A 1EPYA 216LA 1KW7A 3SB8A 1L37A 3RZEA 1G0PA 2RBPA 3CDVA 138LA 250LA 258LA 123LA 2OU8A 1P6YA 1L48A 3DMXA 4ARJA 222LA 1L0JA 3HTGA 1L15A 174LA 137LA 2HULA 3SB5A 1C64A 2Z6BA 1L30A 1SSWA 1LYJA 3DN6A 1G0LA 2B7XA 1L93A 247LA 161LA 226LA 3DN2A 4YXCA 165LA 4K5YA 191LA 1C63A 3OE8A 1C6AA 1QUHA 1C6NA 240LA 1G0GA 217LA 1C6HA 184LA 158LA 3GUNA 4DAJA 4EKQA 3HT9A 5LZMA 104LA 1L67A 4DKLA 1KY1A 1G1VA 221LA 205LA 114LA 1ZYTA 3C7YA 1JTNA 1QTBA 1L96A 3FI5A 1LLHA 1LYDA 4EPFA 2B6YA 1XEPA 1L87A 1L60A 1C65A 2RH1A 1B6IA 1L95A 256LA 1L07A 219LA 1L14A 1QT3A 3C7ZA 1CU5A 1P36A 1C6GA 1L21A 109LA 1CU2A 1L51A 1LWKA 3FA0A 1CV6A 1L34A 1LYHA 1L52A 252LA 1QTZA 3HH6A 1QTHA 3D4SA 4I7TA 3GUKA 257LA 1L91A 1L04A 3HH3A 4I7NA 1L42A 1L31A 4LDEA 4EXMA 1L83A 1L00A 212LA 206LA 3GUIA 230LA 1PQKA 1L23A 4GBRB 1L19A 2NTHA 1NHBA 110LA 2RAZX 4ARQB 1DYEA 3DKEX 3CDOA 1L80A 2ANVA 4ARMB 172LA 3GUPA 3C83A 3HUKA 4IAPA 3DMZA 119LA 178LA 3HUAA 2F2QA 3SB6A 4EKPA 1L02A 2OU9A 1D3FA 2O4WA 1XJTA 145LA 2OTZX 241LA 3SB9A 3DN8A 1L79A 1L11A 246LA 1QUOA 1L54A 4EPIA 3HT7A 1L98A 1L36A 1L63A 3K2RA 4W58A 4W57A 177LA 1QT7A 3QAKA 1C6IA 125LA 1QSQA 255LA 3DNAA 3PBLA 1OVHA 3OE0A 1C6CA 4E97A 3HU8A 1L84A 176LA 1L10A 1L66A 1L89A 1P2LA 1D9WA 107LA 1L86A 3G3XA 236LA 1T8FA 1QT8A 1DYAA 7LZMA 4W56A 1P3NA 141LA 2ANXA 170LA 1L85A 3HT6A 1JQUA 1G1WA 3PDSA 1L12A 3C8QA 131LA 1C6FA 175LA 1DYCA 2OE4X 3C8RA 3SBBC 1P56A 1PQJA 1SWYA 1L81A 3HWLA 4LDOA 4I7PA 1C6EA 228LA 4EKRA 3OE6A 3SN6R 1L77A 4ZPUA 2B73A 1CX7A 3GUMA 120LA 232LA 1L38A 4GRVA 1L69A 1L44A 3G3WA 3VW7A 1C6QA 197LA 1G07A 1L16A 1OWYA 254LA 214LA 3V2YA 1K28A 3HTFA 2F32A 5I14A 238LA 152LA 1L94A 3ODUA 2LC9A 262LA 1QS5A 4I7RA 139LA 148LE 210LA 173LA 3HTBA 1C66A 166LA 2LCBA 1QT5A 2HUMA 129LA 1C6KA 3NY9A 1D3JA 4PJZA 1OV5A 229LA 1L71A 4ARLA 4LDLA 1L45A 1C6LA 261LA 1L03A 140LA 1LYFA 1C62A 195LA 2RBRA 1KW5A 157LA 1G0KA 1DYFA 181LA 1OWZA 2RB0X 1OVJA 213LA 185LA 3HTDA 1L68A 1L61A 2RBOA 1CU3A 1L13A 1XJUA 2QARC 128LA 4I7JA 1D2WA 1L75A 3HH4A 234LA 1DYDA 1L22A 4W59A 1P64A 1L35A 1C6DA 2RBNA 102LA 1CV4A 1CU0A 211LA 220LA 227LA 2QB0B 3F9LA 192LA 3FADA 1L05A 3RUNA 1L27A 4DJHA 1CTWA 251LA 3DN3A 1L56A 1L47A 126LA 249LA 4S0WA 4EKSA 1CVKA 2RB1X 1CU6A 3C8SA 1SX7A 2IGCA 1G06A 4I7OA 144LA 243LA 1L50A 1PQMA 160LA 3HU9A 1OV7A 1L88A 1OYUA 239LA 1L39A 223LA 1L24A 1WTHA 113LA 1SWZA 1CUQA 1LI3A 3HT8A 3CDTA 1G0QA 1T97A 162LA 1L72A 4W52A 2OTYX 1TLAA 196LA 2OE7X 189LA 231LA 3GUJA 198LA 127LA 1LGUA 4W54A 224LA 3EMLA 187LA 4AQNA 1C69A 1L76A 1L26A 199LA 1QS9A 3CDQA 235LA 3V2WA 1SSYA 1L74A 4I7MA 4EJ4A 1CV3A 1L97A 146LA 1LYEA 1L59A 3L64A 164LA 3SBAA 188LA 143LA 1L65A 3HH5A 1C6MA 1L57A 1CV5A 1P5CA 225LA 1I6SA 2L78A 2RBQA 200LA 244LA 1L55A 1ZURA 1SX2A 1L32A 2NTGA 4YX7C 1QUGA 1P7SA 3HDEA 3GUOA 190LA 3CDRA 1G0JA 112LA 1QSBA 2B70A 1LI6A 1T6HA 4I7SA 1LYGA 1QTVA 2OU0X 1L41A 1T8GA 167LA 3C7WA 2F47A 1L64A 149LA 215LA 1LYIA 1T8AA 2B72A 1L70A 1D3NA 1L49A 3C82A 4I7LA 2RB2X 237LA 1P46A 1C6TA 4YXAC 1QUDA 4LZMA 1C6PA 1L53A 1P2RA 4ARQA 3DMVA 171LA 248LA 1CX6A 4ARMA 1KS3A 1C68A 3NY8A 1CV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMOA 3EMSA 2YDGA 2ZIKA 1LZTA 1D2YA 1G0MA 4N8ZA 2MEAA 1NWGA 147LA 2HUKA 1OUHA 1L82A 4RLNA 4MCKA 3HUQA 1L0KA 3A93A 1LKRA 4DD9A 1LPYA 6LZMA 1YKXX 186LA 1JEFA 1L25A 1CJ9A 1LZDA 180LA 1LZBA 5KXRA 4ARPA 259LA 1D3MA 1JJ3A 3B0IA 1AKIA 142LA 4DDAA 1C6BA 183LA 1DQJC 115LA 3DN4A 118LA 3AJNA 3G3VA 3NYAA 4WLXA 4WM1A 2O79A 155LA 1L08A 5J7CA 3WW5A 3FI7A 1CV0A 3P65A 3OE9A 1L28A 4WL6A 1GBSA 3M18B 4HSFA 1LGWA 4ETCA 1L92A 1LWGA 2H5ZA 1XEKA 1EPYA 216LA 1KW7A 3A96A 1L37A 3LYMA 3RZEA 2RBPA 4DYGA 1PZYA 250LA 258LA 2BQBA 2ZIJA 4ARJA 1L48A 3DMXA 3CSQA 2Z2EA 5B07A 4DD2A 4B1AA 1FN5A 1L15A 137LA 1WTNA 1LYJA 1BB3A 5C6IA 4NWHA 2XBRA 3DN6A 2NWDX 2XJWA 3GXRA 161LA 1WQQA 1IWUA 1D6PA 4PJ2C 2GV0A 1JKDA 4L41A 1TBYA 3TXEA 1XGUC 5LVHA 3RT5X 4H93A 5LZMA 3B0OA 2Z12A 205LA 5B06A 134LA 3C7YA 3HBEX 4B4EA 1L96A 2EIZC 3FI5A 3A67Y 1LLHA 4EPFA 1HEMA 1NDMC 3HBHA 1B6IA 1JKAA 1L07A 1FLUA 1L14A 3C7ZA 1GBOA 1B9OA 1L51A 3FA0A 3WU8A 1CV6A 1OUJA 1J1XY 3D4SA 1BB7A 3OJPA 3RU5A 4ZFPA 3AGGG 3WPLA 1GF5A 1YL0X 1J1PY 1LSFA 1IWWA 3GUIA 5FEKA 5APFA 4GBRB 1LMAA 1WQPA 5HNCA 5KXWA 2BQJA 1DYEA 2BQHA 1IP4A 1GFHA 4YENA 2HEBA 3C83A 1NF5A 2HU1A 119LA 1IWXA 2MEIA 1H6MA 3SB9A 4U3XB 1L79A 4LYMA 4NGZA 5LVKA 2FYCA 3N9EA 4OWAA 1L36A 1JTOL 4KL7A 5FHWA 3K2RA 3AZ6A 3QAKA 5I4YA 7LYZA 1OVHA 2I6ZA 4B49A 1UIEA 1C43A 1LYSA 1ALCA 1L84A 1L89A 1CKCA 1LSBA 1GEZA 4IASA 3G3XA 4KT3A 236LA 2HUBA 1T8FA 1LHLA 4W56A 3MGWA 141LA 2ANXA 1WVVA 2LYZA 4N5RA 1G1WA 3C8QA 1JJ1A 4HV2A 1HEQA 4ETDA 2BQKA 4I7PA 5KXTA 3AGIA 4DC4A 4NHTA 3GUMA 4DT3A 120LA 4HJZA 4FJRA 1IWVA 1L38A 1GB9A 1L44A 4N1CC 1ZV5L 1OUEA 4J1AA 1LMTA 1OWYA 4ET9A 214LA 4NGKA 1FLYA 2HECA 3HTFA 2F32A 3VWOA 4NHIA 4TTDA 1L94A 2LC9A 148LE 1F6RA 1REZA 2LCBA 2HUMA 129LA 1C6KA 3J4GA 2LYOA 1XSFA 4ZIXA 1GF0A 3CT0A 4J0LA 1TDYA 5KXKA 1L45A 5E9RA 1GBWA 9LYZA 1BWHA 2Q0MX 153LA 1OWZA 3RNXA 3CSRA 213LA 185LA 3LYOA 3A8ZA 1XJUA 4WO6A 3HH4A 2IHLA 1P64A 102LA 1HEPA 4WG7A 1QSAA 4MR1A 1AT6A 220LA 227LA 2QB0B 1KIRC 5F9UA 5D5FA 4H9AA 251LA 5A3EA 126LA 4GCFA 4OWCA 1KIPC 2RB1X 1SX7A 1V7TA 2XTHA 5LYTA 1AT5A 4I7OA 243LA 1VDTA 1REYA 1OYUA 1GAYA 1L39A 223LA 1WTHA 113LA 1BHZA 1JJ0A 1CUQA 2BPUA 1VDPA 1JISA 3CDTA 1G0QA 4NSHA 1XEIA 1GDXA 196LA 2OE7X 4Z98A 2LHMA 187LA 1LSZA 1IX0A 3CDQA 4LT3A 4YEOA 4LYOA 1L74A 2I26L 4I7MA 3A91A 1LYYA 4CFPA 3IJVA 4XJHA 188LA 2D4IA 4LT0A 3TXJA 1C6MA 135LA 225LA 5B1GA 1KXXA 1L32A 1IR7A 1JHLA 2FYDA 1GFUA 1UIHA 1LSMA 1G0JA 1QSBA 2LZ2A 1YROA 4I7SA 2OU0X 4DD3A 3C7WA 1L64A 1GFRA 5ILFA 1LZ9A 5C6LA 1QIOA 1L70A 1D3NA 2ZNXY 1C6TA 1C6PA 3EXDA 4LYZA 4DD1A 4ARMA 4OWBA 2VB1A 3DN0A 1REXA 2CUUA 4XENA 1L20A 2LZMA 1SQ2L 3CQLA 168LA 3LZMA 1F10A 4R0FA 4H9IA 4CGEA 4GCBA 163LA 5KXZA 1XEJA 1CKGA 1L17A 5I4XA 253LA 1C60A 2B6TA 4YF2A 4DWXA 3C81A 4KPMA 156LA 5FSTA 2B6XA 1RI8B 4UWUA 1PQOA 4WOAA 2B75A 1KY0A 5FCPA 1IWYA 4W53A 3WVYA 1LZRA 4BAPA 2ZYPA 1OP9B 2RSCA 1QT6A 1RE2A 4WM6A 1B7QA 1ZVYB 3L2XA 245LA 2ZQ4A 1N4FA 4H8YA 1XFPL 4LYTA 3OK0A 1CJ6A 3B6LA 1LHIA 3ZEKA 1L33A 3W6AA 2WARA 4R6CA 1G7LC 218LA 1LPIA 3WUAA 1LW9A 2B74A 2BQLA 208LA 3SB8A 4X3BA 2DQHY 2Z19A 4CFOA 4AGAA 4LYBA 5DM9A 2OU8A 1P6YA 2Z2FA 4WO9A 1J1OY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMO A;  3EMS A;  2YDG A;  2ZIK A;  1LZT A;  1D2Y A;  1G0M A;  4N8Z A;  2MEA A;  1NWG A;  147L A;  2HUK A;  1OUH A;  1L82 A;  4RLN A;  4MCK A;  3HUQ A;  1L0K A;  3A93 A;  1LKR A;  4DD9 A;  1LPY A;  6LZM A;  1YKX X;  186L A;  1JEF A;  1L25 A;  1CJ9 A;  1LZD A;  180L A;  1LZB A;  5KXR A;  4ARP A;  259L A;  1D3M A;  1JJ3 A;  3B0I A;  1AKI A;  142L A;  4DDA A;  1C6B A;  183L A;  1DQJ C;  115L A;  3DN4 A;  118L A;  3AJN A;  3G3V A;  3NYA A;  4WLX A;  4WM1 A;  2O79 A;  155L A;  1L08 A;  5J7C A;  3WW5 A;  3FI7 A;  1CV0 A;  3P65 A;  3OE9 A;  1L28 A;  4WL6 A;  1GBS A;  3M18 B;  4HSF A;  1LGW A;  4ETC A;  1L92 A;  1LWG A;  2H5Z A;  1XEK A;  1EPY A;  216L A;  1KW7 A;  3A96 A;  1L37 A;  3LYM A;  3RZE A;  2RBP A;  4DYG A;  1PZY A;  250L A;  258L A;  2BQB A;  2ZIJ A;  4ARJ A;  1L48 A;  3DMX A;  3CSQ A;  2Z2E A;  5B07 A;  4DD2 A;  4B1A A;  1FN5 A;  1L15 A;  137L A;  1WTN A;  1LYJ A;  1BB3 A;  5C6I A;  4NWH A;  2XBR A;  3DN6 A;  2NWD X;  2XJW A;  3GXR A;  161L A;  1WQQ A;  1IWU A;  1D6P A;  4PJ2 C;  2GV0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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