4LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lytA00
1B2KA 4BS7A 1HERA 4H9BA 1KIRC 4N0JA 4M6DA 1OUDA 1MELL 3WUAA 5F16A 2EIZC 1V7SA 4PRQA 1NDMC 5LYZA 3IJVA 3TXFA 1ZVYB 2CDSA 5APDA 4U3XB 1LSYA 5E9RA 3A6BY 2MEFA 1LSNA 2EQLA 4XJFA 4LT1A 3W6AA 5KXMA 1IX0A 1GF6A 4XENA 4DD2A 5A3EA 4HTNA 1UBZA 3J6KA 6LYTA 1DI4A 5FELA 2BLYA 1BWHA 3A3QA 3WUNA 3TXJA 4NIJA 1IOQA 3CT1A 4OWBA 5T3FA 1FLUA 3KAMA 4DC4A 2HUBA 1DPXA 3AYQA 1G7HC 4NSJA 1HEMA 3ZVQB 1Z55A 1LZ4A 1JKCA 5IELA 1UIEA 4DWXA 1B7NA 4H9FA 1GE4A 5LVIA 5FHWA 4YENA 3F6ZA 1GBOA 2C8PA 5ILCA 5KXWA 1BWJA 5KXXA 2IHLA 1GB3A 1LSDA 4BAPA 207LA 4NG8A 1QIOA 2DQJY 4NSGA 4DD1A 1B7OA 4PPOA 4J0LA 2DBTA 2Q0MX 1B7LA 1IWZA 1GB7A 4TWSA 1B5XA 1DI5A 1IORA 5KKIA 1HEWA 1GFHA 1LZSA 1WQQA 2BQMA 1YQVY 1G7JC 3HFMY 3RW8A 1HC0A 2A7FA 1GB2A 1LZBA 1GXV2 4WOAA 1PZYA 2F4GA 2Z2FA 5KXLA 1LJFA 5C6LA 1TEWA 2YBNA 3WYHA 5I53A 4DDAA 4OW1A 5I4YA 5B59A 2LZ2A 1LJIA 3LYZA 1LMPA 1XEIA 153LA 4B4IA 2BQHA 5F14A 3RNXA 5FSTA 1YAPA 2W1LA 4YM8A 133LA 4LT0A 4HSFA 1H6MA 1WQNA 1C45A 5HNCA 1IY3A 1GEVA 4YF2A 1JITA 2HEFA 2BLXA 1HENA 1XSFA 1IO5A 2YVBA 4XJDA 4H8ZA 4CGEA 4RLMA 1F10A 2HEEA 1I20A 1IP6A 4NGZA 4DD9A 2Z39A 1GF4A 4XJHA 1OQMA 2MEBA 3WU7A 1BQLY 5FEKA 2BQAA 2D4JA 2XBRA 3J4GA 1YKXX 4ET9A 4QGZA 4N9RA 1GFVA 1RI8B 3B72A 1REXA 4WG1A 1LMQA 1GF3A 1B5YA 1RJCB 1LJEA 3QE8A 1VEDA 4LYZA 1DPWA 4NGOA 2W1MA 1HFZA 4UWVA 4NHSA 5J7CA 4H9CA 3A94A 3TXKA 5LXWA 1GFUA 3A93A 1FLWA 4NGLA 1GBZA 1OUGA 1T6VL 1BB6A 1GFGA 3WXTA 3M18B 2HU3A 1QUSA 4HPIA 8LYZA 5I4WA 1OUBA 5HLLA 3HBEX 2F30A 5B1FA 1CJ6A 4GN5C 3M3UA 4NEBA 3OJPA 1LZ6A 2DQAA 4Z3MA 1CKCA 3HBHA 3A95A 4HJVA 1QQYA 4XN6A 5KKJA 4WM4A 3TXHA 5APFA 3CSQA 2D4IA 4GCCA 1OUIA 4EMNA 4LFXA 1AT6A 2ZQ3A 1BGIA 1JTOL 2EKSC 2X0AA 3G3BB 4GLVA 2MECA 3GXRA 2I6ZA 2Z37A 4QEQA 5DLAA 1JKDA 1J1OY 1GD6A 1NBZC 4H8YA 1IOSA 4AXTA 1GBYA 3CB7A 1RE2A 1UC0A 1YL1X 1LZRA 3FI7A 3TMXA 3W6DA 5HNLA 5KY1A 3WPLA 1D0LA 1JSEA 1LZTA 4HTKA 3QY4A 4PGJB 4Z98A 3EMSA 3N9CA 4N8ZA 3LZ2A 2BQKA 1YKYX 2F4AA 4WO6A 1QUTA 2H5ZA 4CFPA 2YBMA 5LA8A 2W1YA 1CKGA 1GF8A 4IJ4A 1UIAA 4WM6A 3WMKA 5JENB 1XEJA 5LVHA 1AKIA 4WM5A 1LSPA 1DQJC 3RU5A 1GF9A 5LIOA 1D9UA 1RCMA 1UIBA 1GB6A 4WM1A 1I56A 5FCPA 4WO9A 1JKAA 1NMMA 4Z46A 5II3A 4DDCA 1GB8A 3WL2A 1BB7A 1GFTA 1YANA 1LOZA 1NHEA 1C7PA 1LJ3A 1B7RA 3LYMA 1FBIX 7LYZA 1HF4A 1B5UA 1IY4A 2Z18A 1FLYA 4GCDA 4N1EI 1XGQC 1YAQA 5C6JA 1T3PA 1LSFA 4GN3A 4GN4A 4LGKA 4ETAA 4ZFPA 3CT5A 4NWEA 1NBYC 1UIDA 4B49A 1E8LA 4NHPA 1IP3A 1B0DA 1FN5A 1LZEA 5DN5A 1WQPA 1CJ7A 5KXYA 2DQIY 4GCFA 1WVVA 1C08C 3B6LA 4LT3A 2CWIA 4B4JA 1LMCA 4HJZA 3HBDA 1YAOA 3LZTA 4G4HA 194LA 1GAYA 3K3TA 1DKKA 1KXYA 2BQCA 1GWDA 4LT2A 3RT5X 4QY9A 2DQEY 1A2YC 4LYCA 1WVUA 4Z41A 5APCA 4I0CA 4H91A 4WLXA 4ET8A 1BHZA 1FKVA 2BQDA 1JSFA 5KXKA 1DXJA 2BQFA 2Z12A 1LZAA 1GDXA 3EXDA 3A91A 1IP2A 1B7MA 3ATOA 4WL7A 5LAGA 1CKFA 1OP9B 5DL9A 2BAAA 1WQRA 1JISA 5KXNA 1QTKA 4J1AA 1GB0A 5IHGA 1F6RA 4DD7A 1GBWA 4QDNA 4NHTA 4IASA 4N1CC 3EO5A 1G7LC 4W96A 4HP0A 5FDJA 3TMWA 5A3ZA 1GPQC 4NG1A 4OWCA 4UWUA 5DN4A 2YSSC 4LZTA 1UIHA 1LSEA 2IFFY 4NY5A 5LVKA 3W6CA 3P68A 3AGIA 1LZ9A 1QDRA 4XJBA 2MEDA 4ETDA 1VDTA 1RFPA 1GFKA 1SQ2L 1B7QA 5D5CA 1DZBX 3P65A 4H92A 5F9UA 4B0DA 3WU9A 3WVYA 4YEMA 4MSTA 1P2CC 1EQ5A 1OUFA 2LHMA 1IWUA 2MEGA 3A34A 4WL6A 2N5ZA 1LHHA 1IWWA 2HU1A 2HEDA 1IR7A 4M4OA 4WM2A 3W6FA 1IR8A 1CJ8A 1LZDA 3IJUA 1LYOA 5B06A 1GHLA 2NWDX 5L9JA 1LHIA 2D4KA 193LA 1IWTA 2LYMA 4E3UA 1TCYA 4WLDA 3AW7A 4NWHA 4H1PA 3AGGG 4HTQA 4J1BA 3AW6A 3D9AC 3LYTA 1LZCA 2GV0A 3CSZA 1CJ9A 1GEZA 1HEOA 2ZYCA 1JTTL 1F6SA 4NSHA 3WH1A 3OK0A 154LA 1OUHA 2YDGA 1GE2A 4G49A 4C5FA 3FE0A 2ZNXY 1REZA 1IC7Y 4PHIA 4H8XA 4FJRA 4NHIA 2FBBA 1IP7A 5E4PA 1GE1A 4GCEA 1TAYA 4X3BA 5B07A 1C10A 2C8OA 2ZILA 3ZEKA 4DT3A 4MCKA 1LHJA 1LMTA 2MEHA 1LJ4A 1LJHA 1DKJA 1HMKA 2FYDA 1BB4A 1UCOA 3WW5A 1LZGA 2FYCA 3TXIA 1UUZC 1NF5A 2XBSA 3AJNA 1GFJA 1LHKA 4G9SA 5F9XA 1JWRA 3N9AA 1JEFA 1VATA 2YBIA 4LFPA 2H9JA 2LYZA 1LJJA 3B0IA 1GE3A 4HPEA 1OUEA 1KXWA 4WLYA 4B4EA 4UWNA 1AZFA 2BQIA 3G3AB 135LA 2Z2EA 1EQ4A 1UICA 2MEEA 2ZQ4A 5KXZA 2ZIKA 1LSMA 1ZMYL 1AM7A 5L3IA 1HEPA 1OUAA 1LTMA 1LMNA 4KT3A 1GF5A 1GDWA 4GLAA 1IOTA 1QTEA 1BWIA 2DKVA 1BB3A 2BQOA 2DQGY 1IVMA 2YBJA 3E3DA 1HELA 1TBYA 4KPMA 3AZ6A 1VDPA 4H94A 1JJ0A 2RSCA 4IATA 1IEEA 1W6ZA 1JUGA 1LJGA 4R6CA 4WG7A 5DM9A 5KXOA 1IP4A 5M1YA 3QNGA 4XJGA 5LINA 4NGKA 1IP1A 4OOTA 4TSBA 1PS5A 2BQJA 2DQDY 3A8ZA 3N9EA 1LYYA 1IR9A 5I5QA 4NGYA 3A90A 1XGTC 4CFOA 1ZV5L 1D6PA 1HMLA 1MLCE 1NQIA 1GFRA 4EOFA 1OUJA 6LYZA 4FDYA 2BQGA 2G4QA 1INUA 1REYA 3T6UA 3WW6A 2WARA 1YILA 3ATNA 3CSRA 1JJ3A 4CHXA 4ETBA 1UIFA 1XEKA 1B5WA 4RW1A 1CNSA 1JPOA 4H93A 1LKRA 1FKQA 2VB1A 1IWVA 4O34A 4YOPA 2D91A 3A67Y 2YBLA 3TMVA 1B7PA 1D6QA 1DI3A 1F0WA 4TUNA 1UIGA 3TXDA 4DYGA 4PRUA 2ZWBA 5L3HA 4G4CA 1GBSA 4H9HA 1B7SA 1GBXA 4TSCA 3WVXA 3BKVA 3GXKA 4L41A 5HQ1A 132LA 1LZ5A 2BQNA 3TXEA 4ZIXA 2EPEA 3W6EA 4NSIA 3SP3A 1YROA 5LVJA 2PC2A 4NGWA 2MEAA 3D3DA 4BAFA 1LZ1A 4NGVA 2BQEA 4HV1A 4LYOA 1LJKA 4XADA 2BQBA 1IWXA 3WXUA 3LHMA 1D0MA 1AT5A 1XGPC 5KXPA 1XGUC 5LAFA 1REMA 4AGAA 1UACY 1GFAA 2Y8PA 4OWHA 1YKZX 2DQFC 5LA5A 1VFBC 4HV2A 3P64A 1NWGA 2H9KA 5B1GA 5LYMA 1YL0X 2HECA 5EBHA 5KXSA 4LYBA 1JJ1A 1JTPL 2LZTA 1OUCA 1LSGA 2LYOA 1YIKA 2FBDA 3AB6A 2ZNWY 1B9OA 1KXXA 1LMAA 1LYZA 1NKHA 4WLTA 1LHLA 1I1ZA 4G4BA 3CT0A 4WM3A 3W6BA 134LA 2BQLA 4H9IA 1QSWA 1WQOA 1QSAA 5KXTA 3WULA 2HTXA 2Z38A 1W08A 1LPIA 1GXXA 1IC4Y 1LYSA 3WU8A 5IDDA 1EL1A 1GB9A 3A3RX 1BVKC 1C43A 3BKHA 3P66A 1LSZA 4C3WA 3TMUA 4ZEEA 2YBHA 1LSAA 3WPKA 1LCNA 1GAZA 4NGJA 4XYYA 1IWYA 3MGWA 1UA6Y 2HEBA 3T36A 2G4NA 1HNLA 1LSCA 1N4FA 5HMJA 4R0FA 3LYOA 3LN2A 1WQMA 4B1AA 5LVGA 1VDQA 5C6IA 2CJLA 1KIPC 1VAUA 4RLNA 1A4VA 1CKHA 1H87A 1KIQC 3B0KA 3B0OA 5KXRA 1GFEA 4NHQA 4I8SA 4OWAA 1IC5Y 1ALCA 4H9AA 2BPUA 4II8A 5K7OA 4LYTA 4GCBA 4H90A 1HEQA 4DD3A 2I26L 4RDSA 3AZ5A 3RZ4A 4KXIA 4TTDA 1J1XY 208LA 2Z19A 1BVXA 1LKSA 2HEAA 1LSBA 1IOCA 1JHLA 1HFXA 5I54A 3A96A 4MR1A 1BB5A 1O23A 3AGHA 4DD0A 1J1PY 3A6CY 3TXGA 3CQLA 4D9ZA 3IWRA 4YEOA 1G7IC 9LYZA 3A92A 3EBAB 5ILFA 3W3EA 1C46A 3WUMA 4BADA 4TX7A 4DDBA 2B5ZA 3P4ZA 1LAAA 1WTMA 1B5VA 1GF0A 2CGIA 1IIZA 1LZYA 4H9EA 3AZ7A 5KJ9A 2A7DA 4N5RA 4A7DA 2DQCY 4XJIA 1QDTA 1CKDA 2D6BA 2ZYPA 3VWOA 5D5FA 2F2NA 1LHMA 1WTNA 4NFVA 4ETEA 4ML7A 1HSXA 4LYMA 1GE0A 1HSWA 1JKBA 2XTHA 3ZVQA 1TDYA 4J7VA 4ETCA 2W1XA 1ZVHL 3WPJA 5I4XA 5HMVA 4NGIA 1HFYA 1XFPL 4PJ2C 4WMGA 1GB5A 5B05A 2DQHY 4OWEA 5F81A 1IP5A 1LJNA 4CJ2A 1GF7A 1LZ8A 1FLQA 1SLYA 3TXBA 4KL7A 1B5ZA 2ZIJA 4W94A 1YAMA 1VDSA 3AZ4A 2G4PA 2XJWA 1LZNA 4OOOA 3ULRA 1XGRC 1EQEA 4P2EA 1G7MC 1HHLA 1JIYA 1LMOA 2I25L 1D0KA 1NDGC 2AUBA 2MEIA 5AMYA 5LYTA 5APEA 1V7TA 4ANRA 4RW2A 1FDLY 4HJYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BS7A 4H9BA 5F16A 1V7SA 1D3MA 1L65A 3DN6A 2RAZX 2B73A 1WTHA 2EQLA 4XJFA 3W6AA 5KXMA 2L78A 1GF6A 4XENA 2BLYA 1BWHA 1P7SA 144LA 3A3QA 3DN1A 4OWBA 1FLUA 4DC4A 1DPXA 1XJUA 4NSJA 1OVJA 4EKSA 4EKQA 1LZ4A 1UIEA 3CDVA 4W54A 4S0WA 4DWXA 1QT6A 1CV4A 199LA 137LA 1GB3A 4NG8A 1QIOA 3F9LA 4DD1A 2HUKA 1DI5A 243LA 1G7JC 1P64A 3HFMY 2Q9EA 2A7FA 1L06A 1PZYA 5B59A 1XEIA 2B7XA 2BQHA 5FSTA 1SSWA 1YAPA 1C45A 1ZURA 1JITA 1L54A 1L68A 2HEFA 4XJDA 3C7WA 1I20A 4NGZA 1L95A 3WU7A 1OVHA 2XBRA 4ARPA 1GFVA 1REXA 4WG1A 1LMQA 1RJCB 200LA 4YXCA 4NGOA 1HFZA 1L94A 4H9CA 5LXWA 1GFUA 1FLWA 1BB6A 1GFGA 4HPIA 5I4WA 1OUBA 5HLLA 5B1FA 4GN5C 3M3UA 3OJPA 1G0MA 2DQAA 1CKCA 3DN0A 5KKJA 1L88A 1L59A 156LA 4EMNA 6LYTA 4DQ7A 2ANVA 1IOSA 3G3XA 1GBYA 1RE2A 1LZRA 127LA 5HNLA 5KY1A 1LZTA 176LA 3QY4A 4Z98A 188LA 1XEJA 1LW9A 1L16A 1C63A 1L32A 5FCPA 3ODUA 1CU0A 1GB8A 1LOZA 1LYJA 1L37A 7LYZA 1HF4A 2Z18A 4N1EI 4ARJA 3CT5A 1FN5A 1WQPA 4GCFA 1G0JA 2O79A 2CWIA 1LMCA 196LA 183LA 1C6DA 1DKKA 4LT2A 235LA 2DQEY 1A2YC 3C8RA 1C6BA 3FADA 1FKVA 1L39A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B2K A;  4BS7 A;  1HER A;  4H9B A;  1KIR C;  4N0J A;  4M6D A;  1OUD A;  1MEL L;  3WUA A;  5F16 A;  2EIZ C;  1V7S A;  4PRQ A;  1NDM C;  5LYZ A;  3IJV A;  3TXF A;  1ZVY B;  2CDS A;  5APD A;  4U3X B;  1LSY A;  5E9R A;  3A6B Y;  2MEF A;  1LSN A;  2EQL A;  4XJF A;  4LT1 A;  3W6A A;  5KXM A;  1IX0 A;  1GF6 A;  4XEN A;  4DD2 A;  5A3E A;  4HTN A;  1UBZ A;  3J6K A;  6LYT A;  1DI4 A;  5FEL A;  2BLY A;  1BWH A;  3A3Q A;  3WUN A;  3TXJ A;  4NIJ A;  1IOQ A;  3CT1 A;  4OWB A;  5T3F A;  1FLU A;  3KAM A;  4DC4 A;  2HUB A;  1DPX A;  3AYQ A;  1G7H C;  4NSJ A;  1HEM A;  3ZVQ B;  1Z55 A;  1LZ4 A;  1JKC A;  5IEL A;  1UIE A;  4DWX A;  1B7N A;  4H9F A;  1GE4 A;  5LVI A;  5FHW A;  4YEN A;  3F6Z A;  1GBO A;  2C8P A;  5ILC A;  5KXW A;  1BWJ A;  5KXX A;  2IHL A;  1GB3 A;  1LSD A;  4BAP A;  207L A;  4NG8 A;  1QIO A;  2DQJ Y;  4NSG A;  4DD1 A;  1B7O A;  4PPO A;  4J0L A;  2DBT A;  2Q0M X;  1B7L A;  1IWZ A;  1GB7 A;  4TWS A;  1B5X A;  1DI5 A;  1IOR A;  5KKI A;  1HEW A;  1GFH A;  1LZS A;  1WQQ A;  2BQM A;  1YQV Y;  1G7J C; 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 4I8S A;  4OWA A;  1IC5 Y;  1ALC A;  4H9A A;  2BPU A;  4II8 A;  5K7O A;  4LYT A;  4GCB A;  4H90 A;  1HEQ A;  4DD3 A;  2I26 L;  4RDS A;  3AZ5 A;  3RZ4 A;  4KXI A;  4TTD A;  1J1X Y;  208L A;  2Z19 A;  1BVX A;  1LKS A;  2HEA A;  1LSB A;  1IOC A;  1JHL A;  1HFX A;  5I54 A;  3A96 A;  4MR1 A;  1BB5 A;  1O23 A;  3AGH A;  4DD0 A;  1J1P Y;  3A6C Y;  3TXG A;  3CQL A;  4D9Z A;  3IWR A;  4YEO A;  1G7I C;  9LYZ A;  3A92 A;  3EBA B;  5ILF A;  3W3E A;  1C46 A;  3WUM A;  4BAD A;  4TX7 A;  4DDB A;  2B5Z A;  3P4Z A;  1LAA A;  1WTM A;  1B5V A;  1GF0 A;  2CGI A;  1IIZ A;  1LZY A;  4H9E A;  3AZ7 A;  5KJ9 A;  2A7D A;  4N5R A;  4A7D A;  2DQC Y;  4XJI A;  1QDT A;  1CKD A;  2D6B A;  2ZYP A;  3VWO A;  5D5F A;  2F2N A;  1LHM A;  1WTN A;  4NFV A;  4ETE A;  4ML7 A;  1HSX A;  4LYM A;  1GE0 A;  1HSW A;  1JKB A;  2XTH A;  3ZVQ A;  1TDY A;  4J7V A;  4ETC A;  2W1X A;  1ZVH L;  3WPJ A;  5I4X A;  5HMV A;  4NGI A;  1HFY A;  1XFP L;  4PJ2 C;  4WMG A;  1GB5 A;  5B05 A;  2DQH Y;  4OWE A;  5F81 A;  1IP5 A;  1LJN A;  4CJ2 A;  1GF7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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