4YM8A

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Crystal structure of hen egg-white lysozyme
rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ym8A00
3WVYA 1UIDA 1LZNA 2XBSA 1EQ4A 1DI4A 1JJ1A 1LKSA 2BQMA 1YKXX 2BPUA 1QTEA 1WVVA 5HNLA 1WQRA 3A91A 4WG1A 1BHZA 5KXPA 2MEBA 1QDRA 1OUEA 4QDNA 4KPMA 4DD1A 1V7TA 2YBIA 4CFPA 5APCA 5KXOA 3ATOA 1I1ZA 1GFTA 3EMSA 1NBZC 1YAPA 5KXRA 2Z12A 1GB0A 4N1CC 1UICA 4GCCA 1RCMA 4WM5A 8LYZA 1B5XA 4Z46A 1IP1A 3AGGG 4OWAA 3P66A 4LT1A 4XJIA 1NF5A 1ALCA 3HBHA 4LYZA 1HEWA 1CKDA 4G9SA 3WH1A 2F4AA 1LOZA 1DI3A 3TXEA 3P68A 4XJHA 1GB5A 3TXHA 3BKVA 1D0MA 1XEKA 4KXIA 1CKHA 3TXDA 1NWGA 1IWXA 4N5RA 4EOFA 4ZIXA 1JIYA 4W94A 4TUNA 1HSWA 5LAGA 1F6SA 1GFRA 1LMQA 4QGZA 1B7LA 1QUTA 1G7LC 4OWHA 1IWYA 3W6AA 3LZTA 3IWRA 3EBAB 4GN5C 3W6EA 1HSXA 4IJ4A 4NG8A 1HHLA 3WUNA 3A93A 3B6LA 3WL2A 4AXTA 2CJLA 4H94A 5HMJA 1DZBX 2D4JA 4HJVA 5C6LA 1JTOL 3W6CA 4LFPA 1IOQA 3A94A 4NSHA 1AKIA 1IOCA 5KJ9A 4DD2A 1NMMA 1LJHA 2DQAA 2YBLA 2FBDA 153LA 1VEDA 1KXYA 1HNLA 2LYOA 4H90A 3KAMA 2LZ2A 1TEWA 1GB7A 3HFMY 4LYMA 5F81A 1LHIA 7LYZA 1LYZA 1G7IC 4NGOA 4GCDA 1XGRC 4OOOA 3D9AC 1CJ6A 1LJFA 2IHLA 1GFEA 2Y8PA 1CKCA 1JJ0A 4ML7A 2N5ZA 2BQGA 1IORA 2LHMA 5L3IA 1JHLA 3WVXA 1B5UA 4OOTA 4WOAA 2MEEA 4XJFA 1IWVA 1NKHA 1LZCA 1INUA 1OUDA 4B1AA 4DD7A 1JKCA 1OUHA 5KXNA 2Z2FA 4YENA 5F9UA 4C5FA 1BB3A 1V7SA 4NEBA 1GFAA 2ZIKA 3W6BA 1ZV5L 5F9XA 1IP7A 4HTKA 2EKSC 3WPJA 1A4VA 1B7MA 1REMA 3HBDA 4DDBA 1DKKA 1VDSA 4WM1A 1OUAA 1FLUA 1GF5A 2XJWA 4N1EI 5B06A 1YKYX 1BVKC 5FHWA 2BAAA 1GE1A 5LVHA 1GF6A 2HEBA 4NFVA 1WTNA 4DDCA 2D4KA 4WL6A 1XFPL 1REYA 1AT6A 4W96A 1LMNA 4CGEA 1RE2A 2C8OA 1D0KA 3CSZA 5E9RA 5B1GA 4NSIA 4ZEEA 1ZVHL 5M1YA 1G7HC 4B4JA 1GXXA 3SP3A 1BWIA 1AM7A 4I0CA 1QUSA 1LPIA 4PGJB 1Z55A 4R6CA 4WM4A 5F16A 3WW6A 4H9CA 2VB1A 2HUBA 4ETCA 3T6UA 4ET9A 1KXWA 1JEFA 2I26L 2HU1A 1YL0X 1WQOA 2W1XA 1LMCA 3TXIA 1IY3A 2X0AA 3N9AA 3W6DA 1GD6A 4ETDA 3A6BY 1IR8A 4E3UA 1BB5A 1KIRC 4NWEA 4UWVA 3A92A 1QSWA 3WULA 1GBSA 2F4GA 4RW2A 1IP4A 4PRUA 1FLQA 1JSFA 2DQHY 2ZWBA 2RSCA 1LZRA 1YROA 5DN5A 5A3EA 1LSPA 3QE8A 1GDXA 2LYMA 3WU8A 5F14A 4DYGA 1DPXA 2DQJY 1GBXA 1XGPC 1FKQA 2W1YA 4J1AA 5APFA 1UA6Y 2ZILA 4LGKA 4WL7A 3EXDA 4NHPA 3GXKA 4HJZA 5KKJA 1YL1X 3TXGA 2MEAA 2ZIJA 4IATA 1IWUA 1GBOA 1LSYA 1VATA 2Z37A 1RI8B 5B1FA 4NG1A 2H9JA 2DKVA 208LA 2DBTA 2CDSA 2DQIY 1HF4A 3LZ2A 1LYSA 5FDJA 5E4PA 4RW1A 1JPOA 2D6BA 1EQ5A 3AJNA 5HMVA 2F30A 3WMKA 4ETEA 1OUBA 4LT2A 4HSFA 1OP9B 5HQ1A 1IP2A 1GB9A 3G3BB 5HLLA 4HV2A 3QY4A 1LHKA 1FBIX 1IX0A 1GAZA 1XGUC 1DI5A 1T3PA 4GLAA 5D5FA 2NWDX 5DL9A 1BWHA 1IR7A 3W3EA 1LZ9A 2BQNA 4UWNA 1GEZA 1ZMYL 1KIPC 4OWEA 2W1MA 1LZ4A 1XEJA 2BQCA 2CGIA 3LYTA 1LJNA 5C6JA 2Z39A 1LMPA 1D9UA 4H93A 4NHQA 1UBZA 1CNSA 2D4IA 3CT5A 4MR1A 1C10A 5KXYA 1GF8A 1LZAA 5II3A 1IP6A 1MLCE 1IY4A 1VDQA 1UIAA 1LMTA 4LYBA 3WYHA 1D0LA 3M18B 1LSDA 1GFJA 1REXA 1N4FA 1LHMA 1UIEA 1LMOA 1D6PA 4M6DA 5L3HA 1IP3A 1LJEA 2MEGA 5J7CA 4XN6A 3TMVA 1WQNA 1HMKA 4DDAA 1F10A 4ETBA 1JTTL 2D91A 1VFBC 5IHGA 1B7OA 3ATNA 2Q0MX 1B5VA 4NGJA 2ZQ3A 1LAAA 1GE0A 5LVIA 1VDPA 4LT3A 1BGIA 3E3DA 1ZVYB 4WLYA 1C45A 1GXV2 3TMUA 4CJ2A 4L41A 1DXJA 1GBZA 1YKZX 1QTKA 2YVBA 3A34A 5KXTA 3CSQA 4XJGA 1WQMA 3TXJA 5LIOA 4NGVA 3WU9A 1IC5Y 1LZ8A 3RNXA 4A7DA 2DQCY 2EIZC 2FYDA 3WXTA 3LYMA 5KXXA 5FEKA 2HECA 1LZGA 1SQ2L 1GFGA 1BVXA 1YILA 1JWRA 2YBNA 1BQLY 3P64A 5HNCA 4XJDA 1B7SA 4GCEA 1F0WA 3HBEX 4TTDA 2FBBA 4II8A 3CT1A 2FYCA 2YDGA 1GFVA 1LSEA 1LZSA 1HEOA 1YAOA 1J1PY 4CHXA 4Z98A 1UIBA 5I4YA 1GB6A 2ZQ4A 4GLVA 5LA5A 1C46A 1GE2A 3ULRA 4H8YA 1T6VL 1TAYA 2DQFC 4HTNA 1DQJC 1JISA 5KXSA 132LA 4H8XA 4KT3A 3RZ4A 1W08A 3M3UA 1YAMA 1LYYA 4YF2A 3VWOA 5EBHA 3TXBA 5LYTA 1J1OY 3WXUA 1GB3A 4J0LA 4O34A 1GAYA 1GPQC 4DC4A 6LYZA 3T36A 3A96A 5KY1A 6LYTA 1LZ1A 1LZEA 1GFHA 2A7DA 1B0DA 2Z38A 2LZTA 3N9CA 3ZVQB 4H9BA 4LYOA 4WO6A 1QSAA 4G4CA 2BQKA 1TCYA 4OW1A 4XJBA 3W6FA 9LYZA 1NQIA 3A3QA 3D3DA 3AZ5A 4TSCA 4LZTA 1IEEA 4MSTA 1LCNA 4N9RA 5AMYA 3WUMA 1LZDA 1E8LA 4NGZA 4NSGA 1G7JC 2G4NA 4H1PA 4NGKA 194LA 1IC4Y 4H9FA 1B7RA 2ZYCA 3AW6A 2C8PA 1CKGA 1C43A 1B5YA 1RFPA 2YSSC 2ZNWY 1CKFA 1XGQC 3J4GA 1I56A 1HERA 1IC7Y 1IR9A 1FN5A 4I8SA 5D5CA 3WUAA 1B2KA 2MEFA 2Z19A 1GF7A 4PHIA 1OUFA 1I20A 5LVJA 3LYOA 4H9AA 5IELA 5I4WA 1GFKA 1HC0A 1IIZA 2BQIA 3G3AB 4OWCA 1GF0A 3B72A 1LHHA 3CQLA 5LXWA 1LSMA 4WO9A 4FDYA 4P2EA 1UACY 4OWBA 1LZ6A 3P4ZA 4YEMA 4CFOA 5KXZA 2MEIA 4ET8A 1NDGC 1TBYA 1VDTA 3AZ6A 1WTMA 3IJVA 5KXLA 1FLWA 4R0FA 3WU7A 1HFXA 4WM6A 1QDTA 3A90A 2EPEA 1JKDA 3ZEKA 1GF4A 4TWSA 4J7VA 1OUGA 1UUZC 1D6QA 2A7FA 3AW7A 2B5ZA 1UC0A 3OK0A 1LSAA 4N0JA 4WMGA 4QY9A 1IVMA 134LA 1HEMA 3K3TA 2BQHA 4D9ZA 1CJ8A 1PZYA 2YBHA 4DD9A 1GHLA 1GWDA 1KIQC 154LA 3TXKA 2G4PA 2BQLA 3EO5A 1JSEA 5L9JA 2BQJA 1OUIA 4C3WA 2HU3A 1HFYA 1LZBA 4NHTA 4UWUA 4WG7A 2W1LA 3RU5A 5C6IA 1NBYC 2Z18A 4RLNA 4DT3A 1VAUA 4HJYA 4NGYA 4B4EA 1J1XY 1AT5A 1IWTA 1C08C 1QQYA 1BB6A 3CB7A 2BLYA 4HV1A 1OUJA 4G49A 4YOPA 5KKIA 4DWXA 1DKJA 1LJJA 4H8ZA 4RLMA 5LVGA 1HFZA 1LSGA 3A6CY 1B9OA 5LYMA 2EQLA 1TDYA 4MCKA 3AZ4A 1JTPL 4HP0A 4U3XB 1WQQA 1YIKA 2BQEA 1LZYA 5LA8A 5LAFA 2PC2A 4GCFA 2LYZA 5KXMA 4BS7A 1GF3A 2ZNXY 1FDLY 1H6MA 1LSBA 3AGHA 1O23A 4RDSA 1LZ5A 4PPOA 1OQMA 1UCOA 3J6KA 5FELA 2BQBA 3AYQA 1XGTC 1GE4A 3AZ7A 2CWIA 2HTXA 3RT5X 2DQEY 1GFUA 1WVUA 1LSNA 4GCBA 4PJ2C 4EMNA 5A3ZA 4IASA 1HEPA 5I4XA 1B5WA 4NWHA 1FKVA 2HEFA 1LJ4A 1C7PA 5LVKA 1F6RA 4Z41A 3CT0A 5K7OA 4J1BA 3AGIA 1UIFA 1OUCA 1B7PA 1IWWA 1JKAA 1LTMA 5B07A 4M4OA 5LYZA 4PRQA 3IJUA 1GDWA 2MECA 1JITA 4BAPA 5DM9A 1B7NA 1BB7A 1GB8A 1LJ3A 5APDA 4H9IA 3ZVQA 4FJRA 4LT0A 4TX7A 2IFFY 4DD0A 4AGAA 1JUGA 1LHLA 4X3BA 3A3RX 4WLTA 1HEQA 1LYOA 4H9HA 1EL1A 3TMWA 1REZA 1MELL 4HPIA 2DQDY 2BLXA 4NSJA 2HEDA 5I53A 5FCPA 1HELA 3FI7A 2AUBA 1YANA 1NHEA 4H91A 4NY5A 4WLXA 3F6ZA 1LZTA 4GN3A 2I25L 4Z3MA 1GB2A 1LSCA 2BQDA 4HTQA 1IO5A 207LA 1NDMC 5T3FA 1QIOA 4ANRA 4YEOA 1GBYA 1GE3A 3A67Y 3MGWA 2MEHA 4WLDA 4YM8A 1CJ7A 4TSBA 1XSFA 2F2NA 3B0KA 3LYZA 4HPEA 1IOTA 1BWJA 3B0IA 3WPKA 1LKRA 4B0DA 4DD3A 5IDDA 2H5ZA 5I54A 1GBWA 2BQFA 2DQGY 5ILCA 3OJPA 4G4BA 1BB4A 1GEVA 1UIHA 4H9EA 4LFXA 3WW5A 2XBRA 5LINA 4LYTA 2H9KA 3TMXA 4BADA 2BQOA 4WM3A 3B0OA 2YBJA 1EQEA 1B7QA 1LJIA 4WM2A 3LHMA 1W6ZA 1PS5A 1LMAA 5APEA 4QEQA 3RW8A 1FLYA 2BQAA 1P2CC 1XEIA 4H92A 4XYYA 3P65A 1IOSA 4LYCA 3AB6A 1LHJA 1HENA 5I5QA 4XENA 4NHSA 5KXWA 4GN4A 3LN2A 1DPWA 1JKBA 4ZFPA 4B4IA 1LJKA 5DN4A 4B49A 1IP5A 1YAQA 4NGIA 1A2YC 1B5ZA 5ILFA 1LSFA 3N9EA 4XADA 1WQPA 5B05A 5DLAA 4NGWA 2HEAA 4ETAA 2ZYPA 1LSZA 4BAFA 5KXKA 2MEDA 3FE0A 3TXFA 2I6ZA 3QNGA 1HMLA 4KL7A 3BKHA 1H87A 1RJCB 5B59A 135LA 1AZFA 5FSTA 1YQVY 1UIGA 4NGLA 4NHIA 4NIJA 2GV0A 1JJ3A 1GF9A 1KXXA 1IWZA 1LJGA 2WARA 2G4QA 2HEEA 2Z2EA 3A8ZA 1SLYA 133LA 3CSRA 3GXRA 193LA 1G7MC 3WPLA 5JENB 1CJ9A 4G4HA 4N8ZA 2XTHA 2YBMA 3A95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WVYA 1UIDA 2XBSA 4YXCA 1L70A 1EQ4A 1LKSA 2BQMA 2BPUA 1P5CA 3GULA 1BHZA 4WG1A 1L07A 1OUEA 232LA 1QUDA 150LA 3SB5A 4OWAA 4G9SA 1CKDA 1LOZA 1L74A 3GUKA 4N5RA 1QUTA 1L45A 1L05A 3RZEA 3LZTA 3IWRA 3EBAB 4GN5C 3W6EA 4I7MA 3WUNA 3WL2A 4ZPUA 4AXTA 4H94A 245LA 1SX2A 1DZBX 3W6CA 4LFPA 4EKPA 1IOCA 4DD2A 1NMMA 2YBLA 3DKEX 153LA 1HNLA 5F81A 1DYGA 1LYZA 5LZMA 1CU5A 1CU2A 128LA 2OEAX 2N5ZA 3WVXA 3OE0A 3G3XA 1IWVA 1NKHA 104LA 110LA 1OUHA 144LA 2ZIKA 1L47A 1L96A 3HUQA 1L25A 1FLUA 1GF5A 1C6FA 1GF6A 2HEBA 4DDCA 1AT6A 1G0PA 4NSIA 4ZEEA 4I7NA 1LI6A 5M1YA 1BWIA 4PGJB 5F16A 4ETCA 3HT6A 2VB1A 3T6UA 151LA 2HU1A 2B7XA 4RW2A 4PRUA 1JSFA 1L75A 1L19A 1GDXA 1DPXA 2F32A 5APFA 2ZILA 4WL7A 5KKJA 3TXGA 1K28A 3CDOA 3GUPA 224LA 5B1FA 2H9JA 1OVKA 3LZ2A 5FDJA 4RW1A 3DMVA 1OVJA 2B6XA 3WMKA 1L30A 2RB1X 4HSFA 1OP9B 5HQ1A 1GB9A 1G0GA 1IX0A 1GAZA 4GLAA 1LGXA 1IR7A 3W3EA 2W1MA 1LZ4A 3LZMA 5C6JA 4MR1A 2D4IA 1C10A 5KXYA 1GF8A 191LA 5II3A 1G0MA 1VDQA 3WYHA 1D0LA 1LSDA 1GFJA 1CV4A 1LMOA 1LJEA 4I7RA 3TMVA 1HMKA 1L80A 1B7OA 3ATNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WVY A;  1UID A;  1LZN A;  2XBS A;  1EQ4 A;  1DI4 A;  1JJ1 A;  1LKS A;  2BQM A;  1YKX X;  2BPU A;  1QTE A;  1WVV A;  5HNL A;  1WQR A;  3A91 A;  4WG1 A;  1BHZ A;  5KXP A;  2MEB A;  1QDR A;  1OUE A;  4QDN A;  4KPM A;  4DD1 A;  1V7T A;  2YBI A;  4CFP A;  5APC A;  5KXO A;  3ATO A;  1I1Z A;  1GFT A;  3EMS A;  1NBZ C;  1YAP A;  5KXR A;  2Z12 A;  1GB0 A;  4N1C C;  1UIC A;  4GCC A;  1RCM A;  4WM5 A;  8LYZ A;  1B5X A;  4Z46 A;  1IP1 A;  3AGG G;  4OWA A;  3P66 A;  4LT1 A;  4XJI A;  1NF5 A;  1ALC A;  3HBH A;  4LYZ A;  1HEW A;  1CKD A;  4G9S A;  3WH1 A;  2F4A A;  1LOZ A;  1DI3 A;  3TXE A;  3P68 A;  4XJH A;  1GB5 A;  3TXH A;  3BKV A;  1D0M A;  1XEK A;  4KXI A;  1CKH A;  3TXD A;  1NWG A;  1IWX A;  4N5R A;  4EOF A;  4ZIX A;  1JIY A;  4W94 A;  4TUN A;  1HSW A;  5LAG A;  1F6S A;  1GFR A;  1LMQ A;  4QGZ A;  1B7L A;  1QUT A;  1G7L C;  4OWH A;  1IWY A;  3W6A A;  3LZT A;  3IWR A;  3EBA B;  4GN5 C;  3W6E A;  1HSX A;  4IJ4 A;  4NG8 A;  1HHL A;  3WUN A;  3A93 A;  3B6L A;  3WL2 A;  4AXT A;  2CJL A;  4H94 A;  5HMJ A; 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 1QIO A;  4ANR A;  4YEO A;  1GBY A;  1GE3 A;  3A67 Y;  3MGW A;  2MEH A;  4WLD A;  4YM8 A;  1CJ7 A;  4TSB A;  1XSF A;  2F2N A;  3B0K A;  3LYZ A;  4HPE A;  1IOT A;  1BWJ A;  3B0I A;  3WPK A;  1LKR A;  4B0D A;  4DD3 A;  5IDD A;  2H5Z A;  5I54 A;  1GBW A;  2BQF A;  2DQG Y;  5ILC A;  3OJP A;  4G4B A;  1BB4 A;  1GEV A;  1UIH A;  4H9E A;  4LFX A;  3WW5 A;  2XBR A;  5LIN A;  4LYT A;  2H9K A;  3TMX A;  4BAD A;  2BQO A;  4WM3 A;  3B0O A;  2YBJ A;  1EQE A;  1B7Q A;  1LJI A;  4WM2 A;  3LHM A;  1W6Z A;  1PS5 A;  1LMA A;  5APE A;  4QEQ A;  3RW8 A;  1FLY A;  2BQA A;  1P2C C;  1XEI A;  4H92 A;  4XYY A;  3P65 A;  1IOS A;  4LYC A;  3AB6 A;  1LHJ A;  1HEN A;  5I5Q A;  4XEN A;  4NHS A;  5KXW A;  4GN4 A;  3LN2 A;  1DPW A;  1JKB A;  4ZFP A;  4B4I A;  1LJK A;  5DN4 A;  4B49 A;  1IP5 A;  1YAQ A;  4NGI A;  1A2Y C;  1B5Z A;  5ILF A;  1LSF A;  3N9E A;  4XAD A;  1WQP A;  5B05 A;  5DLA A;  4NGW A;  2HEA A;  4ETA A;  2ZYP A;  1LSZ A;  4BAF A;  5KXK A;  2MED A;  3FE0 A;  3TXF A;  2I6Z A;  3QNG A;  1HML A;  4KL7 A;  3BKH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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