5C6JA

Crystal structure of gadolinium derivative of hewl solved using free-electron laser radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Towards phasing using high X-ray intensity.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5c6jA00
1RJCB 3B72A 4OWBA 1LMOA 5APDA 4ET8A 1LZCA 3EMSA 1I56A 2YDGA 2ZIKA 1CJ8A 3AZ4A 3WU7A 1LZTA 2VB1A 4NHPA 1D9UA 2DQCY 4N8ZA 5HNCA 2MEAA 1REXA 1NWGA 1TEWA 6LYZA 4XENA 5LAGA 1F6SA 2F30A 1OUHA 4RLNA 1SQ2L 3CQLA 4MCKA 6LYTA 4QGZA 3WPKA 3A93A 4TUNA 1XGQC 1EQEA 1LKRA 4DD9A 1F10A 4R0FA 1YKYX 2Z38A 3P68A 2C8OA 1W08A 1YKXX 4GCBA 1B0DA 4H9IA 4CGEA 1JEFA 1UC0A 4G4HA 1CJ9A 1IP1A 1LZDA 5KXZA 4B4IA 5LVJA 1LZBA 4E3UA 1XEJA 5KXRA 1CKGA 5I53A 5LXWA 3A94A 5I4XA 4YF2A 4HPIA 3TXFA 1B7PA 2DQAA 4KPMA 5KXNA 4PHIA 4DWXA 2Y8PA 3D3DA 5FSTA 1JJ3A 2G4NA 1RI8B 2LZTA 4H8XA 4TX7A 4UWUA 3B0IA 1FKQA 4W94A 3CT5A 1AKIA 2XBSA 4WOAA 1LMQA 3AB6A 5KKIA 4QDNA 1G7IC 4LFPA 3AZ5A 4NG8A 4OWEA 4DDAA 1GB6A 1QUTA 5FCPA 3W6EA 1DQJC 1IWYA 1CKHA 2D91A 4G9SA 3WVYA 1LZRA 1LCNA 3AJNA 4BAPA 4GCCA 4GN5C 3KAMA 4WLXA 1GBYA 1I20A 2ZYPA 1OP9B 2HEAA 2RSCA 1BB6A 1RE2A 4H9BA 4WM1A 4WM6A 1B7QA 1ZVYB 8LYZA 3WMKA 5J7CA 2ZQ4A 1N4FA 3WW5A 2B5ZA 4H8YA 1XFPL 4LYTA 4N1EI 3FI7A 3IWRA 1JSEA 3OK0A 1CJ6A 1HF4A 2ZWBA 1IY3A 1LHIA 3B6LA 5FELA 5KJ9A 4RW1A 1UBZA 3ZEKA 1IWZA 3P65A 1LKSA 4II8A 1HFYA 4I8SA 4WL6A 3W6AA 2WARA 4R6CA 4XJIA 1G7LC 2YBMA 1JPOA 1GBSA 4HJVA 1LHKA 4PPOA 1IP7A 4ETAA 3M18B 4HSFA 4ETCA 3BKVA 1LPIA 1GHLA 4AXTA 3WUAA 4YM8A 2H5ZA 1HELA 3HBDA 1GE3A 1D6QA 1TCYA 1XEKA 2BQLA 1WTMA 4ETBA 1QSWA 208LA 3A96A 1CKFA 2DQHY 2EQLA 1WQRA 3J6KA 2Z19A 4X3BA 4BS7A 4CFOA 4AGAA 3LHMA 3LYMA 1VFBC 4LYBA 1GB0A 5ILCA 4DYGA 1PZYA 3ATNA 1IEEA 5EBHA 1LZYA 5DM9A 2BQBA 2ZIJA 2F4AA 2Z2FA 3K3TA 4LYCA 4WO9A 3CSQA 4LT1A 1J1OY 2D6BA 2YBJA 2Z2EA 5KXXA 5B07A 4UWVA 4M6DA 1T6VL 4DD2A 4GN3A 4B1AA 1FN5A 3WW6A 1LJIA 2A7DA 1LSAA 1YAQA 1IP5A 1WTNA 1YL1X 1B7SA 1BB3A 5C6IA 4NWHA 2XBRA 4NGLA 4NSJA 3N9AA 3TMWA 2D4KA 1GFEA 1HC0A 1LSCA 2NWDX 2XJWA 5FDJA 3GXRA 4HPEA 1WQQA 1IWUA 1D6PA 4NG1A 4PJ2C 1LZ8A 5C6JA 1QDTA 2BQFA 1GB7A 4A7DA 4ANRA 1UIFA 4QY9A 2GV0A 1JKDA 5APEA 5L3IA 4L41A 3A6BY 4B4JA 1TBYA 4NHSA 3TXEA 1XGUC 3WXUA 1IOQA 2X0AA 1DI4A 2D4JA 4LFXA 2FBDA 5LVHA 4UWNA 1FBIX 4IATA 1GB8A 1ZVHL 3RT5X 3WYHA 4H93A 1LZ1A 3B0OA 4RW2A 2Z12A 1BWJA 4WMGA 4YEMA 4NGIA 2ZNWY 5B06A 4NY5A 134LA 3W6CA 1VEDA 3HBEX 4YOPA 4B4EA 1JWRA 2EIZC 1WVUA 2W1LA 1INUA 3ATOA 1OUCA 3A67Y 1A2YC 1C7PA 1GXV2 1W6ZA 1OUAA 1E8LA 1HEMA 3A90A 1NDMC 193LA 5KXLA 5F16A 1OUFA 3HBHA 1HSXA 1JKAA 4GCEA 4HP0A 4TWSA 3AW7A 1FLUA 1IR9A 1Z55A 5II3A 1NHEA 5APCA 1GBOA 1B9OA 1MLCE 3WU8A 1KIQC 3WUMA 3TMXA 1BGIA 1JKBA 1OUJA 5HLLA 1IR8A 5I54A 3TMVA 5KXMA 1LMCA 1SLYA 2YBHA 1J1XY 5KXSA 1BB7A 1DI3A 3A92A 3OJPA 4TSBA 4NSIA 3RU5A 1LSGA 1VAUA 4ZFPA 3A95A 1HFXA 3AGGG 3WPLA 1GF5A 3QNGA 5B59A 1GFKA 1UUZC 2YSSC 5LA5A 1GAZA 1YL0X 1J1PY 4XADA 4WLDA 1LSFA 1IWWA 1GFTA 5FEKA 1BVKC 3WVXA 5APFA 1C10A 1QDRA 2MEDA 3W6FA 1LJFA 5LIOA 1LMAA 4ETEA 1UACY 5DN4A 1GB2A 1WQPA 1D0MA 1LAAA 1LJ4A 2BQJA 1FKVA 2BQHA 4NHQA 1GBXA 4NGOA 5IDDA 5KXWA 1UIBA 1JSFA 1DKJA 1IP4A 1GFHA 4YENA 4OOOA 2HEBA 4G4BA 132LA 1CKDA 1C46A 4H9HA 1UIGA 1NF5A 4O34A 2HU1A 1RCMA 1PS5A 1C45A 1IWXA 2DQGY 1H6MA 2MEIA 4U3XB 1UCOA 2I25L 4LYMA 5KXOA 4TSCA 2MEHA 3A3RX 4GLVA 1O23A 2MECA 4W96A 5I5QA 4NGZA 5LVKA 5HMVA 5K7OA 2FYCA 3TMUA 3TXIA 4DDBA 1QTKA 3N9EA 1HMKA 1QUSA 1JKCA 1GD6A 1NBYC 4OWAA 1B7OA 4GLAA 2IFFY 4DD7A 4BADA 1JTOL 3E3DA 5KKJA 4KL7A 5FHWA 3P4ZA 1GBZA 207LA 3A34A 3AZ6A 5LYZA 1B5ZA 3WPJA 5I4YA 7LYZA 1YAMA 1GXXA 1GF6A 1REMA 2I6ZA 4B49A 1UIEA 3W6DA 1B5XA 1C43A 1LYSA 1YILA 3LZ2A 1ALCA 5HMJA 4C3WA 4H9FA 1G7MC 2BQNA 3RZ4A 1HEWA 2C8PA 2HTXA 3T36A 1CKCA 4OW1A 1LSBA 1TAYA 3CT1A 4ML7A 1GEZA 2YVBA 4IASA 2G4QA 2YBIA 4KT3A 1H87A 2HUBA 1WQMA 5DLAA 5B05A 3TXBA 1LSNA 1HEOA 1LHLA 1IVMA 1GE1A 2H9KA 3MGWA 4NGJA 1WVVA 2LYZA 2HU3A 4N5RA 1GEVA 4NSGA 1BVXA 1JJ1A 4XJGA 3TXKA 4M4OA 2DQJY 4HV2A 1LSPA 2CWIA 5DL9A 1GF3A 1HEQA 4LGKA 1IORA 4ETDA 4FDYA 2BQKA 1LJJA 4PRQA 1LMPA 3QE8A 3TXGA 5KXTA 4G49A 1WQNA 3AGIA 1GWDA 2MEFA 1EQ4A 3M3UA 4DC4A 4NHTA 5B1FA 1LSDA 1XGRC 1YKZX 3QY4A 2H9JA 1C08C 3LYZA 5E4PA 4HJZA 4DT3A 4FJRA 5LVIA 1IWVA 1GB9A 2CDSA 2Z18A 5JENB 5M1YA 1UICA 1NQIA 4H91A 4N1CC 1GDWA 1HNLA 1LTMA 1ZV5L 1LMNA 2BAAA 1OUEA 2BQDA 4EMNA 154LA 1GPQC 1LZEA 4J1AA 1IC7Y 3SP3A 5IELA 1DKKA 1GF7A 1LMTA 1BWIA 1IOTA 3AZ7A 5DN5A 1IOCA 4ET9A 1IO5A 1GE2A 1B5YA 1FLYA 1GE4A 2HECA 4NGKA 5F9XA 1B7RA 5LAFA 3VWOA 4EOFA 1GE0A 4XJFA 1HFZA 4NHIA 4TTDA 4WLYA 1JTPL 3WUNA 3LN2A 194LA 3WH1A 4G4CA 2HEEA 4HV1A 1LZNA 4XYYA 1F6RA 4H9EA 4WL7A 3P64A 4WM4A 1REZA 1YAPA 4WLTA 1YANA 2ZYCA 3J4GA 1OUGA 1DPXA 2LYOA 1XSFA 4ZIXA 1GF0A 4H1PA 1AM7A 5LYMA 1QQYA 3CT0A 4J0LA 1BB4A 1TDYA 1LJHA 2BQMA 4IJ4A 5KXKA 2CGIA 1LZSA 1GBWA 1LJNA 5E9RA 1LJGA 5LVGA 2F4GA 4C5FA 9LYZA 5A3ZA 4PRUA 1CNSA 1XGPC 4NIJA 1BWHA 2Q0MX 1P2CC 2W1MA 1IY4A 1KXWA 153LA 1F0WA 4ZEEA 1WQOA 3CSRA 1B7LA 1VDQA 4NFVA 5LA8A 4N0JA 5T3FA 3EBAB 4WM2A 1B2KA 3D9AC 4HTNA 1OUBA 3LYOA 1BB5A 3A8ZA 2ZILA 1HENA 3LYTA 4WO6A 3EO5A 1LJEA 1GB3A 5KXPA 4NGVA 2DBTA 2BLXA 1YQVY 2IHLA 5IHGA 1B5VA 1HEPA 1IP3A 1QSAA 4WG7A 2BQAA 2DQEY 4MR1A 3W6BA 1AT6A 1B5UA 1LSEA 2MEEA 2W1YA 4DD0A 2YBNA 1G7JC 1KIRC 4XJDA 5F9UA 5D5FA 4H9AA 3TXDA 1DZBX 1NKHA 5A3EA 1JTTL 1OUIA 3CSZA 1KIPC 1LYOA 4GCFA 4OWCA 3BKHA 3ZVQA 5F81A 5L9JA 3AGHA 3G3BB 3TXHA 2A7FA 1BQLY 1V7TA 2XTHA 2ZQ3A 5LYTA 1AT5A 4HJYA 3RNXA 1FLWA 4CHXA 4Z46A 1IC4Y 1VDSA 2BQEA 1T3PA 4MSTA 1VDTA 2YBLA 2PC2A 1REYA 1JUGA 1GAYA 1LHJA 3A6CY 1IWTA 1GFJA 1I1ZA 1OUDA 133LA 3LZTA 2BQCA 1BHZA 2DQIY 2LYMA 4RDSA 1JJ0A 3A3QA 2BPUA 1LYZA 1VDPA 4H8ZA 1JISA 2FBBA 1LHHA 4D9ZA 4NSHA 1LZGA 2CJLA 5AMYA 4NGYA 1XEIA 1GDXA 1RFPA 1HHLA 3WL2A 4BAFA 5LINA 2EKSC 1LZ6A 2AUBA 1A4VA 2DQDY 4Z98A 2MEBA 2LHMA 1G7HC 4LZTA 1V7SA 1IP2A 4OOTA 1LHMA 1D0LA 1LSZA 1B7MA 1NMMA 4LT2A 1GB5A 4RLMA 1IX0A 4WM3A 3T6UA 4LT3A 2BQOA 4YEOA 2MEGA 5HQ1A 5D5CA 4LYOA 4B0DA 1HERA 1QTEA 1DI5A 1IIZA 1D0KA 2I26L 4HTQA 3ZVQB 1LJKA 3A91A 1B5WA 1LYYA 1UA6Y 4NEBA 3G3AB 5KXYA 4NWEA 4CFPA 1IP6A 1KXYA 2DKVA 3IJVA 3WU9A 4H94A 1LJ3A 4HTKA 4XJHA 1EQ5A 1ZMYL 4H9CA 3GXKA 2D4IA 5HNLA 1NDGC 4LT0A 1LSYA 3TXJA 4Z3MA 2N5ZA 1LZAA 1LOZA 3P66A 4NGWA 3AW6A 135LA 3N9CA 4PGJB 3W3EA 1GF9A 1GF4A 1DXJA 1UIAA 4DDCA 1HSWA 4H90A 5B1GA 1GFGA 4I0CA 1KXXA 1JIYA 4J1BA 3WULA 1LZ4A 1IR7A 1YAOA 1LZ5A 1HMLA 1JHLA 2BLYA 3ULRA 4GN4A 1IOSA 5KY1A 1IC5Y 2FYDA 2HEDA 5I4WA 3RW8A 4KXIA 3CB7A 1CJ7A 4XJBA 2F2NA 1GFUA 1EL1A 1UIHA 1AZFA 1LSMA 3WXTA 3IJUA 2DQFC 3B0KA 2LZ2A 4J7VA 1YROA 4P2EA 4WM5A 2Z37A 2W1XA 1NBZC 2G4PA 3HFMY 4N9RA 4QEQA 1OQMA 1DPWA 1FLQA 1YIKA 4DD3A 3F6ZA 1GFRA 5ILFA 2HEFA 1GFVA 1LZ9A 4H92A 5C6LA 4GCDA 1QIOA 1VATA 2EPEA 2ZNXY 4OWHA 4Z41A 5F14A 1FDLY 1B7NA 1GF8A 3FE0A 4XN6A 1MELL 1XGTC 5L3HA 1JITA 3EXDA 2BQIA 1GFAA 4LYZA 4DD1A 2BQGA 4CJ2A 1UIDA 2Z39A 3AYQA 4WG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMOA 3EMSA 2YDGA 2ZIKA 1LZTA 1D2YA 1G0MA 4N8ZA 2MEAA 1NWGA 147LA 2HUKA 1OUHA 1L82A 4RLNA 4MCKA 3HUQA 1L0KA 3A93A 1LKRA 4DD9A 1LPYA 6LZMA 1YKXX 186LA 1JEFA 1L25A 1CJ9A 1LZDA 180LA 1LZBA 5KXRA 4ARPA 259LA 1D3MA 1JJ3A 3B0IA 1AKIA 142LA 4DDAA 1C6BA 183LA 1DQJC 115LA 3DN4A 118LA 3AJNA 3G3VA 3NYAA 4WLXA 4WM1A 2O79A 155LA 1L08A 5J7CA 3WW5A 3FI7A 1CV0A 3P65A 3OE9A 1L28A 4WL6A 1GBSA 3M18B 4HSFA 1LGWA 4ETCA 1L92A 1LWGA 2H5ZA 1XEKA 1EPYA 216LA 1KW7A 3A96A 1L37A 3LYMA 3RZEA 2RBPA 4DYGA 1PZYA 250LA 258LA 2BQBA 2ZIJA 4ARJA 1L48A 3DMXA 3CSQA 2Z2EA 5B07A 4DD2A 4B1AA 1FN5A 1L15A 137LA 1WTNA 1LYJA 1BB3A 5C6IA 4NWHA 2XBRA 3DN6A 2NWDX 2XJWA 3GXRA 161LA 1WQQA 1IWUA 1D6PA 4PJ2C 2GV0A 1JKDA 4L41A 1TBYA 3TXEA 1XGUC 5LVHA 3RT5X 4H93A 5LZMA 3B0OA 2Z12A 205LA 5B06A 134LA 3C7YA 3HBEX 4B4EA 1L96A 2EIZC 3FI5A 3A67Y 1LLHA 4EPFA 1HEMA 1NDMC 3HBHA 1B6IA 1JKAA 1L07A 1FLUA 1L14A 3C7ZA 1GBOA 1B9OA 1L51A 3FA0A 3WU8A 1CV6A 1OUJA 1J1XY 3D4SA 1BB7A 3OJPA 3RU5A 4ZFPA 3AGGG 3WPLA 1GF5A 1YL0X 1J1PY 1LSFA 1IWWA 3GUIA 5FEKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RJC B;  3B72 A;  4OWB A;  1LMO A;  5APD A;  4ET8 A;  1LZC A;  3EMS A;  1I56 A;  2YDG A;  2ZIK A;  1CJ8 A;  3AZ4 A;  3WU7 A;  1LZT A;  2VB1 A;  4NHP A;  1D9U A;  2DQC Y;  4N8Z A;  5HNC A;  2MEA A;  1REX A;  1NWG A;  1TEW A;  6LYZ A;  4XEN A;  5LAG A;  1F6S A;  2F30 A;  1OUH A;  4RLN A;  1SQ2 L;  3CQL A;  4MCK A;  6LYT A;  4QGZ A;  3WPK A;  3A93 A;  4TUN A;  1XGQ C;  1EQE A;  1LKR A;  4DD9 A;  1F10 A;  4R0F A;  1YKY X;  2Z38 A;  3P68 A;  2C8O A;  1W08 A;  1YKX X;  4GCB A;  1B0D A;  4H9I A;  4CGE A;  1JEF A;  1UC0 A;  4G4H A;  1CJ9 A;  1IP1 A;  1LZD A;  5KXZ A;  4B4I A;  5LVJ A;  1LZB A;  4E3U A;  1XEJ A;  5KXR A;  1CKG A;  5I53 A;  5LXW A;  3A94 A;  5I4X A;  4YF2 A;  4HPI A;  3TXF A;  1B7P A;  2DQA A;  4KPM A;  5KXN A;  4PHI A;  4DWX A;  2Y8P A;  3D3D A;  5FST A;  1JJ3 A;  2G4N A;  1RI8 B;  2LZT A;  4H8X A;  4TX7 A;  4UWU A;  3B0I A;  1FKQ A;  4W94 A;  3CT5 A;  1AKI A;  2XBS A;  4WOA A;  1LMQ A;  3AB6 A;  5KKI A;  4QDN A;  1G7I C;  4LFP A;  3AZ5 A;  4NG8 A;  4OWE A;  4DDA A;  1GB6 A;  1QUT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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