5HLLA

Re-refinement of 4g4a: room-temperature x-ray diffraction study of cisplatin and its binding to his15 of hewl after 14 months chemical exposure in the presence of dmso.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Re-refinement of 4g4a: room-temperature X-ray diffraction study of cisplatin and its binding to His15 of HEWL after 14 months chemical exposure in the presence of DMSO.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hllA00
1LSMA 4D9ZA 1NWGA 2BQGA 1IX0A 1REMA 4NFVA 1D0LA 1OUFA 5F16A 4GCCA 4ANRA 3W6DA 1BB7A 2H9JA 4CGEA 1NKHA 1QQYA 1LMOA 3A94A 1HFXA 1JJ1A 1LZ8A 2ZYCA 4FJRA 4H9CA 5D5CA 4LZTA 1UIGA 4WM2A 4TSCA 2MEAA 3BKVA 1NQIA 8LYZA 5KXKA 1OUBA 1LZDA 3CSQA 1B7LA 5KXZA 3LN2A 1YAMA 3EXDA 4QGZA 4HPEA 1GB6A 4Z46A 1REXA 1WTMA 1UIEA 3G3BB 1B7NA 3GXRA 2YBLA 3P65A 2BQMA 1ZMYL 3N9AA 1XSFA 4RLNA 4RLMA 153LA 5HMJA 3LZTA 3A91A 1HFZA 1GE1A 4G4BA 1BVXA 1IORA 5ILFA 1OUEA 1LHIA 193LA 1BHZA 1LZ5A 2BQDA 2XTHA 4M6DA 1RI8B 4OWCA 4NG1A 194LA 4PRUA 4WM6A 4DD7A 1HMKA 2F4AA 2FYDA 1GF7A 4IATA 2LZTA 4G49A 4NHSA 2BQBA 5B59A 4P2EA 2ZQ3A 1LSGA 4LYOA 1LKRA 1XGQC 1OUHA 4WM3A 5JENB 5APCA 1DKKA 1AZFA 4GN5C 2HEBA 3WUMA 4LYTA 1MELL 5LVKA 5LYMA 3D9AC 3AZ6A 2Z39A 2ZYPA 3ATNA 1CKDA 4XJHA 1FDLY 3IJUA 1LZBA 5I4XA 4XJFA 1QIOA 5DN4A 1IP5A 4B49A 1LSZA 1YAQA 1F10A 4W96A 1G7LC 4AXTA 1IC4Y 1ZV5L 2BQFA 1WQPA 1QDTA 1RE2A 3WPKA 4R0FA 4N8ZA 5KXSA 1I56A 2G4NA 4WLXA 3CT5A 1PZYA 4H9IA 1VDTA 4WOAA 1BB5A 1D6QA 2NWDX 5HNLA 5KXMA 5IDDA 5KKJA 1YAPA 3M18B 4GN4A 1BWIA 1QTEA 4N1CC 4PPOA 2MEHA 1BWHA 1LJNA 4J7VA 1B7QA 1XGRC 1TAYA 1FBIX 1IC5Y 3LYMA 4B4JA 3B72A 4NIJA 4OWBA 1LMNA 3P4ZA 2B5ZA 3AZ5A 1FKQA 3B0KA 4II8A 3TMVA 3WXTA 2BQJA 2MECA 4G4CA 4NGOA 4YEMA 2IHLA 1JTTL 2VB1A 1LZEA 4C5FA 5I4WA 3A92A 3J4GA 1AT6A 1FLYA 1GPQC 1TBYA 2CGIA 5KXLA 1GE0A 1IWWA 1GB8A 1DI3A 3OJPA 4DD0A 3EMSA 1HERA 4WG7A 4H8YA 3HBEX 1JWRA 1WVUA 4H90A 1GB3A 2YBHA 4OWEA 3WW5A 5KXRA 4DD2A 1F0WA 4NHTA 3BKHA 1LZRA 1MLCE 1KIPC 1B7PA 1GF4A 1JTOL 4HV2A 4WM4A 3TMXA 4LFPA 2HEFA 3AJNA 1GFHA 2A7FA 2DQJY 1LZCA 3LZ2A 4QY9A 2ZWBA 4DDBA 1ZVHL 1W08A 5DN5A 3M3UA 1GF5A 4LYZA 1OUAA 2EQLA 5HNCA 1YL0X 2DQAA 1B5VA 1JPOA 1CNSA 4LT0A 3WMKA 2AUBA 4NSJA 1LZ6A 3G3AB 1BWJA 1GFEA 3TMUA 1HELA 132LA 4HPIA 4NWEA 5F81A 1F6RA 4LT2A 5LVHA 1IOSA 1HEMA 3T6UA 1C45A 1EQEA 1G7HC 5L3HA 3P66A 4YENA 3WUNA 1GB7A 4CJ2A 2YBIA 3QE8A 1IP3A 1G7JC 1LKSA 2WARA 2Y8PA 1ZVYB 3AGGG 1SQ2L 4XADA 5KXOA 5FCPA 4LFXA 1IWYA 1IWVA 4G9SA 4J1AA 4PGJB 1CKFA 1OQMA 2ZIJA 1LCNA 3WU9A 1CKHA 5A3ZA 1N4FA 4LYCA 2HU3A 1LSEA 5T3FA 5I54A 5FEKA 1IP7A 2EIZC 2IFFY 3A3RX 4E3UA 3ULRA 3AB6A 4N9RA 1RFPA 4H94A 1C43A 1OUJA 1DXJA 2DBTA 2F2NA 1UIBA 1B5UA 1D9UA 2G4PA 1JJ0A 1IY3A 1KIRC 1AM7A 1EL1A 2CJLA 4ETAA 5KXXA 3KAMA 4LT3A 1LZGA 4LYMA 1GB0A 4QDNA 4DDAA 1W6ZA 2BQIA 3WPJA 3WVYA 2C8PA 3EBAB 3MGWA 1B5YA 1HSWA 135LA 3J6KA 3ZEKA 1YROA 4NGZA 3W6EA 4EMNA 2DQHY 2BQNA 1VDPA 1GF0A 1GB2A 1D0KA 3A3QA 4WLYA 1UUZC 1HFYA 2MEIA 1BGIA 2FBDA 3CQLA 4M4OA 4YF2A 1HEPA 5KJ9A 1QTKA 3AW6A 4PJ2C 1LJGA 2DQCY 3TXHA 4CFPA 1LSAA 3OK0A 1JISA 1GFUA 3HBHA 1HEWA 4GCDA 4N0JA 1C08C 4NEBA 4U3XB 3WYHA 1GFVA 1UIFA 2HUBA 1NMMA 4NY5A 1OUGA 1LJHA 4H92A 1JUGA 4KPMA 2BQCA 1IR8A 1G7IC 1WQQA 5B1GA 5LVJA 1GXXA 1D6PA 1XGTC 1LJJA 6LYZA 4TSBA 3AZ7A 1UCOA 4AGAA 4YM8A 1NHEA 4NSIA 1HSXA 1V7TA 3GXKA 1LZSA 3TXFA 5LYTA 3B0IA 4LGKA 4HJZA 3A96A 1GE2A 4ETEA 4L41A 3EO5A 133LA 4G4HA 4NGLA 1NF5A 2D91A 4UWVA 2ZILA 3RW8A 1A2YC 1LHLA 4LT1A 1J1OY 4GLVA 1LMAA 3F6ZA 1JEFA 4NG8A 4KT3A 1F6SA 3AGIA 1BB6A 3CT1A 1GFKA 4RDSA 4YEOA 1GBOA 1DQJC 1J1PY 3A67Y 3TXGA 1B5XA 1NBYC 1IR9A 4DD9A 1GAZA 1LHJA 1VEDA 1FLUA 1GE3A 4WMGA 1B7MA 1JIYA 1JKCA 1GDXA 1UACY 1WVVA 1EQ4A 2HTXA 1VFBC 4OOOA 5C6JA 4R6CA 1GFTA 1VDQA 4RW2A 1LSYA 2BQOA 4H9BA 4MR1A 4MSTA 1YKZX 2CWIA 1JHLA 1YIKA 2MEBA 4GLAA 3WVXA 4GCBA 1C7PA 5FDJA 1LHMA 5FELA 4X3BA 1YL1X 5KXPA 1I1ZA 4HTNA 1RJCB 4I0CA 4RW1A 3TXKA 5KXWA 3P64A 1LMCA 4NGWA 5C6LA 5LINA 2MEDA 1DPWA 2LYMA 2Z18A 4C3WA 1JSEA 1GXV2 5AMYA 4NGJA 1A4VA 1B7RA 3A93A 1YQVY 2G4QA 3QY4A 1IOTA 1GB5A 4NGKA 4WM1A 3ZVQB 2EPEA 1EQ5A 2YDGA 1JJ3A 1IWTA 1UIDA 3WU8A 1LSNA 1GWDA 1WQRA 2Z37A 4XJDA 1LYSA 5FSTA 1UBZA 2MEFA 1WQOA 1OUIA 1IR7A 1T3PA 2YBJA 3N9EA 3VWOA 5F14A 207LA 5B05A 5APFA 1VDSA 5DM9A 1CJ7A 2DKVA 4NWHA 1BB4A 1GHLA 3RT5X 5LAGA 2BLXA 1G7MC 5B07A 4J1BA 4WO9A 5LVIA 4B1AA 1E8LA 1LOZA 1P2CC 3CB7A 4PRQA 5I53A 1LHHA 4OOTA 5LA8A 1IIZA 4WL6A 1GFRA 1IOQA 5KXNA 1BQLY 1YILA 2YVBA 1QSAA 3N9CA 4WLTA 2BQEA 5LA5A 5J7CA 2CDSA 1XFPL 2N5ZA 4DDCA 4NHQA 2I25L 4XJGA 1GDWA 5L3IA 3A34A 4B4EA 1LZAA 1C46A 1WQNA 2BQKA 3WL2A 1CJ8A 1V7SA 1XEKA 3A6CY 1UIAA 1LMQA 2BQHA 6LYTA 4KL7A 4ETDA 1IVMA 2F30A 4H9HA 1GFGA 2DQDY 1HMLA 3RU5A 1IO5A 1O23A 4J0LA 1LJ4A 4TWSA 1UICA 1YANA 4N5RA 1OUCA 2DQFC 5EBHA 1HENA 5B06A 1LZ9A 1NDGC 1JKDA 2A7DA 5KKIA 1LYYA 4TTDA 3E3DA 2D6BA 2HEEA 2LYOA 2EKSC 3WULA 1LZ4A 2ZNXY 1YKYX 1VAUA 4BADA 1H87A 4DT3A 1LHKA 1IP6A 2D4JA 2ZIKA 3IWRA 4GCFA 4ZFPA 1C10A 1GB9A 1LTMA 1NBZC 1LJFA 5K7OA 1IP4A 1CKCA 1FLWA 4WG1A 5E4PA 3WXUA 3W6BA 1PS5A 1LJIA 2FYCA 1AKIA 1B9OA 4H1PA 4LYBA 3RZ4A 5I5QA 4UWNA 1LPIA 1LSPA 2F4GA 2Z2EA 4XYYA 1OUDA 5II3A 4WLDA 2W1MA 4W94A 5HQ1A 1QDRA 4MCKA 1NDMC 134LA 1LSFA 1T6VL 1UC0A 4H9AA 1GBWA 4I8SA 3TXJA 1YAOA 1VATA 2MEEA 1DPXA 3TMWA 3D3DA 2HECA 1LZNA 2C8OA 1GFAA 1LJKA 1QUSA 1BVKC 1LSBA 1B7OA 3LYZA 1XEJA 3P68A 1HHLA 2BPUA 4IJ4A 3CT0A 4DWXA 1INUA 1YKXX 3LYOA 1CJ9A 1ALCA 2I6ZA 1LAAA 1LZ1A 1GBSA 4TUNA 1IY4A 3WPLA 2XBRA 1REZA 1GEVA 3W6AA 4HSFA 2HU1A 4Z3MA 3B0OA 4ET9A 2GV0A 1HNLA 4DYGA 3WH1A 9LYZA 1IP2A 1IP1A 4GN3A 4Z41A 4CFOA 5LAFA 2ZNWY 4H9EA 1XEIA 2Z38A 4NGIA 1IC7Y 2ZQ4A 4OWAA 4NSHA 4TX7A 2BAAA 3W3EA 4DC4A 1KXYA 3CSRA 5C6IA 4B0DA 4N1EI 1HF4A 2W1LA 1LZTA 2LYZA 4OW1A 4WL7A 1GBZA 5F9UA 4FDYA 1CKGA 3T36A 7LYZA 4ZEEA 4PHIA 2LHMA 4XENA 5F9XA 2BQLA 1GAYA 4HV1A 4XJIA 5DL9A 5KXYA 3HBDA 1IWZA 1JITA 1B5WA 4KXIA 2HEDA 4ET8A 4IASA 4HP0A 4HTKA 1GF6A 1B2KA 2D4KA 1HEOA 1QUTA 2I26L 2BLYA 5LVGA 2DQEY 3QNGA 1SLYA 3FE0A 1TEWA 4OWHA 5ILCA 1IOCA 1DI5A 3AGHA 1HEQA 3TXDA 5D5FA 3WU7A 4DD3A 1JSFA 1GE4A 1GF3A 4ML7A 3TXBA 1KXWA 4H9FA 1LJEA 4Z98A 1GBXA 2PC2A 3A95A 5E9RA 1OP9B 3FI7A 1TDYA 4H8XA 1FKVA 5IHGA 2W1YA 5LIOA 1BB3A 4XN6A 1LSDA 1I20A 5B1FA 154LA 4ETBA 1HC0A 3ATOA 3A6BY 4BAPA 4GCEA 5LYZA 2DQIY 4B4IA 1IWUA 208LA 1AT5A 1UA6Y 2Z2FA 4WM5A 5FHWA 5M1YA 2XJWA 3B6LA 5KXTA 1JKAA 2MEGA 4NHPA 5L9JA 1FN5A 5HLLA 4NSGA 4WO6A 4YOPA 4NGVA 1LYOA 1CJ6A 1RCMA 1WTNA 1UIHA 1DZBX 3HFMY 5APDA 2XBSA 5HMVA 2RSCA 3CSZA 2Q0MX 2W1XA 2D4IA 1GF9A 2HEAA 1GFJA 1WQMA 5DLAA 3W6FA 3A90A 4QEQA 4CHXA 1GEZA 1B7SA 3LYTA 4BS7A 2YBMA 5LXWA 1KIQC 2Z12A 1J1XY 2DQGY 1GD6A 3AW7A 1DI4A 1JTPL 2Z19A 2LZ2A 4H93A 3W6CA 4HTQA 4HJVA 4H91A 1LYZA 3WUAA 4ZIXA 3K3TA 5A3EA 5IELA 1XGUC 1JKBA 1FLQA 2YSSC 1LSCA 2YBNA 4HJYA 5APEA 4BAFA 3TXEA 4NHIA 4O34A 2H9KA 1LZYA 1DKJA 5KY1A 5I4YA 3IJVA 4H8ZA 1GF8A 1XGPC 1IEEA 2FBBA 1B5ZA 4UWUA 3TXIA 4DD1A 4XJBA 3RNXA 3A8ZA 4ETCA 4EOFA 3AYQA 1D0MA 1LMTA 1B0DA 2BQAA 3SP3A 3WW6A 1QSWA 1IWXA 1KXXA 4NGYA 1H6MA 4A7DA 1LMPA 3ZVQA 1TCYA 2X0AA 1LJ3A 1REYA 3AZ4A 3LHMA 1Z55A 1GBYA 2H5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSMA 2BQGA 1L47A 1REMA 4NFVA 1L01A 1QT6A 1BB7A 1L29A 4CGEA 1LMOA 242LA 4DAJA 126LA 5D5CA 2Q9DA 1SSYA 1OYUA 143LA 2RAYX 8LYZA 1B7LA 3LN2A 1YAMA 4YXCA 1WTMA 2YBLA 2BQMA 1XSFA 1HFZA 115LA 1IORA 5ILFA 1LYHA 206LA 191LA 171LA 4NHSA 2BQBA 1PQKA 2ZQ3A 1XJTA 4LYOA 1XGQC 4WM3A 1DKKA 157LA 2Z39A 1CKDA 127LA 5DN4A 4AXTA 1ZV5L 1RE2A 1L83A 5KXSA 1P6YA 2OE9X 1PZYA 140LA 1D6QA 5KXMA 2QB0B 1YAPA 1C6DA 187LA 4GN4A 4N1CC 109LA 1L42A 3DN8A 1BWHA 1B7QA 1FBIX 259LA 4B4JA 1C6KA 1CV6A 2B6ZA 3TMVA 2MECA 4YEMA 2IHLA 1LZEA 5I4WA 3J4GA 1AT6A 1GPQC 1I6SA 1GE0A 1DI3A 1SWZA 159LA 4OWEA 1GB3A 1L11A 2YBHA 1F0WA 4NHTA 3BKHA 214LA 4GRVA 3RZEA 1MLCE 1KIPC 4IAPA 261LA 2ZWBA 4DDBA 2RBQA 1GF5A 4LYZA 1L91A 1B5VA 1CNSA 1QS5A 3WMKA 2AUBA 258LA 1F6RA 1HEMA 2B6WA 3T6UA 182LA 1L63A 3WUNA 1G7JC 1KS3A 2Y8PA 4XADA 1SQ2L 4LFXA 1OQMA 1CUPA 1L04A 1LGWA 1CKHA 5A3ZA 235LA 5T3FA 5I54A 1LI2A 2IFFY 3A3RX 185LA 3AB6A 4N9RA 4H94A 2DBTA 1OUJA 2F2NA 215LA 1JJ0A 4DDAA 1T8FA 3HTGA 4EKQA 1B5YA 3J6KA 1YROA 2BQNA 1VDPA 1GF0A 1L40A 3CQLA 1HEPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSM A;  4D9Z A;  1NWG A;  2BQG A;  1IX0 A;  1REM A;  4NFV A;  1D0L A;  1OUF A;  5F16 A;  4GCC A;  4ANR A;  3W6D A;  1BB7 A;  2H9J A;  4CGE A;  1NKH A;  1QQY A;  1LMO A;  3A94 A;  1HFX A;  1JJ1 A;  1LZ8 A;  2ZYC A;  4FJR A;  4H9C A;  5D5C A;  4LZT A;  1UIG A;  4WM2 A;  4TSC A;  2MEA A;  3BKV A;  1NQI A;  8LYZ A;  5KXK A;  1OUB A;  1LZD A;  3CSQ A;  1B7L A;  5KXZ A;  3LN2 A;  1YAM A;  3EXD A;  4QGZ A;  4HPE A;  1GB6 A;  4Z46 A;  1REX A;  1WTM A;  1UIE A;  3G3B B;  1B7N A;  3GXR A;  2YBL A;  3P65 A;  2BQM A;  1ZMY L;  3N9A A;  1XSF A;  4RLN A;  4RLM A;  153L A;  5HMJ A;  3LZT A;  3A91 A;  1HFZ A;  1GE1 A;  4G4B A;  1BVX A;  1IOR A;  5ILF A;  1OUE A;  1LHI A;  193L A;  1BHZ A;  1LZ5 A;  2BQD A;  2XTH A;  4M6D A;  1RI8 B;  4OWC A;  4NG1 A;  194L A;  4PRU A;  4WM6 A;  4DD7 A;  1HMK A;  2F4A A;  2FYD A;  1GF7 A;  4IAT A;  2LZT A;  4G49 A;  4NHS A;  2BQB A;  5B59 A;  4P2E A;  2ZQ3 A;  1LSG A;  4LYO A;  1LKR A;  1XGQ C;  1OUH A;  4WM3 A;  5JEN B;  5APC A;  1DKK A;  1AZF A;  4GN5 C;  2HEB A;  3WUM A; 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 4H8X A;  1FKV A;  5IHG A;  2W1Y A;  5LIO A;  1BB3 A;  4XN6 A;  1LSD A;  1I20 A;  5B1F A;  154L A;  4ETB A;  1HC0 A;  3ATO A;  3A6B Y;  4BAP A;  4GCE A;  5LYZ A;  2DQI Y;  4B4I A;  1IWU A;  208L A;  1AT5 A;  1UA6 Y;  2Z2F A;  4WM5 A;  5FHW A;  5M1Y A;  2XJW A;  3B6L A;  5KXT A;  1JKA A;  2MEG A;  4NHP A;  5L9J A;  1FN5 A;  5HLL A;  4NSG A;  4WO6 A;  4YOP A;  4NGV A;  1LYO A;  1CJ6 A;  1RCM A;  1WTN A;  1UIH A;  1DZB X;  3HFM Y;  5APD A;  2XBS A;  5HMV A;  2RSC A;  3CSZ A;  2Q0M X;  2W1X A;  2D4I A;  1GF9 A;  2HEA A;  1GFJ A;  1WQM A;  5DLA A;  3W6F A;  3A90 A;  4QEQ A;  4CHX A;  1GEZ A;  1B7S A;  3LYT A;  4BS7 A;  2YBM A;  5LXW A;  1KIQ C;  2Z12 A;  1J1X Y;  2DQG Y;  1GD6 A;  3AW7 A;  1DI4 A;  1JTP L;  2Z19 A;  2LZ2 A;  4H93 A;  3W6C A;  4HTQ A;  4HJV A;  4H91 A;  1LYZ A;  3WUA A;  4ZIX A;  3K3T A;  5A3E A;  5IEL A;  1XGU C;  1JKB A;  1FLQ A;  2YSS C;  1LSC A;  2YBN A;  4HJY A;  5APE A;  4BAF A;  3TXE A;  4NHI A;  4O34 A;  2H9K A;  1LZY A;  1DKJ A;  5KY1 A;  5I4Y A;  3IJV A;  4H8Z A;  1GF8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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