5HMVA

Re refinement of 4mwk.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmvA00
1REMA 1F0WA 1QSAA 1GBZA 1TDYA 2F4AA 2DQIY 3LHMA 1LZ6A 4B49A 5IHGA 5KXNA 1HFZA 1J1XY 5DN5A 2HEBA 4UWNA 1LZYA 1ZMYL 4J0LA 4DD2A 2BQAA 4TTDA 1NDGC 3KAMA 3T36A 5LYMA 1QTKA 1B0DA 4N1CC 1JTPL 1JTTL 2DBTA 4LYOA 3HFMY 1XGTC 1IWVA 1OUAA 5C6LA 1F6SA 4DD0A 1LKRA 3J4GA 1VATA 4J7VA 1LSYA 4B4EA 2BQMA 1GPQC 1D0LA 1JHLA 4H91A 1GF9A 4B0DA 1AKIA 1OUDA 4XADA 3T6UA 1T3PA 3WPKA 1GB0A 1LZGA 2CWIA 4NEBA 1OUIA 3IWRA 1GB3A 1A2YC 4BAFA 4EOFA 1OUEA 1CNSA 2XJWA 4DC4A 4DYGA 2Z2EA 1B5YA 2BPUA 1BHZA 194LA 4WG1A 1IOTA 1JITA 1GF6A 2DQAA 1IP7A 2HU1A 4H92A 4BAPA 3J6KA 1F6RA 2BQJA 1GFGA 5FEKA 1H6MA 2C8PA 4NHPA 1C46A 4W94A 3TMXA 1IWWA 1V7SA 4R6CA 3WW6A 4DDCA 1UICA 2DQGY 2BQBA 1LYYA 4G4CA 4H9IA 1N4FA 1UC0A 2DQFC 1IWUA 1YIKA 1IP6A 2YVBA 1LHLA 3A90A 4RW2A 1KXXA 1VFBC 1JTOL 1GB7A 1GXV2 1I20A 1GBWA 4HV1A 3LYTA 1LHHA 5B1FA 3WUMA 1JJ1A 3MGWA 1GF0A 2EIZC 1LSPA 1LSFA 4NGOA 2BQOA 4XJGA 1OP9B 1C43A 1PS5A 1IOSA 1YL1X 2CDSA 2LZ2A 2YDGA 4N8ZA 3WMKA 1LSNA 3WVYA 4NHTA 5KXKA 3W6BA 3CSQA 4N5RA 3P4ZA 1JKAA 2YBHA 1ZV5L 5ILFA 3ULRA 4ET9A 1CKCA 1UIAA 1GDWA 4WL7A 5B06A 1KXWA 4OWEA 3BKVA 5KY1A 1JIYA 4H9EA 3W6FA 1TBYA 1QUSA 1D0KA 3AW6A 1NDMC 1Z55A 208LA 4NSIA 4ETAA 4OWBA 2D91A 2IFFY 1OUCA 1XGQC 4IASA 4NHQA 4P2EA 1GF7A 4PRQA 1B9OA 2ZNWY 4H9AA 5HQ1A 2G4PA 5I54A 1LMNA 4N1EI 1IIZA 9LYZA 1NMMA 2Z19A 2D4IA 1IP5A 1GFUA 1SQ2L 153LA 1LJIA 3GXRA 1YKYX 2FBDA 3CT1A 5DM9A 4DDAA 3TXHA 1OUBA 1D9UA 4WM6A 1CKFA 5KKJA 1DI4A 1B5VA 1PZYA 2Z37A 1CKDA 3EMSA 4H8YA 1VDSA 2Z2FA 2ZIJA 1YKZX 1WVUA 5A3ZA 1YAMA 4J1BA 4HPIA 4GN5C 5FELA 1LSCA 5KXWA 1LOZA 3AZ5A 2LZTA 4GCEA 4TSBA 2LYOA 4RDSA 4WL6A 4OWHA 3WPLA 4NIJA 4Z3MA 4ZIXA 1F10A 1XGUC 1FLQA 1LJNA 2LYMA 3BKHA 2Z18A 1INUA 1RE2A 2MEAA 3OJPA 1JKDA 4KXIA 3RT5X 2BQCA 5F14A 2H9KA 5AMYA 4NWEA 1BVKC 5APCA 3RW8A 1DKJA 4LYMA 2ZIKA 3P64A 1LSGA 1LZRA 1BGIA 2DKVA 1IY3A 1BVXA 1LTMA 3AZ7A 1LJEA 4QGZA 3TMVA 4XJHA 2WARA 1GB8A 3EO5A 5FCPA 4HJVA 1KIQC 2BQGA 1IX0A 1LJ3A 1C10A 5HMVA 4TX7A 3B6LA 1GF8A 1GB9A 1W6ZA 4GCCA 193LA 4LT1A 3EXDA 3M3UA 1GE0A 1WQNA 5LAFA 2XBRA 1LSBA 2YBMA 4YOPA 1LJJA 1XFPL 4LT3A 4RW1A 3QNGA 2BQHA 1C45A 1LHMA 4H8ZA 1IP1A 3E3DA 1AT6A 1GF3A 1LJKA 1YILA 8LYZA 5KXOA 1REZA 3F6ZA 1IWXA 4TUNA 2PC2A 1GD6A 1CJ7A 2MEBA 1TCYA 3TMWA 5KXTA 1CJ6A 1NBYC 2EQLA 4U3XB 4WM4A 4MR1A 1IOQA 1GFTA 2HECA 3A92A 4IJ4A 1UIBA 1OUGA 1LYSA 3B0KA 4M6DA 4KL7A 4G9SA 1JJ3A 4H94A 4LYBA 4OWCA 4ETDA 4DD7A 154LA 2MEGA 1IWZA 3AJNA 4WOAA 3ATNA 4NGJA 3CSZA 1UIEA 1HC0A 3A6BY 4HJZA 1HSWA 4OOTA 1XEKA 4WMGA 4XYYA 4AGAA 4H9HA 2BQIA 1DI5A 4LGKA 1C08C 3A3RX 1JSEA 1GFJA 3G3AB 1B7PA 5KXZA 1JKBA 2BAAA 2ZYCA 4WO6A 3LYMA 1B5WA 5I4WA 1W08A 1B7SA 3A3QA 1LZNA 3AYQA 3TXFA 1JKCA 1FKQA 2DQCY 1BB6A 1BB7A 4Z41A 1OUFA 4NGWA 4XJFA 4WM2A 2D4KA 3WXTA 5APDA 2FYCA 3N9AA 5B05A 1G7JC 1GB5A 4GLAA 5I4YA 1GXXA 1HF4A 1IR8A 1IP2A 1XGRC 1IO5A 1IR7A 1FKVA 2MEDA 2I25L 1FBIX 1LZBA 1QSWA 4LT2A 1LSZA 1B5XA 1T6VL 2A7DA 5L3IA 2ZQ4A 2FBBA 1D0MA 1HEQA 3B0OA 4ML7A 5APEA 2HEEA 4YEMA 5C6JA 1GBOA 1JWRA 4CFOA 2BLYA 1FN5A 1YAPA 1DPWA 2ZWBA 1JUGA 1LSAA 1AZFA 1EQ5A 1LJHA 1QIOA 1VEDA 3K3TA 4IATA 3IJUA 1GAYA 1V7TA 1IC4Y 3A34A 3M18B 1TEWA 1GBXA 3W6DA 4GCBA 1HHLA 6LYZA 3ZVQA 2DQDY 2B5ZA 2Z38A 134LA 1LJGA 5EBHA 1OUHA 4WLTA 1IWYA 1YL0X 1RFPA 4HTNA 1UIDA 2YSSC 1B5ZA 1B7MA 4EMNA 1LMTA 1DQJC 1HELA 1GE4A 1KIPC 2MEEA 3D3DA 4NFVA 1BWIA 1GDXA 3WXUA 2BQNA 1JSFA 2EKSC 1OQMA 1AM7A 2W1MA 3AZ4A 4HTKA 1HEWA 2BLXA 5FSTA 4DT3A 1IP3A 1BWHA 5JENB 1IVMA 4GN3A 1REXA 1J1PY 3FE0A 4B4JA 4Z46A 1UBZA 1QUTA 1IC5Y 1IEEA 2HU3A 2XTHA 3EBAB 3TXKA 2HTXA 1NBZC 1GE1A 4W96A 3WPJA 1EQEA 1MLCE 2IHLA 4HV2A 3W6EA 2AUBA 5KXSA 1MELL 3WVXA 2ZQ3A 3HBDA 4DD9A 1ZVYB 4DD3A 5KXRA 4AXTA 4UWUA 5IELA 4NGVA 1HERA 3CSRA 5FHWA 3IJVA 5E9RA 1WQRA 3A91A 4NWHA 2H5ZA 1LPIA 2F4GA 5KJ9A 1LZEA 3AW7A 3WU8A 4WM5A 4Z98A 3CT5A 3N9EA 2D4JA 2HEFA 4M4OA 1IWTA 5HNLA 1GWDA 3WW5A 2Z39A 3LZ2A 1LZ8A 1GB2A 1A4VA 1LHIA 207LA 1YKXX 5LA8A 3TXBA 4CFPA 1E8LA 5IDDA 5T3FA 1J1OY 3CB7A 5B1GA 4ETEA 1WVVA 2MECA 2MEFA 1JPOA 1IR9A 5F9XA 4H1PA 1HEPA 2XBSA 2YBJA 1GB6A 4E3UA 4NGLA 4CJ2A 3LN2A 3LYZA 2HUBA 5L3HA 1HEMA 3WYHA 1UIFA 1LYZA 2LHMA 2MEHA 1SLYA 4PPOA 4NG1A 2BQLA 4WLYA 4H8XA 1B7RA 2G4QA 1LYOA 1LZCA 2VB1A 1GFAA 3OK0A 2HEAA 1HENA 3AGIA 1WTMA 5D5FA 3A95A 3P66A 4FDYA 1BWJA 5LIOA 1IP4A 5LVHA 1LZ4A 4GN4A 4X3BA 4D9ZA 2N5ZA 1HMKA 2YBLA 1RI8B 1HEOA 1LJ4A 5F16A 4ZFPA 7LYZA 2HEDA 1LMQA 5E4PA 1WTNA 2GV0A 1B7LA 2DQJY 2F30A 3A67Y 1FLYA 1CJ9A 1YROA 4NGKA 2Z12A 5B07A 1YQVY 3AGHA 4GCDA 4WM3A 4NSJA 1WQQA 3HBEX 4XJIA 1CKGA 1EQ4A 1GFEA 1LZAA 3LYOA 5J7CA 4L41A 1O23A 3TXIA 1REYA 1NF5A 4LT0A 3W6AA 1AT5A 1G7HC 1LMAA 1XGPC 1UIGA 2BQFA 5HMJA 5LA5A 1GFRA 5LVGA 1BB4A 4YENA 4H90A 4I0CA 5KXXA 1NKHA 3D9AC 4OWAA 4ET8A 1EL1A 4XJDA 5KXYA 3A96A 4B4IA 4H9CA 1RCMA 1G7IC 1UUZC 1NHEA 3FI7A 3WU7A 4YF2A 1GAZA 1D6PA 1LSEA 1XSFA 4OW1A 4WLDA 2DQHY 4HP0A 5LAGA 1GFHA 4DDBA 4WLXA 4HJYA 5C6IA 3WULA 1WQOA 1UCOA 4KPMA 1VAUA 5K7OA 1DZBX 1WQMA 1B5UA 2BQKA 4G49A 4WM1A 5DLAA 3W6CA 1LHJA 4WG7A 1UIHA 3CT0A 4YEOA 4ZEEA 5KKIA 3ATOA 1IY4A 5D5CA 2D6BA 6LYTA 4CGEA 1BB5A 1LZ1A 4NSGA 4NG8A 3WUAA 2DQEY 4PHIA 4NSHA 1B7OA 1B2KA 1VDTA 1C7PA 1I56A 1LZDA 1GEZA 4H9FA 1HSXA 4UWVA 1VDQA 2X0AA 1GFVA 3TXEA 4HTQA 4NHSA 4NY5A 3A6CY 4CHXA 4LFPA 4XN6A 4J1AA 4QDNA 5KXPA 3TXGA 1D6QA 1HMLA 1CKHA 5L9JA 1LMPA 2NWDX 4HSFA 4LYTA 5HNCA 1NWGA 1TAYA 5DL9A 4RLNA 4C3WA 132LA 2YBIA 4G4BA 5APFA 5LXWA 3B0IA 1XEJA 3QE8A 5F9UA 4MSTA 5LVIA 1LZSA 3AGGG 4G4HA 1VDPA 4PJ2C 2G4NA 1IOCA 2CGIA 1QDTA 4I8SA 1LZ9A 3G3BB 3N9CA 1DXJA 1IORA 1IC7Y 1GBSA 1LZ5A 4N0JA 1JJ0A 2ZILA 4FJRA 3AZ6A 1GF5A 4II8A 4TWSA 1NQIA 4GCFA 3TXDA 2BQEA 5I4XA 3CQLA 3QY4A 2F2NA 4XJBA 3VWOA 1XEIA 3TMUA 1G7MC 3ZEKA 3TXJA 1I1ZA 1QTEA 1UA6Y 3P68A 3LZTA 4R0FA 1GF4A 1KIRC 2BQDA 4KT3A 3ZVQB 5II3A 2H9JA 2RSCA 3SP3A 1JEFA 1BQLY 1CJ8A 1GEVA 5ILCA 133LA 1LZTA 1YAQA 4PRUA 3RNXA 1FLWA 4N9RA 2Q0MX 4HPEA 4ETCA 5HLLA 1LSMA 5B59A 2W1LA 5M1YA 3W3EA 4QY9A 1RJCB 4TSCA 2LYZA 4LYCA 4C5FA 4DD1A 3WUNA 4LYZA 1FLUA 1ZVHL 1B7QA 1GE3A 3GXKA 4NGZA 1UACY 4BS7A 4NGYA 1BB3A 4YM8A 3A94A 1GFKA 4LFXA 1FDLY 1QDRA 1HFXA 3A93A 1GHLA 1LMOA 3WH1A 5I5QA 1H87A 4RLMA 2I26L 3B72A 1LCNA 3P65A 2A7FA 5F81A 2MEIA 1OUJA 1HNLA 1P2CC 135LA 1YANA 2W1XA 1LKSA 1B7NA 3RU5A 1LAAA 4NGIA 4LZTA 2FYDA 4BADA 1G7LC 4WO9A 1GE2A 1LMCA 1WQPA 5A3EA 2YBNA 5KXLA 5LINA 1YAOA 1LHKA 4XENA 2ZYPA 4ANRA 2W1YA 3RZ4A 3HBHA 5I53A 4NHIA 4DWXA 1QQYA 4O34A 1DI3A 2C8OA 3A8ZA 4MCKA 2EPEA 4GLVA 1KXYA 3AB6A 4PGJB 4H9BA 3WU9A 4A7DA 5LYTA 5LVJA 1DKKA 1LSDA 5LVKA 2Y8PA 5DN4A 4ETBA 2I6ZA 1DPXA 1GBYA 2CJLA 4B1AA 2ZNXY 4OOOA 4QEQA 1JISA 5FDJA 1HFYA 1LJFA 4H93A 3WL2A 5KXMA 1ALCA 5LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBZA 2F4AA 2DQIY 171LA 1L45A 4TTDA 3C81A 1B0DA 1NHBA 2DBTA 4LYOA 1OUAA 5C6LA 1LKRA 3CDVA 4J7VA 4B4EA 1LSYA 4ZPUA 2BQMA 243LA 1AKIA 1OUDA 3T6UA 3WPKA 191LA 1A2YC 4EOFA 118LA 2XJWA 1L25A 2Z2EA 4DYGA 1B5YA 1IOTA 3CDOA 1JITA 1GF6A 1IP7A 1C6FA 1H6MA 4DDCA 1QUGA 2DQGY 2BQBA 1C61A 3PBLA 3A90A 4HV1A 3LYTA 142LA 1GF0A 1LW9A 1LSPA 4NGOA 1L54A 3WMKA 3WVYA 4N5RA 3P4ZA 1UIAA 4WL7A 1JIYA 3NYAA 1TBYA 1Z55A 211LA 2IFFY 4IASA 4H9AA 5I54A 1LMNA 233LA 1L83A 1GFUA 1G0LA 2FBDA 1DYBA 1L58A 5DM9A 1L19A 1PQMA 1QTDA 4WM6A 1DI4A 1L69A 3EMSA 4H8YA 1VDSA 2ZIJA 5FELA 1L34A 5KXWA 4DQ5A 2LYOA 4RDSA 4OWHA 3WPLA 4NIJA 2RB2X 3HT7A 1FLQA 4ARMB 2Q9EA 1INUA 3DN3A 5APCA 3P64A 1LJEA 3EO5A 1GB8A 3GUOA 1LJ3A 4EKRA 1W6ZA 193LA 1L74A 4LT1A 2XBRA 3HWLA 1P2LA 1JQUA 4TUNA 1CJ6A 4IJ4A 3B0KA 4H94A 4OWCA 154LA 4DD7A 4WOAA 175LA 1HC0A 1L24A 158LA 4OOTA 4WMGA 223LA 1G0KA 4LGKA 2BAAA 2ZYCA 1G07A 1B5WA 3OE6A 5I4WA 1G0JA 3A3QA 1LZNA 3TXFA 4Z41A 4XJFA 3WXTA 2FYCA 1HF4A 1IP2A 1C6PA 248LA 1IR7A 246LA 1L16A 4LT2A 2A7DA 2ZQ4A 1GBOA 141LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REM A;  1F0W A;  1QSA A;  1GBZ A;  1TDY A;  2F4A A;  2DQI Y;  3LHM A;  1LZ6 A;  4B49 A;  5IHG A;  5KXN A;  1HFZ A;  1J1X Y;  5DN5 A;  2HEB A;  4UWN A;  1LZY A;  1ZMY L;  4J0L A;  4DD2 A;  2BQA A;  4TTD A;  1NDG C;  3KAM A;  3T36 A;  5LYM A;  1QTK A;  1B0D A;  4N1C C;  1JTP L;  1JTT L;  2DBT A;  4LYO A;  3HFM Y;  1XGT C;  1IWV A;  1OUA A;  5C6L A;  1F6S A;  4DD0 A;  1LKR A;  3J4G A;  1VAT A;  4J7V A;  1LSY A;  4B4E A;  2BQM A;  1GPQ C;  1D0L A;  1JHL A;  4H91 A;  1GF9 A;  4B0D A;  1AKI A;  1OUD A;  4XAD A;  3T6U A;  1T3P A;  3WPK A;  1GB0 A;  1LZG A;  2CWI A;  4NEB A;  1OUI A;  3IWR A;  1GB3 A;  1A2Y C;  4BAF A;  4EOF A;  1OUE A;  1CNS A;  2XJW A;  4DC4 A;  4DYG A;  2Z2E A;  1B5Y A;  2BPU A;  1BHZ A;  194L A;  4WG1 A;  1IOT A;  1JIT A;  1GF6 A;  2DQA A;  1IP7 A;  2HU1 A;  4H92 A;  4BAP A;  3J6K A;  1F6R A;  2BQJ A;  1GFG A;  5FEK A;  1H6M A;  2C8P A;  4NHP A;  1C46 A;  4W94 A;  3TMX A;  1IWW A;  1V7S A;  4R6C A;  3WW6 A;  4DDC A;  1UIC A;  2DQG Y;  2BQB A;  1LYY A;  4G4C A;  4H9I A;  1N4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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