5I4YA

Exploring onset of lysozyme denaturation by urea: soak period 10 hours.
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i4yA00
1LHIA 3ATNA 2MECA 2W1XA 4UWVA 5LVKA 4WLTA 5IELA 3IJUA 3HFMY 1XGPC 3B0OA 5KXPA 1GF6A 1GPQC 1NWGA 2BQIA 4G4CA 1GAYA 4BADA 1HHLA 1OUAA 1IP3A 1YKYX 4RW2A 4Z46A 5LA5A 2HEAA 1WQOA 1OUIA 1FLUA 2MEFA 4B4IA 1LJKA 4G4HA 5C6IA 4I0CA 3ZVQA 5B59A 1CJ6A 1GE0A 1PS5A 4LT3A 3TMXA 4MSTA 1BB3A 2HEFA 1UIHA 1TAYA 4H1PA 1OQMA 2MEBA 2MEAA 2Z18A 5I4YA 3W6FA 1GFKA 1LJEA 2FBBA 1SLYA 1QUSA 1ZV5L 1YROA 3CQLA 1GE1A 4WM2A 1OUEA 1H6MA 5LYMA 1GF7A 2MEGA 3P65A 4P2EA 5L3HA 1TEWA 4NGKA 1GAZA 4UWUA 1I20A 1GB2A 2XBSA 5F9UA 3G3BB 2CJLA 4YF2A 1G7IC 1IO5A 1IOSA 1OUCA 3QE8A 4NHPA 1CKFA 4EMNA 5KKJA 2DQJY 3TXEA 4RLNA 1C45A 2WARA 1HMLA 2N5ZA 5LVGA 5FELA 4YENA 4NWEA 1LZAA 3QY4A 1LMTA 4KPMA 1GDXA 4OOTA 4CHXA 1LJHA 1UBZA 5LVJA 4PGJB 2YBIA 2ZWBA 1CKCA 4G4BA 4GLVA 5D5FA 5FEKA 3TXHA 1JTTL 4GCBA 1HEQA 2FYDA 1B7MA 4L41A 1FKQA 2DQCY 3WUNA 1IP5A 1LMCA 2HEEA 4NSGA 2BQMA 3TMVA 4CJ2A 1DKKA 1HNLA 3CSQA 1D6PA 1OUGA 4WO9A 1GFRA 4LFXA 1CKDA 1BQLY 3ZVQB 1P2CC 5AMYA 4XJBA 4J0LA 3TMWA 5APEA 1LMOA 1GWDA 1IX0A 1WQRA 1C7PA 2I26L 4N1CC 4OW1A 5APCA 2LHMA 4DD3A 4ML7A 2YBHA 5APDA 9LYZA 4H9AA 4AXTA 1YANA 4H91A 4YM8A 2ZYCA 1LJJA 1JSEA 4B49A 5B05A 4WO6A 1VDQA 1UIDA 4NFVA 2BQHA 3AZ6A 5LYTA 3TXJA 4IATA 1GB0A 2BQCA 3HBEX 5LAGA 2CDSA 4XJDA 5LIOA 5LYZA 3A95A 5LA8A 3AB6A 5HMJA 1TCYA 1LYSA 5C6JA 4B0DA 5A3ZA 2VB1A 1HSXA 3W6BA 1GB8A 1QIOA 2Z39A 3LZ2A 1CKHA 4NHSA 5C6LA 1LZBA 1BWHA 4H92A 1LZ5A 1QSAA 1WQNA 4OWBA 5HQ1A 3RT5X 4NGZA 1NBZC 3A96A 5I53A 1LSAA 3WPKA 2F4AA 4KT3A 3A93A 1GF4A 1NKHA 1O23A 2CWIA 3SP3A 5L9JA 1B7RA 1NHEA 1D0KA 2G4PA 3B6LA 4H9IA 2ZQ3A 1HFZA 1A4VA 1UCOA 5LAFA 3W3EA 1FLWA 4M4OA 1GBYA 1AZFA 3LN2A 1UA6Y 5HLLA 3P4ZA 4H8YA 4XJHA 3N9CA 4DWXA 2D91A 1YAQA 4BS7A 1REXA 1FLQA 4NG1A 1FDLY 4NY5A 5T3FA 1GFHA 4G49A 5DN4A 4DC4A 1LZNA 1TBYA 3M3UA 3EMSA 1XEIA 5A3EA 1UIBA 1UACY 1QUTA 2XJWA 4WLYA 1IEEA 4HSFA 4CFPA 4QY9A 1IC7Y 1C43A 1ZMYL 4O34A 4TTDA 1JJ1A 4H9HA 4RLMA 5LINA 1IOQA 1NF5A 135LA 2G4NA 4W96A 3WU8A 5HNCA 1BVKC 3WU7A 5F14A 3CB7A 4XADA 1D0LA 3AJNA 3M18B 1B7NA 1BWIA 1W6ZA 2HU1A 1C46A 1HF4A 1WQQA 5I5QA 3EXDA 3RU5A 3WVXA 2AUBA 4XENA 4NSHA 1IP1A 3A3QA 3AZ5A 5KXKA 1B2KA 1CJ8A 4PJ2C 3A91A 1GD6A 4LYCA 4U3XB 3A6CY 1LKRA 1JKCA 2LYOA 1LOZA 1IWVA 1LZDA 4CFOA 1QQYA 4HV1A 3A67Y 1GE4A 4ANRA 1IR9A 4ETDA 1V7TA 2IFFY 1LSCA 1YILA 4H9EA 4HJVA 1XFPL 4NGJA 2YVBA 3LYMA 5E9RA 3T6UA 5DM9A 8LYZA 1CKGA 4N1EI 5KY1A 1LSYA 1OUDA 3A90A 1INUA 1HMKA 1JWRA 1RCMA 2MEDA 3N9AA 4H94A 1IP7A 3BKVA 1QDTA 1JSFA 1LYZA 1NDMC 1RE2A 1LMAA 4H8ZA 1VDTA 2Q0MX 5LVHA 1DZBX 1D9UA 4NWHA 5I54A 1NBYC 1IP6A 1HFYA 2DQIY 3W6DA 4DYGA 1B7QA 2FBDA 2BAAA 4MR1A 2YSSC 1YAMA 1DXJA 2H5ZA 1I56A 2BQGA 1LMQA 4NGWA 5I4XA 2G4QA 3LYTA 4HJZA 1GFJA 4B1AA 4C5FA 1GBZA 1GB6A 1GF8A 4WM5A 1IWWA 2DQFC 4NGLA 3GXKA 4II8A 1GFTA 4BAPA 1HEOA 1KIQC 3CT0A 3P64A 1EQ4A 4Z98A 1NQIA 5E4PA 4R6CA 4WM3A 1WTMA 4TWSA 1VDPA 2Z2EA 1F6RA 4OWAA 2YBMA 1EL1A 4QEQA 1XSFA 133LA 4GLAA 4G9SA 2ZIJA 1OUFA 2C8OA 2DQDY 3AZ4A 4H8XA 3RNXA 1MELL 1LTMA 2NWDX 2W1YA 1LZRA 1GFAA 1UIFA 1HFXA 4H90A 3TXGA 2BQNA 1JKDA 1HEPA 1GXV2 1IC4Y 2CGIA 4NGVA 2YBNA 1B5VA 4GCDA 1LZYA 1GDWA 2A7FA 1KIRC 1LHHA 3B0KA 3FE0A 4KXIA 1CJ9A 1JHLA 4H9CA 2LZTA 4LYMA 5B1FA 3GXRA 3WW6A 5KXXA 1DI4A 1QDRA 1G7HC 1UIAA 2Z19A 4WG7A 4ETEA 1GF0A 2BLYA 1YKZX 3EBAB 2BQFA 1WTNA 5B07A 2HEDA 1VEDA 3VWOA 1JISA 4PRQA 3KAMA 4WLDA 3RZ4A 1B7OA 1JITA 1DI5A 2HUBA 4NGIA 3D9AC 5LVIA 1EQEA 4WM6A 1HSWA 1B7SA 1KXXA 2RSCA 3WXUA 1IP2A 1YAOA 2BQBA 1GEZA 3CSZA 1GF9A 1RFPA 1WQMA 6LYZA 1FBIX 4E3UA 4WG1A 1E8LA 4GN4A 1DPWA 4DD7A 1BWJA 2XBRA 4WLXA 2MEHA 3T36A 4NG8A 4IJ4A 4WM1A 1NDGC 4HTKA 1T6VL 1QTKA 1V7SA 2MEEA 4DDCA 4QGZA 1D0MA 3ATOA 1DPXA 1LZGA 3J4GA 3TXFA 1A2YC 4HTQA 5I4WA 1ALCA 1B9OA 3ULRA 1I1ZA 2MEIA 1VAUA 2EKSC 4QDNA 1LHLA 4XJFA 5F9XA 2EQLA 4NSJA 1XGTC 5FDJA 1DI3A 4TSBA 3WMKA 1IY4A 1EQ5A 4NSIA 1JJ3A 4N0JA 1HEWA 1B5XA 4LYOA 3CT1A 1REYA 4PPOA 3FI7A 1BHZA 4HV2A 5L3IA 5KXZA 1GB5A 1YL1X 1VFBC 3LYOA 4LYTA 1AM7A 3A3RX 2LYZA 4Z3MA 3A8ZA 1ZVHL 1KIPC 3A94A 3LZTA 1GB9A 1YQVY 4ET9A 1GEVA 1WVUA 1W08A 2BPUA 3A92A 1UIGA 1B7LA 5EBHA 3WL2A 4C3WA 1LZ1A 1LPIA 207LA 4HP0A 1G7JC 3D3DA 2BLXA 3WPLA 1LMPA 1LSNA 3WXTA 2F2NA 4ET8A 1DKJA 2EPEA 2Z37A 4ZIXA 1DQJC 5HNLA 4FJRA 1BB5A 1LZCA 1D6QA 4WL6A 3AYQA 3K3TA 1GFGA 4B4EA 4NGOA 1G7MC 3WUMA 4H9FA 2F4GA 1LSMA 1LSEA 3WULA 4XN6A 3A34A 3OK0A 4ETCA 2PC2A 4FDYA 5IHGA 2DQGY 5B06A 4YEMA 2Z38A 1AT6A 1JPOA 1NMMA 4NHTA 1AT5A 1LZTA 2GV0A 5FHWA 2D4KA 1LZSA 1XEKA 3E3DA 1IR8A 2BQLA 5KXSA 4XJGA 1GHLA 1YKXX 2DKVA 3TXKA 1YIKA 153LA 2DQAA 1HENA 1H87A 1LHJA 1HERA 2FYCA 1MLCE 4HTNA 4IASA 4NEBA 1LZ6A 3RW8A 1QSWA 5F81A 4DT3A 2HTXA 5KXYA 1F6SA 4LZTA 3WU9A 4DD9A 4H9BA 4HPIA 4DD1A 1VDSA 1IR7A 3TMUA 3HBHA 4NIJA 2W1MA 154LA 1KXYA 2ZNWY 4DDBA 4GCFA 1GF3A 4XJIA 1FLYA 4DD0A 1IOCA 5KXMA 1RJCB 3TXDA 1KXWA 1XEJA 4XYYA 3J6KA 1LJGA 4HJYA 4ETBA 1LSPA 4PHIA 4GN5C 1LJFA 1B7PA 3WH1A 2ZQ4A 4NHQA 1XGRC 1GB3A 4LT2A 1B5ZA 5D5CA 1IOTA 3QNGA 3TXBA 4YEOA 4B4JA 3A6BY 2HECA 1IY3A 4WMGA 2H9JA 194LA 5FCPA 2I6ZA 5KXRA 134LA 1IC5Y 1LJ4A 1LSGA 2F30A 3AW7A 5KXLA 1N4FA 2I25L 1J1PY 2H9KA 3LYZA 1LKSA 1UUZC 4I8SA 1LMNA 4WM4A 4ETAA 4ZEEA 3OJPA 3CSRA 1RI8B 3AGHA 4R0FA 1C10A 1JKAA 1CJ7A 1JKBA 1GBXA 1IWXA 4OOOA 5DN5A 3WW5A 5KKIA 1YL0X 5KXOA 2Z2FA 1GBOA 1GE2A 1GF5A 3AGGG 1JIYA 1TDYA 4PRUA 1GB7A 1JTOL 5IDDA 4Z41A 4N8ZA 1UICA 3EO5A 2DBTA 1LSBA 1LSFA 1GBWA 1GE3A 4D9ZA 2X0AA 1IWZA 4CGEA 1JUGA 1LAAA 3WPJA 4EOFA 3LHMA 2YBLA 4OWEA 1BB7A 1F0WA 2YBJA 5F16A 1IWUA 4LYBA 1BVXA 2Z12A 2HU3A 4WL7A 7LYZA 1QTEA 1OP9B 1LCNA 3HBDA 4OWCA 1C08C 1GFUA 2A7DA 1J1XY 1LSZA 2C8PA 2D6BA 4OWHA 1BB6A 5B1GA 3AGIA 5KJ9A 1B0DA 3W6EA 2ZYPA 2D4JA 4H93A 1REZA 1OUHA 3P68A 1LYOA 5ILFA 1J1OY 5KXTA 2IHLA 2LYMA 1IP4A 2DQHY 1OUJA 2ZILA 4UWNA 4WOAA 3CT5A 1BGIA 1IWYA 1YAPA 132LA 4DDAA 1IORA 1LJIA 4X3BA 2BQAA 1LSDA 4RDSA 3F6ZA 4KL7A 3TXIA 1XGUC 5K7OA 5ILCA 3N9EA 2BQOA 5KXWA 5HMVA 1JJ0A 4J7VA 4NGYA 1CNSA 2D4IA 1LHKA 2HEBA 3B72A 4W94A 3B0IA 3AW6A 208LA 1LZEA 1LZ4A 1IWTA 4LT1A 1UC0A 4GCCA 1HEMA 2XTHA 1B5WA 1GFEA 3AZ7A 4TUNA 5FSTA 3WUAA 2DQEY 1LHMA 2B5ZA 1LYYA 1F10A 2YDGA 3P66A 2BQJA 4J1BA 4M6DA 1GFVA 4ZFPA 1B5UA 5DL9A 2W1LA 3G3AB 2ZNXY 3MGWA 3WVYA 1SQ2L 4A7DA 5II3A 1LJNA 1REMA 5M1YA 1IVMA 1OUBA 1XGQC 5DLAA 1BB4A 6LYTA 1G7LC 1JEFA 4RW1A 1IIZA 4TX7A 1Z55A 1WVVA 2LZ2A 4LYZA 5J7CA 4NHIA 193LA 4LT0A 1JTPL 1FN5A 1HELA 3IJVA 5LXWA 1GXXA 3BKHA 2BQDA 1LJ3A 4LGKA 4HPEA 1LZ9A 2EIZC 1UIEA 1GBSA 1LZ8A 1FKVA 2BQEA 5APFA 3W6AA 4N9RA 1B5YA 3IWRA 3W6CA 1HC0A 5KXNA 1VATA 4YOPA 1T3PA 4GN3A 4BAFA 3ZEKA 4J1AA 3WYHA 4DD2A 4GCEA 4N5RA 5JENB 1WQPA 1ZVYB 2ZIKA 4MCKA 4AGAA 1AKIA 1PZYA 2Y8PA 4TSCA 2BQKA 4LFPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHIA 243LA 1L11A 5LVKA 5KXPA 177LA 1GF6A 2BQIA 1GAYA 4EKPA 1IP3A 5LA5A 1WQOA 4B4IA 4LDOA 5B59A 1TAYA 4H1PA 5I14A 2FBBA 1QUSA 1ZV5L 1GE1A 1GF7A 5L3HA 1TEWA 1SX2A 1GAZA 4UWUA 2CJLA 231LA 1G7IC 3QE8A 4EMNA 2DQJY 4I7QA 1LYHA 5FELA 1L70A 1L25A 4YENA 4NWEA 4CHXA 127LA 3HTDA 2YBIA 4YX7C 4G4BA 1XJUA 5D5FA 4I7NA 3TXHA 165LA 1B7MA 1FKQA 2HULA 2DQCY 1LMCA 2HEEA 1D6PA 1OUGA 4WO9A 1LW9A 4LFXA 1CKDA 1L17A 1BQLY 4XJBA 4J0LA 3TMWA 1LMOA 2I26L 2LHMA 1L04A 4DD3A 1LYFA 2YBHA 4YM8A 4H91A 151LA 1LJJA 212LA 188LA 4WO6A 236LA 5LYTA 1L76A 1GB0A 3A95A 5C6JA 214LA 5A3ZA 173LA 2Z39A 3LZ2A 2F47A 1CKHA 5C6LA 1G06A 3SB8A 1BWHA 4H92A 1WQNA 5I53A 2F4AA 5L9JA 1B7RA 1P7SA 1HFZA 1UCOA 3GUMA 1FLWA 1GBYA 1LYJA 5HLLA 3DMZA 1FLQA 1C6GA 1CV0A 5A3EA 1QUTA 1IEEA 4HSFA 4QY9A 4O34A 4H9HA 5LINA 1IOQA 135LA 4W96A 235LA 3WU8A 2B7XA 1L27A 4XADA 1W6ZA 1WQQA 111LA 1CU6A 3EXDA 260LA 1P64A 3A3QA 3L2XA 5KXKA 4PJ2C 3OE0A 3EMLA 1JKCA 251LA 3SBBC 1L55A 1LZDA 1G1WA 4ETDA 1LSCA 1YILA 1L38A 8LYZA 1LSYA 1IP7A 147LA 1JSFA 180LA 1LMAA 1VDTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LHI A;  3ATN A;  2MEC A;  2W1X A;  4UWV A;  5LVK A;  4WLT A;  5IEL A;  3IJU A;  3HFM Y;  1XGP C;  3B0O A;  5KXP A;  1GF6 A;  1GPQ C;  1NWG A;  2BQI A;  4G4C A;  1GAY A;  4BAD A;  1HHL A;  1OUA A;  1IP3 A;  1YKY X;  4RW2 A;  4Z46 A;  5LA5 A;  2HEA A;  1WQO A;  1OUI A;  1FLU A;  2MEF A;  4B4I A;  1LJK A;  4G4H A;  5C6I A;  4I0C A;  3ZVQ A;  5B59 A;  1CJ6 A;  1GE0 A;  1PS5 A;  4LT3 A;  3TMX A;  4MST A;  1BB3 A;  2HEF A;  1UIH A;  1TAY A;  4H1P A;  1OQM A;  2MEB A;  2MEA A;  2Z18 A;  5I4Y A;  3W6F A;  1GFK A;  1LJE A;  2FBB A;  1SLY A;  1QUS A;  1ZV5 L;  1YRO A;  3CQL A;  1GE1 A;  4WM2 A;  1OUE A;  1H6M A;  5LYM A;  1GF7 A;  2MEG A;  3P65 A;  4P2E A;  5L3H A;  1TEW A;  4NGK A;  1GAZ A;  4UWU A;  1I20 A;  1GB2 A;  2XBS A;  5F9U A;  3G3B B;  2CJL A;  4YF2 A;  1G7I C;  1IO5 A;  1IOS A;  1OUC A;  3QE8 A;  4NHP A;  1CKF A;  4EMN A;  5KKJ A;  2DQJ Y;  3TXE A;  4RLN A;  1C45 A;  2WAR A;  1HML A;  2N5Z A;  5LVG A;  5FEL A;  4YEN A;  4NWE A;  1LZA A;  3QY4 A;  1LMT A;  4KPM A;  1GDX A;  4OOT A;  4CHX A; 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 2LYM A;  1IP4 A;  2DQH Y;  1OUJ A;  2ZIL A;  4UWN A;  4WOA A;  3CT5 A;  1BGI A;  1IWY A;  1YAP A;  132L A;  4DDA A;  1IOR A;  1LJI A;  4X3B A;  2BQA A;  1LSD A;  4RDS A;  3F6Z A;  4KL7 A;  3TXI A;  1XGU C;  5K7O A;  5ILC A;  3N9E A;  2BQO A;  5KXW A;  5HMV A;  1JJ0 A;  4J7V A;  4NGY A;  1CNS A;  2D4I A;  1LHK A;  2HEB A;  3B72 A;  4W94 A;  3B0I A;  3AW6 A;  208L A;  1LZE A;  1LZ4 A;  1IWT A;  4LT1 A;  1UC0 A;  4GCC A;  1HEM A;  2XTH A;  1B5W A;  1GFE A;  3AZ7 A;  4TUN A;  5FST A;  3WUA A;  2DQE Y;  1LHM A;  2B5Z A;  1LYY A;  1F10 A;  2YDG A;  3P66 A;  2BQJ A;  4J1B A;  4M6D A;  1GFV A;  4ZFP A;  1B5U A;  5DL9 A;  2W1L A;  3G3A B;  2ZNX Y;  3MGW A;  3WVY A;  1SQ2 L;  4A7D A;  5II3 A;  1LJN A;  1REM A;  5M1Y A;  1IVM A;  1OUB A;  1XGQ C;  5DLA A;  1BB4 A;  6LYT A;  1G7L C;  1JEF A;  4RW1 A;  1IIZ A;  4TX7 A;  1Z55 A;  1WVV A;  2LZ2 A;  4LYZ A;  5J7C A;  4NHI A;  193L A;  4LT0 A;  1JTP L;  1FN5 A;  1HEL A;  3IJV A;  5LXW A;  1GXX A;  3BKH A;  2BQD A;  1LJ3 A;  4LGK A;  4HPE A;  1LZ9 A;  2EIZ C;  1UIE A;  1GBS A;  1LZ8 A;  1FKV A;  2BQE A;  5APF A;  3W6A A;  4N9R A;  1B5Y A;  3IWR A;  3W6C A;  1HC0 A;  5KXN A;  1VAT A;  4YOP A;  1T3P A;  4GN3 A;  4BAF A;  3ZEK A;  4J1A A;  3WYH A;  4DD2 A;  4GCE A;  4N5R A;  5JEN B;  1WQP A;  1ZVY B;  2ZIK A;  4MCK A;  4AGA A;  1AKI A;  1PZY A;  2Y8P A;  4TSC A;  2BQK A;  4LFP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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