5I54A

Exploring onset of lysozyme denaturation by urea - soak period 4 hours
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i54A00
4NSJA 4XN6A 1AKIA 1JUGA 1UA6Y 1GBWA 4HTKA 4NHQA 4UWUA 5T3FA 1LOZA 5LXWA 1NBYC 3AW6A 1GAZA 4J0LA 4NGIA 1HEPA 3B0IA 3OJPA 3RT5X 1GE0A 1HFXA 1LZAA 1IWUA 4ET8A 1LJNA 2Z19A 4H8XA 1AT5A 1FBIX 1LKRA 1KXYA 4HSFA 1BB7A 1IIZA 1GFRA 1HEOA 1BVKC 4RW1A 4NG8A 5LA5A 1B7OA 1LJEA 1HSXA 1JITA 2BQHA 4H9EA 1CKDA 1DQJC 2DQJY 2CWIA 4N1EI 4DD2A 4OW1A 4HV2A 2FYCA 1BWHA 5LINA 4NFVA 2LYOA 1UIHA 3WPJA 4B4EA 1B5YA 4NHIA 1FLWA 4NHPA 1J1XY 1OUHA 4DDBA 4M6DA 1G7HC 2LZTA 5I4YA 3HFMY 3WMKA 4ETAA 1WQOA 1GWDA 2HEBA 1F6SA 2HEDA 4DDAA 1HF4A 2BQMA 5APCA 2FBBA 2LYMA 2Z2EA 5DLAA 4QGZA 1LSGA 1LSEA 3A67Y 3EMSA 3W6AA 4NY5A 4FDYA 1C45A 1LJHA 4MSTA 1SLYA 5EBHA 4CGEA 1NQIA 4Z41A 3EXDA 2ZYCA 2BQAA 4H8YA 2DQEY 1NBZC 5APEA 5HMVA 1I1ZA 5IELA 4U3XB 4MR1A 1LZ1A 5DN4A 4B49A 3A96A 2HUBA 4WM6A 5AMYA 4DD0A 1ZVHL 1EQEA 1HNLA 2EQLA 4DD7A 4G4BA 1LCNA 1LYYA 4LYMA 5KXZA 2Z39A 4HJVA 4WG7A 1CJ8A 3ATOA 4DWXA 3WYHA 5C6IA 4KL7A 4HJYA 1HSWA 1LZNA 1B7SA 2ZIJA 3J4GA 1UIGA 5FEKA 5I5QA 1LYZA 1LZ8A 1G7IC 1YKYX 2MEBA 3LZTA 2HECA 5K7OA 3W3EA 3QNGA 3QY4A 2H5ZA 2HEEA 1YAOA 4GCEA 5LVIA 3AZ4A 4E3UA 2I26L 2MEAA 4KT3A 4WM1A 5KXLA 2ZIKA 4ZFPA 1VEDA 1LHJA 4QDNA 2EKSC 4YF2A 1JKBA 208LA 2BQLA 1JSFA 1IY3A 1REZA 3VWOA 1ZV5L 4FJRA 193LA 5A3ZA 4C3WA 1O23A 3LN2A 1LJJA 1LZEA 2MEDA 5KXXA 1B7LA 4GCCA 4AXTA 3W6EA 1LZ6A 1B7NA 1DKKA 1GE3A 1OUAA 1QTKA 1VATA 1XGRC 4LYCA 4W96A 5HLLA 1LJFA 1OP9B 1NMMA 4OWEA 1LSNA 2BQBA 2D91A 3MGWA 207LA 2D4IA 2IHLA 2MEIA 5F14A 3A94A 4WM5A 4I0CA 1V7TA 4WG1A 4HPEA 4LYOA 1IX0A 4ML7A 4B1AA 1GEZA 1YKZX 1LZBA 1IWTA 1HELA 2DQDY 3N9AA 4KXIA 1DPWA 1JIYA 4R0FA 3RNXA 4DYGA 153LA 5LIOA 1GF9A 4BAPA 1B0DA 4N0JA 2XTHA 2DKVA 5LA8A 5B1GA 1IP1A 1GBYA 1JKAA 4H9CA 1IEEA 3ULRA 2NWDX 4PJ2C 3CT1A 1LZRA 4XJFA 5FSTA 1D6QA 1IWWA 4LYBA 1TBYA 5B06A 4H90A 4DDCA 1GAYA 2C8OA 4ZIXA 4G49A 1JKDA 3AYQA 4WMGA 3T36A 1NDMC 2DBTA 3ZVQA 5KKIA 3K3TA 1UIBA 4DC4A 4OWBA 1ZVYB 4XJIA 1IWVA 5B05A 4H91A 2HU1A 3WU7A 2B5ZA 4KPMA 4M4OA 5ILFA 4J7VA 1LTMA 4H92A 3A95A 1GHLA 1IOQA 1UIFA 1IC7Y 4Z3MA 1LSZA 1OUFA 1B7QA 2ZILA 1LZDA 2BQNA 5APFA 1CJ6A 2N5ZA 2ZNWY 1J1OY 4IATA 1HFYA 2EPEA 1UUZC 2DQGY 1UIDA 5B07A 5IHGA 4P2EA 1OQMA 1QDRA 1GDXA 2G4PA 1QSWA 2ZQ3A 4OOOA 1UIAA 2D4JA 3HBDA 5FHWA 2LYZA 2VB1A 1NKHA 1LSAA 4NG1A 4RLNA 5I4WA 4UWVA 1C10A 1JSEA 3AZ6A 1KXXA 4GLVA 5KXOA 4IASA 1GB3A 5FELA 1FLQA 3RZ4A 2DQIY 1EQ4A 4LZTA 1WQRA 3P64A 1UICA 4N5RA 2Z2FA 1IORA 1ALCA 1IOCA 1C08C 1VFBC 4CFPA 4GN5C 1WTMA 2YBJA 5KXKA 1CJ7A 2XJWA 4II8A 1GB7A 2F30A 1LZSA 1VDTA 5E4PA 4WL6A 3AZ5A 3B72A 4GCBA 1DI4A 1GBXA 2Z38A 5C6LA 4H93A 4NGYA 5IDDA 4NSHA 1WQMA 4NGWA 1FDLY 3WW6A 4BAFA 5DM9A 5KJ9A 1YROA 2YBIA 2YBLA 3N9EA 1LSDA 4ETBA 6LYTA 1UBZA 1LMOA 2BQCA 1IR7A 3KAMA 5KXSA 1RJCB 2YVBA 3G3BB 1XSFA 2YBHA 1IR9A 4GN3A 2FBDA 1SQ2L 3A6BY 5KKJA 1UIEA 4PHIA 1GF8A 1GE4A 3WXUA 1JJ3A 4XJBA 1BQLY 1D6PA 5KXTA 3EBAB 3RU5A 1GBOA 2MEEA 1YIKA 1QQYA 1INUA 3D3DA 1T3PA 5LVHA 5KXPA 1WVVA 1OUGA 3EO5A 4WOAA 3A90A 1GF5A 4B4IA 4H94A 4NGLA 4NGZA 2MEFA 1UC0A 1IC5Y 4NSIA 1LJ3A 5KXYA 5D5FA 2C8PA 2RSCA 4YENA 1LMAA 1LJKA 2ZWBA 6LYZA 1F10A 3TXHA 1QUTA 1G7MC 3A3QA 1UACY 3CT5A 5KY1A 2HTXA 4YEOA 4HTQA 4HTNA 1ZMYL 1JKCA 1JWRA 4H9IA 1GB9A 1LZ5A 3W6BA 4TWSA 5F16A 1GDWA 1LHMA 1FLYA 1QIOA 1HEMA 2CDSA 2IFFY 3WU8A 3A8ZA 3M18B 1IP3A 3IJUA 1J1PY 3WUNA 1F6RA 4C5FA 5LAGA 2BLYA 3WUMA 2LHMA 1AM7A 1REXA 1LSPA 3QE8A 4NWHA 1N4FA 2Q0MX 2DQFC 5ILCA 1XEKA 1I20A 2I6ZA 4NSGA 5HMJA 1JJ1A 1LMTA 4LT1A 3FI7A 5KXMA 1BVXA 1CKFA 4MCKA 1FKQA 5L3IA 4B0DA 5I53A 1LHKA 1Z55A 1PS5A 4YM8A 1KIRC 2MEGA 1HMKA 4NGVA 3P68A 1GFAA 1B5XA 2YSSC 3AW7A 3TXKA 1GBZA 1JTPL 1GB0A 4H8ZA 154LA 4HP0A 1B9OA 1LSMA 4TSBA 2PC2A 1GB6A 5B59A 1IP7A 1MLCE 4OOTA 1H6MA 2F2NA 4L41A 4XJHA 1DKJA 1LJ4A 3HBHA 1CKGA 2Z12A 4PGJB 4RLMA 1XFPL 1DPXA 5LVGA 1B5ZA 4UWNA 1EL1A 4WO9A 4XADA 3AGHA 2ZYPA 1XGUC 4BS7A 1GFJA 1HERA 3T6UA 1BGIA 4LT0A 3TMXA 3BKVA 3TXFA 1YQVY 1JTTL 3F6ZA 1G7LC 4ETCA 4H9AA 1YKXX 1LZGA 4XJDA 2W1YA 1PZYA 4W94A 3P65A 3TXIA 1QTEA 2EIZC 5D5CA 1IC4Y 2Z37A 1GF6A 1IWYA 4RW2A 5L3HA 1C43A 2W1LA 3CT0A 2W1XA 4HPIA 3WULA 2GV0A 3A6CY 4EOFA 1OUEA 1OUDA 2ZQ4A 4LYTA 1HFZA 1XEIA 4GLAA 5LAFA 1REMA 4Z98A 1GF0A 4OWAA 1MELL 3LHMA 1GFVA 1HENA 1LYSA 3AGIA 1LPIA 2XBSA 2F4GA 3TXJA 3WUAA 5I4XA 1KIPC 1JHLA 2A7FA 3W6DA 1LMPA 4N9RA 1D9UA 5JENB 9LYZA 1IY4A 8LYZA 5LYZA 3WVYA 1F0WA 1C7PA 3CSQA 1CNSA 4WLXA 1LHLA 1GBSA 2X0AA 3W6CA 3WPLA 4TSCA 2H9KA 1FN5A 4LGKA 1LJGA 2BQDA 1OUBA 1WQQA 3GXKA 1IR8A 2BAAA 1D0KA 4CJ2A 4LFXA 1BB3A 5LVKA 1IP2A 1UCOA 2DQCY 4YOPA 1GFGA 1TDYA 4PRUA 4H9HA 5F9XA 1A4VA 1GFKA 3ATNA 1CJ9A 3B0OA 4O34A 5DL9A 3TMWA 1LSCA 4CFOA 4D9ZA 1LAAA 1QSAA 4J1BA 5FCPA 1W08A 1H87A 1WQPA 5KXRA 4IJ4A 5FDJA 1RFPA 3BKHA 3LYMA 1E8LA 1KXWA 1LMNA 1YAPA 2W1MA 3B0KA 3N9CA 4H1PA 4NWEA 4WLYA 4XJGA 5APDA 1HEQA 4NHTA 3WW5A 1HMLA 1YILA 2A7DA 1CKCA 2BQJA 4WL7A 1VAUA 4ANRA 2BQFA 2BQIA 1KIQC 2XBRA 1LHHA 1BWIA 1LSBA 1GFUA 5F81A 1JJ0A 1LZTA 1W6ZA 1IOTA 132LA 2MEHA 4WM2A 4NGOA 1D0MA 4TUNA 3A3RX 4A7DA 2HEAA 1NHEA 3ZVQB 4CHXA 1B2KA 4NGJA 1JPOA 4LT3A 5DN5A 5HNCA 3D9AC 5J7CA 3A93A 1IP6A 1IOSA 4NIJA 1GFHA 2YBMA 4WO6A 4GCFA 5HQ1A 1JTOL 3AB6A 5LYTA 135LA 134LA 2CGIA 1LSFA 3AGGG 1DZBX 2D6BA 1VDPA 1QUSA 1OUIA 5M1YA 1CKHA 4NEBA 4ET9A 4AGAA 4B4JA 1GFEA 4LYZA 4DT3A 2LZ2A 1HC0A 4WLTA 1NWGA 4N1CC 3TMVA 1D0LA 4ZEEA 2HEFA 194LA 2I25L 1OUJA 3SP3A 4WLDA 4PRQA 3WU9A 1BB4A 1GD6A 3LYZA 1OUCA 4G9SA 1RCMA 2Y8PA 3HBEX 3OK0A 3A91A 4LFPA 1JISA 1LKSA 3TXBA 3CQLA 1B7MA 4G4HA 1GE2A 1C46A 1LZ4A 1GE1A 1GXV2 1GF7A 2G4QA 4DD1A 2ZNXY 5KXWA 1AZFA 2YBNA 1BHZA 4NGKA 1IO5A 1B7RA 3B6LA 5L9JA 2BPUA 1NDGC 1P2CC 3AJNA 4N8ZA 4H9FA 4X3BA 1IWZA 1LYOA 5II3A 4YEMA 4RDSA 2AUBA 3WH1A 7LYZA 1VDQA 133LA 4LT2A 4OWHA 4XENA 3WL2A 1GB5A 2DQAA 1G7JC 1GFTA 2D4KA 2HU3A 2H9JA 1LSYA 1AT6A 1GF3A 1NF5A 5E9RA 1BB6A 4TTDA 1LMQA 1A2YC 3WXTA 1LMCA 2G4NA 1YL1X 2BQEA 1LZCA 3AZ7A 4DD9A 2FYDA 4GCDA 1IP4A 2BQOA 4H9BA 1B5UA 4Z46A 2WARA 3FE0A 1WQNA 4J1AA 4PPOA 1V7SA 3CB7A 1LZYA 5I54A 4WM4A 1TCYA 1XGTC 3WPKA 1BB5A 1I56A 3LYTA 3M3UA 1IP5A 4I8SA 5HNLA 4NHSA 3J6KA 1GB2A 1JEFA 1XGPC 5F9UA 5B1FA 3TXGA 5KXNA 1HEWA 5C6JA 1DI3A 2BLXA 1YL0X 4G4CA 1IVMA 4ETDA 1YAMA 3P4ZA 1EQ5A 1LHIA 1GXXA 1FKVA 1TEWA 5LYMA 4TX7A 1XGQC 1BWJA 1DI5A 1IWXA 4WM3A 3TXDA 3ZEKA 3CSZA 2YDGA 1LZ9A 4ETEA 3W6FA 1TAYA 2BQKA 2F4AA 4BADA 1RI8B 3IWRA 1LJIA 4R6CA 1GF4A 1YANA 3CSRA 3RW8A 1B5VA 4GN4A 1REYA 1VDSA 2MECA 3WVXA 1QDTA 4HV1A 4QY9A 1B5WA 1GPQC 1GEVA 2Z18A 1B7PA 2CJLA 1FLUA 5A3EA 1WVUA 2BQGA 3LZ2A 5LVJA 3IJVA 1WTNA 1DXJA 3GXRA 3G3AB 1RE2A 1YAQA 4QEQA 1HHLA 4OWCA 3TXEA 4HJZA 1XEJA 3A92A 3A34A 3P66A 1T6VL 4XYYA 3LYOA 4DD3A 2DQHY 3E3DA 1GB8A 4EMNA 3TMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA6Y 257LA 1LYIA 4NHQA 1L09A 4UWUA 3DNAA 174LA 1LOZA 1G07A 164LA 3B0IA 1HFXA 1LZAA 1IWUA 1AT5A 1KXYA 4HSFA 1BVKC 1B7OA 1LJEA 1JITA 2BQHA 4H9EA 4N1EI 2FYCA 252LA 2F32A 3CDRA 1FLWA 4DDBA 3WMKA 3HT7A 4ETAA 2HEDA 3C7WA 2FBBA 1L05A 5DLAA 1LSGA 1LSEA 4FDYA 2QARC 1NQIA 2DQEY 1NBZC 5IELA 1I1ZA 1LZ1A 1L07A 4DD0A 1HNLA 4G4BA 1LCNA 1LYYA 3QAKA 4WG7A 1OVKA 1HSWA 5FEKA 2MEBA 2HECA 4YXCA 2H5ZA 4ARPA 4GCEA 3AZ4A 3HH6A 2I26L 2MEAA 4KT3A 4QDNA 1LHJA 208LA 1L29A 3VWOA 4I7SA 3PBLA 5A3ZA 4C3WA 1L92A 3LN2A 1LZEA 1B7LA 4AXTA 1GE3A 1QTKA 4LYCA 1LJFA 4OWEA 1LSNA 2BQBA 3HUAA 3MGWA 207LA 2D4IA 2IGCA 4HPEA 1IX0A 4B1AA 1C6LA 1IWTA 1DPWA 1C65A 4ARLA 5LIOA 2XTHA 5B1GA 1IP1A 1GBYA 1L43A 1IEEA 2Z6BA 4PJ2C 125LA 1D6QA 1L14A 5B06A 1GAYA 4G49A 1NDMC 1L18A 1P2LA 3C8RA 1L56A 1ZVYB 1L24A 2HU1A 3A95A 1LYFA 210LA 4W56A 1LZDA 1KY1A 5APFA 2N5ZA 2ZNWY 1HFYA 1UUZC 1L44A 4P2EA 2G4PA 1GDXA 1QSWA 216LA 2B6XA 3HBDA 3UONA 1NKHA 1LSAA 4NG1A 4RLNA 183LA 254LA 3HWLA 1L21A 1C6MA 1CTWA 2DQIY 1WQRA 2L78A 1ALCA 1IOCA 1VFBC 2XQOA 2RBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NSJ A;  4XN6 A;  1AKI A;  1JUG A;  1UA6 Y;  1GBW A;  4HTK A;  4NHQ A;  4UWU A;  5T3F A;  1LOZ A;  5LXW A;  1NBY C;  3AW6 A;  1GAZ A;  4J0L A;  4NGI A;  1HEP A;  3B0I A;  3OJP A;  3RT5 X;  1GE0 A;  1HFX A;  1LZA A;  1IWU A;  4ET8 A;  1LJN A;  2Z19 A;  4H8X A;  1AT5 A;  1FBI X;  1LKR A;  1KXY A;  4HSF A;  1BB7 A;  1IIZ A;  1GFR A;  1HEO A;  1BVK C;  4RW1 A;  4NG8 A;  5LA5 A;  1B7O A;  1LJE A;  1HSX A;  1JIT A;  2BQH A;  4H9E A;  1CKD A;  1DQJ C;  2DQJ Y;  2CWI A;  4N1E I;  4DD2 A;  4OW1 A;  4HV2 A;  2FYC A;  1BWH A;  5LIN A;  4NFV A;  2LYO A;  1UIH A;  3WPJ A;  4B4E A;  1B5Y A;  4NHI A;  1FLW A;  4NHP A;  1J1X Y;  1OUH A;  4DDB A;  4M6D A;  1G7H C;  2LZT A;  5I4Y A;  3HFM Y;  3WMK A;  4ETA A;  1WQO A;  1GWD A;  2HEB A;  1F6S A;  2HED A;  4DDA A;  1HF4 A;  2BQM A;  5APC A;  2FBB A;  2LYM A;  2Z2E A;  5DLA A;  4QGZ A;  1LSG A;  1LSE A;  3A67 Y;  3EMS A;  3W6A A;  4NY5 A;  4FDY A;  1C45 A;  1LJH A;  4MST A;  1SLY A;  5EBH A;  4CGE A;  1NQI A;  4Z41 A;  3EXD A;  2ZYC A;  2BQA A;  4H8Y A;  2DQE Y; 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 3WL2 A;  1GB5 A;  2DQA A;  1G7J C;  1GFT A;  2D4K A;  2HU3 A;  2H9J A;  1LSY A;  1AT6 A;  1GF3 A;  1NF5 A;  5E9R A;  1BB6 A;  4TTD A;  1LMQ A;  1A2Y C;  3WXT A;  1LMC A;  2G4N A;  1YL1 X;  2BQE A;  1LZC A;  3AZ7 A;  4DD9 A;  2FYD A;  4GCD A;  1IP4 A;  2BQO A;  4H9B A;  1B5U A;  4Z46 A;  2WAR A;  3FE0 A;  1WQN A;  4J1A A;  4PPO A;  1V7S A;  3CB7 A;  1LZY A;  5I54 A;  4WM4 A;  1TCY A;  1XGT C;  3WPK A;  1BB5 A;  1I56 A;  3LYT A;  3M3U A;  1IP5 A;  4I8S A;  5HNL A;  4NHS A;  3J6K A;  1GB2 A;  1JEF A;  1XGP C;  5F9U A;  5B1F A;  3TXG A;  5KXN A;  1HEW A;  5C6J A;  1DI3 A;  2BLX A;  1YL0 X;  4G4C A;  1IVM A;  4ETD A;  1YAM A;  3P4Z A;  1EQ5 A;  1LHI A;  1GXX A;  1FKV A;  1TEW A;  5LYM A;  4TX7 A;  1XGQ C;  1BWJ A;  1DI5 A;  1IWX A;  4WM3 A;  3TXD A;  3ZEK A;  3CSZ A;  2YDG A;  1LZ9 A;  4ETE A;  3W6F A;  1TAY A;  2BQK A;  2F4A A;  4BAD A;  1RI8 B;  3IWR A;  1LJI A;  4R6C A;  1GF4 A;  1YAN A;  3CSR A;  3RW8 A;  1B5V A;  4GN4 A;  1REY A;  1VDS A;  2MEC A;  3WVX A;  1QDT A;  4HV1 A;  4QY9 A;  1B5W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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