5KKIA

1.7-angstrom in situ mylar structure of hen egg-white lysozyme (hewl) at 100 k
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title A Versatile System for High-Throughput In Situ X-ray Screening and Data Collection of Soluble and Membrane-Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kkiA00
1JHLA 4TWSA 1GE3A 1YAPA 3TMVA 4W96A 4RW2A 4PHIA 1REXA 4WM5A 1IOSA 3AB6A 193LA 1IP4A 3A92A 1D0MA 4WLXA 1C46A 4OWBA 1INUA 1ZVYB 3LYTA 4XN6A 4ETCA 3TXDA 1W6ZA 2BQMA 1WQMA 3TXKA 4RLMA 1WVUA 1RFPA 207LA 4HSFA 3WUMA 2ZQ3A 3A6CY 1KIPC 4LFXA 1LZ6A 4KPMA 1LKRA 4WLYA 4NSHA 5EBHA 2HU1A 1LMPA 2FBBA 1SLYA 1HSXA 3IJVA 3OJPA 1AZFA 1A4VA 4N8ZA 1B7SA 3W6AA 1GB8A 1XEKA 5B59A 5KXRA 4QDNA 2HU3A 2Z18A 4MR1A 4YEOA 3WYHA 4DT3A 1VFBC 1QTKA 4QEQA 3AZ4A 3W3EA 2XBRA 5KXYA 1GF7A 3A94A 1GWDA 4CJ2A 1GB2A 5KXNA 1ALCA 5LA8A 1J1PY 4GN5C 1HFYA 1IWWA 1EQEA 1LMQA 4AGAA 1LJGA 4NGKA 4XADA 1ZV5L 4N5RA 5ILCA 4ETEA 4WM1A 4NWEA 1B7LA 4IATA 1BB3A 1XGQC 1LSYA 1XGPC 3FI7A 1G7HC 4NGVA 5DN5A 3OK0A 4DC4A 6LYZA 5KXWA 2YBNA 3QNGA 5KXLA 4BAFA 1IWXA 4H9AA 4NSIA 3T36A 4DD0A 1QIOA 2ZYPA 2I6ZA 3LN2A 1F6RA 4B4IA 3ZEKA 2FBDA 1YANA 3ULRA 3WUNA 1IOTA 2C8OA 4XJHA 3G3AB 2EKSC 2Z38A 4DD1A 3AGGG 1LJIA 1YKYX 2MEFA 4NSJA 2A7FA 3EBAB 4WM3A 3N9CA 1IWVA 5APFA 4OWEA 2LYZA 1UICA 3TXFA 4Z98A 1NWGA 1YL0X 2CDSA 2VB1A 1IP5A 4KT3A 2MEGA 3WU8A 1GBXA 1FDLY 1IEEA 5B1FA 5F9UA 1CJ8A 1GB5A 1LYOA 3AZ7A 4KXIA 3ATOA 1GF5A 1JTTL 3RU5A 3CT0A 4ET8A 4C5FA 4B4JA 1IP1A 1LSDA 1LTMA 1HEMA 2BQAA 2G4QA 2YBHA 3M3UA 4NIJA 1B0DA 4PPOA 4AXTA 4Z46A 5C6LA 1LJ4A 1LZYA 1QTEA 2BAAA 2BQCA 4PJ2C 2GV0A 5F16A 2LYMA 4UWUA 5LXWA 2DQEY 3D3DA 4NWHA 1AT5A 1EQ4A 5KXSA 1CKFA 4FDYA 1IR7A 2BQBA 4HPEA 1OUCA 1BVKC 4GCDA 5B06A 1LSAA 1WQNA 2MEIA 3WXTA 4HV2A 4DD3A 1OUIA 3J6KA 2Z19A 3WVYA 1NHEA 4NY5A 5IHGA 4TSBA 7LYZA 1WTNA 1EL1A 3LZTA 1CNSA 1TCYA 2D4JA 1LZEA 1B7MA 1HMLA 1IOCA 1B7OA 3FE0A 1CJ7A 2YDGA 1LZNA 5II3A 1KIRC 1HELA 1YAQA 3B0KA 3LYZA 2RSCA 4J1AA 4DD7A 1BWIA 1GHLA 1LJJA 1WQRA 1LZDA 1GEZA 4ZFPA 5LYMA 5KKIA 4DDAA 1UIDA 2LZ2A 4PGJB 1LSMA 1YL1X 5I4XA 1G7IC 4HTNA 1GXXA 4BAPA 3ATNA 1IO5A 2MEHA 1YKZX 3A90A 4IJ4A 1IIZA 2BQIA 4G49A 1GF3A 1DI3A 4GCFA 3W6DA 5HNCA 1GB6A 1LZGA 3A8ZA 5J7CA 1B5VA 4XJGA 4N9RA 4PRQA 4R0FA 132LA 1GF0A 2HEBA 3EXDA 2LYOA 4LYZA 1YILA 2HTXA 3HBEX 3T6UA 2DQGY 4H90A 4DWXA 1C08C 3W6FA 5M1YA 2FYCA 4G4HA 1E8LA 1OUDA 4NGJA 1LZ5A 1UIFA 5B1GA 2EIZC 5LAFA 134LA 1GD6A 4LYOA 4YENA 4A7DA 3N9AA 2BQJA 1GFJA 1XGUC 4NEBA 5FDJA 3WPKA 1IP3A 1LZRA 1XSFA 4U3XB 5HNLA 5C6IA 1YIKA 3D9AC 3AW7A 1HFXA 2BQKA 5L9JA 4EMNA 154LA 2BQEA 3P4ZA 4OWHA 4GCCA 3K3TA 4HP0A 1GFVA 1OUEA 5B07A 5C6JA 1DXJA 1AKIA 4E3UA 4QGZA 1ZVHL 1LYYA 1CJ9A 2F30A 1LSEA 1LZ8A 2WARA 4B1AA 1YROA 1LHMA 5HLLA 1HHLA 2CWIA 3TXGA 5HMVA 1JSFA 3TXJA 1AM7A 3WMKA 1GXV2 4NGIA 1CKGA 1UIAA 1JTOL 3J4GA 1OP9B 5LIOA 1UACY 1LMOA 3LYMA 1IWUA 4LT2A 1A2YC 1LSPA 5L3HA 4DD9A 4I8SA 1B5ZA 1RI8B 5FELA 3RT5X 3LHMA 4H1PA 2C8PA 2D4IA 4LYCA 1BQLY 4IASA 3A96A 2XJWA 2W1YA 1MLCE 4TUNA 1HC0A 1HNLA 1MELL 4WO9A 4OWAA 1F0WA 4NHSA 5F14A 1I1ZA 1VAUA 1V7SA 4RDSA 4Z3MA 2Z2EA 1CKDA 1XEJA 4GCEA 5I4WA 1DQJC 1IR9A 1LJFA 4H9EA 1V7TA 2Q0MX 5B05A 1GB9A 1UIGA 1JJ1A 1LSNA 5F9XA 2ZIJA 4OWCA 4YF2A 4B49A 5LVKA 2HEEA 3CB7A 4J7VA 3A67Y 3EMSA 1G7JC 4HPIA 5APDA 4TSCA 3AGIA 2BQGA 1LHKA 1IP2A 1LYSA 1IORA 1B5UA 1GE1A 1FKQA 1FLYA 1IOQA 4W94A 1QSWA 2N5ZA 1JEFA 1LHJA 1LKSA 2DQIY 1JKDA 4NHTA 1HENA 4WG7A 1BB7A 3WU9A 1HEOA 1OUAA 3CSRA 1YAMA 4KL7A 3E3DA 3QE8A 1GE0A 1J1OY 4WO6A 1DPXA 4WOAA 3HBHA 5F81A 5DL9A 2DQAA 1GE2A 3CSQA 3A34A 1UBZA 1IR8A 2D6BA 3AYQA 2Z37A 2HECA 2LHMA 5HMJA 4H8ZA 3TXBA 3ZVQB 1BGIA 3SP3A 2MEEA 4WL7A 3TXIA 4YM8A 4CFOA 2DQJY 4N1EI 2FYDA 1JITA 1TEWA 2BLYA 5LYZA 1BB5A 1IX0A 3BKVA 1IVMA 1RE2A 4H93A 1GBSA 1F6SA 1HSWA 4G9SA 4NSGA 4N0JA 2Z12A 135LA 1IWZA 3EO5A 4II8A 4EOFA 1KXXA 5HQ1A 4Z41A 1GFRA 2YVBA 1FN5A 4NGWA 4OOTA 3G3BB 1NQIA 2DQHY 1WQQA 2ZNXY 4DD2A 2HEDA 1I20A 1IP6A 1D6QA 1LJEA 1UUZC 4WLTA 1LJKA 4WM4A 1LSBA 1LHIA 1QDRA 5APEA 3CT5A 4LT3A 4TTDA 1IY4A 1NDGC 1B7QA 1T6VL 2G4NA 1GDWA 2CJLA 2Z39A 3P64A 4GLAA 1JWRA 3A3RX 4I0CA 3WL2A 2H5ZA 4CFPA 1KXYA 1LPIA 3W6BA 1GAYA 5LA5A 1UIEA 3P68A 1LAAA 4NGLA 4WL6A 1OUFA 2F4GA 5FEKA 1LSFA 1GFHA 3BKHA 1UIBA 1JPOA 1YQVY 3WW5A 1DPWA 2DQFC 153LA 1LJNA 1VDPA 1WVVA 4H94A 1HEWA 6LYTA 9LYZA 1J1XY 1GPQC 5T3FA 3N9EA 1G7MC 1C45A 1HERA 1LZBA 4RLNA 1TBYA 1ZMYL 4B0DA 1LMCA 4LYMA 3WPJA 3WULA 4ANRA 1RCMA 4ZEEA 2I25L 1JIYA 1I56A 1CKHA 1IC5Y 1OQMA 1OUJA 2IFFY 3ZVQA 1GE4A 1NBZC 1LZ4A 4DYGA 5KXTA 1RJCB 4LT0A 4OOOA 1B5WA 2MECA 5DN4A 4BADA 4LZTA 5LVHA 1REYA 1GBOA 5IELA 2DKVA 2DBTA 1FLWA 4QY9A 1GDXA 1IC7Y 4RW1A 2HEAA 1PS5A 5AMYA 4H9FA 1YAOA 2AUBA 1B5XA 1LOZA 1LZSA 4BS7A 2F2NA 1LJHA 4NG8A 1KXWA 2YBIA 4NGZA 4XJBA 3A91A 3TMWA 1N4FA 1REZA 2DQDY 2G4PA 2HUBA 1QUTA 2ZIKA 1BHZA 3CSZA 3WVXA 5I54A 4ZIXA 1GFUA 1BB6A 1LMAA 1C10A 3W6CA 2ZNWY 4H91A 5IDDA 4NGYA 3RNXA 4WLDA 5I53A 5FCPA 2EPEA 1DI4A 3WU7A 2PC2A 4J1BA 4WM6A 1T3PA 1Z55A 4P2EA 2X0AA 3A6BY 4LT1A 1JUGA 2ZILA 1B7RA 1HFZA 2NWDX 1XGTC 5DM9A 5APCA 1TDYA 5D5CA 4WM2A 1LCNA 4PRUA 1GFEA 3P66A 4LFPA 1GFKA 3M18B 194LA 1LYZA 2IHLA 1VDQA 3AW6A 5A3EA 5I4YA 1NKHA 1DKKA 4NG1A 1GFAA 4H9BA 4R6CA 2Y8PA 1LHHA 2YBMA 1GFTA 1IWYA 1AT6A 1EQ5A 1JKAA 1VATA 4NHIA 2BQOA 4GN4A 1GFGA 2BQLA 4HJYA 4UWNA 1GBWA 1LHLA 1FLQA 4OW1A 1JISA 4C3WA 3RZ4A 1FKVA 4D9ZA 1B9OA 4L41A 3HFMY 2YBLA 2EQLA 3TXHA 1VDTA 1TAYA 1YKXX 4LGKA 4TX7A 4HTQA 2BQDA 1CJ6A 1VDSA 4G4CA 1LZ9A 1NMMA 4X3BA 2H9KA 4HJZA 4H9HA 1JKBA 1B7PA 1QDTA 1IY3A 4XENA 5L3IA 1UCOA 4NHPA 5KY1A 5LVGA 3GXKA 2CGIA 5FHWA 1BWHA 3LYOA 4G4BA 1P2CC 1GB7A 1QUSA 5KXKA 1HEPA 1D9UA 1LSGA 8LYZA 5KXXA 1BB4A 5ILFA 1B7NA 5K7OA 1JKCA 2F4AA 1NBYC 3IJUA 1UIHA 4H8XA 1GF8A 3CQLA 4FJRA 1IP7A 1GB3A 3AJNA 1DKJA 1KIQC 5KXPA 5E9RA 1JJ3A 1BVXA 1LSZA 3KAMA 4ML7A 1LMTA 2ZWBA 3WH1A 3WXUA 1GF4A 1NF5A 1UC0A 3QY4A 5LVIA 3TMXA 1H87A 1OUGA 1QSAA 1GBYA 4NGOA 2W1LA 4GCBA 3IWRA 1W08A 4WG1A 1REMA 2A7DA 5LYTA 1D6PA 1UA6Y 4YOPA 5I5QA 3RW8A 3B0OA 1FLUA 4GN3A 208LA 1LZTA 5KJ9A 2B5ZA 4GLVA 2ZYCA 1QQYA 2BQFA 5LINA 4H92A 2ZQ4A 2MEAA 2BQHA 4M6DA 1LZ1A 4M4OA 2I26L 3F6ZA 1LZCA 1D0LA 2BLXA 3B72A 1PZYA 3AZ5A 4ETDA 1SQ2L 1C7PA 3B0IA 4UWVA 1GF9A 2MEDA 3TMUA 1F10A 2H9JA 2HEFA 3VWOA 4ETAA 2YBJA 4XYYA 1DZBX 5LVJA 2XBSA 1JSEA 4H9IA 4MCKA 4B4EA 5D5FA 4NHQA 5KXMA 1OUHA 2W1MA 1GF6A 3TXEA 1XEIA 1D0KA 1IWTA 1B5YA 1G7LC 4H8YA 5DLAA 1BWJA 4LYTA 4NFVA 2BQNA 2DQCY 2LZTA 1LJ3A 4LYBA 1HF4A 1OUBA 2Z2FA 1FBIX 3P65A 1C43A 5KKJA 3W6EA 1LMNA 4WMGA 2MEBA 3MGWA 1GAZA 4HV1A 3A93A 3LZ2A 5JENB 4HTKA 1HEQA 1XFPL 133LA 2D91A 2YSSC 3AZ6A 5FSTA 1O23A 1GBZA 1GEVA 2D4KA 3WUAA 3B6LA 1B2KA 1JTPL 1LSCA 2BPUA 4HJVA 1IC4Y 1WQPA 4O34A 1CKCA 1HMKA 3A95A 3GXRA 3WPLA 4ETBA 1H6MA 1WTMA 3HBDA 4H9CA 5KXOA 5A3ZA 4YEMA 3CT1A 5LAGA 2W1XA 4ET9A 1DI5A 1GB0A 4XJFA 5KXZA 1XGRC 3A3QA 5E4PA 1WQOA 4CHXA 4MSTA 4DDBA 1VEDA 4XJIA 4DDCA 4CGEA 4N1CC 1LZAA 3AGHA 4J0LA 4XJDA 3WW6A 1JJ0A 1NDMC 2XTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L23A 4TWSA 2OTYX 4W96A 4RW2A 4WM5A 3A92A 1L01A 4DJHA 1INUA 1ZVYB 3HH5A 4ETCA 3TXDA 3HDFA 3TXKA 4RLMA 1WVUA 207LA 4HSFA 2ZQ3A 2FBBA 1SLYA 1XEKA 1D3JA 1VFBC 3A94A 1G0PA 1GWDA 4CJ2A 3HTFA 1EQEA 151LA 1ZV5L 2OE9X 5ILCA 4NWEA 5DN5A 1L58A 6LZMA 3OK0A 5KXWA 112LA 3CDTA 3V2WA 4H9AA 2I6ZA 1F6RA 1T8GA 2C8OA 3AGGG 4WM3A 5APFA 1XJUA 3GUMA 4OWEA 1UICA 1L56A 4Z98A 2CDSA 1QUHA 3WU8A 4KT3A 2MEGA 3LZMA 1FDLY 1IEEA 3C7WA 4I7QA 3RU5A 1CUQA 217LA 1LTMA 2YBHA 1L20A 220LA 1QTEA 5F16A 2LYMA 4W58A 5KXSA 3L64A 4FDYA 2BQBA 4HPEA 1BVKC 3DN6A 2OEAX 2OU0X 1QTCA 7LYZA 1LZEA 1IOCA 1TLAA 3C8SA 1YAQA 1HELA 3LYZA 4EJ4A 231LA 4ZFPA 5LYMA 256LA 2LZ2A 1G1VA 4HTNA 4EPIA 3GULA 3SN6R 1IO5A 1IIZA 5HNCA 1L52A 3A8ZA 5J7CA 1B5VA 4PRQA 1P56A 3HBEX 159LA 4DWXA 1C08C 3W6FA 4NGJA 205LA 3SB8A 3SB7A 2EIZC 1CV0A 1L66A 2BQJA 1L85A 2B74A 5FDJA 1IP3A 1LZRA 5HNLA 5C6IA 123LA 214LA 3DMVA 4OWHA 1OUEA 5C6JA 4I7JA 4QGZA 1ZVHL 2WARA 1LZ8A 128LA 1YROA 5HLLA 1HHLA 5HMVA 3TXJA 3C7YA 1AM7A 163LA 1CKGA 3J4GA 1OP9B 1IWUA 1A2YC 1L75A 1RI8B 2D4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JHL A;  4TWS A;  1GE3 A;  1YAP A;  3TMV A;  4W96 A;  4RW2 A;  4PHI A;  1REX A;  4WM5 A;  1IOS A;  3AB6 A;  193L A;  1IP4 A;  3A92 A;  1D0M A;  4WLX A;  1C46 A;  4OWB A;  1INU A;  1ZVY B;  3LYT A;  4XN6 A;  4ETC A;  3TXD A;  1W6Z A;  2BQM A;  1WQM A;  3TXK A;  4RLM A;  1WVU A;  1RFP A;  207L A;  4HSF A;  3WUM A;  2ZQ3 A;  3A6C Y;  1KIP C;  4LFX A;  1LZ6 A;  4KPM A;  1LKR A;  4WLY A;  4NSH A;  5EBH A;  2HU1 A;  1LMP A;  2FBB A;  1SLY A;  1HSX A;  3IJV A;  3OJP A;  1AZF A;  1A4V A;  4N8Z A;  1B7S A;  3W6A A;  1GB8 A;  1XEK A;  5B59 A;  5KXR A;  4QDN A;  2HU3 A;  2Z18 A;  4MR1 A;  4YEO A;  3WYH A;  4DT3 A;  1VFB C;  1QTK A;  4QEQ A;  3AZ4 A;  3W3E A;  2XBR A;  5KXY A;  1GF7 A;  3A94 A;  1GWD A;  4CJ2 A;  1GB2 A;  5KXN A;  1ALC A;  5LA8 A;  1J1P Y;  4GN5 C;  1HFY A;  1IWW A;  1EQE A;  1LMQ A;  4AGA A;  1LJG A;  4NGK A;  4XAD A;  1ZV5 L;  4N5R A;  5ILC A;  4ETE A;  4WM1 A;  4NWE A;  1B7L A;  4IAT A;  1BB3 A;  1XGQ C;  1LSY A;  1XGP C;  3FI7 A;  1G7H C;  4NGV A;  5DN5 A;  3OK0 A;  4DC4 A;  6LYZ A; 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 1GBW A;  1LHL A;  1FLQ A;  4OW1 A;  1JIS A;  4C3W A;  3RZ4 A;  1FKV A;  4D9Z A;  1B9O A;  4L41 A;  3HFM Y;  2YBL A;  2EQL A;  3TXH A;  1VDT A;  1TAY A;  1YKX X;  4LGK A;  4TX7 A;  4HTQ A;  2BQD A;  1CJ6 A;  1VDS A;  4G4C A;  1LZ9 A;  1NMM A;  4X3B A;  2H9K A;  4HJZ A;  4H9H A;  1JKB A;  1B7P A;  1QDT A;  1IY3 A;  4XEN A;  5L3I A;  1UCO A;  4NHP A;  5KY1 A;  5LVG A;  3GXK A;  2CGI A;  5FHW A;  1BWH A;  3LYO A;  4G4B A;  1P2C C;  1GB7 A;  1QUS A;  5KXK A;  1HEP A;  1D9U A;  1LSG A;  8LYZ A;  5KXX A;  1BB4 A;  5ILF A;  1B7N A;  5K7O A;  1JKC A;  2F4A A;  1NBY C;  3IJU A;  1UIH A;  4H8X A;  1GF8 A;  3CQL A;  4FJR A;  1IP7 A;  1GB3 A;  3AJN A;  1DKJ A;  1KIQ C;  5KXP A;  5E9R A;  1JJ3 A;  1BVX A;  1LSZ A;  3KAM A;  4ML7 A;  1LMT A;  2ZWB A;  3WH1 A;  3WXU A;  1GF4 A;  1NF5 A;  1UC0 A;  3QY4 A;  5LVI A;  3TMX A;  1H87 A;  1OUG A;  1QSA A;  1GBY A;  4NGO A;  2W1L A;  4GCB A;  3IWR A;  1W08 A;  4WG1 A;  1REM A;  2A7D A;  5LYT A;  1D6P A;  1UA6 Y;  4YOP A;  5I5Q A;  3RW8 A;  3B0O A;  1FLU A;  4GN3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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