5KXOA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 1
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 59
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxoA00
3GXRA 4OWHA 5FELA 9LYZA 3ATNA 2G4QA 3N9AA 5KXOA 2EPEA 3TXFA 3LHMA 4HTQA 1BVKC 5B06A 5LYMA 5LYTA 1IP6A 1LPIA 1GF5A 2ZNWY 2XJWA 4N5RA 4NGJA 1YILA 5HQ1A 3AJNA 2MEBA 1IWXA 3WUMA 4RW2A 3TMXA 5DM9A 1HMKA 3F6ZA 1F0WA 2D91A 4NHIA 1G7LC 3A6CY 5LIOA 1CJ9A 4DD0A 2Z38A 2Z2FA 3WULA 4TX7A 1E8LA 4OOOA 1UUZC 3RW8A 1JTPL 3HFMY 1GBYA 4CJ2A 5FEKA 3MGWA 4OOTA 1G7HC 1RE2A 2Y8PA 4LZTA 1MLCE 1LHMA 1ZVYB 1IOQA 1GFTA 1KIRC 3A3RX 3ZVQA 2I26L 4B49A 5KXTA 1EL1A 2BPUA 2BQCA 1YKZX 132LA 4N8ZA 4B1AA 1GE3A 1NQIA 1QIOA 1LMAA 4XN6A 3KAMA 1REXA 1LJFA 1IP2A 1D6PA 2W1MA 4HP0A 2MEIA 3RT5X 4O34A 1F10A 1CKDA 1REMA 1UCOA 1XGUC 4Z46A 1HEPA 2ZYCA 4H9AA 5LVHA 2BQHA 5LXWA 1B9OA 2Z12A 3M18B 4GCCA 3OJPA 3IJVA 1JKCA 1IIZA 1LMOA 2MEGA 5KKIA 4HV2A 2HEFA 5I53A 2W1LA 1LJHA 1GF6A 1HFZA 4BADA 2BQBA 1OUFA 4CFOA 1V7SA 1UIGA 1HMLA 2ZYPA 5K7OA 2X0AA 1RFPA 4KPMA 154LA 3N9EA 1LHIA 1TEWA 2XBSA 3A92A 4PRUA 1GB6A 1TDYA 1LYYA 4H92A 1B7RA 1LTMA 1LJIA 1KIPC 3AZ5A 5B1FA 3LYTA 5FSTA 1HELA 1OUHA 2BQJA 5HNLA 5HNCA 1I1ZA 2MEHA 3OK0A 1IWZA 3D9AC 3HBDA 1B5WA 4BS7A 2EIZC 1GE2A 1WQNA 1V7TA 2D4KA 3WH1A 1LMTA 1GFHA 1LYOA 4LYCA 1UC0A 5LA8A 1NMMA 1GHLA 1XGPC 4DD7A 1JTTL 1WTMA 1NKHA 4WLYA 1YANA 3TMUA 2ZIKA 2CWIA 3P66A 4XJBA 3CSQA 3P65A 4XJHA 1XEJA 4HTKA 1LSFA 1PS5A 3WVYA 5A3EA 135LA 1IEEA 4Z98A 4CGEA 1FBIX 1GFKA 5F16A 4XADA 1GBZA 4GLVA 4ET9A 3CT5A 1QSWA 1IY4A 3K3TA 1YAPA 1GF7A 1WQRA 1B0DA 1N4FA 2HEEA 4J1AA 1NBZC 6LYTA 5ILCA 2DQEY 3A90A 5C6JA 1CKHA 3P64A 1DI3A 2BQIA 1JWRA 1OUAA 4CHXA 1GBWA 3G3BB 1T6VL 4ET8A 1IWWA 1GFJA 4OWBA 2MEFA 3J4GA 1MELL 1LZ5A 1TCYA 1IWVA 1GDWA 3W6BA 1GAZA 2LZ2A 3WU7A 3CQLA 4LGKA 1DKKA 4U3XB 5II3A 2A7FA 4J7VA 1FKVA 4H9EA 5FDJA 4NWHA 5KXLA 1LHKA 3WVXA 1IP1A 2A7DA 4G4HA 1LSPA 3CSRA 4GCDA 3T36A 3TXHA 1H87A 2MEEA 5M1YA 4WLXA 1FKQA 1XGTC 2YBIA 3AGIA 2DQFC 2HEBA 3LYOA 2BQFA 1HSWA 4II8A 1LJJA 1EQ5A 1LZ9A 2YDGA 4DC4A 4EOFA 1B7QA 5I5QA 5KXXA 4GN5C 4TSBA 3IJUA 4D9ZA 4ZEEA 1B7LA 1LZ8A 4WM6A 2HU1A 4WM5A 3W6CA 1LMNA 1B7MA 4WM3A 5KY1A 3A34A 1JJ1A 1UIEA 5DN4A 5LAGA 4WLDA 1XGRC 1LZ4A 2D6BA 3CT1A 3WPKA 1REYA 3B0KA 1B5XA 1LSZA 1UICA 1XSFA 4I8SA 5L3HA 1W6ZA 5KXMA 1CJ7A 4OW1A 1C08C 5LAFA 4C3WA 4G4CA 1HEMA 1J1XY 2D4JA 4MSTA 4HJZA 3P4ZA 4TSCA 5APDA 4AGAA 1LYZA 1GPQC 3TXKA 1LZBA 5E9RA 4PJ2C 1IWYA 1GE4A 5C6IA 5HMVA 4G49A 1NHEA 1GXXA 4R0FA 1NF5A 1IR7A 1JPOA 2H5ZA 2LYMA 4DT3A 1D9UA 4NIJA 3LN2A 1UIAA 4DD1A 3ZEKA 1LZ6A 3TXGA 1GFRA 1AT5A 1B5YA 2AUBA 2NWDX 2YBJA 4GCBA 4HPEA 5DN5A 1QUTA 4DD3A 2W1XA 4NGVA 5A3ZA 4NWEA 4DD2A 2C8OA 1NBYC 2ZQ3A 1AT6A 1JKAA 1XEIA 1YL0X 1DQJC 3A8ZA 1C45A 4GN3A 2DQJY 2XTHA 2B5ZA 1KXWA 5KKJA 4GCEA 1LSEA 1Z55A 4ETBA 1RCMA 2Q0MX 4ZIXA 1HEQA 3TXIA 2EKSC 3AZ6A 2LYOA 4PRQA 1W08A 1OUBA 3LZTA 1CKFA 2HEDA 4H9HA 4WL7A 1IWTA 1OP9B 1SQ2L 1XEKA 1DZBX 2H9KA 3HBHA 1YQVY 3WW5A 2Z18A 1YAQA 4N9RA 5F9XA 4B4JA 1HEOA 207LA 2F2NA 3A6BY 4NGOA 1B7SA 4RW1A 4C5FA 4WO6A 4A7DA 4M4OA 3LYMA 1IP4A 1CJ6A 1IP7A 4KXIA 4OWCA 2YSSC 1QTEA 1BWJA 2DQDY 3A93A 4N1CC 5APFA 5KXZA 1WVVA 5APCA 1UA6Y 1G7MC 1VDPA 1WVUA 1DPWA 1HERA 1F6SA 3B0OA 1HC0A 4XJFA 1GB3A 2CJLA 1GXV2 2F4GA 2RSCA 1B5VA 5DL9A 4UWUA 4XENA 4YM8A 1IWUA 1TBYA 4WL6A 1UBZA 2HTXA 2BQAA 3AGGG 1B5ZA 3EBAB 4XJDA 3W6DA 1B7NA 5F9UA 4N1EI 4DDAA 1D0MA 4X3BA 4ANRA 5LVJA 1C7PA 4M6DA 3P68A 1C10A 1GB5A 1HENA 3TMVA 5AMYA 4LYBA 2YBMA 5D5CA 1G7JC 4NGYA 1YROA 4UWNA 2IHLA 4PGJB 4NG1A 1LSNA 4G4BA 1UACY 4NHQA 1JJ0A 1DKJA 2BQLA 3VWOA 1LJNA 4HV1A 1FN5A 3AW7A 3EXDA 4FDYA 5LA5A 4KL7A 1AZFA 1WQQA 5EBHA 5B1GA 4DD9A 2MECA 1LMCA 3QNGA 4WOAA 4BAFA 5C6LA 1B2KA 1RI8B 4I0CA 1WTNA 4UWVA 194LA 4LFXA 1LOZA 2HECA 4B4IA 3M3UA 4GCFA 1UIFA 4H8XA 3EO5A 1PZYA 4TWSA 4NGZA 2HUBA 4KT3A 4NGIA 4W96A 2EQLA 3T6UA 2BQNA 4B4EA 1J1OY 3TMWA 1P2CC 4ETEA 193LA 4LYOA 1VDQA 1OUIA 2Z2EA 2DQCY 3WUNA 3B0IA 1LMQA 1LZAA 1LZNA 2LYZA 4WLTA 1GAYA 4J0LA 4HJVA 1FLUA 4XJGA 3A95A 5B05A 4H90A 4DDBA 1C46A 4RDSA 5KXKA 1GBOA 3WW6A 1GB8A 1BB7A 3G3AB 1GB9A 2I6ZA 5IELA 3A91A 4Z41A 3WL2A 1HEWA 2ZQ4A 4QEQA 2H9JA 5KXPA 1FLQA 1KXYA 2CDSA 1LSGA 5I4WA 1FLWA 1QDTA 3EMSA 4YOPA 4E3UA 2F4AA 3N9CA 1GB2A 1LZYA 1GF9A 1GEZA 3E3DA 1GBXA 4NHSA 1LJEA 4XJIA 4HPIA 1JIYA 1INUA 1B5UA 4H93A 1D0KA 1F6RA 5D5FA 5KXYA 2I25L 1QQYA 4YEMA 1XGQC 1AKIA 4TUNA 4EMNA 1BB6A 3RNXA 1KXXA 2BLXA 3AZ7A 1IR9A 1LSAA 1B7PA 1JISA 1HFXA 1YAOA 4HSFA 5FHWA 1IORA 2F30A 2DQIY 1LZ1A 1H6MA 5APEA 3SP3A 1ZVHL 3QY4A 1WQPA 4H9FA 1IC5Y 1I20A 1OUGA 2YVBA 1GE0A 1IY3A 3J6KA 4NG8A 4CFPA 1QDRA 4DWXA 5HLLA 2Z39A 3RZ4A 4YEOA 1JJ3A 1GFEA 1BB4A 5LVIA 1LJ4A 1WQOA 2DKVA 2DBTA 1LSDA 3B6LA 4AXTA 3W6FA 1LMPA 1HHLA 1OUDA 4RLMA 4LT0A 1A2YC 1VDSA 5I4XA 1JITA 5KXNA 4RLNA 2DQGY 3WXTA 4J1BA 1DI4A 1IO5A 4PPOA 4NHPA 1LZTA 3A94A 1NDMC 2LHMA 1BQLY 134LA 1UIDA 1YKYX 2BQMA 1UIBA 2BQEA 2LZTA 2YBHA 4H91A 1QUSA 4DYGA 2BQKA 1LSBA 3W6EA 1LZRA 5B07A 1LCNA 2G4PA 1YAMA 4H1PA 1BB5A 1IVMA 2MEDA 4NSHA 1LYSA 1QTKA 2DQAA 3WPJA 3B72A 5FCPA 4H8ZA 5I54A 1IP3A 4GN4A 208LA 4WG7A 5LYZA 1ZV5L 2ZWBA 4NGWA 4IJ4A 4TTDA 1GD6A 4B0DA 5IDDA 5F81A 3AZ4A 1IC7Y 4L41A 1GF4A 1JEFA 3LZ2A 4LT3A 3TXDA 1IOTA 5I4YA 3ULRA 6LYZA 1BGIA 2DQHY 1DXJA 4LFPA 3QE8A 1TAYA 4H9CA 1HF4A 1LKRA 1GB7A 2D4IA 3AYQA 4ETDA 1VAUA 1YIKA 4YENA 4LYTA 4WO9A 2Z19A 4N0JA 1LKSA 1IOCA 2VB1A 4IATA 5HMJA 1CKCA 1FDLY 1IOSA 7LYZA 2FBBA 1OUJA 1XFPL 2IFFY 5KJ9A 4NGLA 2BQDA 5B59A 1T3PA 1LJKA 2ZNXY 2FYDA 3LYZA 2Z37A 1JSEA 3CSZA 3FI7A 4ML7A 1VFBC 1FLYA 1YKXX 1SLYA 3W3EA 4MR1A 8LYZA 1EQ4A 4DDCA 3HBEX 1IC4Y 5L9JA 1JTOL 2W1YA 3AB6A 4LT2A 1NWGA 4NSGA 4NSIA 3AGHA 3WUAA 1O23A 2PC2A 1GFGA 1BHZA 1JKDA 2YBNA 1REZA 1LJGA 5E4PA 4WM2A 2C8PA 3AW6A 4H94A 133LA 1JSFA 4WM4A 5J7CA 4QGZA 1LSYA 4PHIA 5ILFA 4IASA 5LINA 1VDTA 2FYCA 4NY5A 4QY9A 3GXKA 2ZILA 3BKVA 3TXEA 1LHLA 1LZSA 4XYYA 1IP5A 2HEAA 4H9BA 1DPXA 4ZFPA 1LZDA 2G4NA 4NGKA 2BLYA 2YBLA 4NFVA 4ETCA 3TXJA 2HU3A 1LHJA 1GE1A 3A67Y 3ATOA 3WU8A 1JHLA 5KXWA 2GV0A 5T3FA 1AM7A 1HSXA 1GEVA 1VATA 4NSJA 3FE0A 3A96A 4W94A 4MCKA 1KIQC 1HNLA 2BQGA 1ALCA 1IX0A 1LZGA 2MEAA 4FJRA 3A3QA 1A4VA 4P2EA 3RU5A 4ETAA 4LYZA 5F14A 1LZCA 1LHHA 1OUCA 3BKHA 5KXSA 1D6QA 1BWHA 1CJ8A 1LSMA 1LZEA 1QSAA 4NHTA 1UIHA 3WXUA 5L3IA 2N5ZA 1BB3A 1WQMA 4QDNA 1EQEA 1GDXA 3CB7A 4LYMA 1CKGA 1B7OA 1LSCA 1JUGA 1GB0A 4WMGA 2FBDA 4BAPA 1CNSA 1GF3A 5LVGA 4R6CA 1GBSA 1BWIA 4OWEA 5IHGA 1RJCB 5LVKA 4Z3MA 1I56A 3CT0A 1IR8A 4LT1A 3TXBA 1GFUA 1BVXA 1J1PY 1ZMYL 153LA 2WARA 3IWRA 5JENB 4OWAA 1HFYA 3WYHA 5DLAA 1GFAA 4GLAA 1LJ3A 1LAAA 4HTNA 3D3DA 4G9SA 4WG1A 3WMKA 2BAAA 1JKBA 2XBRA 1NDGC 2BQOA 1GFVA 1DI5A 1C43A 1GWDA 4H8YA 4H9IA 3W6AA 4NEBA 4WM1A 5KXRA 1GF0A 1VEDA 1GF8A 1OUEA 1D0LA 4HJYA 3WU9A 4YF2A 1G7IC 1OQMA 3WPLA 2ZIJA 3ZVQB 2CGIA 1YL1X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GXRA 3JR6A 5KXOA 5LYMA 4DQ5A 1L18A 1IP6A 1L87A 235LA 129LA 1YILA 218LA 1L22A 3AJNA 1XJTA 3WUMA 4RW2A 3TMXA 1D3MA 2D91A 2RBPA 5LIOA 1CJ9A 4DD0A 3SB8A 2Z2FA 4TX7A 4OOOA 1UUZC 1LI6A 1JTPL 3HFMY 1GBYA 170LA 1L33A 189LA 5FEKA 4OOTA 1G7HC 1L97A 1RE2A 1MLCE 4B49A 1ZVYB 1GFTA 5KXTA 2I26L 1EL1A 2BPUA 245LA 223LA 103LA 1GE3A 1NQIA 3V2WA 3KAMA 146LA 1D6PA 1F10A 1G07A 1UCOA 2ZYCA 1B9OA 209LA 4GCCA 205LA 3OJPA 5KKIA 4HV2A 1CVKA 1OUFA 5K7OA 180LA 2X0AA 3C8QA 1LHIA 2XBSA 3A92A 1B7RA 5B1FA 4ZPUA 2MEHA 4YX7C 139LA 1C6IA 1WQNA 1V7TA 1LMTA 1L26A 1C6HA 1UC0A 1NMMA 224LA 238LA 3C81A 2CWIA 3P66A 3CSQA 3P65A 2RBOA 165LA 4XADA 1DYGA 1YAPA 1WQRA 2HEEA 1ZWNA 4W57A 1L06A 1DYFA 1DI3A 2BQIA 4CHXA 4ET8A 2RAZX 1PQIA 1TCYA 1IWVA 1GDWA 1GAZA 3CDVA 4LGKA 167LA 4J7VA 4H9EA 3CSRA 3TXHA 1G06A 1L24A 1FKQA 1I6SA 1XGTC 3OE8A 1P64A 1LJJA 5KXXA 1P3NA 2LZMA 3CDTA 1B7LA 213LA 1L56A 1LMNA 2RB2X 1UIEA 5DN4A 2D6BA 113LA 3B0KA 4ARMA 4I8SA 5KXMA 1CJ7A 3HU8A 4OW1A 1HEMA 1J1XY 4TSCA 3TXKA 152LA 1IWYA 4G49A 1GXXA 4R0FA 1NF5A 1L51A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GXR A;  4OWH A;  5FEL A;  9LYZ A;  3ATN A;  2G4Q A;  3N9A A;  5KXO A;  2EPE A;  3TXF A;  3LHM A;  4HTQ A;  1BVK C;  5B06 A;  5LYM A;  5LYT A;  1IP6 A;  1LPI A;  1GF5 A;  2ZNW Y;  2XJW A;  4N5R A;  4NGJ A;  1YIL A;  5HQ1 A;  3AJN A;  2MEB A;  1IWX A;  3WUM A;  4RW2 A;  3TMX A;  5DM9 A;  1HMK A;  3F6Z A;  1F0W A;  2D91 A;  4NHI A;  1G7L C;  3A6C Y;  5LIO A;  1CJ9 A;  4DD0 A;  2Z38 A;  2Z2F A;  3WUL A;  4TX7 A;  1E8L A;  4OOO A;  1UUZ C;  3RW8 A;  1JTP L;  3HFM Y;  1GBY A;  4CJ2 A;  5FEK A;  3MGW A;  4OOT A;  1G7H C;  1RE2 A;  2Y8P A;  4LZT A;  1MLC E;  1LHM A;  1ZVY B;  1IOQ A;  1GFT A;  1KIR C;  3A3R X;  3ZVQ A;  2I26 L;  4B49 A;  5KXT A;  1EL1 A;  2BPU A;  2BQC A;  1YKZ X;  132L A;  4N8Z A;  4B1A A;  1GE3 A;  1NQI A;  1QIO A;  1LMA A;  4XN6 A;  3KAM A;  1REX A;  1LJF A;  1IP2 A;  1D6P A;  2W1M A;  4HP0 A;  2MEI A;  3RT5 X;  4O34 A;  1F10 A;  1CKD A;  1REM A;  1UCO A;  1XGU C;  4Z46 A;  1HEP A;  2ZYC A;  4H9A A;  5LVH A;  2BQH A;  5LXW A;  1B9O A;  2Z12 A;  3M18 B;  4GCC A;  3OJP A;  3IJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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