5KXTA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 5
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 54
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxtA00
4H94A 2D4JA 1IO5A 1SLYA 4HTNA 1BHZA 2MEEA 2DKVA 1BB7A 2ZWBA 5APCA 4OWCA 1B5ZA 1EQEA 1OUGA 4D9ZA 1G7HC 4H9BA 2HEFA 4H8ZA 3W6BA 4CJ2A 3A91A 3WH1A 1IWTA 4HJYA 4RLMA 4KT3A 2C8OA 5I4WA 3A8ZA 1JKBA 208LA 4WMGA 1HF4A 4B4EA 3B0OA 1E8LA 1VFBC 1BB5A 3FI7A 4WLXA 1BWJA 4DT3A 5LXWA 3N9EA 1B5YA 3ZVQB 1I1ZA 1IP7A 3M18B 1JJ0A 1CKCA 3KAMA 3A34A 1KIQC 1HEWA 2ZYCA 4W96A 1B9OA 3HBHA 1XFPL 5B05A 1IC5Y 2ZILA 5JENB 2MEHA 4DD1A 1YROA 1T6VL 4RLNA 4ANRA 4EOFA 1NF5A 3P68A 1GF9A 5IELA 1GB2A 4I8SA 2MEIA 1UIAA 4XJDA 4GCCA 1LPIA 4H90A 1N4FA 4QGZA 2DQCY 5IHGA 4LZTA 4WO9A 5KXWA 1GEVA 1GB7A 4XJFA 5I4XA 2YVBA 1NQIA 4LT0A 4WM5A 1W08A 4E3UA 1LSPA 5DL9A 2LYMA 5C6IA 4DDBA 4TSCA 5B1FA 2YBHA 2YBIA 2MEFA 1LMNA 1F6SA 1WTMA 1RI8B 2YSSC 1XEKA 2Z38A 4H9CA 1RCMA 5KXPA 1GFUA 3AGGG 3TXEA 4EMNA 3WUNA 4IJ4A 4GLVA 1XSFA 4CHXA 1D6QA 3B72A 2XBRA 1LKSA 6LYZA 1IP1A 1FLQA 135LA 3ULRA 2F4GA 1OUIA 3CSQA 5LIOA 1IOTA 5I53A 5KXZA 2BAAA 3P65A 1TEWA 2XTHA 4MCKA 3WYHA 1LSAA 2GV0A 2HEDA 5HNLA 1IP4A 3B6LA 3A3QA 1GD6A 3BKHA 5LVGA 1OP9B 1JUGA 1BB3A 1LHKA 1XGUC 154LA 1LZ5A 4J0LA 1JITA 1CJ7A 2RSCA 4GCBA 4WL6A 1LZ9A 3E3DA 1IY4A 3T6UA 4HJZA 1ZMYL 1LZYA 3A6CY 2DBTA 1KIPC 1IOQA 1GF4A 1QUSA 1ALCA 2IFFY 5AMYA 3TXKA 4QDNA 4WLYA 1LSYA 4MSTA 2BQEA 5DN5A 5KXOA 1V7SA 1LMQA 2A7FA 207LA 2HTXA 4L41A 1FLYA 1DKKA 4XADA 6LYTA 1LJGA 4NGIA 3A92A 4YENA 1XEIA 4LYCA 4U3XB 5LA5A 3WVXA 1QSAA 2BQCA 5I4YA 1J1XY 3WU9A 1LZ6A 1UICA 4DDCA 1G7IC 4C3WA 4ZIXA 1GBZA 1ZVHL 1JTTL 4CGEA 1AKIA 1GEZA 2ZNXY 4HPEA 1WQRA 1YKXX 1TCYA 4TX7A 2CDSA 3WL2A 2DQAA 3T36A 4WLTA 4CFPA 3AZ5A 4J7VA 3AZ6A 4WG7A 1GB6A 1GE0A 2LYZA 1REXA 1C08C 1REYA 5A3ZA 5LYTA 4B0DA 2DQHY 1C7PA 1QQYA 1V7TA 1AT5A 4B1AA 5KXKA 5HLLA 5F14A 1TAYA 5C6JA 3D3DA 2EIZC 5ILCA 4N1CC 2FYDA 4GN3A 4R0FA 5EBHA 5LVKA 4PGJB 4XN6A 1KXYA 4GCFA 1IWXA 1IX0A 1CNSA 2LYOA 1FKQA 1LHJA 5F9UA 3A93A 3WPJA 1FLUA 4NGKA 1GE3A 1VEDA 5LVHA 3TMUA 1LSFA 4ML7A 1CJ9A 3CQLA 2DQDY 4UWUA 1GPQC 2LZ2A 3LYZA 5F9XA 4ETDA 3MGWA 3IJUA 3W3EA 1MELL 1XGRC 2YBMA 3K3TA 4FDYA 1DI5A 1LSMA 1W6ZA 1JHLA 4FJRA 1EQ5A 4G49A 4NSJA 1BB6A 1LOZA 2Z37A 4OWBA 1LJHA 2YBJA 4NIJA 1Z55A 4XJIA 2ZNWY 4XJHA 1LMPA 3WPLA 1UIEA 1GB0A 4NSGA 1LSNA 4NWHA 1YIKA 2I26L 5B07A 4DYGA 2BLYA 1UA6Y 4OWAA 3TMXA 2BQJA 3J6KA 3RZ4A 1XGPC 3TXGA 3G3BB 5LVJA 1CKGA 3LYOA 1GB5A 2FBDA 3CT0A 1GFRA 4H8XA 1HFYA 5APFA 3BKVA 1GBSA 2BQKA 5C6LA 5KXSA 2BQIA 2EKSC 1LJJA 1QIOA 1GFHA 1QDTA 1LHIA 4B4JA 3M3UA 4UWNA 1IOCA 1D9UA 2BQOA 2H9KA 1LMTA 1HEMA 4LT1A 4LYMA 4M6DA 1RE2A 4N1EI 1VAUA 1XGQC 1GDXA 4GCEA 1DI3A 1LSZA 1GFAA 1FLWA 1GE1A 2DQJY 3EO5A 1IR8A 5E9RA 1GXXA 3TXFA 1NDGC 1QSWA 1LSDA 1JJ3A 2D4KA 4OW1A 1YANA 2MEGA 4R6CA 2DQGY 5IDDA 3N9CA 2HU3A 3WMKA 1HENA 1HSXA 4YEMA 4DD2A 4NGJA 5KXLA 1JKDA 1LJIA 4H8YA 1AT6A 1YILA 4WOAA 3OJPA 2BQLA 2YDGA 4DD7A 1LCNA 4G4HA 2D91A 4C5FA 1B5WA 2BQNA 1GFVA 1DKJA 2VB1A 3D9AC 3TXDA 1G7MC 5FDJA 1NBZC 2Z12A 4YEOA 1LSGA 1BGIA 1D0LA 1F10A 2BQGA 3TXJA 4WM3A 1GHLA 3TMWA 1OUHA 3QY4A 4PRUA 2HUBA 4NY5A 1DI4A 1QTEA 4WLDA 1B0DA 1RJCB 4OOOA 4AGAA 1REMA 4DDAA 1UACY 7LYZA 1NHEA 1LZNA 1UIFA 4PHIA 5DM9A 4N8ZA 3W6EA 4NGOA 1GXV2 2EQLA 3LYTA 2WARA 2YBLA 1YKZX 4J1AA 1LZDA 5ILFA 4G4BA 2DQEY 4N9RA 3VWOA 1B7MA 5J7CA 3GXRA 1GDWA 2D6BA 1VDTA 2Z18A 1JKAA 2MEDA 2G4QA 1GBWA 1HC0A 1AZFA 3A90A 4MR1A 1F6RA 4G9SA 1OUEA 1JEFA 5FCPA 1LZEA 1WQPA 4OWEA 1HNLA 1A4VA 4PPOA 3A3RX 4GLAA 2BQBA 3W6DA 1HSWA 1IORA 4NGLA 4NWEA 5B06A 1JISA 4ETBA 2HU1A 1LZRA 3WXTA 1P2CC 1XEJA 4KPMA 3WU7A 1WVUA 1YL1X 2BQAA 5D5FA 3GXKA 3RW8A 1BVKC 2ZIKA 4M4OA 4HV1A 1WQQA 1EQ4A 1UIBA 1LMAA 1LSEA 2F2NA 4A7DA 4DD9A 4LGKA 2B5ZA 3WULA 5A3EA 4H91A 5APDA 1C45A 1HMKA 1LMOA 3CT5A 1D0MA 4ETAA 4ZEEA 5LAGA 1BWHA 9LYZA 1JTPL 2XBSA 1GAZA 4H9FA 1UIGA 2FYCA 2W1YA 2Z19A 4NG1A 1LJ4A 1IP6A 134LA 2F30A 4DWXA 1IOSA 1GFEA 1IEEA 1FN5A 1GE4A 1WVVA 1LZ4A 2LZTA 2Z2EA 1C43A 2BLXA 3FE0A 5I5QA 1H87A 2H9JA 3WW6A 2Y8PA 4Z46A 3WPKA 4HTKA 1IWWA 1D0KA 4NHPA 2FBBA 1YAOA 3AW7A 4LYBA 1GBOA 4AXTA 1WQMA 1LJNA 2HEBA 5HMVA 1AM7A 2ZQ4A 1UIHA 3A96A 1LJ3A 5KXMA 1F0WA 1GFKA 1NWGA 2ZIJA 4OOTA 3EXDA 4ETCA 1YAQA 2G4PA 1ZVYB 1LZTA 5B1GA 1VDQA 2H5ZA 2Z2FA 5HNCA 5F16A 2EPEA 3ATNA 4II8A 4LYTA 1IWYA 1B5UA 4HSFA 1JWRA 1GF3A 4O34A 1YAMA 3ATOA 4HJVA 3RT5X 4ZFPA 1HERA 5FHWA 1IP2A 1G7JC 2HECA 4ET9A 5L3IA 2MEBA 194LA 3P4ZA 3QE8A 5M1YA 3HFMY 1UC0A 3WW5A 1FKVA 1GFTA 4HP0A 4B4IA 4NEBA 1QTKA 1OUJA 1T3PA 4WM4A 4BAPA 1LZ8A 5D5CA 4WO6A 4BAFA 2DQFC 4XENA 4XJGA 1PS5A 4YF2A 5LYZA 3B0KA 1NBYC 4HPIA 4IASA 5I54A 5KKIA 1O23A 1OUFA 4H9AA 1IP3A 1I20A 5KXYA 3AZ4A 2PC2A 1DZBX 2F4AA 4LYOA 1IWZA 5KKJA 1LHHA 2BQHA 4DD0A 4NFVA 1LAAA 3P64A 4PJ2C 2CGIA 3AZ7A 4QY9A 1IVMA 5LA8A 2CWIA 1DQJC 1GB8A 3W6AA 3EMSA 1IC4Y 2I6ZA 3LZTA 1IIZA 3AGIA 2LHMA 2W1MA 1JTOL 1IY3A 1JKCA 2W1XA 3AYQA 2HEEA 1NKHA 4NGWA 4RW1A 5APEA 5KXRA 2MEAA 1IWVA 4IATA 4NSHA 3WU8A 3A94A 1XGTC 1LSBA 1B7PA 3TXHA 1CJ6A 1ZV5L 2XJWA 1TBYA 3TXBA 1OUBA 4DC4A 5DLAA 1MLCE 1YAPA 3WVYA 4BADA 4LYZA 2ZYPA 5HMJA 5T3FA 4H1PA 5LINA 153LA 4NHSA 2ZQ3A 1PZYA 3IJVA 1A2YC 2YBNA 4NGZA 5KXNA 4ETEA 5E4PA 1VDSA 1J1PY 1LZCA 1INUA 1WTNA 1BB4A 1GB3A 3LHMA 4H9HA 1JSEA 1DPWA 1BQLY 4HTQA 1FDLY 1GF8A 1JIYA 5LYMA 5DN4A 2Q0MX 3CT1A 5FELA 1LZSA 1CJ8A 1IR9A 1IC7Y 1REZA 3QNGA 3SP3A 1UIDA 3F6ZA 1GB9A 1H6MA 1KIRC 4Z98A 1HHLA 2AUBA 3B0IA 4I0CA 4WM1A 4NHIA 1OQMA 2CJLA 3W6CA 1B7NA 1G7LC 1GBXA 3AJNA 4QEQA 1YKYX 3AW6A 1JSFA 4BS7A 1YL0X 1LYOA 4PRQA 1CKDA 3HBDA 4GN4A 3OK0A 4WL7A 1BWIA 2C8PA 2G4NA 2N5ZA 3LYMA 4TUNA 2A7DA 4NHTA 3ZVQA 133LA 1HELA 1YQVY 1HEPA 2BPUA 3RU5A 3TXIA 8LYZA 1B2KA 2BQDA 3ZEKA 1NMMA 4DD3A 1LTMA 3WUAA 2X0AA 1HEQA 3A95A 1LMCA 1WQNA 3AGHA 4KL7A 1VATA 4G4CA 4KXIA 3CSZA 4NGYA 3A6BY 4NGVA 1UBZA 4CFOA 1QUTA 1B7RA 1IP5A 1HFXA 5KXXA 1UUZC 1HFZA 1GWDA 1KXXA 4HV2A 1GF0A 2I25L 4UWVA 4B49A 1LZBA 2HEAA 1IR7A 3EBAB 5FEKA 4WG1A 1CKHA 4H9EA 5L3HA 1GF5A 1J1OY 3AB6A 1NDMC 1HEOA 2MECA 4H9IA 1BVXA 1B7SA 1VDPA 2NWDX 5FSTA 2Z39A 3N9AA 1LZ1A 3CSRA 1DXJA 1D6PA 1LZGA 1GE2A 1KXWA 4NSIA 1B7LA 5K7OA 1LKRA 4XJBA 4J1BA 4LFPA 1GF6A 3P66A 3J4GA 4NG8A 3LN2A 1GAYA 4XYYA 5KXTA 4LT2A 4LT3A 5LAFA 4RW2A 1HMLA 3HBEX 1CKFA 1LZAA 2D4IA 1LHLA 1I56A 4N5RA 5HQ1A 1RFPA 5F81A 4N0JA 5B59A 1LYYA 4RDSA 1B5XA 1LJKA 1GFGA 1C10A 4H93A 4NHQA 5L9JA 3WXUA 1B5VA 4P2EA 4H92A 4TWSA 3W6FA 1JJ1A 2BQMA 1GF7A 2DQIY 1LYSA 3TMVA 1LYZA 3A67Y 1LSCA 1TDYA 3LZ2A 1UCOA 1JPOA 2BQFA 1C46A 1B7OA 3G3AB 2IHLA 5KJ9A 3WUMA 5KY1A 1LHMA 4YM8A 4GN5C 193LA 1SQ2L 4GCDA 5LVIA 1GFJA 3RNXA 1DPXA 4WM6A 4Z3MA 1OUDA 2W1LA 3IWRA 1B7QA 1IWUA 5II3A 1WQOA 1OUAA 1FBIX 4ET8A 1QDRA 4OWHA 4X3BA 4LFXA 4Z41A 1LJFA 4TTDA 4YOPA 132LA 4TSBA 4W94A 1EL1A 3CB7A 1GBYA 4WM2A 1OUCA 1LJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H94A 1P46A 2D4JA 1QS5A 1SLYA 1BHZA 1BB7A 2ZWBA 1EQEA 2L78A 1OUGA 1T8GA 4H9BA 1IWTA 3CDTA 212LA 4B4EA 137LA 5LXWA 114LA 3A34A 1HEWA 5B05A 1IC5Y 5JENB 2O79A 1NF5A 3P68A 1GF9A 1GB2A 2MEIA 1L33A 1N4FA 2DQCY 4LDOA 5KXWA 4WO9A 1GB7A 4EPIA 1LWGA 2YBIA 4H9CA 1LMNA 155LA 1WTMA 3TXEA 4E97A 1GFUA 236LA 1CV5A 4GLVA 1XSFA 4CHXA 1D6QA 1L99A 2XBRA 3SN6R 6LYZA 3ULRA 2F4GA 3CSQA 1TEWA 2HEDA 1QTZA 1IP4A 1D3FA 1BB3A 1JUGA 1DYCA 3UONA 1CJ7A 4WL6A 1P6YA 1QT6A 4HJZA 2DBTA 1KIPC 1C6FA 3TXKA 4WLYA 5DN5A 1LMQA 207LA 1FLYA 6LYTA 4DQ7A 2Q9DA 2B6TA 4LYCA 1QSAA 1J1XY 1LZ6A 4ZIXA 2B73A 258LA 4CGEA 1CUPA 4HPEA 1L53A 1WQRA 4TX7A 4CFPA 1EPYA 3AZ6A 140LA 1L54A 2DQHY 1L14A 2O4WA 173LA 1QQYA 1V7TA 221LA 1K28A 4R0FA 3GUNA 199LA 1D2YA 1LSFA 4ML7A 3CQLA 1L87A 1L85A 126LA 213LA 3K3TA 1DI5A 1LSMA 1C6PA 1BB6A 113LA 1Z55A 4NSGA 1UA6Y 161LA 1G0JA 192LA 3TXGA 3G3BB 1P7SA 5LVJA 1CKGA 1XEPA 1C60A 1L24A 5APFA 4ARMA 3BKVA 1QT8A 2EKSC 4I7SA 1LHIA 4B4JA 3M3UA 2BQOA 1RE2A 174LA 1XGQC 3C81A 3DN3A 4GCEA 1LSZA 3CDQA 1GFAA 228LA 2ANXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H94 A;  2D4J A;  1IO5 A;  1SLY A;  4HTN A;  1BHZ A;  2MEE A;  2DKV A;  1BB7 A;  2ZWB A;  5APC A;  4OWC A;  1B5Z A;  1EQE A;  1OUG A;  4D9Z A;  1G7H C;  4H9B A;  2HEF A;  4H8Z A;  3W6B A;  4CJ2 A;  3A91 A;  3WH1 A;  1IWT A;  4HJY A;  4RLM A;  4KT3 A;  2C8O A;  5I4W A;  3A8Z A;  1JKB A;  208L A;  4WMG A;  1HF4 A;  4B4E A;  3B0O A;  1E8L A;  1VFB C;  1BB5 A;  3FI7 A;  4WLX A;  1BWJ A;  4DT3 A;  5LXW A;  3N9E A;  1B5Y A;  3ZVQ B;  1I1Z A;  1IP7 A;  3M18 B;  1JJ0 A;  1CKC A;  3KAM A;  3A34 A;  1KIQ C;  1HEW A;  2ZYC A;  4W96 A;  1B9O A;  3HBH A;  1XFP L;  5B05 A;  1IC5 Y;  2ZIL A;  5JEN B;  2MEH A;  4DD1 A;  1YRO A;  1T6V L;  4RLN A;  4ANR A;  4EOF A;  1NF5 A;  3P68 A;  1GF9 A;  5IEL A;  1GB2 A;  4I8S A;  2MEI A;  1UIA A;  4XJD A;  4GCC A;  1LPI A;  4H90 A;  1N4F A;  4QGZ A;  2DQC Y;  5IHG A;  4LZT A;  4WO9 A;  5KXW A;  1GEV A;  1GB7 A;  4XJF A;  5I4X A;  2YVB A;  1NQI A;  4LT0 A;  4WM5 A;  1W08 A;  4E3U A;  1LSP A;  5DL9 A;  2LYM A;  5C6I A;  4DDB A;  4TSC A;  5B1F A;  2YBH A;  2YBI A;  2MEF A; 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 1HFX A;  5KXX A;  1UUZ C;  1HFZ A;  1GWD A;  1KXX A;  4HV2 A;  1GF0 A;  2I25 L;  4UWV A;  4B49 A;  1LZB A;  2HEA A;  1IR7 A;  3EBA B;  5FEK A;  4WG1 A;  1CKH A;  4H9E A;  5L3H A;  1GF5 A;  1J1O Y;  3AB6 A;  1NDM C;  1HEO A;  2MEC A;  4H9I A;  1BVX A;  1B7S A;  1VDP A;  2NWD X;  5FST A;  2Z39 A;  3N9A A;  1LZ1 A;  3CSR A;  1DXJ A;  1D6P A;  1LZG A;  1GE2 A;  1KXW A;  4NSI A;  1B7L A;  5K7O A;  1LKR A;  4XJB A;  4J1B A;  4LFP A;  1GF6 A;  3P66 A;  3J4G A;  4NG8 A;  3LN2 A;  1GAY A;  4XYY A;  5KXT A;  4LT2 A;  4LT3 A;  5LAF A;  4RW2 A;  1HML A;  3HBE X;  1CKF A;  1LZA A;  2D4I A;  1LHL A;  1I56 A;  4N5R A;  5HQ1 A;  1RFP A;  5F81 A;  4N0J A;  5B59 A;  1LYY A;  4RDS A;  1B5X A;  1LJK A;  1GFG A;  1C10 A;  4H93 A;  4NHQ A;  5L9J A;  3WXU A;  1B5V A;  4P2E A;  4H92 A;  4TWS A;  3W6F A;  1JJ1 A;  2BQM A;  1GF7 A;  2DQI Y;  1LYS A;  3TMV A;  1LYZ A;  3A67 Y;  1LSC A;  1TDY A;  3LZ2 A;  1UCO A;  1JPO A;  2BQF A;  1C46 A;  1B7O A;  3G3A B;  2IHL A;  5KJ9 A;  3WUM A;  5KY1 A;  1LHM A;  4YM8 A;  4GN5 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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