5LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 39
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lytA00
4OWBA 2Z38A 3WVYA 3ATNA 1XEIA 3N9AA 4RLNA 1CJ8A 4NGIA 4W96A 1KIPC 2MEIA 2HEDA 2AUBA 1C46A 4B49A 2EIZC 5LXWA 1D9UA 4H9HA 2BQGA 1UIHA 2ZYPA 2EKSC 4OW1A 3AZ7A 1OUFA 1GXXA 3RNXA 3A91A 5KXWA 1B7MA 1NQIA 3CSQA 1ZVYB 1OUJA 4GCDA 1EQ4A 1WQOA 2YVBA 5E4PA 1IOTA 5I5QA 2Z19A 1GBYA 3RZ4A 1IWUA 1IWZA 4GCEA 2WARA 1JTPL 1REMA 1YIKA 2G4PA 1JJ1A 2I26L 5D5FA 4B4IA 2CDSA 5LVIA 5B1FA 1BB6A 1BVXA 1W08A 1GF9A 1LSAA 1EQEA 3LZ2A 4LYBA 1D6PA 1GDXA 2DQIY 3VWOA 1A2YC 1IY4A 1QDTA 3A6BY 4HTQA 2MEDA 3B0IA 4TX7A 5KXSA 1NF5A 4IASA 5KXNA 3RU5A 1LZ4A 4OWEA 1RJCB 1XEKA 1G7MC 1GFHA 4WM4A 4NWHA 1GB5A 1B7SA 3D3DA 1CKGA 3TXDA 3WL2A 1E8LA 1HEWA 4OOTA 1H87A 1LZTA 4H8ZA 5IHGA 4WOAA 4XADA 1IY3A 2Z2EA 5HQ1A 1OUIA 2LYMA 5EBHA 1GE0A 3P68A 4NHQA 4YENA 1DI5A 1D0LA 1Z55A 1LZ9A 3WXUA 2CGIA 2YSSC 5L3HA 5LAGA 1LPIA 1WTNA 1IWWA 4CJ2A 2F4GA 3A34A 4M4OA 4DDBA 1TCYA 1QIOA 5LYTA 132LA 4LGKA 1LYYA 2BQHA 4TWSA 5KXPA 4KT3A 4NGLA 1WTMA 3WUNA 3T36A 2DQFC 2Z12A 4NWEA 4RLMA 3AGGG 1LHLA 4C3WA 4DD2A 1FLYA 2Q0MX 3B72A 1SLYA 1BHZA 1ZMYL 2A7FA 4LZTA 1B7QA 2BQKA 4B4EA 3GXRA 1NBYC 1IP7A 1VEDA 2BQIA 3ATOA 1BWIA 3WVXA 1LSCA 4QEQA 3WUAA 1JKCA 1IO5A 1BB7A 1MLCE 4H8YA 3QY4A 4UWVA 3SP3A 2H9KA 4Z98A 1JTOL 1YILA 4IATA 4ET8A 1GF0A 4FJRA 2BQMA 1T3PA 3T6UA 1PS5A 4HJZA 4DD1A 1CJ9A 4NSJA 1ZVHL 4GCFA 2YDGA 4WLXA 1LZNA 1LSBA 5B06A 1GFAA 2HEFA 4U3XB 1N4FA 1GF7A 3B0OA 3RW8A 4CGEA 3CSRA 4XJBA 2BQFA 4WM5A 1VAUA 1B2KA 1LMPA 2BLYA 5KJ9A 1HEPA 1LZ5A 1IEEA 1GXV2 4PRUA 3WPKA 1GBZA 1GF6A 4DDCA 1D0MA 4WMGA 4GN4A 1HSWA 133LA 4W94A 1LJNA 4OWAA 4PPOA 5LAFA 3RT5X 5LVGA 1XGPC 3CT5A 4LYMA 5FELA 5LYZA 1AZFA 1GE4A 1B9OA 1BB4A 2RSCA 5FHWA 1PZYA 5B1GA 1LZ6A 5LIOA 1DXJA 3G3BB 2DQJY 2ZYCA 1XSFA 1DPWA 4ETBA 3A6CY 4H94A 5LVHA 4HV1A 2DKVA 3WH1A 1H6MA 4YF2A 3TXEA 2HEEA 4N5RA 4A7DA 1UC0A 8LYZA 1RE2A 4CHXA 1GFKA 1IP3A 2MECA 4H90A 3EMSA 3EO5A 4NSHA 4NGWA 2BQDA 1LHMA 1LSEA 2B5ZA 1GAYA 1OUGA 1C43A 1VDSA 1FBIX 2Z18A 3WW6A 4YEMA 1B5UA 2BQNA 5FEKA 1GFEA 4GN5C 4DDAA 1G7IC 1WQMA 3OK0A 5KXRA 3TXJA 1C10A 1AM7A 1NBZC 1GF5A 1V7TA 1UIBA 4HP0A 1I20A 1YL1X 5I4YA 2HU3A 2EPEA 3E3DA 4G4HA 4HSFA 3M3UA 4LT0A 3EBAB 3WU8A 3WW5A 4PHIA 4QGZA 2Z37A 2HECA 2HTXA 5F9UA 4XJHA 5I4WA 3G3AB 3HFMY 1REYA 1XGTC 4KL7A 1G7LC 4MCKA 1P2CC 4IJ4A 1IP1A 4NG1A 1UICA 5DM9A 2BQBA 1B5XA 3W6CA 2LYZA 4ETDA 5B59A 1A4VA 1GFJA 1VDPA 1GF4A 1GB3A 2MEFA 1QTEA 2F30A 2BAAA 1VATA 4UWNA 3K3TA 4NHPA 1IVMA 5KXXA 1TEWA 4ET9A 4NFVA 4XJDA 1GBXA 4HPEA 1SQ2L 1HENA 1GFTA 1LHHA 1LMQA 4H93A 4DD9A 1HMLA 4MSTA 4LYOA 1VFBC 4XYYA 2YBNA 1UIGA 1IP4A 1QSAA 2Z2FA 1LJ3A 3TXIA 4BAFA 1FDLY 2H9JA 3A8ZA 4PGJB 1IR9A 1J1OY 3IWRA 3MGWA 1TBYA 1GF8A 2FBDA 2MEEA 4AGAA 1LZBA 4G4CA 1GE2A 1OQMA 1XGQC 9LYZA 1GB8A 1T6VL 4KPMA 193LA 3TMUA 1GWDA 1GBSA 5HMJA 3J6KA 4NG8A 3WYHA 4WM6A 1LZSA 2HEBA 1FKQA 1RFPA 134LA 1YKZX 5I53A 4DD0A 5L9JA 3TXGA 1MELL 4DD3A 2FBBA 3AW6A 4ETCA 3AZ6A 4O34A 2XBSA 5F16A 4N0JA 1BGIA 3LYTA 1GB2A 1LAAA 1ALCA 2BLXA 1JEFA 4G9SA 194LA 1B7RA 1JJ0A 6LYTA 1HEQA 1JKDA 1LJHA 4H8XA 5HNLA 1GPQC 4B0DA 1CKFA 3WMKA 1HFZA 4Z3MA 2DQEY 4G4BA 1YQVY 4TSCA 1IP6A 2D6BA 1UACY 4WLYA 5KKIA 4DC4A 5KXZA 1LZ1A 1HNLA 1HF4A 4WO6A 3A96A 4H9CA 5L3IA 208LA 1LYOA 3A90A 2C8PA 4H9IA 4KXIA 2LZ2A 4ETAA 3ZEKA 4OOOA 3IJUA 1IOSA 1C45A 1TDYA 4NGKA 2MEAA 1FLQA 4HJVA 5ILFA 4HV2A 4EMNA 4ETEA 4NGZA 4PRQA 3AZ5A 4H9FA 1IOQA 3A67Y 2PC2A 1AT6A 3ZVQB 4G49A 1W6ZA 1OP9B 1I56A 1OUHA 3P65A 1NDGC 4NHTA 2BQJA 5LVJA 1LOZA 1EL1A 1DPXA 3IJVA 5DL9A 3QNGA 2H5ZA 5IDDA 2VB1A 1LZRA 1HEOA 5B05A 2MEBA 1DZBX 2BQCA 3TMXA 3TXFA 1RCMA 1IIZA 4NY5A 135LA 3AGHA 1OUCA 1IX0A 4H9BA 3W6AA 3TMWA 1GB9A 3ZVQA 1LZGA 2D91A 1YROA 5IELA 1YAPA 1J1PY 1CKHA 4NGYA 1GAZA 1LMAA 4UWUA 5KXOA 1FLWA 1KIRC 4AXTA 4GN3A 2W1XA 4NSIA 4ZEEA 3WUMA 3N9EA 4N8ZA 3EXDA 1GEVA 1LJ4A 4HTNA 4BAPA 1LJGA 2ZQ3A 2F4AA 5AMYA 3OJPA 1IP2A 1BVKC 2D4KA 3AZ4A 3CT0A 4XJGA 5FDJA 1F6RA 2XJWA 3LYOA 1B7NA 1LJEA 3AW7A 1JSFA 2BQEA 1OUDA 5LA5A 1D0KA 1LZDA 2LZTA 4WLDA 2DBTA 154LA 3A3RX 2D4IA 1HELA 1QUTA 4NEBA 4XN6A 1GBWA 4WO9A 2HEAA 5APEA 3B6LA 1UUZC 1JTTL 5KXTA 1DKKA 5B07A 1GF3A 1QDRA 2D4JA 3LYMA 1O23A 1B0DA 3M18B 2N5ZA 5LA8A 4XJIA 1GFGA 1GE1A 1HMKA 3W6BA 3WULA 3HBHA 1B5VA 1LJFA 2FYDA 4NGJA 1HSXA 1CJ7A 2GV0A 5HMVA 3A95A 2CWIA 4LFPA 4LT2A 2CJLA 3LHMA 4ZIXA 1IWYA 1J1XY 1JISA 4L41A 2ZILA 1GB6A 1CKDA 1OUAA 1JITA 4B1AA 153LA 4TUNA 5KXMA 1REZA 2LYOA 3BKHA 4WLTA 4H1PA 5ILCA 4NHIA 4Z41A 4J0LA 3AB6A 4NGVA 2DQGY 4WG1A 1IWVA 1BQLY 1LMCA 1REXA 1JKAA 1NKHA 5HNCA 1YAOA 4B4JA 2DQCY 1YL0X 3P4ZA 1DQJC 3WPLA 1GB7A 1VDTA 4HPIA 1HC0A 5I54A 1VDQA 1LYSA 1CJ6A 4GCCA 1UIDA 1B5YA 3WXTA 1AKIA 1UIEA 4GLAA 3N9CA 3WU9A 1GHLA 1YKXX 2LHMA 4PJ2C 4GCBA 3FE0A 1AT5A 1JSEA 1IR8A 7LYZA 1LSZA 1HFYA 1WQRA 4OWCA 1QSWA 1EQ5A 1B5ZA 3A92A 4LYTA 1DI3A 4LYZA 3ULRA 3A93A 5J7CA 2I25L 3LYZA 1LSMA 4MR1A 4YM8A 4BADA 1BWJA 1LHIA 4C5FA 4CFPA 1OUBA 1KXYA 1HHLA 1F6SA 4RW2A 4YOPA 2Z39A 1G7JC 4LT3A 4NHSA 4WM1A 1UIFA 6LYZA 1F10A 4H9AA 1DKJA 5APFA 1IWXA 1INUA 4WM2A 4DT3A 2ZNWY 4QY9A 1QTKA 2DQHY 1HERA 2ZNXY 5C6IA 1HFXA 1IORA 1LMTA 5LINA 1KXWA 3GXKA 1UIAA 1GB0A 1IR7A 2DQDY 2EQLA 2YBLA 4NGOA 1YAQA 3QE8A 4DD7A 1LSFA 1GFVA 2YBIA 3P66A 1IC4Y 1WVVA 2XTHA 1GBOA 4WM3A 5F81A 5M1YA 4E3UA 1QQYA 2YBHA 4I8SA 1LSYA 4NSGA 1BWHA 2A7DA 1GEZA 1LTMA 1FKVA 207LA 3AYQA 4BS7A 4RDSA 5KY1A 1JHLA 5T3FA 2IHLA 1CNSA 1UA6Y 1YANA 1LJKA 3HBEX 1JIYA 4J1BA 5D5CA 2BPUA 4N1CC 3TMVA 3WPJA 1D6QA 1LZYA 2BQAA 5FCPA 1LSGA 1IP5A 1XGUC 4N1EI 4RW1A 4H91A 1LZCA 4P2EA 4DYGA 2BQOA 4H92A 3BKVA 3CB7A 2X0AA 3KAMA 4WL6A 5II3A 3CQLA 2ZIKA 4FDYA 2G4QA 4YEOA 4WL7A 4ANRA 3FI7A 1B7PA 3HBDA 4WG7A 1B7LA 4I0CA 1GFUA 5I4XA 1GD6A 2HUBA 3TXHA 4J1AA 5DN4A 3A94A 4TSBA 3LZTA 1IC5Y 4R6CA 1JPOA 4CFOA 1JKBA 1ZV5L 3W6DA 4OWHA 3B0KA 5DLAA 1LYZA 5F9XA 1NMMA 4X3BA 5DN5A 1B7OA 1V7SA 5A3EA 4LT1A 1LMOA 5HLLA 1GDWA 2FYCA 1IC7Y 1JJ3A 1WQQA 5KXYA 4D9ZA 5F14A 4GLVA 2XBRA 1LSPA 2W1YA 5LYMA 1HEMA 5APCA 3W3EA 1LMNA 5A3ZA 1C7PA 4EOFA 1FLUA 2BQLA 1JWRA 3P64A 1LHJA 1JUGA 1TAYA 1WVUA 3AGIA 1CKCA 1KXXA 1I1ZA 1LKSA 1YKYX 3CSZA 4NIJA 1LCNA 2Y8PA 2W1LA 1LKRA 1UBZA 4M6DA 4HTKA 2ZIJA 1LZ8A 4DWXA 1GFRA 1QUSA 2MEGA 5KXKA 5APDA 1XGRC 3TXKA 2F2NA 1GE3A 2MEHA 4ML7A 1LJIA 1G7HC 2G4NA 1LHKA 2ZQ4A 3LN2A 5C6LA 1DI4A 2I6ZA 4R0FA 1BB3A 1OUEA 1XFPL 5FSTA 3AJNA 5LVKA 2IFFY 3F6ZA 1YAMA 1WQPA 5C6JA 4LYCA 1LJJA 1NHEA 4N9RA 4QDNA 5E9RA 4XJFA 1BB5A 5K7OA 5KXLA 1FN5A 3CT1A 2YBMA 1IWTA 1LZEA 3D9AC 2YBJA 4H9EA 1LSNA 1LZAA 4LFXA 4HJYA 5JENB 5KKJA 1NWGA 1C08C 1IOCA 1RI8B 3J4GA 1F0WA 3W6EA 1B5WA 2C8OA 2HU1A 3W6FA 1UCOA 4TTDA 4XENA 1WQNA 3WU7A 2W1MA 1KIQC 1LSDA 2NWDX 4J7VA 4II8A 3TXBA 2DQAA 1NDMC 3A3QA 1XEJA 4Z46A 4ZFPA 2ZWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WVYA 1KIPC 2HEDA 3CDTA 1LI2A 2BQGA 1UIHA 2ZYPA 3AZ7A 1OUFA 1GXXA 130LA 1ZVYB 1EQ4A 2B6WA 5E4PA 3RZ4A 1IWUA 1IWZA 2WARA 1JTPL 1REMA 1YIKA 2CDSA 157LA 1LSAA 3HTGA 1L28A 3C80A 1QDTA 3A6BY 2MEDA 3B0IA 4TX7A 5KXSA 1NF5A 5KXNA 4OWEA 1G7MC 1GFHA 1GB5A 3D3DA 3WL2A 1LZTA 5IHGA 1OUIA 5EBHA 3K2RA 1DI5A 1PQMA 229LA 239LA 218LA 2CGIA 2YSSC 1IWWA 5LYTA 4LGKA 2BQHA 3AGGG 1LHLA 1FLYA 186LA 2B70A 4LZTA 199LA 196LA 3GXRA 1VEDA 1BWIA 234LA 4QEQA 1IO5A 4H8YA 1G07A 1L72A 1L58A 4Z98A 1SX2A 1JTOL 4IATA 169LA 4FJRA 1T3PA 1PQJA 146LA 1LWGA 2YDGA 2HEFA 3B0OA 4CGEA 2BQFA 1VAUA 1L07A 1B2KA 1L47A 3JR6A 3GUNA 1XEPA 4PRUA 1GBZA 3SB7A 4ARJA 4WMGA 162LA 4PPOA 178LA 1L51A 4W58A 4LYMA 5LYZA 3SB8A 4W56A 2DQJY 1H6MA 211LA 3PBLA 1L04A 1IP3A 2MECA 3EO5A 4NSHA 1VDSA 4I7QA 3WW6A 1L69A 5FEKA 5KXRA 1AM7A 1C69A 1T8GA 1LWKA 1UIBA 1YL1X 5I4YA 3VW7A 4G4HA 3WW5A 1L90A 1L0JA 4QGZA 126LA 2HECA 1C63A 3SBBC 245LA 1REYA 1C66A 4IJ4A 4NG1A 1B5XA 1KNIA 1QTBA 4DQJA 1L53A 4XJDA 1P36A 1HENA 1LHHA 1HMLA 160LA 183LA 4BAFA 4PGJB 1L31A 3IWRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OWB A;  2Z38 A;  3WVY A;  3ATN A;  1XEI A;  3N9A A;  4RLN A;  1CJ8 A;  4NGI A;  4W96 A;  1KIP C;  2MEI A;  2HED A;  2AUB A;  1C46 A;  4B49 A;  2EIZ C;  5LXW A;  1D9U A;  4H9H A;  2BQG A;  1UIH A;  2ZYP A;  2EKS C;  4OW1 A;  3AZ7 A;  1OUF A;  1GXX A;  3RNX A;  3A91 A;  5KXW A;  1B7M A;  1NQI A;  3CSQ A;  1ZVY B;  1OUJ A;  4GCD A;  1EQ4 A;  1WQO A;  2YVB A;  5E4P A;  1IOT A;  5I5Q A;  2Z19 A;  1GBY A;  3RZ4 A;  1IWU A;  1IWZ A;  4GCE A;  2WAR A;  1JTP L;  1REM A;  1YIK A;  2G4P A;  1JJ1 A;  2I26 L;  5D5F A;  4B4I A;  2CDS A;  5LVI A;  5B1F A;  1BB6 A;  1BVX A;  1W08 A;  1GF9 A;  1LSA A;  1EQE A;  3LZ2 A;  4LYB A;  1D6P A;  1GDX A;  2DQI Y;  3VWO A;  1A2Y C;  1IY4 A;  1QDT A;  3A6B Y;  4HTQ A;  2MED A;  3B0I A;  4TX7 A;  5KXS A;  1NF5 A;  4IAS A;  5KXN A;  3RU5 A;  1LZ4 A;  4OWE A;  1RJC B;  1XEK A;  1G7M C;  1GFH A;  4WM4 A;  4NWH A;  1GB5 A;  1B7S A;  3D3D A;  1CKG A;  3TXD A;  3WL2 A;  1E8L A;  1HEW A;  4OOT A;  1H87 A;  1LZT A;  4H8Z A;  5IHG A;  4WOA A;  4XAD A;  1IY3 A;  2Z2E A;  5HQ1 A; 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 1ZV5 L;  3W6D A;  4OWH A;  3B0K A;  5DLA A;  1LYZ A;  5F9X A;  1NMM A;  4X3B A;  5DN5 A;  1B7O A;  1V7S A;  5A3E A;  4LT1 A;  1LMO A;  5HLL A;  1GDW A;  2FYC A;  1IC7 Y;  1JJ3 A;  1WQQ A;  5KXY A;  4D9Z A;  5F14 A;  4GLV A;  2XBR A;  1LSP A;  2W1Y A;  5LYM A;  1HEM A;  5APC A;  3W3E A;  1LMN A;  5A3Z A;  1C7P A;  4EOF A;  1FLU A;  2BQL A;  1JWR A;  3P64 A;  1LHJ A;  1JUG A;  1TAY A;  1WVU A;  3AGI A;  1CKC A;  1KXX A;  1I1Z A;  1LKS A;  1YKY X;  3CSZ A;  4NIJ A;  1LCN A;  2Y8P A;  2W1L A;  1LKR A;  1UBZ A;  4M6D A;  4HTK A;  2ZIJ A;  1LZ8 A;  4DWX A;  1GFR A;  1QUS A;  2MEG A;  5KXK A;  5APD A;  1XGR C;  3TXK A;  2F2N A;  1GE3 A;  2MEH A;  4ML7 A;  1LJI A;  1G7H C;  2G4N A;  1LHK A;  2ZQ4 A;  3LN2 A;  5C6L A;  1DI4 A;  2I6Z A;  4R0F A;  1BB3 A;  1OUE A;  1XFP L;  5FST A;  3AJN A;  5LVK A;  2IFF Y;  3F6Z A;  1YAM A;  1WQP A;  5C6J A;  4LYC A;  1LJJ A;  1NHE A;  4N9R A;  4QDN A;  5E9R A;  4XJF A;  1BB5 A;  5K7O A;  5KXL A;  1FN5 A;  3CT1 A;  2YBM A;  1IWT A;  1LZE A;  3D9A C;  2YBJ A;  4H9E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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