6LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lytA00
1B5ZA 1LZSA 2BLXA 2F30A 3VWOA 2I6ZA 5LAGA 4DYGA 1GE0A 2LZ2A 4BAPA 4AGAA 4M4OA 2LHMA 3WPLA 1LSDA 1IOTA 1QTKA 4HV2A 4HV1A 1LMCA 1DI3A 1NHEA 3EXDA 1B7PA 3M18B 1DZBX 1KIPC 1IIZA 1GB5A 2Z38A 1JHLA 1YILA 2XJWA 4N1CC 4KXIA 3ATOA 1A2YC 4HPIA 5I4WA 1BB7A 5M1YA 2Y8PA 1B5XA 1EQEA 1LSEA 3P65A 1ZV5L 4FDYA 4P2EA 4DD7A 132LA 1JISA 4NY5A 2BQJA 2Q0MX 2MECA 1IO5A 1AKIA 1LYSA 4NG8A 1JKCA 4YOPA 2EKSC 2DKVA 1JTPL 3WVYA 1YKZX 2XBRA 3ZEKA 4WOAA 1CJ6A 1KXXA 2YSSC 5DM9A 5I53A 1XFPL 1C7PA 4NGLA 4UWUA 2D6BA 1GF8A 2ZNXY 1YQVY 1LYYA 1QUTA 1LZTA 1VDTA 2G4QA 1GBYA 3B0KA 1KXYA 4NGIA 3J4GA 2HEDA 3W6DA 2BPUA 1QSWA 4R6CA 1DQJC 4WM1A 1C43A 5FDJA 1GDXA 1YROA 4ET8A 1O23A 3N9EA 1REZA 2DQDY 3OJPA 4N9RA 4UWNA 1REXA 5B59A 1IEEA 1IY3A 2D91A 4WM6A 1BGIA 3EMSA 1C45A 1GBWA 4RDSA 5FCPA 3SP3A 2YBIA 3A8ZA 3LYMA 5DN4A 1DKJA 3TXIA 1AM7A 3A90A 1RE2A 2F4GA 1GPQC 3WUAA 2CGIA 5KXXA 1I1ZA 2FYCA 1BVXA 4ETBA 3TXEA 1MELL 1XGUC 2BQFA 2IHLA 1IOQA 1OP9B 7LYZA 1KXWA 1OUCA 1UIBA 1LZCA 1CJ7A 1UCOA 1LJ4A 4DWXA 1FLUA 1HEPA 2Z2FA 3J6KA 3F6ZA 3A3RX 1BB4A 4XJFA 5HNLA 1LJ3A 1LHMA 2ZQ4A 1BWIA 2MEBA 1CJ8A 4GLVA 1HFZA 4WO6A 1H87A 1YAMA 4C5FA 1Z55A 4R0FA 1TDYA 4NIJA 3P66A 3LYTA 4PJ2C 1UIEA 1HSWA 3AGHA 1GAZA 4H90A 4IATA 1GF7A 1HC0A 5B1GA 1IWTA 4N8ZA 4Z3MA 1GFKA 4LYCA 3WMKA 1LZ5A 1DI4A 2I25L 4XN6A 4ETDA 4CJ2A 5II3A 1B5YA 2RSCA 1UICA 1D0LA 4OOOA 1BB3A 4NHIA 5KXOA 2GV0A 3HBEX 4H9CA 3TXDA 3IJVA 1NBYC 4B4EA 4BADA 154LA 1LMNA 4OW1A 3AZ5A 4B0DA 4EOFA 5F9UA 4CFOA 1I56A 5F9XA 1HMKA 4OWEA 5I54A 5KXYA 3WYHA 1IP5A 1GFUA 1REMA 1QUSA 1UA6Y 4NGVA 4OWBA 2A7DA 1OUDA 1JUGA 3B0IA 1VDQA 1BWHA 1I20A 2MEDA 4ETCA 4H94A 4DT3A 1W08A 4TX7A 4ANRA 1VDPA 5APFA 5E9RA 4PHIA 1WTMA 2BQOA 4GCFA 4LZTA 5ILFA 1LHIA 2EIZC 4TSCA 3TXHA 2WARA 3AGIA 1HFYA 4DDCA 1REYA 3WUMA 2PC2A 3BKVA 4HJZA 1IP6A 1NDGC 1IWWA 1IOSA 4RLNA 4H9BA 1C46A 2XBSA 3E3DA 4XJGA 2ZIJA 2ZYPA 3N9CA 3CB7A 3CSZA 1LMPA 2BQLA 4GCEA 4KL7A 5D5FA 5DL9A 2Z2EA 4CGEA 3FE0A 1JJ1A 2HUBA 4YM8A 4CHXA 1IVMA 1WVUA 2BQDA 4DD3A 5LAFA 3TMXA 5KY1A 1EL1A 4ETAA 1LSNA 5LVHA 1LZEA 1IP1A 5C6JA 1B7MA 1WQRA 5B07A 3TXKA 4DDBA 1B7OA 1LZ9A 3WW5A 1EQ4A 4H9EA 4H9AA 4NSHA 4W94A 3W6AA 4WG1A 1ZVHL 4XADA 4XENA 3TXGA 2B5ZA 2MEIA 1J1OY 3WU7A 1JKDA 3ZVQA 5B05A 1BB5A 2W1MA 3N9AA 5KKJA 1LMAA 1GB8A 1NDMC 1LZDA 1LZAA 4WLDA 1D0KA 2HEFA 1G7LC 4GN3A 5F81A 4H9FA 1UIAA 4OWAA 1XSFA 3P68A 1CKFA 1LZYA 1OUGA 4II8A 4ET9A 2BQHA 1GFEA 5HQ1A 3P4ZA 5KXMA 5J7CA 4NWEA 3T36A 1LSFA 4ZFPA 5FHWA 135LA 5I5QA 1GFGA 1LYOA 2NWDX 3A93A 1JIYA 1GBZA 1IC4Y 4TTDA 2BQMA 1LMQA 2BQNA 3RZ4A 2YBHA 1HEMA 1IP3A 4WM4A 207LA 5LIOA 1GD6A 1IC5Y 1BVKC 2D4KA 3LHMA 1SQ2L 6LYTA 1BB6A 3OK0A 1HMLA 2DQJY 1CKHA 1HNLA 1LJFA 4OOTA 4HP0A 5A3EA 4DD1A 2BQAA 4NHQA 2LYZA 1F6RA 4J1BA 4I8SA 1NWGA 2IFFY 5DLAA 3RW8A 1OUEA 3EBAB 5D5CA 3A34A 4BAFA 5LXWA 2LYOA 3G3AB 5L9JA 4TSBA 1GHLA 2I26L 5APEA 5L3IA 2VB1A 1INUA 2A7FA 3CSQA 4WL6A 1W6ZA 3B72A 1LZNA 3WH1A 2DQEY 1C08C 4MSTA 1RFPA 4LYMA 1D6PA 1GF4A 5DN5A 5LYTA 3LYOA 5FSTA 1NF5A 1GF9A 1J1PY 2EQLA 2H9KA 4L41A 2N5ZA 4EMNA 1F0WA 3W6FA 1DPWA 4PRQA 1QDRA 1UC0A 4QGZA 1JSEA 3IJUA 5KXPA 4KT3A 1GE3A 4MCKA 2HEAA 1JWRA 1GFAA 4NHTA 5B1FA 1LJKA 2BLYA 1XEKA 1BHZA 4LYZA 5APCA 1AT5A 1UIDA 4G49A 1HELA 1V7TA 1ZMYL 2YBLA 1B7SA 1FKQA 1UBZA 1B7RA 1T6VL 1YANA 3FI7A 1FDLY 2MEFA 2Z12A 1GB6A 3WU8A 1LZ8A 4FJRA 1OUJA 1QDTA 4GN4A 2D4JA 4B1AA 1LPIA 3K3TA 4XJBA 2LYMA 3HBHA 1GXV2 3ZVQB 2MEGA 1XGTC 3P64A 1QTEA 1XEJA 1VATA 4OWCA 5HNCA 4LT0A 5IELA 2Z19A 5IDDA 5KJ9A 5KXTA 5I4XA 4NG1A 1HF4A 4LYTA 3GXKA 4H92A 1OUFA 1J1XY 2C8OA 1B7QA 1LMTA 1YAQA 3G3BB 3TMUA 1WQQA 4AXTA 4NEBA 1B5WA 5APDA 1RJCB 2ZIKA 1DXJA 4HJVA 1KIQC 4NGWA 1WQNA 3QY4A 1D6QA 4HTQA 2Z37A 4H91A 1LZ4A 1IP7A 4HTNA 2DQIY 1OUIA 4WL7A 1LJHA 1GB2A 1YKXX 4NGZA 4G4HA 1LZ6A 2FBDA 3CT0A 4GCCA 4YF2A 2BQGA 5HMVA 1G7HC 1UIFA 1GWDA 4WM5A 2AUBA 4QDNA 1JKBA 5LA5A 4U3XB 1T3PA 4HPEA 2XTHA 1FBIX 1JKAA 4UWVA 1JTTL 1JJ3A 5F14A 1WTNA 2DQCY 4HSFA 4ETEA 4NHPA 3AZ4A 4Z98A 1E8LA 1GF5A 4KPMA 3WUNA 3HBDA 1CKGA 3EO5A 193LA 1B2KA 1GF6A 1TAYA 4QEQA 4N0JA 3WPJA 1UIGA 3MGWA 1F6SA 1IR7A 1ZVYB 4IASA 2G4PA 1LJNA 2DQHY 4XYYA 4B4IA 1XGRC 4X3BA 5E4PA 3AZ6A 5LYMA 2LZTA 4DD2A 1GBOA 1UACY 2ZILA 3LZTA 6LYZA 1HEWA 1HSXA 5ILCA 2YBNA 1LKRA 2DQAA 4J0LA 3LZ2A 3QNGA 3WXTA 3WULA 3TXBA 1LSCA 1NQIA 1OQMA 3TXFA 1P2CC 1OUHA 2CJLA 1GEVA 1LJIA 1VAUA 1RCMA 2BQEA 3D9AC 4PRUA 3WW6A 5I4YA 2W1YA 5LINA 4WMGA 1UUZC 1IORA 4LGKA 1LHHA 4H8XA 2HTXA 1MLCE 4NSJA 4BS7A 4DDAA 2DQFC 1LSZA 2G4NA 3W6BA 1GBSA 1SLYA 3T6UA 1D0MA 4G4CA 1XEIA 1N4FA 1HFXA 4XJHA 5KXZA 3WU9A 4H8YA 3BKHA 3RU5A 4LFXA 4B4JA 3A92A 1B5VA 1OUBA 4HJYA 5KXSA 4E3UA 5JENB 5KXWA 3AW7A 2YBMA 1CNSA 1VDSA 5F16A 2BQKA 4OWHA 4NGKA 1GE1A 1LSAA 1IX0A 1G7MC 3WL2A 5KKIA 1JTOL 3M3UA 5T3FA 4WLTA 1AT6A 1JSFA 2MEAA 1GBXA 1JPOA 208LA 3CSRA 3LYZA 4MR1A 1IC7Y 1ALCA 3CT5A 4CFPA 2ZYCA 1LJGA 4NSIA 1GFJA 4NGJA 1WQPA 1DKKA 2CDSA 2BQCA 4PGJB 3AZ7A 194LA 4RW1A 3ULRA 1XGPC 2HEBA 1IR9A 1LOZA 3RT5X 3D3DA 1DI5A 1YKYX 4W96A 5LYZA 4QY9A 4LT3A 1IWYA 4N5RA 5LVGA 1CKCA 2H5ZA 1GB9A 1VEDA 1LKSA 4D9ZA 2W1XA 1HERA 3KAMA 1LSMA 5B06A 5FEKA 1HEQA 2FBBA 1HHLA 4LFPA 4LT1A 1XGQC 1YIKA 134LA 3RNXA 2YBJA 4G9SA 4NWHA 3W3EA 1GF0A 1JEFA 3WXUA 1TCYA 4NSGA 1KIRC 1QIOA 4DC4A 1LHJA 1A4VA 4H93A 4C3WA 1IP2A 1RI8B 4WG7A 1LZ1A 3TXJA 2YVBA 1TBYA 1IWZA 1PS5A 1WVVA 1YL1X 5HMJA 1IOCA 1GB3A 3AW6A 4XJDA 5C6IA 2F2NA 3AB6A 1B7NA 2W1LA 5KXNA 2FYDA 1B0DA 3AGGG 1VFBC 1GFRA 4NGOA 1LJJA 5HLLA 4GLAA 1LZGA 1QQYA 3A91A 1WQOA 3W6CA 3QE8A 4XJIA 5KXKA 1EQ5A 1HENA 3A96A 1IWVA 3A6CY 1V7SA 4DD9A 3W6EA 4NGYA 1LSYA 1FLQA 1GB0A 1FN5A 1FLYA 3CQLA 3A94A 5EBHA 1IP4A 2MEEA 4TWSA 4WM3A 4WLYA 2D4IA 4RLMA 8LYZA 2ZNWY 1CKDA 5LVIA 5AMYA 4PPOA 5FELA 1GE2A 1GEZA 2Z18A 1YAPA 2BQBA 2F4AA 1GFHA 4GCDA 4NHSA 3AYQA 3IWRA 1PZYA 1TEWA 1LHKA 4G4BA 1GF3A 9LYZA 1GFVA 1LMOA 1IWUA 3TMWA 1B7LA 1LSPA 1LTMA 1WQMA 1YAOA 1D9UA 2Z39A 3AJNA 4H9IA 4WLXA 1B5UA 1LHLA 4H1PA 1IY4A 1YL0X 1JJ0A 1GFTA 3A3QA 4ZEEA 4O34A 2H9JA 2BQIA 2HEEA 2DQGY 4ZIXA 2HU3A 2HU1A 2DBTA 1LYZA 4H9HA 4J1AA 5LVKA 1H6MA 5K7OA 3WPKA 5LVJA 1LJEA 3B0OA 1IR8A 5KXRA 1BWJA 1FLWA 1GAYA 1OUAA 1G7IC 1JITA 3ATNA 4GN5C 4YEOA 5L3HA 4WM2A 4J7VA 4LYBA 2C8PA 2HECA 2MEHA 3A6BY 1IWXA 4IJ4A 1NMMA 3B6LA 3GXRA 1GE4A 4B49A 4YEMA 1HEOA 5C6LA 1LCNA 1LZRA 4A7DA 2X0AA 2YDGA 2ZQ3A 1GB7A 1GXXA 4H8ZA 1LZBA 4TUNA 3A67Y 133LA 1CJ9A 3HFMY 1LSGA 4HTKA 4ML7A 1QSAA 2BAAA 5LA8A 4LYOA 4I0CA 2CWIA 4N1EI 4NFVA 4GCBA 4M6DA 5A3ZA 1UIHA 3A95A 1F10A 1AZFA 1G7JC 1B9OA 1GDWA 4RW2A 2ZWBA 153LA 1FKVA 4YENA 1BQLY 1C10A 2EPEA 5IHGA 4DD0A 3LN2A 4LT2A 3TMVA 4Z46A 3CT1A 1LSBA 4WO9A 3WVXA 1NKHA 1NBZC 4Z41A 5KXLA 1DPXA 1LAAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NTHA 1LZSA 3VWOA 3GUOA 4DYGA 2LZ2A 4AGAA 1IOTA 1DI3A 3C7YA 3EXDA 1YILA 4N1CC 1L95A 1SX7A 1QUDA 1EQEA 1LSEA 3P65A 2MECA 1KY1A 4NG8A 1JKCA 1C6CA 183LA 1JTPL 209LA 2XBRA 3ZEKA 160LA 5DM9A 4EJ4A 2RB2X 4NGLA 4I7NA 1GF8A 2ZNXY 1LYYA 1QUTA 1LZTA 4NGIA 1GBYA 2O79A 1KXYA 2HEDA 1L93A 1D3NA 4ET8A 3K2RA 1O23A 2B75A 2D91A 3EMSA 1P2RA 3A8ZA 1AM7A 3A90A 3WUAA 2FYCA 3LZMA 1CU6A 3RUNA 4ETBA 1OP9B 173LA 1UCOA 4DWXA 3F6ZA 3A3RX 2ZQ4A 1LHMA 1BWIA 1L17A 1HFZA 1LI3A 4C5FA 1UIEA 189LA 1L0KA 5B1GA 4Z3MA 3WMKA 4XN6A 2B6WA 196LA 1C6FA 1D0LA 4NHIA 4B4EA 154LA 1LMNA 4EOFA 1L65A 165LA 178LA 1IP5A 4EKRA 164LA 2Q9EA 2MEDA 4ETCA 1P56A 4DT3A 4TX7A 4ANRA 128LA 235LA 1WTMA 4LZTA 2EIZC 4TSCA 1HFYA 3PDSA 1IWWA 251LA 2ZIJA 3CSZA 1LMPA 198LA 1SX2A 5LAFA 5KY1A 1L81A 4ETAA 1T8GA 1LSNA 1C6IA 1B7MA 1WQRA 3WW5A 1EQ4A 4NSHA 4WG1A 1ZVHL 3TXGA 4D9ZA 2MEIA 1J1OY 3N9AA 1ZYTA 1LMAA 1ZWNA 1NDMC 1LZDA 1G7LC 1L0JA 1L10A 1LYDA 4ET9A 5KXMA 159LA 135LA 1LYOA 3RZ4A 1LMQA 1L79A 1HEMA 5LIOA 4WM4A 2D4KA 6LYTA 3DKEX 3OK0A 163LA 4OOTA 239LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B5Z A;  1LZS A;  2BLX A;  2F30 A;  3VWO A;  2I6Z A;  5LAG A;  4DYG A;  1GE0 A;  2LZ2 A;  4BAP A;  4AGA A;  4M4O A;  2LHM A;  3WPL A;  1LSD A;  1IOT A;  1QTK A;  4HV2 A;  4HV1 A;  1LMC A;  1DI3 A;  1NHE A;  3EXD A;  1B7P A;  3M18 B;  1DZB X;  1KIP C;  1IIZ A;  1GB5 A;  2Z38 A;  1JHL A;  1YIL A;  2XJW A;  4N1C C;  4KXI A;  3ATO A;  1A2Y C;  4HPI A;  5I4W A;  1BB7 A;  5M1Y A;  2Y8P A;  1B5X A;  1EQE A;  1LSE A;  3P65 A;  1ZV5 L;  4FDY A;  4P2E A;  4DD7 A;  132L A;  1JIS A;  4NY5 A;  2BQJ A;  2Q0M X;  2MEC A;  1IO5 A;  1AKI A;  1LYS A;  4NG8 A;  1JKC A;  4YOP A;  2EKS C;  2DKV A;  1JTP L;  3WVY A;  1YKZ X;  2XBR A;  3ZEK A;  4WOA A;  1CJ6 A;  1KXX A;  2YSS C;  5DM9 A;  5I53 A;  1XFP L;  1C7P A;  4NGL A;  4UWU A;  2D6B A;  1GF8 A;  2ZNX Y;  1YQV Y;  1LYY A;  1QUT A;  1LZT A;  1VDT A;  2G4Q A;  1GBY A;  3B0K A;  1KXY A;  4NGI A;  3J4G A;  2HED A;  3W6D A;  2BPU A;  1QSW A;  4R6C A;  1DQJ C;  4WM1 A;  1C43 A;  5FDJ A;  1GDX A;  1YRO A;  4ET8 A;  1O23 A;  3N9E A;  1REZ A;  2DQD Y;  3OJP A;  4N9R A; 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 1GE2 A;  1GEZ A;  2Z18 A;  1YAP A;  2BQB A;  2F4A A;  1GFH A;  4GCD A;  4NHS A;  3AYQ A;  3IWR A;  1PZY A;  1TEW A;  1LHK A;  4G4B A;  1GF3 A;  9LYZ A;  1GFV A;  1LMO A;  1IWU A;  3TMW A;  1B7L A;  1LSP A;  1LTM A;  1WQM A;  1YAO A;  1D9U A;  2Z39 A;  3AJN A;  4H9I A;  4WLX A;  1B5U A;  1LHL A;  4H1P A;  1IY4 A;  1YL0 X;  1JJ0 A;  1GFT A;  3A3Q A;  4ZEE A;  4O34 A;  2H9J A;  2BQI A;  2HEE A;  2DQG Y;  4ZIX A;  2HU3 A;  2HU1 A;  2DBT A;  1LYZ A;  4H9H A;  4J1A A;  5LVK A;  1H6M A;  5K7O A;  3WPK A;  5LVJ A;  1LJE A;  3B0O A;  1IR8 A;  5KXR A;  1BWJ A;  1FLW A;  1GAY A;  1OUA A;  1G7I C;  1JIT A;  3ATN A;  4GN5 C;  4YEO A;  5L3H A;  4WM2 A;  4J7V A;  4LYB A;  2C8P A;  2HEC A;  2MEH A;  3A6B Y;  1IWX A;  4IJ4 A;  1NMM A;  3B6L A;  3GXR A;  1GE4 A;  4B49 A;  4YEM A;  1HEO A;  5C6L A;  1LCN A;  1LZR A;  4A7D A;  2X0A A;  2YDG A;  2ZQ3 A;  1GB7 A;  1GXX A;  4H8Z A;  1LZB A;  4TUN A;  3A67 Y;  133L A;  1CJ9 A;  3HFM Y;  1LSG A;  4HTK A;  4ML7 A;  1QSA A;  2BAA A;  5LA8 A;  4LYO A;  4I0C A;  2CWI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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