6LYZA

Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1975-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lyzA00
5I54A 1FLUA 1IVMA 5F14A 4NSGA 4DDBA 1WQOA 3W3EA 4CFOA 2PC2A 1ZVHL 4H94A 4WLXA 4LFPA 4J1AA 4E3UA 153LA 5LVHA 4HTQA 1TAYA 1GEZA 2LYOA 1P2CC 2Z2FA 3LHMA 4OWBA 1JKCA 5KXOA 3F6ZA 4WMGA 3G3AB 4C5FA 1JISA 1LJKA 4H9IA 1DZBX 1ZMYL 4H8YA 1GB6A 1GDXA 2MEDA 4N0JA 1FLQA 1NQIA 5K7OA 3N9CA 5LVJA 1GB8A 3WVXA 4G4CA 1UCOA 1IOSA 1KIQC 1LJHA 1RFPA 4LT3A 5LYMA 3W6BA 1NMMA 1CKDA 5LA5A 1QTEA 1UIDA 2ZILA 4QDNA 3AGHA 5LAGA 3W6DA 5FEKA 1HFXA 1CJ9A 1KIRC 1LZSA 2BQBA 7LYZA 3A8ZA 1I56A 2W1MA 3IJVA 4WOAA 1PS5A 1HMLA 1GE0A 1QDTA 4NWEA 1BGIA 4WM2A 3FI7A 4NFVA 4HPIA 1LYOA 1O23A 2H9JA 5KXKA 2Z39A 2LZ2A 1YQVY 1OUFA 3RW8A 207LA 2D4KA 1LHLA 9LYZA 2W1XA 5APDA 1DQJC 4N1EI 1RJCB 1YILA 4IASA 1OUGA 4WG1A 5IDDA 2LYMA 4XN6A 1OUEA 1BVKC 1IC4Y 1GPQC 1HERA 2G4QA 1NBZC 3EO5A 2BQHA 1LJIA 3WW5A 1ZVYB 1OUIA 1IWWA 3BKVA 5LXWA 4X3BA 3MGWA 4CJ2A 1B7PA 4NGZA 4QY9A 3GXRA 5DL9A 1XGTC 2HU1A 5C6JA 4NGIA 1LZ6A 4LZTA 1J1XY 5FHWA 5KXYA 1NWGA 4WM3A 2BQEA 4MCKA 4ETDA 5I5QA 1NHEA 1IP5A 1GEVA 4OWEA 4D9ZA 4MR1A 1YKYX 1ALCA 1WQRA 3N9EA 2DBTA 4H8ZA 4LYTA 5KY1A 1VATA 1IIZA 4GN3A 1VDSA 4UWUA 5T3FA 1GFGA 1GFRA 1LJFA 1GF4A 1BB3A 1VAUA 1TDYA 2HUBA 1JTTL 1LMTA 2MECA 3EMSA 4HTKA 5IELA 4BAFA 4ETEA 1F6RA 1IC7Y 1OUJA 1BWJA 2HEEA 1OQMA 2Z2EA 3CT1A 5F81A 3TXJA 4II8A 3W6EA 1LOZA 1HMKA 3M3UA 2Z38A 2F4AA 3ZVQB 2YBIA 1LSZA 2ZQ4A 1LZ8A 3LZ2A 3AW6A 1LZRA 4Z46A 2ZIKA 2ZYCA 1GF9A 1EQ5A 1LPIA 3D3DA 4H9BA 4HSFA 5B59A 1JKAA 1V7SA 1MLCE 5L9JA 3A3QA 3ATOA 1GB2A 2FYDA 1NF5A 4DD9A 3QE8A 4WO6A 2YSSC 3WMKA 4B4IA 1HELA 2BLXA 2EKSC 4OWAA 4OW1A 4NEBA 5B06A 4ET9A 1WQQA 4GN4A 1XGRC 4N5RA 4NGVA 2YBJA 1JPOA 2F2NA 4WLYA 4H1PA 2XJWA 4RW2A 5KXSA 1YAQA 1IP6A 2C8PA 4TX7A 4NHPA 4XJIA 3TXDA 2MEHA 2RSCA 3FE0A 1GF7A 1QIOA 4RLNA 1CJ6A 1KIPC 3WUAA 3P65A 4LT1A 1IC5Y 1HEQA 1AZFA 4NWHA 4OOOA 6LYTA 1D6QA 3WH1A 1GF0A 2EQLA 1UIFA 1JSEA 1WQNA 1IOQA 1GFTA 4NGWA 2I25L 5E9RA 2BQGA 1GDWA 1UIAA 3WYHA 4B49A 1LSFA 1YAOA 4LFXA 5KXTA 5A3ZA 3CSRA 5LAFA 1IX0A 2HEBA 4LYOA 1IWUA 4XJGA 3TXHA 1B9OA 2DKVA 4BAPA 4EOFA 5KXWA 4H9CA 5HMJA 1UIEA 1CKHA 1DKKA 1LMNA 3CSZA 2FYCA 4HPEA 2EPEA 3G3BB 4B0DA 1JSFA 4PHIA 2BQFA 1BVXA 4XJDA 5I4XA 3LYZA 5HLLA 4DYGA 2BQJA 2H9KA 1LSBA 2F30A 1GBWA 1GFHA 2F4GA 1LJ4A 4J0LA 5L3HA 5JENB 5F9XA 3AB6A 4GCCA 1D6PA 1YKZX 2YDGA 4HJZA 4R0FA 3T6UA 3VWOA 1YKXX 5FSTA 5LVKA 1BHZA 5LVIA 1B7RA 1JWRA 3AZ4A 2IHLA 3CB7A 4LYZA 1EQ4A 4NHIA 4WLDA 1C7PA 5D5CA 3OJPA 4M6DA 1QSAA 1JITA 1F6SA 4GN5C 2XBSA 5F16A 4KPMA 3A91A 1H87A 1JHLA 3OK0A 1JJ3A 2A7FA 1CKGA 1N4FA 4GLVA 4DD3A 3M18B 1C46A 2B5ZA 1B5VA 1UA6Y 3ZEKA 5L3IA 4U3XB 132LA 2Z12A 1GE1A 4NGOA 5B1FA 4B1AA 2LZTA 1LZ1A 4WL7A 4PGJB 1FLWA 4HJVA 5HMVA 3AZ6A 3B0IA 1DKJA 5APCA 1HHLA 1C10A 4H9FA 3W6CA 1G7LC 4LYMA 1QTKA 3A94A 3ULRA 1IP3A 1BB5A 3QNGA 2H5ZA 4J7VA 3P68A 4H92A 2MEGA 2C8OA 4G49A 1GE4A 4ZFPA 1LSMA 1B5WA 1IORA 2HECA 4W94A 1VFBC 5C6LA 5EBHA 3WW6A 2BQDA 2YVBA 4I8SA 2IFFY 1LJJA 1LHKA 3B0OA 2DQDY 133LA 3TXFA 2DQIY 3A3RX 4HP0A 1GBSA 1GBXA 4XJBA 2DQFC 1IO5A 1OUBA 1LTMA 3P66A 1IOTA 5KXPA 2DQEY 2CJLA 2CWIA 2ZYPA 5KJ9A 2ZWBA 4H8XA 1HSWA 4XADA 2N5ZA 2AUBA 4YEMA 3J4GA 1B5XA 5B1GA 1LHHA 1UICA 3WPLA 1IWXA 3A67Y 3WULA 1YIKA 2D4IA 4TTDA 4WG7A 3W6FA 1SLYA 3KAMA 1OUAA 1XEKA 1JTOL 4MSTA 4NY5A 1GB7A 1GXV2 3QY4A 1GFJA 1HFZA 1HF4A 1GBOA 1TBYA 1TCYA 2LHMA 1B7QA 4HV1A 3CT5A 4LYCA 4EMNA 5II3A 1LZ5A 1KXWA 1GF8A 4QGZA 1LJNA 1IR9A 1CKCA 3B0KA 1BB7A 1DI4A 1HSXA 1IP7A 1NDGC 2MEEA 1LAAA 1PZYA 2W1YA 1BWHA 4NSHA 1VEDA 1LJEA 1BB4A 4PRUA 1W08A 194LA 1XGUC 2HU3A 5D5FA 3A95A 1QUSA 1LYSA 3WU7A 4NG8A 2D6BA 1LHMA 4OWHA 1AM7A 1REMA 5DN5A 1JTPL 1D0LA 2HTXA 3CSQA 2BPUA 4IATA 1LSDA 1HNLA 1FLYA 1NBYC 1VDQA 3LZTA 2ZNWY 1RCMA 1HEWA 3LYOA 1JIYA 2MEAA 4J1BA 1QQYA 1A4VA 2CGIA 1B0DA 1ZV5L 1BQLY 4YOPA 1LSYA 4HJYA 3HFMY 3IWRA 1VDPA 1DXJA 1WTMA 1J1PY 2Z37A 4BADA 1FKVA 1LKRA 1YANA 3TXEA 3TXIA 3TMUA 1YAPA 2W1LA 5HNCA 1LMCA 1LZ9A 1LZDA 1HEOA 4WLTA 1C43A 1GAZA 5J7CA 1B7LA 1GWDA 5KXNA 2Z18A 4G4HA 1DPWA 1SQ2L 4NIJA 1LMPA 2BQMA 4DD1A 1IEEA 2DQCY 4GCFA 3WXTA 1GB0A 5KXLA 2ZNXY 3A6CY 1IR7A 4GCDA 5LA8A 1YL1X 1F0WA 1VDTA 2YBHA 1B5ZA 1B5YA 1W6ZA 2VB1A 1LZGA 1I20A 5DLAA 2WARA 4UWVA 2Y8PA 4ETCA 4OWCA 1JUGA 5A3EA 1KXXA 3W6AA 1HC0A 4H9EA 3SP3A 3P4ZA 2BAAA 1AT5A 2Q0MX 4Z3MA 1B7SA 5KKIA 3CQLA 3WVYA 2YBMA 1LJGA 3LYMA 4DD0A 1GFEA 4H93A 1JJ0A 1LYYA 4WM5A 3AYQA 4XJHA 2YBLA 4DT3A 1XSFA 1LSAA 5E4PA 4AXTA 1LMQA 3J6KA 2I6ZA 1LZBA 1OUDA 4N1CC 3RZ4A 4LT2A 2D91A 2BQKA 2DQJY 3HBHA 1DI5A 1UBZA 4H91A 4N8ZA 3EBAB 1GE2A 4HTNA 5DN4A 5M1YA 1YROA 1B2KA 2G4PA 1I1ZA 3AGIA 1BWIA 3CT0A 4HV2A 1CNSA 1UIHA 1NKHA 1UACY 4NHSA 1OP9B 2X0AA 5LVGA 2BQOA 1GAYA 1GFVA 2BQNA 3A34A 1LSNA 1XFPL 1LSGA 1G7HC 2ZQ3A 4TUNA 5APFA 3WUMA 2DQAA 1GB9A 1GF6A 4LGKA 1FDLY 4QEQA 4OOTA 1D0KA 3WU8A 1AT6A 4TSCA 1CJ8A 5KKJA 1IWYA 1C08C 1WVUA 1LYZA 2HEAA 1LZNA 4B4EA 4DDAA 1XEIA 1LZCA 1XGQC 1RE2A 1GF5A 1WQMA 4NGJA 1J1OY 4KT3A 1UIGA 1WTNA 4NGYA 4ML7A 3RU5A 134LA 1YAMA 1LZTA 1LSPA 1G7IC 1GE3A 1GFAA 1REZA 5LYZA 4XENA 1JKDA 1JJ1A 1IR8A 1OUCA 4GLAA 4ET8A 1JEFA 1QSWA 3P64A 1QDRA 4WO9A 2DQGY 3WXUA 3A96A 4G4BA 4GCEA 2BQLA 4C3WA 2NWDX 3HBEX 2XTHA 3AGGG 2MEBA 3HBDA 1IWZA 4PJ2C 1DPXA 2DQHY 4RDSA 4DD7A 4M4OA 4RW1A 4NHTA 1IP2A 4DWXA 1D0MA 1EQEA 1GB5A 1IY3A 1LHIA 1FKQA 3WPKA 4XYYA 1HEPA 1LMAA 3ZVQA 3RNXA 4G9SA 5LYTA 1REXA 5AMYA 3LYTA 1CJ7A 1XEJA 1RI8B 4ZEEA 1F10A 1T6VL 3EXDA 4H9HA 1REYA 4NG1A 1B7MA 1HEMA 4Z41A 2I26L 1Z55A 2MEFA 154LA 4XJFA 4N9RA 4DD2A 1WQPA 4YENA 1LCNA 4I0CA 1LJ3A 5APEA 1FBIX 1JKBA 4NGKA 5I53A 5C6IA 1GB3A 4AGAA 1KXYA 1MELL 1G7MC 1WVVA 3AW7A 4RLMA 1LSEA 1FN5A 5F9UA 2BLYA 2D4JA 1TEWA 2CDSA 3A90A 4GCBA 4NGLA 5I4YA 5DM9A 1LMOA 208LA 1CKFA 1H6MA 1C45A 1OUHA 1BB6A 1LSCA 3A93A 1GFUA 4R6CA 2BQAA 4W96A 4WL6A 1GXXA 4ANRA 135LA 3WU9A 2FBDA 4H9AA 5FDJA 5FCPA 3AZ7A 2GV0A 4PRQA 3A92A 4H90A 4CHXA 4FDYA 3K3TA 1GBYA 4CFPA 3AZ5A 4ETBA 1IP4A 2BQIA 2YBNA 1QUTA 1LHJA 3ATNA 4KL7A 4NSIA 4PPOA 3E3DA 8LYZA 4LYBA 4YM8A 4KXIA 2XBRA 3T36A 193LA 3WL2A 4WM6A 4WM4A 4ETAA 5KXXA 5B05A 5ILCA 2BQCA 1LKSA 3RT5X 5IHGA 1INUA 1EL1A 4BS7A 2MEIA 1UUZC 4IJ4A 3TMWA 3AJNA 3TXBA 4A7DA 4DDCA 1LZ4A 1NDMC 5FELA 5HNLA 1GFKA 1XGPC 1B7NA 4ZIXA 4DC4A 4FJRA 1E8LA 1G7JC 1GHLA 2FBBA 3GXKA 1AKIA 4YEOA 3TXGA 5I4WA 1D9UA 1IP1A 2EIZC 1B5UA 1YL0X 3WUNA 1LZYA 5HQ1A 4P2EA 1UC0A 5KXRA 4CGEA 1GF3A 4YF2A 1IWVA 2ZIJA 3WPJA 1HENA 1A2YC 2A7DA 2HEDA 3B6LA 4WM1A 5KXZA 2G4NA 3TXKA 3B72A 4NHQA 4TSBA 4NSJA 5LINA 3LN2A 3A6BY 3BKHA 1DI3A 4L41A 4TWSA 1GD6A 1B7OA 1HFYA 1IOCA 4UWNA 1T3PA 3TMXA 1V7TA 5ILFA 1IY4A 1UIBA 2LYZA 2Z19A 6LYZA 1LZAA 1GBZA 4LT0A 4B4JA 3D9AC 3IJUA 1LZEA 4Z98A 5B07A 2HEFA 5LIOA 3N9AA 5KXMA 3TMVA 4O34A 1IWTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L24A 5I54A 119LA 1L44A 3V2WA 4LFPA 153LA 1G0MA 3DNAA 2Z2FA 4OWBA 1L53A 3SB9A 1L57A 4H9IA 1DZBX 1CV3A 1ZMYL 5K7OA 2OTYX 1CUPA 3N9CA 2RBRA 4G4CA 1UCOA 1LJHA 4LT3A 2QB0B 3W6BA 1NMMA 2RH1A 1UIDA 3GUMA 1L09A 3A8ZA 3IJVA 1PS5A 1GE0A 120LA 4HPIA 4ARMA 3GUOA 1O23A 2Z39A 155LA 3RW8A 1PQKA 9LYZA 2W1XA 3GUKA 4IASA 4WG1A 1P6YA 2OEAX 1LJIA 4I7SA 3GXRA 5DL9A 1C66A 1J1XY 5KXYA 215LA 4D9ZA 3FI5A 4GN3A 1VDSA 5T3FA 1GFGA 1BB3A 118LA 5IELA 4BAFA 2HEEA 1OV7A 1LOZA 1LSZA 1LYDA 1WTHA 3LZ2A 4I7TA 5B59A 1JKAA 2YSSC 1HELA 3C80A 4NEBA 3VW7A 1L65A 4ARPA 1LYHA 2YBJA 1LPYA 4NHPA 4XJIA 4RLNA 1IC5Y 1AZFA 4OOOA 145LA 4LDEA 1WQNA 5E9RA 1GDWA 5LAFA 5LAGA 1UIEA 1DKKA 1L46A 4HPEA 3G3BB 2BQFA 4XJDA 5HLLA 4DYGA 2BQJA 2H9KA 1LSBA 4W55A 1GBWA 3HH5A 1LJ4A 4J0LA 3AB6A 4GCCA 1YKZX 2YDGA 3NY8A 2B75A 3CB7A 4ARQB 1L0KA 1F6SA 1D2WA 4KPMA 230LA 3A91A 2LCBA 161LA 1CKGA 2B70A 4GLVA 4DD3A 4U3XB 4B1AA 5B1FA 1FLWA 3AZ6A 1L97A 5APCA 1DYCA 3K2RA 2XQOA 3QNGA 4J7VA 4LDOA 1LYFA 3CDTA 4G49A 1GE4A 3WW6A 3CDRA 2IFFY 2DQDY 133LA 1L13A 2DQIY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I54 A;  1FLU A;  1IVM A;  5F14 A;  4NSG A;  4DDB A;  1WQO A;  3W3E A;  4CFO A;  2PC2 A;  1ZVH L;  4H94 A;  4WLX A;  4LFP A;  4J1A A;  4E3U A;  153L A;  5LVH A;  4HTQ A;  1TAY A;  1GEZ A;  2LYO A;  1P2C C;  2Z2F A;  3LHM A;  4OWB A;  1JKC A;  5KXO A;  3F6Z A;  4WMG A;  3G3A B;  4C5F A;  1JIS A;  1LJK A;  4H9I A;  1DZB X;  1ZMY L;  4H8Y A;  1GB6 A;  1GDX A;  2MED A;  4N0J A;  1FLQ A;  1NQI A;  5K7O A;  3N9C A;  5LVJ A;  1GB8 A;  3WVX A;  4G4C A;  1UCO A;  1IOS A;  1KIQ C;  1LJH A;  1RFP A;  4LT3 A;  5LYM A;  3W6B A;  1NMM A;  1CKD A;  5LA5 A;  1QTE A;  1UID A;  2ZIL A;  4QDN A;  3AGH A;  5LAG A;  3W6D A;  5FEK A;  1HFX A;  1CJ9 A;  1KIR C;  1LZS A;  2BQB A;  7LYZ A;  3A8Z A;  1I56 A;  2W1M A;  3IJV A;  4WOA A;  1PS5 A;  1HML A;  1GE0 A;  1QDT A;  4NWE A;  1BGI A;  4WM2 A;  3FI7 A;  4NFV A;  4HPI A;  1LYO A;  1O23 A;  2H9J A;  5KXK A;  2Z39 A;  2LZ2 A;  1YQV Y;  1OUF A;  3RW8 A;  207L A;  2D4K A;  1LHL A;  9LYZ A;  2W1X A;  5APD A;  1DQJ C;  4N1E I;  1RJC B;  1YIL A;  4IAS A;  1OUG A;  4WG1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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