9LYZA

X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide nam-nag-nam to lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title X-ray crystallography of the binding of the bacterial cell wall trisaccharide NAM-NAG-NAM to lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1979-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 9lyzA00
1YROA 1F6RA 4NG8A 2DQEY 1D9UA 1VDSA 2BQDA 2XTHA 1GB8A 3A92A 4LYCA 2XBRA 4NSGA 4BADA 4CFOA 2CWIA 1YILA 1KXYA 3WW6A 1LZ4A 1LOZA 3HFMY 2MECA 1SQ2L 1I1ZA 4GLAA 4QGZA 1BVXA 3TMUA 3TMVA 1NMMA 5JENB 2YDGA 4H92A 4NGZA 1LSYA 1LZAA 2F2NA 4WL6A 5HQ1A 3A3QA 4WG7A 4WLXA 5B05A 5F14A 3ZEKA 1IP2A 2BQMA 5D5FA 2ZWBA 1XSFA 5KXXA 1HNLA 4GN5C 2BQGA 4G4BA 1GFEA 3EO5A 3CSRA 5LAGA 3WH1A 2DQFC 1B0DA 2I6ZA 4HPIA 1LSMA 3CT5A 2W1MA 1GWDA 1JSFA 1LJJA 1LHMA 2MEGA 3AZ7A 3A93A 2EIZC 1IWVA 5KJ9A 1NQIA 4ML7A 3WU7A 4C3WA 3RZ4A 1CKCA 4GCFA 1GFTA 154LA 1KIQC 5EBHA 2HUBA 1GB3A 4UWVA 4KXIA 5F9UA 1JJ1A 1XGUC 1ZMYL 1IEEA 3GXRA 9LYZA 4X3BA 1IC7Y 4DD2A 1GFHA 1UBZA 2ZYPA 2DQDY 2YBLA 5IDDA 1WTMA 1VEDA 5FSTA 1C7PA 3WUAA 1LAAA 3AYQA 4B4IA 4AXTA 1DZBX 1LKRA 2G4NA 5A3ZA 1AT6A 1MLCE 4N1CC 4DT3A 1GF6A 4N1EI 3KAMA 1CJ6A 2LYMA 4J1AA 3LN2A 5KXPA 1DPWA 3N9CA 1LZGA 1TCYA 1OUEA 4NHIA 4B4EA 1UIEA 4H9FA 1LMCA 2C8OA 2Q0MX 3LHMA 4HJYA 3A95A 1GB7A 4LYBA 4YF2A 1FLWA 1LZ6A 1AM7A 2YBNA 1XGQC 1UACY 4XJBA 1IWTA 1JKCA 2BLYA 3TXKA 1E8LA 1YL0X 5I4XA 1IVMA 2BQCA 2BPUA 1GD6A 1LZ1A 3WPJA 1YANA 4OOOA 1DPXA 1GE4A 3D3DA 1GF5A 2H5ZA 4GCBA 1CJ7A 1JJ0A 4TUNA 4WLDA 4HTQA 1A2YC 4ETEA 2YVBA 3T36A 4TWSA 5HNLA 2BQBA 3EBAB 4W94A 4WM2A 1IC5Y 4ET9A 3QY4A 1OUCA 1INUA 3CB7A 1GEZA 1LZYA 3RNXA 2DQIY 3WUMA 1B7OA 3EXDA 1HMKA 1IC4Y 1UUZC 4NEBA 1LZ9A 1B7NA 1IWYA 3TXHA 4LGKA 1VATA 4HJVA 4WG1A 5LVKA 4KL7A 5KXRA 1JKBA 1KIRC 2DQAA 1LHHA 4OWHA 3HBEX 5B07A 4MSTA 5KXMA 1IP5A 4DD1A 1IOTA 3RU5A 1GFJA 4P2EA 4J7VA 4WMGA 5HMJA 1DQJC 3WUNA 1EQ5A 4DYGA 2A7FA 4NGLA 5KXTA 1J1PY 1QUTA 1QIOA 1RI8B 1IY3A 5LA8A 2MEBA 1JSEA 4NHQA 2DQHY 1G7JC 4NHSA 1GDWA 2BQOA 2H9KA 135LA 4UWNA 4Z46A 4H1PA 5LYZA 5LA5A 1J1XY 5L3IA 2BQKA 1IY4A 4NSIA 1XEJA 1WQQA 2CJLA 1JTTL 1LZEA 2BLXA 3AGHA 3ATOA 1DKJA 1QDTA 1GBSA 3J4GA 3RW8A 3AGGG 4HTNA 4NGKA 5C6IA 1GF9A 1GF7A 3FE0A 2YBHA 1KXWA 4LT3A 4J1BA 1JPOA 3HBDA 1C10A 208LA 4NGOA 2Z37A 3BKVA 1GFKA 5LYTA 4OWCA 4RLMA 4XENA 4Z98A 1B7RA 1GB2A 1GFRA 1LJHA 2MEFA 2N5ZA 1FN5A 2LYZA 4BS7A 5LVHA 1GEVA 1TBYA 3WW5A 5B06A 4AGAA 5K7OA 1QSWA 4H8ZA 1WQNA 3A67Y 4M6DA 4RW1A 2DBTA 4LFXA 3BKHA 3B72A 1N4FA 3W6BA 3W6EA 1G7MC 1JISA 1B2KA 3CQLA 3G3BB 4EMNA 4H9CA 3WPLA 1H87A 4U3XB 1UICA 1GBOA 1BB5A 2DQJY 5M1YA 1C08C 1CKFA 5AMYA 3QE8A 2Z38A 2ZNXY 5KKIA 4R6CA 1HEOA 1LMTA 2A7DA 4FDYA 1OUIA 4LFPA 2W1LA 1HFYA 4NGWA 3LYTA 4ETBA 5C6LA 3MGWA 2LHMA 5F16A 2MEHA 4DD3A 4PRUA 5HLLA 5ILCA 1WTNA 4LYZA 1NWGA 1CKGA 1HELA 3A6BY 8LYZA 2HEBA 1REZA 2G4QA 1BB3A 2W1XA 3F6ZA 2CDSA 1OUFA 2C8PA 2MEDA 4NSHA 3W6CA 3J6KA 5C6JA 1HSXA 1HFZA 1TDYA 5LIOA 1G7HC 2Z2EA 3OK0A 4B49A 3WXUA 5LYMA 1B7PA 5KXSA 5FCPA 1UC0A 3WULA 4NGVA 4NWHA 1T6VL 3CT1A 6LYTA 4Z41A 1B5VA 1UIDA 1LKSA 2HTXA 1IP7A 4ZEEA 5KXWA 2W1YA 3WPKA 2BQIA 4MR1A 1LTMA 1LJFA 4H9AA 2VB1A 1TAYA 194LA 1LJEA 4NGYA 1LZ8A 2X0AA 3RT5X 1BB4A 1WQMA 1XEIA 1CJ9A 1CNSA 2YSSC 5I4YA 1B7QA 1EQ4A 1NDGC 3N9AA 4YENA 2EKSC 3WYHA 1JUGA 4XJDA 1BB7A 4G4HA 1B7LA 153LA 1IIZA 5ILFA 2IHLA 4WOAA 3WU8A 4Z3MA 2D4KA 1GF0A 1YKXX 1VDQA 1B5ZA 1LSAA 3A8ZA 1JKAA 3D9AC 5FHWA 1LYYA 2Z12A 1GFGA 1LSGA 1LZDA 4GN4A 3LYOA 3B0IA 1VDTA 4WM5A 4IATA 1WQRA 2DKVA 3W6AA 4G49A 1LSNA 2DQCY 4LYTA 4H8YA 3P65A 5E9RA 1OUDA 2BQAA 1GB5A 5KXNA 4CJ2A 1LJIA 2ZQ4A 1LSFA 3M18B 4YM8A 132LA 4RW2A 2H9JA 3M3UA 2BQLA 3P64A 3LZTA 5KXYA 1DXJA 1FBIX 1UIAA 1REYA 3K3TA 4N8ZA 2ZIJA 4XJGA 1GPQC 5APCA 1LHIA 4I8SA 1HEPA 1YKYX 4N5RA 4H9IA 2IFFY 1GHLA 4YEOA 4D9ZA 5HNCA 1JITA 1GB6A 1XGRC 1RJCB 1LJGA 3WVXA 2PC2A 1QUSA 4FJRA 1SLYA 4XJIA 1LYSA 1IP6A 2HU3A 4MCKA 1GE3A 2D4JA 1BWJA 3AB6A 2AUBA 3W6FA 5DN4A 3G3AB 3TXBA 3CT0A 1C46A 1T3PA 1IOSA 1B5WA 1C43A 1HSWA 1UIGA 2GV0A 4HPEA 1LSEA 1QQYA 5KXLA 1BVKC 1UIBA 4PJ2C 5KXOA 2I25L 4HSFA 1PS5A 4BAFA 2YBIA 1OQMA 2BQEA 4B1AA 1EL1A 1B5XA 4RLNA 5B1FA 1UCOA 4WM1A 3T6UA 4C5FA 4DD0A 2ZQ3A 4DDAA 3WXTA 5HMVA 4ZIXA 1DI4A 3A91A 4OWBA 1UA6Y 1HC0A 4ANRA 4EOFA 4GCDA 1P2CC 4NHTA 1LSBA 1BHZA 4BAPA 1LSZA 4OWEA 2HEAA 2NWDX 2WARA 4LZTA 3ZVQA 1FDLY 3E3DA 3GXKA 2D91A 5KXZA 1LZRA 1IOQA 1BGIA 3WVYA 3P4ZA 3AW6A 1GF3A 1DI3A 1LSDA 1QTEA 1LSCA 5APFA 4OOTA 1RFPA 3P68A 3QNGA 1NKHA 1JTPL 1D0MA 2DQGY 3N9EA 1GBZA 5LVIA 1FLQA 1HHLA 1UIHA 4WM4A 1LJ4A 4ZFPA 4TX7A 1NDMC 1YKZX 3IWRA 1CKDA 5FDJA 1YAOA 1H6MA 2I26L 2ZIKA 4WLYA 5E4PA 3TXDA 4N0JA 2LZTA 2RSCA 4QEQA 1LHKA 3TXFA 5I4WA 1Z55A 1B7SA 4HTKA 1LZBA 3WMKA 1LYOA 3IJUA 1GBXA 3A34A 5APDA 5LXWA 4II8A 1IWXA 2HEDA 6LYZA 1D0KA 4YOPA 1JWRA 1KIPC 3ULRA 4WM6A 5DLAA 2B5ZA 2MEEA 4ETAA 4QDNA 1IP4A 5B59A 2F4GA 5DN5A 5L9JA 3TXJA 3EMSA 1GFVA 1HENA 4NHPA 3TMWA 1GAZA 4GLVA 3ZVQB 2G4PA 1VDPA 4DD9A 4DD7A 4DWXA 3LYMA 5A3EA 1LMAA 4WO9A 1FKVA 1VAUA 1B5YA 2D4IA 1OUGA 1BQLY 1NF5A 1B9OA 1LSPA 1W6ZA 4PRQA 1ZVYB 7LYZA 3AZ6A 1NBYC 1YAMA 1FKQA 4YEMA 1LYZA 3LZ2A 2Z19A 4CGEA 2Y8PA 1O23A 5I53A 2MEAA 1ZV5L 4PPOA 1GFAA 4RDSA 5L3HA 2EPEA 3A3RX 2BQNA 1IOCA 4LT0A 1REMA 1GE0A 4UWUA 1JKDA 3VWOA 1IO5A 1C45A 4B4JA 3IJVA 1GF8A 4QY9A 4J0LA 1GAYA 1HEQA 3ATNA 1CJ8A 1JJ3A 4H94A 2MEIA 1IR8A 1LHLA 2LZ2A 1RCMA 1IORA 1OUAA 1ALCA 2CGIA 4LYMA 4HP0A 1DI5A 1NHEA 1YQVY 5B1GA 134LA 2F4AA 2ZILA 1QTKA 4XJFA 5IELA 1LMQA 1HFXA 5LVJA 1IWZA 1OUBA 1WVVA 1YAQA 1YIKA 2ZNWY 5J7CA 1FLUA 3AZ5A 4NGJA 4NSJA 1QSAA 1BWIA 1LMPA 2BQFA 5KKJA 3CSQA 4IJ4A 1BB6A 1KXXA 1LZCA 4GCEA 3TXGA 3OJPA 4NY5A 1AZFA 2FYCA 3A6CY 5F81A 4H93A 2EQLA 4NG1A 1V7SA 3W6DA 1LCNA 1PZYA 1IP1A 2F30A 3WU9A 2BAAA 3P66A 1F6SA 1F10A 133LA 4LT2A 3TXIA 4A7DA 207LA 1D6PA 4DDCA 5KY1A 3WL2A 4B0DA 1GBYA 4W96A 1VFBC 2XBSA 5II3A 5LAFA 5IHGA 1GXV2 4M4OA 1LMNA 4KPMA 4O34A 4WLTA 5FELA 1ZVHL 3TMXA 4XN6A 1A4VA 3A90A 4OWAA 1CKHA 1LJNA 1LZ5A 1HEMA 5APEA 3FI7A 1GFUA 4XJHA 3AJNA 4CFPA 1LPIA 5DL9A 1YAPA 4H9BA 4XYYA 1YL1X 1GB9A 1G7LC 1XGTC 4HV2A 1NBZC 5I54A 1HERA 4HV1A 1JIYA 1DKKA 1GDXA 4TTDA 1MELL 4GN3A 3TXEA 4G9SA 1GE1A 1AT5A 4H90A 2YBJA 4IASA 2HECA 1LHJA 1GBWA 4H9EA 4NFVA 2BQHA 1GF4A 1BWHA 5T3FA 1OP9B 3B6LA 2Z2FA 1GB0A 1LZNA 4OW1A 4I0CA 1XEKA 1V7TA 4XADA 3W3EA 4E3UA 4NGIA 4L41A 2YBMA 4LYOA 1IWWA 4HJZA 1AKIA 1D0LA 1IX0A 5F9XA 1HMLA 4KT3A 4TSBA 5FEKA 1XGPC 1FLYA 4PGJB 1B7MA 4DC4A 4ET8A 2BQJA 1REXA 1RE2A 2LYOA 1TEWA 4WO6A 2HEFA 1D6QA 1F0WA 1JEFA 3AW7A 1LMOA 5KXKA 1GE2A 2D6BA 4WM3A 1I56A 4H91A 4TSCA 4WL7A 5LVGA 1UIFA 4R0FA 2Z18A 1LJKA 1GXXA 3A94A 5I5QA 4NIJA 3AZ4A 1XFPL 4DDBA 1OUHA 1OUJA 1QDRA 4PHIA 4H9HA 4ETDA 1HF4A 193LA 3AGIA 1J1OY 3HBHA 1IWUA 1W08A 4CHXA 4N9RA 3LYZA 1LJ3A 1WQOA 1JTOL 3B0OA 1WVUA 2FYDA 4GCCA 1G7IC 1IR7A 2FBDA 1B5UA 4H8XA 2HU1A 5DM9A 2XJWA 3B0KA 3SP3A 2FBBA 4NWEA 1I20A 3A96A 2ZYCA 2HEEA 1LZTA 4ETCA 3CSZA 4LT1A 1IR9A 1EQEA 5LINA 5D5CA 2Z39A 4G4CA 1WQPA 1HEWA 1JHLA 1IP3A 1LZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUGA 1VDSA 1C6QA 4EKRA 4LYCA 3A92A 1L68A 2XBRA 4CFOA 1QTHA 1LZ4A 3HFMY 1L27A 5JENB 1C6GA 3HTDA 1LSYA 2F2NA 5HQ1A 1CUPA 198LA 4WLXA 5F14A 114LA 1IP2A 1GFEA 3EO5A 5LAGA 1B0DA 2I6ZA 1L39A 4I7KA 2W1MA 1JSFA 1LHMA 3NY8A 4I7MA 2OE9X 1NQIA 1CKCA 1QTCA 112LA 1C68A 258LA 1IEEA 212LA 2HUMA 144LA 1LKRA 4N1EI 1CVKA 1CX6A 1LZGA 1L60A 4NHIA 1UIEA 3A95A 1P3NA 5I4XA 2BPUA 1GD6A 1QUDA 241LA 3DMXA 2H5ZA 1JJ0A 4TUNA 1C6EA 2YVBA 4TWSA 4YXCA 3EBAB 4W94A 1IC5Y 3QY4A 1OUCA 2DQIY 3WUMA 4ARPA 1IC4Y 1UUZC 3TXHA 1VATA 1QUOA 1CTWA 222LA 1L01A 1JKBA 1L21A 5B07A 3HBEX 1QUHA 1G0JA 1IP5A 162LA 3OE6A 4DD1A 4WMGA 1QIOA 2MEBA 1JSEA 2B6ZA 143LA 135LA 166LA 1J1XY 5L3IA 4NSIA 1JTTL 1LZEA 1DKJA 1GBSA 3C81A 5C6IA 1GF7A 251LA 1JPOA 4NGOA 1L99A 1GFKA 4OWCA 4Z98A 2MEFA 1GFRA 1LJHA 2N5ZA 4BS7A 2LYZA 1GEVA 1TBYA 1XJUA 3WW5A 5K7OA 1QSWA 1L43A 196LA 2OU8A 1L83A 4M6DA 4RW1A 192LA 4AQNA 1CX7A 1L71A 3G3BB 1JQUA 5M1YA 1L89A 1L96A 1C67A 255LA 113LA 1QSQA 149LA 1C66A 2HEBA 2G4QA 1BB3A 173LA 1L80A 1HSXA 4I7LA 257LA 3OK0A 4E97A 5LYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YRO A;  1F6R A;  4NG8 A;  2DQE Y;  1D9U A;  1VDS A;  2BQD A;  2XTH A;  1GB8 A;  3A92 A;  4LYC A;  2XBR A;  4NSG A;  4BAD A;  4CFO A;  2CWI A;  1YIL A;  1KXY A;  3WW6 A;  1LZ4 A;  1LOZ A;  3HFM Y;  2MEC A;  1SQ2 L;  1I1Z A;  4GLA A;  4QGZ A;  1BVX A;  3TMU A;  3TMV A;  1NMM A;  5JEN B;  2YDG A;  4H92 A;  4NGZ A;  1LSY A;  1LZA A;  2F2N A;  4WL6 A;  5HQ1 A;  3A3Q A;  4WG7 A;  4WLX A;  5B05 A;  5F14 A;  3ZEK A;  1IP2 A;  2BQM A;  5D5F A;  2ZWB A;  1XSF A;  5KXX A;  1HNL A;  4GN5 C;  2BQG A;  4G4B A;  1GFE A;  3EO5 A;  3CSR A;  5LAG A;  3WH1 A;  2DQF C;  1B0D A;  2I6Z A;  4HPI A;  1LSM A;  3CT5 A;  2W1M A;  1GWD A;  1JSF A;  1LJJ A;  1LHM A;  2MEG A;  3AZ7 A;  3A93 A;  2EIZ C;  1IWV A;  5KJ9 A;  1NQI A;  4ML7 A;  3WU7 A;  4C3W A;  3RZ4 A;  1CKC A;  4GCF A;  1GFT A;  154L A;  1KIQ C;  5EBH A;  2HUB A;  1GB3 A;  4UWV A;  4KXI A;  5F9U A;  1JJ1 A;  1XGU C;  1ZMY L;  1IEE A;  3GXR A;  9LYZ A;  4X3B A;  1IC7 Y;  4DD2 A;  1GFH A;  1UBZ A;  2ZYP A;  2DQD Y;  2YBL A;  5IDD A;  1WTM A;  1VED A;  5FST A; 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 1GB9 A;  1G7L C;  1XGT C;  4HV2 A;  1NBZ C;  5I54 A;  1HER A;  4HV1 A;  1JIY A;  1DKK A;  1GDX A;  4TTD A;  1MEL L;  4GN3 A;  3TXE A;  4G9S A;  1GE1 A;  1AT5 A;  4H90 A;  2YBJ A;  4IAS A;  2HEC A;  1LHJ A;  1GBW A;  4H9E A;  4NFV A;  2BQH A;  1GF4 A;  1BWH A;  5T3F A;  1OP9 B;  3B6L A;  2Z2F A;  1GB0 A;  1LZN A;  4OW1 A;  4I0C A;  1XEK A;  1V7T A;  4XAD A;  3W3E A;  4E3U A;  4NGI A;  4L41 A;  2YBM A;  4LYO A;  1IWW A;  4HJZ A;  1AKI A;  1D0L A;  1IX0 A;  5F9X A;  1HML A;  4KT3 A;  4TSB A;  5FEK A;  1XGP C;  1FLY A;  4PGJ B;  1B7M A;  4DC4 A;  4ET8 A;  2BQJ A;  1REX A;  1RE2 A;  2LYO A;  1TEW A;  4WO6 A;  2HEF A;  1D6Q A;  1F0W A;  1JEF A;  3AW7 A;  1LMO A;  5KXK A;  1GE2 A;  2D6B A;  4WM3 A;  1I56 A;  4H91 A;  4TSC A;  4WL7 A;  5LVG A;  1UIF A;  4R0F A;  2Z18 A;  1LJK A;  1GXX A;  3A94 A;  5I5Q A;  4NIJ A;  3AZ4 A;  1XFP L;  4DDB A;  1OUH A;  1OUJ A;  1QDR A;  4PHI A;  4H9H A;  4ETD A;  1HF4 A;  193L A;  3AGI A;  1J1O Y;  3HBH A;  1IWU A;  1W08 A;  4CHX A;  4N9R A;  3LYZ A;  1LJ3 A;  1WQO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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