3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
1LYEA 191LA 219LA 1L16A 4IB4A 4WW3A 1LYGA 2ZFEA 4XTOA 1KY0A 218LA 1GU8A 1FBKA 1L87A 2O7AA 1IW6A 4NC3A 1P37A 4PXKA 3HUAA 1G1WA 1L45A 1QTCA 5AHYA 3UG9A 1L52A 4LDOA 4EKQA 1JGJA 5BR5A 3HAOA 4MD2A 1G0PA 187LA 3DN4A 1L71A 1QT3A 164LA 1XMEB 4LDEA 1D3JA 1C6MA 3FI5A 1C6HA 3C7ZA 1CU3A 4ARMA 4I7PA 169LA 4DAJA 4EPIA 1X0I1 3GUOA 3FADA 1DZEA 2YCXA 1L74A 3DN3A 1CUPA 1CV4A 3MBVA 3QJSB 1C3WA 4TL3A 1L03A 3CDOA 1BRRA 185LA 1JTNA 4FBZA 4AMJA 3CDVA 1QTBA 3D4SA 1L60A 3HWLA 1IXFA 244LA 1OYUA 5H2PA 1L98A 3C80A 230LA 1S8LA 1L92A 2B73A 232LA 240LA 1CX7A 143LA 1KG9A 5AX1A 258LA 3G3XA 247LA 2RBNA 3HANA 3VI0A 4EIYA 1L10A 1L37A 1E12A 1T6HA 1L33A 1C6AA 1L57A 3HT7A 1L02A 4BEZA 3DN6A 1QT6A 1L84A 1PXRA 4FA7B 1L82A 3HTFA 1DYDA 1LYJA 127LA 3FA0A 5H2NA 1L38A 172LA 2RB2X 1QT4A 3HH3A 1L35A 1GUEA 4QI1A 3SBBC 1L68A 3KJ6A 4YXAC 1L83A 1OWZA 2O79A 3VG9A 1O0AA 1L51A 1C6PA 1QUOA 186LA 1D2WA 1ZWNA 226LA 254LA 1L59A 4W52A 3PQRA 210LA 4L35A 1L31A 4UHRA 2LC9A 1L86A 2VT4A 145LA 1L69A 2L78A 2F95A 2KSAA 2L6XA 4W51A 3QBGA 4G7RB 1C6DA 1SSWA 4EA3A 171LA 2Z55A 4G7SB 184LA 5H2MA 1L26A 3GUKA 155LA 2B6YA 4W54A 2YCYA 3AYNA 1SX2A 3SBAA 3EH5B 3QJQB 3S8FB 3VGAA 1L89A 2Q9EA 3DMXA 2RAZX 4OO9A 125LA 1QUDA 255LA 1L58A 3HU8A 2KSBA 4Y9HA 5B34A 3DNAA 3NY8A 1R2NA 1L25A 182LA 1CV0A 2OE4X 4EPFA 1CWQA 1L14A 3C81A 3QBIA 4HYXA 3ABWA 151LA 1DYBA 162LA 1C68A 1L47A 3AYMA 3CAPA 160LA 5ITEA 1QS5A 1LLHA 3DDLA 2WJKA 3LZMA 2Y02A 1C6TA 4I7OA 177LA 1C6LA 5AX0A 4I7TA 5B6XA 168LA 1T8FA 1G0GA 1PQJA 3SB5A 141LA 4EKRA 2IGCA 102LA 1XEPA 5ETZA 1X0K1 1L70A 5AWZA 4QIDA 4W55A 128LA 200LA 1L63A 1L43A 4E97A 1PQMA 1OVHA 3G3WA 4ARQA 1P5CA 1S52A 1E0PA 1L19A 4GYCA 1LGUA 176LA 1SX7A 1L11A 1QTHA 1QHJA 4I7KA 1L22A 223LA 159LA 5B35A 1L80A 248LA 243LA 2F32A 3DN2A 109LA 1G0MA 2HUMA 1XJTA 1L9HA 5H2OA 2ZIYA 1L06A 5H2IA 1LWKA 3SN6R 166LA 1C8SA 3HARA 1LYFA 1L66A 1L46A 2JAFA 1P3NA 2Q9DA 1Q5IA 4IAQA 1EHKB 1QKPA 2F93A 4AQNA 2B75A 5B2NA 3QAKA 1L79A 3PXOA 257LA 2A4TA 3ZEVA 1OVKA 5JJJA 242LA 144LA 3DMZA 2R4RA 1ZURA 1BRXA 1UAZA 167LA 2OE7X 2LCBA 2OE9X 170LA 1LPYA 1CV3A 1P64A 3QJRB 5G28A 152LA 3EH3B 1L40A 1QSBA 178LA 1L00A 181LA 214LA 2Y00A 1L85A 4XT3A 4XT1A 113LA 1L18A 1P2RA 220LA 3SB7A 1L64A 2M3GA 3HDEA 3C9LA 1L94A 1L75A 1M0MA 3QBLA 1JV7A 1L65A 5H2LA 1OV7A 5G54A 1P6YA 3K2RA 2NTHA 1L23A 4W59A 259LA 4G71B 3C7WA 4X1HA 161LA 2HPYA 3GUPA 189LA 3C83A 3AM6A 3HU9A 1AP9A 126LA 4ZPUA 1PQIA 146LA 4ARLA 3UONA 122LA 1C61A 235LA 246LA 140LA 5B6YA 1C66A 1L09A 1L77A 3DQBA 1KW7A 2I21A 1L55A 165LA 1LGWA 7LZMA 3NY9A 192LA 1LI6A 3HTDA 262LA 3RUNA 4GBRA 2BRDA 3QDCA 1CX6A 1F88A 5JJEA 4W53A 5B6WA 1S54A 4G70B 3REYA 1L32A 1LI3A 4W57A 2CUUA 4YXCA 4I7SA 3SB6A 1QM8A 5G36A 1C6EA 3C8QA 1FBBA 130LA 1DYAA 3HUQA 4EXMA 3RZEA 1DYCA 1Q5JA 234LA 2Y03A 4ARQB 4BV0A 3GUIA 249LA 2PEDA 5A45A 2OU0X 4EJ4A 1X0SA 1L41A 5G53A 1BRDA 4I7JA 4G7QB 2Y01A 1L27A 4MQTA 1C6FA 1L72A 1H2SA 1P8IA 4N6HA 1VGOA 1WTHA 5F8UA 3HAQA 137LA 1G0QA 2OTZX 3ZPRA 156LA 215LA 4ARPA 1PY6A 1T97A 2I1XA 1L88A 245LA 3HH4A 1SWYA 222LA 2Z73A 3S8GB 1CUQA 5BR2A 3HT9A 3DKEX 1D3FA 1QUGA 1MGYA 3CDRA 1KMEA 4IARA 1D9WA 3PDSA 1C6NA 1QTZA 3F8VA 3A7KA 2G87A 3GUJA 1L76A 2AT9A 1DYFA 199LA 3HT8A 1C6GA 3EMLA 5G2DA 3X3BA 1C6QA 5LWEA 5B6VA 111LA 131LA 1L53A 1S51A 1VJMA 5H2HA 1L0KA 3NS0A 2B6WA 3OAXA 3UTWA 4EKPA 5H2JA 4MBSA 1LGXA 3COCA 1G0JA 1L28A 3QJVB 1P7SA 3UTXA 1L07A 225LA 2LZMA 2RH1A 1H68A 5FJGA 4L6RA 173LA 4JR8A 1P8UA 5G2CA 3C9MA 1M0LA 4AMIA 1PQOA 1KNIA 250LA 1P8HA 1T8GA 3F9LA 1KGBA 251LA 1KY1A 3CDQA 4PK0A 2X72A 4BWBA 1DYEA 1CV6A 3L2XA 1G06A 1P2LA 1L0JA 1L61A 5A44A 1C6IA 5A8EA 2J4YA 3G3VA 4GPOA 4BUOA 1D3NA 1G07A 4S0WA 1KW5A 3VW7A 138LA 1L62A 2B70A 5DHGA 6LZMA 1L95A 4EKSA 3X3CA 196LA 2YCWA 4BEYA 227LA 1L73A 1L13A 2RAYX 1XJUA 4GBRB 3V2WA 4A4MA 3HUKA 4OV0A 4BVNA 119LA 1QTVA 1L0MA 1QT7A 3CDTA 3HT6A 4FPDA 237LA 5DYSA 2B7XA 5C1MA 3UZAA 1S8JA 1G0LA 1L36A 260LA 2QPDB 118LA 1JV6A 3UTVA 157LA 2LNLA 4FAAB 1OWYA 1QT8A 1C64A 1I6SA 2ANVA 1KS3A 1L24A 1C62A 5KKHA 1QT5A 1R84A 1QS9A 1L05A 1L21A 3HTBA 1PQKA 1SSYA 253LA 1D2YA 148LE 147LA 3HASA 188LA 1F4ZA 149LA 4J4QA 2YCZA 3C7YA 3UTYA 198LA 139LA 238LA 1P56A 5AZDA 3C8SA 3S3BB 3QAPA 5I14A 4JQ6A 3T45A 1T8AA 256LA 1L20A 1L39A 1L44A 4GP8B 4X31A 1PXSA 1KG8A 2B6ZA 112LA 3PWHA 1QUHA 1OVJA 3GUMA 4W58A 2ZZLA 183LA 3WQJA 103LA 2KS9A 1S53A 4XTLA 1L81A 1L49A 1ZYTA 1L17A 1D3MA 195LA 3HAPA 3HTGA 1NHBA 3BVDB 1L42A 1QTDA 3P0GA 4KNFA 4GRVA 224LA 2B6TA 4G72B 1L97A 205LA 4I7RA 1C8RA 108LA 231LA 1PQDA 1C6BA 4LDLA 1C67A 2QPEB 5TGZA 3QBKA 3PBLA 2EI4A 3S3DB 2ANXA 1CU0A 3SB9A 2YDVA 1L56A 2F2QA 5G2AA 2R4SA 1L15A 2B72A 1CTWA 3CODA 241LA 5EN0A 3HH6A 1LI2A 1P36A 129LA 4ARJA 3OE0A 150LA 3OE8A 5AHZA 1JFPA 4I7LA 2OU8A 5B6ZA 1P46A 2OTYX 2RBRA 212LA 213LA 4LZMA 1C69A 252LA 1B6IA 1LW9A 1LYHA 4KLYA 2F47A 1SWZA 2B74A 3DN8A 3OE6A 1GZMA 3C82A 3ODUA 4DJHA 190LA 3QJTB 4XXJA 2NTGA 3HH5A 3VHZA 229LA 4QRYA 2WJLA 1G1VA 180LA 1CV1A 1TLAA 233LA 4X32A 261LA 3DN0A 4HYJA 3NYAA 4I7QA 239LA 2RBOA 175LA 1L93A 1CV5A 163LA 1C6CA 1CU6A 2RBSA 3S3CB 2RB1X 2O4WA 4K5YA 3L64A 1L96A 1BM1A 4GP5B 104LA 1LYIA 4XTNA 1C65A 3VVKA 2QB0B 2Z6BA 1CVKA 1JTMA 211LA 4I7MA 1L01A 1QSQA 2OU9A 1IW9A 1L67A 1DYGA 3SB8A 3NSBA 2NTWA 206LA 2HUKA 3GULA 1C6JA 1K28A 236LA 2RBPA 3V2YA 142LA 1L50A 1QKOA 1XJIA 1LYDA 174LA 4I7NA 1L99A 3OE9A 3HDFA 1AT9A 1L91A 1G0KA 2I20A 1JQUA 1L12A 1L04A 1U19A 3DMVA 120LA 3GUNA 1L54A 1XIOA 1C63A 5LZMA 2I35A 221LA 3DN1A 4WAVA 1CU5A 209LA 4ARMB 2Y04A 4MD1A 2HULA 1HZXA 1L90A 2RB0X 123LA 2YDOA 4HWLA 5JJNA 1C60A 201LA 2KSYA 1OV5A 1L34A 4PJZA 5ITCA 1L48A 1L08A 216LA 3RFMA 4MQSA 5B0WA 1C6KA 1CU2A 1EPYA 5H2KA 3QJUB 114LA 1TN5A 2OEAX 4JKVA 1LN6A 1L29A 115LA 2RBQA 2QARC 3JR6A 4PXFA 4DKLA 217LA 1M0KA 1UCQA 3UZCA 1TN0A 4W56A 4YX7C 5DHHA 3ZPQA 4IAPA 1LWGA 4N4WA 4GP4B 2JAGA 1F50A 2B6XA 3C8RA 2NTUA 110LA 1L30A 4N4YB 5J7AA 158LA 197LA 107LA 228LA 3EH4B 4UG2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYEA 219LA 4FA7B 218LA 1IWXA 1FBKA 1L87A 4NC3A 2DQHY 3LYZA 5KXRA 1QTCA 4FDYA 2BQOA 1JGJA 3G3BB 4MD2A 1G0PA 135LA 4EOFA 4LDEA 1D3JA 1LJJA 3FI5A 1F10A 4B4IA 4XJFA 1DKJA 169LA 3J6KA 4L41A 5II3A 1C10A 1GFTA 1L74A 1D0MA 3DN3A 1AZFA 3QJSB 1BRRA 1QDRA 2ZWBA 3CQLA 3CDVA 1QTBA 1UIHA 1L60A 1LJFA 5H2PA 1VAUA 5B07A 1CX7A 5F14A 3TXGA 1BVKC 3CT5A 2RBNA 1L10A 4LYCA 1T6HA 2BLXA 3TMUA 5KXWA 4DD3A 1L57A 3HT7A 1L02A 1QSWA 1QT6A 2EKSC 2HU3A 1L84A 2ZNXY 1PXRA 3HTFA 3WW6A 172LA 2RB2X 1QT4A 3HH3A 1L35A 1XEIA 4C3WA 4N9RA 4YF2A 1HMLA 3P68A 1GB7A 4DQ7A 2HEAA 1C6PA 3EBAB 1GDXA 1HFZA 1GWDA 4UHRA 1L86A 4DDCA 132LA 1YAQA 4X3BA 4WLDA 3P64A 1SSWA 1GFEA 184LA 1YROA 1L26A 4H8XA 2B6YA 5B06A 2I26L 3AYNA 5H2MA 4NHQA 3QJQB 3S8FB 4NGYA 125LA 1QUDA 4NWEA 2KSBA 1CKCA 2FYCA 1FLQA 2BQEA 3QBIA 3F6ZA 162LA 160LA 1LZEA 1QS5A 3HBEX 3WULA 2D4KA 1T8FA 5B59A 1XEPA 5LYMA 5AMYA 1X0K1 1L70A 5JENB 5K7OA 4QIDA 1GDWA 4E97A 3G3WA 3LYTA 1CKFA 1KIPC 5B35A 1L22A 243LA 154LA 4XENA 3LYOA 2HUMA 1XJTA 1L06A 1BHZA 3SN6R 1WVVA 1C8SA 1JTPL 4DQ5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2X72 A;  4BWB A;  1DYE A;  1CV6 A;  3L2X A;  1G06 A;  1P2L A;  1L0J A;  1L61 A;  5A44 A;  1C6I A;  5A8E A;  2J4Y A;  3G3V A;  4GPO A;  4BUO A;  1D3N A;  1G07 A;  4S0W A;  1KW5 A;  3VW7 A;  138L A;  1L62 A;  2B70 A;  5DHG A;  6LZM A;  1L95 A;  4EKS A;  3X3C A;  196L A;  2YCW A;  4BEY A;  227L A;  1L73 A;  1L13 A;  2RAY X;  1XJU A;  4GBR B;  3V2W A;  4A4M A;  3HUK A;  4OV0 A;  4BVN A;  119L A;  1QTV A;  1L0M A;  1QT7 A;  3CDT A;  3HT6 A;  4FPD A;  237L A;  5DYS A;  2B7X A;  5C1M A;  3UZA A;  1S8J A;  1G0L A;  1L36 A;  260L A;  2QPD B;  118L A;  1JV6 A;  3UTV A;  157L A;  2LNL A;  4FAA B;  1OWY A;  1QT8 A;  1C64 A;  1I6S A;  2ANV A;  1KS3 A;  1L24 A;  1C62 A;  5KKH A;  1QT5 A;  1R84 A;  1QS9 A;  1L05 A;  1L21 A;  3HTB A;  1PQK A;  1SSY A;  253L A;  1D2Y A;  148L E;  147L A;  3HAS A;  188L A;  1F4Z A;  149L A;  4J4Q A;  2YCZ A;  3C7Y A;  3UTY A;  198L A;  139L A;  238L A;  1P56 A;  5AZD A;  3C8S A;  3S3B B;  3QAP A;  5I14 A;  4JQ6 A;  3T45 A;  1T8A A;  256L A;  1L20 A;  1L39 A;  1L44 A;  4GP8 B; 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 233L A;  4X32 A;  261L A;  3DN0 A;  4HYJ A;  3NYA A;  4I7Q A;  239L A;  2RBO A;  175L A;  1L93 A;  1CV5 A;  163L A;  1C6C A;  1CU6 A;  2RBS A;  3S3C B;  2RB1 X;  2O4W A;  4K5Y A;  3L64 A;  1L96 A;  1BM1 A;  4GP5 B;  104L A;  1LYI A;  4XTN A;  1C65 A;  3VVK A;  2QB0 B;  2Z6B A;  1CVK A;  1JTM A;  211L A;  4I7M A;  1L01 A;  1QSQ A;  2OU9 A;  1IW9 A;  1L67 A;  1DYG A;  3SB8 A;  3NSB A;  2NTW A;  206L A;  2HUK A;  3GUL A;  1C6J A;  1K28 A;  236L A;  2RBP A;  3V2Y A;  142L A;  1L50 A;  1QKO A;  1XJI A;  1LYD A;  174L A;  4I7N A;  1L99 A;  3OE9 A;  3HDF A;  1AT9 A;  1L91 A;  1G0K A;  2I20 A;  1JQU A;  1L12 A;  1L04 A;  1U19 A;  3DMV A;  120L A;  3GUN A;  1L54 A;  1XIO A;  1C63 A;  5LZM A;  2I35 A;  221L A;  3DN1 A;  4WAV A;  1CU5 A;  209L A;  4ARM B;  2Y04 A;  4MD1 A;  2HUL A;  1HZX A;  1L90 A;  2RB0 X;  123L A;  2YDO A;  4HWL A;  5JJN A;  1C60 A;  201L A;  2KSY A;  1OV5 A;  1L34 A;  4PJZ A;  5ITC A;  1L48 A;  1L08 A;  216L A;  3RFM A;  4MQS A;  5B0W A;  1C6K A;  1CU2 A;  1EPY A;  5H2K A;  3QJU B;  114L A;  1TN5 A;  2OEA X;  4JKV A;  1LN6 A;  1L29 A;  115L A;  2RBQ A;  2QAR C;  3JR6 A;  4PXF A;  4DKL A;  217L A;  1M0K A;  1UCQ A;  3UZC A;  1TN0 A;  4W56 A;  4YX7 C;  5DHH A;  3ZPQ A;  4IAP A;  1LWG A;  4N4W A;  4GP4 B;  2JAG A;  1F50 A;  2B6X A;  3C8R A;  2NTU A;  110L A;  1L30 A;  4N4Y B;  5J7A A;  158L A;  197L A;  107L A;  228L A;  3EH4 B;  4UG2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1JUG A;  3CSQ A;  3RZ4 A;  1KXX A;  1GFR A;  3EMS A;  119L A;  4KL7 A;  1B7S A;  1QT7 A;  3CDT A;  1YQV Y;  4O34 A;  1GE3 A;  5E9R A;  5C1M A;  1UIF A;  3EXD A;  5APE A;  4GCF A;  1QT8 A;  1C64 A;  1TBY A;  2ANV A;  1C62 A;  2BQD A;  4XJI A;  5KKH A;  2DQE Y;  1J1P Y;  1GB0 A;  2W1X A;  3HAS A;  2BQG A;  1F4Z A;  5FST A;  4Z46 A;  4MCK A;  1P56 A;  2D6B A;  5AZD A;  3WPL A;  2BQB A;  3A94 A;  2DQF C;  2XQO A;  2H9K A;  3ATO A;  1JJ0 A;  1IP6 A;  3PWH A;  1GE2 A;  1L81 A;  3T6U A;  1ZYT A;  1D3M A;  1LSN A;  3HAP A;  2HU1 A;  4G72 B;  4I7R A;  1C8R A;  1Z55 A;  4H93 A;  5I4Y A;  1C6B A;  5TGZ A;  2QPE B;  3S3D B;  2YDV A;  2Z19 A;  5G2A A;  1F6S A;  3A3Q A;  1L15 A;  2R4S A;  1G7I C;  3FE0 A;  241L A;  4W96 A;  3HH6 A;  5LIN A;  1LZN A;  4CFP A;  1LHJ A;  4I7L A;  4ANR A;  2VB1 A;  2RBR A;  2BQK A;  1LW9 A;  2W1M A;  4AGA A;  4WM3 A;  4KLY A;  1DI5 A;  4LGK A;  2B74 A;  1LJN A;  3C82 A;  4DJH A;  4GLA A;  3QJT B;  5APF A;  3HH5 A;  3VHZ A;  1DI4 A;  4QRY A;  1HEW A;  1G1V A;  1CV1 A;  233L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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