The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
128
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sequence length |
461
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structure length |
461
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Chain Sequence |
EGVIVNGTQFKDTSGNVIHAHGGGMLKHGDYYYWYGEYRDDSNLFLGVSCYRSKDLVNWEYRGEVLSRNSAPELNHCNIERPKVMYNASTGEFVMWMHWENGINYGQARAAVAYSKTPDGKFTYIRSFRPMQDTGVMDHGLPGYMSRDCNVFVDTDGKGYFISAANENMDLHLYELTPDYKNIASLKAKLFVGQQREAPCLIKRNGYYYLITSGCTGWNPNQAKYAYSKDLASGWSQLYNLGNSTTYRSQPTFIIPVQGSSGTSYLYMGDRWAGAWGGKVNDSQYVWLPLNFISDTTLELPYYDSVKIDASSGIISEYIPDTTRYKLVNKNSGKVLDVLDGSVDNAAQIVQWTDNGSLSQQWYLVDVGGGYKKIVNVKSGRALDVKDESKEDGGVLIQYTSNGGYNQHWKFTDIGDGYYKISSRHCGKLIDVRKWSTEDGGIIQQWSDAGGTNQHWKLVLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of 1,3Gal43A, an exo-beta-1,3-galactanase from Clostridium thermocellum
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ricin B lectin
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| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| source organism |
Clostridium thermocellum
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| total genus |
128
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| structure length |
461
|
| sequence length |
461
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04616 | Glyco_hydro_43 | Glycosyl hydrolases family 43 |
| A | PF14200 | RicinB_lectin_2 | Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Mainly Beta | 5 Propeller | Tachylectin-2; Chain A | Glycosyl hydrolase domain; family 43 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2D7I A; 3MAL A; 4I6I A; 5F8W A; 5B6T A; 3IIR A; 3A21 A; 1AVA C; 4QAL A; 3WIN C; 1CVS A; 1A8D A; 3C9Z A; 1SR4 A; 2L5X A; 3AJ5 A; 3FJH A; 4Q9P A; 4F83 A; 1JT7 A; 1Y7B A; 2VXR A; 5FMB A; 5AY9 A; 3FUO A; 3H6R B; 3C7G A; 2FGF A; 4U6B A; 1W3G A; 4I4Y A; 3KF5 A; 1HCD A; 2QYI B; 4OWK A; 4MLG A; 4P0L A; 4ISR A; 3TC2 A; 3LDR A; 5JOW A; 4LO1 A; 4GOV A; 1Z4S A; 4KCB A; 2F2F C; 1S0L A; 3WMY A; 1N4K A; 4Q91 A; 3QEE A; 3BAV A; 1AVU A; 3LEM A; 3R4S A; 3IM6 A; 3UD9 A; 4WBC A; 4ONZ A; 4PVA A; 4H9W A; 4PVI A; 5JMC A; 5BP5 A; 1SZ6 B; 4IHZ A; 4I3N A; 2KI4 A; 3WMV A; 2P39 A; 3B9U A; 4JRA A; 3BA7 A; 1G9A A; 3AKI A; 1RML A; 1S0G A; 1G82 A; 2AAI B; 3HAL A; 3O3Q A; 5D61 A; 1ISX A; 4D8H A; 4GAI A; 5FZU A; 2ZR1 B; 2MC2 A; 1R8O A; 3OM6 A; 1WL7 A; 3R4U A; 4USO A; 5AYC A; 4OUJ A; 2DRY A; 4I2S A; 1UYP A; 5C0P A; 3BA4 A; 3PIJ A; 2AEY A; 3QEF A; 3BYN A; 1E0O A; 3CU9 A; 3NJ5 A; 1FN0 A; 4ZFY B; 2AXM A; 3V0A B; 5GLP A; 3IM5 A; 5BVP I; 3R67 A; 5A8C A; 1BFC A; 3WAU A; 1BAR A; 4ION A; 2YFR A; 3FFZ A; 3ZXJ A; 3O44 A; 2ERM A; 4GAF A; 1K5V A; 1G9D A; 4LO7 C; 4KMI A; 1L2H A; 4G6J A; 3VWC A; 2HWM A; 4QBC A; 4QD2 B; 3I2X A; 3FJA A; 3O4B A; 2ESU A; 1TFM B; 3OBR A; 3BAQ A; 3VT0 A; 3WAS A; 1QXM A; 3I2A A; 2EXH A; 5F8Y A; 1IJT A; 4OWL A; 4HR6 C; 1TWM A; 4UDK A; 3E8L C; 1CE7 B; 1V6V A; 3OJV A; 5EHA A; 4HJJ A; 2E4M A; 5DUY A; 4EKX B; 5BXR A; 1PC8 B; 4GP0 A; 3OGF A; 3FJE A; 4II0 A; 5FKC A; 4AK7 A; 3PUB A; 3BAH A; 8I1B A; 5HPZ A; 4N2R A; 3FJB A; 2LIE A; 4P0J A; 3BAU A; 2GZB A; 2FFV A; 4I4X A; 2QQW A; 5B6S A; 1FV2 A; 4OW4 A; 1Z2V A; 3BB2 A; 3OM5 A; 4J23 B; 1AF9 A; 1M16 A; 4ZBV B; 3WMU A; 2EXJ A; 4GOY A; 2DRE A; 5BQU C; 1DIW A; 2ZQN A; 2VXT I; 2AQZ A; 3ZXK A; 3QYD A; 4ZKT B; 3BRD A; 4LO8 B; 3FJ8 A; 4LO2 A; 1T9F A; 2KKI A; 3FJJ A; 4I7I A; 4KEJ A; 4QQS A; 3O4C A; 3BAO A; 1BLA A; 2FFU A; 2ADE A; 2NM1 A; 3RSJ A; 3H6S E; 1HKN A; 2KI6 B; 2YFT A; 1OYG A; 4NOV A; 1II4 A; 3MPP G; 3RTJ B; 3UD8 A; 2Y9W C; 1JT5 A; 1WBC A; 3N7M A; 4EFR A; 2F8X C; 2QN4 A; 4KC7 A; 2P23 A; 3PME A; 3BRG C; 2QQU A; 1S0B A; 3WIN A; 3HBW A; 2FO1 A; 5GLK A; 3WPV A; 3AKG A; 4EQV A; 3FJI A; 4ZGR B; 1V6W A; 4N1I A; 5FLW A; 2KH2 A; 3A23 A; 1IRP A; 1TP0 A; 3BRF A; 3KMV A; 2Y9X E; 3NBN A; 5EC5 A; 1ISZ A; 3KST A; 4PC4 A; 2F2F A; 3CQA A; 4IQP A; 3QC2 A; 3HN1 A; 1Y9G A; 4UDG A; 3U75 A; 3BAD A; 1JLY A; 2HZ9 A; 2WBC A; 4I37 A; 1GGP B; 4JKQ A; 4OEG A; 4A7Z A; 1DZC A; 2KLL A; 1VKD A; 4I1E A; 1G9C A; 3CA3 A; 1S0F A; 4R6U B; 4JPZ A; 4I0Y A; 1Q04 A; 2ET2 A; 4I8M A; 3BA5 A; 3C7H A; 3NQH A; 1XG6 A; 3CRG A; 2VU9 A; 3OJM A; 3FGM A; 3K1X A; 3BYK A; 5I1B A; 3VEQ A; 3D60 A; 1XYF A; 9ILB A; 2YUG A; 1YBI A; 3FJ9 A; 4HA2 A; 3WA1 A; 5GLM A; 4ZOT A; 2BFH A; 1RY7 A; 4X37 A; 1TTU A; 1NZK A; 1D0H A; 2Y9F A; 1S0D A; 3AH1 A; 3RMX A; 3IM7 A; 4END A; 1HWO B; 2QQV A; 3BYL A; 2YFS A; 2HWA A; 4ZFW B; 3D7W B; 3LV4 A; 1P63 A; 1Q1U A; 3LLP A; 4I4R A; 1IOB A; 3VUO A; 4ISQ A; 3UGH A; 4OEF A; 4JAW A; 4I4V A; 1OQL B; 3NBC A; 1WD3 A; 4J2K A; 3NBE A; 3HSM A; 4QO3 A; 3FJD A; 4KC3 A; 5F8S A; 4QKR A; 3D61 A; 3VSS A; 4F34 A; 3OJ2 A; 1IRA X; 3IAG C; 1BFG A; 1XHB A; 1XZZ A; 1QQL A; 3JRR A; 4EFQ A; 2NYY A; 3T8S A; 1YRZ A; 1ST8 A; 1I1B A; 4LO3 C; 1V6U A; 4Z8S B; 1Y4W A; 1TIE A; 1EPW A; 3OGG A; 4DEN A; 4QD2 C; 1ISW A; 1HIB A; 3BX1 C; 1Q03 A; 4DEP A; 5G00 A; 2K4A B; 3OM4 A; 4XKI A; 2LIQ A; 2HW9 A; 5EG6 C; 5A8D A; 4QBV A; 1S0E A; 2GO2 A; 3N0K A; 3A07 A; 3CA4 A; 3ZXD A; 3KF3 A; 2BEA A; 3LF7 A; 1Z0H A; 7I1B A; 1DJS B; 4I4Q A; 1Y9M A; 2EXI A; 1M2T B; 1ISY A; 4QKS A; 3WN2 A; 3VT1 A; 3JUT A; 3D5Y A; 1KNM A; 4Q9G A; 2FDB M; 4G6M A; 3UD7 A; 4D0T A; 4D47 A; 3CA5 A; 2XQR A; 2IHO A; 3Q7W A; 4D0Z A; 1JT4 A; 4ZFU B; 5GAQ A; 2Z49 A; 1V6X A; 4I4S A; 1YI7 A; 5BQU A; 3LDK A; 4ZLB B; 1DQO A; 3PG0 A; 3BTA A; 4X3A A; 3AJ6 A; 4I96 A; 1AXM A; 5GLN A; 4AK5 A; 4CJM A; 4L4H A; 3V0B A; 1IHK A; 4H04 A; 1K5U A; 4IZE A; 4OEE A; 4FFG A; 1FMM S; 1DZD A; 4IZX A; 5FK7 A; 5GLL A; 1F31 A; 3F1R A; 1UV4 A; 5DVH A; 3P6J A; 1AVX B; 3C7F A; 3AZW A; 3FJF A; 1VCL A; 2D7R A; 3OM7 A; 1J0S A; 1RZO B; 1W18 A; 1YTO A; 1JT3 A; 4N2Z A; 5JOZ A; 1YXW A; 3CRI A; 2Q3N B; 1PZZ A; 2X8F A; 4AK6 A; 4EFP A; 4L4I A; 4LO0 C; 4COT A; 3RMY A; 2R9K B; 1PWA A; 3OM2 A; 1FWV A; 2X2S A; 3PIG A; 3P53 A; 3N7L A; 2EXK A; 3WO4 A; 1ISV A; 1YYN A; 3CA6 A; 1JLX A; 1DLL A; 1HWM B; 3F62 B; 4OWJ A; 5JOY A; 2VSA A; 3LIH A; 3H6R A; 1I1E A; 5F90 A; 2D23 A; 3HMY A; 4J2X A; 3UGG A; 4KEK A; 2ZQO A; 3UGF A; 3C7E A; 3QR5 A; 5DZU A; 2X8S A; 4FFI A; 3QED A; 1G9B A; 1GYD B; 4U6D A; 2Y9G A; 3ZXG A; 3WN1 A; 3ZX7 A; 2UUS A; 5BOW A; 3VSF A; 5D63 A; 3O4D A; 1TWE A; 2VUA A; 4UDI A; 3I29 B; 1ITB A; 3PHZ A; 2AEZ A; 4O8P A; 3C2U A; 1BAS A; 5E24 E; 2I1B A; 3FJK A; 4P6A A; 1MC9 A; 4USP A; 1AFC A; 2ADD A; 4FFF A; 1SR4 C; 5FZY A; 1HWP B; 2AC1 A; 5JLV A; 4UDJ A; 1EYL A; 3S8K A; 4QC4 A; 3Q7X A; 3C7O A; 3BAG A; 3LFI A; 2OXB A; 4LO1 C; 4A7K A; 3V79 C; 1PUU B; 3CU1 B; 2D20 A; 1GYH A; 3QZ4 A; 3WMZ A; 5BXT A; 3UJ4 A; 2RQ9 A; 1DQG A; 1T4Q A; 3O4A A; 3ZC8 A; 3V0A A; 3WO3 A; 1R8N A; 5BP5 C; 2B4W A; 2K8R A; 3CA0 A; 4AN7 B; 1FGA A; 1HWN B; 3SNV A; 1ONK B; 4EEE B; 3P2N A; 3N7K A; 1QQK A; 3O5W B; 4IYB A; 1S0C A; 5A7V A; 3O4O A; 4XFS A; 4AN6 A; 3FUQ A; 4I1B A; 1EVT A; 3CAH A; 2RST A; 4I4U A; 4LO3 A; 3UJ0 A; 1YIF A; 4G1R A; 4FGF A; 4G9N A; 1PT2 A; 4UDK E; 1ILR 1; 2RG9 B; 5B2H A; 3AH4 A; 3N7J A; 3UDA A; 3WPU A; 6I1B A; 3Q7Y A; 4IY8 A; 2NVH A; 2NZ9 A; 1UPS A; 2J3P A; 3FJC A; 1WBA A; 4G9M A; 1NUN A; 4O8N A; 4X39 A; 2K43 A; 4LO7 B; 1FQ9 A; 4J2S A; 5FMC A; 1HCE A; 1TOO A; 5A7V B; 3H6Q A; 3WO2 A; 3O49 A; 4IY9 A; 4DCK C; 2NP0 A; 4TLP A; 4XFU A; 2BEB A; 2D43 A; 2MIB A; 5BXP A; 4FFH A; 2NTD A; 5AYE A; 1AVW B; 5FZZ A; 5AYD A; 2D44 A; 2XOA A; 5FNX A; 1RG8 A; 4I4P A; 4KC8 A; 3R4Z A; 4I4O A; 2D24 A; 1FWU A; 5GLR A; 2Q9X A; 1W3A A; 3LTQ A; 1GYE B; 4YOL A; 3AKH A; 3TAW A; 4GP3 A; 4KBB A; 2VSE A; 2MLL B; 2X2T A; 3RTI B; 2VDT A; 3LIG A; 3NBD A; 4ZA3 B; 3VSZ A; 1W3F A; 2E4M C; 3R4Y A; 3WAT A; 1MD6 A; 2DS0 A; 4J2Y A; 5FK8 A; 5D62 A; 1JTC A; 21BI A; 1FV3 A; 3OBT A; 1BFB A; 3K1U A; 2VLC A; 1DFQ A; 2AFG A; 4KCA A; 3WN0 A; 4JQ0 A; 1WD4 A; 3AZV A; 41BI A; 5JOX A; 4KEI A; 4EB2 B; 5GLQ A; 2DRZ A; 3ZC9 A; 3D5Z A; 2IWT B; 2D22 A; 4JKX B; 5BXS A; 5FIX A; 3W9T A; 5FKB A; 3CRH A; 5ANN A; 4X38 A; 1JQZ A; 4O8O A; 3AH2 A; 4LO0 A; 3V0B B; 4N4B A; 5DSS B; 1BA7 A; 3EF2 A; 3A22 A; 3ILA A; 2M49 A; 1EV2 A; 4LO2 C; 2WRY A; 3BYJ A; 2X8T A; 1JY0 A; 4P0K A; 4XFT A; 1ABR B; 5GLO A; 1IIL A; 5FMD A; 5FNW A; 3VT2 A; 1FMZ A; 4FVV A; 3U14 A; 3S8J A; 4Z9W B; 3WPZ A; 1W2T A; 4JP0 A; 2Z48 A; 3AKF A; 3POK A; 1BFF A; 1BLD A; 3ZXL A; 2D1Z A; 3SC7 X; 31BI A; 3WPY A; 3RWK X; 1PUM B; 1DFC A; 3CA1 A; 3VSR A; 3P6I A; 1YF8 B; 4A7Y A; 1IT0 A; 3HOM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D7I A; 3MAL A; 4I6I A; 5F8W A; 5B6T A; 3IIR A; 4H75 A; 3A21 A; 1AVA C; 4QAL A; 3WIN C; 1CVS A; 1A8D A; 3C9Z A; 1SR4 A; 2L5X A; 3AJ5 A; 3FJH A; 4Q9P A; 4F83 A; 1JT7 A; 1Y7B A; 2VXR A; 5FMB A; 5AY9 A; 3FUO A; 3H6R B; 3C7G A; 2FGF A; 4U6B A; 1W3G A; 4I4Y A; 3KF5 A; 1HCD A; 2QYI B; 4OWK A; 4MLG A; 4P0L A; 4ISR A; 3TC2 A; 3LDR A; 5JOW A; 4LO1 A; 4GOV A; 1Z4S A; 4KCB A; 2F2F C; 1S0L A; 3WMY A; 1N4K A; 4Q91 A; 3QEE A; 3BAV A; 1AVU A; 3LEM A; 3R4S A; 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