The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
154
|
sequence length |
411
|
structure length |
409
|
Chain Sequence |
PIEKDRNLSMVVTTDVHYFAPSLTDNGKAFEKYVAAGDGKQLAYSDEITDAFLADVESKKTDVLIISGDLTNNGEKTSHEELAKKLTQVEKNGTQVFVVPGNHDINNPWARKFEKDKQLPTDTISPTDFSKIYSDFGYEDAISSDEFSLSYLAAPSSKVWLLMLDTAIYKTNMQQGNPTTEGGLTAGTLDWIKESSALAKKNGAKLIPVLHHNLTDHNDVKGYTINYNQQVIDALTEGAMDFSLSGHIHTQNIRSAKSTDGKEITDIVTNALSVFPHKYGNITYSAKNKNFTYQSQKLDMEAWAKAQGSTDENLLNFDQFDYETFYNSGYDKAMMDLMTDESYDKYNQADKEKMADTMGLNNMYFFAGTAPPKSDGMALWDSAPNSFLKDYVLSSSNPPKKSNDYYVSP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Functional Analysis of the Lmo2642 Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase from Listeria Monocytogenes.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
LMO2642 PROTEIN
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Listeria monocytogenes
|
| total genus |
154
|
| structure length |
409
|
| sequence length |
411
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00149 | Metallophos | Calcineurin-like phosphoesterase |
| A | PF17839 | CNP_C_terminal | C-terminal domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4O4K A; 4H1Y P; 5JJT A; 4I5N C; 1USH A; 3C5W C; 3KBP A; 2XMO A; 1V73 A; 3DSD A; 2GJU A; 4FCX A; 3QFO A; 2IE4 C; 4H2I A; 4J6O A; 2Z72 A; 2QFR A; 2CV9 A; 1SU1 A; 4TUI A; 4KKZ A; 2BQ8 X; 2P6B A; 2WDD A; 3H62 B; 3THO B; 2HY1 A; 1S3L A; 4FBQ A; 3RL4 A; 2WDF A; 1T70 A; 4V0X A; 2NXF A; 1Z2X A; 2O8G A; 4UWQ A; 3K7V C; 3HVQ A; 4YKE A; 2BCD A; 3P71 C; 3IB7 A; 3IB8 A; 4DT2 A; 4WWL A; 2USH A; 3AV0 A; 3ZTV A; 1T71 A; 4B2O A; 5F3W A; 5HPE A; 2NPP C; 4ORA A; 5DNY A; 4Q7F A; 3EGG A; 4M0V A; 3C9F A; 3GVE A; 3K7W C; 5B8I A; 3QFN A; 5JPE A; 4OR9 A; 1S8E A; 1S3N A; 4LU9 A; 3E7A A; 4JA9 A; 2QFP A; 2QJC A; 1S3M A; 3ZU0 A; 2O8A A; 1OIE A; 2BDX A; 2WDC A; 3AUZ A; 3PSO A; 5EQV A; 3H61 A; 4MOV A; 3H69 A; 4IL1 A; 4I5L C; 5GTU A; 1XM7 A; 3RQZ A; 4UT3 A; 5INB A; 3LL8 A; 1HO5 A; 5C1V A; 3QFK A; 3N5U A; 1IT6 A; 3EGH A; 3PSN A; 1U32 A; 4XPN A; 4TUG A; 4LTY A; 3ICF A; 1OI8 A; 3IVE A; 4UT3 B; 1MF8 A; 4H2F A; 4O24 A; 1XZW A; 3V4Y A; 3H60 A; 4UT2 A; 1WAO 1; 2JOG A; 1UF3 A; 1WAR A; 2Z1A A; 2R17 A; 3H63 A; 1TCO A; 3IVD A; 4ZX2 A; 5IOH A; 2KKN A; 2YVT A; 1HP1 A; 1AUI A; 1UTE A; 3H66 A; 3QG5 C; 3RL3 A; 1Z2W A; 2Z06 A; 2ZBM A; 5JPF A; 1KBP A; 1S95 A; 4NZV A; 1QHW A; 2HYP A; 4F0Z A; 3QFM A; 4O5G A; 1QFC A; 2WDE A; 1NNW A; 2IE3 C; 3THN A; 2A22 A; 1JK7 A; 4KBP A; 3TGH A; 4H2G A; 2DFJ A; 3T1I A; 1G5B A; 3CK2 A; 1M63 A; 3DW8 C; 4LAC C; 4ORC A; 3JYF A; 3H67 A; 4ORB A; 1FJM A; 1OID A; 4JA7 A; 4V0W A; 3E7B A; 4H1S A; 2HYO A; 3FGA C; 4HD0 A; 4MP0 A; 4V0V A; 4O43 A; 4FBK A; 4H2B A; 3H68 A; 3RL5 A; 3DSC A; 1W24 A; 3H64 A; 4G9J A; 2NYL C; 1S70 A; 4FBW A; 2AHD A; 2NYM C; 4MOY A; 4ZVZ A; 1HPU A; 1II7 A; 4DHL A; 4DSY A; 5J28 A; 2Q8U A; 2IAE C; 4IYP C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OR0 A; 4H1Y P; 3C5W C; 2GJU A; 4ZUX V; 2IE4 C; 4H2I A; 4J6O A; 5IJE A; 4FK5 B; 2CV9 A; 5IIU A; 4KKZ A; 2BXK A; 2BQ8 X; 3H3A A; 3THO B; 2HY1 A; 4FBQ A; 3RL4 A; 4Z69 A; 3GQX A; 2NQO A; 4N0F D; 1T70 A; 2NXF A; 4GG2 A; 3NMU A; 3JQZ A; 1MIW A; 2VUF A; 3PLA A; 3P71 C; 1E78 A; 2BXH A; 4DM0 A; 1E7A A; 3KJL A; 3ZTV A; 1T71 A; 5HOZ A; 4EMX A; 2CKX A; 2NPP C; 4LA0 A; 3B9M A; 1VFI A; 3FNM A; 2XVV A; 3EGG A; 4J2V A; 3C9F A; 4GDK B; 5B8I A; 2E0Y A; 2XVQ A; 3ECP A; 4D7X A; 2O8A A; 2KWF A; 3M99 C; 5EQV A; 4UT3 A; 3H69 A; 5GIO A; 2QMC A; 3LL8 A; 5C1V A; 1IT6 A; 4LTY A; 2BXG A; 3CX9 A; 2DG5 A; 2LOQ A; 1WAR A; 2R17 A; 4ZBQ A; 3ICX A; 3H63 A; 3IVD A; 2BXI A; 2VUE A; 3SIU B; 2KKN A; 1HP1 A; 3LU8 A; 3QG5 C; 2ZBM A; 5JPF A; 3GA9 L; 2BXL A; 2BXB A; 4JK4 A; 4LB9 A; 2XVW A; 4O5G A; 3UIV A; 3THN A; 2JUH A; 1JK7 A; 1E7E A; 3VQI A; 4ORC A; 1AO6 A; 3E7B A; 4H1S A; 2HYO A; 4MP0 A; 2DBW A; 2ZOA A; 3H68 A; 3RL5 A; 3DSC A; 1S70 A; 1E7H A; 4DHL A; 4IYP C; 1LOT A; 1BKE A; 5JJT A; 4I5N C; 1SB0 A; 3QFO A; 2Z72 A; 3SIV B; 2LXS A; 2OZB B; 3V09 A; 4GDX A; 5GIP A; 1S3L A; 2EFC A; 5B5T A; 2Z8K A; 5BPK A; 1Z2X A; 4MBE C; 1HK2 A; 2I2Z A; 2BCD A; 3JRY A; 3IB7 A; 3IB8 A; 5DBY A; 2EFE A; 4WWL A; 1BM0 A; 2AGH B; 1TF0 A; 2XSI A; 4NAW B; 1N5U A; 3MHS B; 5F3W A; 5HPE A; 4OTT A; 4K2C A; 4BY9 C; 3GVE A; 1KDX A; 1J78 A; 3QFN A; 1S8E A; 5ID7 A; 1S3N A; 2QJC A; 3PSO A; 4TQ0 A; 4IL1 A; 4I5L C; 3RQZ A; 2OT3 A; 1HO5 A; 1UOR A; 2YEQ A; 4M70 B; 3N5U A; 3EGH A; 3LU6 A; 2I30 A; 3IVE A; 4UT3 B; 4H2F A; 4O24 A; 3V4Y A; 3H60 A; 4UT2 A; 2JOG A; 4FIP B; 1TCO A; 2NNW A; 1O9X A; 1GNJ A; 2YVT A; 1AUI A; 4ZCG A; 1UTE A; 4F5V A; 1FOU A; 2BXP A; 4L8U A; 1S95 A; 4NZV A; 1QHW A; 2HYP A; 3QFM A; 3WHR A; 2KBZ A; 4F5T A; 1QFC A; 1HA2 A; 2DFJ A; 3T1I A; 2VDB A; 4N0U D; 1MM8 A; 3H67 A; 4ORB A; 2EFD A; 2LQI A; 1E7G A; 4JA7 A; 4V0W A; 1LNS A; 2Z8J A; 4FBK A; 1E7C A; 1W24 A; 4DHX B; 3H64 A; 4I9O A; 3KIK A; 2NYM C; 5ID9 A; 3FWC C; 3KBP A; 5IIH A; 4FCX A; 4L9Q A; 2QFR A; 1HK1 A; 1SU1 A; 3H37 A; 4TUI A; 4F5S A; 4N3Z A; 2WDF A; 5GIN A; 4G03 A; 4PO0 A; 2O8G A; 4UWQ A; 3K7V C; 3HVQ A; 1J7E A; 3V03 A; 5IFO A; 2USH A; 4S1Y A; 4B2O A; 5IJF A; 1BJ5 A; 3NVM A; 3BPJ A; 5DNY A; 2DBU A; 4GDL B; 3K7W C; 4W4U B; 4OR9 A; 3E7A A; 4IW1 A; 4L9K A; 2BXF A; 1S3M A; 3ZU0 A; 3NVI A; 1OIE A; 4FJC B; 4C31 B; 2BDX A; 3AUZ A; 5GTU A; 2Z8I A; 3FWB C; 4TQ1 A; 3PSN A; 4XPN A; 4TUG A; 4F5U A; 3MHH B; 3ICF A; 1OI8 A; 1MF8 A; 1NT2 B; 1WAO 1; 1UF3 A; 4G04 A; 2QHB A; 3LU7 A; 3H66 A; 4K71 A; 1MA9 A; 1Z2W A; 2BXQ A; 1KBP A; 1H9Z A; 5DQF A; 5GHK A; 2AJE A; 3FLO A; 2GUT A; 1KW2 A; 1H5W A; 1NNW A; 2XW1 A; 3TGH A; 4H2G A; 2QM6 A; 1E7F A; 4ZBR A; 1VZS A; 1M63 A; 2XVU A; 3WHS A; 3JYF A; 1FJM A; 2BXM A; 2YDF A; 4HD0 A; 4HGK A; 3D03 A; 3FGA C; 3E0J A; 3WHQ A; 2BXC A; 4G9J A; 3G9K D; 2NYL C; 4FBW A; 2AHD A; 4ZVZ A; 3GQU A; 4DSY A; 5J28 A; 2DXN A; 2Q8U A; 4MOV A; 4OTU A; 1MIY A; 2DBX A; 4O4K A; 3A75 A; 1USH A; 2E0X A; 2XMO A; 3SQJ A; 1V73 A; 3DSD A; 4BKE A; 2BXE A; 1IJG A; 2P6B A; 2WDD A; 3H62 B; 4E99 A; 4LUH A; 4LUF A; 4WA6 B; 4V0X A; 1TXU A; 2EFH A; 2DXL A; 2LQH A; 4YKE A; 2BXA A; 2XW0 A; 4DT2 A; 4HGM B; 3AV0 A; 1MUH A; 1JNB A; 1GNI A; 4ORA A; 4OT2 A; 4Q7F A; 4M0V A; 2BX8 A; 4LU9 A; 2DYM A; 4JA9 A; 2QFP A; 2WDC A; 5JPE A; 3H61 A; 5INB A; 1XM7 A; 2ROH A; 2BXD A; 3QFK A; 1U32 A; 2BXO A; 1HK5 A; 4ZC6 A; 2K0N A; 1XZW A; 2BXN A; 5IIX A; 2Z1A A; 4ZX2 A; 2LXT A; 4ZBK A; 5IOH A; 2ZO9 B; 3RL3 A; 4LB2 A; 2Z06 A; 5D7G A; 1KXP D; 3NVK A; 4F0Z A; 3W1S A; 4IW2 A; 2WDE A; 2V36 A; 3V08 A; 2IE3 C; 2A22 A; 4KBP A; 3B9L A; 1HK3 A; 3A73 A; 1G5B A; 3CK2 A; 2DYO A; 3DW8 C; 5FUO A; 3TDL A; 1OID A; 4G01 A; 5IJ5 A; 4V0V A; 4O43 A; 1MUS A; 4H2B A; 1E7I A; 1MIV A; 4MOY A; 1E7B A; 1HPU A; 1II7 A; 4Z9O A; 4LAC C; 2IAE C; 1HK4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4OR0 A; 4H1Y P; 3C5W C; 2GJU A; 4ZUX V; 2IE4 C; 4H2I A; 4J6O A; 5IJE A; 4FK5 B; 2CV9 A; 5IIU A; 4KKZ A; 2BXK A; 2BQ8 X; 3H3A A; 3THO B; 2HY1 A; 4FBQ A; 3RL4 A; 4Z69 A; 3GQX A; 2NQO A; 4N0F D; 1T70 A; 2NXF A; 4GG2 A; 3NMU A; 3JQZ A; 1MIW A; 2VUF A; 3PLA A; 3P71 C; 1E78 A; 2BXH A; 1E7A A; 3KJL A; 3ZTV A; 1T71 A; 5HOZ A; 4EMX A; 2CKX A; 2NPP C; 4LA0 A; 3B9M A; 1VFI A; 3FNM A; 2XVV A; 3EGG A; 4J2V A; 3C9F A; 4GDK B; 5B8I A; 2E0Y A; 2XVQ A; 2O8A A; 3M99 C; 5EQV A; 4UT3 A; 3H69 A; 5GIO A; 2QMC A; 3LL8 A; 5C1V A; 1IT6 A; 4LTY A; 2BXG A; 3CX9 A; 2DG5 A; 2LOQ A; 1WAR A; 2R17 A; 4ZBQ A; 3ICX A; 3H63 A; 3IVD A; 2BXI A; 2VUE A; 3SIU B; 2KKN A; 1HP1 A; 3LU8 A; 3QG5 C; 2ZBM A; 5JPF A; 3GA9 L; 2BXL A; 2BXB A; 4JK4 A; 4LB9 A; 2XVW A; 4O5G A; 3UIV A; 3THN A; 2JUH A; 1JK7 A; 1E7E A; 3VQI A; 4ORC A; 1AO6 A; 3E7B A; 4H1S A; 2HYO A; 4MP0 A; 2DBW A; 2ZOA A; 3H68 A; 3RL5 A; 3DSC A; 1S70 A; 1E7H A; 4DHL A; 4IYP C; 1LOT A; 1BKE A; 5JJT A; 4I5N C; 3QFO A; 2Z72 A; 3SIV B; 2OZB B; 3V09 A; 4GDX A; 5GIP A; 1S3L A; 2EFC A; 5B5T A; 2Z8K A; 5BPK A; 1Z2X A; 4MBE C; 1HK2 A; 2I2Z A; 2BCD A; 3JRY A; 3IB7 A; 3IB8 A; 5DBY A; 2EFE A; 4WWL A; 1BM0 A; 1TF0 A; 2XSI A; 4NAW B; 1N5U A; 3MHS B; 5F3W A; 5HPE A; 4OTT A; 4K2C A; 4BY9 C; 3GVE A; 1J78 A; 3QFN A; 1S8E A; 5ID7 A; 1S3N A; 2QJC A; 3PSO A; 4TQ0 A; 4IL1 A; 4I5L C; 3RQZ A; 2OT3 A; 1HO5 A; 1UOR A; 2YEQ A; 4M70 B; 3N5U A; 3EGH A; 3LU6 A; 2I30 A; 3IVE A; 4UT3 B; 4H2F A; 4O24 A; 3V4Y A; 3H60 A; 4UT2 A; 2JOG A; 4FIP B; 1TCO A; 2NNW A; 1O9X A; 1GNJ A; 2YVT A; 1AUI A; 4ZCG A; 1UTE A; 4F5V A; 1FOU A; 2BXP A; 4L8U A; 1S95 A; 4NZV A; 1QHW A; 2HYP A; 3QFM A; 3WHR A; 2KBZ A; 4F5T A; 1QFC A; 1HA2 A; 2DFJ A; 3T1I A; 2VDB A; 4N0U D; 3H67 A; 4ORB A; 2EFD A; 1E7G A; 4JA7 A; 4V0W A; 1LNS A; 2Z8J A; 4FBK A; 1E7C A; 1W24 A; 4DHX B; 3H64 A; 3KIK A; 2NYM C; 5ID9 A; 3FWC C; 3KBP A; 5IIH A; 4FCX A; 4L9Q A; 2QFR A; 1HK1 A; 1SU1 A; 3H37 A; 4TUI A; 4F5S A; 4N3Z A; 2WDF A; 5GIN A; 4G03 A; 4PO0 A; 2O8G A; 4UWQ A; 3K7V C; 3HVQ A; 1J7E A; 3V03 A; 5IFO A; 2USH A; 4S1Y A; 4B2O A; 5IJF A; 1BJ5 A; 3NVM A; 5DNY A; 2DBU A; 4GDL B; 3K7W C; 4W4U B; 4OR9 A; 3E7A A; 4IW1 A; 4L9K A; 2BXF A; 1S3M A; 3ZU0 A; 3NVI A; 1OIE A; 4FJC B; 4C31 B; 2BDX A; 3AUZ A; 5GTU A; 2Z8I A; 3FWB C; 4TQ1 A; 3PSN A; 4XPN A; 4TUG A; 4F5U A; 3MHH B; 3ICF A; 1OI8 A; 1MF8 A; 1NT2 B; 1WAO 1; 1UF3 A; 4G04 A; 2QHB A; 3LU7 A; 3H66 A; 4K71 A; 1MA9 A; 1Z2W A; 2BXQ A; 1KBP A; 1H9Z A; 5DQF A; 5GHK A; 2AJE A; 3FLO A; 1KW2 A; 1H5W A; 1NNW A; 2XW1 A; 3TGH A; 4H2G A; 2QM6 A; 1E7F A; 4ZBR A; 1VZS A; 1M63 A; 2XVU A; 3WHS A; 3JYF A; 1FJM A; 2BXM A; 2YDF A; 4HD0 A; 4HGK A; 3D03 A; 3FGA C; 3E0J A; 3WHQ A; 2BXC A; 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