5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
b'KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
3T7ZA 3GQUA 3NVMA 3GQXA 5GINA 1NT2B 5GIOA 3SIUB 2NNWA 4BY9C 3PLAA 3ICXA 3SIVB 2OZBB 3NVIA 3NVKA 5GIPA 3ID6A 3NMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHOA 4BRNA 5JS1A 2A5XA 3WHSA 1BA0A 3MN9A 2IVOA 4KFBA 4PWDA 4JLHA 4IOCL 5D7GA 4FXDA 2NRRA 1VHXA 2Q0RA 4WFNL 3B9MA 3MX2A 4LA0A 3CHWA 4J2AA 4KH4A 5FPEA 2VYPA 1YTUA 2V7YA 4I7FA 3U9ZA 3I56N 3CYMA 3G25A 2UYTA 1EP4A 1T8EA 5HRPA 2ASOA 4YOUA 4DTUA 3QIPA 2E2OA 2IAJA 4E7HA 1GOBA 1HK4A 3VF4A 3VESA 3VERA 2DFFA 3AO1A 4BR5A 4L3QA 4OLBA 4BR7A 3BPJA 1E7CA 1C0MA 2GUIA 4CF1A 2OTJN 1C0GA 4R79A 3ATUA 3QLHA 5AZJA 3CJCA 1S6QA 3P38A 1V4SA 2A6AA 3K5NA 4F2RA 2XY6A 2D4WA 3D2EB 3GE1A 3DJCA 2FSJA 3IS9A 4G01A 1VQ8N 3BDPA 4KI6A 1C6VA 1JXEA 3WHQA 4AHTA 1BDGA 2F8TA 1N5UA 2IS3A 3DOKA 5C42A 4XH5A 2ZQBA 3MXJA 3LU8A 4KI4A 1HPMA 1NJIO 4CHZA 4Z4CA 1BIUA 3SLCA 4RW9A 3NAEA 1WLJA 4H0OA 5HRRA 3ULDA 1ZBSA 2DFEA 1LWFA 3M1FA 3O9QA 1RTIA 5FROA 1NK0A 3L3VA 2YHWA 1D4XA 2OPSA 2E20A 3LDQA 1Q82O 4O8KA 2LXSA 3A2FA 1OKJA 2BXCA 2KQ2A 2YKNA 3VQ5A 4DTSA 3FE1A 1Q18A 4IOAL 3ICXA 1NK5A 3DLGA 4M3WA 4KHWA 4KRFA 3A5MC 1S1TA 3UIQA 5HL7L 1HQEA 3LM9A 4CI6A 3ZSOA 4BDPA 3VENA 4C8LA 4N0UD 4WQ4A 3RRHA 1ATRA 4BGBA 1MWKA 4ID5A 3SYZA 4HWIA 3AA5X 3NH2A 2B5JA 3QBWA 1QQNA 4ZBRA 3V9XA 4BRPA 4RCHA 5FUOA 3ECPA 2XW0A 3WHRA 5IIHA 2JUHA 4GNIA 1KLMA 4I6MA 3ZEUA 4IEEA 4Z4HA 4FLYA 3THVA 4AM6A 2QKBA 1E7HA 3JQZA 3GQXA 3I33A 1U2VB 4O0JA 2I30A 1X9MA 2O8DA 4ILGB 5AQPA 3ZX0A 4HGKA 3O08A 4FPAA 2DBUA 4JKDA 2X74A 1VRUA 3SIVB 3ENHA 1MWMA 2O8CB 1BJ5A 5HRSA 1C1AA 1NLVA 3RRGA 4BRDA 1WBDA 5BPNA 4BQZA 4Y1CA 3H45C 3MMVA 4EIAA 3AA2A 3JRYA 2Z8KA 1HKCA 1YVNA 2RF2A 3FZMA 1EO1A 4FJ7A 1QS4A 3WXIA 1NK7A 3HP6A 2BXLA 3M3ZA 4H0YB 4GV6A 5KTQA 4LSNA 4W4UB 4M3UA 4JD2A 3VQCA 4CHYA 4YOVA 2HHWA 3DXMB 3M8PA 4CBUA 1OVYA 1VQPN 4KHQA 4WQ5A 1TKDA 4FWKA 4CJVA 2EFDA 4BR4A 1MDUB 1WSFA 3T1YK 1YF5L 1E4FT 5GADP 2WOMA 3RR7A 4DQRA 2NQOA 2AA4A 2YNFA 4B3MK 1QHAA 1JLGA 2KFNA 1NGJA 3AVGA 4KO0A 5F2RA 4FJLA 2FC0A 1NK9A 3DLBA 4LD0A 2JWLA 4E7KA 3MWPA 3M8QA 4IW2A 2LSNA 4I2QA 2Y1IA 3CPEA 1X3NA 4MO4A 3V08A 3L2VA 5BRFA 5SWMA 5FRMA 4W5TA 4OJRA 3SBGA 4ELTA 2CGJA 1KXPD 1NGHA 4CHQA 2IIRA 5LMNK 2Z1HA 5ELZA 1KRPA 5D3GA 1J7EA 1U45A 4BVPA 3CC7N 4KHUA 4NAWB 2HOEA 4CBXA 4F5TA 2E2QA 5EOYA 4BRMA 1QQMA 3UB5A 4CEBA 1T05A 4O55A 3OYCA 1WUAA 4NLCA 4RG8A 3SI6A 3KLGA 2QMCA 4JHDB 4BC4A 2VGMA 4X64K 1W2BM 2HBMA 4O4GA 4OKEA 4IDKA 3D7EO 5J1EA 1E7BA 4JS4A 3OYNA 2O8BA 3QEXA 1VSEA 1S22A 2BXPA 3JXUA 4FZZA 3MXMA 5AQSA 1TF0A 1VQKN 4H0TB 3ZSQA 2Q97A 2OPRA 4HUGA 4M42A 5CZ2A 1QZ5A 2BUPA 4F3OA 1KW2A 1S1UA 3O9RA 3FGUA 3VA3A 2BX8A 2FBXA 3W0LA 3THYA 1WSEA 1JL1A 2BXMA 3DM2A 1U6ZA 2XRIA 2ZGYA 3TABA 1TL3A 1RT2A 1U47A 5FPDA 3FZLA 2CKXA 1EQYA 4H5WA 4L9QA 1DKGD 4HGMB 2BXKA 3R1XA 3QFUA 3VQQA 4TQ1A 2P9NB 3L0QA 2HW3A 4DSIA 4AILC 3DLLL 3PLAA 3EZ5A 3VQAA 2OTLN 3D2FB 4FM2A 4QS7A 1W97L 2GEMA 4KKOA 1XWLA 4KB0A 4K41A 3ID6A 4BE1A 4JKAA 2GUPA 4DSJA 3O9SA 2ATQA 1DGKN 3CCSN 1SL1A 4ZBQA 3OJUA 1T6CA 1NJWA 1WNSA 1NOYA 4NCAA 2BXDA 4U67L 2VCPA 1K8KA 3O1BA 3EKSA 4PO0A 4EZ6A 4DTRA 3GL1A 4CD1A 3KZBA 4OTUA 2EFCA 3NF9A 3ZCMA 1SS6A 1S3XA 4F9OA 5JLHA 3C6HA 2VWKA 3BZKA 4JK4A 1HA2A 1NU0A 2BXIA 4KREA 3MEGA 4K8ZA 2FF3B 3G71N 3T69A 5AQWA 3QNNA 3MECA 4LF8K 4RWTA 1HNZK 5FLXO 4JK7A 3K5LA 3TARA 1YUWA 1WSGA 3NF8A 1YIJN 2HNZA 3FZHA 5GAEP 2ITMA 3TR8A 4KPYA 3PUFA 3G9KD 4KB1A 4MDBA 2VG6A 4DV0K 1YTAA 1OH8A 4FK2A 4CJPA 1KVCA 3M99C 4DB3A 3MCPA 4LFCK 4AHUA 1NGAA 1B9FA 5AQVA 4B3TK 1E7AA 4JKGB 3RTVA 1IKWA 3NFAA 4DQPA 4UQGA 3B9LA 4L9KA 1J54A 2Z1JA 5AQYA 3OS2A 3PO5A 2QA4N 1RTJA 4CJLA 5AQOA 2Q0UA 3NVKA 3KK3A 1N32K 3T3FA 4CERA 3K9JA 5M1OA 1HKGA 1NGIA 1WBBA 1JLBA 2UXDK 4ICLA 3U4LA 4BKEA 5DM6L 2KWFA 1X3MA 3PX6A 2G8VA 3GA9L 3KHYA 4JKEA 1Q7YO 4CIGA 1SAZA 4Z69A 3KK2A 4G1QA 1GOCA 1C1BA 3HM9A 3AVLA 3CCMN 4N41A 3CJ7A 3ULEB 1LW0A 1BCOA 3MEEA 4RW4A 3A75A 4DU4A 4BR9A 4YDUC 4F5UA 3OA9A 3O3GA 4PL7A 4G9ZA 4Z94A 4LB9A 2QWOA 1XNQK 2ZJQL 4CHPA 5M1KA 2O8FB 4OPJA 4HUFA 3NF7A 4W5OA 1J53A 4FWLA 2OPPA 1NKBA 3K5MA 1M1KO 2XO7A 4FSVA 1NGDA 4HUEA 4CE9A 3SNNA 3PO4A 2G8KA 3DRRA 2UUAK 1YJWN 3RSEB 5M1QA 3KJVA 3O80A 2F9TA 3BZCA 4J8FA 3MK6A 3OW2M 2G8IA 2ZM6K 2FLOA 2RKIA 4FM0A 4JI0K 2WTUA 4LSLA 4KHYA 4PKHA 3VEWA 1ZC6A 3OYKA 4CEAA 1Y64A 3QNOA 1ILYA 3QBXA 4CF0A 3B6OA 2O4IA 3CJ1A 1C1CA 2D0OA 4DHXB 3QETA 1SQKA 4AHVA 4IFYA 4FJ5A 2FBTA 2GELA 4I9OA 4DFMA 3VOVA 3CG7A 3I0SA 2FSNA 1BU6O 4CJFA 2ROHA 2XY7A 3L2QA 3CFOA 1EKEA 4CZGA 3UKUA 3N4QA 3EY1A 2EHGA 5AZIA 4DR4K 4MDAA 2NRHA 4FIPB 4DKWA 4IBNA 2Q31A 3DLRA 3V1OA 3WNGA 3HT3A 3KIKA 3LM2A 5CY4A 4HTLA 4BDZA 1MIWA 1HJOA 3OYJA 4FK4A 1NM1A 4M45A 2RE2A 2P9UB 1N34K 3AY9A 4AF1A 3KK1A 2W42A 3AO3A 4H8KA 4OR0A 3A5LC 3NGIA 1RT7A 4J2BA 2QI2A 2VG5A 3D6RA 4J2VA 2QHBA 2F9WA 3OS0A 3MCAB 1OH7A 4DUYK 4LF5K 1NMNA 3AARA 2HHHK 2E6LA 4ISGA 4K8XA 4CIEA 3IUCA 5LJVA 4RW7A 3THXA 4OKJA 4E7LA 3JS6A 2O4GA 3TTCA 4LY7A 4KAZA 4XEIA 1FJGK 1HR0K 5T7BA 4C8OA 1Y97A 3MHHB 4M70B 2Q1NA 5GIOA 2E0XA 3U9DA 3CI5A 4CZLA 2WBNA 4AHRA 1WAFA 5AQXA 3OS1A 2P9SA 1RCHA 4M3RA 2P5GA 3TDLA 1U04A 4DR5K 5HP1A 2P9PA 3O4NA 3CMAN 1IV0A 4MFBA 3VQPA 3ZT0A 3SQ1A 1SUQA 5EVZA 4DG1A 3WUHA 1D9DA 3O1WA 3D45A 1TKXA 3OYIA 4WFAL 2GX9A 1XQSC 2HHTA 3AVBA 5HBMA 2HSTA 1HYSA 2VQEK 3LZIA 3CM5A 2HMPA 4E19A 4UY8O 1YI2N 4TQ0A 4PHTX 4B8AB 4B9VA 3O3HA 3IAYA 4FW1A 5K14A 3HSTB 1LOTA 4H4OA 3U3GA 4OTTA 4H0XB 5BR8K 3PSFA 5AQTA 3V9UA 4CEOA 1GNJA 1WOQA 2WONA 2D0BA 4FWQA 1GLDG 4M7XA 4NXNK 4K42A 4CEDA 5BREA 2XW1A 1HYZA 4A5AA 5IJ5A 1BWFO 2BXQA 1JLFA 4Q5VA 3KTQA 4PKGA 4FK0A 3K9KA 3NDKA 2P9IB 3K5OA 3KLHA 1VSIA 4JN4A 2YKMA 3GDQA 3EE9A 1W0HA 3EN9A 2BXBA 5CE3A 4WE1A 4YHHK 4PA1A 1XMOK 1YJ9N 1RTDA 5KQ8A 4MQ3A 4IJAA 1ZBFA 1C0TA 5E84A 2QEXN 3O6WA 3E01A 3M8RA 4CGIA 2DYMA 4H0VB 1VAZA 1GLLO 3ZT1A 5C2FA 3OYEA 2BXGA 3H1VX 4FZXC 2GWKA 4YDUA 2HHSA 2QM6A 2NRWA 2OYQA 3TPQA 3ZSVA 1VSDA 4HCCA 4B3RK 3DRSA 5C12A 1IBLK 4B1UB 1VQ6N 1RT1A 2D0CA 3MXIA 1U49A 1HNWK 3ZSWA 3JYTA 4CZEA 3AVHA 4C8MA 2YHAA 1QHTA 1DT9A 5AZJB 1EWQA 1RDBA 3BP8A 4JRQA 4QOZB 2HHUA 3O9TA 5C2DA 3KK7A 3TSUA 5KQDA 2YI1A 5GAHP 2W6KA 3EZWA 4DR2K 1SL2A 3LU6A 3VF2A 5MLCQ 2G8UA 1DLOA 1MA9A 1ZBIA 2LOQA 1YJNN 5M1NA 4ISFA 1WSJA 3G4SN 1H5WA 2FBVA 3PIOL 1Z26A 1KFSA 1TV6A 1J9AA 4OGEA 3CF5L 1RDAA 4X62K 5A2QO 4FJGA 3AVNA 1K9MO 3VN5A 1T7PA 2F8SA 1YXQA 3KLFA 3ASMA 2QXLA 3HVTA 5AQHA 1HK5A 3KD1E 4DR1K 4FWRA 1MIVA 1HK3A 5I3UA 3VQIA 2O8EA 4DHYA 4IWVA 4CCHA 4B8CA 3ZT4A 1QE1A 1XI1A 1EWRA 3HPHA 2NRTA 4CBWA 1P8ZA 1NGEA 3SIUB 5KPZA 3AA4A 2QTDA 2PBDA 4DV4K 4E1MA 3IRXA 4BR0A 2P1JA 4GV3A 2QXFA 3ENBA 4DTMA 4LH4A 3O5BA 3J7YP 1KQSM 1I3AA 2GBZA 3PSIA 1BQNA 1S1XA 4IFEA 4KBOA 1BISA 3M8SA 4FWPA 4BE0A 3J81O 2P9KA 1GNIA 1LWEA 1Q81O 4CF2A 3HL8A 3DLHA 1JJ2M 4I6MB 3VTIA 3ZEUB 4CEQA 4CJQA 3OYBA 5AQLA 2HVHA 2OCEA 1WSIA 2I2ZA 3C6AA 5JMVA 1JCFA 2O8DB 2ZD1A 2LXTA 1XHXA 1TAQA 3ITHA 3QEIA 3AAQA 3TAPA 3A73A 2HBJA 3KVGA 5AFUA 2D1KA 1P90A 4A61A 1TK0A 4AM7A 4A2BA 4O8UA 5DMRA 3HOTA 1NKCA 1WB9A 3H3NO 4NYFA 2E1YA 4EP5A 3I8BA 1T6DA 2IVNA 4JKHA 5EY4A 3EE8A 4DR6K 2KBZA 3GOIA 3UE5A 1HPZA 2BXEA 1X9WA 1QTMA 4JYAK 4WCEL 3LU7A 2XMOA 2LQHA 4B1YB 4QCLA 2Y1JA 4W5NA 1BCMA 2YHXA 3OYFA 2V52B 4CFAA 3TAGA 1TKTA 1ZYQA 2BXAA 2IDOA 3KWIA 3NGYA 1VZSA 2QW9A 4JD2B 5M1FA 3EL2A 1EX4A 1K6YA 4E3SA 1VQ4N 5GIPA 1IO2A 4FWOA 1MUHA 4H0PA 3TSPA 3SQ4A 2PY5A 4B9SA 2XVWA 3A0IX 3CFPA 4R5PA 4IW1A 5HOOA 4FWNA 4FVMA 3MX5A 4JS5A 1HNIA 4M3ZA 5FRNA 1ZBLA 1NJYA 1KFDA 1TYQA 5AQZA 3FZFA 4JI8K 5I42A 1ASUA 3JSMA 4B3SK 3U6FA 2FSKA 4PY5A 4M63C 2ZJRL 3LP3A 3CCEN 1L3UA 4JAXA 3N4PA 1NK8A 4IFVA 2KTQA 3QDKA 1Z05A 3H46O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  3GQU A;  3NVM A;  3GQX A;  5GIN A;  1NT2 B;  5GIO A;  3SIU B;  2NNW A;  4BY9 C;  3PLA A;  3ICX A;  3SIV B;  2OZB B;  3NVI A;  3NVK A;  5GIP A;  3ID6 A;  3NMU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CHO A;  4BRN A;  5JS1 A;  2A5X A;  3WHS A;  1BA0 A;  3MN9 A;  2IVO A;  4KFB A;  4PWD A;  4JLH A;  4IOC L;  5D7G A;  4FXD A;  2NRR A;  1VHX A;  2Q0R A;  4WFN L;  3B9M A;  3MX2 A;  4LA0 A;  3CHW A;  4J2A A;  4KH4 A;  5FPE A;  2VYP A;  1YTU A;  2V7Y A;  4I7F A;  3U9Z A;  3I56 N;  3CYM A;  3G25 A;  2UYT A;  1EP4 A;  1T8E A;  5HRP A;  2ASO A;  4YOU A;  4DTU A;  3QIP A;  2E2O A;  2IAJ A;  4E7H A;  1GOB A;  1HK4 A;  3VF4 A;  3VES A;  3VER A;  2DFF A;  3AO1 A;  4BR5 A;  4L3Q A;  4OLB A;  4BR7 A;  3BPJ A;  1E7C A;  1C0M A;  2GUI A;  4CF1 A;  2OTJ N;  1C0G A;  4R79 A;  3ATU A;  3QLH A;  5AZJ A;  3CJC A;  1S6Q A;  3P38 A;  1V4S A;  2A6A A;  3K5N A;  4F2R A;  2XY6 A;  2D4W A;  3D2E B;  3GE1 A;  3DJC A;  2FSJ A;  3IS9 A;  4G01 A;  1VQ8 N;  3BDP A;  4KI6 A;  1C6V A;  1JXE A;  3WHQ A;  4AHT A;  1BDG A;  2F8T A;  1N5U A;  2IS3 A;  3DOK A;  5C42 A;  4XH5 A;  2ZQB A;  3MXJ A;  3LU8 A;  4KI4 A;  1HPM A;  1NJI O;  4CHZ A;  4Z4C A;  1BIU A;  3SLC A;  4RW9 A;  3NAE A;  1WLJ A;  4H0O A;  5HRR A;  3ULD A;  1ZBS A; 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