5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
4BY9C 3SIVB 3T7ZA 1NT2B 3NVKA 3ICXA 3GQUA 2OZBB 3NVMA 3SIUB 3PLAA 3NMUA 3NVIA 3GQXA 5GIOA 5GINA 5GIPA 2NNWA 3ID6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7FA 5HROA 1IG8A 3SNNA 3FFIA 3ZYYX 1NGEA 2VCPA 3W3DA 4FOEA 2YX6A 4F8RA 4DS4A 3AVHA 1R0AA 4JK9A 5BPMA 1MA9A 3C0BA 3SAGA 3EKUA 2KKZA 3JS6A 4BRGA 2Q2RA 3J7AP 3B8AX 3AVFA 4WYBA 4IOAL 4DTUA 3WNFA 3LAMA 3MECA 1KXPD 1HKGA 4JEPA 1JCEA 4M3RA 1HPMA 3RMCA 5HP1A 1QZ5A 3M8QA 1KQSM 2XW1A 3MXMA 1CZBA 3OYBA 3RSEA 4QAGA 3O1BA 4IG3A 1RTJA 2FSKA 4BG9A 4CIFA 3DRPA 1BUPA 4PL7A 4L8RB 3UE5A 1QQCA 4CFAA 1BA0A 3CC7N 1YAGA 3E9LA 1FKOA 2VGMA 4YFUA 4BRIA 3QBXA 4CJVA 1VQNN 3ZSZA 3PY8A 1VQ6N 3T7ZA 1BJ5A 1I39A 4O5BA 2CGLA 3WXLA 1RT6A 1T03A 1HNIA 4B1YB 3QEVA 3LANA 3I56N 5JICA 1KDXA 4PA1A 3P39A 2FSJA 3I0SA 1ATRA 3MCPA 1N6QA 1TKDA 1NGGA 3ZSQA 3M8PA 2HVIA 5FROA 5I3UA 1MDUB 3TAQA 3HVTA 1MIWA 4FJKA 3ZLJA 4RTFD 2QWLA 3MXIA 3ZX3A 1RDCA 3MXJA 1ZBSA 4AHRA 1HKBA 1N36K 1GOAA 1HNZK 5AQWA 4DM0A 3QEXA 3L2VA 2YHYA 1GNIA 3F2KA 1GLEG 2BXKA 1SL0A 4DB3A 4CCHA 1HK1A 3Q7BA 1ZBHA 3IAYA 2B4JA 2IAJA 3ZSWA 3A5LC 1FKPA 3DAWA 2WBNA 1TF0A 3FNMA 4TQ1A 2IOCA 2PY5A 2G8UA 1VSMA 4CJWA 1VSHA 1VQ7N 1WN7A 5DBYA 1YJNN 2OZBB 4I6MA 2KZMA 1OVYA 4ICLA 4N0UD 1LWEA 2NUBA 4DV2K 5HOZA 1SKWA 4WQ4C 4R5PA 1KTQA 1M1KO 1E7FA 1BDGA 1N32K 5BPKA 4CEOA 1HLUA 3O9UA 2BXQA 2HMIA 4HCCA 1JLCA 3LP2A 3CD6N 2GBZA 1UA0A 4E89A 3L2UA 1VSLA 1K8KA 1YHQN 1S6QA 2DTUA 4KB0A 3VQQA 3VTHA 5D3GA 2QKBA 4CJPA 4CZJA 3IMXA 5A2QO 3SUQA 3VTIA 3HPGA 1A5WA 4FJ5A 4W5NA 4BC4A 3U9DA 4FK0A 4GV6A 2LSNA 3GDQA 2BXMA 2F8TA 3ZT3A 2EFHA 4B08A 3KK3A 3HZ6A 5MLCQ 2YHWA 4AQYK 2BTFA 4R79A 3WHRA 3CJ1A 2FSNA 3HSTB 1MM8A 3DLBA 2V51B 1VSEA 1DT9A 1I3AA 1WAFA 3WXKA 4O0IA 4BRMA 4DR6K 3CCLN 1HR0K 1HNXK 2XW0A 4LY7A 1KLMA 1BOTO 3V09A 1ITGA 3SAFA 4K42A 4DU1A 1MIYA 4CJQA 2IS3A 4BRFA 1ZBIA 1BI4A 1E7BA 3BZCA 1H1VA 4BDPA 3SZ2A 2OTLN 2KLAA 5C2DA 4NXMK 1SUQA 4FLZA 2LQHA 3P83D 5LMNK 2BX8A 2JWLA 3MEEA 3KLGA 1NKBA 4CF1A 3TSQA 3UIQA 4NO7A 3NHGA 2P9SA 3AGKA 4KHUA 3MX2A 2QWRA 1NGCA 2P1JA 3WXMB 1N5YA 4JI6K 1HK4A 2LXTA 4OO1J 1RDWX 3CPWM 4EFHA 5HL7L 3M6GA 2EFEA 1BL3A 1NK9A 2UUCK 2P9PB 1JKHA 4FCYA 1W9HA 2DBUA 3NGZA 3FZLA 1F21A 1N8RO 2AA4A 4JKGA 2VYPA 2QI2A 2PYLA 4IFEA 4DSEA 3AA3A 5C42A 2G8VA 4BQLA 1NK7A 1U47A 3AVMA 1N33K 1AO6A 1ASWA 1TKXA 3KIKA 4OPJA 4BC3A 3ZT1A 2E88A 3BPJA 1S1XA 2OT3A 3ASMA 4CJTA 1JL1A 3TAFA 2QKKA 2Y1JA 3RRGA 2DPNA 3DI6A 3O8MA 2FF6A 4BRDA 3WHQA 4BRPA 1VSJA 3PX0A 3HK2A 1X9MA 3ZETA 1A5VA 3OYJA 4ELTA 5BN8A 5M1OA 4EP5A 5IJ5A 4X66K 4DCHA 2G8WA 4ZUXV 1VSDA 3DXKA 5HRNA 3ZT2A 3V9ZA 2ZGYA 1IBKK 3LWMA 3KWIA 4MO5A 2WFBA 3DXMB 2QM6A 5EXWA 4JKEA 3VPZA 4FJMA 4A57A 5AQFA 1C0GA 3U4LA 2BXOA 1JLAA 4CK1A 3THVA 3NCIA 3B9LA 1U2VA 4XEIA 3J7YP 2NNWA 4MDBA 4A61A 2XVUA 4CGDA 3VF4A 4K41A 4JHDB 4JI7K 1FJGK 1WUAA 1KLNA 3K5LA 4DR1K 1WOQA 3LPTA 5GAEP 4RW9A 4WFNL 2AGHB 4FJLA 1TUYA 3N4PA 4O0JA 3CFOA 1IKXA 3UKRA 3HM8A 4JKAA 4C31B 5ELZA 3CCJN 4DTRA 4CK3A 3IRXA 3FWBC 3G25A 4FLYA 4I2QA 4DTPA 4KFBA 3OBWA 1Z25A 3S3OA 4YNQA 4JKFA 4YHHK 3CQYA 1C0TA 1WSIA 2YHBA 4KO0A 3V1OA 2HF4A 4WQ4A 4W5QA 2AJEA 3VOVA 4FLVA 2E5LK 4KBOA 3GE1A 4ILJA 5GAHP 3SQ0A 2NRZA 3ULEB 3AY9A 3OY9A 4JAXA 1EO1A 2UYTA 4JYAK 2NRXA 2P9KB 3WXJA 4BRNA 1HK5A 4CZEA 4YY3K 3OYDA 4CEZA 1ESVA 3NF9A 3S3MA 4HWIA 2ZJPL 3V1RA 4I9LA 3LDPA 3KWGA 1NOYA 1ASUA 3TI0A 4F5VA 1LCUA 5CHIA 4H5TA 3I8BA 4GNIA 3TTDA 3MN7A 1NGIA 3AARA 2WTUA 1E78A 2IVPA 3VEVA 3CFPA 3CG7A 4DKWA 1H9ZA 2BE2A 5BPLA 2JGUA 1Q18A 2D0PA 3T19A 1MA9B 4LF7K 2UUBK 1M90O 4HUFA 1YUWA 4PHTX 4FJNA 3VN5A 3P5JA 2W41A 2ASPA 1EXQA 1HPZA 2EHGA 4DMNA 3DLRA 3CQ8A 3DMJA 3CFRA 4DTNA 4ILGB 2RKIA 1KC8O 5IT9O 4BR7A 2IGIA 3RSEB 4DF8A 3AA2A 1J7EA 5LJVA 4WA6B 1WLJA 5AQPA 4CZLA 4E7IA 1BM0A 3L0QA 1VZSA 1TGOA 2F96A 3OA9A 2G8IA 3MEGA 3LP1A 4CJUA 1EP4A 2NLXA 4FM0A 3F73A 3VQ9A 4HGMB 5HRRA 5JMVA 1FXXA 4ZTFA 4H4MA 2V36A 1NBWA 3W1SA 1NK0A 3RR7A 3NF7A 2FBVA 5M1NA 2VUEA 3M8SA 4LH4A 3AA5X 3PUFA 1DTQA 3EE9A 2QM1A 1JLQA 3L2RA 3EN9A 4BY9C 3O6WA 4KAZA 1CLQA 2VUFA 4OTTA 5BRHA 3TAMA 3LDQA 4M7XA 5J2QA 1BQNA 4B3SK 1J9AA 2A41A 3KLFA 2F4VK 2F8SA 3CQXA 4FXDA 1KAZA 2Q3SA 1U49A 1K9MO 5FDLA 5AQOA 4DQQA 3EO3A 4FJ9A 3H37A 3TSUA 1VQ8N 3J8AA 2GELA 4H0YB 4FJ7A 1EETA 1C1AA 2QWNA 3TANA 3DLEA 2LOQA 1NK6A 1HKCA 4F2SA 2YCHA 1NLVA 1SQKA 3PIPL 1YF5L 3NVKA 2KWFA 3CC4N 4B1ZA 1SB0A 2VWJA 5AQZA 1Q9YA 3SIUB 1JNBA 3DRRA 3FFKB 1P90A 1GLAG 5J2PA 2RF2A 3GBTA 3TTFA 2IC3A 2A6AA 3DM2A 3HRGA 3UIVA 1G15A 3A5OC 4CGGA 4I6MB 2HSTA 4B3MK 3O9TA 1D8YA 3CCSN 2ZF5O 4CJRA 1TVRA 3K9JA 5HOOA 3S9HA 3EE8A 1HQEA 3HO1A 4J2EA 2Q0UA 3AAQA 4FVMA 4JK8A 3KKRA 3L3VA 4DF4A 4FK4A 1WSGA 3K2PA 4JI2K 1DTTA 3ZEUA 4DR2K 4N3ZA 4KH6A 1MU2A 3HOTA 1HYZA 1HRHA 3ZCMA 1K8KB 3OS1A 1NJYA 1KD1O 2BXEA 4QS9A 4LF4K 1BU6O 1X9SA 3BDPA 5IWAK 4NLCA 3QIPA 4F5TA 3CXCM 3SQ4A 3LZJA 1NGBA 3SMPA 4TQ0A 4M3UA 4EP4A 4M42A 1JL2A 4GMJB 3NBPA 4DTOA 1LWCA 3KJVA 4A62A 1NNEA 2VQEK 1TL1A 4FWKA 2A40A 2P9UA 3U3YA 2XY5A 5AQSA 1SKSA 3SK3A 2BXDA 4A5AA 3GL1A 2XVWA 4ISFA 1QQMA 2HB5A 3OBYA 3THYA 3AVNA 5CE3A 4CEDA 1T6CA 1QSSA 4IEIA 1BI4B 1U4BA 3T1YK 1R59O 4CERA 1XQSC 2ETJA 4DTMA 5J1EA 2DBXA 1IJJA 4FVUA 5KQ8A 2QWQA 4BRQA 2WC9A 4C8OA 2P9SB 4B9VA 2CKXA 3P38A 2BXCA 1EWQA 2O8BA 4IKFA 5HRSA 5D7GA 2BXLA 3A5NC 4E0DA 4JI5K 4Q0BA 4ZC6A 4N47A 1VQ9N 3GQXA 4KHWA 4KI4A 4DWIA 4DSLA 1Y64A 2KZZA 4FWLA 4JKGB 4FWQA 2HHWA 3QBWA 1LW2A 1S5JA 3VGLA 4CW7B 3PO4A 2HBLA 2IIRA 1IKYA 4CIEA 4M7YA 2UXBK 3CCVN 1QTMA 3VQ6A 4NYNA 3DLKA 4B8AB 3MWTA 3OYEA 2KBZA 2A1RA 3PV8A 2I7PA 3D2EA 4K8XA 1JXEA 1OH5A 4NXNK 3NVIA 1G99A 2YHAA 3FZKA 4IW2A 5AZJA 4RW7A 2FC0A 5CZ2A 1VQPN 4NYFA 3F5TA 3QEWA 3JYTA 3KLHA 4LF6K 3KLIA 4DV3K 3OJSA 3SQ2A 1V4TA 3A8YA 3ZETB 5E84A 2FBXA 1NG9A 1KRPA 4LFAK 4DV4K 3CHWA 3NE6A 5SZTA 2E2NA 3M5RA 4FLUA 1C0MA 3FGUA 3ULDA 3L8BA 3DXKB 3EL2A 1RDBA 4RG8A 1NJWA 3I8DA 3SLCA 2HBMA 4AM6A 3K9KA 3KK7A 4F5UA 4OGEA 4I2PA 1RCHA 1UWBA 1S1TA 1XMOK 4FLWA 4Z9OA 2K0NA 4BRLA 4DV5K 1TYQA 4CI6A 3HVRA 1BO5O 1RDAA 1BG3A 1U2VB 3SJHA 3C6AA 4DFMA 3P1GA 1IBLK 1C0FA 4GVEA 4LSNA 3NGYA 5BRDA 4OVLA 3JAMO 4E19A 3IFRA 3SV4A 2DY4A 4O8KA 2FBYA 1NGDA 4JS4A 4FM1A 1BISA 1L5UA 5CYMA 4G9ZA 4Q5VA 4CJLA 3RMBA 3E66A 3UKRB 2XO7A 4FJIA 3KVGA 3CCUN 5KI6A 4A59A 4JK4A 2GUIA 4NCAA 4WF9L 3D0PA 3R1XA 1IKWA 4YOWA 3RVCA 5HLFA 4CFBA 4N76A 1X9WA 4H4OA 2OYQA 4JS5A 1DGKN 5KTQA 3CETA 3TTCA 4KRFA 2Z1IA 4KHQA 4FL9A 4CEQA 1KFDA 5M1FA 3FR0A 4LC9B 1FW6A 1GLDG 1QVFM 4I9QA 1XC3A 4OKJA 4MLHA 3F9KA 3EYZA 1MUSA 3C95A 3R9PA 1W2BM 3LU6A 2D5RA 2HF3A 5C10A 2HBJA 3VQ5A 3O3HA 3KZBA 3MHHB 4YORA 3DLHA 4DR4K 2PFUA 3FLCO 4IJNA 4ELUA 4J2BA 1GOCA 2DYOA 3ZX2A 3VENA 2VQFK 4AHSA 4U7BA 2OZMA 2E8AA 4RWTA 4Y1DA 4E1NA 1YIJN 3SQJA 3DLLL 3H45C 3MN6A 1YT3A 1UA1A 2D0BA 1IKVA 4JN4A 1ZC6A 4KTQA 4DV6K 1A5XA 3QFPA 1FOUA 1BQMA 2P5OA 2Z1GA 4KH4A 2BXNA 4IDHA 4F3OA 3VQEA 4CK2A 4GG2A 1BWFO 2E2PA 1RILA 2J4RA 3SBGA 4C8NA 3HPOA 2O8DA 1X9JA 1GLBG 1GLJO 4CD1A 4WFBL 3M3ZA 4FZZA 4FW2A 2O8CA 3NDKA 4GW6A 3VQ7A 3OYCA 2ASOA 2ZM6K 3ID6A 4FWMA 1VQMN 4H0OA 2VDBA 3V08A 4ELVA 3QETA 3AVGA 3ZX0A 4FLXA 5AQHA 4LB2A 4JI8K 1H5WA 1RGIA 1T7PA 4W4UB 1T44A 4GKJK 3EY1A 4AF1A 1S6PA 4BRHA 1TK0A 2HVHA 4Z4HA 2FBTA 4DUZK 3O08A 2B6AA 4BR0A 4CHZA 4MBEC 3U9ZA 1HUXA 4DR3K 1YJWN 3HBTA 4GKKK 3LM2A 4KV8A 4M3ZA 3HSCA 4DTXA 4ZTJA 5BREA 4DUYK 2AJQA 1J5EK 5JS1A 1QHTA 1MIVA 3SAHA 2BANA 3QFUA 3BZKA 1K8AO 1NM1A 3E9OA 1B9FA 4CZIA 3CCRN 2YJFA 1EKEA 2XY6A 1WB9A 2B5JA 1XMQK 4DLGA 3KD5E 1LOTA 4YOUA 1NWKA 4BE0A 2YI1A 1RDDA 4IW1A 4N56A 1LAWA 4CHNA 1IBMK 2ITMA 4B9TA 3K5NA 2V7YA 4J8FA 5HBMA 4LSLA 3K5MA 3NFAA 3VQ4A 4FJHA 3SPZA 3N4QA 5IFOA 1RT7A 4GY2B 2HBKA 2O8FA 2XMOA 5IIXA 3TU5A 4BRAA 1E7EA 3AVKA 2E1ZA 1HK3A 1S9EA 1S72N 4LD0A 4DFPA 3CM5A 3C7NA 3H6EA 4IFYA 4QOZB 2KTQA 1JCFA 4FJXA 4CJSA 5LMUK 4IEEA 3SIVB 5AQGA 1J78A 4H0VB 4CBWA 3O3FA 4N41A 2BUPA 2RHKA 4CZHA 3HTVA 2GTDA 2UU9K 1VQ5N 4JNEA 1S3XA 1NKCA 2P9LA 3PO5A 3KK1A 3G10A 3O5BA 2UUAK 2HNYA 2GEMA 3ZT4A 1TKZA 1E7CA 1J53A 1S1UA 3E01A 3VEZA 1OH7A 1EQYA 2D0AA 1MUHA 3ZEUB 4IWVA 4TSXA 3M99C 1VSFA 3C6HA 2LXSA 2ZJRL 2HNDA 2OTJN 4WE1A 3OTOK 2AP1A 4H8KA 1NJXA 1D9FA 4GDXA 4CFDA 4Z4EA 1UORA 1ILYA 3HI0A 4JRQA 3J7ZO 2KQ2A 4H5NA 5M1QA 4N0FD 1FK9A 1RTHA 4FWOA 3C94A 1TKTA 4KH5A 1ZXOA 3K0SA 3AO4A 1BGXT 2YKNA 3L2WA 3TAEA 2P9UB 1QZ6A 2VG7A 3CMAN 2BXGA 2PAVA 5AZIA 5DK5A 3ZSYA 4GDKB 4M3XA 1MWKA 1XI1A 4IDKA 5FPDA 4KHYA 4LA0A 1WBDA 2Z1JA 3THYB 1WSHA 4M41A 4BRKA 5F1XA 2KFNA 2QEXN 3O9RA 2GWJA 2NRWA 4W5TA 4AHVA 4MO4A 1RNHA 4KTWA 4YOXA 3QEIA 1CZ9A 2WOMA 3U8XA 1BCOA 2DFHA 3MDQA 2GWKA 3ATUA 4FWSA 3SBTA 4OTUA 2O8BB 5AR0A 1BIUA 4XH4A 3QEPA 3RR8A 4G04A 4BGBA 4X65K 5EU7A 3H3OB 5F0XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BY9 C;  3SIV B;  3T7Z A;  1NT2 B;  3NVK A;  3ICX A;  3GQU A;  2OZB B;  3NVM A;  3SIU B;  3PLA A;  3NMU A;  3NVI A;  3GQX A;  5GIO A;  5GIN A;  5GIP A;  2NNW A;  3ID6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7F A;  5HRO A;  1IG8 A;  3SNN A;  3FFI A;  3ZYY X;  1NGE A;  2VCP A;  3W3D A;  4FOE A;  2YX6 A;  4F8R A;  4DS4 A;  3AVH A;  1R0A A;  4JK9 A;  5BPM A;  1MA9 A;  3C0B A;  3SAG A;  3EKU A;  2KKZ A;  3JS6 A;  4BRG A;  2Q2R A;  3J7A P;  3B8A X;  3AVF A;  4WYB A;  4IOA L;  4DTU A;  3WNF A;  3LAM A;  3MEC A;  1KXP D;  1HKG A;  4JEP A;  1JCE A;  4M3R A;  1HPM A;  3RMC A;  5HP1 A;  1QZ5 A;  3M8Q A;  1KQS M;  2XW1 A;  3MXM A;  1CZB A;  3OYB A;  3RSE A;  4QAG A;  3O1B A;  4IG3 A;  1RTJ A;  2FSK A;  4BG9 A;  4CIF A;  3DRP A;  1BUP A;  4PL7 A;  4L8R B;  3UE5 A;  1QQC A;  4CFA A;  1BA0 A;  3CC7 N;  1YAG A;  3E9L A;  1FKO A;  2VGM A;  4YFU A;  4BRI A;  3QBX A;  4CJV A;  1VQN N;  3ZSZ A;  3PY8 A;  1VQ6 N;  3T7Z A;  1BJ5 A;  1I39 A;  4O5B A;  2CGL A;  3WXL A;  1RT6 A;  1T03 A;  1HNI A;  4B1Y B;  3QEV A;  3LAN A;  3I56 N;  5JIC A;  1KDX A;  4PA1 A;  3P39 A;  2FSJ A;  3I0S A;  1ATR A;  3MCP A;  1N6Q A;  1TKD A;  1NGG A;  3ZSQ A;  3M8P A;  2HVI A;  5FRO A;  5I3U A;  1MDU B;  3TAQ A;  3HVT A;  1MIW A;  4FJK A; 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