5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
3GQXA 3NMUA 2OZBB 5GIOA 5GIPA 3GQUA 5GINA 3ID6A 3ICXA 3NVMA 4BY9C 1NT2B 3SIVB 2NNWA 3NVIA 3T7ZA 3PLAA 3SIUB 3NVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFBK 2BXAA 3ZSVA 3VN5A 4NXMK 1DTTA 3P83D 4GDLB 4CJ7A 1X9WA 4OLBA 1AO6A 1IKWA 4BRLA 5M1KA 3QIPA 2F8SA 1NJZA 3ID8A 3FNMA 4B1UB 2NNWA 2YJFA 4CGIA 1VSHA 3AA2A 3P31A 3LU6A 5FUOA 2GTDA 2BE2A 1LWFA 2QWQA 3LPUA 3D0PA 4E0DA 5AJ3K 3SPYA 1TUYA 4F2RA 3UIVA 1P8ZA 1NKCA 1X9SA 3R8EA 1FJGK 1VQ8N 3B9MA 3M6GA 4Z4FA 3K5NA 4PL7A 1T05A 4DQIA 4OLAA 2QMCA 4DSIA 3TSQA 3OJUA 4KTZA 1GLJO 3ULDA 4J2DA 3D2EA 2JWLA 1TV6A 1QQOA 5A2QO 3E9OA 2W6KA 1KW2A 5FRNA 4BC3A 1LOTB 1RT1A 3MXMA 1NJIO 4ELVA 2QK9A 3TI0A 3KJVA 2KFNA 3K2PA 3CCSN 3F9MA 2JUHA 1XC3A 1JL1A 2NRRA 4FJGA 1ZBHA 4DCHA 1SL1A 3QEXA 5HOZA 2BXBA 2O8CB 4Q0BA 4F5TA 3OS2A 4KBOA 4KH6A 3VGMA 4YOWA 1TK5A 3MDQA 2O4GA 3OYHA 4M63C 1BU6O 2IAJA 4NYFA 1E7FA 3F9KA 4OX9K 2O4IA 3DJCA 1L5UA 1ASWA 5HLFA 1HK2A 4B9TA 1C1CA 3SNNA 4JV5K 2OA8A 4NO7A 3JQZA 3PLAA 3M8QA 1LWEA 2XW0A 1S9GA 2DYMA 4CGJA 3LANA 3SV3A 4FK0A 2OCEA 3CCJN 3O3GA 3AV9A 1H1VA 4JI0K 3J7YP 3LDPA 4BC4A 4CEBA 3G6EN 1C1BA 2W42A 4JNEA 4Z0UA 2G8WA 4WA6B 2UXDK 3K59A 2LSNA 3P1GA 1C6VA 2OZMA 4WCEL 4Z4EA 2PFUA 2B6AA 2AP1A 4BRCA 2KWFA 2QI2A 3W3DA 3AVCA 1J5EK 1N34K 2E1ZA 1SKRA 5ID7A 1M1KO 3DXMA 4ELUA 5GHKA 4Y1DA 5JVGL 1NGBA 3VQAA 4AHCA 1QQMA 3FZFA 4BE2A 3LP2A 1VQ4N 4K8ZA 4AF1A 4ISGA 3J80O 3VETA 3LPTA 5BRDA 2Z8IA 3V4IA 1YTAA 3B6PA 4IG3A 5CE3A 4FPAA 4CF9A 4BE1A 4ID5A 2RF2A 1J6ZA 1CXQA 2D0OA 3CJBA 4DV7K 3SUQA 3RWUA 1G15A 1T7PA 1IJJA 4C23A 2P9IB 1MA9B 1OH8A 4DTXA 3AVGA 1T44A 3FLCO 3VQ8A 1VQNN 5LY3A 3HTVA 3F5TA 4YORA 4ZUXV 4OJRA 3PO4A 4MDAA 1SL2A 1LWCA 4LH4A 4JI2K 4C8OA 1UA0A 3Q7CA 3H08A 3CCUN 1O1WA 2KFZA 3CF5L 4MBEC 3DLRA 3PY8A 2IDOA 3OBYA 1FKOA 4I9OA 4DV4K 1HK5A 3FFKB 4KB1A 3AAPA 4BWJA 3QIOA 2P9UB 5ADXA 3SMPA 3AGRA 1ASVA 3L3UA 4DKWA 4O8UA 5BPMA 4B1ZA 3KLFA 5AQXA 3LZJA 3SBTA 4HWIA 1S1WA 2NZTA 4BY9C 4RW8A 4BREA 1K8AO 3QMLA 1K6YA 1NG9A 4BRKA 3ZT4A 3VGLA 4C1NI 2R7YA 4FCYA 1RTJA 4FLUA 3U9ZA 4J2BA 1JXEA 3VQ7A 3VF2A 3SQ1A 1R0AA 2CGKA 1IH7A 3ATUA 3V08A 2BDPA 1CZAN 4PO0A 2ITGA 5C15A 4DTJA 4DG1A 5C25A 3H3NO 1E7GA 4FJXA 4LA0A 4FWRA 4BRQA 1FOUA 1XWLA 4JI3K 5E84A 3THYB 1TYQA 3MWTA 4IDHA 2P9NB 2Q3SA 2A41A 5I9EB 2X6SA 2ZJPL 3SIUB 5JS1A 3PIPL 3AO3A 4Z4IA 5BN9A 3MN6A 4A59A 2ZJRL 1BO5O 4AILC 2JLEA 1C1AA 2VCPA 3K9KA 1IG9A 2IS3A 2OPRA 2F9TA 1JL2A 3MEGA 3ZT1A 3HSCA 3S3NA 1VQON 1HRHA 3EO3A 4ZTFA 3IUCA 4YDUC 4E19A 1OH5A 4XH5A 3HYFA 3MHSB 3LU7A 2DG5A 1HNZK 2UUCK 3D45A 4QS8A 3KKRA 3EZ5A 2VUFA 2YHYA 1B9FA 2HB5A 3WEEA 3J7AP 1KCFA 1ASUA 2A1RA 4O5FA 3ZT2A 2HW3A 4PQUA 1WUAA 1LAVA 2WUSA 3OW2M 1BCMA 1HX1A 1KVCA 3TTCA 4HUEA 2O8FA 2WFBA 1BM0A 3THWB 2AGHB 2ZWHA 3GG4A 2J4RA 3VGKA 2BXEA 3BF1A 2O8EB 3T3FA 4KTWA 3MAQA 4HVJA 1VSFA 3E01A 4FIPB 5KQDA 4JS4A 2UUAK 1CXUA 3CX9A 3N4QA 4GVMA 1QVFM 5HBMA 1LW0A 1MU2A 1N8RO 4FJNA 4K42A 3CIPA 4GV3A 1E4FT 1MWMA 3ID6A 1VSKA 3EY1A 3SV4A 5BR8K 1HNWK 3I8DA 3SJJA 5HRRA 3TAFA 4IFEA 2BTFA 1GNJA 4CZJA 4DLEA 4CZIA 3A75A 4N3ZA 1RNHA 2RE2A 5HOOA 3W1SA 1S1VA 2E88A 3L2RA 1VQ6N 3C7NB 2G8HA 4JKBA 4DFPA 2Z1IA 4HTLA 4JI7K 4QAGA 1BI4A 2YNIA 4CZKA 4I9QA 2G8KA 4CGFA 1DGKN 4M3YA 4O5BA 4H03B 4BRMA 4H4MA 4N56A 1IBLK 5I3UA 3DM2A 4WYBA 1A5VA 3O9QA 1NGEA 5H1SQ 4H5TA 3CJAA 3WXKA 3UKUA 1YJWN 3MWPA 4J2EA 1Z26A 3M1FA 4IEIA 1WNSA 4IJNA 2E2PA 2D1KA 4A2AA 4H5NA 3HOSA 4G03A 1KLNA 1EWRA 1V4SA 2PBDA 3G10A 1RT4A 3H1VX 3VA3A 2HNDA 4XH4A 3ZEUB 1HQEA 1VQKN 3NVMA 5DM7L 3B9LA 4JI5K 4F5SA 3CYMA 4CJRA 3KWIA 3O6WA 3HO1A 2OYQA 4FJCB 2OPSA 3KZBA 1RBVA 3J8AA 4B1YB 1VQ9N 4K25A 3IMXA 4DV3K 3R1XA 1KAXA 3IG1A 5HL7L 3VQ5A 3WNEA 3MHHB 5FPDA 4YOVA 3SAFA 3A73A 4DR4K 1NK0A 4LUHA 3NH1A 4FSVA 4CJ3A 4I2QA 2I30A 1HQUA 4DR6K 4ISFA 1NK4A 4MLEA 5AQUA 3FZKA 4OPKA 1UAXA 3QETA 1JLBA 1OKJA 4KH5A 3DLKA 4DMNA 1X9MA 3M8PA 1S5JA 4GY2B 3LU8A 5F1XA 1C0TA 1U6ZA 1Z05A 3KD1E 4B08A 4CK2A 3AVBA 1RGIA 3CJ1A 3KHYA 5IIUA 3TPQA 3OYNA 3ICXA 2LXTA 5B8HA 1YJ9N 3CCLN 3KLEA 3WT0A 3CC2N 2QWRA 3RMAA 1U49A 1D5AA 3CCRN 3V9ZA 2P9PA 3GBTA 3WXMB 4JKGB 4M3RA 3VPZA 5D7GA 1OVYA 3OYAA 1Q9XA 3OA9A 2IVNA 2A42A 1U2VB 3HBTA 3CJ7A 4FJ5A 2PYLA 4BRNA 1VQMN 2E2QA 4JHDA 2UXBK 4BRPA 2BXMA 3H3AA 1SAZA 1A5WA 1T6CA 1NWKA 4H5RA 1VFIA 2D0BA 5GINA 2FSJA 3NGYA 5EU7A 4IW1A 2IIRA 2D0PA 4BDYA 3THXA 5AQHA 5B5TA 1ZC6A 4KV8A 4O0IA 2F4VK 1M90O 4O8KA 2IVPA 1KFDA 4FXDA 4CFBA 4AQYK 4Z9OA 4NCBA 3A5NC 4AM6A 3ZSYA 4W5NA 1HJRA 3ZX2A 3UB5A 4O44A 4M41A 2YNFA 5CHIA 4PWDA 1KXPA 4BR4A 2NRWA 4CZHA 2EHGA 5CZ1A 2VGMA 3EL2A 2YHAA 3H6EA 1BL3A 2OANA 3CJ9A 4ISEA 4OKKA 1LOTA 1G99A 3C6TA 3A0IX 3TAGA 5JLHA 3ZSQA 3TSPA 1XNQK 4X62K 1BISA 1T3VA 3MN7A 3AO2A 4BVPA 4DU3A 3DXKA 3V09A 1VSIA 2WONA 3KJLA 4PL8A 3QB0A 2O8CA 2OPQA 3NF9A 4EIAA 4U67L 4DM0A 1VQ5N 4BROA 3QLHA 4DS5A 3U3YA 1X9JA 5EOYA 1JNBA 1SQKA 4BG9A 2HHHK 4CD1A 2W40A 4OTUA 3GOIA 1YHQN 2QXLA 2XVQA 3OYFA 2WOMA 3CCEN 4J2VA 5AZJB 3LP3A 3RRGA 3M99C 3KK2A 4CECA 4K8XA 1N36K 1XMOK 4L8UA 3CPWM 1IKVA 1WBDA 2DBUA 4KHQA 4E99A 3I0RA 3TU5A 3M8SA 3VF4A 3HPHA 3SI6A 4C31B 3EKSA 4CHOA 2ZE2A 4EAHD 2EFEA 1JCFA 1NBWA 4YNQA 1YT3A 3V03A 3MCAB 4DS4A 2A6AA 2P9LB 4NLCA 3LL3A 1V4TA 2RKIA 3THVA 2O8DA 3OJSA 4DSFA 3IFRA 5MLCQ 3DRSA 3MK6A 3VEXA 1S22A 2YKMA 3QNOA 2BXNA 1E78A 1L3UA 3TSUA 2CGLA 2RN2A 1GLBG 4EP5A 1RBRA 4WQ5C 3HJFA 3AVAA 2HHTA 2ETJA 3KTQA 1YF5L 4GDXA 3HM8A 2UUBK 5AQIA 3TTDA 1ZXOA 2QWPA 2UXCK 4XIUA 4IG0A 4M3WA 1MA9A 3CQXA 3MX2A 2LOQA 3PSFA 1RFQA 5M1NA 1YTUA 4NLBA 2FBXA 2Z1JA 4C8KA 2HHUA 2DFFA 2GX9A 4ZHRA 3GDQA 1E7BA 1NGFA 5KQ8A 4FL9A 2HNZA 2I5JA 4JLHA 4DR2K 4IOAL 4CK1A 4PKGA 5LJVA 4LSNA 4EMXA 4N76A 4EP4A 3P4IA 3MN9A 5CZ2A 4DV2K 4FW1A 4FJLA 1KAYA 2ZM6K 4IEEA 1BIZA 4OKEA 4PKHA 4BVOA 3JAMO 3KK3A 5IJ5A 1OH7A 3TDLA 3UKRA 1DKGD 4DTUA 2ZGZA 5FLXO 2JWKA 4BDZA 4FWOA 2PZSA 5CR4A 1BKEA 1MUSA 1TKTA 2LQHA 3EYZA 3LDQA 1ATRA 3DLEA 4PUOA 4FLXA 4FLZA 1RBUA 4Z94A 4FJMA 4FZYA 3CMAN 3LZIA 2NRTA 2BXLA 4W5QA 2P9SB 2IOCA 4F9OA 3ECPA 1RCHA 1GNIA 2UYTA 1Q82O 4I7FA 1IO2A 3T1AA 1NGCA 4HUFA 3HM9A 1VSDA 2I7NA 3THYA 4CIEA 3CG7A 2VWBA 4WFNL 2VDBA 4PKIA 2P9NA 3KD5E 3TR8A 3SQ4A 1FK9A 3C65A 3MXJA 4G1QA 2GUIA 3CHWA 3QERA 4J8FA 2E5LK 5C0YA 1VAZA 4JI4K 4FK5B 2FBTA 3PX0A 3DOLA 3RSEB 4L9QA 1JCGA 4AHVA 1MIWA 1VZSA 3LP1A 1N5YA 4FPBA 3AVKA 3NHGA 3NGZA 4ILJA 3OS1A 1TKXA 3AA4A 3KKSA 3VERA 2DFEA 1XHZA 2ZF5O 3QFPA 3NF7A 3F2KA 3SQ2A 4JI8K 4KPYA 2PY5A 3E9LA 4JS5A 1BJ5A 3UE5A 3TABA 1IKYA 3EN9A 4YFUA 2GEMA 3RMBA 1BQNA 1NGAA 3PV8A 3CC7N 4LSLA 2BANA 1SB0A 4Z69A 2P9KA 3K9JA 3OYJA 4IKFA 4KHWA 2H3GX 5C12A 4DHYA 1SKWA 3A2FA 5F2RA 1T6DA 3U4LA 1ZBSA 3L4IA 4E7IA 1QZ6A 5BPKA 4YOUA 3C94A 3ULEB 4CF0A 4K43A 1D9DA 3S41A 3LWLA 3H3OB 3AVLA 4BKEA 3FR0A 4PA1A 3CJCA 4CEDA 5LMUK 2DYOA 4LF9K 3S3MA 4M7XA 4IO8A 4WQ4C 3IAYA 1HYVA 4E3SA 3C7NA 4CHNA 2ASPA 5CY4A 5KPRA 3O1WA 1C0GA 5J2MA 3O80A 2OTJN 4DV6K 5JVHL 4JK9A 1QZ5A 4YOTA 1SKSA 3OYBA 4LF7K 2NRXA 3LDNA 3PSIA 4Z4HA 1JJ2M 1E7CA 3ZETB 2BXQA 4IWVA 1TGOA 3VF6A 3SQJA 4UY8O 3JSMA 1U04A 2V51B 2E6LA 5JS2A 4GKKK 1DT9A 3CCQN 1HYZA 2D0AA 4RG8A 4CF2A 3CQ8A 1QVGM 1WSGA 2E4LA 1GLAG 3HSTB 4N0UD 3OYCA 3V1RA 4JI6K 1WSIA 2E6MA 2XY5A 1VQLN 4H0XB 4AHSA 5AFUA 5AQKA 3B6OA 4AM7A 1UWBA 3QICA 1NK5A 4JD2A 5AQQA 3P39A 4M3UA 3CQYA 2GWKA 3D2EB 2KHOA 1O9XA 3QBXA 1TL1A 4CGGA 4CERA 2QWLA 2EWSA 1RTIA 2BGGA 5KPTA 3K57A 2QA4N 3SK3A 1JKHA 1GLFO 1XC9A 1Q81O 2XO7A 3BY5A 1QTMA 1MIYA 2VG6A 5SZTA 1TKZA 5HROA 4B3TK 3ASMA 3NH0A 4IZ9A 1K8KA 3O9TA 2DFHA 1UA1A 4FWPA 1TK0A 2G8FA 4OTTA 2HBKA 4DTPA 1NGDA 4H4OA 3L3VA 4FM1A 1ILYA 3HVTA 1BHLA 5FPNA 3T7ZA 4OKJA 1W0HA 1NK8A 4BDPA 4O55A 1HK4A 4FLYA 3LP0A 4MQ3A 3U8XA 4ZBQA 1VHXA 4C8MA 1KDXA 3VQ6A 3HI0A 1NJXA 1T03A 1HKCA 4H0OA 4Q5VA 4L3QA 2DBXA 1HA2A 4JKGA 3HP6A 4CZGA 3NH2A 4CCHA 4TQ1A 2ZD1A 2IC3A 1KAZA 5E41A 1VSLA 4FWMA 1NGHA 5AQGA 4ZBRA 1KTQA 3SPZA 3SMSA 3V9SA 4C1NK 1D8YA 2V7ZA 1HKBA 3FFIA 4QCLA 2BXDA 2Q1NA 4K0KK 1RDUA 1GOCA 4I6MA 1YJNN 5GIPA 2F96A 3DXMB 2OT3A 4E1NA 3HT3A 4M42A 4E7KA 1YIJN 4F3OA 3WHRA 4B1VA 3OVNA 3RTVA 2XHBA 4BR9A 1E7EA 4W5OA 4DF4A 1RT3A 2CKXA 2B4JA 3VEWA 4CF8A 4DU4A 3MEDA 4CJSA 3CM6A 3QNNA 1U47A 4CFAA 1NNEA 1HK1A 1NK6A 4BG8A 3O5BA 5FPMA 3WUHA 4FLWA 1E4GT 2KKZA 3HVRA 4CZEA 2I2ZA 5AQJA 4Y0WA 4CBXA 2VYPA 3VMFB 1YVNA 1Q86O 5GAHP 4AHUA 2WC9A 3L2VA 2E20A 4H5VA 3WXJA 2I7PA 1Z6RA 5IJEA 2YDFA 2QW9A 3LM2A 4CJFA 3WQTA 3QBWA 2VWKA 4F2SA 1FXXA 4FJ7A 1XUPO 3VQIA 1Q9YA 5HRPA 3H37A 3KIKA 4H8KA 4GW6A 3OYIA 1TAUA 4KTQA 1NM1A 2Q2RA 2AJQA 2NRHA 2XSIA 1J54A 3CXCM 1S1TA 1J7EA 3K5OA 1J5OA 1HUXA 1WOQA 3ITHA 1REVA 1VSMA 4FZXC 4KFBA 4NYNA 3DWLA 2QWOA 4B9LA 3ZSOA 1QHAA 3OYEA 2Q97A 2A5XA 1Q7YO 2EFHA 1BGXT 1RDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQX A;  3NMU A;  2OZB B;  5GIO A;  5GIP A;  3GQU A;  5GIN A;  3ID6 A;  3ICX A;  3NVM A;  4BY9 C;  1NT2 B;  3SIV B;  2NNW A;  3NVI A;  3T7Z A;  3PLA A;  3SIU B;  3NVK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LFB K;  2BXA A;  3ZSV A;  3VN5 A;  4NXM K;  1DTT A;  3P83 D;  4GDL B;  4CJ7 A;  1X9W A;  4OLB A;  1AO6 A;  1IKW A;  4BRL A;  5M1K A;  3QIP A;  2F8S A;  1NJZ A;  3ID8 A;  3FNM A;  4B1U B;  2NNW A;  2YJF A;  4CGI A;  1VSH A;  3AA2 A;  3P31 A;  3LU6 A;  5FUO A;  2GTD A;  2BE2 A;  1LWF A;  2QWQ A;  3LPU A;  3D0P A;  4E0D A;  5AJ3 K;  3SPY A;  1TUY A;  4F2R A;  3UIV A;  1P8Z A;  1NKC A;  1X9S A;  3R8E A;  1FJG K;  1VQ8 N;  3B9M A;  3M6G A;  4Z4F A;  3K5N A;  4PL7 A;  1T05 A;  4DQI A;  4OLA A;  2QMC A;  4DSI A;  3TSQ A;  3OJU A;  4KTZ A;  1GLJ O;  3ULD A;  4J2D A;  3D2E A;  2JWL A;  1TV6 A;  1QQO A;  5A2Q O;  3E9O A;  2W6K A;  1KW2 A;  5FRN A;  4BC3 A;  1LOT B;  1RT1 A;  3MXM A;  1NJI O;  4ELV A;  2QK9 A;  3TI0 A;  3KJV A;  2KFN A;  3K2P A;  3CCS N;  3F9M A;  2JUH A;  1XC3 A;  1JL1 A;  2NRR A;  4FJG A;  1ZBH A;  4DCH A;  1SL1 A;  3QEX A;  5HOZ A;  2BXB A;  2O8C B;  4Q0B A;  4F5T A;  3OS2 A;  4KBO A;  4KH6 A;  3VGM A;  4YOW A;  1TK5 A;  3MDQ A;  2O4G A;  3OYH A;  4M63 C;  1BU6 O;  2IAJ A;  4NYF A; 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