5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
5GINA 3SIUB 3SIVB 1NT2B 3ID6A 3ICXA 3NVKA 5GIPA 5GIOA 3NMUA 3T7ZA 4BY9C 3NVMA 3GQXA 2OZBB 2NNWA 3PLAA 3NVIA 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAJA 2HF4A 3VOVA 1JLGA 3PIPL 3K0SA 3E01A 2KW4A 1Q82O 4CJ7A 3IMXA 4JKGB 4MLEA 4QS8A 4EZ9A 1VFIA 3ITHA 5TKYA 3H3AA 3OYEA 4WE1A 4HCBA 3OYNA 1C6VA 5ELZA 4E7IA 4ZTFA 4RCHA 1QHTA 3WEEB 1TXUA 5AQNA 1IJGA 4CCHA 3PX4A 3J7ZO 5DM7L 4NYNA 4GDXA 4DU3A 2E8AA 3OYAA 1TAQA 3GG4A 4XH5A 2DPNA 4CIFA 4YOYA 4M45A 1VQLN 4K8XA 2FSJA 1T05A 5E26A 3KLGA 1BGXT 2IDOA 4DR7K 3FGUA 2ZJPL 4MFBA 4DG1A 3ZCMA 1K6YA 2VG6A 4GY2B 3SQ0A 1OH8A 4JYAK 1UA0A 3C94A 4CHPA 2P9IB 4DTXA 4RTFD 4L9QA 3NDKA 5C2FA 4JHDA 1RDWX 4E99A 4TQ1A 1L5UA 1TYQB 4H5RA 3M8RA 1ASVA 2KTQA 5AQGA 2WFBA 3TARA 1O13A 5AQTA 3OS1A 4IFEA 1KQSM 2KWFA 1RTHA 3SMSA 3HP6A 2O8CB 4CK1A 3FNMA 4CJPA 2XY5A 3RTVA 3WXJA 4BRDA 3L2RA 5JLHA 1TKXA 2QA4N 1EWQA 3M99C 3BGRA 1A5VA 1GLCG 2IIRA 4B9UA 3SZ2A 4ZCGA 3N4QA 1KDXA 1KVAA 2KZMA 1HQEA 3M1FA 1W2BM 3O9TA 3LU6A 3EL2A 5KQ8A 1XMOK 3IAYA 3TANA 1SS6A 3PY8A 4IFVA 4DFMA 5J1EA 4E7JA 4FLZA 3ASMA 4LF4K 3UKRB 4D7XA 4NO7A 1DLOA 2QI2A 1MA9B 5M1FA 4EMXA 1KSPA 1ZBSA 2PYLA 2YHBA 5M1NA 4U7BA 3WUHA 1NJYA 4IW1A 5BREA 4DSFA 1S1WA 2P9NA 1GOAA 4YNQA 1Q9YA 3T19A 4U67L 3ZT2A 3BF1A 1V4SA 3QIOA 4BVOA 4PKIA 2AA4A 2FBYA 4W5NA 4FK5B 5T7BA 3CC2N 1GLEG 5HRRA 3LDLA 3CJCA 3RRHA 1YI2N 5M1PA 2Z1JA 2HHWA 4DTRA 2OTLN 4CERA 2FBVA 2QEXN 1JL2A 2VUFA 1SUQA 2AP1A 1AO6A 3A5NC 4CJUA 2P9LB 5TKWA 4X65K 4IEEA 3HYFA 4YDUA 1BL3A 2OPRA 1ZC6A 4OGEA 3SJHA 2P9PA 3VENA 3WT0A 3VEVA 4PL8A 4CF8A 5C24A 1EX4A 4FWOA 1TK8A 2GV9A 1VSMA 3ATUA 3EEQA 5BPLA 1RDAA 1VHXA 1P8ZA 1E7HA 2VWBA 1JCEA 3NGYA 4CZGA 2O8BA 4DQRA 3OW2M 1LAWA 3VEZA 4DU1A 2XVQA 1J9AA 4IEIA 3ZLJA 3P31A 5AQUA 2VGNA 2QKKA 1OH6A 2W6LA 4AHTA 2UXCK 4O44A 3CJ9A 4IFYA 1NGEA 1VSLA 3SMPA 3AVMA 2BXKA 3QICA 4CECA 4CD3A 4H4MA 4B3OA 2RE2A 4HWIA 4GDKB 2CH6A 1RBUA 2A42A 5JVHL 5DBYA 4C8OA 1U2VA 3DXMA 3DLEA 4IO8A 2YI1A 3LP0A 1BCOA 2JGUA 4DR3K 5GAGP 1WAFA 4KV8A 3CHWA 4DV5K 3CCQN 4FJ7A 4DFJA 4HVJA 1YITN 2QMCA 5AQQA 4DQQA 4DV2K 4AQYK 2YHAA 4OTUA 3QEXA 5HOZA 2XHBA 3W0LA 4NXNK 5JVGL 1N8RO 5MLCQ 4FJKA 4Z69A 2OPSA 3ID8A 1BUPA 4Z4CA 1C0UA 2QXLA 4ICLA 3UKUB 4AH9A 2ZJQL 1NMNA 2D0CA 1J5OA 2YKMA 4CJTA 3AVCA 3LM9A 2Q31A 1TAUA 3C7NA 3ZT4A 2KBZA 1YUWA 4KFBA 4AHRA 4OGCA 3QB0A 4HGKA 3CC7N 3DAWA 4IBNA 3MCPA 3WXMB 2GWJA 3PV8A 3MWTA 3BP8A 5IJ5A 2ZQBA 1KTQA 1XI1A 4KPYA 4FOEA 3B9MA 3PSIA 3J7YP 2BDPA 4FK0A 4I9LA 1ZBLA 4KI6A 2EHGA 5JS2A 2DYOA 3CCUN 3KIKA 4R79A 3THYA 4M3XA 1HX1A 3JQZA 3E9LA 4IZ9A 3THXA 3D2EB 4EP5A 2XVWA 5FLXO 4MDBA 4KH6A 1WB9A 4KHNA 3PUFA 3L2VA 1J78A 4CEDA 3PSFA 1Q9XA 4JI7K 2GX9A 4KHYA 4K0KK 3MN6A 3ULEA 3SI6A 1K8KB 3A5OC 3EN9A 1BO5O 2QWMA 2XSIA 3GL1A 1FJGK 3U9DA 1KLNA 2DFFA 1VQ7N 4F8RA 2P9UB 2V51B 3A5MC 3FFIA 3L2QA 5AQIA 2YJFA 3A5LC 4WFNL 1XNQK 4A62A 4DR1K 2BE2A 2HBJA 2FF3B 4IWVA 5C10A 1D8YA 1L3SA 1RTIA 3HXMA 2HF3A 1U04A 4IOXA 2IOCA 4NLBA 1ESVA 2O8EB 1WN7A 4ELVA 5K14A 2X6NA 3KVGA 3LZIA 4FVMA 2D5RA 1GLLO 3HL8A 3O9RA 4H0YB 4GKKK 3SCXA 3ZSZA 1BU6O 2Q1NA 3LP1A 1KFSA 2PY5A 3OS2A 4CF2A 2Y1JA 1GLAG 4LF5K 1BOTO 3NHGA 4JI1K 1S1XA 4E1NA 1T7PA 1EP4A 3NH0A 3B9LA 1RT6A 4FYDA 3HT3A 4JHDB 2E1YA 4Z0UA 3LDSA 4B1UB 5ID9A 3SUNA 4C8MA 3NAEA 4GV3A 3GDQA 1C1AA 1TL1A 1WNSA 1MIWA 3F9KA 2VGMA 3LPUA 1QSSA 3AVFA 3KK1A 2QWRA 4YDUC 4QS9A 4G03A 3NH2A 2IVOA 3HSTB 4CZEA 2H3GX 2NRHA 3LAMA 3KHYA 4BACA 1X3MA 4B3MK 4CZFA 1NU0A 3VQ7A 1LCUA 1T03A 3IFRA 3MEEA 1QTMA 1GLBG 3L3UA 4L8UA 4IXCA 2P5OA 4DR2K 4BGAA 3GOIA 4AM6A 3JXUA 1HNWK 3LDPA 4A2BA 2BXCA 1U47A 1ATRA 1Q18A 3GQUA 3JSMA 1NGGA 3HOTA 4B1VA 3FZFA 3S3MA 4M3RA 4CJFA 2QKBA 3QEWA 3WXKA 1K8AO 3OS0A 1C0TA 2F8SA 2V7ZA 3DLBA 3EO3A 1N5UA 5J2MA 2VCPA 4IOAL 3VGLA 3JS6A 3U9ZA 2E6MA 3SPZA 2NRZA 5HRNA 1UAXA 4OTTA 4KKOA 3FFKB 5EU7A 4I6MA 4JI6K 4JLHA 5D7GA 1C0MA 4OPJA 2ASMA 4JKBA 4N0FD 1LWFA 5AQVA 4DF4A 3P1GA 3KWIA 5DQFA 4E0DA 2Q0RA 4M3YA 3VETA 1K73O 1L3TA 2NUBA 1ILYA 3ZX2A 1DGKN 4DQ8A 2FC0A 5ID7A 1SZ2A 5EVZA 3CCMN 1BM0A 4DU4A 4G01A 4CVNE 3HTVA 1WSGA 2WONA 4CF1A 2JWKA 4CJSA 1RTDA 1MUSA 3LDQA 3SPYA 1VSJA 4ISGA 3TDLA 4KBOA 3LANA 4DKWA 4N41A 1NGBA 5GINA 4FJGA 4JKDA 4IJAA 3CETA 1VRTA 3NFAA 3AVKA 3D7EO 2XVUA 1WSFA 1HRHA 2I2ZA 2QHBA 3T7ZA 1F21A 2BXLA 2P9PB 2A5XA 4BR2A 5BPKA 3OYKA 3DRPA 5JMVA 3CMEN 2QXFA 3ECPA 1EWRA 2LSNA 4KHPK 3CJBA 5LJVA 4AHUA 3WNFA 4B3TK 3L4QA 3HP9A 3HSCA 1HKCA 1X9JA 3NF8A 3AO4A 2BXGA 4CZKA 3OJUA 3PO4A 2F7TA 3LP3A 2VUEA 3QNOA 1S9EA 3L2WA 4BRLA 4LB9A 3VQPA 1YXQA 4FVUA 4C8KA 3HVTA 4X66K 2CGJA 4OKJA 1VSKA 4E3SA 1ZBHA 1RT5A 1HYSA 3HO1A 5AQSA 3J81O 1IBMK 4ZHRA 3VA3A 3HOSA 2FLOA 3O9SA 5CR4A 4EP4A 4CIEA 4BRPA 4B08A 2HNZA 4LSLA 4B8CA 4NAWB 1GLJO 4PL7A 3AA2A 1MU2A 3NE6A 3S3NA 1LAVA 3OBYA 1RFQA 3TWHA 4OR0A 3L3VA 1TF0A 3DXMB 4CFBA 1SL2A 2P9KB 3BEXA 3ZSWA 4YY3K 4W5TA 3NGIA 2W40A 1UWBA 4DLGA 3VQDA 3EZWA 3T3FA 3SQJA 1MUHA 3HM8A 4HGMB 4YHHK 1YTUA 4N3ZA 3CG7A 3RMCA 4WQ4A 2NRVA 1L3VA 4Z4HA 3V9UA 3CXCM 4BRCA 1CLQA 3AARA 1HNZK 3NGZA 2A40A 4FWRA 3VGMA 3VEWA 3RRGA 3G25A 1QVGM 1XNRK 4CFCA 2WOMA 1E4FT 2O8DB 1NBWA 3B8AX 3D2FA 5GHKA 1G15A 1JL1A 3LU7A 2P51A 1HLUA 1BI4A 3WXLA 3TABA 1U45A 5AQYA 3THWB 4BWJA 2UXBK 1WSHA 2XMOA 2ATQA 1VSIA 1JLCA 5IIHA 4XH4A 4M70B 3ZSXA 4DHYA 4ZBRA 1HNXK 2DY4A 3ZEUB 1JJ2M 2HHSA 2FF6A 2WTUA 2IGIA 4BKEA 2Q97A 3ZX3A 4AF1A 4EFHA 3OVNA 4ID5A 4H5VA 3D45A 3E66A 4DSJA 3MMVA 3QEVA 4JI4K 1UOCA 2KHOA 3T1HK 2XW1A 4CJKA 3EKUA 2E2OA 1A5XA 3VQQA 3A2FA 3SV4A 1LNSA 2KFZA 4WQ5A 1JLAA 3ULEB 3RSEB 1U6ZA 2OT3A 5DK5A 4FCYA 4J2VA 4BC5A 3ZSQA 4I9QA 5A2QO 1C1BA 2Z1IA 4FWLA 3G9KD 4CZIA 4RG8A 4F5UA 3J8AA 1BA0A 1JXBA 3TI0A 2OA8A 2LXSA 3HPOA 4PY5A 5CZ2A 4FZYA 4UQGA 4Q5VA 4BRHA 3MX5A 1CZ9A 3K5LA 1NJZA 4A5BA 5CZ1A 4BY9C 3E9OA 3MHSB 4XIUA 4M3WA 4FW2A 1NGAA 3LWLA 3P5JA 2HMPA 3WXIA 2O8FB 3NVIA 2E1ZA 2G8VA 3M8SA 4JKEA 2CKXA 5AQPA 4CGIA 3AO1A 1NJWA 4NCGA 1MIVA 3B6PA 3KIOA 2F4VK 5FPNA 2BXMA 3TAFA 5GIOA 4IDKA 5IFOA 3UB5A 4DTMA 2I7NA 4FJIA 1W0HA 4CF0A 2GUPA 1H5WA 5AZJB 4AHVA 4HUGA 3QINA 2HNYA 2D0AA 2HHHK 3OY9A 4ZUXV 2DYMA 2Z1GA 1IH7A 3ZETB 3ZT1A 4PWDA 1NKCA 3VQ5A 4HHTA 1IKVA 4OPHA 3WQUA 4C23A 4H0OA 3IUCA 1GNJA 1WSIA 2D1KA 3KK3A 4DTSA 4JNEA 1RDDA 3FZKA 5FRMA 2A1RA 2G8KA 2RKIA 3UIVA 3DLGA 2HBLA 1C0GA 1YVUA 3CJAA 4BDYA 3MCAB 4JRQA 1NJXA 3J80O 3JYTA 3RMDA 1FK9A 4R5PA 4DV1K 4M3TA 4JEPA 3ENHA 4WFAL 1B92A 1Q81O 4J2EA 3AA5X 2D0BA 3CCVN 1YAGA 3TPQA 1VSDA 3O4WA 3CF5L 3H08A 3CCRN 5I9EB 2F9TA 4O5FA 3NBPA 1CZAN 2Z8IA 1HPMA 2YHYA 3FZMA 1KFDA 3LAKA 3I55N 2VWKA 5BRHA 4FJJA 1OVQA 2R7YA 1QQNA 1N34K 4CZLA 3CM5A 1E7GA 1IKXA 2GEMA 3V08A 3F73A 4MO5A 2F96A 1FOUA 5FUOA 4BREA 4BR0A 3QNNA 4J2DA 4FZZA 3TTDA 3VTIA 2UUBK 4FPAA 5AQMA 2YNIA 4CESA 3V81A 2D4WA 1YF5L 1MDUB 1RNHA 3CYMA 4WQ4C 5BN9A 2OPQA 3H3OB 3V6DA 1TV6A 4GMJB 4LY7A 3JAMO 2HHTA 4HTLA 2QWQA 3IG1A 4H5NA 2BANA 3R3LA 1VQKN 4OX9K 3FZLA 1NK7A 3FWCC 1BQNA 4KHQA 4B1WB 4ID1A 1JCFA 3VQ4A 3C6UA 4X64K 1N32K 4CW7B 1DT9A 2KLAA 4IKFA 2J4RA 4FJ8A 1DEJA 4H8KA 4BG9A 4BG8A 4HUEA 2HNDA 4CI6A 1ASWA 5C25A 3CCEN 4M41A 1WBBA 3U8XA 4PO0A 3LM2A 3OTOK 1NOYA 3OYGA 4KB1A 1H9ZA 4PHTX 1VQ6N 5F1XA 3H37A 3UIQA 2UXDK 1IBLK 3A0IX 3LWMA 4DFKA 1S6QA 4LFAK 4GV9A 4Z4FA 1ATNA 4LF8K 3O80A 4ELUA 3R6MA 2UU9K 1LOTA 1A5WA 5KPRA 4IG0A 5B5TA 2YDFA 4JK9A 4WQ5C 2JLEA 2HVHA 1HPZA 3O9UA 3M8QA 4B9TA 1TL3A 4MO4A 4FW1A 1G99A 4Y1CA 4A5AA 3U6FA 1QQOA 1HYVA 1VSFA 4C8LA 1EETA 2BXBA 4CHQA 1RILA 4JKFA 1VQON 4KREA 3O1BA 4FJNA 3O8MA 3HK2A 4Z4EA 4N47A 2G8WA 1RBVA 1TK0A 4JD2A 3CIPA 2NRRA 3MN9A 4FWKA 4O0JA 3SIVB 2NRTA 4JI8K 4K43A 4FPBA 5C42A 3LZJA 2E20A 1YTAA 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1XC3A 3IKMA 3CI5A 4EFHA 1HKGA 2JWKA 5B8HA 2HSTA 3FWBC 1E7AA 2A3ZA 2ASPA 4IOCL 2JWLA 3LDQA 3O08A 1HK5A 3TDLA 3F5TA 4KBOA 3PIOL 3CMAN 1NGBA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIN A;  3SIU B;  3SIV B;  1NT2 B;  3ID6 A;  3ICX A;  3NVK A;  5GIP A;  5GIO A;  3NMU A;  3T7Z A;  4BY9 C;  3NVM A;  3GQX A;  2OZB B;  2NNW A;  3PLA A;  3NVI A;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IAJ A;  2HF4 A;  3VOV A;  1JLG A;  3PIP L;  3K0S A;  3E01 A;  2KW4 A;  1Q82 O;  4CJ7 A;  3IMX A;  4JKG B;  4MLE A;  4QS8 A;  4EZ9 A;  1VFI A;  3ITH A;  5TKY A;  3H3A A;  3OYE A;  4WE1 A;  4HCB A;  3OYN A;  1C6V A;  5ELZ A;  4E7I A;  4ZTF A;  4RCH A;  1QHT A;  3WEE B;  1TXU A;  5AQN A;  1IJG A;  4CCH A;  3PX4 A;  3J7Z O;  5DM7 L;  4NYN A;  4GDX A;  4DU3 A;  2E8A A;  3OYA A;  1TAQ A;  3GG4 A;  4XH5 A;  2DPN A;  4CIF A;  4YOY A;  4M45 A;  1VQL N;  4K8X A;  2FSJ A;  1T05 A;  5E26 A;  3KLG A;  1BGX T;  2IDO A;  4DR7 K;  3FGU A;  2ZJP L;  4MFB A;  4DG1 A;  3ZCM A;  1K6Y A;  2VG6 A;  4GY2 B;  3SQ0 A;  1OH8 A;  4JYA K;  1UA0 A;  3C94 A;  4CHP A;  2P9I B;  4DTX A;  4RTF D;  4L9Q A;  3NDK A;  5C2F A;  4JHD A;  1RDW X;  4E99 A;  4TQ1 A;  1L5U A;  1TYQ B;  4H5R A;  3M8R A;  1ASV A;  2KTQ A;  5AQG A;  2WFB A;  3TAR A;  1O13 A;  5AQT A;  3OS1 A;  4IFE A;  1KQS M;  2KWF A;  1RTH A;  3SMS A;  3HP6 A;  2O8C B;  4CK1 A;  3FNM A;  4CJP A;  2XY5 A;  3RTV A;  3WXJ A;  4BRD A;  3L2R A;  5JLH A;  1TKX A;  2QA4 N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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