5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
2OZBB 3NMUA 3GQUA 3ICXA 3NVMA 1NT2B 3SIUB 5GIOA 3NVIA 3ID6A 5GINA 3GQXA 3NVKA 5GIPA 3PLAA 4BY9C 3T7ZA 2NNWA 3SIVB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZBA 4JLHA 4DHYA 3ZLJA 2XY6A 4LF6K 4CK2A 1N6QA 5E26A 4IG0A 1TUUA 1N33K 3ZSQA 1RDAA 1MM8A 2HMPA 1L5UA 2QWPA 3OYMA 4ELVA 3P83D 4B8AB 3CM6A 3VA0A 2DBUA 4H4MA 3THVA 4ZBQA 4H0TB 2GV9A 3L4QA 2QXFA 3LANA 3P1GA 5AQWA 1NGHA 5IIXA 2VWBA 1U49A 1NM1A 1Z25A 3J81O 2QM1A 1KFSA 3MWTA 4X62K 3HYFA 5C25A 4KH4A 4DV0K 4K41A 4DTSA 1Z26A 1I3AA 4DV3K 3V9SA 2YNHA 1B9DA 4CJFA 4FM0A 3V03A 2YKMA 3N4PA 3T1AA 1KD1O 4DG1A 3D7EO 3WXMB 1J9AA 2HB5A 4O8UA 3VTIA 2BXQA 3VEYA 2P5OA 5LJWA 3AVGA 4CBXA 3HZ6A 3I8BA 4DU4A 3F9KA 3I55N 1ZBFA 3SIUB 3S3NA 3O4WA 4Z4FA 2NZTA 3VMFB 3DLBA 4NXMK 2PZSA 4DTJA 4CJLA 5GAHP 2BXEA 4Z4GA 3LM2A 2GTDA 1TKDA 4AHUA 3DYAA 3BF1A 3PIOL 4JS5A 1ATNA 2HHVA 2EX3A 4DV5K 3LAKA 4DSEA 2OCEA 4OKJA 4FJ5A 3ZEUB 4N0FD 1BA0A 4JKBA 3CCLN 2OZSA 4FZZA 1E7HA 4BG8A 3D45A 4B9LA 4JKHA 1Y64A 3QMLA 4BDYA 5I9EB 3G4SN 4RTFD 3VF2A 3THYA 1YHQN 2E2OA 4ZCGA 4CIGA 3AA4A 4H0VB 3DLEA 3OYHA 3O9UA 1JLAA 3AO5A 1X9MA 4LFBK 4WQ5C 1JLCA 2VGMA 4O55A 3V1RA 1OVQA 1N36K 3FR0A 1NJIO 3TWHA 3H1VX 1R59O 2ROHA 4TQ0A 5JVGL 5M1OA 1HYZA 1RDWX 1ESVA 4TSXA 3RTVA 1T8EA 4CJSA 3M8SA 3SQ4A 3PO5A 3H37A 3KD5E 2QWLA 4DQPA 4PHTX 3FWCC 1VAZA 2FSKA 3CJBA 1QSSA 2HHSA 4IDKA 4JI6K 1VQMN 3MN5A 3O9TA 5B8HA 2A42A 2Z8IA 4DFMA 2YJFA 3AVAA 5GAEP 2E8AA 3AVLA 1S6QA 1D9DA 1QHTA 4BRLA 3SIVB 2FBTA 3GA9L 3SUOA 4F4KA 2DY4A 3DM2A 4NCBA 1H1VA 3MXMA 3D6RA 4E19A 4J2DA 4M3XA 3PSIA 4JYAK 3O4QA 2NRZA 4MFBA 4DCHA 5AZIB 3EKSA 3CQ8A 3CCJN 2BXLA 4FJ7A 1S22A 3CC7N 2OT3A 3IAYA 3VQPA 4KHNA 2KQ2A 4JK9A 3THYB 3RRHA 4DF8A 2UXDK 4M3UA 5MLCQ 2QWMA 3O4NA 4OPHA 4W5TA 4X64K 5DM7L 4IG3A 4OX9K 3BP8A 3ZYYX 1FKOA 2IVNA 1GLEG 5C2FA 1WLJA 4FK5B 3UKUB 5FPDA 4CEDA 3G71N 3UKRB 1C0FA 5LY3A 2BXNA 3L4IA 2QXLA 1L3VA 1ZC6A 4KO0A 5C0YA 1Q18A 1QSLA 2XW1A 3J8AA 4EIAA 3DWLA 2F8SA 3VQ5A 4BVOA 3NE6A 1MA9B 3AAQA 3MECA 2XSIA 3NHGA 3VN5A 3A5NC 2RN2A 2DTUA 3ALYA 3CETA 1IV0A 4CJUA 5AQHA 3NH1A 3M8PA 4DSLA 3RR8A 2XVWA 3S9HA 1VSDA 4IEIA 4JHDB 4FOIA 3OBYA 4DV4K 3HBTA 4CFCA 3G25A 2BDPA 2JWLA 4C8NA 2FBYA 2I7PA 2BX8A 1Q7YO 1NG9A 4FJKA 1EXQA 3ULDA 2HMIA 1D8YA 2HF4A 1RT3A 2O8DA 4IKFA 5BPNA 2DYOA 3NDKA 2RF2A 5J2MA 4U7BA 2XY7A 1WUAA 4KHPK 3K59A 4QAGA 4DS4A 3AVMA 1J5EK 2IDOA 3BY5A 2QMCA 3GDQA 5AQLA 1IH7A 2DFEA 3EKUA 1VSLA 3LWMA 4JRQA 1HKGA 4DSFA 1EQYA 2O8FB 1O13A 3K5OA 2RPIA 3E01A 5LJVA 1U4BA 1BDGA 1L3UA 4BR9A 1DTTA 1T44A 4LB2A 4WQ5A 2YHAA 1HJOA 1UORA 4DU3A 3ZX0A 2X78A 4MLHA 4M63C 3O6WA 1AO6A 3ZT3A 1Q82O 4UY8O 2VCPA 4M45A 2RE2A 4PQUA 1JJ2M 4ELTA 4CGHA 5AZJA 3H3NO 3WNFA 1XNQK 4A2BA 1VFIA 2QM6A 1BI4A 2P9LB 2XMOA 5DK5A 2DFFA 1V4SA 1IJGA 2YHWA 4N76A 2F9TA 3IFRA 5HBMA 2I7NA 4K8ZA 3O80A 4KTWA 5KPRA 3L2VA 3KJLA 5CE3A 4YOUA 1WAJA 2NQOA 1XQSC 1DTQA 3TANA 2BXIA 2HHUA 4K42A 5LMUK 3L6QA 3OYJA 2LQIA 1QZ6A 5AR0A 4E7JA 1VSHA 1JLEA 1JL2A 2HHTA 4HGMB 1TAQA 3CM5A 3V81A 3L0QA 3TARA 1NNEA 1BOTO 2OPRA 2G8WA 1Y97A 3Q7CA 3WXJA 2IVOA 3P4IA 5KPTA 1VZSA 1WBDA 4AM7A 2P9SB 3QIOA 4BVPA 2HF3A 3T3FA 5AQSA 2H3GX 3MXJA 4WFNL 4KB0A 4JK8A 3GOIA 3ZETA 3UE5A 4AM6A 3AA5X 3LDNA 4YOTA 4DTRA 2DBXA 1BWFO 4E89A 3E9OA 5KPZA 1NOZA 2O8CB 1C0MA 3L2UA 4KTQA 5EVZA 3LALA 3LDQA 5I3UA 1VSFA 4DTXA 1RBVA 2VWKA 3V1OA 3T7ZA 2G8VA 2HW3A 1SS6A 3WNHA 1N32K 3HSCA 4GW6A 4M42A 4KH6A 4H0YB 4Z4IA 1KLMA 5ID9A 2YNFA 3HSTB 3CERA 4R79A 3KJVA 1YXQA 3DLHA 2OYQA 2QKBA 4PWDA 4BRMA 2ASMA 4E7LA 2YNIA 1VQON 1W0HA 4CBUA 2KLAA 3V09A 4ZTJA 1MUHA 4FJNA 4XH4A 1N5YA 3LDOA 4H4OA 4ZC6A 4PL8A 4BQZA 4JI0K 3KLFA 4K25A 1KAYA 1D9FA 4Q0BA 3FZMA 1NGGA 3E9LA 2NRWA 4DR3K 3HTVA 4JAXA 4K43A 5AQZA 4V19S 3B9MA 1SL0A 3QESA 1QHAA 1ATRA 1VQ8N 1X9JA 4NYFA 3MAQA 4KHWA 2E2NA 3DJCA 4JS4A 5KGXA 3TTFA 2A5XA 3I56N 3FFKB 4HVJA 2FBXA 1Q8IA 3QEPA 4BACA 4N0UD 3ZX3A 4CIFA 1BGXT 4YY3K 1LW0A 4F5SA 3OYNA 4DFPA 2LOQA 2LXTA 2BXBA 3NF8A 3KLGA 1NK6A 4B9TA 2UXCK 2E6MA 4JV5K 5FPMA 3VF6A 2YV0X 3UB5A 2PBDA 5AFUH 3VESA 2ZJRL 4M3RA 2BTFA 3C7NA 1LWEA 1LW2A 3CJAA 4IOCL 1TVRA 3TI0A 2B4JA 1QTMA 3HL8A 4B1YB 4N5SA 2F4VK 1GOBA 4N56A 4C8LA 3SQ1A 4GV9A 4RW4A 1KFDA 1VQ7N 3HPHA 2KBZA 1JLGA 4YNQA 3WEEA 3OYLA 4DTPA 1BIUA 1M1KO 1W2BM 1MA9A 3QICA 4LF9K 4NLBA 4ELUA 5AJ3K 3EN9A 1HK4A 4CFBA 5BREA 3CCEN 2HBKA 2RKIA 4FLXA 2Q36A 2YDFA 4NYNA 3NVKA 3WHSA 3JAMO 3WHQA 3FGUA 1MIVA 4F2RA 3VQ9A 1X9SA 4OT2A 1RTJA 2XW0A 4CGIA 3M8RA 4HUEA 4H0XB 2KZMA 2KWFA 2GEMA 3ZETB 4FJIA 1YVUA 1HNVA 1BI4B 2P9LA 3BGRA 2IS3A 2PY5A 2Z8KA 3VGLA 3WXLA 2DG5A 3U6FA 4BRQA 2V51B 4QCLA 4B08A 3JQZA 4FLVA 3AVKA 4E7KA 1WB9A 4I6MB 4CCHA 3EY1A 1C1CA 1QVGM 3VTHA 1U45A 1Q81O 2O8BA 5AQFA 4J2AA 3OYBA 1B92A 3DOLA 1XWLA 3EZWA 4O5BA 5CZ2A 5BR8K 5BPMA 1KXPA 3HRGA 4JI1K 1KVBA 1DEJA 3AVBA 4C23A 4CEAA 3QBXA 3JS6A 4PKGA 4JI2K 3DMJA 2OZBB 5KGWA 4B3MK 3SK3A 4B9SA 1U6ZA 1NK9A 1ZYQA 4DSKA 1I94K 3QETA 1YUWA 4F5TA 3SPZA 3A5OC 2YCHA 3I0RA 2Q3SA 1LOTA 3EE9A 3OY9A 4L9KA 4KREA 1RBTA 1KAZA 1EETA 5ADXH 4PL7A 3D0PA 4CJKA 2QEXN 2QWNA 1J6ZA 4M7XA 4I2PA 3VENA 3F9MA 2ZJQL 4BRFA 2BXFA 4DHXB 1RBRA 3CCVN 2HSTA 1HKBA 3QFUA 1GNJA 2X6SA 1U48A 1HNWK 3EE8A 4LUHA 1T05A 5AQTA 1KRPA 5GIPA 5HOZA 4DB3A 3GL1A 4U67L 3OYEA 4G04A 4FCYA 3P38A 1L3TA 2HBMA 3CYMA 1TKXA 4LH5A 2O8BB 5I42A 4LSNA 2VG5A 4JKDA 4QS9A 3BF3A 3LPTA 4BGAA 4JI7K 3HPOA 2KFZA 2YKNA 3TSUA 1IO2A 1NMDA 2JGUA 3C6UA 3VEZA 4CEBA 4FWLA 3L2RA 2HBJA 3A0IX 1TKTA 2UUCK 3CPEA 4OLBA 3FE1A 4W5OA 2HOEA 1E7BA 2P5GA 3SBTA 3BDPA 4HGKA 1NGDA 4N47A 3OJSA 4OGEA 4BRKA 3QBWA 2BANA 3VETA 3L2WA 4NO7A 4DTUA 1E7AA 3CXCM 4YFUA 2JUHA 1RTIA 4O0IA 3K5MA 4DTOA 3ZX2A 4YOVA 4DF4A 2FF3B 1TL1A 5LMNK 1E4GT 2VQFK 3LU7A 4GMJB 2F96A 4CJ5A 5BN8A 1JXEA 3KVGA 1T03A 3BPJA 4B3SK 1VHXA 3HI0A 4Q5VA 2V7ZA 4FWQA 3L8BA 3LDLA 2DPNA 1HQEA 3M6GA 4G1QA 4CE9A 1KXPD 3AO1A 2FC0A 4YOXA 4GVMA 3CCMN 1BHLA 3SV3A 5HRNA 4BY9C 3CPWM 1NGCA 5JVHL 3DLLL 3ECPA 3A5MC 1YJ9N 1TF0A 4BKEA 4M3YA 4CFAA 3VEOA 2E1ZA 5M1FA 2ZGZA 4FJJA 1HK3A 4OGCA 4EMXA 1P8ZA 1GLDG 3C6TA 4Y0WA 2V36A 3O3GA 3R1XA 1F21A 4CGDA 2NRVA 2IIRA 3CHWA 5FROA 4AHSA 3OYIA 2ZQBA 3ZSYA 1WSIA 3DRRA 3BZKA 3DAWA 1NJYA 3SUNA 4I6MA 2E4LA 4KHYA 2Z1IA 2W41A 3TDLA 5AQPA 2ETJA 2V7YA 4XH1A 4R5PA 4OO1J 1NJXA 2QK9A 3J7AP 3H46O 3T1HK 5D3GA 3MX5A 4M3TA 4BRGA 2ASOA 3KWGA 1IG9A 1WSEA 3LAMA 4B3RK 3NVMA 2FSJA 4B1XB 4CEZA 4CEQA 3VGKA 4FK4A 1RT6A 1C0TA 3AGKA 2KZZA 3RMDA 1QS4A 4JKCA 3QNOA 1MIYA 4ZUXV 1U04A 3C6HA 4FYDA 5SWMA 5C10A 2Z1GA 3NF9A 2G8KA 2G8HA 1DT9A 3GE1A 2D1KA 2OANA 3AVNA 1VK0A 3H3OB 4W5QA 1W9HA 4IFYA 2ITMA 3VQCA 3CI5A 3KLEA 3ZSRA 4L9QA 2XVQA 4CIEA 4EZ9A 1MDUB 1ASWA 1S1TA 1GLCG 3DI6A 1HR0K 4F2SA 5TKWA 3CMEN 2BXAA 4N3ZA 4LY7A 1J53A 4PO0A 1E7IA 4X66K 4OPJA 3O8MA 3HO1A 4GDKB 2HNYA 2E0YA 4LFCK 3VA3A 3VEVA 3VQEA 3V6DA 3F73A 4YOWA 4CI6A 1P90A 4IDHA 3LP0A 5F0XA 4DQSA 5E41A 4CF1A 3HVRA 5CZ1A 4E0DA 2EFCA 4JKFA 1HA2A 2FBVA 3SLCA 1WOQA 1ZBHA 4RW9A 2WUSA 4B1WB 5GHKA 3KK3A 1X3NA 1ZXOA 4CZIA 1VQLN 4C8KA 1RDCA 2W42A 2NRXA 3SI6A 4C8MA 4CHQA 1ZBLA 3D2FB 3MEDA 2Z8JA 1RNHA 3JXUA 3QFPA 3S3OA 4JK7A 1X3MA 3S41A 2A1RA 2GBZA 1SKRA 1BL3A 2W40A 3K57A 4KH5A 3WXKA 1VSEA 1E7CA 3VERA 5F2RA 2YI1A 3OS0A 1R0AA 3D2EA 5JS2A 4B1UB 4F5VA 1SV5A 4H5NA 5IIUA 3AVFA 4WCEL 1HJRA 3TR8A 4UQGA 2YNGA 4PA1A 3MEEA 3DRPA 3CJ7A 4IZ9A 3VF4A 1KDXA 4M70B 4J2EA 2EFHA 4DFKA 1NGAA 1A5WA 2I30A 2NNWA 4BG9A 4NB4A 5FPNA 2O8CA 2GUIA 3WUHA 4C1NI 2HHWA 1QVFM 4EHTA 1TK5A 2IVPA 1G15A 4BWJA 3OVNA 2Q97A 3CQXA 3ITHA 1RTDA 1YI2N 4FJXA 2DFHA 3DXKB 3U8XA 4CERA 2HHQA 1A5XA 1XMOK 3MEGA 3ID8A 4KI4A 3K2PA 4KTZA 3BZCA 2YJEA 2Z1JA 3AO4A 4BROA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OZB B;  3NMU A;  3GQU A;  3ICX A;  3NVM A;  1NT2 B;  3SIU B;  5GIO A;  3NVI A;  3ID6 A;  5GIN A;  3GQX A;  3NVK A;  5GIP A;  3PLA A;  4BY9 C;  3T7Z A;  2NNW A;  3SIV B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CZB A;  4JLH A;  4DHY A;  3ZLJ A;  2XY6 A;  4LF6 K;  4CK2 A;  1N6Q A;  5E26 A;  4IG0 A;  1TUU A;  1N33 K;  3ZSQ A;  1RDA A;  1MM8 A;  2HMP A;  1L5U A;  2QWP A;  3OYM A;  4ELV A;  3P83 D;  4B8A B;  3CM6 A;  3VA0 A;  2DBU A;  4H4M A;  3THV A;  4ZBQ A;  4H0T B;  2GV9 A;  3L4Q A;  2QXF A;  3LAN A;  3P1G A;  5AQW A;  1NGH A;  5IIX A;  2VWB A;  1U49 A;  1NM1 A;  1Z25 A;  3J81 O;  2QM1 A;  1KFS A;  3MWT A;  4X62 K;  3HYF A;  5C25 A;  4KH4 A;  4DV0 K;  4K41 A;  4DTS A;  1Z26 A;  1I3A A;  4DV3 K;  3V9S A;  2YNH A;  1B9D A;  4CJF A;  4FM0 A;  3V03 A;  2YKM A;  3N4P A;  3T1A A;  1KD1 O;  4DG1 A;  3D7E O;  3WXM B;  1J9A A;  2HB5 A;  4O8U A;  3VTI A;  2BXQ A;  3VEY A;  2P5O A;  5LJW A;  3AVG A;  4CBX A;  3HZ6 A;  3I8B A;  4DU4 A;  3F9K A;  3I55 N;  1ZBF A;  3SIU B;  3S3N A;  3O4W A;  4Z4F A;  2NZT A;  3VMF B;  3DLB A;  4NXM K;  2PZS A;  4DTJ A;  4CJL A;  5GAH P;  2BXE A;  4Z4G A;  3LM2 A;  2GTD A;  1TKD A;  4AHU A;  3DYA A;  3BF1 A;  3PIO L;  4JS5 A;  1ATN A;  2HHV A;  2EX3 A;  4DV5 K;  3LAK A;  4DSE A; 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