5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
3GQUA 3NVKA 4BY9C 3NVIA 3PLAA 3NMUA 3SIVB 2OZBB 5GINA 1NT2B 2NNWA 3NVMA 3T7ZA 3ICXA 5GIPA 3ID6A 3GQXA 3SIUB 5GIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FW1A 1NGFA 4IG3A 4BDPA 4FJ5A 1SKSA 3VQQA 1L3TA 3ATVA 1RDAA 3DLBA 4W4UB 2ZE2A 4M3TA 2B6AA 4EZ9A 4JI1K 4LC9B 1L5UA 2A5XA 4EAHD 3FZKA 3AAQA 3BF3A 3F9MA 1DTTA 1VSEA 1RT6A 5AQVA 3QIOA 1ZBSA 3AAPA 2JLEA 4B3TK 2BXPA 1C0GA 3CCMN 1TAUA 1QQNA 2CH6A 2NLXA 1WAJA 5CZ1A 3OJUA 3CCUN 1IH7A 2G8UA 2YNHA 4I2QA 1RTHA 1WBDA 3CPWM 4AHTA 4ID5A 1X9MA 5C2FA 4CJFA 4WFAL 2V52B 4B1YB 4EIAA 1TUUA 3QEIA 4IDHA 3SYZA 1NGEA 1RNHA 4XH4A 4CBXA 3VA3A 3O08A 4A5BA 2HHHK 3OHRA 4KTQA 1MIWA 4BGBA 2HB5A 1EQYA 3HM8A 4G01A 4W5QA 5M1FA 3G0ZA 3CERA 4CHNA 1DEJA 1J5OA 1RCHA 4IW1A 3NBPA 2NRZA 1Y64A 3P31A 4GV6A 1Z6RA 4DM0A 3VN5A 4X62K 2KTQA 4FWRA 4IKFA 4CZJA 1ZBFA 4B9UA 4CK1A 3TR8A 3CM5A 4BRGA 4DR2K 3DXMA 5I9EB 3HPOA 4EHUA 4JD2B 2QA4N 4IOXA 1EO1A 5J1EA 3AA2A 3FGUA 1M1KO 5LY3A 2G8HA 3N4PA 3HL8A 5AJ3K 3LANA 2XHBA 3CC4N 1BG3A 3QINA 1NLVA 4GVEA 4O0IA 2ITMA 4CJRA 3G4SN 5LMUK 1YF5L 3LDNA 3KVGA 3F5TA 3VGMA 3HSTB 1J9AA 1R59O 5AQOA 5FPDA 3CCVN 4DTNA 5KQDA 1NK6A 4AF1A 4F8RA 3IDHA 1QSYA 2E1YA 4FXDA 1RBVA 4FIPB 3R1XA 4G03A 2JWLA 3CFPA 4B08A 3EZ5A 2G8IA 5KI6A 1U48A 3T1AA 4O8KA 2I5JA 1B9FA 1NJIO 4OKEA 4BR7A 4O44A 3JAMO 2Q2RA 3T1HK 4N3ZA 2ITGA 4BRCA 3VF6A 4AQYK 4ELTA 2ASPA 5IJFA 3VQPA 1VQ8N 1X1PA 3VQIA 2R7YA 2Z1GA 4BQLA 3KIKA 4DTMA 5ID9A 4FCYA 1BCOA 3THVA 4C8OA 3O8MA 3DAWA 2VG7A 1NGIA 5AQGA 3DXMB 1NMDA 3BP8A 5BRFA 4OO1J 2XRIA 4J2BA 2D1KA 4DFMA 4BC2A 3O6WA 1NKEA 3R6MA 2Y1IA 1SQKA 1CZBA 5BPMA 3L2WA 3KTQA 4BDYA 3FR0A 3VMFB 1C0MA 2BXKA 4DR5K 2UUAK 4L9QA 4J2VA 3L2RA 4M3YA 3SUNA 3BGRA 4NXMK 4YOYA 3AA4A 3OYHA 3HP9A 1E7EA 3HTVA 4IFVA 3R9PA 3FZMA 3QNNA 3CJCA 3MXJA 1LNSA 3H46O 5TKYA 1OH5A 3ZEUA 1NK0A 4WQ4A 3ISNC 4BRPA 5HRRA 3E66A 3K0SA 1TK0A 3TARA 5AQKA 4KHUA 4IOCL 1HNVA 4ZTFA 1JLAA 2FBYA 4H5NA 1HNWK 4ISFA 2BGGA 3FWBC 5GIPA 3B6OA 5IIUA 4PKGA 3LM2A 4MQ3A 5BR9A 3OYIA 3VEOA 4IJNA 2QW9A 2XY8A 3KHYA 1VZSA 2XY5A 1OH7A 4WQ5A 1OH8A 4FVMA 3WHSA 1NOYA 3BDPA 2B4JA 2E6MA 3SAGA 1KW2A 2I2ZA 3JXUA 1MUSA 3C65A 3TAQA 3SUPA 2HMPA 4FJCB 4DQQA 4N76A 3IMXA 5BPKA 3SAFA 4WYBA 3SLCA 3VTIA 3VQCA 3D2FB 4BRAA 1T03A 1VSIA 2DYOA 2GELA 4JK7A 3WXJA 4HTUA 3RR7A 4KBOA 3AVHA 4BRQA 2YCHA 5CYQA 4B3SK 4I9QA 4KHNA 4AHCA 4IEIA 3ECPA 3QICA 3NH0A 3OYJA 4GNIA 3AARA 2YHXA 1JLGA 1RT5A 1HK4A 2YDFA 4JHDB 5M1QA 4D7XA 3ZEUB 3T3FA 3O4WA 3ID6A 3I0RA 4JI0K 2D0OA 4A57A 4R5PA 2D0BA 3CCSN 4Z4CA 4KAZA 4LF4K 1WSGA 2JUHA 5F1XA 4BG9A 1E7CA 2QXFA 4N5SA 1T44A 3THYA 2OZSA 4GKJK 4J8FA 4M45A 2HHQA 3CPEA 1T6CA 2A1SA 4HWIA 3AV9A 3EL2A 1GNJA 5EU7A 1D9DA 1HUXA 5FPNA 2KZZA 4E7KA 2HBKA 4BACA 4NCBA 3LP0A 4I9OA 4H0XB 4W5RA 3ZLJA 4FLVA 3UIVA 4JLHA 4CZFA 3ICXA 3V9SA 1F21A 4DSKA 3HK2A 5KQ8A 4CCHA 3JSMA 3DLLL 3WNHA 5J2MA 1CZ9A 1XNRK 3MXMA 4BRLA 3AY9A 3CETA 4CHZA 1N6QA 3ZYYX 5DM6L 2RN2A 4KHYA 2Q0RA 3QBWA 3VTHA 1ZC6A 4KI6A 2XMOA 1MDUB 3DLEA 1ATNA 3MWTA 4JKEA 4EP4A 3M8RA 4B1WB 3H3OB 4LH5A 4BR9A 3SIUB 2D0AA 4HUEA 1NGBA 4B1VA 5E26A 1N32K 5AQYA 2UUCK 1BUPA 1HA2A 5AQJA 1MUHA 5BN9A 2NUBA 3OY9A 2DBXA 1BIUA 4C8LA 1ZBIA 2YNFA 1Z05A 4H0VB 4FJIA 1MU2A 5IJ5A 2QWQA 2W41A 4QS8A 4OGEA 4Z4FA 1IKYA 1JLBA 4J2DA 3GQXA 2BXCA 4FJGA 5EX5A 1HKGA 5CY4A 4CJWA 4UY8O 4CW7B 3M8QA 2FSJA 3LP3A 4PL7A 3FFIA 1HNZK 3V1QA 5LJWA 4H0OA 3L4QA 3C6UA 2KKZA 1UWBA 1E7FA 1NK7A 1RBTA 4LB2A 4LFCK 2Q97A 1LWFA 3PX4A 3TAMA 3CQXA 1EX4A 2NRWA 4ZUXV 3K5OA 5IWAK 4CF8A 2BXAA 5CE3A 4YOWA 4CK2A 1Q7YO 3M8SA 3EN9A 3TAFA 2V7YA 3TANA 4CJPA 3L4IA 3OW2M 5ELZA 5A2QO 1IBLK 3QIPA 4CECA 1XHXA 4CVNE 3HSCA 1W0HA 2E0XA 4FWLA 2QM1A 2BXNA 4HGMB 3SNNA 1E7BA 2OPRA 1L3SA 4BRFA 4CIEA 4RW8A 4FPBA 3U3YA 4CESA 3HM9A 3SZ2A 3ZX3A 3HP6A 3NFAA 1LAWA 2QKKA 2Z1HA 3VQEA 3KD1E 1NOZA 1S1WA 3DOLA 4DFKA 1Q82O 3VQDA 1Q18A 4B1XB 3NVMA 3LWMA 4OKJA 2UU9K 4KRFA 2YNIA 1RT7A 2H3GX 1KRPA 4OGCA 4F2SA 2OA8A 1ATRA 2YNGA 1E7HA 1N34K 2A6AA 3DLHA 2E20A 2ZJPL 4FO0A 5EVZA 5JICA 1NBWA 3Q7BA 4DQSA 4FPAA 1TF0A 2AP1A 5FUOA 1JLQA 2QWLA 4I7FA 3H45C 4KFBA 4A61A 4PL8A 4HVJA 3MXIA 3AO2A 4A2AA 1WSFA 4QS7A 4CJ3A 2ZQBA 3TAGA 4CJ7A 1Q86O 1BWFO 3PX6A 4S1YA 1J53A 4LH4A 3ZT4A 1JKHA 5ADXA 4AM7A 2XW1A 1JXBA 4DF8A 2O8DA 4JEPA 4CJLA 2X78A 2KLAA 2P9IA 1NNEA 4ELUA 3MAQA 1JL1A 4TQ1A 1RDCA 3VEYA 1BQNA 3RRHA 4DR3K 1SL0A 1H5WA 3K5NA 2Z1IA 4M7XA 2PFUA 2P9KA 3OYKA 1B92A 3GOIA 2XVQA 3QMLA 1RILA 4CF1A 2HBMA 1HQUA 4BRKA 3WNEA 2GUIA 2RE2A 2QHBA 4CD1A 3GA9L 1CXQA 4CZGA 3DJCA 3UB5A 1ITGA 1K9MO 1SUQA 4IO9L 1ZYQA 2VDBA 1UORA 4M42A 2ZGYA 3A5NC 3ENOA 4H0TB 4NB4A 4Z4EA 4RTFD 5E41A 4DV5K 2PY5A 4OR0A 1VAZA 5GIOA 3SQ4A 2QWNA 3PUFA 3ULDA 3QB0A 4BY9C 4HHTA 4DSLA 5D7GA 1MA9A 3SPYA 2OZBB 2IS3A 1MIYA 1SAZA 3OYCA 1DKGD 4CGDA 4OJRA 2P5OA 5H1SQ 4F5SA 2FBTA 3FLCO 2O8DB 4I6MB 5GHKA 3I8BA 3VPZA 1RTIA 2P9IB 2QMCA 2KW4A 2F4VK 1YJWN 1HK5A 2OPSA 4QS9A 3DLGA 3NVKA 5IT9O 3AVIA 5K14A 3S3OA 4M3XA 1ASUA 2OTLN 2QM6A 3RRGA 2VYPA 3MN6A 3WNGA 3D45A 4AHSA 3KJVA 3SCXA 1KCFA 4BKEA 3NDKA 4CJKA 3DLRA 2KFNA 4F3OA 3KLGA 1VQKN 4DF4A 3OVNA 4H0YB 3TWHA 1TAQA 4DQ8A 5D3GA 2E2OA 1Q9XA 2P9NB 4BG8A 1QTMA 1NWKA 3PSFA 1RT2A 4JKGB 2K0NA 3KK2A 3W0LA 3EZWA 3WNFA 5GAEP 3C7NB 5C15A 3CCJN 1SV5A 3J81O 4PHTX 3KWIA 1MA9B 1RT1A 2EFCA 1C0TA 1E7AA 1FK9A 4F9OA 1KD1O 2HMIA 1Q8IA 3A5MC 5AQUA 1K6YA 3MEDA 1IV0A 4JK8A 4GDKB 3V1OA 4E99A 3M99C 1HX1A 3NVIA 3O9RA 4YOUA 4OTUA 4O0JA 4FJ9A 1BISA 3SIVB 4WFNL 1TKDA 4DV3K 2QKBA 2O8EA 4JD2A 4KHPK 3EKUA 3DMJA 4W5NA 2O8FB 3A2FA 3AO4A 5CZ2A 1HKBA 4H8KA 3ZSXA 2O8CB 1ZBUA 5GADP 3AVJA 4M3UA 3AVGA 4JKFA 4DTXA 4JNEA 3K2PA 3MX5A 3VOVA 2EX3A 4BRNA 3I0SA 1BCMA 4DFJA 3GQUA 4YOVA 4DTRA 5I3UA 1J54A 3HZ6A 1HPZA 4ICLA 2XW0A 2CGKA 1ASVA 3O5BA 5BREA 4Q0BA 1UOCA 4NLCA 3UKUB 2F8SA 4A62A 1U6ZA 4JS4A 2IVPA 4B8CA 4BR5A 5JLHA 4JI3K 3G6EN 1KTQA 3WXKA 3HJFA 3D2EA 4YDUA 1OKJA 1J78A 3WXIA 5F0XA 2HHUA 2KZMA 3PY8A 2EFHA 3E9PA 3M3ZA 1GOAA 4K8ZA 4LUFA 2Z8KA 5C42A 3RMCA 1BKEA 1BQMA 1VFIA 3LP2A 3NH2A 3V9XA 1NGHA 3AO5A 3VQ5A 1YIJN 2F9TA 4WQ4C 3O9UA 2VWBA 4ZTJA 5AZIB 2YX6A 4JRQA 3LM9A 4FWPA 4IG0A 1Z26A 2QWOA 5LL6Z 2O8EB 1JLFA 5HRSA 4CJVA 4F5TA 5EXWA 2BXDA 1NJXA 4WQ5C 4M7YA 4CJ5A 1TKTA 2IIRA 4F4KA 3QEWA 5IIXA 4DUZK 2CKXA 3V81A 1E4FT 1FKOA 2DG5A 1YTUA 3A5OC 4B8AB 2BXMA 2G8VA 5FLXO 4CEFA 4FM2A 3MWPA 4YFUA 1LW2A 2ZF5O 4E7JA 1JLCA 1FJGK 3MDQA 3WHQA 2HHTA 1HNIA 2HF4A 2HVIA 1OH6A 5ID7A 3LAMA 3LPTA 3SQ0A 2W6KA 4C1NK 1EP4A 1QZ5A 1P8ZA 3D2EB 4JI7K 4PUOA 2XVWA 1VRUA 3WEEB 2ROHA 2X6NA 3WT0A 1MWMA 4A5AA 5FDLA 5TKWA 3QEXA 4LF5K 4CJQA 2OCEA 3SMPA 1HYSA 3LL3A 3GDQA 3TPQA 2QXLA 4B1ZA 2RF2A 2NZTA 1NGDA 4RW7A 1VQPN 5J2NA 4FVUA 2FF3B 3E9OA 4KREA 1DLOA 3D2FA 4ZC6A 4F5VA 4KO0A 4CJSA 4JK4A 3GG4A 3H08A 3KK3A 3CD6N 3MEGA 4U7BA 4M41A 3TSQA 1WUAA 4HCCA 1S5JA 3CFRA 3QERA 2XSIA 3C94A 4KHQA 4WCEL 4BVPA 4ZHRA 4BRMA 1OVQA 3P83D 3D0PA 4GDXA 4DV4K 1WBBA 4IW2A 2PAVA 3TABA 4MLHA 3OYFA 3A0IX 3ULEB 4J2AA 1HYVA 2HHWA 1S6QA 2HBJA 4JHDA 3CCEN 3IRXA 4L3QA 3OS0A 3FZLA 3J80O 1GLCG 5AQQA 1BI4B 4DV2K 1S1XA 3HPHA 2P9PB 2GEMA 3RSEB 2G8KA 5AQSA 3CMEN 3LZIA 4QCLA 3KWGA 2BXHA 4GW6A 4OPJA 4Z4GA 2EFEA 2VG6A 1A5XA 1S72N 2EWSA 1X9WA 2Q1NA 4Z69A 1VSFA 5HRPA 4KHSA 3V9WA 4CGIA 3WHRA 5DM7L 1VSHA 2A42A 4O5BA 2BX8A 2YJFA 3A8YA 3U9ZA 2VGMA 1K73O 4L8UA 4A59A 2NRXA 5HRNA 4B9MA 4DHYA 3EY1A 4FWSA 3H37A 3MEEA 5J2QA 5AFUA 4EFHA 4JI8K 5C10A 4PY5A 1NJZA 3CQYA 5FROA 3VF2A 4AHRA 4WA6B 2RPIA 3B8AX 4GV9A 4CEOA 2E88A 3S9HA 4DTSA 1BL3A 1XQSC 4B9LA 2OZMA 2FBXA 3CJ7A 3UE5A 3WUHA 4OKKA 2D0CA 2O4GA 3BZKA 2DPNA 4BRHA 5M1KA 3FFKB 1T7PA 1D5AA 4K2CA 3ZSRA 3TDLA 2Z8IA 2BDPA 2UXCK 3PO4A 2JWKA 3E01A 3EO3A 3EE8A 3VQ6A 2QI2A 3NGYA 4WE1A 4HTLA 4FWQA 4FM1A 3L3UA 3ZT3A 2CGJA 2FC0A 4DV6K 2BH1A 4BDZA 3VGLA 3VEXA 2Q36A 3AVBA 2XY6A 4W5OA 4FJJA 1I94K 3ID8A 4BREA 4EMXA 1JL2A 5AQWA 2V51B 3SV3A 4L8RB 4JAXA 3FNMA 1R0AA 1BGXT 2D0PA 4DLGA 2X74A 3SQJA 4EP5A 3PIPL 1B9DA 3LDSA 5KGXA 4E3SA 3MMVA 3K57A 1RBUA 4IO8A 4CEQA 3F2KA 4I2PA 3F73A 1C1BA 1S1VA 4KTZA 1U47A 1KAYA 3CC7N 3PIOL 1KSPA 1VQON 4BC5A 3O9TA 3GL1A 3OYLA 1CZAN 3ZSYA 3UKRB 3NHGA 4E19A 3K9JA 4LFAK 1KFDA 4IWVA 4IBNA 4MLEA 1N36K 4ISGA 2VUFA 4DV7K 4MBEC 3HYFA 3NE6A 1RBSA 5LMNK 3RR8A 4FSVA 3QEVA 5IFOA 4K41A 3ZX2A 4CJ4A 4FK2A 3QNOA 3A5LC 4E1JA 3CF5L 5MLCQ 4JRPA 4ZBKA 4DR4K 1VQ7N 4CHPA 4FJMA 3NF6A 1W2BM 1BDGA 2DFFA 2WUSA 3V08A 1WLJA 1HR0K 3L3VA 1LW0A 3ZT2A 4DV1K 2GUPA 2OPQA 4FWOA 3MECA 4F5UA 1Q9YA 3FZHA 1U04A 4KH5A 3CJ9A 4M3RA 1QQMA 4MO4A 1KXPA 4Y1CA 3OA9A 3EEQA 3L0QA 1XI1A 3V9UA 4BRDA 2OTJN 1K8KB 1VSJA 1GOCA 3ENHA 4Z9OA 2Q0UA 4RW4A 4DSJA 1E78A 4X66K 3O3GA 1WSEA 1VSDA 1NU0A 3J7ZO 1AO6A 3HRGA 4DQPA 1TKZA 4IXCA 3VQAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  3NVK A;  4BY9 C;  3NVI A;  3PLA A;  3NMU A;  3SIV B;  2OZB B;  5GIN A;  1NT2 B;  2NNW A;  3NVM A;  3T7Z A;  3ICX A;  5GIP A;  3ID6 A;  3GQX A;  3SIU B;  5GIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FW1 A;  1NGF A;  4IG3 A;  4BDP A;  4FJ5 A;  1SKS A;  3VQQ A;  1L3T A;  3ATV A;  1RDA A;  3DLB A;  4W4U B;  2ZE2 A;  4M3T A;  2B6A A;  4EZ9 A;  4JI1 K;  4LC9 B;  1L5U A;  2A5X A;  4EAH D;  3FZK A;  3AAQ A;  3BF3 A;  3F9M A;  1DTT A;  1VSE A;  1RT6 A;  5AQV A;  3QIO A;  1ZBS A;  3AAP A;  2JLE A;  4B3T K;  2BXP A;  1C0G A;  3CCM N;  1TAU A;  1QQN A;  2CH6 A;  2NLX A;  1WAJ A;  5CZ1 A;  3OJU A;  3CCU N;  1IH7 A;  2G8U A;  2YNH A;  4I2Q A;  1RTH A;  1WBD A;  3CPW M;  4AHT A;  4ID5 A;  1X9M A;  5C2F A;  4CJF A;  4WFA L;  2V52 B;  4B1Y B;  4EIA A;  1TUU A;  3QEI A;  4IDH A;  3SYZ A;  1NGE A;  1RNH A;  4XH4 A;  4CBX A;  3VA3 A;  3O08 A;  4A5B A;  2HHH K;  3OHR A;  4KTQ A;  1MIW A;  4BGB A;  2HB5 A;  1EQY A;  3HM8 A;  4G01 A;  4W5Q A;  5M1F A;  3G0Z A;  3CER A;  4CHN A;  1DEJ A;  1J5O A;  1RCH A;  4IW1 A;  3NBP A;  2NRZ A;  1Y64 A;  3P31 A;  4GV6 A;  1Z6R A;  4DM0 A;  3VN5 A;  4X62 K;  2KTQ A;  4FWR A;  4IKF A;  4CZJ A;  1ZBF A;  4B9U A;  4CK1 A;  3TR8 A;  3CM5 A;  4BRG A;  4DR2 K;  3DXM A;  5I9E B; 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