5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
3SIUB 5GINA 5GIOA 3NVMA 5GIPA 4BY9C 2OZBB 3SIVB 3NVKA 3T7ZA 3GQUA 2NNWA 3GQXA 3NMUA 1NT2B 3NVIA 3ID6A 3ICXA 3PLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ6N 1RFQA 4YDUC 5F0XA 3L2VA 4CZKA 1FK9A 3LP2A 4CFDA 3O8MA 4AHTA 3OJUA 2BXIA 3B9MA 1XNQK 2VUEA 4IZ9A 4LUHA 1TYQA 5KRSA 2IVOA 3VQ8A 1QQCA 3AGKA 4O8KA 4CK1A 1RT4A 5AQJA 5AZJA 2HBKA 3AO5A 1NM1A 2E5LK 1ESVA 4MLEA 2BXAA 2XY8A 3AVJA 4BE2A 1DTQA 2YJFA 1WNSA 3V6DA 2BXBA 3A5MC 4CJQA 3U6FA 2A1RA 4FJXA 4DR5K 3D45A 3K59A 4BR2A 1C1BA 4IJAA 4K2CA 1W9HA 2IOCA 3DLEA 4Z4HA 3TTFA 3SZ2A 2DG5A 2GWKA 2E6LA 3VN5A 4M3UA 1NGGA 1HKCA 4FLUA 1YTAA 2HNZA 1YJNN 1E7IA 3HPGA 1T7PA 5EVZA 3RMBA 4J2VA 4EHTA 4FJGA 5A2QO 4JKAA 2P51A 3DRPA 2EHGA 3MWPA 1NMDA 1N33K 3C6AA 3NCIA 2F8TA 2UUCK 4DTSA 2FF3B 4B9UA 3SI6A 3DM2A 5IJEA 4ILGB 1NGEA 4KFBA 1SQKA 4E7IA 3HXMA 4ELVA 4A62A 4I2QA 1LNSA 4JNEA 2XRIA 4FWKA 5FPNA 3D2EB 4FK2A 4G01A 3O3FA 5SZTA 4DFJA 1HNZK 4E19A 3ZSXA 3NBPA 3MN9A 1OH8A 2FBYA 1H1VA 4I9LA 2O8DA 4N47A 2QWPA 2FSNA 5AQPA 4C1NK 3EE9A 1XMOK 3DLBA 3LU7A 3VGKA 5JVHL 4FWLA 3QFPA 1QVFM 3TARA 3LAKA 4B9TA 2HBLA 1VSDA 5JLFA 1N8RO 4ID5A 3WHSA 1NJYA 3O08A 2RPIA 2QMCA 1D5AA 2OPRA 3CM5A 4C8NA 2GV9A 3KJVA 1K8AO 2RKIA 3QNNA 5HRSA 1NK9A 1Q9XA 1FXXA 4IDHA 4XH5A 5KPRA 3CIPA 4CGGA 3AVLA 4G9ZA 1B9FA 4JD2B 1U04A 2NZTA 3VF6A 3O9RA 4NCBA 2ASMA 3TI0A 2HHHK 4M45A 4DR4K 4NLBA 1S22A 4JK7A 4AM7A 4WCEL 3G4SN 3P83D 5JS2A 1C1AA 4Y1DA 5E84A 3EO3A 4CEAA 4DWIA 3O4WA 3H46O 3VEOA 4CJ5A 5HRNA 1KAXA 1N36K 5CY4A 2V7YA 2IVNA 1NOYA 4C8OA 1J5EK 3TAQA 3DRRA 4DSKA 4JI4K 4M3ZA 5KGXA 1NWKA 4HGKA 1HJRA 2QWOA 3THXA 3LP3A 3VQ7A 3LL3A 2CH6A 2KFNA 2PY5A 4H5WA 1Z25A 4NO7A 3N4PA 1OH5A 3LZIA 3QMLA 1FKOA 1L3TA 2YCHA 4CIFA 4B3RK 1QSSA 4JN4A 1NG9A 3S41A 1EKEA 1S3XA 4CJSA 4LSNA 4CVNE 4FJJA 4M70B 2FSJA 1YITN 2VWBA 2Q97A 1E3MA 3BGRA 3HM8A 4I9QA 3FZFA 1NGCA 3W3DA 4K8XA 1YXQA 3L0QA 3OYJA 5M1QA 1HKBA 1JCGA 2CGLA 1UORA 4U67L 4DTPA 4WQ4A 1H5WA 1E7HA 3O9UA 2QWMA 4K43A 4DSJA 3AV9A 3H6EA 4A59A 3CPWM 3KLEA 1LWCA 3RMCA 3AY9A 3PIOL 4KTQA 2XY7A 3CC7N 4RW7A 3UB5A 1REVA 1TF0A 2CKXA 3TAPA 3C6TA 5KGWA 1YUWA 3MN7A 2YHAA 4KB1A 5LL6Z 3QBWA 4JKBA 3MX2A 2HW3A 3ENHA 3CQYA 5E41A 3ITHA 2ASPA 1GLFO 3VOVA 2Q2RA 3BZKA 3FZKA 4KAZA 1FW6A 1IKWA 3OS0A 4FOEA 3CFOA 3UKRA 4W5OA 2O4IA 3CX9A 2ATQA 5M1NA 3EEQA 1MIYA 3K9JA 1S72N 4C8KA 3K5NA 1T3VA 3ZX2A 4IEEA 1JNBA 4QS8A 4WFAL 4PO0A 4DTNA 5GIOA 4A5BA 4XIUA 4L8RB 2XO7A 4K42A 2XMOA 3FWBC 1TKTA 3FWCC 4ILJA 3SMSA 2YHWA 5C42A 1VQ5N 5H1SQ 2ZJRL 4LSLA 3RRGA 1JLEA 1NKEA 4X66K 3W0LA 1IKVA 4BGAA 4BRDA 1TKZA 4DHXB 4RW8A 4LFCK 3NGYA 1VQ7N 3A0IX 3L4QA 4DFPA 3PO4A 4NYNA 2GUTA 3O3GA 4J2EA 4FM2A 3TAGA 1WLJA 4JK4A 1NJZA 5CHIA 3PLAA 1Z05A 1RDCA 3FZMA 3AO4A 1NK5A 1VSMA 1K8KB 3L2UA 4Z4GA 4AM6A 1ATRA 4JK9A 4A61A 4DV5K 4O8UA 1U4BA 3I8BA 4NCAA 1BIZA 4JKHA 1RT5A 2A5XA 3A2FA 1KLNA 1T03A 4CESA 3MX5A 4HVJA 3KHYA 3THYA 3KTQA 2W6KA 3O1BA 4CJTA 3V1QA 3HO1A 2JLEA 3VQAA 4EZ6A 4WA6B 1DGKN 5HOZA 1K6YA 1BIUA 2NLXA 3K9KA 2P9UB 1KFDA 4M3XA 1MIVA 3SK3A 1E7GA 4CHYA 1EETA 3JRYA 1QQNA 4KI4A 4H0VB 2O8BB 4OLAA 1EX4A 4MBEC 2LXSA 4G04A 2PZSA 5IIUA 2KZZA 2KFZA 3FZLA 4CEEA 3CJBA 4DS5A 4BR9A 2XHBA 1BCMA 2BXMA 5CZ2A 4CZLA 4AHUA 3F5TA 2IIRA 5AQMA 3SUOA 3G71N 3V9XA 2H3GX 2BXCA 3LDNA 4MDAA 3TPQA 4OTUA 1B92A 1QVGM 4FK0A 5AFUH 2E1ZA 4JHDA 5AZJB 5FLXO 1NK7A 3DLGA 3NDKA 2P9IB 2QKKA 1WB9A 2KTQA 2BX8A 2QHBA 3EN9A 3VF2A 3AVBA 3KKRA 1RTIA 5BN9A 4DV6K 3ALYA 1JL1A 1MUSA 2LXTA 1C0TA 1EWQA 2QTDA 4KKOA 4A5AA 4CZJA 4J2AA 1VAZA 3PV8A 4U7BA 1NJXA 1J78A 1SUQA 4LF6K 4GDKB 2GEMA 3KIOA 4W4UB 5HBMA 2VWKA 4L3QA 1VQMN 2YKMA 1BISA 3KZBA 5K14A 5GIPA 1YF5L 3M8SA 4BC3A 4QS7A 3LDOA 4YY3K 3J7AP 3ZT0A 2A3ZA 4IKFA 3D7EO 5B5TA 4JRQA 4JEPA 3P38A 2VQEK 2FBVA 3VQ4A 1W7AA 2OCEA 2E4LA 4FM1A 3I0RA 1RDBA 4CF1A 2BXFA 1BG3A 2D0AA 2NRHA 4E7JA 2GTDA 1SB0A 1W97L 4CJVA 5GINA 3L2WA 4CGDA 4Z4CA 4IW2A 2P9LA 5CE3A 1T6CA 1VQLN 1VSJA 1E4GT 3H3OB 4DLEA 4L9QA 1IJGA 3ULEB 4CEOA 4JI1K 3KK2A 4Z4IA 2HVIA 3SUQA 3AVMA 4LFAK 4KHUA 1YTUA 4DTXA 2QKBA 1XC3A 1RT3A 1TK0A 4CZIA 3CCLN 4HCCA 4KHPK 5DM7L 2V36A 3G9KD 2F9TA 5CR4A 4HCBA 2Q3SA 2YHXA 2YV0X 1RTDA 4IBNA 3JYTA 3RMAA 5J2NA 4BROA 4IOXA 3JQZA 2QWRA 3ZSQA 4E3SA 2WUSA 3TAMA 3VETA 4ELTA 3I0SA 4B9QA 3DRSA 1QSYA 4O5FA 1N32K 1S5JA 3TDLA 4B9VA 2AJQA 2ZJQL 2YJEA 4OVLA 2VCPA 3HP9A 4YNQA 5IT9O 1L3SA 3A5LC 3RSEA 3JSMA 3V1OA 2BXLA 1HX1A 2D5RA 5AQOA 5AQUA 3CJ9A 1KRPA 2X78A 1HLUA 1LAWA 3AVAA 3IG1A 2AP1A 1EO1A 4FWQA 1LAVA 4E89A 2X6SA 3S3MA 4N0FD 1DLOA 4FPAA 1JCEA 2OPQA 3NH2A 2JWKA 4GY2B 4G03A 4KBOA 3B8AX 4OPJA 1IBLK 3SQ0A 3BDPA 1ILYA 1UAXA 3E9OA 3AA3A 1GNJA 2VUFA 1NU0A 3ZT1A 4NYFA 2HBMA 3CM6A 4DQ8A 4QOZB 3FE1A 3MXJA 3KK1A 2ZQBA 1ATNA 4DV7K 3VESA 3CCJN 4BG9A 4GVEA 1DT9A 1RT1A 2A1SA 3P5JA 3VQ9A 3CMAN 1S1XA 2GUIA 5FRMA 3E66A 2BXEA 3KLFA 2ROHA 2O8BA 3QEPA 3P39A 1AO6A 3DLKA 3VPZA 4F3OA 3FZHA 4DB3A 2PBDA 3MXMA 3LAMA 4E1JA 1KC8O 2DBUA 2KW4A 1RDDA 1RT6A 2V7ZA 5M1OA 2D0CA 1OKJA 4J2BA 5J2MA 1IBMK 3A73A 3ATVA 3C0BA 3JXUA 2KWFA 3F2KA 1MIWA 3PSIA 4CGFA 3THYB 1MA9A 2BE2A 4PL8A 2DYOA 5KPZA 5JVGL 5GADP 1SL0A 4KHWA 5HRPA 3RR8A 1C1CA 5EX5A 1VQNN 4JI3K 4WQ4C 1KXPD 4V19S 4JYAK 3CQ8A 4Q5VA 4KHNA 1X9SA 1X9WA 1XUPO 4BVOA 3FGUA 3BEXA 2HMIA 4M7YA 1LW0A 3TSUA 2NRXA 3U9ZA 1RBVA 4OX9K 4OTTA 4CFBA 3PX4A 4DUYK 4LF4K 3LWLA 3AVKA 3LDQA 3LANA 1TV6A 4C23A 4GV6A 1QZ6A 2FLOA 4TQ1A 4ZTJA 1HJOA 2FBTA 4JKCA 1HK1A 4I6MA 4X64K 4G1QA 3IAYA 5GAGP 3OS1A 3EKUA 1E7FA 2XVQA 3M99C 1KDXA 1BUPA 4CFAA 3A5NC 3ZX3A 3U4LA 3SIUB 3DWLA 1NGIA 2VGMA 1N34K 4A2BA 1IG8A 3ULEA 4O5BA 3M8QA 1HYVA 3G6EN 2R7YA 1NK6A 3E1YA 1YIJN 2UXBK 3DYAA 5FUOA 2E2PA 4N3ZA 2B6AA 2O8CB 1IH7A 4JI6K 1HQUA 3L4IA 1ITGA 3E9LA 3O6WA 3R1XA 2BXQA 3R3LA 2HBJA 3OYAA 1XNRK 4N41A 2E2NA 3ZYYX 3NFAA 4E7LA 1LOTB 5I42A 2G8WA 4BKEA 1NGDA 2IDOA 4MO5A 2P9KA 4N5SA 1VSEA 1VHXA 3NF8A 1O9XA 4B3OA 5AQIA 4O0JA 3QERA 2NUBA 1Q82O 3HSCA 1GLCG 1W0HA 3PUFA 3TAEA 4K41A 2A41A 1HR0K 3NVMA 3M3ZA 4H0XB 5AQSA 3GG4A 2RHKA 4K25A 5AQNA 4PL7A 1HK5A 4OPAA 4BG8A 2O8EA 1JKHA 1ZBSA 2LOQA 1IBKK 1Y64A 2Z8KA 4ISEA 3MHHB 4FXDA 1VQ4N 3V08A 5EY4A 4CEBA 3VEYA 5KRTA 1JL2A 3TSPA 2G8UA 3CC2N 2O8CA 4RG8A 1NGBA 3SCXA 3MEEA 1BQNA 2P9IA 4BE1A 1C0GA 5I3UA 5HLFA 4W5QA 2QM1A 1IKXA 5BPLA 4CF0A 3BY5A 5FROA 2IGIA 3THWA 2BXHA 2AA4A 2ITGA 2BGGA 3HPOA 1RILA 3OY9A 3CCRN 2OANA 5LMNK 3SPYA 2DFFA 4MO4A 4FYDA 1E4FT 1Q86O 1TK5A 3O80A 3D6RA 1R0AA 2ASOA 4IFEA 2JWLA 1RTHA 4CHZA 4DG1A 3OYEA 3T3FA 4HUEA 4KV8A 4L8UA 3SMPA 3ZSYA 3DI6A 4ZC6A 3KIKA 2Z1IA 4BRLA 4B3TK 2VG5A 4FVUA 4BY9C 1SL1A 5BRFA 3L8BA 3VGLA 1O13A 3HL8A 3MK6A 4J2DA 4Y1CA 2HOEA 5SWMA 1UOCA 3CCUN 3KLIA 1LCUA 3B6PA 3NE6A 3SPZA 1T8EA 3NGZA 5EOYA 5TKYA 4FWPA 3L2QA 1CZAN 2O8DB 3A5OC 2Q0RA 3OYKA 5JICA 1C6VA 2IVPA 2WONA 1K8KA 3HYFA 4DTMA 2HHWA 4OKJA 3ZETA 4LF5K 4BDZA 1BL3A 2I7PA 3AA5X 2ZE2A 3NF6A 3MECA 1GOBA 3VQPA 1VQ9N 4IO8A 2YKNA 3U9DA 1I3AA 4HUGA 3AARA 4ZBQA 5ADXA 3PY8A 3ZT4A 1HYSA 4E1MA 2D4WA 3QDKA 5J1EA 3HZ6A 3HOSA 3G25A 3MDQA 4FLYA 1VRTA 4UQGA 4PQUA 3ZT3A 3QESA 2P5GA 3OHRA 4DHYA 4GG2A 4IG0A 4GV3A 4Q0BA 1DTTA 1Y97A 4CFCA 4Z69A 2XVWA 3L2RA 3CI5A 3MN5A 2XY6A 4F2SA 2NRTA 4GW6A 3OBWA 1KCFA 2PYLA 4CIGA 1HNIA 2F96A 3NVKA 4FLXA 4DR6K 1E78A 1YJWN 2OA8A 1NGHA 2A40A 4PA1A 3OTOK 3OYFA 3QEWA 4PY5A 3R9PA 1EP4A 1XHZA 4IWVA 1J54A 3T1AA 3C7NB 4DF8A 2VDBA 5FDLA 3ZSVA 4LUFA 1M90O 3TABA 4B1ZA 3BZCA 1NK0A 4BR4A 1N6QA 2BXDA 4BRFA 5C15A 2YNFA 4JKGA 1JLFA 1KW2A 3NAEA 1U6ZA 4IW1A 4DU4A 4FWOA 5CZ1A 3CCQN 3EZ5A 3VEZA 3V9WA 3GE1A 4B08A 2BXOA 1TKXA 3DXMB 3WQUA 3HSTB 3UKUB 5AQQA 1WUAA 1BJ5A 2E0XA 1RDAA 4DR1K 5D3GA 1TAUA 4FIPB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  5GIN A;  5GIO A;  3NVM A;  5GIP A;  4BY9 C;  2OZB B;  3SIV B;  3NVK A;  3T7Z A;  3GQU A;  2NNW A;  3GQX A;  3NMU A;  1NT2 B;  3NVI A;  3ID6 A;  3ICX A;  3PLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ6 N;  1RFQ A;  4YDU C;  5F0X A;  3L2V A;  4CZK A;  1FK9 A;  3LP2 A;  4CFD A;  3O8M A;  4AHT A;  3OJU A;  2BXI A;  3B9M A;  1XNQ K;  2VUE A;  4IZ9 A;  4LUH A;  1TYQ A;  5KRS A;  2IVO A;  3VQ8 A;  1QQC A;  3AGK A;  4O8K A;  4CK1 A;  1RT4 A;  5AQJ A;  5AZJ A;  2HBK A;  3AO5 A;  1NM1 A;  2E5L K;  1ESV A;  4MLE A;  2BXA A;  2XY8 A;  3AVJ A;  4BE2 A;  1DTQ A;  2YJF A;  1WNS A;  3V6D A;  2BXB A;  3A5M C;  4CJQ A;  3U6F A;  2A1R A;  4FJX A;  4DR5 K;  3D45 A;  3K59 A;  4BR2 A;  1C1B A;  4IJA A;  4K2C A;  1W9H A;  2IOC A;  3DLE A;  4Z4H A;  3TTF A;  3SZ2 A;  2DG5 A;  2GWK A;  2E6L A;  3VN5 A;  4M3U A;  1NGG A;  1HKC A;  4FLU A;  1YTA A;  2HNZ A;  1YJN N;  1E7I A;  3HPG A;  1T7P A;  5EVZ A;  3RMB A;  4J2V A;  4EHT A;  4FJG A;  5A2Q O;  4JKA A;  2P51 A;  3DRP A;  2EHG A;  3MWP A;  1NMD A;  1N33 K;  3C6A A;  3NCI A;  2F8T A;  2UUC K;  4DTS A;  2FF3 B;  4B9U A;  3SI6 A;  3DM2 A;  5IJE A;  4ILG B;  1NGE A;  4KFB A;  1SQK A;  4E7I A;  3HXM A;  4ELV A;  4A62 A;  4I2Q A;  1LNS A;  4JNE A;  2XRI A;  4FWK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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