5GINA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 9 nt substrates
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 129
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5ginA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ginA01
2OZBB 3NVKA 3SIVB 3GQXA 3NVIA 2NNWA 3GQUA 3NVMA 3ICXA 3NMUA 5GINA 1NT2B 5GIPA 4BY9C 3ID6A 5GIOA 3PLAA 3SIUB 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WT0A 1X1PA 3S9HA 2UYTA 3ZSRA 1IKYA 4F3TA 3CERA 5AQHA 2NRXA 4H4OA 3EN9A 3OYCA 3ZLJA 1RFQA 3E66A 1WN7A 3NAEA 4BGBA 1U2VA 2I2ZA 4CJLA 3SK3A 4B9VA 1NG9A 3EYZA 2E2QA 3MECA 3PUFA 4YY3K 3IKMA 1X9MA 4KB1A 1BISA 3K9KA 1L3UA 3HJFA 2XHBA 3DI6A 3LM9A 3TSQA 4LC9B 1Q82O 4FWNA 1BOTO 2RPIA 5IT9O 2E0XA 1KAXA 1Q8IA 4CIFA 4H0TB 1SUQA 1SZ2A 1VSDA 3TAEA 4EZ6A 2J4RA 2O8CA 4XEIA 4F5TA 5AFUA 2Z1JA 2JLEA 2XW1A 2QWQA 4C8LA 3VQ9A 2Q97A 4CHZA 4EMXA 4DFKA 2YNFA 1GOCA 4NLBA 3VF4A 3KLHA 4NLCA 4DTJA 1WBDA 3HK2A 4DKWA 2E1YA 4ILHA 4IEEA 4BRFA 3LU6A 5H1SQ 2P5OA 4C1NI 3CC7N 2YKNA 3H3AA 2F4VK 3O9RA 3MHHB 5JLFA 4YNQA 3S3MA 2ZF5O 1HX1A 2ZM6K 4LF5K 4OGEA 3A0IX 3OBYA 3H3NO 1UWBA 3DLEA 3IRXA 3UIQA 4CGHA 2P9KA 5AQTA 5J2NA 3S41A 1N36K 4FK5B 4FLTA 4BE2A 3KHYA 2VQFK 2G8KA 4PUOA 4OO1J 3OBWA 1CLQA 3AGKA 1J78A 3QEPA 1ASUA 1VQ8N 4FK0A 4I9LA 1NGEA 2IIRA 4LA0A 2IGIA 4B3RK 2OANA 3L3VA 3P4IA 1P90A 3AY9A 4BDPA 3AA5X 3AVMA 3HM8A 4FJIA 3KKSA 4E1NA 1VQ4N 2HMPA 1XC9A 4BR9A 1QSYA 1RT6A 3VEOA 4A5AA 4JNEA 2A41A 1NGGA 3P1GA 2OZMA 2D0BA 5JICA 1RTHA 1RGIA 5IIHA 4IZ9A 3HL8A 4DF4A 4M7YA 4FJKA 1J5OA 3VOVA 3THYA 1OH7A 1Q7YO 4FWRA 1BJ5A 3TANA 5KTQA 4FIPB 4X62K 3W3DA 4FJGA 3PX6A 4DV1K 4FCYA 3CPWM 3R6MA 4H4MA 1UAXA 4RW8A 3JS6A 4Q5VA 3ATUA 4N47A 1T6DA 3VQEA 1S1WA 1J7EA 3U9ZA 2YNIA 2DBUA 3MXMA 1SQKA 5AZJA 4DHXB 3DOLA 4WE1A 4L9QA 4F5VA 2PFUA 2HB5A 3L0QA 4DV0K 4BR0A 4WYBA 4DV4K 1ASVA 5FDLA 3LU8A 4HCBA 4JI8K 4U67L 5LJVA 3V81A 2X78A 5FPEA 1TAUA 1VSIA 3HVRA 3VN5A 4CZHA 3KJVA 1K73O 5HLFA 3SQ2A 2P1JA 4MQ3A 1BO5O 4HTLA 4JHDA 2Z1GA 4EHTA 3M1FA 1X9JA 4GVMA 5FPNA 3OHRA 3U3GA 1S5JA 4DCHA 3MEEA 1XC3A 2QMCA 5DM7L 2HOEA 2YHBA 1NMDA 4EIAA 3ISNC 5AFUH 1WAJA 4HUEA 4JI1K 1HPZA 3VQPA 4F3OA 4YOWA 2DTUA 4QOZB 4BACA 1BIUA 4IJAA 4DQRA 4J2AA 1YI2N 2VQEK 3OJUA 3FR0A 3GE1A 4BDYA 4CJSA 2QWMA 3L6QA 2QK9A 2D0AA 4JKEA 4A62A 5EOYA 4BQLA 4CFBA 4C23A 1HK5A 4IFYA 1J53A 3U4LA 4RTFD 1SV5A 1JLQA 3GBTA 2ITMA 4CK3A 3DOKA 1Z05A 4C8NA 3KLEA 5E84A 5HRNA 2DBXA 3ITHA 2VUFA 4B1XB 4AH9A 1XWLA 1N5UA 3CETA 2A1RA 4KFBA 4OKKA 3ECPA 3SPYA 5BPMA 1HK1A 4CECA 3QERA 2OTLN 4KAZA 1ZBHA 1WAFA 1YXQA 1WSIA 4F8RA 4FL9A 3SUPA 5HOZA 3AVIA 1KQSM 3PLAA 4DQQA 5CHIA 1C6VA 4KBOA 4LSNA 3K2PA 4XIUA 1GLLO 2JGUA 4JI6K 1QSLA 5JLHA 2HHTA 3SBTA 1RDAA 4I6MB 1ATSA 3TTDA 2ZGYA 2W41A 4FO0A 3D7EO 5F2RA 5M1PA 3CQYA 1NMNA 3HOTA 2ZJRL 3T19A 4KTQA 1HJOA 1GOBA 5F1XA 2P9IB 3I0SA 3R8EA 3VETA 3VQ6A 3MEGA 3GA9L 3QEWA 3NVIA 1KW2A 4DSIA 3OTOK 1SKSA 1WBBA 1VQ9N 3CXCM 2BXBA 2F8TA 1KAYA 4FWOA 1LWCA 4IOXA 3DJCA 3IAYA 1QQNA 1IJGA 1C1CA 2AA4A 1LCUA 3QEIA 2E4LA 2ZWHA 2FLOA 3VTHA 5BRHA 3NBPA 5TKYA 2NZTA 4M7XA 4F9OA 4O55A 5GHKA 4N56A 4EZ9A 3NH1A 4GV3A 1NKBA 4WF9L 3MWPA 3MEDA 4FJLA 3VMFB 1S3XA 4MDAA 4AHRA 5A2QO 3D2FB 1EP4A 4UY8O 4DV5K 2VYPA 2G8HA 4CF9A 4BRIA 4CHPA 4IXCA 3MK6A 4XH5A 1XI1A 3L8BA 2F9WA 2ASMA 4CJUA 4Z4IA 5HRSA 2BXKA 4J2DA 4CHYA 1YHQN 5AQMA 5BR9A 4DTXA 3J7AP 1YJWN 4W4UB 1EWRA 1VQON 3VESA 4QS8A 5HP1A 5DBYA 3C6AA 3WEEB 3FZKA 1LV5A 1KDXA 2A42A 2B4JA 3RMBA 3CCJN 4B8AB 2ZQBA 1DGKN 3ZSWA 5EU7A 3WXMB 4DR5K 4K71A 3AAPA 4JD2A 1JLBA 3K5MA 5DK5A 3QEVA 1ZBUA 1NGBA 3MN6A 2P9UB 3HZ6A 4YOYA 3I55N 3NMUA 2DPNA 1V4TA 4B1ZA 4W5OA 4RW7A 3NHGA 3MAQA 1QQOA 4LF4K 3V08A 5AQLA 3I56N 5FPDA 3ZT4A 4BR4A 4BG9A 2OA8A 3IG1A 1LWFA 4KHWA 2FBTA 3SCXA 1SL2A 3R1XA 3DXMA 1BA1A 1E7AA 4MO4A 1DLOA 3OYHA 1S6PA 4DQIA 3D6RA 5C0YA 1JNBA 3O3HA 3NVMA 2QI2A 1RDCA 3AO3A 4A59A 2NRRA 1NK7A 2ZD1A 4B1UB 4CI6A 1WOQA 4HGMB 3EO3A 1IO2A 1HR0K 4NCGA 3SJJA 3NCIA 3JRYA 3H6EA 1TKDA 3FFIA 3SAGA 4OR0A 4F4KA 3QBXA 2BX8A 4CESA 2NNWA 1EQYA 2O4GA 3IUCA 2XVUA 3SI6A 2O8DB 2HW3A 4F2SA 2KFZA 3V1OA 4K8XA 3B8AX 1RBVA 1JXBA 4CK2A 2E5LK 2UUAK 3CQXA 5M1OA 3SV3A 4NB4A 3O1WA 1RCHA 4DU1A 3TWHA 3O08A 3U8XA 3O5BA 3W1SA 5GINA 2IAJA 3C7NA 3SBGA 3A8YA 4JV5K 4K8ZA 5BRDA 1K8KB 1Q18A 3A5LC 4CEDA 3KWGA 3EKSA 1VAZA 5AQZA 2GWJA 5DMRA 1N6QA 4JK4A 2BXEA 3G6EN 4EFHA 2VGMA 3H1VX 5BR8K 3V9WA 4JI7K 4JLHA 4Z0UA 2XY7A 3WXJA 3MCPA 1T05A 1Z25A 4PQUA 1ASWA 4FPAA 4LB9A 3BY5A 3AA3A 4FZYA 4Z4GA 2Q0RA 2D4WA 1SL0A 3F9KA 5KQDA 3TAFA 2XW0A 3ZEUA 3L3UA 2IVOA 1IKVA 4CBUA 5I3UA 2YHYA 2O8EB 4B9LA 1FW6A 1YF5L 4JI2K 5AQRA 3U3YA 4DS4A 1KVCA 3ID8A 1IH7A 3LPUA 4CJ5A 3RRGA 2BXAA 4DTPA 3AVCA 3WNHA 4G04A 4B3SK 4BROA 3MN5A 4PO0A 5GIPA 3AARA 2HNDA 3T1HK 2E88A 3ID6A 4DS5A 1GLFO 2LOQA 3I8BA 3EE8A 3OA9A 4FWQA 3HT3A 1X9WA 5AZIB 4BGAA 4BVPA 2OPRA 4H5WA 3C95A 1HJRA 1NK6A 1UA1A 4DU3A 4BRMA 2FBYA 2I30A 3AV9A 2WOMA 4N76A 2GUTA 4C8OA 2UXCK 1H5WA 4DSFA 2YNGA 4DLEA 3DLRA 1TF0A 3DLLL 1OVYA 4AHCA 2EFHA 2GTDA 3TSUA 4BVOA 1RT5A 2DG5A 3WHQA 4KI6A 4FSVA 1S22A 3NVKA 3O1BA 3SIVB 4W5QA 4A57A 1BA0A 4IG0A 1J54A 4CGIA 2FF3B 3ZSXA 4S1YA 3RWUA 1BCOA 3O9QA 3DXKB 2YI1A 4IKFA 2B5JA 3K58A 2ITGA 4DB3A 1NGAA 2WONA 2BANA 3SNNA 4FJ5A 1GNIA 4B9QA 4DR7K 5B8HA 3M5RA 4BRDA 2QWPA 1E7IA 2HHUA 3SV4A 1VQ5N 5AQXA 4KH4A 2E2NA 4YDUC 1NGHA 1TUYA 1KLMA 4CZGA 3SAHA 4PWDA 1GOAA 3CCVN 1WSEA 1KVAA 1TL1A 2XY6A 1KXPA 4B8CA 1H9ZA 3VQ7A 5CE3A 4MO5A 3OY9A 4EAHD 4WFBL 3FGUA 1S1TA 1E7GA 3V9XA 1VQNN 5E26A 1VSKA 1ESVA 5EY4A 1T3VA 3D0PA 1SKWA 2HHSA 4E7LA 4KHNA 2P9PA 4LFAK 1LOTA 4CD3A 1JCGA 2FBXA 3H45C 5KGWA 3VQAA 4JKGA 5C25A 5FPMA 1EETA 4PKHA 2UXBK 5DM6L 1FKOA 3PSIA 3T69A 1GLJO 5AR0A 3LZIA 4O4GA 3DM2A 4OTTA 3OW2M 3DLKA 3EKUA 4FK2A 1YIJN 4IW2A 5AQIA 3J7ZO 2Z1HA 2XO7A 2BXCA 2IVNA 1NKEA 3KK1A 5HROA 2I7PA 3QEXA 3M8QA 2VGNA 4G1QA 5C24A 3S3NA 2AGHB 1XHXA 2GEMA 1K8AO 3OYLA 4U7BA 3BZCA 1GNJA 1HRHA 2AJQA 1U45A 4CE9A 4EP5A 5FLXO 4RG8A 1N8RO 4JK8A 2E6LA 3O8MA 1D4XA 4DTSA 1BQNA 3LDOA 1DTQA 1RDDA 5LY3A 4OPHA 4KHYA 1VSHA 4H0PA 2WFBA 1BGXT 3U9DA 4E7IA 4CBWA 3M6GA 3A5MC 2BXLA 4MBEC 3OYIA 3L2RA 1X3MA 2Z8IA 4CCHA 2HSTA 1BKEA 4CJEA 4IO8A 1EWQA 4LSLA 3SMPA 2R7YA 4W5TA 2QA4N 3CI5A 1T7PA 1T6CA 3CHWA 1RTIA 4R79A 4YDUA 4OPAA 3O80A 5EX5A 2RKIA 3VENA 3RMAA 4DFJA 1N5YA 1DT9A 3M8SA 2HHHK 4LD0A 4H0VB 2WUSA 1XNRK 4G03A 4CHQA 1YVNA 3SMSA 3VGLA 4CF0A 1Q9XA 1P8ZA 4IJNA 3MX5A 1Q9YA 1V4SA 3K59A 1NJWA 2OCEA 1YJ9N 4KH5A 2DFFA 2GUIA 1N32K 1WSHA 1HYVA 2YHAA 4KTWA 3RMDA 3UIVA 4BE1A 1J5EK 3TARA 3V4IA 2XY5A 2UUCK 5AQPA 4C31B 4F5SA 4JYAK 1HK4A 4LUHA 1TUUA 4Z4CA 3CFPA 5C12A 2HF4A 4E1JA 4L8RB 3CM5A 3THXB 1BI4B 3B6PA 5HOOA 2Y1JA 4PA1A 3ULEB 3AVAA 1I3AA 3RVCA 4FJ9A 1B9DA 1ILYA 2XSIA 1I39A 2FF6A 4JS5A 2O8FA 2BTFA 1S6QA 4H8KA 2P9NA 3Q7BA 2GWKA 4CF2A 4CZMA 3ZETB 1W7AA 3AVGA 1SB0A 1FK9A 3UKUA 1Q86O 3OYMA 4O0IA 1T8EA 4DQPA 4DU4A 4B9UA 2KTQA 3OYDA 5M1NA 3TTCA 4BREA 1NGCA 3E1YA 2BH1A 4LY7A 4XH4A 4KV8A 2FXUA 3LWMA 1L3TA 3ICXA 4BRPA 2BXPA 2BE2A 4KH6A 3U6FA 1Z26A 3OYAA 4IDHA 3CCRN 1WB9A 1U2VB 1U04A 1W0HA 3B6OA 2RE2A 4CEBA 5BPLA 2PZSA 3VEXA 5AJ3K 3RR7A 4CZEA 4FLVA 1NGJA 1X3NA 2WBNA 2CGJA 4CJPA 3LPTA 3O9SA 1NOZA 3FE1A 1G99A 1QQCA 3KLFA 4IFEA 3MHSB 4GKKK 2CGKA 1BWFO 5FRNA 4TQ0A 1HPMA 2QXFA 1TYQA 3I33A 1RT3A 3AAQA 4B3MK 4DSJA 1VSFA 2O8CB 3KD1E 2BXNA 5J2MA 4IG3A 3EE9A 1E7EA 3CC2N 2V7YA 4FJHA 1E7BA 4GDLB 1RT4A 3GQUA 2E20A 1BCMA 4GW6A 4DTNA 4H03B 1VQMN 3VQDA 3LP3A 4JS4A 4O5BA 2Q2RA 4RCHA 3VQBA 2ZJQL 4KHSA 5CY4A 3EY1A 1XMQK 4OT2A 3KLIA 5KGXA 3SQ4A 1X9SA 4EHUA 1VSEA 3KZBA 3J7YP 1TK5A 2DFHA 3K0SA 4F2RA 1CXQA 3T1AA 3OYFA 1BUPA 3P31A 2HVIA 3SUOA 2QWOA 3NDKA 4FJCB 1ZBFA 4LH5A 3L4IA 4H5NA 4MLEA 3EEQA 1D9DA 1L3VA 2O8BA 3CJAA 4G9ZA 5IFOA 3EZ5A 2P9KB 1CXUA 5JVGL 1U48A 3BPJA 1ZBLA 1TK0A 2HNYA 3NGYA 2AJEA 3AO2A 2G8UA 4M3YA 2QM6A 4OVLA 4N0UD 3F2KA 4KKOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OZB B;  3NVK A;  3SIV B;  3GQX A;  3NVI A;  2NNW A;  3GQU A;  3NVM A;  3ICX A;  3NMU A;  5GIN A;  1NT2 B;  5GIP A;  4BY9 C;  3ID6 A;  5GIO A;  3PLA A;  3SIU B;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WT0 A;  1X1P A;  3S9H A;  2UYT A;  3ZSR A;  1IKY A;  4F3T A;  3CER A;  5AQH A;  2NRX A;  4H4O A;  3EN9 A;  3OYC A;  3ZLJ A;  1RFQ A;  3E66 A;  1WN7 A;  3NAE A;  4BGB A;  1U2V A;  2I2Z A;  4CJL A;  3SK3 A;  4B9V A;  1NG9 A;  3EYZ A;  2E2Q A;  3MEC A;  3PUF A;  4YY3 K;  3IKM A;  1X9M A;  4KB1 A;  1BIS A;  3K9K A;  1L3U A;  3HJF A;  2XHB A;  3DI6 A;  3LM9 A;  3TSQ A;  4LC9 B;  1Q82 O;  4FWN A;  1BOT O;  2RPI A;  5IT9 O;  2E0X A;  1KAX A;  1Q8I A;  4CIF A;  4H0T B;  1SUQ A;  1SZ2 A;  1VSD A;  3TAE A;  4EZ6 A;  2J4R A;  2O8C A;  4XEI A;  4F5T A;  5AFU A;  2Z1J A;  2JLE A;  2XW1 A;  2QWQ A;  4C8L A;  3VQ9 A;  2Q97 A;  4CHZ A;  4EMX A;  4DFK A;  2YNF A;  1GOC A;  4NLB A;  3VF4 A;  3KLH A;  4NLC A;  4DTJ A;  1WBD A;  3HK2 A;  4DKW A;  2E1Y A;  4ILH A;  4IEE A;  4BRF A;  3LU6 A;  5H1S Q;  2P5O A;  4C1N I;  3CC7 N;  2YKN A;  3H3A A;  2F4V K;  3O9R A;  3MHH B;  5JLF A;  4YNQ A;  3S3M A;  2ZF5 O;  1HX1 A;  2ZM6 K;  4LF5 K;  4OGE A;  3A0I X;  3OBY A;  3H3N O;  1UWB A;  3DLE A;  3IRX A;  3UIQ A;  4CGH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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