3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
b'FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
1NT2B 5GIPA 3NVMA 3GQXA 3NVKA 3SIVB 3PLAA 4BY9C 2OZBB 3SIUB 3NVIA 2NNWA 3GQUA 3ID6A 3T7ZA 5GINA 3NMUA 3ICXA 5GIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J2MA 3VERA 4L3QA 1NT2B 1K6YA 3HT3A 2P9LA 4CBUA 4BDYA 3MCPA 3V9SA 3CFRA 3VGMA 3RSEB 4I9QA 5JS2A 4FWLA 1HNVA 4IZ9A 5CYMA 4IFYA 3L3VA 3K59A 3IDHA 1NGAA 4DV4K 3F2KA 2NRWA 1HK4A 3TTFA 2BXBA 2QWNA 2ZD1A 1QHAA 3HOSA 2V36A 3O6WA 4H0VB 2IGIA 3AAQA 3QINA 4DR6K 4AHRA 2WTUA 1J78A 2NRRA 2V52B 2QK9A 2AGHB 4NAWB 3DOLA 4CVNE 5JLFA 3DLGA 2G8IA 2P5OA 3ATVA 3SQ2A 3THWB 2IVOA 4CD1A 4DSFA 3EYZA 1C1AA 1VQ6N 3UKUA 3BY5A 3I8DA 3LWLA 4CEOA 4O5FA 1RTHA 3AVIA 4FYDA 4YORA 1ATNA 5J1EA 3O9RA 5AQFA 4DR3K 3QEVA 4CIEA 1NJYA 4CESA 3CYMA 2Z8KA 3DLRA 3SQ1A 3OYCA 2QM1A 2W42A 4CK2A 3THXA 4K8XA 4ILJA 2BXKA 1VSHA 2D5RA 4GDXA 3GE1A 4UY8O 2KFZA 1GOCA 4IJNA 3M8QA 4CJQA 4CGGA 1E7AA 4B9SA 1ZBUA 4DTMA 4H8KA 1TKDA 2DYOA 1J9AA 2P9IA 4ID1A 1E7EA 4NLCA 1GLFO 1NGIA 2QWPA 4E7JA 2D0PA 1C0TA 3SCXA 3GL1A 2RKIA 5CR4A 5ADXA 2GWJA 5GHKA 1S1WA 5K14A 3TAQA 4JI8K 5FPMA 4NLBA 2VG5A 4LY7A 1L3SA 4GG2A 3MCAB 3HP6A 4KHNA 2GELA 2BXNA 1X3NA 1XC3A 1U4BA 2X6NA 5AZJB 3ZCMA 3NF8A 3VETA 1MWKA 2ROHA 4DF8A 4N41A 4TQ0A 1NK0A 4EP4A 4Y1CA 3EZ5A 1FJGK 4B9UA 4IW2A 4LF8K 2GV9A 4BRAA 1NGHA 1RTJA 3OY9A 4G1QA 2VG6A 5IWAK 2D0AA 1U2VB 1EWRA 5HRPA 3SI6A 2E20A 3CCEN 4BRIA 1TKXA 1HNXK 2BX8A 3DXKA 3SAGA 3VEZA 3OS2A 3PV8A 3GDQA 3S3OA 2E2PA 1YI2N 1NU0A 1Y97A 3FFIA 1YJ9N 1VFIA 4H03B 4RW6A 1S6QA 2G8UA 5HL7L 3LM2A 4BRCA 4OKJA 3P83D 3LDOA 4FWOA 3I56N 2XSIA 4LH5A 1DTTA 1H1VA 1H5WA 5EVZA 3M1FA 4CF9A 4IOCL 2E2QA 3UB5A 2WBNA 4F4KA 5SWMA 3LZIA 3MN9A 3R1XA 2HF4A 3J7YP 3VGKA 1FKPA 1NGFA 5HOZA 2NRZA 4A61A 4EHTA 1S22A 2Z8IA 3H3AA 1QQNA 1BHLA 3NH1A 4GV3A 3S3NA 2EX3A 3LM9A 4JN4A 3H3OB 2Q36A 3GOIA 3U9ZA 4BR4A 1GOBA 1S9GA 2PZSA 3UKRB 3R9PA 4GV6A 1MIVA 5F2RA 2HHHK 4JKGA 3VF2A 1TUUA 3AVFA 3BZKA 3SBGA 3T1HK 4ISGA 4M7XA 4J8FA 4BC2A 1LWEA 4E99A 1WSJA 1D9DA 4DWIA 4M3ZA 3CIPA 3EY1A 3CPEA 1HYVA 1IO2A 4JD2B 3SAFA 3VF6A 1X9SA 3MECA 3UIVA 2E2OA 4O4GA 5AQKA 3PX0A 1BG3A 4FZXC 2F9TA 4JKCA 3QEIA 3AVKA 4DR7K 2KQ2A 4NXNK 3OW2M 3CCLN 4BY9C 1HJOA 3FNMA 3C6AA 5AQHA 4CHQA 4CF0A 2E2NA 3NH0A 3HXMA 5M1KA 1R0AA 4DMNA 1OVYA 3HVRA 3LANA 1HKGA 1S9EA 3D2EA 1E3MA 3SJJA 4CZFA 2O8CB 4FM1A 2CGKA 1TYQB 3QEWA 4CEZA 3ENOA 5C2FA 3K5MA 1SV5A 5E41A 4F2RA 3L2UA 1S1TA 4JS5A 3THYB 2BXLA 1WSHA 3RMAA 1RT2A 5FRMA 1TAQA 4X62K 2HHTA 3W0LA 4M3UA 4CZKA 1WOQA 3LALA 4KHWA 3HBTA 1YHQN 4W5NA 1JXBA 3JS6A 3KJVA 2HNYA 1K9MO 2FF3B 4YDUC 4DU3A 1WSGA 1C0FA 3VESA 4AF1A 1NJZA 3AVNA 3L0QA 5IT9O 1N5UA 4OTTA 3RR7A 4B9NA 4JKDA 4Z4GA 1QSLA 1YXQA 5M1PA 2HF3A 4B1WB 1QS4A 3CXCM 1NJIO 5C0YA 4BVPA 2Y1IA 1VSLA 3CCJN 1NK5A 3ICXA 4F5UA 4FJHA 2DFFA 4MBEC 3CI5A 4FWRA 2E4LA 2GUTA 2E8AA 1VRUA 3NFAA 3VF4A 4OLAA 1QSSA 4LFBK 1NMNA 4H0OA 2QXLA 3KWGA 5HRSA 4CBXA 3G71N 3SNNA 2ZJPL 3O9TA 3HPHA 3WEEB 2NNWA 1VRTA 1O13A 1JXEA 2ASOA 3CHWA 2E88A 1U04A 4E3SA 2YDFA 3G9KD 1U49A 2P9KB 2XO7A 4ZBRA 2V7ZA 1NGEA 2VGMA 4ZCGA 1RDAA 1W9HA 3U9DA 3C95A 4JKFA 4BR7A 3CETA 1NBWA 1ILYA 2IVPA 3MN6A 1IKVA 3SUOA 5B8HA 3OS0A 4LF5K 4B3TK 3PUFA 4GY2B 4CFDA 4LD0A 1JJ2M 4LF4K 4E7HA 1BI4B 1S1UA 3LU6A 3T19A 3ID6A 1W7AA 2RHKA 3LP1A 2UUCK 2D0BA 2HVHA 4CI6A 1LAVA 5EU7A 4DQPA 4ZUXV 1TXUA 4Z9OA 2XW0A 1SB0A 1UA0A 5ID9A 1D5AA 2Z1GA 3RRGA 1QHTA 2BXPA 5CHIA 1SAZA 3QB0A 1E7BA 4JHDB 1LAWA 2QTDA 2OZMA 4PKHA 4GVEA 2G8HA 4OKEA 3KLGA 4H5NA 4PHTX 2P9NB 5F1XA 5AQOA 2QKKA 4FOEA 3QNOA 4PUOA 3ZETA 2UXCK 3SAHA 1SL2A 3SUQA 4PQUA 3MXJA 5C24A 3CJAA 1FXXA 1KLMA 1ESVA 3ZSRA 4MDAA 4CFBA 1KVBA 1VSDA 3H3NO 3WQTA 5C15A 3TSUA 1XNQK 1T8EA 3MK6A 3VQ4A 3O08A 2O8FB 3TAFA 4DF4A 1XMQK 3DJCA 3ZX2A 3LP2A 2VQEK 3F9KA 3U6FA 3KD5E 4DLEA 4FLVA 3JAMO 4IFEA 3DMJA 3AO5A 4BROA 3PLAA 4IXCA 3NE6A 1RBSA 3O4NA 4BQLA 4B9VA 4JK8A 4DFMA 3RSEA 2NRHA 1WB9A 4CJSA 3FZHA 1T3VA 3C65A 3CJ1A 3VEVA 3ZT1A 4YOWA 5E84A 3AV9A 4RW4A 4FJCB 1TL1A 5IIXA 3LWMA 1IJJA 4K2CA 2YV0X 3MHHB 2O4IA 4A2BA 3HM8A 1DTQA 3D2FB 1E7FA 3AO4A 5BPMA 2QWMA 4JLHA 4EHUA 2V51B 3RRHA 2YNHA 2E0YA 3THWA 1VSEA 4N76A 3V9ZA 1YF5L 3V4IA 1UWBA 1VQ8N 4PWDA 2O8DB 5AQGA 3UIQA 2QKBA 4B9LA 1E4FT 2JGUA 5KQ8A 2PBDA 1DGKN 2QWQA 3NGYA 3DLEA 3RR8A 4FCYA 5BREA 4B3OA 1YJWN 4OR0A 1QTMA 4DTUA 5AQLA 4BG8A 4BQZA 3O8MA 3NBPA 4BR2A 3K2PA 4BRGA 4CK1A 1A5XA 2PY5A 3HPOA 4OPKA 4B08A 2QW9A 4JKAA 3AO3A 3T7ZA 3ZT3A 4YOVA 2JWLA 5AQPA 4GV9A 3ENBA 2GEMA 3JYTA 1TK8A 2E1YA 1R59O 4M63C 3OYEA 4HTUA 2O8BB 3TAMA 4J2VA 4DHYA 4KBOA 3D7EO 4JK4A 4DV0K 1KTQA 1HNWK 3KK2A 3QO9A 4BRQA 4BE2A 1E7CA 1JCEA 3MHSB 3KTQA 3MEGA 1Y64A 4CJFA 1N8RO 2YJFA 1BA1A 1IKXA 3V1OA 1NG9A 4XH4A 5JVHL 4FM2A 3AGRA 1NGGA 4FJ5A 3RMDA 4IOXA 1XNRK 4O44A 2QMCA 2WONA 1BUPA 1JL1A 3O3HA 1T44A 3OYFA 3AVMA 4KI4A 3VQ8A 2BXIA 2AA4A 4CJPA 2P9UB 3EL2A 4AHSA 4FWNA 5GIPA 1Q8IA 2VWJA 4BRFA 3SV3A 2YNGA 2BXQA 2JUHA 2G8VA 3CCMN 4FK5B 1NGJA 4LH4A 5AZJA 2HSTA 2P5GA 3WNHA 3NVIA 4C23A 3P31A 1KQSM 1RDWX 1TAUA 3B6OA 4WQ5A 2NRTA 2DTUA 1VSIA 4BWMA 3M8RA 3QICA 3NF9A 5KPZA 1U2VA 3VQPA 1WSEA 2IIRA 2PFUA 4DSLA 4CJ5A 5TKWA 4KRFA 1D4XA 4FJJA 4A57A 2Q97A 1Q7YO 4HWIA 5AZIB 4QS8A 1HUXA 4M70B 5BPKA 1X3MA 1I94K 2CKXA 3C94A 2D1KA 3FE1A 3E9PA 1HPZA 1T6CA 4JI0K 1CZAN 2IC3A 4OKKA 1VQMN 4KV8A 4E1NA 3NCIA 4AHTA 4IDHA 1RT3A 3G0ZA 4CJ3A 2HMPA 1VSFA 3CC7N 3ID8A 4QAGA 3ZYYX 2EWSA 1BGXT 3BZCA 1H9ZA 1MWMA 3O9UA 1NGCA 3GG4A 3O9SA 1RBVA 2BXCA 1FW6A 1KVCA 1JL2A 1E7GA 2CH6A 3WXIA 2IDOA 4CW7B 2W6KA 1NM1A 1SL1A 1K8KB 1MU2A 3GBTA 1RDUA 3A2FA 4DV5K 4OPAA 3EZWA 4A5AA 3IS9A 2DFHA 1RT4A 1N5YA 2A5XA 3TSPA 1QVFM 2YKNA 4BWJA 3N4PA 1NK8A 2HB5A 5KRTA 4ZHRA 3VEXA 3HRGA 4CD3A 2VQFK 3UKRA 3MEDA 3WXLA 2FF6A 1A5VA 3MEEA 4BRDA 3V81A 2BH1A 1P90A 1NKEA 2CGJA 4ZTFA 1YIJN 1S6PA 3TI0A 1KDXA 1N33K 4BRNA 1S72N 5BRHA 4M3RA 2EFHA 4OPJA 4BRMA 3AVAA 2DYMA 2I30A 3KLEA 3CC4N 3ATUA 5HLFA 3QEPA 4ID5A 3VQBA 4JD2A 3DLHA 5KPTA 3QIPA 1IBMK 1RDBA 3EO3A 5BPNA 2DFEA 3T1YK 4FO0A 4FPAA 3V6DA 3QLHA 1HKBA 2LXSA 1NK9A 4FJIA 5GAGP 2KLAA 3P5JA 1YT3A 4C8MA 3BF3A 4ICLA 3QBWA 3VQEA 3LPTA 3BUZB 3M6GA 4CHNA 4LSNA 4IO8A 4DV7K 2DY4A 1OH7A 3ZEUB 2YHWA 1XHZA 2O8CA 1RNHA 1TYQA 1D9FA 3JRYA 2QWLA 4FSVA 3HP9A 4CJRA 1J7EA 2DPNA 4HUFA 4LC9B 3THYA 1JNBA 1ITGA 2ASMA 2J4RA 1HPMA 4Y0WA 3O3GA 1FKOA 3HYFA 3KLIA 2HHSA 2W40A 3ZX0A 2RF2A 2LQHA 4IG3A 4BE1A 4LUHA 3L8BA 2HVIA 2ZJRL 2GTDA 4E1JA 3TAPA 4C8OA 4FK4A 3A73A 4DR4K 4KTWA 3ALYA 3OYGA 1RILA 4YOYA 1ZBIA 3A5OC 4Z4FA 5EXWA 3CCRN 3ULEB 5IIHA 3TDLA 1NOZA 4Z4CA 2PYLA 3DAWA 1DT9A 5IJ5A 3O3FA 2D4WA 5J2QA 4FW1A 3WT0A 3SLCA 3KK7A 3HSCA 4IEEA 1ATRA 4I2QA 3DXMB 5FPNA 4FM0A 4C8LA 3LP0A 2RPIA 1ZBFA 4K42A 3NGIA 3IRXA 3CMEN 4O8KA 1RDDA 1CZ9A 2KZZA 3EE8A 1D8YA 4RW9A 1GOAA 1XI1A 2YI1A 3WEEA 4B1UB 3CERA 5A2QO 2QM6A 1MA9B 3TAGA 4ELUA 3J8AA 2P9KA 1RBUA 4O5BA 3FZFA 4DCHA 2AJQA 2VG7A 1WN7A 3P39A 3TU5A 1LOTB 3SMPA 4DLGA 2HBJA 2VWBA 1VQ4N 1LW0A 2BXOA 1C0UA 1JKHA 1NK4A 4FJ9A 3CJCA 1RT5A 3HPGA 3IAYA 4DKWA 3AVJA 4BC4A 1NKBA 1BI4A 1EWQA 2VUFA 3PSFA 3LDQA 5AJ3K 4CJLA 4M3WA 3SK3A 2W6LA 3FFKB 4ILGB 1VQKN 1KAZA 5FDLA 4NYNA 1Z26A 1ATSA 1JLBA 2G8WA 2FBYA 3CQ8A 2WUSA 3VEYA 3MXMA 3OA9A 1GNIA 4K71A 1IG8A 4DQ8A 5KTQA 4JHDA 4IW1A 4ISFA 3WUHA 1VK0A 1NK7A 3DYAA 2P9NA 4EZ9A 4AH9A 4H0TB 3LPUA 3FZLA 3BGRA 4IOAL 2FXUA 2EFDA 5AQWA 1HA2A 3DM2A 3V1RA 5AFUH 3E66A 3CCQN 1Q82O 1CXUA 4QS9A 5AQTA 4W5OA 1K73O 4DUYK 4O55A 2HW3A 1DLOA 4DV2K 5C42A 4FVUA 4TSXA 1FK9A 4CGHA 4O8UA 4OLBA 4TQ1A 1LNSA 4N3ZA 3BDPA 3SBTA 1IKYA 1Z6RA 4HVJA 2O8FA 1ZXOA 4FWPA 4KB1A 5HRRA 4WE1A 4UQGA 4BGAA 1YAGA 1TKZA 3N4QA 1HQEA 5ID7A 2I7NA 3EN9A 3P4IA 1BL3A 2FSKA 1G99A 4I6MB 1WUAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NT2 B;  5GIP A;  3NVM A;  3GQX A;  3NVK A;  3SIV B;  3PLA A;  4BY9 C;  2OZB B;  3SIU B;  3NVI A;  2NNW A;  3GQU A;  3ID6 A;  3T7Z A;  5GIN A;  3NMU A;  3ICX A;  5GIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5J2M A;  3VER A;  4L3Q A;  1NT2 B;  1K6Y A;  3HT3 A;  2P9L A;  4CBU A;  4BDY A;  3MCP A;  3V9S A;  3CFR A;  3VGM A;  3RSE B;  4I9Q A;  5JS2 A;  4FWL A;  1HNV A;  4IZ9 A;  5CYM A;  4IFY A;  3L3V A;  3K59 A;  3IDH A;  1NGA A;  4DV4 K;  3F2K A;  2NRW A;  1HK4 A;  3TTF A;  2BXB A;  2QWN A;  2ZD1 A;  1QHA A;  3HOS A;  2V36 A;  3O6W A;  4H0V B;  2IGI A;  3AAQ A;  3QIN A;  4DR6 K;  4AHR A;  2WTU A;  1J78 A;  2NRR A;  2V52 B;  2QK9 A;  2AGH B;  4NAW B;  3DOL A;  4CVN E;  5JLF A;  3DLG A;  2G8I A;  2P5O A;  3ATV A;  3SQ2 A;  3THW B;  2IVO A;  4CD1 A;  4DSF A;  3EYZ A;  1C1A A;  1VQ6 N;  3UKU A;  3BY5 A;  3I8D A;  3LWL A;  4CEO A;  4O5F A;  1RTH A;  3AVI A;  4FYD A;  4YOR A;  1ATN A;  5J1E A;  3O9R A;  5AQF A;  4DR3 K;  3QEV A;  4CIE A;  1NJY A;  4CES A;  3CYM A;  2Z8K A;  3DLR A;  3SQ1 A;  3OYC A;  2QM1 A;  2W42 A;  4CK2 A;  3THX A;  4K8X A;  4ILJ A;  2BXK A;  1VSH A;  2D5R A;  4GDX A;  3GE1 A;  4UY8 O;  2KFZ A;  1GOC A;  4IJN A;  3M8Q A;  4CJQ A;  4CGG A;  1E7A A;  4B9S A;  1ZBU A;  4DTM A;  4H8K A; 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