3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
3NVMA 2NNWA 3ICXA 5GIOA 4BY9C 3ID6A 1NT2B 3PLAA 3GQUA 3NVKA 2OZBB 3NVIA 5GIPA 3NMUA 3SIUB 3T7ZA 3SIVB 3GQXA 5GINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IV0A 3CQYA 4NCAA 5AR0A 3OYMA 3LP0A 4WQ5A 1R0AA 1SKWA 2V7ZA 4S1YA 3VEOA 3NH1A 1SKSA 3EO3A 4ID1A 1GLFO 3V1OA 4W5QA 1UORA 3MECA 2XY8A 1Y64A 5EY4A 1GLEG 3LALA 2EFCA 1KD1O 2P9LB 4IFVA 1N6QA 4Z4GA 2BXLA 3AAPA 4IEIA 4ZC6A 4X62K 1S6QA 4QOZB 3V9SA 1V4SA 3DRRA 2GX9A 3TAFA 3C95A 2O8EA 2O8DB 4O5FA 5I9EB 2QHBA 4YNQA 1LWCA 4E89A 2Z8JA 3OYCA 4B9LA 5FRNA 3D7EO 1WUAA 3J7YP 4BGAA 2P5OA 2B6AA 3HRGA 2P5GA 2QTDA 3C6TA 4X66K 3OBWA 2BDPA 1HNWK 4ZHRA 3ZT4A 3E9PA 4C23A 5F0XA 1HYVA 3LDSA 1TYQB 3K9JA 3CCVN 5LMUK 1VSKA 3C7NB 1VSLA 4IDKA 4DTUA 4B08A 4CJKA 1BCOA 3G71N 3QLHA 3AVNA 2E0XA 3V1RA 3NBPA 3CCJN 1BDGA 4C8MA 2E1YA 1XC3A 2NRZA 1TKDA 3QB0A 3ENBA 4N41A 4PY5A 3A5NC 4V19S 4CHNA 3M8PA 4FWOA 4XIUA 1KC8O 4CGIA 1GLBG 4H0VB 4FJJA 3FE1A 2LXSA 1NGBA 3AGRA 4JI4K 1ZBFA 4B3SK 2ROHA 3DJCA 4H4MA 1GOBA 4OO1J 1EQYA 3F73A 2E2OA 1BG3A 3QBWA 3U9ZA 4BRIA 3AVJA 4OGCA 2UU9K 3WNEA 3LAKA 4W5NA 4J2AA 3T1YK 5M1QA 4LUHA 3K5LA 4N5SA 4LB2A 3KTQA 2UUAK 3MEGA 1RBVA 1HR0K 1NK0A 1OVYA 3I55N 3FZFA 1E78A 1FOUA 3GQXA 1FKPA 1NK6A 3SI6A 1C0GA 3JQZA 4KHPK 4H0TB 2E6MA 4IG0A 3OS2A 3BF1A 5EOYA 4YOYA 1QQNA 1GLCG 3WNFA 4KTWA 1WSEA 4NLBA 3OYBA 1G15A 1QHAA 4CZEA 3D6RA 4J8FA 1U49A 5LJWA 4GW6A 4I7FA 4BDZA 3J7ZO 1SL0A 1NK8A 1JKHA 4FJLA 2ZF5O 4O4GA 3DMJA 1SZ2A 5CE3A 5E41A 4BVPA 1NNEA 2P9PB 3BDPA 4U67L 3MXJA 5KQ8A 2GBZA 3SLCA 4K8XA 4G9ZA 2GTDA 3MX5A 2D1KA 1K6YA 5KPRA 2AJEA 4CZJA 4BGBA 1NGAA 3E9LA 4DSKA 4E7LA 4BRKA 4FWRA 1VSFA 4CF1A 4F4KA 2VYPA 4H03B 2QWNA 3Q7BA 4H0OA 4JS4A 3CC2N 2PZSA 2JWLA 1YVUA 2RKIA 4JKCA 5AQPA 4A62A 2H3GX 4FK0A 4HUFA 1KQSM 2WUSA 3S9HA 3RMDA 5LL6Z 4CCHA 2ZE2A 2IGIA 3FFIA 3AO1A 4O0JA 2A1RA 4WQ5C 1VSIA 4DV0K 4JKDA 1JLQA 2QWPA 3KLGA 4FK2A 3J7AP 2NRWA 1GNJA 1KFSA 2DTUA 4BE0A 4GY2B 5CYQA 4BROA 4KB1A 1WSJA 3NGIA 4O44A 3LDQA 3TDLA 1EKEA 1S1VA 3VQPA 3ZSXA 3CPWM 4JS5A 3FR0A 1T3VA 4ZTJA 3AARA 1SAZA 2D5RA 1BCMA 3TAGA 3M99C 2Z1GA 2FC0A 4KH5A 4AHUA 2FF3B 4JKAA 1U6ZA 4CFBA 4TQ1A 4DS4A 2YNIA 3B9LA 1A5XA 4DR6K 3J80O 4DQPA 3H37A 3DLEA 4D7XA 1LCUA 5DK5A 4GDLB 2OZSA 2AA4A 3QETA 1DEJA 4C8LA 4N56A 2O8FB 3BZCA 4A57A 5JS2A 2P9IA 3ULDA 1NGFA 2NUBA 4CIGA 3SJHA 4GG2A 2CGJA 5C15A 2IAJA 1VQ9N 1LWFA 1P90A 5BRHA 1TK5A 5AQFA 3K5NA 2F8SA 1B9DA 2KZZA 1YF5L 4JKHA 4OKKA 3DXKA 1G99A 2HNZA 3G6EN 2BXCA 4RWTA 5I42A 3H46O 2QXFA 2VGMA 3I33A 4QAGA 3DWLA 1HX1A 4BE2A 4N0UD 2QM6A 3AVHA 1HK1A 1VQ5N 2OZMA 4CBWA 1RT2A 3U3YA 1L3TA 1T05A 3CERA 3K0SA 4BC3A 3EY1A 3E9OA 3MEEA 4FPAA 4B3RK 4JYAK 4DU3A 4F5TA 1VSHA 1FXXA 4JLHA 1NU0A 1BHLA 3AO4A 1X1PA 2QWMA 2FXUA 3ZETB 5KPTA 1Q18A 2KQ2A 3RWUA 3AA2A 3DLRA 4M3XA 5KI6A 3QICA 1ZYQA 4PO0A 4AH9A 3E1YA 3ICXA 2QKBA 1NJZA 3L4QA 1YXQA 3C94A 4F5VA 3SUNA 3FLCO 1XUPO 3OW2M 4JRQA 2ZGYA 2ZM6K 2BXDA 3NH2A 4AILC 3ZSZA 4WYBA 3VQIA 3VTHA 4DTOA 1C6VA 1BUPA 1U2VB 4DV4K 3RRGA 2O8DA 3O9TA 4O8UA 3LWMA 3SIVB 2UYTA 2V7YA 2EFEA 4PA1A 3P83D 3HXMA 4Z0UA 4OPKA 4CIEA 1RDBA 3LZJA 3THWB 5AQTA 3P39A 2BX8A 5AQSA 1RT4A 3O8MA 4JI1K 4ILHA 1TYQA 3A5LC 1Q7YO 4I6MA 1MM8A 3NVIA 3G4SN 5AQVA 4CJ7A 4CBUA 1XNRK 2I7NA 5AQRA 4U7BA 3SPYA 2Q3SA 3F5TA 5B5TA 1UOCA 5GAHP 2NQOA 4GDKB 2G8KA 4QS9A 1IKXA 4MO4A 3BUZB 4JK7A 1HYZA 2DYOA 3MDQA 4NXNK 1IBKK 2YNGA 1RTJA 4DR2K 4NB4A 4CJVA 4CIFA 4FO0A 1VQKN 1JXBA 3LU8A 1ESVA 5SWMA 2O8EB 2OZBB 5BRFA 3ZSOA 4CHYA 1SB0A 2NLXA 4FXDA 3G9KD 2DBUA 4DB3A 1D9FA 1HKGA 4BY9C 4AHTA 3M8SA 4CZFA 5AJ3K 4WFNL 5DM7L 3B6OA 5CR4A 2ZWHA 2WOMA 4KREA 2G8IA 1SL2A 3KK3A 2OCEA 4DUZK 3O80A 1GLAG 5DBYA 2DY4A 3V1QA 2E0YA 4PUOA 1TAQA 1BIUA 4ISGA 3WEEA 4AHSA 4BR4A 3HPHA 5GAGP 3VA0A 5AQGA 2Q0RA 3SPZA 2LQHA 4Z4CA 1U04A 4CEQA 3ZSVA 1U4BA 2OTLN 2ZJPL 5BREA 2VQEK 3D2FA 3V81A 2A5XA 4LA0A 4E7KA 3VQ5A 3KWIA 4IBNA 1K9MO 1BA0A 3LDNA 2YJEA 2XHBA 4OLAA 3KIKA 1RFQA 1BQNA 2EHGA 1RDWX 3SAHA 3VQ6A 4CF2A 5E26A 4JD2A 2HBMA 4FVUA 1QS4A 1U47A 2JWKA 4J2EA 5KPZA 2DFEA 4BWMA 1NLVA 2JUHA 2QM1A 3EL2A 3NF8A 4CGDA 4CGGA 3RR7A 3WXJA 1W9HA 1C0TA 2VWKA 3UIQA 3HBTA 4FLVA 1TKXA 2BXKA 4CJEA 4KHUA 2CGKA 3KK1A 3T3FA 2YX6A 4BC4A 4B1VA 4FM2A 3SIUB 1VHXA 2XO7A 4RW7A 4OR0A 3I0SA 4GVEA 4Z4FA 3L2WA 4K43A 3CG7A 2QWQA 2FF6A 1YITN 3NDKA 2NRVA 5CZ1A 5ADXH 4KPYA 3C6AA 4I9QA 4FJ8A 1DT9A 4M45A 1EP4A 4M3YA 1C0UA 1WBBA 3SQ1A 2BXNA 4FJXA 4CE9A 1J6ZA 3NF6A 3OYKA 1ZBLA 4KO0A 4IO8A 5C2DA 4FWQA 2YHBA 3SMSA 2Q2RA 4CZMA 2VWBA 3SQ2A 3RVCA 3QERA 3U8XA 1HA2A 3HK2A 3TTDA 3CFRA 2AGHB 4DV5K 1VQON 4ELTA 4IOAL 4ELVA 3LDOA 4A61A 3OHRA 3HZ6A 4JK4A 3IG1A 3QINA 4LF9K 1MU2A 4WFAL 3LL3A 1U48A 1Q8IA 4K2CA 1HJOA 3ENHA 2O4GA 4DLGA 3RTVA 2YNHA 1IKYA 2BH1A 1EO1A 4PQUA 4YOXA 3HM9A 1EX4A 2QWRA 4M3TA 3O1WA 3AVLA 2GWKA 3PO4A 4M41A 1IBLK 2YHWA 4X64K 4YOUA 4NCBA 5ID9A 5KQDA 5H1SQ 4CESA 3KLFA 5AFUH 4ILJA 4CEZA 4NLCA 5HOOA 5SZTA 1BGXT 1NGEA 3VTIA 2QWOA 4HVJA 3OYFA 3CCRN 2CH6A 4W5RA 4FJ7A 3S41A 2KHOA 2E20A 5TKYA 3DYAA 4JI6K 3BPJA 2WONA 5A2QO 4Z4EA 5ELZA 2KZMA 3VN5A 3KD1E 5EVZA 2J4RA 3CPEA 3WXKA 3N4PA 2KBZA 1U45A 2ETJA 4RW8A 4DQSA 1NOYA 4KH6A 1RT3A 2E6LA 1IJJA 1QSLA 1BI4A 4LY7A 3NF9A 3MHSB 1HQUA 3F9KA 2P9IB 1TF0A 4RW6A 2V51B 5AQLA 1SKRA 1Z26A 3VQDA 2XY6A 3DXKB 5M1KA 2K0NA 1U2VA 3PLAA 3BP8A 4PKIA 3VEXA 5IWAK 2KWFA 1NJWA 4DSFA 4DTXA 2O8CA 3ZX2A 3SV3A 3OYNA 3UIVA 3AV9A 4CEOA 3CETA 3KJLA 1RDUA 3LPTA 3HSCA 1S1WA 5BR9A 3FZHA 3KLEA 4NYFA 3OYGA 4DHXB 3I56N 2RN2A 2HHVA 4ZBRA 3ZEUA 5K14A 3S3OA 2JGUA 3WHSA 1Q81O 3DAWA 3M3ZA 1RT1A 3EE8A 1RBSA 3E66A 4I2QA 1JLEA 4BACA 2UXDK 5C2FA 5FPMA 2Y1IA 1E7FA 4FZZA 2IVPA 2PFUA 4KHWA 2EFDA 1NWKA 3HSTB 5HP1A 3G25A 1BO5O 4IFEA 3W3DA 4DQIA 5FRMA 3ULEA 2BXMA 3KKRA 3B9MA 3TSUA 3JAMO 5AZJA 3FWCC 3CD6N 2BXBA 5AQXA 3D0PA 1ASVA 3LM9A 3O9QA 3AVGA 2QI2A 3DOKA 4FZYA 4G1QA 4JKFA 3M6GA 5GAEP 5DQFA 1KDXA 1D9DA 2YHYA 1ATRA 3O4WA 4JI0K 2A42A 4I6MB 3VGKA 3CIPA 4M3WA 1TV6A 4R79A 4H5NA 2Z8KA 1NM1A 3FZKA 3O1BA 4CVNE 4A59A 1LNSA 1Q9YA 4XH4A 1NK9A 4DQ8A 3OJUA 1V4TA 1JLFA 3R6MA 3IFRA 1QVFM 4DQRA 4C8NA 2NRRA 3GL1A 3SAGA 2Q0UA 2F9WA 1KAXA 4HTLA 2IC3A 1J53A 1RT7A 4BDYA 1TAUA 2YCHA 1BIZA 3LZIA 1ATNA 4CD1A 3E01A 4DFJA 4LUFA 1ATSA 3NE6A 1T03A 5BPNA 2JLEA 5AQUA 4E1NA 1J5OA 4YORA 4K8ZA 4E0DA 1ZBSA 4BQZA 3CYMA 4XH1A 1RBTA 5IJFA 3LP1A 4HUGA 4IG3A 4DSEA 5T7BA 3OVNA 2ZD1A 1HK3A 3CJ1A 3EKSA 4YOVA 3VMFB 1TKTA 2FBXA 3MN7A 3PUFA 3ID8A 4BRNA 3TPQA 1EXQA 5AQYA 1C1CA 1IG9A 2BXQA 3WEEB 3VGLA 3P31A 4OLBA 1XMQK 4FVMA 2Z1IA 5MLCQ 1WAFA 4DV1K 4CF0A 3DLKA 4E1MA 3D2FB 1QZ5A 5IT9O 5HRSA 3V9UA 3B8AX 1OKJA 4BG8A 1GOAA 3NGZA 4GVMA 1RTDA 4B1XB 1P8ZA 4BRMA 1J78A 2P9SB 3M8RA 2PBDA 4JD2B 4IEEA 4K42A 4M3ZA 4LH4A 2NRTA 4F2SA 2E88A 3ZT1A 4BQLA 3VQCA 2XW1A 2PAVA 3H3OB 4MO5A 1S1TA 3ALYA 4CJRA 1JCFA 4KBOA 2CGLA 4YOWA 5CY4A 4BE1A 1MDUB 5C12A 1Z05A 3AVMA 1XHXA 3TABA 5BPLA 2QW9A 2IVOA 3ZSYA 2NNWA 1VQ6N 4DFPA 5DM6L 2DFFA 1JNBA 1HQEA 4FWMA 3R8EA 1RTIA 1RT6A 3VQ9A 2Q31A 3OYDA 1S1UA 4CEAA 4B9VA 4BREA 3EZ5A 4IJNA 1ASWA 2ASMA 4A2AA 4KHSA 3LPUA 4IWVA 1Z6RA 3V9ZA 4CJFA 5EX5A 4CZKA 3CQXA 4CF8A 5FLXO 4I2PA 2I7PA 3RMBA 4BKEA 2KLAA 1KFDA 4NO7A 3FGUA 3TWHA 1Q9XA 3HM8A 3EYZA 1QQCA 4FJMA 2XVWA 4ICLA 1NKEA 4JI3K 2B4JA 2YHXA 3NGYA 2QMCA 4FLZA 3J8AA 4PWDA 4KI4A 2XMOA 2DPNA 3KKSA 1TL3A 3IAYA 4RW4A 1CXQA 1RT5A 3VQBA 2OTJN 3MCAB 4BR9A 1IH7A 2YJFA 2RE2A 2ASPA 1XI1A 4E1JA 1T6CA 1YAGA 1S3XA 3AO2A 1UA0A 3K5MA 4KH4A 3ZLJA 4TSXA 3P5JA 4RCHA 5AQMA 4MLEA 4LD0A 3SYZA 2BXEA 1C1AA 4HHTA 3UB5A 4IW2A 2V52B 1HJRA 2OPRA 4DFMA 4JI5K 3LM2A 3W0LA 3KK2A 1NMNA 4W5OA 3GDQA 3OS0A 3PX6A 1HYSA 4EP4A 4DSJA 4JKGA 3L2VA 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3AVKA 2HHXA 2FBVA 3V6DA 4DWIA 5ADXA 2HMIA 5F2RA 3TAEA 4E19A 3CI5A 3DLGA 1HMVA 1NGIA 2I2ZA 2IDOA 4JN4A 4IOXA 3SCXA 5M1OA 2LXTA 4H8KA 3FZMA 1O1WA 4CJSA 4MBEC 2Z8IA 4MDAA 3GG4A 5ID7A 2HF4A 4FW2A 4Y1DA 4HCBA 3KLHA 5BRDA 2HHTA 2OANA 4B9QA 5C25A 1N32K 4EP5A 3CJCA 4GV3A 2HNDA 3ZX0A 1JL2A 3CHWA 5FPNA 2FBYA 1D5AA 3SQ0A 1L3SA 1VSDA 4FWKA 5AQIA 3O08A 3AVBA 4LH5A 1J9AA 3HP9A 1HLUA 1XWLA 1HK5A 3M8QA 2HBJA 1KVBA 3QEIA 3LANA 3O5BA 4FJ9A 3SUPA 4BG9A 2P9SA 1KXPD 3Q7CA 1Q86O 1D4XA 4KAZA 4QCLA 2ATQA 1YHQN 3R1XA 1XQSC 4TQ0A 4M42A 1TUUA 1I94K 3L2UA 1F21A 1QZ6A 2LSNA 3QMLA 3HOSA 3KLIA 4CGFA 3OY9A 4DF4A 1DTQA 1D8YA 4Z4HA 3SK3A 2KFNA 3AO5A 4Y1CA 1YJ9N 3D2EB 2VG7A 3VF4A 2VDBA 1LW0A 3UKUA 2AJQA 3MEDA 4FJCB 2FSNA 1H5WA 1MUHA 5AQKA 1JLAA 3PIPL 4CD3A 1KAYA 4OJRA 1S1XA 2HMPA 1X9MA 3LP2A 4BR5A 1DTTA 4BR2A 3O3GA 3ECPA 2VCPA 1NBWA 1TGOA 1HK4A 3A2FA 2A41A 2E2PA 3A5OC 3DLBA 1C1BA 4B8AB 2I5JA 1NK5A 3I8BA 3RRHA 1S5JA 2YHAA 3GA9L 1NT2B 4Z94A 4CEDA 4CK3A 1SQKA 2OPQA 3ZT3A 4NXMK 3LAMA 3B6PA 4Z69A 4H5WA 4C8KA 3VEZA 5FPDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVM A;  2NNW A;  3ICX A;  5GIO A;  4BY9 C;  3ID6 A;  1NT2 B;  3PLA A;  3GQU A;  3NVK A;  2OZB B;  3NVI A;  5GIP A;  3NMU A;  3SIU B;  3T7Z A;  3SIV B;  3GQX A;  5GIN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IV0 A;  3CQY A;  4NCA A;  5AR0 A;  3OYM A;  3LP0 A;  4WQ5 A;  1R0A A;  1SKW A;  2V7Z A;  4S1Y A;  3VEO A;  3NH1 A;  1SKS A;  3EO3 A;  4ID1 A;  1GLF O;  3V1O A;  4W5Q A;  1UOR A;  3MEC A;  2XY8 A;  1Y64 A;  5EY4 A;  1GLE G;  3LAL A;  2EFC A;  1KD1 O;  2P9L B;  4IFV A;  1N6Q A;  4Z4G A;  2BXL A;  3AAP A;  4IEI A;  4ZC6 A;  4X62 K;  1S6Q A;  4QOZ B;  3V9S A;  1V4S A;  3DRR A;  2GX9 A;  3TAF A;  3C95 A;  2O8E A;  2O8D B;  4O5F A;  5I9E B;  2QHB A;  4YNQ A;  1LWC A;  4E89 A;  2Z8J A;  3OYC A;  4B9L A;  5FRN A;  3D7E O;  1WUA A;  3J7Y P;  4BGA A;  2P5O A;  2B6A A;  3HRG A;  2P5G A;  2QTD A;  3C6T A;  4X66 K;  3OBW A;  2BDP A;  1HNW K;  4ZHR A;  3ZT4 A;  3E9P A;  4C23 A;  5F0X A;  1HYV A;  3LDS A;  1TYQ B;  3K9J A;  3CCV N;  5LMU K;  1VSK A;  3C7N B;  1VSL A;  4IDK A;  4DTU A;  4B08 A;  4CJK A;  1BCO A;  3G71 N;  3QLH A;  3AVN A;  2E0X A;  3V1R A;  3NBP A;  3CCJ N;  1BDG A;  4C8M A;  2E1Y A;  1XC3 A;  2NRZ A;  1TKD A;  3QB0 A;  3ENB A;  4N41 A;  4PY5 A;  3A5N C;  4V19 S;  4CHN A;  3M8P A;  4FWO A; 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