3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
b'FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
3GQXA 5GIOA 1NT2B 3GQUA 2NNWA 2OZBB 5GIPA 3NVIA 3ID6A 3PLAA 3SIVB 3SIUB 3ICXA 3NVKA 5GINA 3NVMA 3NMUA 4BY9C 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MM8A 3K9KA 5AZIA 3EKSA 2F8SA 4JKAA 3C7NA 5LMUK 3FNMA 2BXGA 4N0UD 4CEAA 4JKEA 3P39A 1VZSA 4KRFA 2VUFA 1HYZA 1VSEA 2IDOA 5KQDA 1RT2A 4FO0A 4JNEA 3PX4A 2PYJA 4CJEA 1R0AA 3IUCA 2X6NA 4MLEA 3TR8A 1X9SA 2HSTA 4H4OA 3EL2A 1T7PA 4E7LA 1P90A 4BRHA 5E26A 5AQZA 2G8VA 3V9WA 1K73O 3KIOA 3QBWA 4GVMA 1VQON 2XVQA 4U7BA 2A5XA 2GBZA 4JK9A 1VQ7N 4DCHA 5CR4A 4PQUA 4DFJA 1JCEA 1OH8A 1JJ2M 5BPKA 5C0YA 1VQ8N 4FWNA 4N41A 2Z8IA 1VSLA 4QS8A 1KLNA 3OYKA 3QESA 3LDPA 4IFYA 2BXFA 3KK1A 1OH7A 1BIUA 4FPAA 3O9SA 1RTHA 3VQBA 3GE1A 3I56N 4FM2A 4H5WA 4M42A 1WBDA 1QVFM 3AVHA 3HT3A 4O4GA 4HWIA 1JKHA 1S6QA 4DTPA 4FM0A 3OA9A 2D0AA 3A5LC 2O8CB 4B9QA 1LOTA 2AJEA 3K2PA 4CW7B 1SL2A 3KK3A 4KTWA 4BC3A 4JKGA 3NAEA 3GDQA 2XVUA 2XW0A 2KTQA 4IG3A 2JUHA 1JXBA 3V09A 3OYAA 4O8UA 1O1WA 3WT0A 1W0HA 2ZD1A 5C15A 4OKJA 5JMVA 1YITN 2E2QA 3KZBA 2E8AA 3TANA 1J78A 4FL9A 3SUPA 1RDDA 3AO5A 3VEXA 1NK7A 1HYSA 3V4IA 4CFCA 2HHTA 5E41A 5CHIA 3OS0A 2GX9A 5LJVA 5GAEP 1QQCA 4O44A 4LB2A 4FZZA 4KHYA 1DLOA 1VSHA 1LWFA 1G15A 2YHYA 2ZE2A 4RG8A 4QAGA 3VQ6A 4BDZA 3VN5A 1I94K 4RWTA 3JXUA 3NBPA 4FWMA 1IKXA 3ZT1A 1XMOK 5FRMA 5JICA 3V81A 1JCFA 3TTFA 3MAQA 4ZUXV 4CBUA 1IJJA 1VQ9N 2VWJA 4DHXB 1YXQA 3V6DA 3K0SA 2BANA 4DTMA 2W40A 4FJ8A 1KXPA 1HNZK 4KH5A 3NF9A 3GQXA 4MBEC 1NT2B 2V7ZA 4CJ7A 2RHKA 3DAWA 4KHQA 4DUYK 1HRHA 1MWMA 1ZBFA 3DJCA 2IVOA 1X3MA 1CZBA 3ZLJA 2WUSA 4M3WA 1VFIA 1WNSA 2ATQA 3D2FB 2V52B 4MDAA 5BPLA 2HHWA 1NGGA 2P9UA 3L8BA 4IG0A 1VSFA 3ATUA 3BZKA 3N4PA 4BKEA 2QWOA 4NYFA 1LNSA 2Y1IA 4E1MA 4FYDA 3K59A 4B9MA 3ULDA 4G9ZA 1KLMA 2I30A 4FVMA 4CJTA 3DLRA 2NNWA 2RPIA 4JS4A 4GDXA 1RILA 1NK8A 5TKWA 4H5NA 4NO7A 4GY2B 4H5RA 2E0YA 4WCEL 2XW1A 3H3AA 5AQHA 1C1BA 2I7NA 5C12A 3WNHA 4CIGA 4M3ZA 4IOXA 2KHOA 1S1TA 3OYJA 4FJHA 1RGIA 4FM1A 3SNNA 2XVVA 4JD2A 1HLUA 5IT9O 2G8FA 1WB9A 2YKNA 4DSKA 2YX6A 1C0GA 2BDPA 5ELZA 3MXIA 3FZMA 4IJAA 1RBTA 3ZT3A 3KK2A 2YNFA 3GBTA 3G9KD 1KTQA 1VQPN 3L4IA 3VTIA 4FCYA 2P9PA 1EQYA 3AA4A 4M7YA 3UKUB 4JRPA 4BWJA 3CPWM 5CZ2A 1EO1A 5FDLA 1VQ4N 4KH6A 4JYAK 2Q0RA 4C31B 3WXMB 3QO9A 5FPNA 2OZBB 3C7NB 1BJ5A 1KXPD 4FLWA 4DR7K 1C6VA 3MX5A 4CF9A 3QNNA 2O8BA 3LP1A 1U04A 2BXNA 4YNQA 1Q7YO 4OPKA 3UIVA 1SL0A 2B5JA 4LA0A 4CIEA 4GKKK 1NK5A 3V1RA 4HCCA 1HK2A 2P9KB 2Z1HA 3LDNA 2A1RA 4NCAA 4FWPA 2VGNA 2BXAA 3SV3A 3ZSYA 2W6LA 3VQ8A 4CJUA 4JI7K 4AQYK 1OH6A 4LFAK 4BRFA 4FLXA 3C6TA 4IDKA 3O5BA 2ZF5O 4AF1A 2YCHA 3MCPA 4IO9L 1K9MO 4FW2A 3NMUA 5CYMA 3VF4A 1SL1A 2FSJA 3MN5A 3CCRN 1WOQA 1L3TA 4H03B 3B9MA 4GV6A 4DV5K 4CZHA 4WYBA 5AQSA 1YTAA 3P5JA 2W6KA 1LOTB 4J2DA 5IWAK 2OTLN 3P31A 2LSNA 2IIRA 4PO0A 4DV3K 1E7FA 3MN7A 2RE2A 2I5JA 4JKGB 4CGDA 4CEBA 3SK3A 4BG8A 3O9UA 2XY6A 1KFSA 2Q36A 4EFHA 4O8KA 4R79A 4H0PA 4DTUA 3C0BA 1KDXA 1U48A 3K5OA 1OKJA 1JLBA 3CJ7A 2CH5A 3JS6A 3AVBA 1MUHA 1NK6A 3J80O 2YV0X 1ZBLA 3CC2N 1KCFA 3BF1A 2DFHA 1TUUA 1A5XA 5T7BA 4UQGA 2UU9K 3OTOK 2HMIA 4ZC6A 1JLEA 3FE1A 1B92A 1HK4A 3I0SA 3HSCA 4GV9A 3ZEUA 4J2EA 1RDBA 3D2EB 1LCUA 1TAUA 4BGBA 1LW0A 2Y1JA 3TDLA 1A5WA 4KO0A 1ZBIA 3I8BA 1NK9A 4M3YA 2EFDA 3DLBA 4ZBKA 1TGOA 3QICA 2FC0A 4F4KA 2X6SA 3VQPA 4BR5A 4KV8A 3CD6N 1BA0A 4B1VA 4BRIA 3L3UA 3MHHB 1ATRA 1C0FA 3R8EA 1FW6A 1RT4A 1BU6O 1VHXA 3CF5L 2VYPA 2QKKA 4LF5K 4LY7A 4EAHD 1RCHA 3L2UA 2F9WA 1UA0A 3FWBC 4F3OA 1ASVA 3NGIA 5LMNK 1V4TA 4GDKB 1SAZA 2NUBA 1MWKA 5H1SQ 1K8KA 1KRPA 1S5JA 2OPPA 3HXMA 2P9UB 4DU4A 3QFPA 3OYCA 1WBBA 3M8RA 4JK7A 3RTVA 1U4BA 5EOYA 3CJBA 4DR1K 1GNIA 3ZX0A 4B9SA 1FKOA 3HSTB 2O8EA 1SQKA 5DM6L 1KVBA 3CCSN 4E7HA 1VQMN 2DYOA 3IDHA 1VRTA 3TTCA 1YIJN 2HNYA 3TARA 3OBWA 4ZBRA 5IJFA 3HVTA 3HP9A 4BRGA 1UA1A 3NFAA 2WBNA 4DG1A 1KVCA 3DLKA 4DWIA 3AO2A 3AVIA 1LW2A 4CZKA 4JK4A 1LAWA 1XQSC 1NJYA 4JD2B 1NGDA 4HTLA 2HHSA 3QIPA 4F5TA 4AHVA 3SI6A 1TYQB 3EEQA 4WE1A 4OLBA 4F5UA 2HHXA 1UOCA 3LWMA 4YDUC 2O4GA 5ID7A 1EX4A 3CJAA 5DBYA 1C0TA 1UWBA 3ISNC 2P9SA 4K43A 4ISEA 4GMJB 2YI1A 1BIZA 1WSEA 3T3FA 2LQIA 2O8FA 1KVAA 4CD3A 1GLAG 4ID1A 1FXXA 2HVHA 3WXJA 3EZ5A 2GUTA 2RN2A 3BDPA 4DTOA 1C0UA 2FF6A 2E2NA 3MDQA 4Z4HA 2QWNA 3OYGA 3M8SA 3RRHA 3O80A 2O8BB 3A5MC 1BGXT 5I42A 4C8MA 4JHDB 2DFFA 1TKXA 4LUHA 3H1QA 4BRNA 2BGGA 5AZJA 3J7AP 1N32K 3TU5A 5EY4A 2BXOA 4CF1A 3K5LA 3RVCA 3UIQA 2NRZA 4JKBA 2ASOA 1KW2A 3H45C 4B3TK 4B8AB 1MA9A 1BO5O 2YJEA 4HHTA 3O4WA 1W7AA 1BKEA 3CCLN 1WAFA 3D45A 4E7JA 4BR7A 4E7IA 1N6QA 2YHAA 5GHKA 4DQ8A 3VF6A 4CCHA 3VOVA 4CEFA 1JLQA 4DR6K 1HK1A 1I39A 3OW2M 1NWKA 3ATVA 1S22A 1IKVA 5AFUA 3AVGA 3NH2A 1MIVA 4CZGA 1ZXOA 3K57A 3QB0A 1WSFA 4I9OA 2PYLA 1D9FA 1XWLA 3FFIA 4CJLA 3NDKA 4EIAA 1BM0A 3A2FA 1VAZA 1RBRA 3KIKA 5E84A 3AO3A 2KBZA 1D9DA 3MECA 2HB5A 4BRMA 4CK2A 4NYNA 1U2VA 5A2QO 1QZ6A 3AVCA 1N5UA 2BXIA 3CETA 4LSLA 2JWLA 1XC3A 4FOEA 4Z4IA 4Y0WA 5HRPA 1E7CA 1J6ZA 2DPNA 3CJCA 2G8HA 2DBXA 5ID9A 2D5RA 4O5FA 2P9LB 2VG5A 1SUQA 3AA5X 3O08A 3PY8A 4OX9K 1ESVA 3KJLA 3CQXA 3I33A 4IFEA 3SAFA 4FK4A 4IZ9A 1YF5L 1TXUA 1E7GA 4DV1K 3V1OA 3ZEUB 2ASMA 3DLGA 3F9KA 3VEOA 4DV7K 3L2QA 4Q5VA 3TAPA 2NRRA 2A1SA 2E4LA 1W2BM 5IIUA 1NOZA 5ADXA 3H3OB 3R3LA 5J2MA 1QZ5A 5IJ5A 1RDAA 1Q18A 2D0CA 2P9NA 4CZJA 3ASMA 3AAPA 4ZTJA 3VERA 4IXCA 1GOAA 4PA1A 4C8KA 2VDBA 1TK8A 1VRUA 3SCXA 2E1ZA 3RSEB 1VQKN 1NKEA 2V7YA 4F9OA 4NLCA 3PLAA 3PSIA 3GOIA 4WA6B 3EO3A 4MFBA 4B3MK 3I8DA 3HO1A 3VQEA 4I9QA 4DSIA 4HGMB 4CHPA 4H0XB 1JLCA 1K8KB 2YDFA 5TKYA 5EVZA 4B3SK 5GAHP 3AV9A 4JI0K 4MLHA 5AQTA 2EFEA 3VTHA 4KBOA 1NK0A 1QHAA 2QWMA 2NLXA 3SMSA 2G8IA 4DLGA 2FBTA 4YY3K 3VQCA 2EX3A 3LALA 1RBSA 4FJKA 3AA2A 1K8AO 4JI8K 1VQ6N 4CGIA 3ZSVA 3ZSRA 1TAQA 5IJEA 4FJ7A 3HJFA 1X1PA 1EXQA 2A42A 3NGYA 3ECPA 3EE8A 3Q7BA 2ZJPL 3TAQA 4I6MB 2PBDA 4YOUA 3U9DA 3OYIA 4DV6K 4QS7A 1OVQA 3AO1A 2P9IB 3HPOA 3RRGA 2KZZA 1BCMA 4C8NA 3WXLA 4WQ5C 2BXHA 1VQ5N 4AM7A 4ELTA 2D1KA 3O3HA 4K8XA 2QWLA 1TK5A 3DM2A 4G04A 2P9SB 4FK5B 3BZCA 1NGHA 5AQGA 3EZWA 4J2BA 4FXDA 4EMXA 2E5LK 2O8FB 1S6PA 3KK7A 4IO8A 2ETJA 3SQJA 1A5VA 3D0PA 4BC5A 3HOTA 4FVUA 3JRYA 3OYBA 4ZCGA 4LC9B 5C2FA 3QNOA 1HQUA 4M45A 5GADP 4OKKA 1Y97A 3ZSOA 1Q82O 3U3YA 1X9MA 4JI5K 1WSGA 2QM6A 1D8YA 3HK2A 1WLJA 1SB0A 3AO4A 2QMCA 3FGUA 5J2QA 3O1WA 5JS2A 3OVNA 2GEMA 1D4XA 3THVA 5AZJB 3DXMA 1NMDA 1KFDA 2XY7A 4JKCA 4PKHA 4DUZK 3ID6A 5M1NA 3JYTA 3BY5A 3KWGA 4JLHA 4BWMA 1MA9B 2QKBA 4HUFA 3CQ8A 2AP1A 1NMNA 3QETA 4K41A 3E66A 1J5EK 1ASUA 3S41A 4CE9A 4B1ZA 4L8UA 4ZHRA 4FLYA 5C10A 3HPHA 3ZT4A 1K6YA 3ZSZA 4KI4A 4WF9L 3WHSA 2BTFA 4CFAA 2FXUA 1BQMA 4CZIA 2KQ2A 4CZLA 3HPGA 1VSJA 1L3SA 5BR8K 1IKYA 3R9PA 1XHXA 4BC4A 4I2QA 3ZETA 2NRVA 4B9UA 4YORA 4BVPA 4FJ5A 2E0XA 4DLEA 4L8RB 3WXIA 4M63C 1O9XA 1BI4A 4GVEA 4QOZB 1U2VB 5BREA 2ZJQL 4EP4A 1HJRA 1M1KO 3TSQA 2VQEK 2EHGA 1BWFO 5FPDA 1S1VA 1HNXK 4RW8A 1RTDA 4DMNA 4C1NI 3AVKA 4GNIA 1E7HA 2VQFK 4A59A 5DQFA 4BR2A 3KLEA 1ZYQA 5IIHA 3CJ9A 3AGKA 3EKUA 4WQ5A 3CQYA 3E9OA 3FFKB 3C6AA 3LPTA 1H5WA 4GDLB 4H0VB 1JLFA 3LWLA 4FJCB 3A73A 4B1YB 4JI3K 4CGFA 3OBYA 1Z05A 5GAGP 4BE0A 3K58A 1TUYA 3T1AA 2HHUA 1KAXA 4OTTA 1P8ZA 2DY4A 1BQNA 1NBWA 3VEYA 5AQIA 1HK3A 5JS1A 1DT9A 2ITMA 4DTRA 2Q97A 1KC8O 2QI2A 4H4MA 1R59O 4C23A 1NLVA 4X62K 4L3QA 3ZSQA 4JKDA 2F9TA 3UKRA 4LF4K 4DQPA 1YUWA 1NGAA 4DU3A 2P9NB 5KTQA 1VSMA 4YOTA 4FWLA 4E0DA 4DFMA 3T69A 1N5YA 4FJGA 3G0ZA 5KI6A 3VQDA 1QSSA 4FZXC 1DKGD 4ILHA 4M70B 4ICLA 4HTUA 2IGIA 3WEEA 5AJ3K 5AZIB 4MO4A 5LL6Z 3VQIA 2E20A 3JQZA 2QA4N 4JKFA 4N3ZA 3GL1A 3DRSA 1NU0A 3WQTA 3LANA 4A5AA 5FUOA 2G8KA 4B08A 1QQMA 4DTJA 2P5GA 4YFUA 2XMOA 4GW6A 4WFBL 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQX A;  5GIO A;  1NT2 B;  3GQU A;  2NNW A;  2OZB B;  5GIP A;  3NVI A;  3ID6 A;  3PLA A;  3SIV B;  3SIU B;  3ICX A;  3NVK A;  5GIN A;  3NVM A;  3NMU A;  4BY9 C;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1MM8 A;  3K9K A;  5AZI A;  3EKS A;  2F8S A;  4JKA A;  3C7N A;  5LMU K;  3FNM A;  2BXG A;  4N0U D;  4CEA A;  4JKE A;  3P39 A;  1VZS A;  4KRF A;  2VUF A;  1HYZ A;  1VSE A;  2IDO A;  5KQD A;  1RT2 A;  4FO0 A;  4JNE A;  3PX4 A;  2PYJ A;  4CJE A;  1R0A A;  3IUC A;  2X6N A;  4MLE A;  3TR8 A;  1X9S A;  2HST A;  4H4O A;  3EL2 A;  1T7P A;  4E7L A;  1P90 A;  4BRH A;  5E26 A;  5AQZ A;  2G8V A;  3V9W A;  1K73 O;  3KIO A;  3QBW A;  4GVM A;  1VQO N;  2XVQ A;  4U7B A;  2A5X A;  2GBZ A;  4JK9 A;  1VQ7 N;  4DCH A;  5CR4 A;  4PQU A;  4DFJ A;  1JCE A;  1OH8 A;  1JJ2 M;  5BPK A;  5C0Y A;  1VQ8 N;  4FWN A;  4N41 A;  2Z8I A;  1VSL A;  4QS8 A;  1KLN A;  3OYK A;  3QES A;  3LDP A;  4IFY A;  2BXF A;  3KK1 A;  1OH7 A;  1BIU A;  4FPA A;  3O9S A;  1RTH A;  3VQB A;  3GE1 A;  3I56 N;  4FM2 A;  4H5W A;  4M42 A;  1WBD A;  1QVF M;  3AVH A;  3HT3 A;  4O4G A;  4HWI A;  1JKH A;  1S6Q A;  4DTP A;  4FM0 A;  3OA9 A;  2D0A A;  3A5L C;  2O8C B;  4B9Q A;  1LOT A;  2AJE A;  3K2P A;  4CW7 B;  1SL2 A;  3KK3 A;  4KTW A;  4BC3 A;  4JKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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