3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
3NMUA 5GINA 3T7ZA 3GQXA 4BY9C 2NNWA 5GIPA 3GQUA 5GIOA 3SIVB 3SIUB 3NVIA 1NT2B 3NVKA 2OZBB 3ID6A 3PLAA 3NVMA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LD0A 1T03A 4B1YB 4C8NA 4CEQA 4M7XA 4CCHA 3K5OA 4B9VA 1KAXA 1WSJA 1WN7A 5KGXA 2YKMA 3ZSYA 3TAQA 4FLXA 3ZX3A 1GOAA 3O9QA 4JEPA 2VQEK 3SIUB 4DMNA 4YOYA 3IKMA 2XMOA 1VFIA 2IIRA 2ZWHA 1L3TA 2BXHA 4L8RB 4Z4EA 1Z26A 4LC9B 3DXKB 2YNGA 3VQDA 3E9OA 3MXIA 3CX9A 1JLQA 4ISGA 4KREA 2AJEA 4EHTA 4MQ3A 3EN9A 3O80A 4E7HA 2ASPA 3ULEA 2P9PB 1JXBA 4JI8K 2EFCA 4IDHA 1LWEA 2O8EA 2BANA 4KTWA 1RDUA 2JLEA 2BGGA 2DBUA 4OLAA 4CVNE 5J2PA 1GLJO 5CY4A 2YHBA 4GV9A 3HPHA 4BC5A 1RTIA 3K9KA 4Y1CA 2DFHA 1VQ5N 5AZJA 4N56A 2WFBA 5ELZA 4NCBA 3I0SA 3PUFA 3BEXA 4AHSA 1NGJA 4H4OA 2BXGA 1OH8A 2IVPA 4IWVA 3EEQA 3W3DA 3ZT4A 3QESA 4MFBA 5AQZA 1E7HA 3QIPA 2KFZA 1SS6A 5BR8K 4IG0A 2CGKA 1QSSA 1S9GA 3H08A 2YJEA 4I9OA 3TAFA 1KW2A 2XO7A 3QLHA 4W5RA 4KHYA 1NK6A 4ELTA 1NJWA 1CZBA 5GIPA 5AQOA 4N47A 1BCMA 1Y97A 3L3VA 4DB3A 4L8UA 1LW2A 5C24A 3HOSA 1I39A 1YITN 3OYLA 1BI4B 4HGMB 3R8EA 4C23A 5SWMA 2VQFK 3SV4A 2HBKA 1W2BM 2HHVA 4GV6A 1R59O 4CFCA 3C6HA 3OYCA 4FZXC 4M42A 4G01A 3MWTA 4IOCL 3CPWM 1MU2A 4LY7A 3LM9A 1L3UA 4CEBA 4FL9A 3OBWA 4CJ7A 1IKVA 5LL6Z 4OO1J 4ICLA 3F9KA 4JKEA 5AQYA 4LF7K 3AO4A 2O4GA 4CJ4A 5ID7A 1TV6A 4Z4IA 1TUYA 1RBSA 3AVKA 3CERA 4M3RA 4F2RA 2IOCA 3SMPA 3CMAN 2RE2A 1FXXA 1MM8A 4DR4K 3HPOA 4OKKA 1YUWA 4AM6A 2XVUA 1NGEA 3UE5A 2BXAA 4OLBA 4LF9K 2ZQBA 3KKRA 3BZKA 1HRHA 2F8TA 4DSEA 5CYMA 4F3OA 1Q86O 4E1NA 1MUHA 1L5UA 3MXJA 3GG4A 4O0JA 4JI0K 3TAEA 4DTPA 1KVBA 3B9LA 4BWJA 3AVMA 3T19A 1NK4A 1S1TA 1YXQA 2P9IA 2K0NA 1YHQN 4OPHA 4E7LA 1BIZA 3O4WA 4CZIA 4OPAA 2ITGA 3AVIA 3O9RA 4O5BA 3HP9A 3SBTA 1BHLA 2OPRA 4B8CA 2HHUA 1BU6O 3QO9A 3O1BA 3HM8A 2KQ2A 4CJ3A 1KTQA 2HHSA 5C2FA 3JQZA 3E9PA 4BDPA 4LF8K 5F0XA 5CE3A 4LF5K 2QWLA 3WHQA 1DTQA 3HT3A 3C6UA 1UWBA 4ILHA 3LWLA 3QEPA 3CM5A 2LQHA 4PWDA 1NM1A 4K42A 3O9UA 3QEXA 1TK0A 1ZC6A 1L3VA 1MIVA 3V03A 5D3GA 3QICA 2HHTA 4TQ0A 3FWCC 1J7EA 2HMPA 1E7FA 3V9WA 2YHYA 2E0XA 2BXKA 3S41A 4CZMA 4DF8A 5C0YA 3PO4A 4B8AB 4JKGA 4FK5B 1JCFA 4BACA 2ASMA 3CC4N 3HTVA 3L4IA 3FZLA 3CJ9A 3VQ7A 4BRPA 3KK1A 1NKCA 4K2CA 4FJ7A 4IEEA 4QOZB 4CBUA 3M8SA 3GQUA 1U48A 2BXIA 3TSUA 3ZX0A 4ISFA 4EAHD 3AGKA 5HRRA 4PO0A 4CJQA 1OVQA 2O8FA 3BZCA 4B1WB 1O9XA 3HJFA 1SL1A 3DLRA 4I6MA 4FJCB 4JI6K 2GUPA 5BPMA 1XHZA 4BWMA 1JXEA 1KVAA 2D0OA 4BRDA 3Q7CA 3CQ8A 3WT0A 4DU4A 4KHSA 2GX9A 1ZBFA 2P1JA 3ZSXA 5AQWA 1GLDG 3ICXA 2GELA 4O8UA 4LB9A 3JXUA 4M3XA 3NGYA 4CJTA 2V36A 2NRVA 3OJSA 4YOXA 4Z9OA 1BO5O 3LDQA 4R79A 4H03B 2A41A 3G25A 4BRNA 1RTDA 4ZTFA 5TKYA 4OR0A 3VQ8A 1TKZA 1J53A 4DHXB 3AO2A 4M63C 3HP6A 4H0TB 1HKBA 3UKUB 5AJ3K 4CZGA 2PBDA 2A1SA 4EZ6A 3D2EA 1TKTA 1QQOA 4CIEA 4CGIA 1MIWA 2RHKA 5HRNA 1Z25A 1HYSA 4OTTA 3TR8A 2YHWA 3ECPA 1X9SA 1RDWX 4CEZA 5M1PA 1HLUA 5FPNA 1D8YA 2KW4A 4ZTJA 5FRNA 1IBLK 4XH4A 1RT6A 1YJNN 3VQAA 3ZSQA 4JK8A 4HGKA 1O1WA 3H1QA 4E89A 3OYDA 4BDZA 4GDXA 4G03A 5GINA 1NMDA 1TF0A 1K8KB 3KK3A 2CH6A 3EY1A 3OYNA 3VF4A 4WQ4A 2KHOA 3FE1A 1P90A 3I33A 3CCLN 4FOIA 5LMUK 3M3ZA 2ZE2A 1BM0A 2Q97A 4E3SA 1GLBG 2WBNA 4NLBA 2DBWA 5M1QA 4I7FA 5JS2A 3VGLA 4DU3A 2DY4A 4DFJA 1W0HA 2LQIA 5GADP 5AQXA 1KC8O 2FXUA 3BY5A 4AQYK 4WQ4C 3MMVA 1NGCA 3KWIA 4KH5A 2BXDA 1WOQA 2IVNA 5GAGP 2OTLN 3D2EB 4PY5A 3SCXA 4LFCK 3V1OA 2FSNA 4BRCA 1HNZK 2KBZA 2QHBA 4CJPA 2E20A 2HF3A 3O9TA 1ASVA 2YHXA 1FJGK 2BXNA 4HTUA 4ID1A 1E4FT 5CYQA 5BR9A 3NVKA 4FVUA 2UXBK 3FLCO 4LFAK 1YT3A 2D0AA 3CIPA 2JGUA 4CJUA 1HK1A 4H0XB 4EP4A 4BRGA 4BE0A 1WSFA 3HXMA 3B6OA 4FLWA 2VG5A 3FZFA 2JWLA 2P9KA 4BROA 3BUZB 5M1NA 4YOTA 2BXCA 3I8BA 1HYVA 4FSVA 1M1KO 3HRGA 4FLYA 4KI6A 3G10A 3WQTA 1LWCA 1J54A 3OA9A 2Z8JA 3AVJA 4H5WA 2O8CB 1BISA 4DR3K 1UOCA 3CCSN 1IJJA 2YX6A 4B9NA 5LMNK 3ENBA 3J8AA 3CF5L 4I9QA 4LF4K 3LU8A 1K8KA 4FWSA 1YVNA 3QB0A 3ULDA 2QKKA 1U04A 2Y1JA 3DLBA 4DV4K 4GVEA 2QWNA 1ZYQA 3K58A 2VCPA 1RFQA 3AA2A 5GIOA 2E2NA 4M41A 5FROA 3OTOK 4IO8A 1HKGA 3CCUN 3G71N 3C95A 3KLFA 2YNIA 2G8UA 3MX2A 4JKBA 1VQ4N 3GDQA 1VQ7N 5C10A 4FWLA 4H0VB 3MN5A 4MLHA 4Z4GA 1RT1A 4KHWA 3G0ZA 3U4LA 4FWNA 2ZJPL 2ZJRL 4A61A 3P83D 4FIPB 4BRIA 3K5NA 4KB1A 3SBGA 2O8FB 1EKEA 1QQNA 4H0PA 1H5WA 5AFUH 3OYKA 2BX8A 2IDOA 2A1RA 4JI2K 1OH7A 4CF0A 2HNZA 3V81A 2XW1A 4LF6K 3R9PA 3NF6A 2YI1A 1C1CA 2YCHA 2XY7A 1CXQA 1WAJA 4CZFA 3CCRN 4B3RK 3FNMA 3V9XA 1RDCA 1RDDA 1XUPO 2KLAA 4B08A 2OANA 1RDBA 3ZSVA 3KZBA 3THXA 3F2KA 2QK9A 4JI7K 3P5JA 1YI2N 2KTQA 4DV1K 1W7AA 1HPMA 1BL3A 2UUBK 1QVFM 3L0QA 1U49A 5BRHA 4M45A 3V9SA 2Z8IA 3LP3A 1Q8IA 4ISEA 4JK9A 1U4BA 4RG8A 1D9DA 4BQZA 2X6NA 1CLQA 4X62K 2EWSA 3ZEUA 3VQEA 4YORA 1BUPA 4C8MA 4HCCA 3VF2A 3NGZA 2E0YA 3MECA 4K25A 5H1SQ 4E1MA 3DLHA 5CR4A 4WYBA 2XVVA 4CGJA 4KHQA 3C6AA 3PV8A 3ASMA 2BXLA 4AHCA 4HHTA 3N4QA 1S72N 4M7YA 1GLLO 1X9MA 4GMJB 4DSIA 1V4TA 4JK7A 1IH7A 4FJGA 1VAZA 4GNIA 1J9AA 1E78A 3SUOA 4DV2K 4DV0K 2RN2A 1NMNA 4ZC6A 3TPQA 4BVOA 4B1ZA 5IT9O 1X9JA 3V09A 4CHNA 2PAVA 3CYMA 2E88A 5HRPA 1LOTA 2F96A 3SQ4A 3HSTB 3THWB 4V19S 1OVYA 1Q9YA 3O8MA 4CJLA 3LU7A 4JI3K 3OS2A 1VQ8N 5EU7A 3AVNA 4J2EA 3ZYYX 3JYTA 2HMIA 4HUEA 3LM2A 3M8PA 4CF1A 4N41A 3ENHA 1QHTA 1J5OA 1G15A 2FBVA 4CJVA 1VRTA 2UUCK 2YJFA 3J7YP 2G8HA 4WQ5C 5GHKA 4H8KA 3NH2A 5J2QA 1I94K 3AVHA 1U2VB 2D0BA 3SUPA 2Q1NA 1BDGA 1JLGA 3RVCA 4G1QA 4WF9L 4O55A 4RW4A 3CCQN 1A5WA 3O3FA 4BG8A 4CJRA 4HCBA 1NLVA 3ZSOA 4CZHA 4CECA 1VSLA 3MN9A 4DTRA 1TK5A 5AQPA 4BKEA 1TYQB 3VPZA 3MEGA 1YF5L 3M8QA 1D4XA 1NGHA 1LW0A 3VQCA 4DKWA 5C42A 1NK9A 2P9SA 4JRQA 4K41A 3DRSA 2OZBB 1WSIA 3SAHA 3V4IA 2BDPA 1K6YA 3MXMA 3HVRA 4DQQA 3VQ5A 1IKWA 3V9UA 3BF1A 3RMCA 5JMVA 2VGMA 1HYZA 1S1VA 3TSPA 3RTVA 4WFAL 5I3UA 5BPKA 1CZ9A 2F9TA 2KZMA 4BGBA 1VSKA 1QQCA 1S22A 3S3MA 3QEIA 4B3OA 2LXTA 1KFSA 2OT3A 4M3UA 3SQ0A 1J78A 3J81O 2HW3A 3KIKA 2AP1A 1BGXT 5EOYA 5IJEA 3CG7A 3E1YA 1RTHA 4O5FA 1BG3A 4DCHA 1CXUA 3OYFA 3VQQA 3J7ZO 3ZEUB 2YNHA 5JLHA 3AVLA 1QQMA 4KHPK 4WFNL 2I7PA 1FKOA 5JVHL 2RF2A 1RDAA 4DTOA 4KV8A 3ZSZA 1TKXA 5EVZA 3WNHA 4FJXA 4CBWA 3LU6A 3E9LA 4JI4K 4IJAA 3THVA 5SZTA 1Q81O 4J2DA 4MBEC 3SMSA 3KVGA 4ZUXV 4JKGB 1T05A 1NJZA 4YHHK 1KFDA 4Z0UA 1XHXA 4DR2K 4B3MK 4C1NK 2HVHA 3U8XA 3OYAA 3J7AP 3UIVA 2R7YA 3C7NB 4BR7A 5B5TA 4CEEA 2FF6A 3B9MA 4BRQA 1W97L 4FW1A 3WXIA 1YAGA 1C0GA 3AAPA 2OA8A 4ZBKA 1VK0A 3E66A 5AQGA 3KJLA 1TUUA 4C8KA 5ADXH 4WA6B 4DV6K 4DM0A 2A42A 3K2PA 4LA0A 2H3GX 5BPLA 1XNQK 5AQFA 2Q31A 4PHTX 3AY9A 3LDOA 1QZ5A 1C0FA 1ZXOA 2W6KA 3CJCA 5DK5A 2F8SA 3V6DA 3NFAA 2EX3A 1I3AA 4F3TA 2A6AA 3CFOA 4BR0A 3DOKA 2HBJA 4GV3A 1V4SA 3QNNA 1E7AA 3H6EA 4PUOA 1YVUA 1FK9A 4DV3K 4ZCGA 1VSHA 5CZ1A 5AQLA 3HK2A 2QEXN 2A40A 4B3TK 1HA2A 2W41A 3FZHA 2E2PA 4EIAA 3CCMN 1JLEA 2GTDA 1M90O 4B3SK 1QE1A 4AM7A 1N8RO 1IG8A 3AAQA 3ATVA 2FBXA 3HSCA 3QETA 4O8KA 1JCGA 3S3OA 5C2DA 4BQLA 2E4LA 2FBTA 5LY3A 3S3NA 1W9HA 3C7NA 1C6VA 4N0FD 2P9SB 2HSTA 3HI0A 4F5VA 1RBVA 4U7BA 2WOMA 4A57A 4DTJA 1HJOA 1WSHA 4PQUA 4GDKB 4KRFA 2DTUA 1B92A 1X3MA 3SV3A 3DXKA 4H4MA 2XY8A 1UA0A 1T6DA 4FJNA 5DM7L 3RMDA 1TKDA 2PY5A 2PYLA 1Z05A 3Q7BA 3AGRA 3K5LA 1N6QA 2DG5A 4AHVA 4YOWA 3A8YA 4A62A 3O4NA 4CW7B 4CEAA 5DMRA 1GOCA 4FCYA 4RW6A 4L9KA 1S1UA 2O8DB 2DBXA 1EQYA 4Z4FA 1IBKK 1IBMK 3EL2A 2FSKA 4NAWB 4IJNA 3NBPA 1X1PA 5BN9A 1RNHA 5HP1A 3D6RA 2X6SA 4B9TA 2NZTA 2OYQA 3ITHA 4JAXA 1X3NA 1RCHA 3KK2A 4H5VA 2YNFA 4F8RA 2ZM6K 4C8LA 1E7BA 2NRZA 2OTJN 3MCPA 4BR4A 1N36K 4K8XA 3V1RA 3ALYA 1JLAA 3KLEA 1IG9A 3AA3A 4CFDA 2W6LA 5CZ2A 1K8AO 3KK7A 3DXMB 2NUBA 4XH1A 4C31B 4CBXA 2EFDA 5ADXA 1B9DA 4LH5A 2QM6A 3D2FA 1ZBSA 4GVMA 3UKRA 2E2QA 4EFHA 3TAPA 3A0IX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NMU A;  5GIN A;  3T7Z A;  3GQX A;  4BY9 C;  2NNW A;  5GIP A;  3GQU A;  5GIO A;  3SIV B;  3SIU B;  3NVI A;  1NT2 B;  3NVK A;  2OZB B;  3ID6 A;  3PLA A;  3NVM A;  3ICX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LD0 A;  1T03 A;  4B1Y B;  4C8N A;  4CEQ A;  4M7X A;  4CCH A;  3K5O A;  4B9V A;  1KAX A;  1WSJ A;  1WN7 A;  5KGX A;  2YKM A;  3ZSY A;  3TAQ A;  4FLX A;  3ZX3 A;  1GOA A;  3O9Q A;  4JEP A;  2VQE K;  3SIU B;  4DMN A;  4YOY A;  3IKM A;  2XMO A;  1VFI A;  2IIR A;  2ZWH A;  1L3T A;  2BXH A;  4L8R B;  4Z4E A;  1Z26 A;  4LC9 B;  3DXK B;  2YNG A;  3VQD A;  3E9O A;  3MXI A;  3CX9 A;  1JLQ A;  4ISG A;  4KRE A;  2AJE A;  4EHT A;  4MQ3 A;  3EN9 A;  3O80 A;  4E7H A;  2ASP A;  3ULE A;  2P9P B;  1JXB A;  4JI8 K;  2EFC A;  4IDH A;  1LWE A;  2O8E A;  2BAN A;  4KTW A;  1RDU A;  2JLE A;  2BGG A;  2DBU A;  4OLA A;  4CVN E;  5J2P A;  1GLJ O;  5CY4 A;  2YHB A;  4GV9 A;  3HPH A;  4BC5 A;  1RTI A;  3K9K A;  4Y1C A;  2DFH A;  1VQ5 N;  5AZJ A;  4N56 A;  2WFB A;  5ELZ A;  4NCB A;  3I0S A;  3PUF A;  3BEX A;  4AHS A;  1NGJ A;  4H4O A;  2BXG A;  1OH8 A;  2IVP A;  4IWV A;  3EEQ A;  3W3D A;  3ZT4 A;  3QES A;  4MFB A;  5AQZ A;  1E7H A;  3QIP A;  2KFZ A;  1SS6 A;  5BR8 K;  4IG0 A;  2CGK A;  1QSS A;  1S9G A;  3H08 A;  2YJE A; 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