The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
120
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Knots found |
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sequence length |
469
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structure length |
416
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Chain Sequence |
HHHGMFSEQAAQRAHTLLSPPSANNATFARVPVATYTNSSQPFRLYATRLIQMRPFLENRAQQHWGSGVGVKKLCELQPEEKCCVVGTLFKAMSKYIHPDDELVLEDELQRIKLKGTIDVSKLVTGTVLAVFGSVRDDGKFLVEDYCFADLAPQKPAPPLDTDRFVLLVSGLGLGGGGGESLLGTQLLVDVVTGQLGDEGEQCSAAHVSRVILAGNLLSHLTKKTQAASVEAVKMLDEILLQLSASVPVDVMPGEFDPTNYTLPQQPLHPCMFPLATAYSTLQLVTNPYQATIDGVRFLGTSGQNVSDIFRYSSMEDHLEILEWTLRVRHISPTAPDTYKTDPFIFPECPHVYFCGNTPSFGSKIIRGPEDQTVLLVTVPDFSATQTACLVNLRSLACQPISFSGFGAEDDDLGGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of the complex of regulatory subunits of human DNA polymerase delta.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
DNA polymerase subunit delta-2
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| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
120
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| structure length |
416
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| sequence length |
469
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| chains with identical sequence |
C, E, G
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| other databases |
 KnotProt 2.0: Artifct K +31
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2008-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04042 | DNA_pol_E_B | DNA polymerase alpha/epsilon subunit B |
| A | PF18018 | DNA_pol_D_N | DNA polymerase delta subunit OB-fold domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3E0J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F0G A; 4A3M H; 4GZY C; 3D8G A; 3HG9 A; 3E0E A; 2F4V Q; 4PQX A; 2NVX H; 2OEO A; 4JBM A; 1C0A A; 5M5X B; 1LAC A; 4B9W A; 5GAH C; 4OO1 G; 4KY7 A; 3H66 A; 4X64 Q; 3DEP A; 5F3W A; 2DUD A; 1GHK A; 1SE2 A; 2F0I A; 5JPM C; 4YWL A; 2PQE A; 2ZJR A; 1ESF A; 4LFB Q; 4FF1 A; 2Z4I A; 4EVO A; 2JA5 H; 2F0J A; 2XNA C; 4O0A A; 2E2H H; 2Q2H A; 1SRU A; 2KCT A; 4H13 C; 2UUC L; 1SLJ A; 4H2B A; 5CYU A; 1PH4 A; 2F0L A; 3ERO A; 4IQZ A; 3GTO H; 2VQE Q; 1PHJ A; 2EPB A; 4EX5 A; 3R3O A; 4FCX A; 1C8C A; 2MP1 A; 1VMP A; 1EU3 A; 2NVQ H; 5CV4 A; 4LF8 L; 3G71 A; 3I2Z A; 1QB5 D; 1EEF D; 3I73 A; 3K81 C; 2HQE A; 1HR0 W; 1PLF A; 4H7B A; 2IJ0 A; 2F4V L; 1K8A C; 3H63 A; 1EY6 A; 1GOZ A; 4O42 A; 4C1N I; 2QKI C; 2BQ8 X; 3HOX H; 1EIF A; 4A75 A; 3PUW A; 2F0V A; 2K03 A; 4X64 L; 4ILW A; 5IOC A; 4OON A; 2F0P A; 3ND9 A; 2MFI A; 1LT5 D; 1T5E A; 2WP8 J; 4LMQ D; 3NBH B; 4LFB L; 4CHT B; 3TQY A; 1A62 A; 1Y69 U; 1CQV A; 1S5E D; 1WCM G; 1JC7 A; 2R92 B; 3J80 i; 3RL5 A; 1TT2 A; 4Q0F A; 1PTO C; 1MJC A; 5T1I A; 2VQE L; 1S8E A; 3PO2 G; 2ZBM A; 1AE2 A; 3PO3 G; 4Y7N B; 2K32 A; 3QG1 A; 2K1B A; 2NYL C; 4KBP A; 2K5N A; 3Q8D A; 1ASZ A; 4WJ3 M; 5D3D A; 3PF5 A; 1KDA A; 3ERS X; 1BBU A; 2JSO A; 1M90 C; 1CKN B; 1Y8N B; 3QFM A; 5C0X G; 4HJ8 A; 3VYT A; 4EQN A; 2B8G A; 1EY0 A; 5C3E H; 2X69 A; 1W6J A; 2JXM B; 2Q2U A; 5IYD G; 2E76 C; 1O7L A; 4R4O A; 5JJK A; 3CME A; 5C5M A; 3F2C A; 2ZTE A; 2K6A A; 2O2L D; 3BYT B; 5C4J H; 2Q8T A; 4F7X A; 1DD2 A; 4OXP A; 1KL9 A; 2F0S A; 1STH A; 3H6M A; 5KYL A; 3IFT A; 5LL6 X; 4DR4 Q; 2J0T D; 2JN4 A; 3I4O A; 3NQI A; 2MPM A; 1U9R A; 4TRD A; 4DR1 Q; 1H9K A; 1JMC A; 4JBW A; 2M00 A; 2CH4 A; 2OWO A; 4V0V A; 2EY2 A; 3H94 A; 3IVD A; 4FBQ A; 1BDO A; 2B39 A; 2NZ1 D; 3M85 A; 3NK9 A; 1H9S A; 1WFQ A; 1KRT A; 3I4L A; 4Y52 H; 2K5D A; 1TKW B; 3K80 C; 5ELN A; 4A3F B; 3H91 A; 1JE5 A; 2ES2 A; 1CUK A; 4YWK A; 2HD3 A; 2ZT9 C; 1TWF H; 1HA5 A; 1L0Y B; 1B2T A; 5JEA J; 4A3F H; 4P72 A; 5IGF A; 3F8T A; 1NJI C; 5C4X H; 1VQ8 A; 3ITP A; 2N88 A; 5LL6 S; 2WB1 E; 3HP3 A; 4DR4 L; 3PV0 A; 1O80 A; 3BZC A; 1DXM A; 4BBS B; 4X62 Q; 4DR1 L; 1I6H B; 2HYO A; 1WTQ A; 1SSO A; 5D3I B; 2ICE C; 1FYC A; 5L37 A; 2HT1 A; 4DNT B; 4OO1 I; 1CQF A; 2ENB A; 1I6H H; 1B53 A; 3MTS A; 2AUK A; 4DV2 Q; 3D0F A; 2CWP A; 4IPD A; 1DON A; 5IT9 L; 2JA8 G; 3OIP A; 3G4S A; 3MZ5 A; 5J3B A; 4A3E H; 4R9W A; 1GUW A; 2K75 A; 3NEL A; 1R4P B; 1I4P A; 3FPP A; 4R8I A; 5AFW A; 5A2Q E; 1PH7 A; 5C44 B; 5I6Y A; 1PH2 A; 3A5U A; 3SK8 A; 4KY5 A; 4DK1 A; 5C44 H; 1SNO A; 3QFN A; 2F3W A; 1XYI A; 5E4X A; 3JAM L; 2CHB D; 4B3R Q; 5IYB H; 4X62 L; 1SYG A; 2K50 A; 3KJO A; 4HIO A; 1E2Z A; 5IGG A; 4KJN A; 2QFR A; 1EQR A; 1VQ7 A; 1D7Q A; 1S3O A; 3HRZ C; 4KD4 A; 3NTH A; 4L63 B; 1YI2 A; 2E2D C; 1VQO A; 5HGT A; 1AFP A; 4DV2 L; 1L1O C; 1X9N A; 4Z9C B; 2B63 G; 1IW7 D; 1J6Q A; 3NXW A; 2XN9 C; 2RSO A; 3IKJ A; 2BE5 D; 1UTE A; 3T56 B; 3T1Y Q; 1B50 A; 2JA9 A; 3RLF A; 4XPN A; 4GLA C; 3S1R B; 5M3M H; 3PGZ A; 3I4N H; 2L1B A; 4DU9 A; 4A3K H; 5LMU Q; 1W6K A; 3THN A; 4K5X A; 3DUZ A; 2K28 A; 4DGZ A; 3S16 H; 3J7A F; 4BY7 B; 5JJT A; 4FNF A; 4B3R L; 2R92 G; 3IVE A; 3A56 A; 3R2I A; 2RDF A; 4A3L H; 1T70 A; 1Z6H A; 4DT2 A; 1GD7 A; 4DFA A; 4BY7 H; 1TS4 A; 1XNR Q; 3H3V C; 4HD0 A; 4C3J H; 2F3V A; 1B9M A; 1PH6 A; 1Z2X A; 4A3I H; 1U4P A; 1EFW A; 5FLX L; 1TQO A; 3CQZ H; 2Z6K C; 1I50 H; 2PQA B; 5CV9 A; 5CV8 A; 4XXE A; 2JA7 B; 3T1Y L; 1CSP A; 1N34 Q; 2OTJ A; 3PIO 3; 3TS2 A; 3ICE A; 2L15 A; 1CHQ D; 3A5Z B; 2C9O A; 5CMD A; 4KKT A; 4DR2 Q; 5EKL A; 1V9P A; 2IT1 A; 1C48 A; 4DAV A; 1SNC A; 5EPK A; 1HR0 Q; 3E9I A; 2A73 B; 4DSY A; 1JJC B; 4PNY A; 5M5W B; 4PZ8 A; 2K05 A; 4DXG A; 1XNR L; 3OMC A; 5LHY 1; 3GTG H; 2BH8 A; 2E8G A; 1HPC A; 3W1B A; 1LT6 D; 4R4T A; 1B70 B; 2VQF Q; 5IP7 G; 1W2B A; 3NP8 A; 1SFO B; 1F2L A; 3MVV A; 1UF3 A; 1BXT A; 3KYH C; 2PW7 A; 2PO4 A; 2JEB I; 1N34 L; 2KCC A; 4HSV A; 2ASB A; 2LXJ A; 1LV9 A; 2G9D A; 1M1K C; 4ME3 A; 1PH1 A; 2WB1 B; 3DSC A; 1S4Z A; 2LKV A; 3MFG A; 2QA4 A; 3AQQ A; 4HR7 B; 2EYJ A; 4OEL B; 2AKW B; 3SEB A; 4DR2 L; 1FGB D; 2XRS D; 1Q8I A; 1SBB B; 1T5X D; 1O7Z A; 5FO7 B; 2EQS A; 3J81 i; 3CW2 C; 4HN7 A; 2HYP A; 3P71 C; 1CHP D; 1HR0 L; 1ZYR C; 2F0M A; 5CV6 A; 3A54 A; 4X6A H; 3TN2 A; 3GTK B; 2NXF A; 2I5M X; 1KNE A; 2FHT A; 1IBL Q; 2MGS A; 4ZKC B; 2VQF L; 1WVL A; 3QIA A; 4DXF A; 1LT3 D; 3THO B; 3T1I A; 3H68 A; 4KMU C; 4X3K A; 2E2J H; 1RTN A; 2QDB A; 1MJE A; 2PI2 E; 3H09 A; 4H1S A; 2F0T A; 3GTL H; 1K0S A; 4IPG A; 2QJC A; 4LJZ C; 3HOW B; 2XMO A; 3J80 L; 2DFJ A; 2F0E A; 1S95 A; 4JA7 A; 1QZH A; 3S15 B; 3CHB D; 4IUP A; 1EY7 A; 2O8A A; 1I4G A; 2M9V A; 3CXC A; 2ZM6 Q; 1HZA A; 3BJU A; 3E6Z X; 4NPS A; 3SK4 A; 1WD1 A; 3T1H Q; 3H0G H; 4HMJ A; 3W3A A; 1NR2 A; 5IP9 H; 1HCZ A; 2L9H A; 3S2H H; 4A3G B; 1VDZ A; 3A55 A; 1C7Y A; 2K5H A; 1IBL L; 2EJM A; 4A3G H; 3QFO A; 3UE1 A; 3NSW A; 2F0Q A; 1R9T B; 3I70 A; 4PG3 A; 3X3N A; 2H1E A; 1H9R A; 1TVX A; 3I4M G; 4F87 A; 3F2B A; 3RZO B; 1M8A A; 3WDN A; 1X3Q A; 3BDL A; 4NDX A; 4J6O A; 5BN5 A; 1R9T H; 1HJP A; 2XTI A; 2RKS A; 1DZ1 A; 3MAQ A; 2NN6 G; 2MO0 A; 4DPG A; 4WRD A; 3S17 B; 4G9J A; 3D4D A; 2OXP A; 3HEJ A; 3GTQ H; 1JOO A; 1PTO H; 1NAP A; 4LFC Q; 3RZD B; 3DLL A; 2ZM6 L; 3S17 H; 2EYM A; 1GHJ A; 2RCF A; 5JJI A; 3T1H L; 1S5C D; 1KRS A; 2G9H D; 4FF2 A; 3TS0 A; 2FMM A; 5EBD A; 3UE0 A; 1KHI A; 4RGM A; 2F3I A; 3OOC A; 4JI2 Q; 3OYY A; 2JJQ A; 1K9M C; 1F9R A; 1QUQ A; 3S14 B; 1FNV A; 4RKL A; 2B2Y C; 1TS2 A; 1FL0 A; 4FBK A; 5IGB A; 4GN3 B; 4XT3 B; 4ALP A; 2KKN A; 2R17 A; 5H1S E; 3CCQ A; 2R7F A; 2IHE A; 4JI7 Q; 4JA9 A; 2I07 B; 2I0Q A; 4O5G A; 2F4I A; 1LO5 D; 1MIU A; 3J7A V; 4BWG B; 4LFC L; 3DWQ A; 5FK9 C; 3I56 A; 1MSH A; 4CBV A; 2GN5 A; 4CKC A; 1AZQ A; 2NWG A; 3FPU B; 2NBF A; 3CKI B; 2IWH A; 1TWG H; 5IY0 A; 3PIP A; 2PZU A; 1E22 A; 4BY1 G; 3MEH A; 3A8J E; 3RD4 A; 4JI2 L; 1STA A; 5M3F G; 1A3T A; 1J8I A; 1H9S B; 4YY3 L; 1CTM A; 4BA1 I; 3Q24 A; 3C3L A; 3BVG A; 1YEZ A; 2AQ3 B; 4F88 A; 4HIM A; 2F0U A; 2BDN A; 2CV9 A; 1BUV T; 2B2W C; 4JI7 L; 1S3L A; 2KHS A; 1IBM Q; 1V8Q A; 2NTT A; 1HZB A; 5T1G A; 1X6O A; 5I9P A; 4WJ4 A; 5EJW A; 3OTO Q; 1K8O A; 2RHQ B; 3E5S A; 1LTA D; 1VQL A; 3F2U A; 1RKN A; 3S1N H; 3TP6 A; 3OW7 A; 3V05 A; 3D6W A; 2ZTD A; 1WCM H; 3BDO A; 4JI6 Q; 3PO2 B; 1A2T A; 1ICF B; 4JI3 Q; 3V4Y A; 2R3Z A; 4GKK Q; 3PO2 H; 4JI4 Q; 3JAM c; 2JK8 A; 1PTO D; 3PO3 H; 1BVS A; 3K7U C; 1GUN A; 1LT4 D; 2SEB D; 3IB8 A; 3P1H A; 3KF6 A; 4R4I A; 1JWS D; 1SRO A; 3DSD A; 5F2D A; 3B6Y A; 1EFI D; 1XPO A; 5JEA G; 2QEX A; 1TR5 A; 1IBM L; 2BCO A; 1S40 A; 3RQZ A; 4A3B G; 4KKZ A; 5K36 G; 2CW0 C; 3OTO L; 3P75 A; 5C0X H; 1SMY C; 5INB A; 3GV3 A; 3F1Z A; 3S24 A; 4LUO A; 3KLW A; 1PTO F; 1VF7 A; 4JI6 L; 5IYD H; 2Q8R E; 3S1M H; 4JI3 L; 4B3T Q; 2Z06 A; 3AYH B; 1DOL A; 1UE5 A; 4EQ5 A; 3HOW G; 4JC0 A; 2F0K A; 3S1Q B; 4GKK L; 3GP7 A; 3K7V C; 4JI4 L; 1GUS A; 1Q7Y C; 3VR3 A; 1YZ6 A; 5ELB A; 4C3H G; 3S1Q H; 3PUY A; 4UPA A; 3FKI B; 3TRE A; 5ELF A; 1XPR A; 4QIW B; 2VUM G; 1WTX A; 4L5S A; 2A8V A; 2M2L A; 1BO0 A; 4A93 G; 5E3F A; 3M3Y B; 4IUN A; 4P2C B; 5IGD A; 4LTY A; 2SDF A; 2OF1 A; 5EPJ A; 5EPL A; 4IN3 A; 3M3Y H; 5DNF A; 5BN3 A; 3A7L A; 2NN6 I; 1DYQ A; 1U0L A; 1NY4 A; 4DV0 Q; 1PYS B; 4PZ6 A; 1K28 A; 5JAV A; 2NVY B; 2NPP C; 1YVC A; 1BKB A; 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1QVC A; 3J80 c; 4DV7 L; 1VQ5 A; 1I3Q B; 1CZG A; 1EIH A; 3OSO A; 3K59 A; 2E5L Q; 3DW8 C; 4OR9 A; 4NMZ A; 4B3M L; 4JYA Q; 4DNR B; 5KNC A; 2KVM A; 1FJG Q; 4WJW A; 4BXX G; 4QL5 A; 1IL2 A; 1XM7 A; 5ELE A; 1NTG A; 1L0X B; 2A6E D; 1QIL A; 4DV1 L; 5E7N A; 1BOS A; 1PMR A; 2ATW A; 1WOC A; 4HJ5 A; 4L5R C; 3CC7 A; 1SR3 A; 2R92 H; 4X66 L; 5C3W A; 5IOH A; 4DV5 Q; 1B3Q A; 1STN A; 4M1U B; 1X3E A; 2BDX A; 3Q0A A; 4NXM Q; 1GO3 E; 3N5U A; 1VQH A; 4J1M A; 4Y7N H; 5GQO A; 1V43 A; 4CJ2 C; 1S3M A; 1QCB D; 2KJX A; 4IUV A; 1SMX A; 2A6H D; 2PCF B; 3H62 B; 1EQT A; 2QDL A; 3BZD B; 3KBG A; 2E5L L; 4LK1 C; 4DAP A; 2EY6 A; 3JYF A; 3TME A; 1IYU A; 2IE4 C; 3QJY A; 4JYA L; 4R8N A; 4HJ7 A; 1FJG L; 4LU9 A; 4KHV A; 1NNW A; 2GVA A; 2RA4 A; 1TXY A; 1CM9 A; 3OIQ A; 4AIM A; 2USH A; 1WAR A; 1UUP A; 5GTU A; 3DWA A; 4POF A; 2DXL A; 2OT2 A; 4IPH A; 2UU9 Q; 1SYD A; 3C1E A; 2YV5 A; 2VW9 A; 2AHO B; 4NB3 A; 4DV5 L; 1SNP A; 1DOM A; 4MP0 A; 1CK1 A; 4C2M B; 3I91 A; 4GNX B; 5J22 A; 1WYD A; 4NXM L; 2RF4 A; 2N55 A; 2WIN B; 4JK1 C; 5IP7 H; 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