3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
5GINA 2OZBB 5GIOA 3PLAA 2NNWA 3SIUB 3ICXA 3GQXA 3NMUA 3SIVB 3ID6A 3NVKA 3NVIA 3NVMA 1NT2B 5GIPA 3GQUA 3T7ZA 4BY9C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1MA 1J6ZA 1CZBA 2F9WA 2O8CB 1QVFM 1W97L 4FK5B 4DG1A 1RILA 3OJUA 1GLAG 2YI1A 2BDPA 4I9OA 2HBJA 4LH4A 4LB2A 4E3SA 3V9UA 3NH2A 5J2NA 2VGMA 3R3LA 2W40A 4OPHA 5I3UA 3L2QA 1FKOA 5MLCQ 3SPZA 4KRFA 1WSHA 4BR5A 2KZMA 4JD2B 2RF2A 4BRKA 2O8EA 3RRGA 4BY9C 4CJ7A 4H5NA 1E7BA 2HOEA 4DSLA 3OYFA 4YORA 2RN2A 3ZSQA 4X65K 1HLUA 3DAWA 4IFEA 4A59A 2W41A 4MDBA 3VEZA 3O4QA 4KHNA 3EEQA 3D2EA 3VQQA 2VQFK 1NKBA 1GLCG 4EFHA 1VQKN 3HBTA 2AJEA 1M1KO 3RSEB 5EU7A 3DYAA 3NE6A 5CHIA 4LFCK 4FJKA 2Q2RA 4AH9A 4FLWA 4CBWA 3QIOA 4BVOA 3KKSA 3CC4N 2Q3SA 1JCFA 1L5UA 3JAMO 2R7YA 2YX6A 3AO5A 5FPMA 1KXPA 3AVJA 4GKKK 4CBXA 3DLRA 4OVLA 2CGLA 3VQDA 2ZJPL 3HSCA 4IW1A 2KQ2A 1KAYA 3WXIA 3THXB 1XNRK 5HRPA 3H3NO 3L2VA 1S9EA 3EZ5A 2NQOA 1C1AA 3SBGA 3W3DA 1J53A 1CZAN 4DTSA 4F4KA 3BZCA 1S3XA 2VGNA 1NM1A 2GEMA 2G8UA 4EMXA 1NK0A 2HHVA 2D0OA 4DQIA 3MHSB 4K0KK 3G9KD 4QS9A 4QCLA 4F5VA 3MWPA 2DY4A 4KO0A 4JAXA 1MIVA 4O5FA 2E88A 4H0TB 4RW7A 2HHQA 4ZBKA 1NK7A 2BX8A 2BXBA 3AGRA 5AZJA 1E3MA 1X9SA 4C1NI 3U3GA 4FSVA 3TABA 1U47A 4CW7B 4A57A 1FOUA 4M3WA 5CE3A 1XMQK 1EWQA 4QS7A 4CGFA 3ATVA 4CBUA 2KTQA 4FPAA 3I56N 4ZCGA 4JKFA 1WLJA 3QETA 1TKXA 1J5EK 4HHTA 3EO3A 2E4LA 4CI6A 3CCLN 2B5JA 2QWPA 1G15A 4OTTA 4ISFA 4JK9A 3ULEA 4B1XB 3ZSZA 2DBUA 3C7NA 2GELA 5C42A 1MIYA 1H1VA 3EKUA 4JRQA 1JXBA 4H5TA 4DHXB 1ITGA 2D4WA 2HVHA 2QXFA 5BPKA 1NGGA 3ZSYA 3J7ZO 4R5PA 1QHAA 4FJIA 2F4VK 1QZ6A 3KK2A 4ZBQA 1E4GT 1TK5A 4FVUA 1ZYQA 2NRTA 3VERA 2VYPA 5AQKA 4IOXA 4J8FA 4C23A 4LF4K 4YOTA 2E5LK 1RTHA 1M90O 3HP9A 4HGKA 4FWNA 4CHOA 1VSDA 4FLYA 3KHYA 1NJXA 3L8BA 1VQLN 2HB5A 4IG0A 3LZJA 2VQEK 3S3NA 3HYFA 3SV4A 1XC9A 3OBYA 2XW0A 2P9IA 4EIAA 2VCPA 5LY3A 3PIOL 1RT4A 2XY8A 1XQSC 4FCYA 3O1BA 4CHQA 3HPHA 2BXAA 4CZJA 4KAZA 3B6PA 1I3AA 4DFKA 4FIPB 1T3VA 4JK7A 4PKGA 5BPLA 5AQUA 5KI6A 3MXIA 1OH5A 1YITN 1HQEA 2QWLA 2HSTA 5IFOA 3OYJA 4C1NK 1VSEA 1RGIA 3U9ZA 1C0TA 2YNGA 2B6AA 2Z1HA 3ZSOA 3VQ7A 1RBTA 2QI2A 4XH4A 4FXDA 4FWOA 4BC2A 3AVMA 4YOYA 5DQFA 1BDGA 5BREA 4Y1DA 2ASMA 4K8XA 3HVTA 4FJ8A 4CEAA 3OYCA 4LSLA 3CXCM 4NYFA 4GMJB 4FK2A 4TQ1A 3JYTA 3TAEA 4GY2B 1N32K 2IOCA 1RNHA 4IO8A 3SCXA 1W9HA 4PUOA 3J7AP 3H1QA 3LANA 4CF2A 1OVYA 3FWCC 4CD3A 3PX4A 2CKXA 3DOKA 1HJRA 2XY5A 1ZBSA 1BISA 3SJHA 4DUZK 1YTUA 3WHSA 3G0ZA 4CHNA 1TYQA 4N76A 3KIOA 4X64K 3T7ZA 3KLIA 4GDKB 2QXLA 4JI3K 3C94A 4B9QA 4FJCB 4DKWA 3VA3A 3UIQA 4CD1A 1GLJO 1V4TA 3LWMA 2OYQA 4EZ9A 2P9LA 3PLAA 1NKCA 1HPZA 3FZFA 1NGFA 2LQHA 4IKFA 2Q36A 4CZHA 1I39A 2QA4N 2HVIA 5CYMA 4CFBA 2XVWA 1K8KA 1B9FA 3ZETA 2XY7A 5CZ2A 3WNFA 1HKBA 5JVGL 4CEEA 2QK9A 3AO1A 4Z69A 3LDSA 3SZ2A 3VEOA 1WAFA 3BY5A 4WE1A 5AQYA 1HK4A 3QO9A 3EKSA 3SIVB 3LZIA 1NBWA 1XWLA 3QEWA 4H0VB 3G10A 3VMFB 5DMRA 3ID6A 1EETA 1AO6A 5C2DA 4Y1CA 3IG1A 2HNZA 4CK1A 1MIWA 3AA4A 4H5VA 2E0XA 1BQMA 3UKUA 3VGLA 3FNMA 2V7ZA 1YTAA 3AVLA 1HK3A 5AQHA 4BR7A 4O0IA 1S1TA 5AQPA 2UUAK 4FLTA 5B5TA 4FVMA 1NLVA 1HNVA 3NF7A 1CXQA 2Z8JA 3THWB 3SBTA 3Q7BA 3LDOA 4CEOA 2ZJRL 2UYTA 4CEZA 4M70B 3MEEA 1VQON 3J80O 3V4IA 3HPGA 4BRGA 4DWIA 1BKEA 1H5WA 3GDQA 3VQ9A 4B1ZA 3TI0A 4RCHA 3S3MA 4BR2A 2VG5A 3M8RA 2PY5A 2VUFA 2XMOA 1D8YA 3L6QA 4PHTX 1C6VA 4KH4A 1BJ5A 3TPQA 2CGJA 4WQ5C 4JLHA 3AO3A 4AF1A 1UA1A 2A41A 4G04A 2KFZA 4NCAA 3O1WA 3LWLA 4LF5K 4CVNE 1NMDA 2ASPA 4OJRA 3NBPA 5FPEA 4BKEA 5JMVA 2OZBB 2GV9A 3D6RA 4JK8A 4FK0A 1JJ2M 3EY1A 1LW0A 2BXPA 2QW9A 2X6SA 4G1QA 3KK7A 2HBMA 3OTOK 5CY4A 1KRPA 4L8UA 4HGMB 2BXCA 1RCHA 3UB5A 4IXCA 2ITGA 2WC9A 1BCMA 3CX9A 3TTFA 3ZEUA 1B9DA 5E41A 2HW3A 4PY5A 1O1WA 3A5MC 2VUEA 4KBOA 1FJGK 4GDXA 3H6EA 3MCAB 3QFUA 4C8NA 3OJSA 4GV9A 4ZC6A 2B4JA 3D7EO 3TAMA 3SV3A 2O4GA 4UY8O 1BWFO 3HT3A 4HTUA 1R0AA 1QVGM 1C1CA 3IAYA 3MAQA 4OR0A 3SYZA 3P38A 5KQDA 2LOQA 2E6MA 3FZHA 4DV7K 4ISGA 3CQYA 1Y97A 1YF5L 1Q9YA 5AQIA 3EZWA 1EQYA 5AQOA 2AA4A 4CGIA 3VEYA 1IO2A 2K0NA 2RE2A 1DTQA 4YOUA 3ZSRA 3AVGA 2P9PB 2HBLA 2WOMA 3J8AA 5AQNA 3NGYA 3ZT3A 2FC0A 3RMBA 5DK5A 2PYLA 4FJMA 1S1VA 1E7EA 1UA0A 1HNZK 3TARA 3DLHA 4M3TA 5E26A 2CH6A 4CZMA 4OT2A 1VK0A 2HHTA 1E7IA 2P9KA 5IJEA 4FZZA 4CIGA 4IO9L 1JCGA 3QICA 4JN4A 1MA9B 1ATSA 4ID5A 3SLCA 5BRDA 2UU9K 4ELUA 5KGXA 1NKEA 4B9VA 1HNWK 3M99C 3LL3A 4BREA 5AQFA 3VEVA 3TSPA 3U8XA 5B8HA 2BXDA 2FXUA 3KLGA 4KTQA 3L4IA 4GDLB 5ADXH 3AVCA 4AHCA 2HBKA 3WNHA 3TWHA 3VQ8A 4CCHA 2LXTA 1ZC6A 2O8DB 5LJVA 2HHSA 3BPJA 3TTDA 4W5NA 4QAGA 4ILGB 4EP4A 1S1XA 4DV6K 4OLAA 5KPRA 1BI4A 4B1WB 2HHXA 4L8RB 4O0JA 4YOXA 4PKIA 3M1FA 4JI6K 2XHBA 1K8KB 2BTFA 1YJNN 1XMOK 2YJEA 4DFJA 4CJ4A 2XW1A 4B9UA 3CMAN 1RBRA 1TGOA 1IKVA 4CJSA 3L2RA 3OW2M 5FUOA 3LU7A 1N34K 4DTJA 3VF2A 4BDZA 4DF8A 2YHXA 3BF3A 4I6MA 5HBMA 5TKYA 4E99A 3OBWA 3QESA 3MN9A 2GWJA 4JS4A 4FWLA 2CH5A 4DV5K 4GV3A 4FLZA 3CD6N 4ZTFA 1ASVA 5M1NA 5AQLA 1KVCA 3QMLA 3I0RA 1W2BM 4EHUA 4C8OA 4DQRA 2CGKA 2O4IA 5M1KA 3HTVA 2NNWA 4OKEA 1N8RO 4UQGA 3JSMA 3RMDA 4BRLA 4CGJA 4FPBA 3IRXA 4BC5A 2QHBA 3GQUA 4HCBA 3GG4A 4KI4A 3P5JA 4DLGA 1WSEA 4D7XA 3M3ZA 5FROA 3KIKA 4CGGA 3DI6A 3IS9A 1XHXA 1TXUA 2A1SA 3B9MA 2KHOA 1D9DA 1JKHA 3O4WA 3OYMA 4JI7K 1Q18A 4FWQA 5BR8K 3SAGA 5C2FA 1NOYA 3LAKA 4GV6A 4RW4A 4KHPK 1VRUA 1LOTB 4DHYA 1T44A 2BXOA 1IKWA 4GVMA 5KQ8A 1UOCA 2D1KA 2ZE2A 3CC2N 2PFUA 1NGIA 3HRGA 4BC3A 3CJ9A 4DR7K 4M3RA 4N56A 1NJZA 1QQCA 4FZXC 4X62K 4DSIA 5BRHA 2AJQA 4FOEA 4BDYA 1XUPO 4H5WA 4B9SA 4H5RA 4OGEA 1JLGA 2ETJA 3OYDA 2HMPA 3E9PA 3QEPA 4B3TK 5GINA 4GVEA 1WBDA 3VQ4A 4MO5A 3V9ZA 3NGIA 1YAGA 1JL2A 4I7FA 2F8TA 1BM0A 3CF5L 4C8KA 3A5LC 1VSMA 1SZ2A 4FK4A 3RR8A 5C12A 4OKKA 1GOAA 5FLXO 1KQSM 1Z6RA 4BE2A 1H9ZA 1KTQA 4PA1A 3AV9A 5C25A 1WAJA 3CCJN 1EWRA 4OTUA 1GOBA 2YNFA 4MO4A 4ICLA 3HK2A 4CF8A 4G9ZA 2BXLA 3O08A 4J2VA 1VZSA 4KTWA 3SAHA 4I9QA 4AM6A 2O8FA 1LV5A 3SQJA 1OKJA 3OYIA 4NCGA 5ADXA 5M1QA 1VQ7N 3FFKB 4FZYA 4M7XA 2IGIA 4DR1K 1MDUB 2RPIA 3RTVA 3WEEA 1TV6A 3KLEA 4B9TA 1UORA 3MEGA 3IUCA 2QEXN 4Z4GA 4A5AA 4W5TA 4DTUA 4B3OA 2PBDA 3AVIA 5IWAK 2GUTA 5K14A 1NGCA 3DM2A 3A73A 3U9DA 4U67L 4CEBA 1U04A 2KZZA 4K41A 4CZLA 1EP4A 2AP1A 2E0YA 4B1YB 1IBLK 3O4NA 3EL2A 5AQTA 1OH8A 2DFFA 1DT9A 4R79A 2E2NA 3RMCA 4YFUA 3JQZA 4CZKA 1HK5A 4OGCA 5BN9A 4M7YA 3ENBA 3E66A 1N6QA 2Y1IA 1C0MA 5HROA 3GBTA 4JI4K 4C31B 1BA1A 3CG7A 4IFYA 5ID7A 3K59A 3DXKA 2KBZA 2YHWA 2A42A 3CCRN 1N5UA 2ASOA 4DMNA 5BPNA 4NXNK 1KFDA 4LUHA 4LF6K 3DXMB 3NVIA 1T03A 2G8IA 3A0IX 4DV0K 1Q7YO 3CMEN 3VGKA 4NAWB 1E7CA 4NLBA 2D0AA 5JS1A 2UUCK 4KHSA 4DQPA 1QSSA 3PX0A 5M1PA 3WXKA 2E1ZA 1XNQK 3ID8A 2IVOA 3OVNA 4JKHA 4LC9B 3NF9A 4DR5K 4V19S 3HO1A 3HSTB 1JXEA 1GNJA 2XVQA 3TDLA 1VHXA 3S9HA 3K2PA 3MN7A 4IBNA 1TUYA 3T19A 3AY9A 4OO1J 3NVMA 4C8MA 1HNXK 2P9UA 3NH0A 3FWBC 4NYNA 3N4QA 3P1GA 4H0XB 4M41A 3T69A 3V1RA 3QBXA 4KHYA 4JHDA 1SUQA 2BANA 1OH6A 5IIXA 1MWMA 3WUHA 3THYB 3OYAA 3EYZA 2G8HA 4TSXA 1Z05A 2GUPA 1RT7A 4DCHA 3W0LA 3NF8A 3AVKA 3QEVA 1SKRA 1ATRA 2RKIA 1IH7A 3ZX0A 3HVRA 3B9LA 3LM2A 3O5BA 2E20A 4CESA 3DLEA 3AA5X 4LF8K 4H0PA 1QZ5A 4NLCA 3AVFA 2G8WA 1K8AO 2H3GX 3P4IA 2ROHA 4GG2A 1LWCA 3CPWM 1Q9XA 2X6NA 4OPJA 2VWKA 1QSLA 4BR4A 4IOAL 3A75A 5AQMA 3FZMA 4CZGA 1E7FA 4BRNA 4DTXA 4NXMK 2ZJQL 1LCUA 5DM6L 3LM9A 3QDKA 4IOCL 4K8ZA 3H46O 4E89A 1HR0K 3VTHA 1TL1A 4BE1A 1S9GA 3PY8A 5J2PA 1FKPA 4BRCA 2YKMA 2F9TA 4HWIA 4KHUA 3AGKA 3UKRA 4E19A 4BWMA 4JKGA 1NOZA 4FJGA 4M3YA 3NHGA 1SL2A 5JVHL 2GBZA 4J2DA 2FBTA 3M5RA 4CJWA 2V52B 3FR0A 1L3VA 5IJ5A 4XIUA 1L3TA 1TF0A 4O8UA 3WT0A 3ZCMA 2YNHA 2Q0UA 4N0UD 4ILHA 3KWGA 4A61A 2QWNA 3CM6A 1YXQA 4KH5A 2A3ZA 1U2VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIN A;  2OZB B;  5GIO A;  3PLA A;  2NNW A;  3SIU B;  3ICX A;  3GQX A;  3NMU A;  3SIV B;  3ID6 A;  3NVK A;  3NVI A;  3NVM A;  1NT2 B;  5GIP A;  3GQU A;  3T7Z A;  4BY9 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E1M A;  1J6Z A;  1CZB A;  2F9W A;  2O8C B;  1QVF M;  1W97 L;  4FK5 B;  4DG1 A;  1RIL A;  3OJU A;  1GLA G;  2YI1 A;  2BDP A;  4I9O A;  2HBJ A;  4LH4 A;  4LB2 A;  4E3S A;  3V9U A;  3NH2 A;  5J2N A;  2VGM A;  3R3L A;  2W40 A;  4OPH A;  5I3U A;  3L2Q A;  1FKO A;  5MLC Q;  3SPZ A;  4KRF A;  1WSH A;  4BR5 A;  2KZM A;  4JD2 B;  2RF2 A;  4BRK A;  2O8E A;  3RRG A;  4BY9 C;  4CJ7 A;  4H5N A;  1E7B A;  2HOE A;  4DSL A;  3OYF A;  4YOR A;  2RN2 A;  3ZSQ A;  4X65 K;  1HLU A;  3DAW A;  4IFE A;  4A59 A;  2W41 A;  4MDB A;  3VEZ A;  3O4Q A;  4KHN A;  3EEQ A;  3D2E A;  3VQQ A;  2VQF K;  1NKB A;  1GLC G;  4EFH A;  1VQK N;  3HBT A;  2AJE A;  1M1K O;  3RSE B;  5EU7 A;  3DYA A;  3NE6 A;  5CHI A;  4LFC K;  4FJK A;  2Q2R A;  4AH9 A;  4FLW A;  4CBW A;  3QIO A;  4BVO A;  3KKS A;  3CC4 N;  2Q3S A;  1JCF A;  1L5U A;  3JAM O;  2R7Y A;  2YX6 A;  3AO5 A;  5FPM A;  1KXP A;  3AVJ A;  4GKK K;  4CBX A;  3DLR A;  4OVL A;  2CGL A;  3VQD A;  2ZJP L;  3HSC A;  4IW1 A;  2KQ2 A;  1KAY A;  3WXI A;  3THX B;  1XNR K;  5HRP A;  3H3N O; 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