3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
1NT2B 3ID6A 5GIPA 3PLAA 3NVMA 2OZBB 5GIOA 3ICXA 4BY9C 3SIVB 3GQXA 2NNWA 3NVIA 3GQUA 3NMUA 5GINA 3SIUB 3T7ZA 3NVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEPA 1TUUA 1RBVA 2Q0RA 3ZSRA 4RW6A 5KPRA 2QWOA 1RTDA 5CYQA 1KC8O 2BXKA 2KFNA 4JLHA 4HUFA 1XNQK 1E7EA 2LQHA 2BXLA 1FK9A 3I8DA 3A5NC 1NJYA 5AQVA 1HK3A 3K59A 4EHUA 3AO5A 4XIUA 3IKMA 2WTUA 3NH0A 5C42A 3A75A 1Q86O 2GTDA 3GG4A 4DG1A 3ENHA 4ZBKA 3T1HK 1N6QA 2GELA 4ELUA 4N47A 4E89A 2OPPA 4DSFA 4CEAA 4JRPA 2VG5A 1QZ6A 1SKWA 3QESA 1GOCA 4IXCA 2NNWA 2XY8A 4CI6A 2ZJQL 3JSMA 2H3GX 1BHLA 3ATUA 4ZBRA 4IJNA 4C8LA 4H0PA 3HO1A 1S5JA 2RPIA 3KWGA 4JI0K 4BRNA 1EETA 3AV9A 4LSLA 4CHQA 3GOIA 1VQ9N 4B1WB 2WBNA 4A62A 4DR6K 2P9UA 3CFRA 1LW0A 3CFPA 3AVFA 5EX5A 1TKTA 3P31A 3VQQA 1S9EA 4DTUA 2XY7A 4LH4A 1HQEA 5BR8K 4N76A 3JS6A 5E41A 1NK7A 2ITMA 3O9TA 3KJLA 4BE0A 2KKZA 3TAMA 3QO9A 4CJWA 3DWLA 1SZ2A 4HTLA 4KAZA 2K0NA 3NH2A 4CJEA 4CZKA 3M5RA 2ZD1A 4JAXA 1NOZA 1C0GA 1ZBLA 1XC3A 3MX5A 1QQCA 1GLEG 1LOTB 3BEXA 4EP5A 2XVUA 3CJ9A 1WSGA 4KO0A 3U9DA 4B1VA 4CZIA 4CJPA 5LY3A 4B3OA 1WLJA 3SIUB 4CERA 4B1YB 4YOVA 3RMCA 4AM6A 1NGAA 5HL7L 4QAGA 1W2BM 3HZ6A 4F5VA 4MFBA 3HK2A 1KLMA 4NLCA 4BKEA 1E7HA 4DTPA 4PY5A 2Q0UA 4CBXA 4NXNK 5BN8A 1S9GA 4PA1A 1NG9A 4N56A 1LNSA 4O8UA 3OYIA 4MQ3A 4CBWA 1N32K 1NK0A 3THYA 4DR5K 3DXMB 3WXMB 2P9SB 4H0XB 3C0BA 3EKUA 4CIEA 2VCPA 4JKFA 2FLOA 1TYQA 3TSPA 5JS1A 2P9SA 5A2QO 1WSFA 2PBDA 4JKDA 3MEGA 4B8CA 3SNNA 2BXEA 4F5UA 1VSIA 4KTWA 4FZXC 5I9EB 3T1YK 1V4SA 1IV0A 4OKJA 1YTUA 3DLGA 3VF4A 4IO9L 2HHWA 5LL6Z 4W5NA 1KXPD 1BI4A 1YT3A 3AAQA 5BPMA 4JK9A 3QDKA 4JHDB 2HVHA 3THWB 4CJFA 3KTQA 4NLBA 1HK4A 5CYMA 4Z0UA 1R0AA 3CJ7A 3OJUA 3I55N 3VF2A 5GHKA 3OY9A 1RCHA 3CG7A 4CIGA 2BXNA 1JLQA 3H3OB 3HL8A 4MO5A 4PKIA 4DU3A 1L5UA 4DTNA 3HVRA 1WOQA 1K73O 3OBWA 2DYMA 2HHTA 2VWKA 3J7YP 1HR0K 3AVLA 4CESA 1O9XA 4BDYA 3FGUA 5C10A 4DF8A 4B3RK 2BXOA 5I3UA 3VQBA 4FK2A 2E0YA 4OGCA 3MHHB 5GAHP 3LDLA 2X78A 4DTOA 1TL3A 4GNIA 3JQZA 4DR4K 1NK5A 4PQUA 3DLKA 3FLCO 4C1NK 3ALYA 1W97L 4DR3K 4FLXA 5DM7L 4CIFA 1RBUA 1REVA 4I6MA 2D0CA 3SAFA 3AGKA 4B9SA 3CHWA 2B5JA 2HBLA 4O4GA 4O0JA 3MCPA 1IJGA 3OYKA 3IAYA 4E1JA 4CFBA 3RR7A 5H1SQ 5KPTA 1BO5O 5KQ8A 4QS8A 4B9MA 1SKRA 3V4IA 4HGKA 2ASOA 2OPSA 2EX3A 2HMPA 4M3TA 3TANA 4NCAA 4HCBA 3WQUA 1TVRA 2CH5A 3EZWA 4IG3A 3O9RA 3TWHA 2UUBK 2IAJA 2HF3A 4HUEA 1XMOK 4FWKA 4LFCK 2HBKA 4LF4K 3ULEB 1Q9XA 2GUIA 5B8HA 4LF7K 4DR7K 2KFZA 2P9IA 1RT7A 3MDQA 4BRDA 3R1XA 1DEJA 4W5TA 1RBTA 1K6YA 4YOTA 1C1AA 3DLEA 3E9LA 5HRRA 1XC9A 3PV8A 2I5JA 3ZEUA 3QERA 4LB2A 4FLWA 2Z1HA 3K9JA 2QWLA 1C1CA 3K57A 2PAVA 4F3TA 1KVAA 4B9QA 5CE3A 2ZJRL 4LD0A 3KJVA 3K5LA 4DSJA 2FBYA 1E7CA 3VQDA 3NGZA 3R8EA 3F9MA 4CEBA 5C2FA 1HNWK 3LDPA 3VERA 3SUPA 4G03A 2P9KA 1RGIA 4I9QA 1GNIA 2W40A 3VQEA 4EMXA 1JXBA 3LP3A 3D2EA 4M7XA 2DBXA 3OYCA 1RTJA 1RT6A 2XMOA 3C65A 2VYPA 1S3XA 3CC7N 3SAHA 1KVBA 1IBKK 2EFHA 3VMFB 3CM6A 1BUPA 3CJ1A 5GAGP 3ZX3A 2D5RA 4E7LA 2YHYA 4DV3K 3RSEB 3M99C 3TARA 4RG8A 4FJMA 2E2PA 4CJ5A 1BJ5A 4JI3K 3VQ4A 3G6EN 1T6DA 1JJ2M 4EZ9A 4JI7K 1NU0A 2YHAA 3H3NO 3WQTA 2F9TA 4H5VA 3LWLA 1GOBA 4JK7A 5GADP 2BXPA 1QZ5A 2VGNA 5AZJB 5IT9O 4FK0A 1ZBUA 4ELVA 4FWLA 3L8BA 3BPJA 4QS9A 2J4RA 1KTQA 4DV5K 2VGMA 5CZ1A 2JGUA 3H37A 3MCAB 1TGOA 2FF6A 5IWAK 4H5WA 3MX2A 1HQUA 1NGIA 1T44A 3TTCA 3WXKA 4FXDA 4IWVA 3NDKA 4N5SA 4FCYA 3S41A 2DFFA 4BC2A 4X65K 3CF5L 3V9WA 3D2FB 4BC4A 3O80A 2OANA 4TQ0A 1BCMA 4CZGA 1E7BA 1R59O 1T05A 3AVNA 2ZM6K 4DTMA 4O55A 1Z6RA 1ASWA 3C6UA 4JN4A 1Z25A 2O8DA 2VDBA 3F2KA 2B4JA 4JYAK 3O4QA 3G0ZA 2Q1NA 4ILGB 4BR2A 4FM1A 1JKHA 5ELZA 1NJIO 2HNYA 4DSKA 2W6LA 5K14A 4CHOA 4O44A 4B9LA 4JI1K 4AHTA 2GBZA 1EKEA 2EFDA 4LC9B 3V1OA 3SYZA 2P9NB 4M7YA 3MMVA 3EN9A 4WQ4A 4GVEA 1LAVA 3FZHA 3I56N 1VK0A 3V1RA 3SIVB 4CGDA 4FPAA 2GUTA 2QMCA 1J9AA 4CHNA 4K71A 3JRYA 1MUHA 1QQOA 4AHRA 4CJTA 1A5XA 3L2RA 4CF9A 5AQSA 3FR0A 2F7TA 2BXIA 2XRIA 2Z8IA 4C23A 1HNXK 2WOMA 2EHGA 1ITGA 3LP2A 1NOYA 3OHRA 1VQLN 3O9UA 2X6NA 1DGKN 4RWTA 1VSDA 3V09A 2VG6A 4A5AA 4MBEC 4JI8K 4GV3A 2BXMA 4JKAA 4OPJA 1Q7YO 1HK5A 1BOTO 2FSJA 4BRLA 4JD2B 2QWPA 4F5TA 4BRGA 3NVKA 1O1WA 3CI5A 2LXTA 4OKEA 2A1SA 3ICXA 4DUYK 2B6AA 4BRMA 4DSIA 1IKXA 1S6PA 3CCVN 4BRKA 3DLLL 1N5UA 5EOYA 4CEZA 4B9VA 2YX6A 4KTZA 4YHHK 1SKSA 2I30A 3QLHA 2F4VK 4FO0A 4BGAA 2IVPA 3P83D 3O6WA 4ZC6A 5AQZA 4AM7A 3VEYA 4BQLA 1X3NA 3VPZA 4WF9L 3LPTA 3RMBA 3J7ZO 3O4NA 3OS0A 1HLUA 2YDFA 4BRAA 3SZ2A 5F2RA 2OYQA 2QI2A 4U67L 1N36K 5AZJA 4X64K 2Z8JA 1SL0A 1T03A 3OYLA 3BF1A 2DYOA 3QIPA 4FOEA 1GLDG 1BM0A 5FPNA 3BUZB 5JMVA 1QHTA 3H1QA 2QM6A 1NGBA 2HF4A 1QQMA 1BL3A 3MN5A 5LMUK 1W9HA 3MN6A 4LF5K 3AVBA 1ZBIA 5AFUA 4K0KK 3G10A 2F96A 3HM9A 3LP1A 3LANA 3RSEA 4A2AA 1Q8IA 1GLJO 3W3DA 3CCSN 2Y1IA 3MEDA 4DFPA 3RWUA 1S22A 2NRXA 1WB9A 2XSIA 2KZMA 5AQTA 2HSTA 3M3ZA 1NNEA 4JKGA 3AY9A 3LM2A 3THWA 2QK9A 3TDLA 4DR1K 4QCLA 1KW2A 1FJGK 2P9LA 3DXKB 1SUQA 3FFIA 4XH4A 1OH8A 2Z8KA 1SS6A 5B5TA 4ELTA 1KAXA 4JS4A 4LUHA 3ID8A 4F3OA 1E7GA 1X9SA 5AQIA 1KRPA 4JKBA 1QTMA 4LF6K 2GX9A 1YF5L 3MWPA 1N8RO 2Q97A 2EWSA 2G8UA 3O4WA 5HRNA 1OH7A 3CPWM 3O9SA 4L9QA 4J2BA 4CVNE 3B9MA 2KBZA 1JCFA 1UA1A 3AGRA 3C6HA 4DKWA 3OA9A 1L3UA 3VGMA 4F9OA 3BZKA 1VZSA 4KHUA 3I0RA 2BXBA 3VEVA 3VTIA 4FK4A 5FPEA 2P9NA 3R9PA 4FYDA 3NVIA 2UXCK 5FPMA 5IJ5A 1ATNA 1E4GT 1NKEA 1ZBSA 2P9IB 4CJSA 5ADXA 4H0TB 2EFCA 1HRHA 5KGXA 3V9UA 4JK4A 1HKGA 4H8KA 3UKUA 4BG9A 1C6VA 1T6CA 3PIOL 3NH1A 3MWTA 3VA3A 5C12A 5AQUA 1MA9A 2O8CB 4H03B 5JVGL 3NF6A 3SAGA 1YITN 1NK6A 1UA0A 5HRSA 1J5OA 3AVMA 3PSFA 2ETJA 2ZF5O 1BA0A 2XVWA 4GV6A 2HMIA 3SI6A 4DQ8A 2NQOA 3RVCA 1B9DA 2A1RA 4FL9A 1O13A 3SUQA 1RDDA 4BRCA 3H3AA 4JRQA 5AQHA 3S3MA 1FKPA 2F8SA 3O5BA 2QXLA 1VSHA 5AQXA 4DF4A 4KI4A 4E7KA 4S1YA 2YV0X 2X6SA 3H45C 3NFAA 1T8EA 4NO7A 5BPNA 1ZXOA 4B3TK 4E1NA 4ZTFA 2RF2A 4KPYA 4DHXB 1WAFA 2YNGA 3UB5A 3QINA 1EX4A 4IG0A 3ENOA 1HPMA 4IW1A 2Z1GA 3BP8A 3HOTA 3C7NB 2P1JA 4J2VA 4IEIA 4BDZA 3W0LA 5J2NA 1TF0A 4BGBA 4IFVA 2HVIA 1LWFA 4WQ5C 5BREA 2HHQA 4DWIA 3QEXA 3VEZA 3PIPL 3VQ8A 2VQEK 3D45A 4KKOA 3RR8A 3MXMA 1S1XA 3KK2A 3LZJA 1XHZA 3WXLA 3DRSA 3HP6A 2DBUA 3A5MC 2HBJA 3CCUN 4CZFA 2OZMA 4W5QA 1TK5A 1UWBA 4W5RA 2A6AA 2JUHA 5AQOA 2HHXA 1RFQA 2UU9K 2BGGA 3WEEB 4DSEA 3KKSA 1EWQA 4DU1A 3WHRA 5GIOA 3ZT0A 3A73A 1DTTA 3TU5A 1JLEA 4FJCB 4B1XB 4J2DA 1VRTA 4DMNA 1GOAA 1HK2A 1JL1A 2O8EB 4Z4IA 1ZBFA 2JLEA 1J6ZA 4NB4A 4B1UB 3NAEA 4FJHA 4E99A 4JHDA 3F9KA 3FZMA 5CHIA 4X62K 2V51B 3IFRA 3SBTA 5JLFA 4BROA 3PUFA 1JCGA 1YAGA 1Z05A 4E7HA 4CHYA 2HOEA 1IKYA 4BWMA 4K43A 4PWDA 4Z4FA 4DLEA 3TTDA 1YJWN 5M1KA 4M3UA 4HCCA 3V9SA 3MECA 4DQRA 4GV9A 1BCOA 3GDQA 5TKYA 4QOZB 3O9QA 5E26A 2QWNA 1L3VA 2O8BA 5ADXH 2GV9A 3QBXA 1BGXT 4JV5K 2YJEA 2OPQA 1F21A 3J7AP 4CJ7A 5AQPA 3NVMA 5AJ3K 4KHQA 1C0FA 4BRPA 3VA0A 1D8YA 4B08A 2YHXA 4BWJA 5KPZA 3QEWA 4DQQA 3HRGA 3CM5A 5HBMA 5AQQA 4JNEA 5AFUH 4PL8A 3D2FA 4V19S 2E0XA 1BG3A 1WN7A 4KREA 1KAYA 1LAWA 1MWMA 2HHHK 3TAEA 4OTUA 1IKVA 4CBUA 4FLUA 1W7AA 4CD1A 4PL7A 3H1VX 4Z69A 4ICLA 3DJCA 1NK4A 3CD6N 4CD3A 3L2VA 2NZTA 4CJLA 5HROA 4O5BA 2IDOA 3E1YA 3CQYA 3V9XA 3U3YA 1DTQA 3L0QA 5JVHL 2CGLA 2P9UB 3C6TA 2FBVA 5HRPA 2G8WA 3SQ0A 4IOXA 4OGEA 2OZBB 3IDHA 3BY5A 3HSCA 1OH6A 1XQSC 4H5NA 3U6FA 1HNVA 1SQKA 2QEXN 4OPKA 4BG8A 3M1FA 4IDKA 2NLXA 1V4TA 1HA2A 1MIYA 4J2EA 4LA0A 2CKXA 3H46O 3U8XA 2OCEA 3L6QA 4DHYA 3VGKA 3UIQA 1KQSM 4H0YB 4WQ4C 3SQ4A 1QE1A 4M41A 4RW8A 1BQMA 2UUAK 1BIUA 2O4IA 2RKIA 4KHPK 4IJAA 2HB5A 2FXUA 4F4KA 3U3GA 5KI6A 2Y1JA 2OTLN 1BKEA 1VQNN 3P38A 4BRHA 2Q36A 1VQ8N 4FWRA 3CCLN 4DV2K 4FLTA 1HYZA 1WSIA 5LJVA 1U47A 1SL2A 3GA9L 3PO5A 5C0YA 4XEIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NT2 B;  3ID6 A;  5GIP A;  3PLA A;  3NVM A;  2OZB B;  5GIO A;  3ICX A;  4BY9 C;  3SIV B;  3GQX A;  2NNW A;  3NVI A;  3GQU A;  3NMU A;  5GIN A;  3SIU B;  3T7Z A;  3NVK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QEP A;  1TUU A;  1RBV A;  2Q0R A;  3ZSR A;  4RW6 A;  5KPR A;  2QWO A;  1RTD A;  5CYQ A;  1KC8 O;  2BXK A;  2KFN A;  4JLH A;  4HUF A;  1XNQ K;  1E7E A;  2LQH A;  2BXL A;  1FK9 A;  3I8D A;  3A5N C;  1NJY A;  5AQV A;  1HK3 A;  3K59 A;  4EHU A;  3AO5 A;  4XIU A;  3IKM A;  2WTU A;  3NH0 A;  5C42 A;  3A75 A;  1Q86 O;  2GTD A;  3GG4 A;  4DG1 A;  3ENH A;  4ZBK A;  3T1H K;  1N6Q A;  2GEL A;  4ELU A;  4N47 A;  4E89 A;  2OPP A;  4DSF A;  4CEA A;  4JRP A;  2VG5 A;  1QZ6 A;  1SKW A;  3QES A;  1GOC A;  4IXC A;  2NNW A;  2XY8 A;  4CI6 A;  2ZJQ L;  3JSM A;  2H3G X;  1BHL A;  3ATU A;  4ZBR A;  4IJN A;  4C8L A;  4H0P A;  3HO1 A;  1S5J A;  2RPI A;  3KWG A;  4JI0 K;  4BRN A;  1EET A;  3AV9 A;  4LSL A;  4CHQ A;  3GOI A;  1VQ9 N;  4B1W B;  2WBN A;  4A62 A;  4DR6 K;  2P9U A;  3CFR A;  1LW0 A;  3CFP A;  3AVF A;  5EX5 A;  1TKT A;  3P31 A;  3VQQ A;  1S9E A;  4DTU A;  2XY7 A;  4LH4 A;  1HQE A;  5BR8 K;  4N76 A;  3JS6 A;  5E41 A;  1NK7 A;  2ITM A;  3O9T A;  3KJL A;  4BE0 A;  2KKZ A;  3TAM A;  3QO9 A;  4CJW A;  3DWL A; 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