3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
3ID6A 4BY9C 3T7ZA 5GIPA 5GINA 1NT2B 3SIVB 3NVKA 3NVMA 3NMUA 5GIOA 2NNWA 3NVIA 3PLAA 3SIUB 3GQUA 3GQXA 3ICXA 2OZBB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEIA 3ZEUA 1VSFA 1O1WA 4E89A 3VF6A 3NVKA 2B5JA 4FK4A 4WE1A 2BXPA 1BI4A 1JLQA 4XH4A 1E4GT 4BWJA 4E1JA 3AVFA 3SLCA 1NK0A 3ENHA 4MO4A 4FLXA 3HPHA 3I56N 4AILC 3M5RA 1QHTA 2LXSA 5HBMA 4YDUC 3AA4A 4CW7B 3UE5A 3PSFA 1VQ4N 2P1JA 2D0CA 1GOCA 1JXBA 1BQNA 1VQ7N 4C8OA 3S3MA 4NXNK 4YHHK 1S5JA 4BROA 1NK7A 1YTUA 3BZKA 5GIOA 1HNZK 2NUBA 2DY4A 3ZX2A 1S1TA 5C2DA 3DJCA 4CZLA 3FGUA 4LF6K 3AVAA 4JHDA 3WNHA 2A6AA 4DQPA 1I3AA 4KHWA 3CJ9A 1ZBUA 3DLGA 2IAJA 3HPGA 3OTOK 4E7IA 3ZETA 4F3TA 2JUHA 3DMJA 2X6SA 4YOUA 5HRRA 4KO0A 3ALYA 1SKWA 5CE3A 2YHXA 1RBSA 3ZLJA 3PY8A 3MCPA 4BDYA 2O8FB 4F4KA 3HOTA 2D4WA 3AO4A 2P9IA 3CFOA 1YJWN 3WXIA 4ZHRA 2XW0A 4CJTA 4IJAA 3RSEB 3SQ2A 5BRDA 4JKGB 3OBYA 1E3MA 1NGBA 3HOSA 4ZBQA 5AQWA 3MN6A 2G8UA 3FZMA 4M70B 5M1NA 5M1KA 2ZQBA 2BXDA 5JS1A 4CZGA 2HNYA 3CCRN 1MM8A 1NGGA 2YNIA 4BC2A 4DUYK 3D45A 4B3OA 4OO1J 1WSHA 4RW6A 2Z1JA 2X6NA 3VQDA 2QKKA 1ZXOA 3L3UA 2OPSA 2ZJQL 3O8MA 2E8AA 3SCXA 2Q1NA 4C8KA 3CXCM 3GL1A 3CG7A 1IO2A 2W42A 4DG1A 1J53A 4CBXA 3DXKA 3WHSA 4RCHA 1RGIA 3SYZA 5AQPA 5DBYA 1MWKA 1HNWK 4B3SK 3U8XA 3KLEA 2FSKA 4NCAA 3EO3A 3WNGA 3V9UA 5J2PA 4OLAA 4ICLA 3I8DA 5BR8K 3HPOA 1NGFA 3WUHA 4EZ9A 3M8PA 1ZBSA 4FZYA 3J81O 1JNBA 2G8FA 4KV8A 1EX4A 2IC3A 4PKIA 1RDWX 4FWPA 5KPRA 2QWOA 5BN8A 4A5AA 3DOKA 4ISFA 2D5RA 1K9MO 3R6MA 3QERA 4HVJA 3VGKA 3S9HA 4PHTX 4DV5K 4I9LA 5JMVA 4RTFD 3GQXA 1YI2N 1NGIA 4H5TA 4I2PA 1WSGA 4HCCA 5EVZA 2HBJA 4OPAA 3VQ9A 4MO5A 5AQLA 1EXQA 1OH6A 4KHNA 4CESA 4FPBA 3TAMA 2OZSA 2IIRA 4Y1DA 2FLOA 5KRSA 5SZTA 2KW4A 1YXQA 1RT4A 4FJHA 1IG9A 4FJ9A 2O4IA 3DM2A 4OLBA 4GG2A 2GELA 2YJEA 3ZSXA 4CJ5A 4DR5K 1T7PA 3TTDA 1TYQB 4JKHA 1ATNA 2O8CB 3L4QA 2UXBK 2CKXA 2QWMA 2YHYA 1HK3A 1CLQA 4E99A 1BKEA 3AGKA 1J54A 4DQIA 2KWFA 2D0PA 4CJPA 2O8FA 3MN9A 1QE1A 3TAQA 3IKMA 2VYPA 3K9JA 4M63C 4CEZA 1JLAA 1NKCA 1U47A 5AQKA 3AA5X 4FW1A 4JKGA 2HW3A 3C0BA 1WNSA 3RMBA 5LMNK 4M7XA 1C0FA 2GUTA 3PUFA 2P51A 3OYCA 3HYFA 4CFAA 1SKRA 4FVMA 1WUAA 3HVRA 3CM6A 1HK4A 1N5UA 1I39A 1VRUA 4I7FA 3HP6A 3LP1A 4CHYA 3DLBA 3PLAA 1QQNA 3SIUB 2NQOA 3CJ7A 3HM9A 4AHUA 2KQ2A 1VQPN 4DFKA 2LQIA 1S1WA 4BQLA 3C94A 1MIYA 2Q3SA 4KFBA 3K58A 5AQYA 2O4GA 3K5LA 5MLCQ 2G8VA 5FPEA 4JN4A 2HNDA 2HB5A 3KTQA 4IZ9A 3NMUA 4FM1A 5J2MA 2VWJA 2ROHA 1TGOA 4NYNA 1KCFA 4Q0BA 3M8RA 2I5JA 2YHAA 4CEOA 3UKUA 2LOQA 2WUSA 3O4QA 2HHSA 4IDHA 5BN9A 3SAHA 3VESA 3NF7A 4Z4CA 2XVUA 1GLJO 1W2BM 4DV1K 3MEGA 4DU4A 3M8QA 4C8MA 3LWLA 2JWKA 2FF6A 1C0TA 1VSJA 5SWMA 3TSQA 3DWLA 5AFUH 4NYFA 4IO8A 2JGUA 2QXFA 1NK4A 4YDUA 3ULEA 4FSVA 5EU7A 3ZT0A 1ZBFA 4RW9A 3PO5A 1OVYA 3U9DA 2BXBA 2RHKA 3G6EN 3PX0A 2ZJPL 4BC3A 2PYJA 4FXDA 3O9TA 4DF8A 5A2QO 2F9TA 5AQRA 4BE0A 4CZMA 1GLAG 4OGCA 4LF7K 4CEFA 4DTSA 3O6WA 4DLEA 4H0OA 1BDGA 1Z6RA 2QHBA 3V09A 2VDBA 4K71A 4EIAA 5J2QA 3E9OA 1KQSM 4DR1K 1LAVA 1BWFO 1RDDA 2NRZA 1TK8A 4Z4IA 4GV9A 2F8TA 5AQIA 3LAMA 1BCOA 5AQHA 4DFMA 1TYQA 3K2PA 4Z4GA 1W0HA 2E0XA 4X65K 4BR7A 4F3OA 3HP9A 5DM6L 4OPJA 1IH7A 2F7TA 5AQMA 2YKMA 4FM2A 1L3SA 1C6VA 3H3OB 4ID5A 1S3XA 3VGLA 3K5NA 3J7AP 3HT3A 4K2CA 4AHTA 3ATVA 2QXLA 1YF5L 5DM7L 4DU1A 4BRMA 1BO5O 4FZXC 4KHSA 1XC9A 4I6MB 3U4LA 3QMLA 2NRRA 2ZE2A 3K5OA 3RWUA 2XO7A 4YNQA 3D2EB 2ZWHA 3AVHA 3KWGA 5DQFA 2Q0UA 4CIEA 4OJRA 4DS4A 2KKZA 3H46O 4JI6K 1RTIA 1TK0A 3NVMA 2G8IA 5ID9A 1FJGK 2HHWA 1T03A 3KZBA 4FJJA 4IOCL 2BANA 4CCHA 2CH5A 5KPZA 3SAFA 4WFAL 3BPJA 3SUQA 1SL2A 4KRFA 2YX6A 1M1KO 2YKNA 4IFYA 4DS5A 2ITGA 1Q86O 4IXCA 3VEOA 1YVUA 2CGJA 4GKJK 1EKEA 1Z05A 1H1VA 4HGMB 4YOYA 1HRHA 1UAXA 4DTMA 5F2RA 3OW2M 1KXPD 1KAZA 2NRHA 5AQUA 5IJFA 4CK1A 3LP3A 3EYZA 3N4PA 3QLHA 1LWCA 5CYMA 4NCBA 5HOZA 5M1PA 4B1VA 4AH9A 1TXUA 2QMCA 3TABA 4L8RB 3SUNA 4ELVA 3IMXA 1YHQN 3ZCMA 4F5TA 1GOAA 1HUXA 3VEYA 4FJ8A 4LFBK 3TWHA 3DXMB 4DCHA 4L8UA 3EL2A 1R0AA 2OZBB 4CJRA 3L8BA 1N32K 4BREA 3ID6A 3PSIA 3LDPA 3WXLA 5LMUK 2A40A 3RR7A 4IW1A 4A59A 5AZIB 4PY5A 1P90A 1NM1A 2Q36A 4CZHA 4H5WA 3VA0A 4JI3K 4JLHA 1HJOA 1YUWA 4GMJB 3W3DA 3DLLL 3V03A 3I33A 4CK2A 1CXUA 3NBPA 5JVHL 4A2AA 3VQPA 1B9DA 4PA1A 4FJ7A 3ZSQA 1ILYA 3PIPL 3KIOA 1DGKN 1MUSA 1GNIA 2P9UA 4H0TB 3L2RA 1QQOA 4CJVA 1WSEA 4FLYA 3DRRA 4J2EA 4JI8K 1JLGA 2ZF5O 5C0YA 2GTDA 1H5WA 4OPHA 3SUPA 4CF8A 2W40A 3LZIA 2PZSA 3FR0A 3BGRA 4KH6A 1XWLA 3ZT1A 4AM7A 3L2WA 1BG3A 3VQAA 2HOEA 4DWIA 5C15A 1SS6A 1TL1A 1MIWA 1CZBA 1NMDA 3NF8A 5AQFA 4PL8A 3KJLA 4CI6A 5BPMA 3LPUA 4Z0UA 1NJZA 2FBTA 1D9FA 2QWLA 4HUEA 2FF3B 4B1YB 3CX9A 4I6MA 4N5SA 4BR2A 3O80A 4W4UB 1HJRA 3CJ1A 3D2EA 5F1XA 3ID8A 3TU5A 1CZ9A 4QOZB 1IKWA 5AQTA 4B08A 2YNGA 3QBWA 3O9RA 1T8EA 1A5WA 5GHKA 3WNFA 5KRTA 2E6MA 4IDKA 1HK5A 3LWMA 3B8AX 4FJNA 5BPKA 3A2FA 4FJLA 3CF5L 4Z69A 3EEQA 1J78A 3ZSOA 2VQEK 2EFDA 4G1QA 4C8LA 5B8HA 3C95A 3C7NB 3QINA 4MQ3A 2J4RA 3EY1A 1VQON 1YIJN 3THVA 4B1UB 3L2UA 3TTFA 1GLCG 3J8AA 1NJYA 3VQIA 2IDOA 3J7YP 2BXAA 3JAMO 1EWQA 5FRNA 1XMOK 3PX6A 3SMPA 3WT0A 4K41A 1IKXA 5LJWA 3DXMA 4MLHA 2Y1IA 3AA2A 3V81A 1MA9B 2A1RA 2BXQA 4JI4K 1TK5A 2V7YA 2RN2A 2DFEA 5KPTA 1F21A 1RDUA 4HTUA 4KHUA 1B9FA 1SQKA 5AZIA 1KW2A 3EZWA 1EP4A 3WQUA 4FZZA 3GA9L 2DG5A 4IG3A 1VQ9N 2YNHA 1KFSA 4O8KA 1NJIO 4CZEA 3E9PA 3QIPA 1HLUA 4LH4A 3TPQA 1ASWA 2OA8A 5LY3A 2NRVA 3MWTA 4OTTA 4ZBRA 1SB0A 1UA1A 2BH1A 1KLMA 4O55A 3MAQA 4JK8A 4B9LA 4CHZA 5F0XA 1YAGA 3KIKA 1WAJA 2FBVA 4FOIA 1K6YA 4JAXA 3U3YA 4E7JA 1HR0K 3LU8A 1FKPA 3A5OC 5AQNA 3RMDA 2OANA 2QWPA 3QBXA 3KLFA 4CJ3A 2LSNA 4LSLA 5EXWA 1RT3A 2BXEA 3DAWA 4CZIA 4IBNA 1TAQA 2Z8KA 2XW1A 3F73A 3MHSB 1Q8IA 3GDQA 1RBVA 3FZHA 1W7AA 3CERA 3V1QA 1JLCA 1K73O 4LUHA 2PFUA 3KK1A 4JKCA 5IJEA 3LALA 2Q97A 4CEAA 4CJSA 4CGJA 4CIGA 4G9ZA 2KZZA 4CK3A 1RT2A 3LDLA 4NLBA 1WBBA 2QK9A 4IJNA 5FPMA 2P9KB 3OA9A 1S1UA 4DTJA 1UORA 2VCPA 3OS2A 3V9ZA 1YJNN 3DLHA 4CECA 4J2VA 3A8YA 4F5VA 4Y1CA 2F9WA 3H3AA 2OCEA 3MEDA 3O9SA 2HF3A 4W5RA 4WQ4C 1HK1A 5HOOA 2YHBA 4DTPA 2DTUA 3T3FA 4ZC6A 1REVA 1N8RO 3P1GA 3OYJA 4G04A 4XIUA 1BL3A 1IKVA 3F9MA 4BRCA 1D5AA 3M8SA 4DR7K 3CCVN 1SUQA 1NGEA 1UOCA 3K9KA 4QCLA 3CJBA 3AY9A 3OJUA 2VG7A 3MXMA 4DSEA 2DYMA 4RWTA 1LWFA 1BJ5A 2F8SA 5JICA 4LF9K 3BDPA 3C7NA 3L3VA 4BRLA 1BGXT 4CGDA 2V51B 2VUEA 1GLDG 2K0NA 5BRFA 4JK7A 4BACA 5FROA 3P31A 3DLEA 4BE1A 1HPMA 3BUZB 1O13A 3KKRA 2RKIA 1MDUB 1Y64A 4H0YB 3ZT3A 3LANA 3V9SA 3AVBA 2GWKA 5D3GA 5FUOA 4KHQA 1MA9A 4F2SA 3THWA 3EKUA 3O1BA 4GDKB 2IVOA 2E2QA 4WFBL 3MX2A 2W41A 4LB2A 1YITN 5E41A 3O3GA 4F5UA 1Q7YO 3NH1A 4LF8K 1KXPA 4FWOA 4DV6K 3LP2A 4BRGA 4DTOA 3G10A 4AHRA 1U04A 4EFHA 4DF4A 3PX4A 1U45A 4JI1K 5HROA 2OYQA 2UXDK 3ZT4A 2P9PB 3IRXA 4LSNA 3O1WA 2XY5A 3JS6A 3D2FB 2GEMA 5AZJB 4H0VB 1E7IA 2HHUA 4D7XA 2QTDA 4H0PA 2E6LA 2BGGA 3GBTA 3WNEA 4KPYA 4N56A 1TUYA 3CETA 2I7PA 3E1YA 4DTNA 3JSMA 4OTUA 1X9JA 3VEVA 4CF0A 3CCEN 2F4VK 4BRIA 5E26A 5ADXA 4DKWA 1Q81O 1WAFA 2P9KA 3VENA 2HHTA 3VOVA 4GV6A 4MBEC 3ENOA 3BEXA 3VQ6A 4XH1A 4R5PA 4FM0A 1CXQA 4GVEA 1Q9YA 1KC8O 3O4NA 1GOBA 2ATQA 1LOTB 3NFAA 2B6AA 3M99C 1RTDA 1KAXA 4B1ZA 1JLFA 1DKGD 1NOYA 1NK6A 2P9SB 1IKYA 3AO5A 3DOLA 1FXXA 1X1PA 2CGLA 1KVCA 3R1XA 3LL3A 3AO3A 3CFPA 4A61A 4HCBA 3OY9A 3SIVB 1NK8A 2KFNA 4A57A 4DFPA 4B9SA 3O3HA 4X64K 3CJAA 4MDBA 4ILJA 3RRHA 2XRIA 3OBWA 3FLCO 4N47A 2BXIA 1VSLA 3AVGA 3CHWA 1VSKA 2Q2RA 1BIZA 1ITGA 1QTMA 3NF9A 3QDKA 3RSEA 2UUBK 3TDLA 4CF9A 4M3ZA 1KDXA 4H4MA 3G25A 4LY7A 5CYQA 3OYLA 3SV3A 4BRQA 4YOVA 1VQ6N 4FLZA 3MDQA 4ELUA 1LWEA 3VF2A 4BDZA 1J6ZA 2IVPA 2BXHA 4FWQA 2Z1GA 4IFEA 2P9NB 4FVUA 3LDOA 4E1NA 3U9ZA 1NGDA 2O8BB 3NH2A 4BGBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ID6 A;  4BY9 C;  3T7Z A;  5GIP A;  5GIN A;  1NT2 B;  3SIV B;  3NVK A;  3NVM A;  3NMU A;  5GIO A;  2NNW A;  3NVI A;  3PLA A;  3SIU B;  3GQU A;  3GQX A;  3ICX A;  2OZB B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QEI A;  3ZEU A;  1VSF A;  1O1W A;  4E89 A;  3VF6 A;  3NVK A;  2B5J A;  4FK4 A;  4WE1 A;  2BXP A;  1BI4 A;  1JLQ A;  4XH4 A;  1E4G T;  4BWJ A;  4E1J A;  3AVF A;  3SLC A;  1NK0 A;  3ENH A;  4MO4 A;  4FLX A;  3HPH A;  3I56 N;  4AIL C;  3M5R A;  1QHT A;  2LXS A;  5HBM A;  4YDU C;  3AA4 A;  4CW7 B;  3UE5 A;  3PSF A;  1VQ4 N;  2P1J A;  2D0C A;  1GOC A;  1JXB A;  1BQN A;  1VQ7 N;  4C8O A;  3S3M A;  4NXN K;  4YHH K;  1S5J A;  4BRO A;  1NK7 A;  1YTU A;  3BZK A;  5GIO A;  1HNZ K;  2NUB A;  2DY4 A;  3ZX2 A;  1S1T A;  5C2D A;  3DJC A;  4CZL A;  3FGU A;  4LF6 K;  3AVA A;  4JHD A;  3WNH A;  2A6A A;  4DQP A;  1I3A A;  4KHW A;  3CJ9 A;  1ZBU A;  3DLG A;  2IAJ A;  3HPG A;  3OTO K;  4E7I A;  3ZET A;  4F3T A;  2JUH A;  3DMJ A;  2X6S A;  4YOU A;  5HRR A;  4KO0 A;  3ALY A;  1SKW A;  5CE3 A;  2YHX A;  1RBS A;  3ZLJ A;  3PY8 A;  3MCP A;  4BDY A;  2O8F B;  4F4K A;  3HOT A;  2D4W A;  3AO4 A;  2P9I A;  3CFO A;  1YJW N;  3WXI A;  4ZHR A;  2XW0 A;  4CJT A;  4IJA A;  3RSE B;  3SQ2 A;  5BRD A;  4JKG B;  3OBY A;  1E3M A; 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