3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
5GIPA 1NT2B 5GIOA 3ID6A 3SIVB 3NVIA 2OZBB 3PLAA 5GINA 3GQUA 4BY9C 3NMUA 3ICXA 3GQXA 3SIUB 3T7ZA 3NVKA 2NNWA 3NVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S72N 3Q7BA 3I8DA 3TTDA 4A5BA 2VGMA 3SQ2A 5GIOA 4CECA 5C2DA 4FJ8A 3OYFA 1RBSA 3IRXA 1IKVA 4PKGA 1VQ4N 3DLHA 2KBZA 3W3DA 2XY5A 4B1WB 3VEWA 1RT2A 1UWBA 4IOCL 3DOKA 3FE1A 3RSEA 2VQEK 5I9EB 4YORA 3VEZA 1FKOA 2Z1IA 1J7EA 4JI8K 2VUFA 1YT3A 1S9GA 4MO4A 2D0AA 4ZUXV 1SB0A 4DV4K 4FCYA 4KH4A 3B9LA 1GLAG 1RDWX 3A5LC 4HTLA 3MN9A 2HHHK 3OA9A 3TAFA 2G8FA 2P51A 1ZBFA 5ELZA 4DU1A 1Q9XA 3QICA 4Z94A 3TPQA 2P9NA 3CPWM 4OR0A 1MU2A 3M5RA 4OO1J 4B8AB 1TKTA 5KTQA 4IKFA 3U3GA 5GAHP 2HBJA 2I7PA 4FWRA 3DLLL 3D2EB 3SQ1A 1VSDA 4FK2A 3Q7CA 3ALYA 4GG2A 1VSEA 3D7EO 4CBXA 5AQFA 5JLFA 2BXDA 4AQYK 5DK5A 2QKBA 1NGAA 3BF1A 5FPMA 4B9NA 1ILYA 3OYEA 3VENA 3ENOA 3LAMA 2NUBA 4C8NA 4FJHA 1KDXA 2HBLA 3M99C 4O8KA 3U4LA 3KLGA 1KVBA 3T7ZA 4ILHA 3DXKB 3F9MA 4DS4A 3QEIA 1GNIA 3AGRA 3BPJA 5F2RA 4BR9A 3A75A 3HOTA 2Z1GA 3AVGA 2E2NA 2I7NA 1N34K 2V36A 1HUXA 3O3HA 2F96A 4BGAA 1O9XA 2BXPA 3A8YA 4DQ8A 1MDUB 3CCLN 4BR4A 2QW9A 1RILA 2BE2A 1BHLA 3I33A 1NGHA 4IO9L 1X3MA 4ELVA 3T19A 2P9UB 3O4QA 1WUAA 3AVKA 2FSJA 3M8QA 1KXPA 1MUHA 2GUIA 2HHWA 4ISFA 2A40A 1CZ9A 4KAZA 1T6CA 1GOBA 2X6NA 3OYJA 4IOXA 4O44A 4DTXA 3CCUN 3TARA 2NRTA 2KLAA 1FW6A 2F8SA 2D5RA 4EHUA 2E2QA 4JKGA 4N56A 5FUOA 5CR4A 4KKOA 3V03A 4JD2A 4CJTA 1T3VA 3HPGA 2PYJA 2Q3SA 2WOMA 1VQ8N 3CQYA 4K8ZA 4B9QA 2EFDA 1K8AO 4K8XA 3TANA 1BOTO 4BQZA 1EXQA 1VSJA 4DU4A 4AM7A 4H03B 3ZSYA 2I2ZA 3VA3A 2O8EA 2YCHA 4OKJA 2XY6A 4FVMA 2E1ZA 4F5SA 4W4UB 1WSIA 4DR7K 1BWFO 2F9WA 1IBKK 2BTFA 5ADXH 4I9QA 1YVNA 2EFHA 1E7CA 4A5AA 1YIJN 3VEOA 2JLEA 3QERA 1RT7A 1S1XA 5BPNA 1U2VA 3WHRA 3AAPA 3LDOA 5K14A 2UU9K 2ZJRL 2IVOA 3F5TA 3RVCA 1GLJO 4OPJA 5IIUA 4GV3A 3ECPA 2D4WA 1KQSM 5B8HA 1JKHA 4J2VA 2ZQBA 2V7YA 3ULEA 3P38A 1TK0A 2IVPA 4NO7A 2HBMA 1MIYA 1S1TA 3WNGA 3TSQA 4Z4HA 5LY3A 2KFZA 4CZKA 4LFCK 4C8OA 3U9ZA 3OYHA 1X9MA 3EYZA 2YNFA 4B1XB 5B5TA 2E8AA 2VG5A 3MECA 1C0GA 2NRWA 1S1UA 4A2AA 3HSTB 4K25A 3J7AP 2W6LA 4B1YB 2VDBA 4BGBA 4Q5VA 3E01A 1WSHA 2O8CA 3KK7A 5BRFA 3VQ5A 4LB9A 3IKMA 5DMRA 1C0MA 1NM1A 3LPTA 3KD1E 4FJ9A 3V9WA 1BG3A 3G4SN 1NMDA 3H08A 4EHTA 2VG7A 2BXIA 1Q9YA 1RGIA 2DPNA 4DR1K 4CVNE 4O0IA 2HHQA 4JN4A 3HP6A 1IG9A 4G01A 3IFRA 3ASMA 1VRTA 4AILC 1K8KB 3VESA 4Z4CA 4C31B 1TYQB 3VQQA 1YTAA 4M41A 4CF1A 1QZ5A 1TK5A 4F5VA 3J7YP 4DTRA 4ISGA 3SMSA 3THWB 2FLOA 3HM9A 5LL6Z 4DUYK 4J2DA 3SJJA 5J2NA 4ZBKA 4RWTA 1WLJA 3TR8A 3QDKA 4BRQA 4DSFA 1RBVA 2VUEA 1K73O 3L8BA 5HL7L 5GAEP 3RTVA 2OZBB 3DLBA 2FBYA 1GLFO 2FF6A 4JK7A 2HHSA 1ATSA 3I0RA 4B1UB 1BGXT 2QTDA 4JS5A 1E7BA 3VF6A 3MEEA 5AFUA 2G8VA 4O55A 4XH4A 1MIVA 1TUYA 5JMVA 1FJGK 2VCPA 3LM9A 1XNQK 1WSEA 3O80A 3QEXA 3A5MC 4K41A 2HBKA 3KKRA 4WQ4A 4H8KA 4CJPA 3OYKA 1NLVA 3CC4N 3L4QA 3BP8A 1F21A 1KVAA 1QSLA 1T44A 1UOCA 3KK1A 3JAMO 5HLFA 5FRMA 2BXOA 3T3FA 1YJ9N 5HOZA 4KB0A 4IJAA 3ZSXA 1RDAA 4ELTA 1RT6A 1X9JA 4CBUA 5GIPA 5JS2A 3NCIA 4CHPA 4Z4IA 3O9TA 4JV5K 3KVGA 1YJWN 3QINA 4DU3A 2JWKA 2XY7A 4N0FD 4KFBA 1YI2N 1RDDA 1LW2A 4X66K 4EZ6A 2UXCK 4B3OA 4DV0K 2QA4N 3I8BA 4QAGA 4FLXA 4JI5K 2NRXA 3H1VX 1GLEG 3D2EA 3AV9A 4KREA 1JLEA 5AQIA 3CC2N 2A6AA 4RG8A 4FLWA 2X6SA 4CEBA 5IT9O 3SUNA 1EX4A 3VETA 4H4MA 4C1NI 1KAXA 3P4IA 2X74A 4HGKA 2PBDA 1NGFA 4LF4K 3B9MA 4O8UA 4RW9A 4DTPA 4OPKA 4TQ1A 3J80O 3AVHA 4OLBA 4M3XA 1HNWK 4M7XA 4DF4A 3CFRA 2ROHA 5DBYA 4BREA 3RMCA 4KHSA 2YJEA 4JKEA 5KQ8A 3QEPA 4F3TA 4DQPA 2FXUA 4WQ5C 3VF4A 1S5JA 4M3RA 3FR0A 1Q8IA 3DXKA 3WXLA 4CEEA 4JAXA 2EWSA 5I42A 4FJ5A 3TI0A 2O8DB 3VGLA 1IBMK 1S6PA 4IW1A 2XW0A 3DXMB 4AHVA 1N6QA 2XSIA 3D2FB 3ZYYX 1M90O 3O3GA 3RWUA 2HVHA 3PLAA 1E7EA 4BE1A 4IEEA 1HRHA 3BF3A 3LWLA 2LOQA 1TAUA 4M3UA 1JNBA 4KHPK 3CMAN 4IG0A 1ZYQA 3SV4A 4CJFA 3KK3A 1J9AA 4K71A 1RT1A 4E99A 1C0UA 3OYAA 3K5LA 4FLUA 3HJFA 2YHAA 2P9UA 3RR7A 1WSFA 3E9PA 4GY2B 3LM2A 1VQPN 4JK4A 3V09A 3MN7A 1JLCA 2YNIA 3VA0A 1W2BM 4LH4A 4PKIA 3DLKA 4ID1A 1L3VA 3NDKA 1NJWA 1NBWA 2E0YA 3L2UA 3AVAA 5SWMA 1Y97A 4V19S 5HOOA 3H3AA 2HF4A 4CK1A 4B9SA 3CQ8A 2WTUA 3P83D 1KAYA 1VSHA 4O5BA 4CK3A 1TL1A 3CI5A 4Z9OA 3AVCA 2KWFA 1NKCA 4JKGB 5CE3A 1NGCA 4PL8A 2XMOA 1HYSA 5GAGP 4KHQA 3WT0A 3T69A 4DG1A 4PKHA 4YY3K 5EOYA 2BANA 3CJ9A 2KHOA 3O9SA 2KZMA 3O08A 3V4IA 3SQ0A 4LFAK 4DTSA 1C6VA 1TGOA 3MDQA 3K5MA 1D8YA 3A2FA 3OS0A 3WXMB 2LXSA 2FF3B 3HT3A 4LF8K 2DY4A 2D0OA 1YXQA 3GDQA 4H0OA 3MCPA 1BISA 1VSLA 4DR4K 3D45A 3LP0A 1R0AA 4DQIA 4W5TA 2QWOA 1DTTA 4CGGA 3KD5E 2EFEA 1CZAN 2CH6A 4ZTJA 4YDUC 4HCBA 2G8IA 3TAPA 2O4IA 1R59O 4IFYA 3V1OA 3GA9L 3CCQN 1NGDA 1HJRA 3SAGA 3SI6A 4CERA 3SPYA 4CEQA 1LNSA 4K2CA 2P9PA 2YNHA 3QEWA 3ZEUA 4CW7B 1BQNA 2HHUA 1ZBSA 1KAZA 4CJQA 3HXMA 4B3TK 4CF9A 4DTMA 1EWQA 1QVFM 1QTMA 4JHDB 2I30A 1O13A 3BGRA 1ZXOA 1BIUA 3NH0A 4LFBK 5EY4A 1LW0A 5AQVA 1SKSA 3QETA 1XC3A 3ISNC 3H1QA 3ID8A 3IUCA 4AHUA 2PZSA 4EZ9A 3MXJA 4ZHRA 3V6DA 3FZKA 3G9KD 1QQCA 4CFDA 3GOIA 1RDBA 4IFEA 1KLNA 3OYDA 2F8TA 3G0ZA 4DHXB 1J53A 2OCEA 3VGKA 3NE6A 4HCCA 4U7BA 5IJ5A 1YTUA 5BREA 4JI4K 4E7KA 4JRQA 1FKPA 4K0KK 2XW1A 1K9MO 1HMVA 1TYQA 4GVEA 4ZTFA 3NHGA 1QS4A 3KZBA 4CZFA 3G25A 2UUBK 4JYAK 4B9TA 3M3ZA 4F8RA 3THWA 1XUPO 4RW6A 2O8FB 1I39A 3SNNA 4UY8O 2YI1A 1ASWA 3L6QA 1NKEA 4H0PA 3HSCA 1T8EA 1QSSA 3WUHA 4F3OA 3A73A 3QB0A 3S3OA 2OPRA 4PY5A 4FLZA 5AQWA 3L2WA 3FZLA 4DM0A 4F9OA 3SUOA 4IFVA 4JKBA 4O5FA 3J7ZO 3CHWA 4H5RA 1QVGM 3CM6A 2X78A 3UKRB 5CY4A 1UA0A 1RBRA 3DWLA 3NF7A 3HO1A 4TQ0A 4DQQA 3SLCA 2DBUA 4CJ3A 3CIPA 1JL1A 3HVRA 4JI7K 1LWEA 2YKNA 4LUFA 5HRNA 1XHXA 2VQFK 2XVUA 3ENHA 4DV6K 1SKWA 1WBBA 4GKKK 4RW7A 3J8AA 3KK2A 3C65A 3OYLA 3CJCA 4CGDA 3EKUA 3EY1A 3PIOL 5AQZA 1UA1A 1GLLO 3LP1A 3LL3A 4IEIA 4BG9A 4CGFA 1N5YA 1XWLA 4M45A 2VYPA 2PY5A 3OW2M 4HUFA 1JLFA 4ILJA 3W1SA 2AA4A 4CIFA 1HNIA 2OZSA 1MUSA 1SZ2A 1VQON 4DV3K 5DM6L 3JYTA 4G04A 4KH6A 3ZT1A 1GLCG 1RT3A 3ZX0A 4BRPA 4L9KA 1H5WA 2GUTA 2IS3A 3KJVA 2BXLA 3VQ9A 3ZSZA 2DFHA 3AVBA 3THXB 4FWNA 2OPPA 3VQ8A 5F1XA 5ID9A 4BRIA 3P31A 4FIPB 2HNDA 3NH1A 4BRAA 4M3ZA 4BRCA 4Y1DA 3LPUA 1BDGA 3O1WA 1NGGA 4ZCGA 3C94A 2XVWA 4WCEL 4CHNA 2PAVA 2G8UA 3WHSA 2QWQA 4FJNA 3HM8A 5LMNK 5AQLA 3MXIA 3UB5A 4OGEA 4OTTA 2A1SA 1EETA 1QQOA 3JQZA 2VWJA 1GLBG 2F4VK 2O8DA 1A5XA 4A2BA 3KWGA 4E1NA 3S3MA 3DXMA 3C6AA 3P39A 4CHYA 3D2FA 4X65K 3EZ5A 3SBTA 5EX5A 3CCSN 4OLAA 4GDLB 4CGJA 5KQDA 4KO0A 5MLCQ 4G9ZA 1RTHA 3AO5A 3I0SA 1SUQA 4FWQA 5FPNA 4OGCA 3I56N 4QCLA 2E4LA 5F0XA 4DTJA 4DLGA 4KHUA 3U8XA 4CJEA 4R79A 3S9HA 2HW3A 4WFAL 3CM5A 5M1FA 5E26A 1HYZA 3BEXA 3DRPA 3QNNA 2Z1JA 2HSTA 2YDFA 5BRDA 4FM2A 5BPLA 4A61A 5T7BA 3VGMA 1N33K 3S41A 4N47A 4FWOA 1ITGA 4JI1K 4FZZA 5C0YA 4DUZK 1NK9A 3O4NA 2WUSA 2XRIA 5BPKA 3SPZA 2WC9A 3SIVB 1TF0A 4CI6A 2R7YA 4W5OA 1JCGA 1Q86O 5HBMA 3WNEA 4I9OA 4E3SA 4E7LA 4KI4A 4FJKA 3CYMA 1YITN 2GTDA 1S6QA 3R9PA 4I9LA 4DTOA 1NJXA 1TK8A 4BRMA 3OJSA 1KLMA 5J2QA 4DQRA 4GDKB 3VQ4A 4AHSA 2RHKA 5AQHA 4FJIA 2ASMA 4KV8A 1WSJA 5ADXA 1WSGA 3LDQA 1OVYA 3RRHA 1MIWA 2EFCA 1RT5A 3H3OB 1RT4A 3VEXA 4BE2A 2BH1A 3LZIA 4I6MB 1TVRA 4IOAL 5JS1A 2NNWA 3QEVA 3HI0A 1VHXA 4MQ3A 3MX2A 1GOAA 2QM1A 4CEFA 1TV6A 2QWRA 1C0FA 4L8RB 1N36K 3K57A 4C8LA 1RFQA 4DFKA 1NGJA 1VAZA 3FLCO 1VQ7N 3R1XA 1Z25A 4CZJA 2HMPA 5A2QO 2OTLN 3L3UA 3NGZA 1BO5O 1VQ9N 2ZGZA 5CYQA 2NRHA 3PSIA 4LUHA 2ZGYA 3R6MA 4BWMA 4HUGA 1FOUA 3FWCC 1TUUA 3TSUA 1XNRK 1T03A 4JHDA 5AQXA 2XO7A 4FWLA 2I5JA 3NVMA 5M1NA 2BX8A 2YHYA 4BQLA 4ID5A 1G99A 2P9PB 4WYBA 4W5QA 3AVJA 3ZEUB 1JJ2M 3HRGA 4M7YA 2QHBA 4YOTA 3TAEA 2UXDK 1J54A 5AQTA 5AZIB 3B8AX 2V7ZA 2LQIA 4LF5K 4A59A 3DMJA 3GQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  1NT2 B;  5GIO A;  3ID6 A;  3SIV B;  3NVI A;  2OZB B;  3PLA A;  5GIN A;  3GQU A;  4BY9 C;  3NMU A;  3ICX A;  3GQX A;  3SIU B;  3T7Z A;  3NVK A;  2NNW A;  3NVM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S72 N;  3Q7B A;  3I8D A;  3TTD A;  4A5B A;  2VGM A;  3SQ2 A;  5GIO A;  4CEC A;  5C2D A;  4FJ8 A;  3OYF A;  1RBS A;  3IRX A;  1IKV A;  4PKG A;  1VQ4 N;  3DLH A;  2KBZ A;  3W3D A;  2XY5 A;  4B1W B;  3VEW A;  1RT2 A;  1UWB A;  4IOC L;  3DOK A;  3FE1 A;  3RSE A;  2VQE K;  5I9E B;  4YOR A;  3VEZ A;  1FKO A;  2Z1I A;  1J7E A;  4JI8 K;  2VUF A;  1YT3 A;  1S9G A;  4MO4 A;  2D0A A;  4ZUX V;  1SB0 A;  4DV4 K;  4FCY A;  4KH4 A;  3B9L A;  1GLA G;  1RDW X;  3A5L C;  4HTL A;  3MN9 A;  2HHH K;  3OA9 A;  3TAF A;  2G8F A;  2P51 A;  1ZBF A;  5ELZ A;  4DU1 A;  1Q9X A;  3QIC A;  4Z94 A;  3TPQ A;  2P9N A;  3CPW M;  4OR0 A;  1MU2 A;  3M5R A;  4OO1 J;  4B8A B;  1TKT A;  5KTQ A;  4IKF A;  3U3G A;  5GAH P;  2HBJ A;  2I7P A;  4FWR A;  3DLL L;  3D2E B;  3SQ1 A;  1VSD A;  4FK2 A;  3Q7C A;  3ALY A;  4GG2 A;  1VSE A;  3D7E O;  4CBX A;  5AQF A;  5JLF A;  2BXD A;  4AQY K;  5DK5 A;  2QKB A;  1NGA A;  3BF1 A;  5FPM A;  4B9N A;  1ILY A;  3OYE A;  3VEN A;  3ENO A;  3LAM A;  2NUB A;  4C8N A;  4FJH A;  1KDX A;  2HBL A;  3M99 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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