3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3GQXA 5GIOA 3SIUB 3GQUA 3NVIA 3NMUA 3NVMA 3ID6A 4BY9C 3PLAA 2OZBB 5GIPA 3ICXA 1NT2B 5GINA 3SIVB 2NNWA 3NVKA 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WHSA 4DSFA 4M63C 2UU9K 1GNIA 3ALYA 1TYQB 2OZSA 2O8DB 3HL8A 4I9LA 4DS5A 4N76A 3NVMA 3SQ0A 2UXCK 2CGLA 3CERA 3O4QA 2LOQA 3UKRA 4FVUA 2E1YA 3THVA 4DV6K 3SNNA 1BWFO 3DLHA 1GOCA 1YTUA 4YOTA 2EFEA 3DRPA 3CMAN 1ZC6A 1K8KA 3WHQA 3WHRA 1NGJA 2B6AA 2Y1IA 3QFPA 1B9FA 1NM1A 3TAPA 1VZSA 3CG7A 4BR2A 5AQNA 4DTMA 3ZEUA 1UAXA 4E0DA 4CD3A 2IVPA 3A5LC 4CJSA 5AQSA 3C7NA 3B9MA 2HF4A 5I3UA 3ZSZA 1N36K 3D2FA 4WE1A 3VEXA 2HHXA 2JWKA 4IG0A 4CE9A 4JKGB 1Q81O 1KTQA 2Z8IA 3P38A 3V9WA 3M1FA 4IKFA 3HPOA 1C6VA 2P9KB 3WNEA 3O80A 4JKHA 2O8CB 3QIOA 3ZT3A 1KDXA 3LDNA 2OYQA 2O4IA 3M8RA 4FJLA 2VYPA 1M1KO 3LPTA 4BR5A 1HNXK 4B9NA 3L4IA 1E4FT 1HQEA 3RTVA 2UYTA 1IBLK 4CJTA 3ZLJA 3S41A 2HB5A 3VA3A 4B9LA 2BUPA 2O8FB 1Q8IA 2FC0A 5ID9A 4W4UB 2ZWHA 3MX2A 1BCOA 1MDUB 2FF3B 1J78A 1VRUA 2B4JA 3WNGA 3HJFA 3LDLA 5LMNK 3LWMA 2F96A 1X3NA 1E4GT 3P83D 5A2QO 4FK2A 1VSHA 3ENOA 1Q82O 3SK3A 1C1BA 3M6GA 1B9DA 4BRNA 4FO0A 5AZIB 1ASWA 4OGCA 3EZ5A 5F2RA 4KHQA 1I3AA 1JKHA 2KZZA 3J8AA 4PA1A 1N5YA 4N5SA 2K0NA 2AA4A 4YDUC 3H08A 1LAWA 1U6ZA 4RW6A 5GIPA 1HK3A 4CEOA 3SAFA 1RTIA 2BXHA 2YNHA 3OS1A 4G9ZA 1LWFA 4FWQA 4LFCK 3SUNA 3BP8A 4BRAA 4JS4A 1VSLA 1GLBG 1X9MA 5EU7A 4JKAA 4O5FA 2QM1A 4O8UA 2AGHB 2ZJPL 4F9OA 4G01A 4ZTJA 1HX1A 4RW9A 4F8RA 2QWRA 3QBXA 3O3HA 1L3TA 3HT3A 1WSFA 2EFDA 1HJRA 3HP6A 2E6LA 4WCEL 2NRZA 2Q36A 1LW2A 4B1WB 1WSHA 2GWJA 3WEEB 1BDGA 3ITHA 3UB5A 2OPQA 1IG8A 3M5RA 5BN9A 4KI6A 4FJGA 4Z0UA 4DLGA 3F2KA 2V7YA 3G4SN 2YHBA 3CQXA 1LWEA 3JAMO 4ELTA 4HCCA 4PL8A 3O3GA 1RTDA 4CHNA 3L4QA 1HRHA 5EXWA 4FW1A 4GVEA 1YAGA 3CHWA 4RW7A 4W5TA 1Z26A 2WONA 2VUEA 3ULEB 1BA0A 1HYVA 2GUPA 5CY4A 1DTTA 3QNNA 4E1JA 4A61A 4YDUA 4DQ8A 5BR9A 4HHTA 4KBOA 3U8XA 1SL1A 3QIPA 2VQEK 3RWUA 2XY7A 2XVVA 1YVNA 2BXOA 1QQNA 2F9TA 4O4GA 1NGIA 5JMVA 1VSKA 5J1EA 2VCPA 2Q0UA 3OY9A 3TSUA 3JXUA 3DLBA 4CGJA 4B9UA 2PBDA 2OA8A 4DQIA 3W0LA 4E7HA 1OVYA 2BANA 4K2CA 4CJPA 3VQIA 3WXKA 4MQ3A 1YJ9N 4I6MA 4M7XA 4X66K 5EOYA 1VQ7N 5E84A 1QHTA 3NE6A 4WFNL 3DLRA 2D4WA 1IH7A 4ICLA 4YY3K 4IOAL 1UORA 3OYKA 4GNIA 3D2EA 1TGOA 4H8KA 1QHAA 3CFPA 5KTQA 2NRVA 3DXMB 4CJ7A 4ZC6A 4J8FA 1U4BA 2IS3A 4FJ5A 3SQ1A 4IDHA 3W3DA 3QESA 5DMRA 4BC5A 4DUZK 4CF9A 4DG1A 3E66A 3OHRA 3VEYA 1X9WA 4GMJB 4JHDB 2DG5A 4F2RA 2F9WA 4DWIA 3V9SA 2JGUA 4EFHA 2F7TA 3WXJA 4H5RA 4BDPA 3VEOA 2FBVA 2YV0X 4WQ4C 4J2DA 4M3YA 1SV5A 4EP5A 4E3SA 4CK2A 3CFRA 3QEWA 4HCBA 3O5BA 2BXLA 3A0IX 3SUQA 5E26A 3T7ZA 4CHZA 1LWCA 2RF2A 4BRMA 2VWJA 3CYMA 4DV0K 3VEVA 3CCMN 2QKBA 1FXXA 3QNOA 5IIXA 5LJVA 1IBMK 2UUBK 3S3MA 2FBYA 5ID7A 2LQHA 2X6NA 3K9KA 4HTLA 3OYEA 4CEDA 2OZMA 4CJVA 2P9UB 3PX4A 5LY3A 4FZZA 3V1QA 1NGDA 3BZKA 4Q5VA 3R6MA 3AY9A 3B6OA 4EP4A 1T3VA 3HTVA 2E0YA 1WSIA 3O9UA 5JS2A 2WOMA 3ZX3A 4FM1A 1HUXA 3O3FA 5AQHA 2ZJQL 4BRPA 5AQRA 3T19A 2W6LA 1VQMN 4WQ4A 1D9FA 4KHUA 3CCJN 2GUTA 4CEBA 2BXQA 4M7YA 1VSIA 3UE5A 3JS6A 5FPMA 4C1NK 4IDKA 3FWCC 1BISA 1VRTA 3QO9A 3OS0A 4QOZB 3FNMA 3CCSN 2P9PB 3S3OA 2FBXA 4CCHA 2E2OA 4FJKA 1T03A 4B1ZA 1BI4A 2JWLA 4B1YB 4FJIA 1RBVA 3DAWA 2LXSA 4EZ6A 4FM2A 4MFBA 4B3OA 3FLCO 2G8UA 2DFEA 4FWPA 3S3NA 1TVRA 2DYOA 5HP1A 4OJRA 5J2NA 4B3TK 4FSVA 4DV3K 3P39A 1E78A 3LALA 2D0OA 4KV8A 3MEDA 2YDFA 3KIOA 4K42A 2D0PA 3PV8A 4FLYA 3CC4N 4F3TA 2QXLA 1VSDA 2XW0A 4BROA 4CECA 3AVMA 3MXMA 2ITMA 3O9TA 3AO2A 1R59O 3AVAA 5AFUH 3CJ1A 1XI1A 2IDOA 1MWKA 4I9QA 4C8OA 3SZ2A 4B8CA 3O6WA 4LB2A 2Z1JA 3RR8A 2CH6A 2KFZA 3PLAA 2ZJRL 3KJVA 3H45C 1YI2N 1HK2A 2BH1A 3LZIA 3B6PA 2VQFK 1BCMA 3CJBA 4KO0A 2HMIA 2Z1IA 4G03A 3KKRA 4XH4A 2O8BA 3L6QA 5EX5A 2LSNA 1J53A 3H3AA 1QTMA 5AQYA 4DV2K 2V7ZA 1ZBSA 4Y1CA 3OYIA 3TAQA 1E3MA 4BWJA 3VQDA 3L3UA 1C0FA 2KKZA 4DU1A 2VWBA 2YCHA 5IJEA 3EYZA 1HK4A 2FSJA 3NHGA 2LXTA 3OYDA 3SV3A 1JXEA 4IW2A 1E7AA 2QMCA 4JI4K 3RMAA 2P9NA 1G99A 3NGZA 4H5WA 3CJ9A 4CJ5A 1ASUA 4DTNA 2HVIA 3VQ9A 4QAGA 1E7BA 3C65A 5BRHA 4L3QA 4CZIA 4CZGA 4ISFA 3ZX0A 4X64K 3RRHA 3L2VA 4DSLA 5AQLA 4ZBKA 1BO5O 3AVGA 3WXMB 4AH9A 4WFAL 2I2ZA 3U4LA 1NT2B 4IJNA 1J5EK 3K2PA 4NB4A 4QS8A 1E7FA 4CF1A 1GOAA 4CHQA 2E8AA 3BGRA 4OPKA 1NOYA 1C1AA 4QS9A 3TARA 4RTFD 4CJWA 2W42A 4FLWA 4N0FD 3SCXA 2FSNA 2QWOA 4JK7A 4K25A 1FKPA 4AHRA 5JLHA 3TAMA 1K9MO 1CZ9A 3TU5A 2AJQA 3AVFA 4Z4IA 4ID5A 4DU4A 4JK4A 2Q3SA 5DM6L 2O8EA 1NGBA 1TKZA 4JKCA 3A2FA 3W1SA 4LD0A 1FKOA 1L3VA 4K71A 5HRSA 1T05A 2JUHA 1KAYA 3T69A 4BRQA 1QSSA 2OPSA 4CIGA 3MCPA 5C25A 4FL9A 4CEEA 4CEQA 2I7PA 4J2BA 1WSJA 4I7FA 2BXAA 5AQMA 3HBTA 1X3MA 1REVA 5AQQA 4CFAA 4CW7B 4DSIA 3NAEA 3ZT0A 3NFAA 3EE8A 5F0XA 1U49A 4GW6A 4CZLA 4AHTA 1XC9A 5LJWA 1TYQA 2O8DA 2QM6A 3C95A 1CLQA 3O9QA 1SZ2A 2DPNA 1NJYA 4LF8K 4CZKA 4FZXC 1RDUA 5FPDA 4DFKA 1VQON 3RSEB 2NLXA 4O5BA 1NKEA 4H4MA 1OH5A 3L2RA 4CEFA 2HHTA 2OZBB 3AVIA 1HJOA 2YHAA 4CFDA 2PZSA 4YHHK 4Q0BA 1F21A 3G25A 4M3XA 3DLEA 3E01A 4JKGA 1TF0A 1S1VA 2YJEA 1CXQA 3QICA 3BEXA 5C42A 2HBKA 4MO5A 4O0JA 3CF5L 4KH4A 1HKGA 2VUFA 2P9KA 2D0AA 4B08A 5D7GA 4X65K 3U6FA 3F5TA 4LY7A 2O8CA 1O1WA 4H5VA 3H3OB 3ZETA 3NCIA 3CX9A 4FPAA 5GINA 1NGEA 4A2BA 5GADP 1RCHA 5HLFA 1J5OA 1RBRA 1L3SA 1HLUA 4W5QA 2R7YA 4JI6K 4KHSA 4CHOA 1NK6A 4K8ZA 1VQ4N 4YNQA 2OPRA 2P9SA 4A5BA 2O8FA 2NUBA 4ZBRA 3AAPA 3LAKA 1WLJA 3ZCMA 3RRGA 1ASVA 4M42A 3H3NO 2V36A 3F9KA 3GQXA 1DLOA 3CCVN 3VTHA 3K9JA 4KTZA 3WQTA 4JNEA 1QQCA 1RILA 3RVCA 1MA9A 4LF6K 1TL3A 3MHSB 5AZIA 2OTLN 4Z4FA 3UIVA 2P9LB 3VF2A 5C2FA 1FK9A 5AZJB 3KK2A 2IC3A 4FVMA 3OJSA 3LANA 5KPZA 3BUZB 1T8EA 3NF9A 4ISGA 1S6PA 1OH7A 3LU7A 1NJWA 1Z6RA 1MUHA 4FLXA 4OKEA 3LAMA 1RDAA 3FZLA 3THYB 3NH0A 3U9ZA 3EZWA 3VQAA 2FXUA 4DCHA 1LOTA 2FLOA 4JD2B 1TL1A 5KRTA 4BDZA 1NGCA 4JI3K 1LCUA 1UOCA 4LA0A 4KHYA 3VGKA 4JK8A 1ZBFA 3GOIA 2CH5A 3A75A 5KGXA 4FJCB 4DU3A 3OYFA 3K5NA 4FIPB 1KVBA 4DM0A 1RBSA 1N34K 4FLUA 4JI7K 4M3ZA 2IOCA 4XEIA 3C6TA 1MIVA 1HK1A 4GDKB 3DXKA 1JXBA 4NXNK 3M3ZA 2W6KA 2HNDA 3IDHA 4DHXB 1Y64A 1YT3A 3ZSRA 3V08A 3NVIA 1KXPD 3HZ6A 1BG3A 3K59A 1S9EA 3CQ8A 2E88A 3K58A 3CCUN 1BQMA 1N33K 2E2NA 3KK7A 4JI2K 2QWPA 2Z1HA 4DV5K 3KZBA 5FRMA 1HNWK 2JLEA 3MN5A 5BPNA 3WXLA 3L2QA 3THXA 3TABA 1OKJA 3QEPA 3KWIA 3VQCA 1NK5A 3UKRB 4KI4A 2I5JA 3OBYA 3KLGA 4CGGA 3PO4A 5HROA 4JAXA 1QQOA 5DQFA 2VG6A 3A5MC 3AARA 4B9VA 1H5WA 2BXIA 2YHXA 1TK8A 4N41A 1K8KB 1EXQA 4FLZA 5FDLA 3IKMA 3ASMA 1Y97A 2GEMA 4AM6A 2HOEA 1L5UA 3ZEUB 2QI2A 3N4QA 4CERA 3PIOL 2EX3A 3C7NB 1UWBA 1RT5A 2XVUA 2ASMA 3D2FB 2GUIA 3QFUA 1W2BM 4LSNA 4CJFA 3JRYA 4MDAA 1NJZA 3QLHA 3DOLA 3LM9A 1VFIA 4CZFA 3G0ZA 3AO3A 1D9DA 1BOTO 3V9XA 3HO1A 3VQEA 3KD1E 4M45A 3EKUA 5IFOA 4IWVA 5KRSA 3FZKA 5IJFA 3RMDA 4JKEA 2HHVA 1ZYQA 1W0HA 4JI5K 4DV7K 3I33A 1LNSA 3V81A 3O8MA 5AQIA 4NYNA 5SWMA 3VERA 1NKBA 4JI0K 2ASPA 1RBTA 3AVJA 3H1QA 3IMXA 4FYDA 3BF3A 4BRHA 1W9HA 1ZBIA 1HMVA 4K43A 4KKOA 4A2AA 1WBDA 5TKYA 4JHDA 4CESA 4FJJA 3VQ6A 3ULDA 3TAEA 3SQJA 3MWPA 4WF9L 2QWNA 5M1PA 4E89A 4TSXA 1HA2A 1C0GA 1HPMA 4BQLA 3FWBC 1A5VA 4FK5B 2GV9A 3CPEA 3PSFA 3CETA 4BG8A 4DTSA 2KW4A 1ZBUA 1Q9XA 1HPZA 2P9IB 4M3UA 1SB0A 4N3ZA 4LH5A 2QEXN 1W97L 4Y1DA 3AO1A 5AQVA 3D7EO 3I0RA 2E0XA 4AQYK 1VQ8N 2QKKA 3GL1A 2QWMA 4JS5A 1RDBA 4BGBA 2G8VA 1XUPO 3SYZA 4NO7A 2P5GA 1TUUA 2A40A 1XMQK 5M1QA 3K5OA 4KB0A 1MM8A 3FFKB 5BREA 2HSTA 3ZSWA 5SZTA 3O9SA 4FWRA 3B8AX 2P9UA 3MEEA 5GAHP 3QEXA 4CK1A 1Z05A 5HBMA 3BPJA 1ESVA 4EHTA 1MUSA 2EFCA 1DT9A 3H1VX 4ISEA 3ZSVA 4FLTA 4I9OA 3AA4A 4FXDA 3NF6A 4NCAA 4FCYA 3QINA 3P4IA 2YI1A 3AGKA 2G8IA 4GG2A 1P90A 3KLIA 4RWTA 3T1AA 2BTFA 4F5TA 1HK5A 4BY9C 5EY4A 1MIYA 4RW8A 3MCAB 5IWAK 3QB0A 3DJCA 4FJHA 1JJ2M 1E7GA 4PO0A 4YORA 3ZT2A 2BXEA 2PYJA 3LDSA 2FF6A 2E5LK 4PL7A 4R79A 4GV3A 1WB9A 1DTQA 3OYAA 4A62A 5CE3A 3VMFB 4NLBA 4H4OA 1TK0A 4KHPK 4U7BA 1HKBA 4DQRA 2PY5A 3OYGA 3SMPA 3ENHA 4HWIA 3NDKA 3V9ZA 3NGYA 1OVQA 1BJ5A 4N0UD 3MHHB 1GLJO 2GELA 2VGNA 5HL7L 3O1BA 4E7IA 4TQ0A 1U48A 4PY5A 1NK0A 3JSMA 3KJLA 4G1QA 1E7IA 2WTUA 4CK3A 4Y0WA 4H03B 4DTJA 1NK9A 1CZAN 5I42A 4MO4A 3KKSA 4C8KA 4BR0A 5CZ2A 3NH1A 3Q7CA 5AQKA 3HVRA 3ZSYA 4DQSA 3OA9A 3V4IA 4A5AA 3VPZA 4H0YB 4DFMA 1S22A 4XH5A 1YIJN 4CEAA 2YNGA 3EL2A 3SAGA 2CGJA 2GWKA 2ITGA 3WT0A 1LV5A 4BREA 5K14A 4AF1A 1KLMA 2HHSA 3RR7A 1NG9A 1GOBA 3A73A 3D2EB 4MDBA 4E7KA 1SKSA 2RHKA 4FK0A 1U2VA 2XHBA 4IFEA 4E7JA 2YHYA 1RDWX 4E19A 4IW1A 1TXUA 4O44A 4B9MA 5CR4A 1J54A 4GKKK 5J2MA 2QK9A 1D5AA 3IUCA 5TKWA 4FM0A 1RGIA 4Z4CA 3NF8A 4O8KA 3SBTA 3J7AP 1TAUA 2A1SA 2UUAK 3VQ5A 3MXJA 5AFUA 4ZCGA 1QSYA 3SBGA 2OCEA 4DLEA 5BRDA 4IJAA 2ZM6K 5MLCQ 4F2SA 4DTOA 1YHQN 3D0PA 3VA0A 2ROHA 4FWLA 4HUFA 3VQ8A 4A59A 3ID6A 4O55A 3EE9A 3QBWA 1NU0A 3I8DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQX A;  5GIO A;  3SIU B;  3GQU A;  3NVI A;  3NMU A;  3NVM A;  3ID6 A;  4BY9 C;  3PLA A;  2OZB B;  5GIP A;  3ICX A;  1NT2 B;  5GIN A;  3SIV B;  2NNW A;  3NVK A;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WHS A;  4DSF A;  4M63 C;  2UU9 K;  1GNI A;  3ALY A;  1TYQ B;  2OZS A;  2O8D B;  3HL8 A;  4I9L A;  4DS5 A;  4N76 A;  3NVM A;  3SQ0 A;  2UXC K;  2CGL A;  3CER A;  3O4Q A;  2LOQ A;  3UKR A;  4FVU A;  2E1Y A;  3THV A;  4DV6 K;  3SNN A;  1BWF O;  3DLH A;  1GOC A;  1YTU A;  4YOT A;  2EFE A;  3DRP A;  3CMA N;  1ZC6 A;  1K8K A;  3WHQ A;  3WHR A;  1NGJ A;  2B6A A;  2Y1I A;  3QFP A;  1B9F A;  1NM1 A;  3TAP A;  1VZS A;  3CG7 A;  4BR2 A;  5AQN A;  4DTM A;  3ZEU A;  1UAX A;  4E0D A;  4CD3 A;  2IVP A;  3A5L C;  4CJS A;  5AQS A;  3C7N A;  3B9M A;  2HF4 A;  5I3U A;  3ZSZ A;  1N36 K;  3D2F A;  4WE1 A;  3VEX A;  2HHX A;  2JWK A;  4IG0 A;  4CE9 A;  4JKG B;  1Q81 O;  1KTQ A;  2Z8I A;  3P38 A;  3V9W A;  3M1F A;  4IKF A;  3HPO A;  1C6V A;  2P9K B;  3WNE A;  3O80 A;  4JKH A;  2O8C B;  3QIO A;  3ZT3 A;  1KDX A;  3LDN A;  2OYQ A;  2O4I A;  3M8R A;  4FJL A;  2VYP A;  1M1K O;  3LPT A;  4BR5 A;  1HNX K;  4B9N A;  3L4I A;  1E4F T;  1HQE A;  3RTV A;  2UYT A;  1IBL K;  4CJT A;  3ZLJ A;  3S41 A;  2HB5 A;  3VA3 A;  4B9L A; 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