3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3T7ZA 5GIPA 3SIUB 2OZBB 3GQUA 1NT2B 3NVMA 3NMUA 3SIVB 3NVKA 3PLAA 3GQXA 2NNWA 3NVIA 5GIOA 3ICXA 3ID6A 5GINA 4BY9C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN7A 4NAWB 2ZJPL 1X9SA 1HYVA 3T1HK 2EFHA 4KI4A 5MLCQ 4GV3A 1RFQA 5CYMA 2GELA 4DHYA 5IIXA 1CLQA 5HOZA 3PIOL 1IG8A 3OYGA 3EZ5A 2LQHA 3QIOA 3RRHA 1GOAA 5AFUH 3VGMA 3P83D 4H5NA 3SV3A 1KD1O 3SAFA 4DFMA 2PYLA 3ZT2A 4G01A 1MIWA 4A59A 2ATQA 2E6LA 2DFHA 3HK2A 4ZBRA 3A5NC 3K5NA 4CF1A 1NBWA 1BUPA 3ASMA 4O0IA 3QEWA 1E7EA 2PZSA 2BXAA 3UKRA 5BRFA 3K0SA 3CC4N 5BPLA 1Z26A 3U3YA 4MBEC 2OCEA 4KAZA 2OT3A 4XH1A 1A5VA 4DV7K 1LWFA 4CEOA 4AF1A 2PAVA 3WXIA 3ZETA 2Q2RA 1SQKA 4J2BA 2NLXA 2A40A 1KDXA 5FRNA 3ZT4A 4B3TK 4X64K 3JYTA 4FJMA 3GDQA 3J7YP 5CE3A 4CZEA 4LFAK 2E2QA 3UIQA 1J7EA 1BGXT 3LDSA 1U49A 3AA5X 2BDPA 3CXCM 3VERA 3SZ2A 3LAKA 3BUZB 1N34K 3MN9A 3CJCA 3DMJA 1VSMA 1JLQA 4H4MA 2HVIA 3VEOA 2I2ZA 3CMEN 5JVHL 4RTFD 1BU6O 4OKEA 2DBUA 3DLLL 3HYFA 3OYIA 3TAQA 1WOQA 2DFFA 1BG3A 3AGKA 3LDLA 3DOLA 2O4IA 3VQ9A 4DU3A 4AH9A 4CHQA 4BVPA 4NCAA 1S6PA 4ISFA 3F5TA 1BM0A 5GHKA 3F9KA 1MIVA 4K41A 4FWOA 3OYFA 5KRTA 3EN9A 4B1XB 5KQ8A 4LF4K 4DR4K 3S41A 3LAMA 5LMUK 4BC3A 4PKIA 3ZEUB 2OZMA 1EKEA 5M1OA 3V1OA 3OJSA 2NRWA 2HHXA 2OPRA 3C6UA 3VF6A 1S1XA 3MDQA 3MX2A 4AM6A 1QSSA 4DM0A 4FZZA 4CGHA 4KB1A 1QQNA 4BC2A 3PO4A 4DFPA 1UOCA 2A42A 1JCGA 2XRIA 4EMXA 3C65A 1HLUA 4HUEA 4CF0A 1RBTA 5ADXA 1EWQA 3DLGA 4PHTX 3SQ4A 1YUWA 4B3SK 3A8YA 3AA2A 3D45A 1TKZA 3E66A 3H1VX 4EAHD 1TYQB 2KZZA 3MK6A 1BA0A 4OVLA 2VYPA 1IBMK 4IBNA 2P9LB 4BE1A 3FZMA 4KREA 3RWUA 3NH2A 4LB9A 3K5MA 2E1ZA 3M8SA 1KFSA 3KHYA 4M42A 4H5VA 1IKVA 4E3SA 1E7GA 2Q0UA 3V9XA 1VQKN 1C0TA 3AVGA 1U48A 3DYAA 1C1BA 4FOEA 5AQLA 3WNGA 5B5TA 4CFBA 1JXBA 4BR2A 1NJZA 2PY5A 3MWTA 3MEGA 1U04A 4PL8A 3TAMA 3PX4A 1B9DA 4BRLA 1QQOA 3NMUA 3D0PA 4DV2K 4FLTA 4FJNA 3NFAA 3VEWA 5GIOA 4CEAA 3CD6N 4PKGA 1RCHA 3DLBA 1NMDA 4DQQA 3K9KA 4JS5A 1KLNA 4PQUA 3ENOA 3J7AP 4XH5A 4OX9K 5IIHA 1OH7A 1T7PA 4JKAA 4U7BA 4LC9B 4FM0A 3KK7A 1XNRK 2IIRA 3QDKA 4BRQA 4DTOA 1YITN 1YAGA 4ELTA 2O8FA 4W5OA 2EWSA 1TVRA 3WXKA 4PA1A 3S3OA 1S1VA 1JLCA 1LW0A 1K73O 3V9UA 2P9PB 2Y1JA 3L8BA 4JLHA 1QTMA 2A3ZA 4DG1A 3KD5E 2QWPA 4E1MA 4KTWA 2RKIA 4FJJA 2X6NA 3P39A 3A2FA 4AHSA 4CEQA 2DPNA 3VQBA 2P1JA 4N0FD 4DV1K 5AQQA 3V9SA 4FJHA 3HBTA 5D3GA 3I55N 3CCEN 1LWEA 1UAXA 4DTJA 4M7XA 4HHTA 3KWGA 3IFRA 1I39A 1HNVA 3CM6A 3VQIA 1QSLA 1HNWK 3ZX0A 3GE1A 1MWMA 2NRXA 1Q81O 1D4XA 2O8EA 2YDFA 1N36K 1HNZK 2ASPA 3DI6A 3Q7BA 4MFBA 2W42A 1E78A 3TSPA 4KHYA 1BL3A 3P4IA 4GVMA 5HBMA 1VQLN 3KIOA 3MHSB 1QVGM 3FE1A 4KI6A 3WXMB 2BTFA 4CJ5A 4FK2A 1B9FA 3TI0A 3K5OA 5FDLA 1MIYA 4W5TA 3CCLN 3FLCO 1GLEG 5C0YA 4BDYA 4CJWA 1T6CA 2HHSA 2EX3A 4WYBA 4LY7A 2HHWA 3O80A 3RSEA 4DV0K 1ASUA 4BRHA 1KCFA 1VQ7N 3ISNC 1TGOA 1E7FA 2HF3A 3OVNA 1C6VA 2HHVA 4KHWA 1NGBA 2KKZA 2I5JA 5CHIA 4UQGA 2FBTA 3E9PA 2V36A 1OH5A 3GG4A 4MQ3A 1HK1A 1X1PA 1RTJA 4DTNA 4HWIA 1NKEA 4ISGA 4LD0A 3FR0A 2W6KA 5LMNK 3H45C 1O13A 1HK3A 1Z25A 3AAPA 5AQOA 3CCSN 1R0AA 4B1YB 5HRNA 1VRTA 4CEZA 1HX1A 4H0TB 2V52B 4GKKK 1IBKK 1T3VA 2E4LA 3AVCA 4B3MK 1H9ZA 1FKOA 1WBDA 1NOZA 4K2CA 4B1ZA 4BDZA 2AJEA 1S3XA 2QI2A 5J2QA 1C1AA 4CF8A 2A5XA 4FK5B 2O8BB 3MWPA 4IOAL 4AHUA 4DWIA 3WNHA 3K57A 4HCBA 1RT6A 3C94A 3K9JA 3SJJA 2X74A 3OY9A 4NLCA 3O08A 3EKSA 4MO4A 1TF0A 1C0UA 1UA0A 4JI8K 2P9UA 1MUHA 3L2VA 1VSDA 4HCCA 4IW2A 1TAUA 1DEJA 2WC9A 5SZTA 1ILYA 1YF5L 1MUSA 1U4BA 5M1NA 1HUXA 3H1QA 3U9ZA 1JKHA 1GLLO 5CR4A 5IWAK 1JCFA 3RMCA 3SPZA 2HVHA 3SMSA 2KQ2A 1ZBUA 3LU6A 1NWKA 2QW9A 2JLEA 1Q86O 2F9WA 1VFIA 4CJ3A 1HNXK 3FGUA 1RILA 1IKWA 3HPOA 4PWDA 3O9TA 1GNJA 3OHRA 4JRQA 2P9UB 2E88A 2NRRA 5LY3A 5M1KA 1NGEA 3TAEA 1HK2A 4TSXA 1K8AO 4BREA 2AGHB 3R1XA 1VQ8N 4LUFA 3JAMO 1MM8A 5AQMA 4YFUA 5IT9O 1MWKA 1W97L 3O5BA 3K5LA 3ULEA 1K8KB 3QINA 4YOXA 4Z4GA 5ID7A 1WAJA 2I7PA 4M3UA 2WFBA 2IC3A 3J80O 5KI6A 2V7YA 5D7GA 4DU1A 1QE1A 4CJUA 2QWQA 1NGJA 3AVAA 2VG5A 3V81A 4GW6A 2Z8KA 3I8DA 3C7NB 4CK3A 1WSHA 4DKWA 3WEEA 4FWPA 3ENBA 5LL6Z 2XVUA 1NGHA 2HNYA 1Q7YO 3MEEA 4KH4A 3OYAA 4DSEA 2ZJQL 3SUQA 2LQIA 4GMJB 1QHTA 4O4GA 1LOTA 1YHQN 4OTUA 2BXMA 3L3VA 3QICA 4YOTA 1U45A 3RR7A 4I9LA 3KLIA 2KFNA 4WQ5C 1SL1A 4HGMB 3VQCA 3PO5A 4LH5A 3EE8A 2YNFA 3AVBA 4W5QA 3PV8A 1C0GA 3QBWA 3TWHA 3RSEB 1HYZA 4LF5K 1HYSA 1KXPD 3G25A 4NB4A 1HKBA 2G8HA 4FO0A 5AQRA 3VQPA 2Z1HA 4I7FA 4CJFA 1WN7A 5KPRA 2NQOA 3CCQN 1RDDA 1T8EA 4OJRA 1YI2N 4ZBQA 4BR5A 5I42A 4K43A 3ZETB 1FKPA 1S72N 1Z6RA 5GAEP 3OYNA 4CJRA 1SB0A 4DV6K 3A73A 3SLCA 4DCHA 2OTLN 2KZMA 2Q31A 4BKEA 2H3GX 1DGKN 2BUPA 1XHZA 3RTVA 1W9HA 5BN8A 4E7LA 2FC0A 3BEXA 4LF8K 1HQUA 5DK5A 4BWMA 3THYA 5AQWA 1GNIA 1VSEA 3M3ZA 3ULEB 3RR8A 4EZ9A 5KGWA 2ETJA 3VQ5A 2HB5A 4CEBA 3D7EO 4YNQA 3ZSXA 4O5FA 3SNNA 2BXKA 5SWMA 1T03A 2A41A 5AR0A 3TTDA 4CBXA 4X65K 4I6MB 4C31B 3T1YK 3TSUA 4W5NA 4EHUA 3T3FA 3IKMA 3CCUN 1X9WA 3OS2A 1NLVA 1NU0A 3HPHA 3HM8A 2Z8JA 4JKGB 4ILHA 5J2PA 5A2QO 3BP8A 4FZXC 2KBZA 2IS3A 4J8FA 4IEIA 4JV5K 1KVCA 2LXTA 1IG9A 2XVQA 4DR2K 5CZ2A 5KPTA 2XSIA 2ASOA 4XIUA 3TPQA 3HVTA 1NK4A 3HXMA 2E1YA 5GIPA 3LDPA 4O55A 2E2OA 2X78A 4KHUA 3D6RA 1VQ6N 4QCLA 4YOYA 3FZHA 5AQJA 1WSEA 2YHAA 3I33A 2UU9K 2HMPA 4CHOA 2O8DA 4DQ8A 4JKFA 1LW2A 4R5PA 3LZJA 4B9QA 4FK4A 3LP1A 1NGFA 4F3TA 2F7TA 3OYBA 3JSMA 3DM2A 3QO9A 3DXKA 3F9MA 3C6AA 5FPEA 2IVPA 1IH7A 4C8NA 5AZJA 4FWMA 4BRIA 1X3MA 3ZYYX 3H3NO 4JK9A 4Z94A 1NK0A 5TKYA 2E5LK 2OZSA 4OR0A 3PX0A 1UWBA 5K14A 3BZKA 3AGRA 1EWRA 4A5BA 2NNWA 2QXLA 4M70B 1KXPA 3O6WA 3CPEA 3SUPA 3KLEA 2YHYA 3CERA 1XMQK 3KJLA 4DQRA 4KB0A 3OBWA 2P9KB 1ASVA 1EXQA 3U3GA 3ZX3A 1N5UA 2B6AA 4HUGA 3LALA 2IVNA 3AA3A 4E7JA 4W4UB 3J8AA 5FRMA 5AQYA 4CD1A 1GLFO 4WQ5A 1ATRA 1SL0A 1VZSA 1K9MO 2DBWA 2RF2A 4FL9A 1TL3A 2QMCA 3L6QA 5C2DA 3VEZA 4ISEA 4TQ0A 2E2PA 4N5SA 1HK5A 4ELVA 2B4JA 2BXDA 1JNBA 4I2QA 1MA9B 2V51B 3C6HA 4YOUA 4JN4A 2P5OA 2UXBK 1P8ZA 4CGDA 4JHDB 4NCGA 4IWVA 2QWOA 1RDAA 1RT4A 3VEXA 1U2VB 4GY2B 3ECPA 2QEXN 4CCHA 2BXLA 2I30A 4H03B 4F2RA 3VA0A 2KTQA 1WLJA 1NG9A 1BISA 5AQUA 1RDBA 2I7NA 3TAGA 2ASMA 4DR6K 1SV5A 1S5JA 4ZUXV 4BRMA 4CK2A 3FNMA 4EZ6A 2IGIA 2HMIA 4H4OA 5HRPA 4DQIA 3SAHA 4DR3K 2KFZA 4WQ4A 3TARA 3O9UA 4FW1A 3B8AX 4IFEA 4CF9A 3V4IA 1ZC6A 3AAQA 3CFPA 2V7ZA 4CGGA 3I0RA 2BXHA 2FSJA 3BPJA 2E2NA 4J2VA 2YKNA 1KTQA 4CIGA 3D2FA 5JICA 3NGYA 3U6FA 4B1VA 2GBZA 4Z9OA 4BQZA 3M99C 3QBXA 1QZ6A 4CVNE 2O8FB 1S9GA 3VN5A 4DR7K 4IJAA 4N41A 4ZHRA 3AVKA 4OPHA 4LB2A 1TXUA 4RW8A 4FJ9A 1BI4A 2UUBK 1T6DA 3ATUA 3R8EA 1D5AA 2LSNA 3VOVA 5DBYA 4JHDA 1HKGA 4BG9A 2BXQA 1VSIA 3AVFA 3DLKA 1I3AA 4KHPK 2FXUA 1BQMA 3S3MA 1LAWA 4A2BA 4DSFA 1NGCA 1L3UA 1RNHA 2JGUA 4B9MA 4XH4A 1EETA 4BQLA 5I9EB 4IG0A 2E0XA 4A5AA 4F9OA 2UXCK 1VK0A 2VQFK 3OYJA 3NF8A 4BDPA 4MDAA 4AHRA 4E1JA 3KKSA 4CJKA 4JKEA 3CJ9A 4PUOA 1X9JA 2EFEA 1BCMA 3THXB 5JVGL 2GUIA 3BF1A 2A1SA 4CZIA 2VWBA 2XW1A 1D8YA 4LUHA 4CBUA 1HR0K 4CHPA 4BRFA 4FLUA 4JD2B 3M5RA 4MLHA 2ZJRL 3G71N 3CCRN 3HRGA 1M1KO 1L3VA 4Y0WA 2DY4A 3CF5L 3H08A 1TKTA 4RW9A 2IOCA 2YI1A 1BKEA 3THWA 1JLAA 5AQGA 4EP5A 1SKWA 2HBMA 3ZSVA 2PFUA 4B9VA 1HMVA 2HBLA 4QS7A 5FPDA 4LFBK 2HOEA 1RTDA 2GWJA 3RMAA 4E7HA 1UA1A 1P90A 3TTCA 1OH6A 3G10A 3AVIA 1VSHA 3WHRA 5AZJB 2QM6A 3QNNA 3GBTA 3MN5A 4O44A 4IDHA 4RW4A 4IFVA 4MDBA 1SKSA 4C8LA 3ITHA 2PYJA 4ELUA 1C0MA 1S1WA 3SBTA 1D9DA 3NHGA 4GG2A 2QHBA 4WE1A 4OO1J 1N6QA 4BGAA 4JAXA 1VQON 5KQDA 3BDPA 4DTMA 4A62A 1RT2A 3OYLA 4DSLA 3SI6A 3LM2A 4JKDA 2P9IB 2QKBA 3W0LA 4QAGA 4LH4A 1DTTA 4Q5VA 3L2UA 4CZHA 3AVHA 3LL3A 1VQ4N 3A5OC 4NYNA 4JK8A 4GV9A 3SIVB 3CQYA 3JXUA 4OKJA 4JI5K 1BIUA 4F5VA 1REVA 5EOYA 3MHHB 1QZ5A 1EP4A 3F2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  5GIP A;  3SIU B;  2OZB B;  3GQU A;  1NT2 B;  3NVM A;  3NMU A;  3SIV B;  3NVK A;  3PLA A;  3GQX A;  2NNW A;  3NVI A;  5GIO A;  3ICX A;  3ID6 A;  5GIN A;  4BY9 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MN7 A;  4NAW B;  2ZJP L;  1X9S A;  1HYV A;  3T1H K;  2EFH A;  4KI4 A;  5MLC Q;  4GV3 A;  1RFQ A;  5CYM A;  2GEL A;  4DHY A;  5IIX A;  1CLQ A;  5HOZ A;  3PIO L;  1IG8 A;  3OYG A;  3EZ5 A;  2LQH A;  3QIO A;  3RRH A;  1GOA A;  5AFU H;  3VGM A;  3P83 D;  4H5N A;  3SV3 A;  1KD1 O;  3SAF A;  4DFM A;  2PYL A;  3ZT2 A;  4G01 A;  1MIW A;  4A59 A;  2ATQ A;  2E6L A;  2DFH A;  3HK2 A;  4ZBR A;  3A5N C;  3K5N A;  4CF1 A;  1NBW A;  1BUP A;  3ASM A;  4O0I A;  3QEW A;  1E7E A;  2PZS A;  2BXA A;  3UKR A;  5BRF A;  3K0S A;  3CC4 N;  5BPL A;  1Z26 A;  3U3Y A;  4MBE C;  2OCE A;  4KAZ A;  2OT3 A;  4XH1 A;  1A5V A;  4DV7 K;  1LWF A;  4CEO A;  4AF1 A;  2PAV A;  3WXI A;  3ZET A;  2Q2R A;  1SQK A;  4J2B A;  2NLX A;  2A40 A;  1KDX A;  5FRN A;  3ZT4 A;  4B3T K;  4X64 K;  3JYT A;  4FJM A;  3GDQ A;  3J7Y P;  5CE3 A;  4CZE A;  4LFA K;  2E2Q A;  3UIQ A;  1J7E A;  1BGX T;  3LDS A;  1U49 A;  3AA5 X;  2BDP A;  3CXC M;  3VER A;  3SZ2 A;  3LAK A;  3BUZ B;  1N34 K;  3MN9 A;  3CJC A;  3DMJ A;  1VSM A;  1JLQ A;  4H4M A;  2HVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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