3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
5GIPA 3NMUA 3NVMA 3PLAA 3NVIA 2NNWA 3ID6A 5GINA 3SIUB 3GQXA 1NT2B 5GIOA 3NVKA 2OZBB 3SIVB 3T7ZA 3GQUA 3ICXA 4BY9C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P51A 3ZEUB 2QK9A 4OKJA 1WAJA 3OYMA 2NNWA 3VGKA 1SL0A 1Z26A 3H37A 2NUBA 3FZHA 4CZKA 1RILA 2CH6A 3TR8A 3ATUA 1MWKA 5M1KA 1RDBA 5IIXA 4GDLB 5LMUK 2W6KA 1YJWN 1T44A 3FNMA 3PSIA 4J2BA 1LV5A 2OPSA 5F1XA 3WNGA 1CZAN 2GX9A 2CGLA 3BUZB 4PWDA 4AHSA 5AQSA 3HTVA 4DV7K 1HNXK 2O8FA 2VQEK 4BVOA 3AVJA 4BG9A 2KFNA 2LXSA 3AAPA 4H0YB 3VF4A 5DQFA 4FWQA 4H4OA 4JS5A 3DLKA 4CEFA 3ZSZA 3VTIA 4BRMA 5M1QA 2PBDA 3M5RA 4CJ4A 5IT9O 5J1EA 3DXMB 4A5BA 4KPYA 4RW4A 5LJWA 5HOOA 1RDWX 3OS0A 3QLHA 2DFHA 2QI2A 4J8FA 3SIVB 2RE2A 1X9JA 3HP9A 1X9WA 3AO1A 4DM0A 3C94A 4FIPB 1LW0A 3OW2M 3HO1A 4N3ZA 1QSSA 4DKWA 4GMJB 4E7IA 2CGJA 4NYFA 4X66K 1W7AA 2P9KB 2QWQA 3CJ1A 1SKWA 1YTUA 4JI2K 1ITGA 4L8RB 3TU5A 3VQDA 1G99A 3N4QA 4BRLA 2WONA 3VQBA 4RWTA 3AVMA 5IJEA 4KTQA 3EL2A 5HOZA 4KRFA 3KLEA 1BJ5A 1JLFA 3U3GA 4O55A 5LJVA 3HT3A 2KHOA 4YORA 1IKYA 1FXXA 5AFUH 2P9KA 4JD2B 3VN5A 5SWMA 1K73O 4O44A 4NLCA 3WUHA 3TI0A 4IFEA 4B3TK 5EOYA 4CHYA 4Z4FA 4M3TA 3NAEA 3D6RA 4ID5A 4JKEA 1H5WA 3EE8A 4CEBA 4LH4A 1H9ZA 3O9QA 1NKBA 4KH5A 1JNBA 1R59O 3A75A 1BI4A 3THWA 5J2NA 3DLBA 4B08A 1SL1A 3QNOA 3NF6A 3ZSYA 3Q7BA 4NXNK 1HK2A 5GAEP 1OH5A 5AQKA 2LQHA 2P9UA 3VETA 3QERA 2P5OA 3D2EA 1NJZA 3VQAA 3SQJA 4ID1A 1TUUA 4K0KK 1NLVA 2O8CB 1BKEA 1VSLA 4ISFA 3C7NB 4FWSA 1S9EA 4FOEA 2OZSA 2KZZA 1NGCA 4CF2A 1BIZA 2ZJQL 4DUYK 4FWMA 1WSGA 1EXQA 3MXIA 4E89A 1BUPA 4EP5A 4L9KA 3MXMA 2RPIA 1VQ6N 3S3MA 4IW1A 1SKSA 3NFAA 3F2KA 1WSHA 2O8CA 1NGEA 2DFEA 2P9PB 5AQTA 4B9UA 5KRTA 1VAZA 3C7NA 5BR9A 3I33A 5C42A 4LF8K 2RF2A 2HMIA 2KBZA 1JCEA 3KJLA 3AO2A 3OS1A 4OX9K 1L3UA 2P5GA 3B8AX 4DV2K 2P9LB 4C1NI 5C25A 3RTVA 1L3SA 2YI1A 1S72N 4RCHA 5KRSA 2E1YA 4LY7A 3GE1A 3PO5A 3CQ8A 1E7AA 1HNVA 4HUGA 3ZT0A 1WUAA 5AZJB 3AARA 4CBUA 4L8UA 1VSIA 4KHNA 2QWRA 3GDQA 4BRPA 2ASOA 5C15A 1NGIA 3K9JA 3VEWA 1G15A 4ILHA 4AHTA 1NGBA 3KK3A 3ICXA 3DLGA 5SZTA 2D1KA 1QZ5A 4CGFA 3M8QA 4JI7K 1QHTA 3JS6A 2BXNA 1FK9A 3KLHA 1NK0A 5AZJA 3O6WA 3MAQA 4CEAA 4JKFA 4FM0A 4K71A 3O4WA 3ZETB 5AJ3K 2IGIA 3VQ9A 1C0UA 2FF3B 2P9NA 1E7FA 3OYKA 3NH0A 3QDKA 4H0OA 2HBKA 1XMOK 4W5QA 3C6AA 4YDUC 1T3VA 2AA4A 4E3SA 2DG5A 3CJ7A 1IKVA 5AQVA 1WSEA 4JKGA 4AHUA 4KB1A 3KD5E 4C31B 4FWNA 4XIUA 1NGDA 3CHWA 1ZYQA 1KAXA 5HL7L 2P9IA 3DLRA 2Y1JA 4DTRA 3CYMA 5GIOA 2E6MA 4HTUA 3SLCA 3HI0A 3OJSA 3THYB 3OYLA 3VF6A 4OPJA 1R0AA 5C12A 5C2DA 3WXKA 4OLAA 4IZ9A 3L6QA 1MUSA 3DLEA 4YOVA 3O4QA 1C1CA 5AQHA 3R3LA 1RTIA 1GLFO 2QWNA 4A5AA 4JRQA 1HYSA 4C23A 4F8RA 2W40A 2AJQA 5GAHP 4FLTA 1WB9A 2WC9A 1OVQA 2BX8A 5AQOA 1KRPA 4PQUA 4C8KA 3ALYA 5KQ8A 4FXDA 3SBGA 4RTFD 4FJHA 1KLMA 4MFBA 4CIGA 4PKIA 4CEQA 3VESA 1C6VA 5BRFA 4KH4A 3CMAN 3MCPA 2V52B 2XMOA 3QINA 4YOXA 1ZBIA 1YXQA 5HLFA 3GA9L 2BXBA 3LAKA 5IIUA 2LSNA 1OH8A 1S1VA 3TARA 4C8LA 1D4XA 1YAGA 1GOCA 5B8HA 3VA0A 4B9MA 4MLHA 2HNZA 5JVHL 4CZHA 3CETA 5KGXA 3OYEA 1JCGA 2OT3A 4KH6A 2D0AA 4O0JA 3CX9A 1BWFO 4K42A 3K5LA 3K57A 3DXKB 5HRRA 3J7AP 1E7EA 4M42A 1XNQK 2ETJA 4A59A 4YOWA 1YTAA 3S3OA 3VEYA 4DWIA 4KAZA 2ROHA 4M3YA 3OBYA 4M3ZA 4ZC6A 1BISA 3K9KA 3LP2A 4RW6A 3WXJA 3BZKA 3VQ4A 1TXUA 5BN9A 4I6MB 3KWIA 3CF5L 1C0TA 5J2QA 2QWMA 2BXIA 2NRZA 3B6PA 3KZBA 3OYGA 1IBLK 2G8UA 1U04A 2ATQA 1C0GA 4DFPA 3W1SA 1Q8IA 1KVAA 4QCLA 5AQYA 1Y64A 2O4IA 3KK1A 4IOAL 3B6OA 1NGJA 4IXCA 4BREA 4N0FD 4NXMK 1U49A 1SL2A 2NRWA 2VG5A 1UOCA 3CJCA 3CQYA 2KTQA 1XWLA 2E0XA 1VQ5N 2YHXA 4KKOA 2I7NA 1RBVA 3KHYA 3UKUB 1ILYA 4CZIA 1XHZA 2XSIA 3ZT1A 2HBJA 1VQ7N 3L3VA 4WQ4A 4AM7A 1U2VB 3VEOA 4BRQA 1GNJA 1BQMA 3IUCA 2QTDA 4B8CA 1EX4A 1IO2A 4DB3A 5AQXA 4DQ8A 3C95A 5AFUA 4DQSA 1BM0A 1VQNN 3AVLA 1HJRA 2FXUA 3ULEB 4Y1DA 4MDAA 4OGCA 3IMXA 2R7YA 5T7BA 4QOZB 4L9QA 2ASPA 1NJWA 4CD1A 2GWJA 5HRSA 4FJNA 2HOEA 1QHAA 1YITN 4B9VA 2O8EA 5FPNA 2DBUA 3LU8A 2D0PA 2DPNA 3V1RA 2FLOA 4CJFA 4DHYA 5IJFA 2BE2A 2WBNA 4OKKA 3RMAA 1HK1A 4X64K 4H0VB 3UKRB 4IDKA 3PSFA 3LDPA 5EY4A 5JICA 3O9SA 2HB5A 4DU4A 3SAGA 4JKDA 3MWTA 4YOUA 1E4FT 5ADXH 3K58A 1D9FA 1W97L 2VCPA 4CHPA 4N41A 2Z1JA 4JN4A 4B9LA 3E9PA 1TL1A 1Q18A 3A2FA 5M1OA 3KTQA 1N33K 3RWUA 5JS2A 1MDUB 1DGKN 2GWKA 3UE5A 4F3TA 4KHPK 4D7XA 4KV8A 4CHZA 3O8MA 1UA1A 3FR0A 4PA1A 1BQNA 3MXJA 3LM2A 4JEPA 4BRAA 4CFCA 1IJGA 3TPQA 3R1XA 1UWBA 3TANA 3VQIA 2YV0X 3CCQN 3OJUA 4B9NA 1SQKA 1HRHA 3PY8A 4K2CA 1NK8A 3RVCA 4IEIA 1K8AO 4WFAL 2PAVA 4GVMA 2XY8A 2NRRA 4CJRA 2KKZA 3ENBA 2YHBA 4F9OA 2ZE2A 3VQCA 4WE1A 4K8XA 4CIEA 4CGHA 2FBXA 2RHKA 5KGWA 1WOQA 3KIKA 2KQ2A 1YIJN 3OYAA 4GV9A 2Z8KA 2VDBA 4FJIA 2FSKA 3QO9A 3KKSA 4Z94A 1JCFA 2UXBK 3MN7A 3H3NO 4H5NA 5KPRA 4BR7A 3M8PA 1DT9A 4FJKA 3I0RA 5IIHA 3MX2A 4CD3A 2Z1IA 1C1BA 5LY3A 4KFBA 2HHXA 3T19A 3NF8A 4JI3K 4IKFA 3OY9A 4DU3A 3CCEN 3O3HA 3G25A 1K9MO 4FWRA 1JLEA 5AQFA 1JLBA 3D2FB 2RKIA 3S9HA 3AY9A 1NG9A 4CIFA 4DTJA 3LAMA 4BC5A 4JKBA 4Y0WA 4DTMA 5EX5A 4EIAA 4M7XA 1Q81O 4ZHRA 3M1FA 2OYQA 3MN9A 4M3UA 2BXOA 1E7HA 4IOXA 3QFUA 1M90O 3V9XA 2ZGZA 5IJ5A 1E7CA 3FZMA 5DM6L 2F96A 4C8MA 3NE6A 4FZXC 1ASWA 4DLEA 1MIYA 2NZTA 4H0XB 3ZSRA 1TK5A 3FLCO 5D7GA 2F9WA 5IFOA 4DTOA 2E6LA 3THXA 3ZX3A 2I30A 2QM6A 4W5TA 3OYFA 4DHXB 2EX3A 1Q82O 1BCMA 1HLUA 5JMVA 3WEEA 1NKEA 1T7PA 4ISEA 4FJ9A 3JQZA 1I94K 2PY5A 1IKWA 3CCJN 3L4IA 5K14A 4WA6B 4CJ5A 4F2RA 4MQ3A 4DTUA 3VQ6A 3AVHA 4K8ZA 5B5TA 2BH1A 1SB0A 5F0XA 4BQZA 2H3GX 4CZJA 4A62A 4OGEA 4DR1K 2YJEA 4ILGB 4HTLA 3ZEUA 3OTOK 1SAZA 2Q0RA 2UYTA 5BRHA 4FK4A 4DV0K 4ZBQA 4DR6K 3U8XA 3TAGA 3LPTA 2EFDA 4U7BA 3SV3A 3A73A 3SI6A 3CJAA 3U9ZA 2YDFA 3O1BA 3H1VX 3AV9A 3ZYYX 4FW2A 1OKJA 1XC3A 2HHVA 2BXQA 3SMPA 2G8IA 2O4GA 4AHCA 3AVBA 1GLCG 1P8ZA 4AILC 2CKXA 4H5TA 4CZGA 3SQ1A 1KCFA 5KPZA 5HROA 4E19A 4CHQA 2HVHA 4Z4IA 5AZIB 3CM5A 1A5WA 1RT7A 1T8EA 1OH7A 1HPMA 4Z9OA 3TTFA 3ULDA 3CFOA 2K0NA 5F2RA 1BA0A 2JGUA 1YT3A 3KKRA 4I2QA 4QS7A 1TK0A 4TQ0A 2HNDA 3E01A 4YY3K 3BGRA 3DRRA 2EFCA 3QEWA 3DXMA 4KTZA 3QIPA 5AQLA 1RCHA 4R5PA 2FSJA 3E1YA 4XEIA 4BR2A 1GLEG 4HWIA 1BA1A 3TTCA 1W2BM 3FWCC 4CZEA 2XVVA 5M1NA 2A3ZA 1NBWA 4JI0K 5EU7A 1TV6A 1HKBA 3O1WA 4J2VA 4XH1A 3AVGA 2JUHA 3IKMA 4HVJA 3R9PA 1DKGD 3H08A 2CH5A 2XVQA 3J7ZO 4X65K 1T6DA 3AO3A 4IO9L 4KBOA 3EZ5A 1JL2A 4JD2A 4CERA 5BPLA 2XY5A 4AH9A 3ITHA 5ADXA 1LAWA 1NWKA 1EETA 1SZ2A 1MWMA 4BR9A 3I55N 4JRPA 4BE0A 3PO4A 3VTHA 3TSUA 3LM9A 5C0YA 2WTUA 4A2AA 1BOTO 1FJGK 5LMNK 3HXMA 5ID7A 3SBTA 3DRSA 5IWAK 2FBTA 2XY7A 1EO1A 3LP1A 1GLBG 3CCUN 4BRKA 4PL8A 3LDNA 5CR4A 5ELZA 2XW1A 3QB0A 1ZBUA 2HHSA 4PHTX 3TAFA 3LP0A 3PIOL 3SAHA 3DLHA 1JKHA 4BRHA 1HNWK 3DM2A 1BGXT 3ZT2A 4I9QA 1LOTB 3G71N 4FJ5A 3WHRA 1JL1A 2HHQA 2QWOA 1ZBLA 4OTUA 2OZBB 4X62K 2XO7A 4F5UA 1J6ZA 1VK0A 3NBPA 2WUSA 2Z8JA 1WSIA 1AO6A 1Z25A 1HYVA 4FJCB 2BXCA 1RBTA 2E2OA 2E0YA 1HUXA 4E7HA 4FO0A 2P9PA 3OYDA 1GLDG 2BXHA 4HUFA 1HNZK 2HHTA 3GL1A 4LC9B 3U3YA 1T6CA 2P9LA 4B3MK 4DCHA 5AQPA 1E7GA 3T7ZA 2IOCA 1NOZA 5HRPA 1IBMK 4HGMB 2V36A 4JKAA 5I3UA 2DY4A 2V7ZA 1J9AA 4ZUXV 4ZCGA 2HHUA 2KW4A 5M1FA 3AGRA 3MHSB 1A5VA 3UB5A 4N76A 1KXPA 1QTMA 3BEXA 4H5RA 1YJ9N 1W0HA 4BRIA 1E7IA 2OPPA 3KD1E 4CJSA 1VSEA 2VGNA 4FLYA 3CG7A 3CQXA 3QIOA 2OA8A 3K2PA 3IFRA 3QETA 3O9TA 4GKJK 4NAWB 3KK7A 4Z0UA 4CJ3A 1RDAA 3MK6A 3V09A 2NRTA 3N4PA 1E3MA 4W5NA 2BXMA 4CZLA 3ZETA 3S3NA 3V9UA 4JV5K 2VWJA 4DSLA 3U6FA 3SJHA 3L2WA 4S1YA 4GKKK 4LB2A 1S6QA 4OPKA 3A0IX 4CF1A 4Z4EA 3VGMA 2B4JA 3MWPA 4CZFA 1B92A 4QAGA 2OTJN 4FL9A 3FE1A 4CFDA 1TAQA 1S1TA 5AQJA 4CJPA 4CCHA 4BRGA 4PO0A 1NGAA 3L2QA 4DSFA 2YNGA 1GLAG 1HX1A 2IVOA 1YVNA 1Q9XA 1VQ4N 1HPZA 3VOVA 2UUBK 1V4SA 1X9MA 1REVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  3NMU A;  3NVM A;  3PLA A;  3NVI A;  2NNW A;  3ID6 A;  5GIN A;  3SIU B;  3GQX A;  1NT2 B;  5GIO A;  3NVK A;  2OZB B;  3SIV B;  3T7Z A;  3GQU A;  3ICX A;  4BY9 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P51 A;  3ZEU B;  2QK9 A;  4OKJ A;  1WAJ A;  3OYM A;  2NNW A;  3VGK A;  1SL0 A;  1Z26 A;  3H37 A;  2NUB A;  3FZH A;  4CZK A;  1RIL A;  2CH6 A;  3TR8 A;  3ATU A;  1MWK A;  5M1K A;  1RDB A;  5IIX A;  4GDL B;  5LMU K;  2W6K A;  1YJW N;  1T44 A;  3FNM A;  3PSI A;  4J2B A;  1LV5 A;  2OPS A;  5F1X A;  3WNG A;  1CZA N;  2GX9 A;  2CGL A;  3BUZ B;  4PWD A;  4AHS A;  5AQS A;  3HTV A;  4DV7 K;  1HNX K;  2O8F A;  2VQE K;  4BVO A;  3AVJ A;  4BG9 A;  2KFN A;  2LXS A;  3AAP A;  4H0Y B;  3VF4 A;  5DQF A;  4FWQ A;  4H4O A;  4JS5 A;  3DLK A;  4CEF A;  3ZSZ A;  3VTI A;  4BRM A;  5M1Q A;  2PBD A;  3M5R A;  4CJ4 A;  5IT9 O;  5J1E A;  3DXM B;  4A5B A;  4KPY A;  4RW4 A;  5LJW A;  5HOO A;  1RDW X;  3OS0 A;  3QLH A;  2DFH A;  2QI2 A;  4J8F A;  3SIV B;  2RE2 A;  1X9J A;  3HP9 A;  1X9W A;  3AO1 A;  4DM0 A;  3C94 A;  4FIP B;  1LW0 A;  3OW2 M;  3HO1 A;  4N3Z A;  1QSS A;  4DKW A;  4GMJ B;  4E7I A;  2CGJ A;  4NYF A;  4X66 K;  1W7A A;  2P9K B;  2QWQ A;  3CJ1 A;  1SKW A;  1YTU A;  4JI2 K;  1ITG A;  4L8R B;  3TU5 A;  3VQD A; 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