3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase/rna
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3T7ZA 3SIVB 3GQUA 3GQXA 3NVIA 3SIUB 4BY9C 3ICXA 5GIOA 3NMUA 2NNWA 3NVMA 5GINA 3PLAA 3NVKA 2OZBB 1NT2B 5GIPA 3ID6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L2UA 3VGMA 1N32K 3H08A 5AQSA 5ELZA 3LDLA 2E6LA 2KWFA 4AF1A 4ELTA 4DFKA 1IG8A 2YHXA 3OW2M 1NU0A 4CEBA 1J7EA 1VRTA 2X6SA 3F73A 4BWJA 2QXFA 5EX5A 4MLHA 1NJYA 2DFFA 2EWSA 3KK1A 3HL8A 3O5BA 5GAGP 4M3UA 1V4SA 4J2VA 4DR6K 2D0BA 1RDWX 2HHXA 4JK7A 5K14A 4A61A 3GBTA 4BY9C 2HMPA 4E7HA 2ASOA 4IDKA 3T1YK 4KH4A 1VQKN 3W0LA 4DTXA 1D9FA 4CECA 2GUIA 3DXKA 2WONA 3TSQA 4CJ4A 5BREA 1ZYQA 2BUPA 1MDUB 4DSLA 1ZBLA 1XNQK 2PFUA 4ZHRA 4XH4A 3IMXA 4FWRA 3ZSVA 3MXMA 4CK1A 4PHTX 3GOIA 3LL3A 1BOTO 2ZJRL 1IKVA 4B1UB 1LOTB 1SL0A 1ZBIA 1WNSA 2I5JA 2NUBA 3C6AA 1X9MA 1WAFA 2P9LB 3OYIA 2HNZA 3A5MC 4B3OA 3LAKA 3CPEA 4E3SA 1TK5A 4KREA 3FZFA 3RMAA 1GLBG 2UUBK 4DU4A 4OKJA 4Z4CA 2A1SA 4YOWA 2A1RA 1X1PA 4MO5A 1FKPA 4LFBK 1SB0A 3RTVA 1S1TA 3ZEUB 3E01A 1EWRA 4I2PA 1VSKA 1J9AA 2YJFA 3KD5E 3MN6A 5AQMA 4GDKB 3GG4A 1BWFO 3VTHA 1NOYA 1RGIA 3DRSA 3QBXA 3BF1A 2W41A 4IJAA 3U9ZA 3ZSYA 2E4LA 5AQXA 1VQMN 4DU1A 4CJTA 1WSJA 3AVKA 5C42A 3EO3A 1TKXA 2H3GX 1IJGA 2O4GA 2YHAA 4BR4A 3SAFA 4K42A 1WBDA 4KHWA 4YNQA 4O5FA 5BPNA 5H1SQ 4KV8A 5AR0A 3M8SA 1BJ5A 3AVCA 4W5RA 2NRRA 1K9MO 1YF5L 3O08A 3HP9A 1LOTA 4CK3A 3RMCA 5AQHA 3SV4A 1QSLA 4EHUA 4OPKA 1HJRA 1QVFM 2P9LA 1S72N 4KFBA 1VSDA 4QS9A 3M8RA 3TAPA 4FLUA 1XHZA 1NKCA 3V08A 3QLHA 5ID9A 3L8BA 3QFUA 3VQIA 2IVPA 3MCPA 3MHSB 4DHYA 3O4NA 4B3MK 4ISGA 4CEOA 2YNGA 3CJ9A 1VSLA 1W0HA 4X62K 4D7XA 1DEJA 5CR4A 5SZTA 3KLGA 3DLRA 4H4OA 3ZEUA 3RMDA 2HF4A 2OPSA 2BH1A 1RBRA 2A40A 4WE1A 3GDQA 3UE5A 3VEWA 3VQ6A 1FOUA 1VQNN 1E7CA 4PA1A 3F9MA 3E9LA 3HBTA 2GUPA 1WLJA 3TI0A 1RT1A 3O9UA 3HP6A 4MQ3A 4OKEA 2EFDA 4X66K 4HUGA 4F9OA 2QHBA 3QEXA 3VA3A 1T05A 4Y1DA 2IVOA 5CYQA 1WN7A 2ATQA 1TKZA 4AM7A 2O8EB 2Q36A 3SV3A 1L3SA 2BXPA 1JLAA 2FC0A 1KAXA 1HLUA 1WOQA 1HKBA 2XVQA 4ZBRA 4XEIA 1XI1A 1T3VA 4E99A 4GY2B 1OH7A 5LJVA 4NXNK 4PQUA 3I56N 4KTQA 4BG9A 1BIZA 2VQEK 4FJMA 4LF4K 1NK7A 1KFSA 4WFNL 4I7FA 1NGDA 5TKYA 1NJZA 3AO1A 2VG7A 1NT2B 5GIPA 4H5RA 2RKIA 1J5EK 2IVNA 5AZJB 3PX6A 5AFUH 3QB0A 4IOAL 2XVVA 3A73A 1DLOA 1QZ6A 3K9KA 3PX0A 3C6HA 4WFBL 4H0OA 2LQIA 4BR9A 4E7JA 4M45A 4CZLA 3I55N 3M1FA 1WAJA 3DMJA 3VETA 4DS5A 3OHRA 3EZ5A 4O5BA 5MLCQ 4B9MA 3LPUA 4F5VA 2HBJA 4DSEA 1ZBSA 3LP3A 2I7NA 3R6MA 3V1QA 2D0AA 2O8EA 2DYOA 1NK9A 2DFEA 4UY8O 2HSTA 4DTSA 4JI3K 3DRPA 3TSPA 3L2QA 4A62A 4ZBQA 2E1YA 4BRHA 4AHCA 4H0VB 3DRRA 4J2AA 4B9QA 1YJWN 3G25A 1R0AA 4AHSA 3KKRA 1SZ2A 5B5TA 4CZJA 4FK4A 4DV1K 5AZJA 4GVEA 3AA2A 1WSEA 4XH1A 1UORA 3DLGA 4B8CA 1SAZA 4DU3A 5HP1A 2ITMA 3WXMB 4J2DA 5DMRA 2HVIA 1RBVA 2X74A 1E7EA 1EP4A 4FW2A 1VQ6N 5BPMA 1RNHA 4JEPA 4O0IA 3OYDA 4HWIA 3CCQN 1FW6A 4FJJA 4M42A 4FO0A 2WOMA 4CF8A 1M1KO 4KH5A 3TDLA 1HKCA 1K6YA 4WQ4A 4CJUA 3CPWM 4FJHA 3VERA 3SZ2A 1NKEA 1VK0A 1T6CA 4IJNA 3TAMA 4CZMA 3AAQA 4LUHA 2OYQA 4NB4A 5FLXO 3HOTA 1SKRA 3NF6A 4DUZK 4M7YA 2G8UA 2E2QA 4IOXA 5GAEP 1KRPA 3WQUA 4F5TA 4X64K 4KAZA 2F4VK 1FXXA 4JD2B 4U67L 1QQCA 4B9LA 5I9EB 1HNWK 1GOBA 4CZIA 4F5UA 3SIVB 4DR4K 2QW9A 4E0DA 1ZXOA 2BXOA 3CMEN 3LU7A 3H45C 1WSFA 2QWNA 3DXMB 4YDUC 4N0FD 4FLTA 1AO6A 4B08A 1BCMA 3O4QA 5C25A 1J5OA 4FSVA 3VQDA 4BE1A 4CHPA 2YNFA 4CHQA 4FXDA 3QMLA 3SQJA 2OCEA 1U6ZA 3IFRA 4FPBA 4O8UA 2KTQA 3TAGA 3ZT1A 4BRCA 4DCHA 4DKWA 1K8KB 1RDBA 3J7YP 5HLFA 2E5LK 2OTJN 3ID8A 4Z4IA 2VGMA 1MM8A 2HNDA 1N33K 5AQGA 4X65K 2W42A 3OYFA 3PUFA 3E1YA 2XVUA 2XSIA 3P1GA 3ID6A 4YY3K 4CZEA 3B8AX 1HNVA 5HBMA 1H9ZA 1HQEA 3Q7BA 4FJ9A 4TSXA 4AQYK 3OJSA 2KLAA 4HGKA 1NM1A 1E3MA 4JD2A 5FRMA 4JKEA 4EHTA 4CE9A 3U9DA 5IJFA 2FLOA 1NMNA 3SPYA 4UQGA 3DXMA 4CCHA 3MEEA 2BXIA 3AO5A 4JI5K 3HO1A 3S41A 1MUSA 1YJ9N 3WXIA 3ASMA 3H3AA 3FE1A 2O8CB 3OYCA 1X3NA 5AQVA 4L3QA 1A5XA 3KIKA 2WTUA 1LAVA 1HR0K 1YUWA 2PYLA 1K8KA 5D7GA 3VEZA 3EL2A 3DLLL 4KO0A 4F2RA 5AFUA 1N6QA 2E0XA 4CJWA 1NK0A 4B3RK 4C1NK 3NDKA 1OVYA 4DMNA 3LDNA 4CJKA 5EU7A 3JRYA 5M1NA 2PYJA 3OYJA 4YOVA 3UIVA 1U47A 3MMVA 3IAYA 1KW2A 3O6WA 3SK3A 4FWSA 4MFBA 4PL7A 1H1VA 3RR7A 1KLMA 4JK8A 1U4BA 4FL9A 1TAUA 4N5SA 2OA8A 2WUSA 2QTDA 3HZ6A 2BXFA 2Q1NA 3CHWA 3GQUA 4CIFA 1GNJA 3MECA 3AA5X 3JQZA 1X3MA 2O8CA 3LWMA 3HTVA 4IXCA 1S3XA 2BXEA 1SKWA 1VFIA 3D45A 4LSNA 1B9DA 3NVKA 4AHUA 3WHQA 3AVMA 3BGRA 1I94K 5JS2A 2BXNA 1HK4A 3LZIA 1LWFA 3DWLA 1JLFA 3KK2A 2PY5A 1XUPO 1S6QA 1HX1A 4M3ZA 5LMNK 3L2RA 1VSMA 3CG7A 1KVCA 1KAYA 1JLQA 2G8KA 4FK0A 4BRGA 1N5YA 2G8HA 3DM2A 3S9HA 3MN9A 2ZJPL 1E7BA 1JXEA 3AVGA 3CCMN 5FRNA 1OVQA 1BG3A 1P90A 3PSIA 3UKUB 1HKGA 1Z6RA 5F1XA 5GAHP 5HOOA 4E1NA 4M3RA 4KI6A 1IV0A 1FK9A 2VWBA 4GMJB 1BHLA 4ISEA 3RSEB 3SBTA 1X9WA 4RW8A 3AVIA 2I2ZA 5BR9A 3DLEA 4E89A 1KCFA 1O1WA 5M1FA 1ZBUA 3JYTA 4CEZA 4DLGA 4B9UA 4RW9A 4B1YB 1IKYA 4KHSA 3KHYA 2GELA 4CHNA 3AO4A 3OJUA 2BXDA 3THVA 5BRDA 4CI6A 2VWJA 3SNNA 4DSKA 2OANA 4FJ7A 4CFBA 4DSFA 3K9JA 2YJEA 4B1ZA 4ZCGA 1MIYA 3CCUN 2Z8IA 5C10A 1QZ5A 2XY7A 1YXQA 3CYMA 1QHTA 4B1VA 2YNIA 4AH9A 3QBWA 3AVJA 4CGFA 2YKNA 4FYDA 2XY6A 5AQIA 1E7HA 3ITHA 3SJJA 4F2SA 4DQ8A 1WUAA 3DAWA 2BANA 4FWNA 4CZHA 3QEVA 3NVMA 3CQ8A 3NH0A 1BA0A 4CBXA 5E26A 1NK8A 4GV9A 4BRNA 3T3FA 4CJLA 1JLEA 1ITGA 4BGBA 4DSJA 1T6DA 3UKUA 3U3YA 3LDPA 2BTFA 4HGMB 1XMQK 5CE3A 3UIQA 1C0TA 2XY8A 4DTRA 3RSEA 3OBWA 2BXBA 2EFEA 1XHXA 3D7EO 1U49A 1NGCA 3HVTA 5BRHA 3G6EN 2HBLA 3VQPA 3O9TA 2F9WA 3SI6A 4FJKA 1CXQA 4H0PA 2E2NA 2ZF5O 3SMPA 1NJIO 3ZSRA 4CZGA 3ZX2A 1NMDA 3MN7A 2KZMA 3PIOL 3TAFA 1JCFA 4QCLA 4FWLA 1Q82O 3W1SA 3IUCA 3V03A 3KK3A 2P9KB 1SUQA 2B5JA 4RW7A 1U48A 1G15A 1QE1A 3EY1A 3CFRA 1RBTA 1HK3A 5ADXH 1CZ9A 3O3HA 2E0YA 1E7IA 1GNIA 4FW1A 2HVHA 1D9DA 2NQOA 4Z94A 4C1NI 2D1KA 3E9PA 2JLEA 4KH6A 3VQEA 4AM6A 4E1MA 3IDHA 3L0QA 3HPOA 1B92A 4A2AA 4CERA 4JKDA 2FF6A 2XMOA 3A5NC 4PKGA 1U2VB 2D0CA 1NGEA 1Q9XA 2QEXN 3LU8A 3BDPA 4I9QA 3L4QA 3DLHA 4Z4FA 2ZM6K 1RT3A 4FVUA 1U45A 5I42A 3GE1A 1GLLO 3KLHA 2HNYA 1HPMA 2UYTA 1ESVA 1VSHA 2FSNA 4BE0A 1UAXA 2HHQA 1NKBA 1P8ZA 1RT2A 1VSIA 3KVGA 3ZYYX 3R3LA 5E41A 2NLXA 4GKKK 3WNHA 2CKXA 1D4XA 2VCPA 2QA4N 4DG1A 1IO2A 1XC9A 4FJGA 1RT5A 3I0SA 2FBXA 2P9KA 4HTLA 4OPAA 3G71N 1NK5A 2NRWA 4K41A 1NK6A 4WQ5C 1K73O 1BCOA 2G8WA 4E19A 4EIAA 3VA0A 2A42A 2ROHA 3ECPA 1MIVA 1HYVA 1BQNA 1VQ7N 4KB0A 3DLBA 4N3ZA 3TTCA 4JI0K 4MO4A 1U2VA 3VQAA 4BDYA 2Y1IA 3LU6A 4M63C 3PLAA 2OT3A 2ITGA 4FZZA 4RTFD 4FWPA 4NLBA 3SMSA 4F3OA 3DLKA 2ASPA 5C15A 4FLVA 2R7YA 3BY5A 4S1YA 4B9NA 3T7ZA 1TK0A 3VESA 4BRKA 2D0PA 3HRGA 4FZYA 2VWKA 3KWIA 1KVAA 4C8KA 3ENOA 4BRMA 2GUTA 5JVGL 3AAPA 3E9OA 3CJBA 4IEEA 2WBNA 4DV2K 1T8EA 1BDGA 2HF3A 2OZSA 3U8XA 1S6PA 2HW3A 4B3SK 1UOCA 1WBBA 3NF8A 5E84A 1LWEA 2E20A 1RBSA 1DT9A 5M1PA 3SBGA 3NGIA 2LXSA 4OPHA 4DFMA 3THWB 1NJWA 1VAZA 3EZWA 1M90O 3H1QA 3TARA 3HSCA 2BXMA 2E1ZA 4CFCA 4IO9L 2J4RA 1W2BM 4EP5A 4BROA 4JRQA 1UWBA 2YDFA 3LM9A 3ZSXA 5KPRA 1H5WA 3SAHA 3V9XA 3CCLN 1ATNA 1ASWA 4FJ5A 4QOZB 1KVBA 1JNBA 3B9LA 2D4WA 3J8AA 3LP0A 2WC9A 4CZFA 1S1VA 4BDPA 3VOVA 4K8XA 1NGAA 4CJQA 4LB2A 5IJEA 5AQLA 2X78A 2PAVA 2BXCA 3CFOA 4F3TA 4IO8A 4I6MB 2OPRA 2QKKA 3MWPA 2UUCK 4FLXA 4M3TA 1JLCA 3D2FB 4C23A 1YJNN 2DG5A 4DR2K 5J1EA 5HOZA 2A5XA 4NLCA 4DV4K 3G4SN 1S5JA 4CF2A 2PZSA 4PO0A 5I3UA 3QNNA 4A57A 2ZD1A 2ZGZA 1JCGA 4WA6B 1K8AO 5AQTA 4C31B 2QWLA 3R8EA 2KFZA 3R9PA 4OX9K 4BKEA 1SV5A 4CVNE 1SS6A 5JS1A 4ELVA 3THWA 3C94A 1JL2A 2XW1A 5JLFA 4OGEA 1YTAA 4GKJK 5JICA 4AHTA 3HVRA 3CQYA 3VQ4A 1RDAA 2BXGA 1S1UA 4B3TK 1CLQA 1YTUA 5DBYA 4N47A 4OTUA 3P39A 4Z4HA 4ISFA 2HHSA 2PBDA 3RMBA 2OZMA 2P9NB 4DTMA 4Q0BA 1LWCA 3MX2A 5IIXA 4N41A 5AQYA 2F8SA 3DJCA 3NHGA 2YNHA 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2E0XA 3MN5A 2CGJA 3TTDA 5AQRA 4M70B 1HUXA 3H3OB 4C1NK 2CH6A 3T69A 4LB9A 4OO1J 1OVYA 3L4IA 1T44A 4YOTA 3LDNA 4JK9A 3SJHA 3VF4A 5C2DA 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  3SIV B;  3GQU A;  3GQX A;  3NVI A;  3SIU B;  4BY9 C;  3ICX A;  5GIO A;  3NMU A;  2NNW A;  3NVM A;  5GIN A;  3PLA A;  3NVK A;  2OZB B;  1NT2 B;  5GIP A;  3ID6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3L2U A;  3VGM A;  1N32 K;  3H08 A;  5AQS A;  5ELZ A;  3LDL A;  2E6L A;  2KWF A;  4AF1 A;  4ELT A;  4DFK A;  1IG8 A;  2YHX A;  3OW2 M;  1NU0 A;  4CEB A;  1J7E A;  1VRT A;  2X6S A;  3F73 A;  4BWJ A;  2QXF A;  5EX5 A;  4MLH A;  1NJY A;  2DFF A;  2EWS A;  3KK1 A;  3HL8 A;  3O5B A;  5GAG P;  4M3U A;  1V4S A;  4J2V A;  4DR6 K;  2D0B A;  1RDW X;  2HHX A;  4JK7 A;  5K14 A;  4A61 A;  3GBT A;  4BY9 C;  2HMP A;  4E7H A;  2ASO A;  4IDK A;  3T1Y K;  4KH4 A;  1VQK N;  3W0L A;  4DTX A;  1D9F A;  4CEC A;  2GUI A;  3DXK A;  2WON A;  3TSQ A;  4CJ4 A;  5BRE A;  1ZYQ A;  2BUP A;  1MDU B;  4DSL A;  1ZBL A;  1XNQ K;  2PFU A;  4ZHR A;  4XH4 A;  3IMX A;  4FWR A;  3ZSV A;  3MXM A;  4CK1 A;  4PHT X;  3GOI A;  3LL3 A;  1BOT O;  2ZJR L;  1IKV A;  4B1U B;  1LOT B;  1SL0 A;  1ZBI A;  1WNS A;  2I5J A;  2NUB A;  3C6A A;  1X9M A;  1WAF A;  2P9L B;  3OYI A;  2HNZ A;  3A5M C;  4B3O A;  3LAK A;  3CPE A;  4E3S A;  1TK5 A;  4KRE A;  3FZF A;  3RMA A;  1GLB G;  2UUB K;  4DU4 A;  4OKJ A;  4Z4C A;  2A1S A;  4YOW A;  2A1R A;  1X1P A; 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