3NVKA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIRLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 107
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvkA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvkA01
3SIUB 4BY9C 3GQXA 2NNWA 3SIVB 3NVMA 5GIOA 3PLAA 3ICXA 5GIPA 3ID6A 3NVIA 2OZBB 5GINA 1NT2B 3GQUA 3T7ZA 3NMUA 3NVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUQA 3FGUA 1NK8A 2Z8KA 1SZ2A 4NB4A 1QS4A 3MWTA 4FJNA 4IOXA 4MO5A 1QSYA 1RTIA 3J81O 4N0UD 4X64K 1T03A 4V19S 5AQLA 4Z4FA 3TWHA 4OO1J 2Y1JA 1HNXK 3LU7A 2ZJQL 1HNIA 3WNGA 1JLEA 1RT6A 2NLXA 3DLRA 4FCYA 4CHYA 4FJXA 5JVGL 4JK4A 1QHAA 1RT4A 3THYA 2UUAK 4J8FA 1J7EA 1H9ZA 2DYOA 3SUNA 4IEEA 3WT0A 2GBZA 1NM1A 1T3VA 4Y1CA 3BGRA 1RDCA 3AVFA 4I2PA 5J2PA 3OYAA 4OLBA 3T1YK 1KFSA 3ZT2A 3LDOA 1EWRA 5J2QA 4CJEA 2I2ZA 4CJUA 4CF2A 2QHBA 2HHSA 5EXWA 4M70B 1RT2A 4BRAA 1BM0A 1C0MA 4FW2A 3J7ZO 1LWCA 4FM2A 3V9SA 1S72N 5CY4A 3OJUA 2G8UA 1G99A 5AZJB 3OYNA 3OYLA 1VQ7N 2OZBB 1W9HA 2X74A 4OGCA 1QQNA 3PV8A 1CZAN 2XW0A 1B9FA 1WSHA 1LCUA 2OZSA 1E78A 3AVKA 4F2SA 1GLBG 1OH6A 3UIVA 1BDGA 2QKBA 2FXUA 4DV0K 3KIKA 1RILA 3EL2A 4BDYA 3PSFA 1T6DA 1T7PA 4FZYA 2WBNA 1BA0A 5HL7L 2F8TA 1GNIA 3H1QA 1ATRA 4AQYK 1E4FT 4WFBL 2FF3B 1T8EA 3S3MA 1YUWA 1WSIA 4GG2A 4G1QA 3H6EA 2YNIA 2OPPA 2OPQA 2YKMA 2F8SA 4Z4HA 3AVJA 3QB0A 2D5RA 4B8CA 3L6QA 5HOOA 1ZYQA 1TVRA 4IWVA 4CFCA 3ZLJA 2CGLA 2KLAA 1ZBHA 4JNEA 5GINA 4QAGA 2EFCA 1YVUA 2O8EB 2HF4A 4AHTA 4NCAA 2PFUA 4CZKA 3QFUA 5M1QA 4KHPK 1T6CA 4FWRA 2WOMA 4ZBKA 1JXBA 4BGBA 4IKFA 3HOTA 3SV3A 2O8FA 1DTQA 4DR4K 2VGMA 2W41A 3K5NA 1W0HA 3HSCA 1GLDG 2NRVA 2ZGYA 5FLXO 4CJLA 4I7FA 4G9ZA 2D1KA 3VQPA 3WNHA 1H1VA 4BROA 3HVRA 4FWMA 2HBJA 1XHXA 4DTUA 5CYQA 3G71N 5AJ3K 3GA9L 5GHKA 3VQDA 2Q1NA 1NGBA 4O8UA 4KRFA 5DMRA 4KI4A 3AO3A 3CX9A 5KQDA 4KH4A 2KQ2A 2CKXA 1FK9A 2Q97A 3E01A 4LH5A 5CHIA 3I0SA 1NK5A 3DXKB 4AH9A 5CE3A 3I33A 5BPNA 4CCHA 1EXQA 1R59O 1NKBA 1NJWA 1VFIA 4BRFA 4E7JA 3GOIA 1R0AA 3MX2A 4L9QA 4TQ0A 3HL8A 1E3MA 5C42A 1N8RO 2P9UB 4DSEA 4JI8K 1VQNN 1CLQA 4C8MA 4ZCGA 1CXUA 3O3HA 1P8ZA 3BZCA 4W5QA 4BVPA 1VSIA 2F9TA 3RMDA 5AQPA 4LC9B 1WUAA 4Q5VA 3A2FA 4L8UA 2KBZA 1C0TA 2JWLA 5FDLA 3K59A 4RG8A 3ZSVA 4JKAA 1SKRA 2BXFA 3CJBA 4IJNA 3VQ9A 3RWUA 5SWMA 4DV7K 4JS4A 4GV9A 3HYFA 3HXMA 4O5FA 3VA0A 2BANA 3C95A 3SQ1A 4PWDA 4JI7K 3OS2A 4EP4A 4JS5A 3HP6A 3KKRA 1YIJN 4CF8A 2EX3A 2V7YA 4ISEA 3VQBA 1NK4A 3OTOK 2P1JA 1O9XA 2D0BA 3G0ZA 1NJYA 4H0XB 3FR0A 3O9UA 3L2QA 3ZX2A 4CEAA 3M8SA 5E41A 4XEIA 4KBOA 4XH5A 1RBSA 4E1JA 3M6GA 2AA4A 4BRQA 2QI2A 2WUSA 2PZSA 2P9IB 5GAHP 3HK2A 3E9LA 3A8YA 4RTFD 5C2DA 1HNZK 1Q18A 1CZ9A 3CJ9A 4E0DA 4CBWA 3QEVA 3QERA 4ZUXV 1NGCA 3G10A 3AVHA 4LF9K 1MWKA 3Q7BA 4DLEA 3CD6N 4JHDB 3QBWA 5DM6L 4CJPA 4F8RA 4E7KA 2EFHA 3B8AX 4NLCA 2IDOA 5IJ5A 4CERA 3LALA 3VPZA 1RTJA 4DF8A 4N5SA 5KTQA 2ZM6K 1EX4A 2EFEA 2KW4A 1OH8A 2LQHA 1GNJA 5JS1A 4OTTA 1NU0A 4EAHD 3KJLA 2E2QA 4I2QA 4YHHK 2A6AA 3LZIA 1MIYA 4Z4GA 4C31B 4IOCL 2ZQBA 1BO5O 4C23A 4FZZA 1KLNA 1LOTA 5IJFA 1VSLA 2DFFA 1ITGA 4IG3A 3S3NA 4HWIA 4KFBA 2UU9K 4DM0A 4LD0A 1K8KB 4KREA 4B9QA 3KWIA 3VEOA 5M1NA 4KKOA 1JLBA 3T7ZA 5E26A 4J2BA 3HSTB 3THYB 4WA6B 1YI2N 4NYNA 4O0JA 2BGGA 1KSPA 4FLWA 4Z4EA 1VQ5N 5FPEA 2RN2A 3OYDA 5FPMA 4UY8O 4MBEC 3LP1A 4K42A 3VEXA 1GLEG 2E8AA 3HTVA 3CC7N 2ATQA 3IKMA 1VQPN 4CFBA 3MHHB 4BRDA 4FLTA 5AZJA 2NQOA 1HK5A 3HPGA 4A57A 2OCEA 4FJKA 3DXMB 5MLCQ 2Z1JA 2DBWA 4BQLA 3ALYA 1JL1A 4KAZA 3DM2A 3AO1A 4F5TA 4B08A 2ZGZA 1JLFA 3DRPA 3SPZA 3G6EN 1OH5A 3SAFA 2BXGA 4YY3K 2FSKA 2G8FA 3K9KA 2YJEA 3HRGA 4AHSA 4FK0A 4CJFA 1NGEA 3ISNC 4F2RA 2DY4A 4KTQA 1LWFA 3SUOA 1RGIA 4DCHA 2NRTA 4O44A 1SUQA 3ULEB 2QM6A 2DTUA 1EKEA 4H5VA 3M5RA 4MQ3A 4CEEA 3I8BA 4GY2B 1B92A 1S1WA 4CK2A 5IIHA 3LANA 2HHXA 3VEZA 1VAZA 4OPKA 5C25A 1GOCA 5AQOA 4YOVA 2JGUA 3C65A 4FWSA 3CYMA 1Q82O 2Q0UA 3MCPA 5J2NA 2O4IA 1NBWA 1U49A 3V9ZA 5FUOA 3D2EB 3CMAN 4A62A 3PIOL 1JKHA 5JICA 1NGJA 3SNNA 4ZTJA 4WFNL 2QKKA 3TR8A 1WSEA 2BXOA 4MFBA 2O8FB 1RT7A 4AHCA 3HP9A 3HBTA 3LDNA 1IKYA 3VERA 3QNNA 1HYVA 4ELTA 5EY4A 3AV9A 3E66A 5BR8K 3QEIA 4M3UA 4Z9OA 4G01A 4OT2A 2YCHA 3T19A 3F73A 5IFOA 3DXKA 3WXLA 3VENA 1BWFO 3CJ7A 4JRQA 1HK2A 2BXDA 3WXIA 3VQQA 4KPYA 3MMVA 2HMIA 1VHXA 4M7XA 4CGHA 2NRWA 5LMNK 2XY6A 2UUCK 5J1EA 3EY1A 4AHVA 3QMLA 2KZZA 3QFPA 2YJFA 4BG9A 4YFUA 2GWJA 1D8YA 3R6MA 3A0IX 2E4LA 3QINA 4DQIA 2QM1A 3KLIA 3QLHA 4JI5K 2FBYA 4WFAL 3VETA 1TL3A 4DUYK 3SI6A 1SL0A 1NT2B 3V4IA 4BWMA 2BXBA 1MUHA 1X9SA 1RDUA 2E6LA 4CJ7A 5HRPA 4FVMA 4A61A 2XO7A 3CPWM 3SQJA 3AVIA 3DLHA 3AGRA 4O55A 4CF1A 2IOCA 2OA8A 1Q86O 3AA5X 2P5OA 1XC9A 3FNMA 5AR0A 3IFRA 4JKFA 4B1WB 1RDBA 5AQFA 5KI6A 3VGKA 3B9LA 1YJWN 2JWKA 1Z6RA 2XY7A 2G8VA 3CQ8A 3D45A 3O5BA 1JNBA 1JL2A 1KDXA 1JCEA 1HYSA 3P1GA 1C1CA 4K2CA 4H0OA 3ENHA 3JSMA 4FLXA 4PL7A 4FK4A 2GUTA 2OANA 3MAQA 3L3VA 3P31A 1HKGA 1O13A 2FC0A 3LDSA 3CETA 1UA0A 5ID9A 4I9OA 5J2MA 2XVQA 3ZEUB 4J2AA 5LY3A 4NCGA 3F5TA 4ISGA 3V03A 2QTDA 3VQCA 2QXFA 4FJ5A 2PYJA 5AQVA 4GKKK 3SQ0A 1YAGA 4DTPA 3RRGA 3D7EO 2XY5A 3E9OA 1ASWA 3UB5A 4FJMA 2HBLA 3P5JA 4PKIA 3ULDA 3AVAA 4H4MA 4XIUA 3OBWA 1FXXA 1VRTA 4PO0A 4ZBQA 3WQUA 3LM2A 4WQ4C 4DU3A 4GW6A 3UE5A 4CJ5A 4CJ3A 5BPKA 4JK9A 4XH4A 4R79A 2VDBA 4BDPA 3V09A 3AVGA 5BRFA 4TQ1A 3ASMA 2LSNA 1M90O 3J7YP 4CBUA 4WQ5C 3LL3A 2GELA 3ENBA 3U9ZA 3NAEA 3SMSA 4DSIA 4CJWA 4OKKA 4YOYA 3HT3A 4JI1K 4MLHA 4CFAA 4XH1A 3ZSRA 4QCLA 3QESA 1O1WA 5IJEA 4AILC 1ZBFA 4QS7A 5AQWA 4I9QA 1SL2A 1K8KA 3CCVN 4FK5B 1Q81O 4IEIA 3BF3A 1LOTB 2IVPA 4M3WA 3KIOA 5SZTA 1IBMK 4KTWA 4OGEA 4H5RA 2HHUA 2LQIA 1S1VA 3V6DA 1MM8A 2YHBA 1DLOA 3VQ6A 3HM9A 5KPTA 1QQCA 4C8NA 5LJVA 1TGOA 1I94K 2KZMA 2ZWHA 4K41A 5FRMA 3NFAA 2IAJA 2QWOA 1SL1A 3VQ4A 4DR7K 4CZIA 2W42A 1QSLA 2YNGA 2V7ZA 4FJGA 1J9AA 3K5MA 3H08A 1NG9A 3DOKA 3GQXA 1ESVA 3SCXA 3TAEA 3OYFA 1QQMA 3SBGA 5AQQA 2HHHK 3JAMO 1S22A 3CXCM 4DV4K 3DXMA 3E1YA 3EZWA 3BEXA 1RBVA 4BGAA 4BR7A 3FZHA 1HUXA 4B1YB 4F3TA 1HLUA 4E1NA 1KVCA 3CCQN 1K9MO 4DSJA 3TAMA 2HB5A 2O4GA 1JXEA 4DV6K 1BOTO 3IMXA 4B9LA 3L4QA 3H46O 3V1OA 2HNYA 4CZEA 3SJHA 4LH4A 1X3MA 4BC3A 1RBTA 1DT9A 4FW1A 4K25A 3LDPA 4BR0A 3AARA 4B1VA 3CCSN 1GLAG 4CZHA 2NZTA 1KAYA 1VQON 5IIXA 1D4XA 4DF4A 1X9WA 2VG6A 3PY8A 3CFOA 4FPAA 1EO1A 2UUBK 1A5VA 3ULEA 3CCRN 2DBXA 4HUFA 4ILJA 3OJSA 3H1VX 3MHSB 3M8RA 5HRRA 4PQUA 1WAFA 2P9PB 4JKHA 3D6RA 3P39A 2NNWA 4CHNA 1MDUB 3OVNA 1SS6A 1UOCA 2GEMA 3KLHA 3QNOA 1WSGA 1HA2A 2OZMA 1SQKA 4KB1A 2DPNA 2A5XA 4E7IA 4YORA 4B9TA 1U2VB 4FO0A 4JKGB 4E7LA 2XVVA 1NLVA 3C6TA 5AQJA 2OYQA 5AQRA 4B9SA 3PSIA 3D2EA 2WFBA 2XHBA 3ZT4A 2KHOA 5JLFA 4FJHA 4ILGB 5AQSA 2QWPA 1J53A 4IFYA 3VTHA 2FSJA 3MN5A 4PHTX 4O5BA 3BPJA 2FSNA 3ZSQA 3LDLA 5HRNA 1RTDA 2Q36A 4CBXA 3VOVA 3B6PA 4BC4A 3CG7A 4X65K 1ASVA 2HSTA 2Z1GA 1HNVA 1EETA 1WNSA 1QQOA 3VEVA 1YF5L 4YDUC 3TPQA 4RW9A 4KI6A 4BC2A 2OPSA 3KHYA 4DV5K 1C0UA 4Z4CA 4CJKA 1QVGM 4JI6K 2G8IA 4ICLA 1WBBA 1RDWX 4GDXA 1P90A 1VSMA 3EYZA 4BRPA 4OLAA 1FOUA 3PO4A 2O8CA 1S9GA 4HTUA 5GIPA 4IFVA 3EE8A 2IVOA 1L3VA 4QS9A 1HRHA 1YVNA 3C94A 3KTQA 3EEQA 3NE6A 3GE1A 5AQIA 4K0KK 4CHPA 1HJOA 5CZ1A 4CD1A 3WNFA 5DM7L 4DSLA 2D0CA 3TTFA 3CC4N 4NXMK 4DS4A 3FFIA 4ZHRA 3EKUA 3NBPA 4B9NA 4M3RA 4FM0A 3P83D 3ID6A 4E89A 1VK0A 4HVJA 4LFCK 3ZX0A 2VWBA 3AVLA 4Q0BA 3O1BA 5T7BA 4JI3K 3CJ1A 4K8XA 3V81A 4NYFA 4OPJA 1K8AO 3LZJA 3LU6A 2OT3A 4KHWA 5I3UA 3H3OB 3WXKA 1Y64A 5D7GA 3AO4A 4CFDA 5C2FA 4CJRA 5KQ8A 1TYQB 3P38A 1HJRA 4OPHA 3HJFA 3O3GA 2HOEA 3CERA 2NRXA 4PUOA 1YT3A 3U3GA 3RR7A 3CJCA 4N41A 4IDKA 3OYIA 3OS1A 2E0YA 4CZGA 2QW9A 5EU7A 3ZEUA 4FM1A 3GG4A 3NH2A 4KHNA 4GV6A 4IZ9A 3THXB 2BE2A 1OVQA 1MU2A 3A75A 2F7TA 1DKGD 4I6MB 3ZSWA 3KK3A 4MO4A 1ATNA 5C15A 1VRUA 3HVTA 2XVUA 4CW7B 4WF9L 5M1FA 1IBKK 4JI2K 2KTQA 3TARA 3MXIA 1MUSA 2NUBA 1X1PA 5GAGP 3E9PA 2W40A 1NGGA 1REVA 3FZMA 4Y1DA 5I42A 2BTFA 2VQEK 2RKIA 1YTAA 3CF5L 1N32K 2RF2A 3OY9A 1SAZA 3WHRA 3W0LA 3K5LA 1E7HA 4ID5A 1NK7A 1IG9A 3CMEN 4DFPA 4FJJA 2F4VK 1NMNA 2YHWA 3U9DA 1D9DA 2E1ZA 1K73O 1JLGA 4ID1A 4GNIA 1N6QA 1QTMA 3TDLA 1FW6A 3MXMA 5E84A 2HHQA 2BXEA 2BXLA 1HK1A 1C0GA 4K43A 1NOYA 4H5NA 4AHRA 2QWRA 4FSVA 3DYAA 4CVNE 5DQFA 1MWMA 5AQHA 3VN5A 2QWQA 4DUZK 1VSFA 4FJ8A 4KHYA 3NF8A 3SQ2A 1WN7A 2AJEA 2DYMA 3SAGA 4FWOA 2P9NA 1XMQK 1IKWA 4BRIA 3KLGA 5LJWA 3C7NB 2OPRA 3V9UA 4J2DA 1HK3A 3NDKA 1WSFA 3DOLA 3O6WA 4EP5A 1TL1A 4IW2A 2ETJA 4OX9K 2WONA 4DQSA 3NF9A 3A73A 3VQEA 1DEJA 2D0OA 3AA4A 3QIOA 1LWEA 2P5GA 1J54A 3LWLA 4IDHA 2BUPA 2BXNA 1NNEA 1BIZA 4IJAA 1I3AA 2QWNA 2GWKA 3VMFB 4JKBA 1HK4A 4H8KA 4B9MA 2B4JA 3C6HA 1BJ5A 3RRHA 5ID7A 1ZBLA 2WTUA 3CM6A 4PKHA 3MN7A 4B1ZA 3JQZA 2ZF5O 4CEBA 3F2KA 1IJGA 1MA9B 2E6MA 5LMUK 5C10A 2UXBK 4H0PA 4BRNA 2A3ZA 1YTUA 3LPTA 5F2RA 1NMDA 3VTIA 4EZ6A 1QVFM 4BRKA 1U4BA 1BHLA 1TV6A 4RW7A 1B9DA 3ATVA 4DSKA 1EQYA 3PIPL 1MIWA 2GX9A 3CCLN 5KGWA 4GDLB 4ZTFA 4LF5K 5IIUA 4RW6A 4F5UA 4BRMA 2QA4N 2I30A 4YOWA 4EZ9A 3R8EA 5K14A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIU B;  4BY9 C;  3GQX A;  2NNW A;  3SIV B;  3NVM A;  5GIO A;  3PLA A;  3ICX A;  5GIP A;  3ID6 A;  3NVI A;  2OZB B;  5GIN A;  1NT2 B;  3GQU A;  3T7Z A;  3NMU A;  3NVK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SUQ A;  3FGU A;  1NK8 A;  2Z8K A;  1SZ2 A;  4NB4 A;  1QS4 A;  3MWT A;  4FJN A;  4IOX A;  4MO5 A;  1QSY A;  1RTI A;  3J81 O;  4N0U D;  4X64 K;  1T03 A;  4V19 S;  5AQL A;  4Z4F A;  3TWH A;  4OO1 J;  2Y1J A;  1HNX K;  3LU7 A;  2ZJQ L;  1HNI A;  3WNG A;  1JLE A;  1RT6 A;  2NLX A;  3DLR A;  4FCY A;  4CHY A;  4FJX A;  5JVG L;  4JK4 A;  1QHA A;  1RT4 A;  3THY A;  2UUA K;  4J8F A;  1J7E A;  1H9Z A;  2DYO A;  3SUN A;  4IEE A;  3WT0 A;  2GBZ A;  1NM1 A;  1T3V A;  4Y1C A;  3BGR A;  1RDC A;  3AVF A;  4I2P A;  5J2P A;  3OYA A;  4OLB A;  3T1Y K;  1KFS A;  3ZT2 A;  3LDO A;  1EWR A;  5J2Q A;  4CJE A;  2I2Z A;  4CJU A;  4CF2 A;  2QHB A;  2HHS A;  5EXW A;  4M70 B;  1RT2 A;  4BRA A;  1BM0 A;  1C0M A;  4FW2 A;  3J7Z O;  1LWC A;  4FM2 A;  3V9S A;  1S72 N;  5CY4 A;  3OJU A;  2G8U A;  1G99 A;  5AZJ B;  3OYN A;  3OYL A;  1VQ7 N;  2OZB B;  1W9H A;  2X74 A;  4OGC A;  1QQN A;  3PV8 A;  1CZA N;  2XW0 A;  1B9F A;  1WSH A;  1LCU A;  2OZS A;  1E78 A;  3AVK A;  4F2S A;  1GLB G;  1OH6 A;  3UIV A;  1BDG A;  2QKB A;  2FXU A; 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