5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
3NVIA 3PLAA 5GINA 3NVKA 2OZBB 3SIUB 5GIPA 3GQXA 5GIOA 1NT2B 2NNWA 3T7ZA 3NMUA 4BY9C 3ID6A 3NVMA 3SIVB 3GQUA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BU6O 3ENHA 2QW9A 1HQEA 3O8MA 3MCPA 1NBWA 3QDKA 4BRFA 2P5OA 3RMBA 4CEBA 1YTAA 4FVMA 1Z6RA 3VQPA 1VSFA 3RR7A 4I7FA 4N5SA 3QEXA 4KHYA 5HRRA 1BJ5A 3MDQA 4JKEA 3V1QA 4ISGA 2BANA 2D5RA 5CYQA 4JRQA 4KHUA 3PIOL 2O8EB 1TK0A 2HF4A 3AA3A 3ZT0A 1SL1A 3B9LA 3AVAA 4F2RA 5LJWA 2XVWA 1N5UA 2Y1JA 2GBZA 5HRNA 1S1XA 1GLFO 4F5VA 2YHXA 4GY2B 1E3MA 5B5TA 1JCGA 3AVNA 4N0FD 1JCEA 4YOTA 5KQDA 2BXPA 5KRTA 2QI2A 3HOSA 5KGXA 3PSFA 5AQJA 3CD6N 5KTQA 3O08A 5AZIB 1HPMA 2HHSA 3DI6A 1QHAA 4CGJA 3FE1A 1SAZA 2VWKA 4JI4K 4JI8K 2D0AA 3SYZA 3FZFA 3THXA 5BPKA 1QSLA 3M8SA 1J6ZA 2GELA 4BRKA 4OPHA 3L3VA 4OKJA 1E4FT 4FJXA 3VQ5A 4Y1DA 3VETA 4Z4IA 1T7PA 4C8NA 4X66K 4JNEA 1KFDA 2P9SA 1YVNA 4PL8A 4F9OA 1VRUA 3LU7A 1UAXA 1VQMN 4DSEA 3PY8A 3J81O 4YOVA 2Z1HA 3AO2A 2K0NA 3VGLA 1E7AA 3BEXA 1N32K 3C7NB 4Y1CA 4NXMK 1HRHA 5T7BA 2PYJA 4BVOA 4NLBA 2GUIA 3VEZA 4M70B 4DU4A 4CJPA 2AJEA 1NGJA 3SUOA 3ZEUB 4CJUA 1CZ9A 5FPEA 1NKBA 3VQCA 1W2BM 2BXHA 2P9KA 2VG6A 4KFBA 4BRDA 1UORA 1LW0A 1S1VA 1LWEA 1M1KO 4KTWA 4FZYA 4H0OA 4U67L 5AQKA 1WLJA 1ZBSA 2DG5A 1VQLN 4CF8A 3UKRB 4B1ZA 5HLFA 3GOIA 3LDQA 5A2QO 3UKUA 4H5TA 1YTUA 4QCLA 3G6EN 3MX5A 4F3TA 3MWPA 1WN7A 2X74A 4JI6K 1CZAN 3G71N 3C6AA 2PYLA 1Q81O 2UYTA 2BE2A 5CZ1A 4B9NA 4FJLA 1VQON 4DSJA 1E78A 4LUHA 2IVOA 5ADXH 3R3LA 4DV5K 3W1SA 3U3GA 3VQBA 2HNZA 4AHRA 3OYAA 3OYFA 3PV8A 1HNZK 1Q8IA 3KTQA 1VHXA 4EZ9A 3AVCA 2EHGA 2G8HA 1JKHA 1IKYA 1HNVA 4KBOA 4IOCL 1IV0A 1TKZA 3I0SA 4KREA 1T6CA 3NH1A 2Q97A 4YY3K 3DLLL 4B1VA 3DLKA 4LSNA 2O8CA 4J8FA 3B8AX 3DXKA 1D8YA 5JS1A 3CMEN 2KZZA 4H5WA 4JHDA 1YITN 3DLHA 4Z94A 2NRWA 1U4BA 1KC8O 1TUUA 2QWOA 4ID5A 5M1FA 1AO6A 1ZXOA 3VGMA 4Z4CA 1RTJA 4W4UB 4JLHA 1HKBA 1O9XA 1MUSA 3LU8A 3AVMA 1V4TA 1WAFA 1IG9A 5IJFA 1ATSA 3DLGA 3HM8A 1L3SA 4DFKA 1V4SA 2NRRA 1ZBIA 4KH4A 5F0XA 4CJSA 1HLUA 4DR7K 4HCCA 2DBWA 2AA4A 3AVKA 4EMXA 5ADXA 4WQ5A 4LH5A 1MA9B 4BRPA 1YI2N 4R79A 3F2KA 3BDPA 2YI1A 4OKEA 3QIPA 4C8OA 4FK2A 5AQIA 2XY5A 4GV6A 1RT1A 3BF1A 2OTLN 3BGRA 5FPDA 3FFKB 4BRAA 3D2EB 2YJEA 1WAJA 4QOZB 1BHLA 3TWHA 4OR0A 3OA9A 4Q0BA 4YORA 4AHCA 4FJGA 3AVFA 4CIGA 1JNBA 1NK8A 3VMFB 2P9NA 3C94A 4A62A 4EHTA 1RBVA 4BROA 1LNSA 1HK2A 1K6YA 5J2MA 1TL1A 1C0FA 3T1HK 4JKGA 1WSJA 3O1WA 4CJFA 5J2NA 4BWJA 3S3OA 3LDPA 3RMCA 1NM1A 3KK3A 2GWJA 3NGYA 2J4RA 4M7XA 4CEEA 4CK1A 2FBYA 4DQRA 2KFNA 1C0UA 4AHSA 1JXBA 3E9OA 4H0YB 1G15A 1FXXA 1VSKA 2QK9A 4FXDA 3CC7N 3EE8A 4CJVA 1VQKN 2NZTA 4L8RB 5LMUK 3WQTA 5C24A 2IC3A 3SK3A 4DCHA 4JK9A 2HHUA 3LU6A 1NMDA 4B1WB 4B3SK 4M45A 1HK5A 3GE1A 1C1AA 4JRPA 1P90A 3EL2A 3AAQA 4EZ6A 1VQ6N 3HL8A 3S3NA 5IJ5A 2BXNA 5E84A 3CM5A 4E7HA 4TQ1A 3CJCA 4DMNA 1CXQA 3JYTA 4ISFA 2OZMA 1RDUA 4KO0A 3WHSA 3N4QA 1NK4A 1NKCA 5JVGL 1HR0K 3R8EA 1W9HA 3EKUA 5HBMA 3HBTA 4L9QA 3V1RA 3SCXA 3E01A 1ASWA 4PL7A 3QO9A 3C6HA 3O5BA 5C2FA 1D4XA 1TKXA 5IWAK 1HNXK 4CZKA 4FLUA 3LWLA 4DWIA 3OY9A 2G8KA 4GG2A 4U7BA 2E8AA 3IG1A 1ATNA 4J2AA 2UXCK 4JKDA 3CETA 1JLQA 1KLMA 4LF5K 2B6AA 3V9UA 4BGAA 4A57A 4NYNA 4GV3A 5BRFA 1TK5A 4IOAL 1S22A 5DK5A 2BTFA 4OX9K 4M41A 3TSQA 2YNIA 4A61A 3HVRA 3MXMA 4DM0A 4Z4FA 2QWPA 3TDLA 1BI4A 3VF4A 3HYFA 1L5UA 4BC4A 1QE1A 1T3VA 4ZC6A 1VK0A 1ZC6A 2E20A 3VPZA 1TUYA 4CD3A 1S6PA 1ILYA 2BX8A 5AQPA 2FLOA 3K57A 1S1UA 4FJNA 4OLBA 4RCHA 4CE9A 1KTQA 3DM2A 4PA1A 2E5LK 3FZMA 4ILHA 2W6LA 4DSLA 2YHYA 3TTFA 1TGOA 4FO0A 3T1AA 3SQ2A 3A5OC 3OYJA 1HKGA 3AGRA 4DV1K 2HHTA 1E7HA 2P9LB 5AQMA 1X1PA 5H1SQ 4YOWA 1X9WA 1DTQA 1VSDA 4E1MA 4CJRA 1KLNA 1S1TA 4K43A 4DTOA 4CF9A 3QB0A 2E1YA 2AJQA 3ZSRA 1Q9XA 2IVNA 3QEWA 2GTDA 4AHUA 1RTHA 3VQ4A 1VQ9N 3FFIA 2HBKA 3CQYA 1J53A 3HM9A 4CJQA 1S9EA 2EFHA 2DFFA 5ID9A 3MXJA 1E7EA 1A5VA 4H5NA 5AFUH 1XQSC 1A5WA 1RTIA 1NK0A 3L2RA 3LWMA 4NXNK 3RSEA 4OT2A 1Z26A 4DLGA 4M3UA 2D0PA 5GINA 5IIHA 3HRGA 1J5OA 5C2DA 4FPBA 3M5RA 4DUYK 2PFUA 1SZ2A 4ZBRA 4ZBQA 3WEEA 2OPPA 4DF4A 4ILJA 4M7YA 3CCUN 3AO4A 2YDFA 4F8RA 3ALYA 5C0YA 2XVVA 3J7ZO 1XWLA 4EAHD 4CD1A 2YNFA 3THXB 3CCEN 2CH5A 3L2VA 5HOOA 4B9LA 4FWMA 4BDYA 1T8EA 5EVZA 3BZKA 2YNHA 1NNEA 1SB0A 2GUTA 1RFQA 1T6DA 1VQ4N 4DTPA 4O8UA 2LQIA 2NRXA 4GW6A 2QMCA 4YDUC 2R7YA 1IJGA 1EQYA 1NGGA 5AQXA 5J2PA 4FLTA 4DTUA 3ATUA 2B4JA 2IDOA 3H3NO 2P9SB 2P9UA 3J80O 2BXOA 5DQFA 2Q0UA 4RWTA 5M1QA 4ELVA 5HOZA 1CZBA 2ZGYA 3H46O 2G8FA 1EWQA 1T03A 4IJNA 3SMSA 5AFUA 1Q18A 5AQGA 4NCGA 4FJ8A 3IKMA 2HOEA 4XH1A 3TU5A 4OGEA 2FF3B 4M3WA 2NLXA 3ZT2A 3IFRA 2P9KB 1QQNA 4B9UA 4W5QA 4FZZA 5AQNA 3MK6A 2QWMA 2W42A 4PY5A 3QFPA 1N5YA 2YJFA 4B1UB 3ICXA 2YKMA 2HBMA 3FLCO 4OJRA 3LAMA 4DS4A 3U6FA 3CCMN 5AQHA 1KQSM 4FJ5A 3EEQA 4KH5A 1YF5L 3CC4N 3UB5A 3OS2A 4CZJA 3TR8A 5D3GA 3UKUB 4F4KA 1YXQA 2A3ZA 2YV0X 3NH2A 4E7LA 4DTRA 2EFDA 2P1JA 4N41A 3SQ4A 4W5OA 4RW4A 3ZSQA 1ASUA 4JKBA 3VQEA 1Y97A 3I33A 2W41A 3KKRA 2QM1A 3K58A 3B9MA 2E4LA 4G01A 2ZQBA 3D2FA 1NGCA 1LCUA 4J2EA 1LWFA 2Q31A 3OS1A 5AQVA 4JV5K 3VOVA 1HPZA 3B6OA 4IG3A 4KKOA 4JEPA 1NOZA 4PHTX 5CR4A 4IXCA 4M3ZA 4B3MK 4K8ZA 5IFOA 1GOBA 2XY8A 2O8CB 4CJ5A 1I3AA 3QLHA 3DXKB 3WNFA 1QSYA 2F8TA 4WF9L 2KLAA 3NF7A 4DLEA 2VCPA 1LWCA 4JK8A 4JHDB 1HNIA 3SV3A 3CCLN 2XHBA 3PIPL 4BR4A 3AA4A 4FJCB 5C10A 1Q7YO 2YHBA 3SIUB 4X62K 5M1KA 3PSIA 4IJAA 3QFUA 4BE0A 1MWKA 2RF2A 4MLEA 1KAZA 3NGZA 2YHWA 2OPRA 2E0YA 3QBWA 3CQXA 4MDBA 4BR7A 3RMAA 4FK4A 1NT2B 3QICA 4PKGA 1JLAA 3NAEA 2HSTA 3FR0A 3KIKA 1NGEA 2ZD1A 4LD0A 2DYOA 1L3VA 4DTXA 1IKVA 4KB1A 3SIVB 2FBXA 4N47A 4FM2A 2OCEA 2P9LA 3CJAA 5I3UA 3L0QA 1QTMA 1NK6A 5FPMA 4CGDA 2ZM6K 3TTCA 4FWLA 5GIPA 4A5AA 1SKRA 3MECA 2GEMA 4CJKA 1WOQA 3OBWA 1HX1A 1K8KA 1BKEA 1RBSA 4LF8K 1QQCA 4WQ4A 5IJEA 4LSLA 5KQ8A 3NF8A 5E41A 4BE1A 1X9MA 3DYAA 2XVUA 3KLFA 5FRMA 4CZIA 4DTSA 3TABA 4BC3A 1J54A 4TQ0A 2CKXA 3QIOA 2P9NB 3B6PA 4M3RA 4DTMA 1GOAA 2QXLA 4QS8A 1VQ8N 4JKGB 4CHYA 3OYKA 2O8BA 4DV6K 4FOIA 4A2BA 1X3NA 1NWKA 4YNQA 3ID6A 4K8XA 4BC5A 4EFHA 1VQ7N 4CVNE 2Z8JA 4HCBA 3JSMA 1BUPA 2XVQA 1JLEA 2LQHA 2F9WA 4CZMA 4IW2A 3KWIA 4OPKA 5JLFA 1BA0A 4B3TK 5KPZA 2E2NA 3TAQA 2HHVA 3HP9A 2D1KA 4ZHRA 4BRMA 3KD5E 4FJ7A 4KHWA 2DBUA 5C15A 4AQYK 4Z9OA 4IFYA 4B3OA 1BDGA 4CEOA 4BG8A 4DV0K 4CI6A 2E1ZA 4ELUA 3HT3A 2GUPA 3M8PA 2F4VK 4B1YB 4LB9A 4FWKA 1VQNN 1H9ZA 1RT3A 1VSIA 4CJ4A 1SL0A 3PX0A 1ZBLA 3M3ZA 3AVGA 4CEZA 1C0GA 2VYPA 1FKOA 3P5JA 3O4QA 3CPEA 4PQUA 4EIAA 4MQ3A 1OKJA 3OJSA 1XC9A 4FWSA 3NFAA 3CPWM 4DR1K 3OHRA 4BR2A 3SUNA 4K0KK 5BRDA 4O5BA 3BP8A 3ZSWA 2VUFA 3G0ZA 4CF0A 3TANA 1KVBA 5GAGP 3L2QA 5IIXA 3MN7A 3CCSN 4PUOA 4E1NA 4AHTA 3M8RA 3O3HA 1RDWX 4FJMA 4AH9A 2Y1IA 5J1EA 3P4IA 4JK7A 3LP1A 5CE3A 4FM0A 2FXUA 2EWSA 3QNNA 2OA8A 5HP1A 1EP4A 4E7JA 4CERA 5CHIA 1WUAA 5MLCQ 3K59A 1BI4B 1EWRA 4ID1A 1CXUA 4JS5A 3OYHA 4LFBK 2Z8KA 4FVUA 3OS0A 5CZ2A 4FZXC 2VWBA 1I39A 4CJLA 5BR9A 2I2ZA 4E0DA 2OPQA 4E99A 2OYQA 1NK7A 3HK2A 4CW7B 1ATRA 4QS9A 1IBLK 1MIYA 3CI5A 2HMIA 2ATQA 2UUBK 2KFZA 2D4WA 1HYVA 3ULDA 2FBTA 3AVBA 1Q86O 2DFHA 4AF1A 2BH1A 2UXDK 4F3OA 2V52B 5AQWA 4WE1A 4JS4A 4RW6A 4H0VB 4DF8A 3ULEB 3OYBA 1IKXA 4IEEA 5FPNA 1BM0A 3ZSOA 2YHAA 5K14A 1SS6A 5I42A 1SQKA 1W7AA 4I6MA 3HXMA 2F7TA 2KQ2A 3K9KA 3PO5A 4IWVA 4M63C 3AVIA 4I2PA 1BGXT 3CCJN 4E7KA 3A0IX 2QTDA 3C6TA 4OPAA 3CCQN 3LP2A 2QHBA 1EO1A 1BCMA 4JI2K 4FSVA 1NG9A 2P5GA 3TAMA 4M3YA 4A59A 5J2QA 1XI1A 3WXKA 2XO7A 3O9QA 3RVCA 2LXSA 4GDXA 3KK2A 3V9SA 3RSEB 4DS5A 1XMQK 1NJZA 2UU9K 4B9SA 2NRHA 3T19A 4BVPA 1GLEG 3WEEB 3VEXA 2EX3A 1T44A 3DAWA 4QAGA 3ZX0A 2E2PA 5FLXO 1WSIA 2V7YA 3SQ1A 2XMOA 3DLBA 4GKJK 1DGKN 4PWDA 3F5TA 1HYSA 4NCBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVI A;  3PLA A;  5GIN A;  3NVK A;  2OZB B;  3SIU B;  5GIP A;  3GQX A;  5GIO A;  1NT2 B;  2NNW A;  3T7Z A;  3NMU A;  4BY9 C;  3ID6 A;  3NVM A;  3SIV B;  3GQU A;  3ICX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BU6 O;  3ENH A;  2QW9 A;  1HQE A;  3O8M A;  3MCP A;  1NBW A;  3QDK A;  4BRF A;  2P5O A;  3RMB A;  4CEB A;  1YTA A;  4FVM A;  1Z6R A;  3VQP A;  1VSF A;  3RR7 A;  4I7F A;  4N5S A;  3QEX A;  4KHY A;  5HRR A;  1BJ5 A;  3MDQ A;  4JKE A;  3V1Q A;  4ISG A;  2BAN A;  2D5R A;  5CYQ A;  4JRQ A;  4KHU A;  3PIO L;  2O8E B;  1TK0 A;  2HF4 A;  3AA3 A;  3ZT0 A;  1SL1 A;  3B9L A;  3AVA A;  4F2R A;  5LJW A;  2XVW A;  1N5U A;  2Y1J A;  2GBZ A;  5HRN A;  1S1X A;  1GLF O;  4F5V A;  2YHX A;  4GY2 B;  1E3M A;  5B5T A;  1JCG A;  3AVN A;  4N0F D;  1JCE A;  4YOT A;  5KQD A;  2BXP A;  5KRT A;  2QI2 A;  3HOS A;  5KGX A;  3PSF A;  5AQJ A;  3CD6 N;  5KTQ A;  3O08 A;  5AZI B;  1HPM A;  2HHS A;  3DI6 A;  1QHA A;  4CGJ A;  3FE1 A;  1SAZ A;  2VWK A;  4JI4 K;  4JI8 K;  2D0A A;  3SYZ A;  3FZF A;  3THX A;  5BPK A;  1QSL A;  3M8S A;  1J6Z A;  2GEL A;  4BRK A;  4OPH A;  3L3V A;  4OKJ A;  1E4F T;  4FJX A;  3VQ5 A;  4Y1D A;  3VET A;  4Z4I A;  1T7P A;  4C8N A;  4X66 K;  4JNE A;  1KFD A;  2P9S A;  1YVN A;  4PL8 A;  4F9O A;  1VRU A; 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