5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
4BY9C 3NVMA 3NVIA 3NMUA 3GQXA 5GIOA 3PLAA 5GINA 3NVKA 1NT2B 2OZBB 3SIUB 3ICXA 3SIVB 3GQUA 2NNWA 3T7ZA 3ID6A 5GIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CYMA 3CCMN 3D2FB 3ISNC 3MHSB 1S1VA 4GKJK 3E1YA 1X9MA 3RMCA 4TQ1A 4RTFD 1NGBA 1TL1A 1KAXA 4JKGB 4FL9A 4N47A 4BDYA 4AQYK 1MWMA 4NXMK 2F4VK 4LY7A 3QMLA 2HNYA 2Q1NA 4CGDA 5GIPA 3VQQA 4S1YA 3I56N 2OPPA 3ZX2A 1QQOA 2PAVA 2QI2A 3WEEB 4Z9OA 3OY9A 3SMSA 1NWKA 3T3FA 1X1PA 4NCGA 3VEOA 1HQEA 4FLZA 3TANA 3L2WA 4O0JA 4B08A 1M90O 1RTJA 3RMAA 1TVRA 2YI1A 4JLHA 1RT3A 4BRIA 1TYQB 1ZBHA 3F5TA 4PHTX 4NYFA 4LUHA 1N5YA 2CGLA 3MCPA 5AQMA 2ITMA 5AQHA 5KRTA 1KW2A 4F8RA 1L3SA 1MA9B 1VQPN 3RSEB 4HTUA 1YVUA 3A5OC 3VQIA 2QM1A 2WOMA 4JK9A 2RKIA 3S9HA 1U04A 5FPDA 5FPMA 1L3VA 4BRCA 3V1RA 1NKCA 3F73A 3V1OA 3KVGA 1U2VA 4BR9A 2VYPA 4CGFA 1KVAA 4W4UB 4I6MA 3QFPA 4DV0K 3OA9A 1S72N 4L9KA 3LP1A 4CFAA 4LFBK 4IW2A 4DQ8A 4KHWA 4M3XA 2E2OA 1YTAA 5FLXO 2ZF5O 1SL2A 2CKXA 2AA4A 1TV6A 4LF9K 4O5BA 4ZC6A 1C0UA 3KLIA 3OYNA 3T1YK 3CMAN 2G8FA 1VHXA 4PA1A 1XI1A 4CHQA 4J2DA 1KXPD 1ZBSA 1SB0A 4DTRA 1ZYQA 3I8BA 3HK2A 1WLJA 2HHUA 2NRXA 3A5NC 4KH4A 1DT9A 2VWKA 5AQRA 3J7ZO 4B9UA 2RHKA 4FM0A 1C0FA 3AVBA 3AO5A 1NJIO 1LCUA 3C7NA 4IFVA 3CC4N 1E7HA 3H1QA 3Q7CA 4I2QA 1X3MA 4FJIA 3VMFB 1RDAA 1IH7A 3A2FA 3G25A 3TSPA 4DQIA 4OLAA 1RT2A 4DTSA 1VRTA 5DQFA 2FBXA 3FLCO 1W0HA 3U9DA 2E0XA 5AQOA 2A6AA 4XH4A 3SLCA 3G6EN 1HLUA 2EHGA 5LY3A 4HGKA 3SQ0A 1U47A 1LAVA 1XNRK 4H0VB 4FM1A 1YF5L 3BUZB 1HK4A 5HRPA 1QQMA 3R3LA 4KKOA 3K2PA 2HHVA 3PIPL 4AM7A 4ZBKA 4I7FA 3ITHA 1TK5A 2PYLA 2WFBA 3QICA 4J2BA 1D9FA 1WUAA 3CM5A 4GVEA 5HRSA 3PO4A 1JLFA 3OYCA 1RBTA 5F0XA 2LXSA 3KJLA 4OKEA 3FZHA 2YNIA 3AV9A 3O80A 2Z1HA 3A73A 3U4LA 4CJTA 4X62K 4DR2K 4I9QA 1GLJO 4CJRA 1TK8A 4DSFA 4CEAA 3P38A 2O8BA 5DMRA 4BVOA 4IDHA 3LM2A 5AQLA 4FLVA 3MXIA 1A5VA 4ILHA 3KKRA 3Q7BA 4AH9A 1C1CA 1HK3A 1K6YA 5AQTA 4YOTA 3B9MA 2HHQA 3H3NO 1O1WA 3DWLA 2DFHA 3GQXA 2VUFA 4MDBA 3ZEUB 1SV5A 2OZSA 3BZKA 4NLCA 4A2AA 5AR0A 3KD1E 2YHWA 2KBZA 2E2QA 1HYVA 3OYKA 3UIQA 4BRKA 1OH7A 5GAEP 4BGBA 4X66K 1K8KB 2BXIA 4M7XA 2D4WA 1S1UA 4K2CA 4M3ZA 1S5JA 3OYIA 2OA8A 2YNHA 5FPEA 1LWEA 1XWLA 3RMBA 1XUPO 1C0TA 4KTQA 1HYSA 3O3GA 2FC0A 2KQ2A 3RVCA 5BRHA 4KHQA 1OH6A 4JI8K 5BN9A 3O8MA 1NK0A 3NE6A 1AO6A 1J7EA 1NGCA 3L2UA 3K59A 4E7IA 4H0OA 3CETA 1VQ6N 4IBNA 3THYB 2XVWA 2DBXA 4DMNA 3A5MC 5LMUK 4WQ5A 3M8QA 5HROA 3LALA 2XY8A 5JLHA 1RFQA 3EO3A 2XO7A 2XVVA 3H45C 4CF2A 4O55A 4QS8A 3TWHA 4ZTFA 4PY5A 1S6QA 1BOTO 5AQVA 2JWKA 2OZBB 1EETA 5C0YA 3ATUA 3ZX3A 4O4GA 4LF5K 2LSNA 2A40A 3MMVA 4ISFA 1Q8IA 2IOCA 2YJEA 4B9NA 4CIEA 3THWB 4O8UA 3QNNA 2LQHA 1K8AO 4DHXB 3NVMA 5C15A 3BDPA 4CK1A 3TSUA 4MFBA 3LU6A 2E88A 4JRPA 5AZJA 2YX6A 2CGKA 2NLXA 3OTOK 3SV3A 4FJKA 5GIOA 4EZ9A 4PO0A 2ZQBA 4FZXC 2KZMA 3MWPA 2F96A 4H0PA 1NOYA 3DM2A 4CVNE 3ZT0A 3JAMO 4YOVA 2BGGA 3THVA 3VF2A 1QE1A 3P39A 2HBKA 3E66A 4CGIA 4JS4A 1J9AA 1IJGA 4DS4A 5E41A 5C42A 1TKZA 2OANA 5JVHL 4DLGA 2ZJPL 3CHWA 3ZT2A 3AA4A 4A61A 2IIRA 4KHSA 5AQXA 1TKDA 3DLBA 3AA3A 3TABA 2IVPA 5AQQA 1VQ5N 1NK4A 1NBWA 2P51A 1N8RO 2F9WA 3VF4A 3HVTA 1NK9A 1CLQA 2P9LA 3CPWM 1YJNN 5J1EA 4FLXA 1ZC6A 5AQPA 1QHTA 3GOIA 3LDOA 1LOTB 5HLFA 4ZBRA 4A57A 3AARA 4IJAA 3HJFA 5AQSA 5BR9A 2K0NA 3DXKB 1OVYA 4H0XB 3HP9A 5KRSA 3W0LA 3HTVA 3CQXA 1TXUA 5GADP 3SQJA 1J53A 1S1TA 3R1XA 5AQGA 4DV1K 1Q81O 2UUCK 3SQ4A 1D8YA 1H1VA 3S41A 3JQZA 1V4SA 3FZMA 2P9UA 4AF1A 4M42A 4BE1A 4OGCA 4DTUA 3RWUA 1HNWK 1MUHA 4KTWA 4L3QA 4CEFA 1E7BA 1TUYA 1NMDA 4WFAL 3AO3A 4JRQA 1BUPA 4BC2A 3SV4A 3O9RA 3DOKA 5KPTA 4FYDA 3G9KD 4CHOA 4M41A 4IZ9A 4Q0BA 3WNFA 4JKDA 4F3TA 3GDQA 1NJYA 4BRDA 3HSCA 2OTLN 2KLAA 3TAMA 3MCAB 1IKXA 2BXGA 2NNWA 2NRHA 1NGGA 5FROA 1MU2A 4MO4A 4CZEA 1FK9A 3CX9A 2D0BA 4IG0A 2QTDA 3ID8A 3KWIA 4F3OA 3AY9A 1IKWA 1NKEA 1DEJA 4NXNK 4CEDA 3KK7A 4ID1A 3IRXA 3K9KA 4IFYA 1UA1A 1UWBA 4N5SA 4FVMA 3O3HA 3CF5L 4JAXA 5FUOA 3J81O 5CZ2A 4ICLA 3NH2A 1BI4B 1KFSA 2Y1IA 4J2VA 4E7LA 3SUPA 5M1KA 2VGNA 5AQYA 2O8DB 1HNVA 2NZTA 2HF3A 2PFUA 3UKRA 5F1XA 1VQMN 2V51B 4PKGA 2HOEA 1I94K 3O4WA 3WUHA 3VQ6A 4DTMA 4BR5A 3NDKA 3DRSA 3HZ6A 2UUAK 4V19S 4CECA 1RT1A 2P5OA 4HGMB 5LJWA 3LP3A 4HUEA 1NG9A 2OTJN 2FBYA 3BF3A 1Q86O 4FK0A 2QXFA 3BY5A 4JKFA 3ASMA 5M1OA 4OLBA 3DRPA 1YTUA 3CJ1A 2D0PA 4BE0A 5K14A 3VPZA 2ASPA 1VQNN 4ELUA 3VQ8A 3DRRA 2VGMA 5CHIA 3RMDA 3R8EA 3HO1A 1CZBA 4JI3K 4F2RA 2LQIA 3HT3A 4C8KA 3DLLL 1ASVA 5FRNA 2EWSA 4BRMA 3G71N 3SAFA 4IO9L 3CG7A 5HBMA 3J7YP 4YDUC 3MAQA 3THXA 4JS5A 3AVCA 4DR6K 3EZWA 3ENOA 3HOSA 3LDLA 3NMUA 1SL1A 3GL1A 3HL8A 4DR7K 4DF4A 4C31B 4OTTA 5AQKA 4FW1A 5JVGL 1JNBA 3C6UA 2YDFA 4BRFA 4K42A 3TTDA 3NF9A 4CHNA 4BE2A 4E7HA 3EYZA 4LH4A 5D7GA 3M3ZA 1T7PA 2QKBA 2HBLA 3LL3A 3V09A 4Z4HA 3TAGA 2I5JA 1JKHA 4L9QA 3VQBA 3LAKA 1QVGM 2O4IA 2HB5A 4LB9A 3JS6A 3UKUA 2IVNA 4JD2B 2BDPA 3ULEA 4FPAA 2HW3A 2OPQA 1WSEA 3KIOA 4CJ4A 1TAUA 4ZTJA 2GX9A 3RRGA 1HYZA 1D5AA 2NRRA 1SZ2A 4ZBQA 2WUSA 4B3RK 1W2BM 1JL2A 1XC9A 1L3TA 4DUYK 1NNEA 4DTNA 3A5LC 2EFEA 1TKTA 3MK6A 2X78A 3BGRA 3E9OA 3QB0A 3D0PA 4KI6A 4CJEA 3DXMA 2QWMA 3G10A 4G9ZA 4EP4A 4M3WA 1NGJA 2Q36A 1BG3A 1L3UA 3H37A 1E7CA 2A5XA 1D4XA 3EY1A 4RW8A 2P9NA 4JK7A 1KAYA 1Q7YO 4ILGB 1I39A 3AVFA 3CCUN 4DQPA 4A5BA 2BXHA 1P8ZA 1GLFO 3HVRA 3U3YA 4NB4A 3SPYA 4BDZA 1ASWA 4BQZA 3WHRA 3CXCM 3H3OB 5IFOA 4KREA 4A5AA 1WBBA 4BDPA 4B9TA 2NUBA 3WNHA 3CJAA 4NCAA 5IWAK 2E6LA 4K41A 1JL1A 3MN5A 1YXQA 3SNNA 4LUFA 4ZCGA 2V7YA 2HF4A 4IJNA 3V6DA 2V7ZA 2Q31A 3ZSQA 3CCRN 2DY4A 4RW6A 3I55N 4DSLA 4MDAA 3LDNA 5AJ3K 5KGWA 3NBPA 3PV8A 1RT4A 3AA2A 4FWMA 3JXUA 3AVHA 4FK5B 2V36A 1S1WA 1EWRA 1BWFO 2XMOA 1VK0A 3VOVA 2E6MA 1WB9A 4ISGA 2GV9A 3O1BA 1KLNA 2O8CA 2E2NA 5IJ5A 1RILA 5FPNA 1NGHA 4BRGA 1QHAA 2E20A 1XNQK 2P9SB 4LF8K 4W5QA 3N4PA 3SMPA 2BXMA 4E1JA 5KPRA 5BPNA 2XVUA 1LW2A 4DWIA 4DCHA 4LH5A 4G1QA 3VA0A 2AGHB 4HCBA 1DTTA 3NAEA 5C12A 1XHXA 5A2QO 1YIJN 2HHWA 1S9GA 2E2PA 4YHHK 3B8AX 2PYJA 4IXCA 4B8CA 3TTCA 2WBNA 2E8AA 5CE3A 2IGIA 4JEPA 1XC3A 3B6OA 4K0KK 3HP6A 1P90A 2D0OA 2NRZA 1ITGA 1LAWA 2Z8IA 2D0CA 1KD1O 2HBJA 3L4QA 3J80O 3JSMA 3M99C 4DU3A 4IW1A 4D7XA 2IC3A 5C10A 3NGIA 1TK0A 3DLGA 3VENA 4MQ3A 5IJFA 4DSEA 4NO7A 4K43A 4JI5K 2YHXA 4KH6A 4AHRA 4O0IA 3LP0A 3EKUA 1Q9YA 4DQQA 1IG9A 1LV5A 5CR4A 4AILC 4CCHA 4FWOA 3ZSYA 1GNJA 2AP1A 2DFEA 3D2EB 1RTIA 3OYJA 3CMEN 4KH5A 2XY6A 1E7AA 3AAQA 3QFUA 3NH1A 1NK8A 3SIUB 1WN7A 3AVKA 3M1FA 4N0UD 4DV3K 3ZT4A 3H6EA 4F2SA 4CZIA 3HOTA 4CFBA 1BCMA 2XHBA 4H5WA 4FZZA 3BPJA 4OGEA 1U6ZA 2DBUA 3FWBC 2W41A 2I7NA 5C25A 2BXLA 2O8EA 4YOXA 2FBTA 2KZZA 3F9KA 5F2RA 4CJLA 4IEEA 2KTQA 2Z8JA 4OT2A 4GDKB 4EIAA 1J54A 2P9PB 3L2VA 3U6FA 4YOYA 4ELVA 4EZ6A 4XEIA 1YJWN 1NT2B 4U67L 3SJJA 1D9DA 3KHYA 4FWNA 5AQFA 2FF6A 1A5WA 4ZHRA 4X64K 3ZSZA 4AHTA 4H03B 3SK3A 4DR1K 2YKMA 2YCHA 2YHBA 2VQEK 3V9XA 1BDGA 1QVFM 4IWVA 4KTZA 4EHTA 4TQ0A 1QS4A 4FWKA 3SUNA 3PY8A 1C0GA 3CCVN 3QIPA 3ZETA 4WFBL 4CGGA 3ULDA 3LPUA 4M3TA 1BQNA 5SWMA 1LWFA 3DMJA 4YOWA 3M6GA 2KFZA 3AVGA 1W7AA 4BC5A 5M1NA 1K9MO 3M8PA 4M63C 3RTVA 3TI0A 3AVLA 4B3MK 3KLGA 3SQ2A 1RDBA 1EKEA 3SPZA 2F8TA 3PLAA 3NGYA 3CFPA 3ECPA 4WA6B 3LPTA 1HX1A 3OYAA 1JCGA 1BHLA 5DK5A 3R6MA 2BXOA 1IO2A 3V03A 4CGJA 3VEWA 3K5NA 3AO4A 1GOAA 3QNOA 4FK4A 4C8OA 2VUEA 1Q18A 1CXQA 3TTFA 4A62A 1MDUB 3ALYA 1HPZA 1SQKA 3ULEB 3VGKA 1NU0A 4GV9A 4CEZA 2Z1IA 3SUOA 2O8FB 2W42A 4C23A 2PBDA 1IBKK 4JI1K 5MLCQ 2CH5A 3CQYA 4CESA 3BEXA 3NF8A 3KK2A 1B9FA 4E1MA 4C1NI 4CE9A 4IOAL 3G0ZA 1VQ8N 4CZHA 2YNGA 4BRHA 3HI0A 2JWLA 5HOZA 3ENBA 4IKFA 3OHRA 2HHSA 1RDCA 4JHDA 3CCLN 3MEDA 1NGDA 1HK1A 3QDKA 3FFIA 3BZCA 5AQWA 1RDDA 3J8AA 2LXTA 2EFCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BY9 C;  3NVM A;  3NVI A;  3NMU A;  3GQX A;  5GIO A;  3PLA A;  5GIN A;  3NVK A;  1NT2 B;  2OZB B;  3SIU B;  3ICX A;  3SIV B;  3GQU A;  2NNW A;  3T7Z A;  3ID6 A;  5GIP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CYM A;  3CCM N;  3D2F B;  3ISN C;  3MHS B;  1S1V A;  4GKJ K;  3E1Y A;  1X9M A;  3RMC A;  4TQ1 A;  4RTF D;  1NGB A;  1TL1 A;  1KAX A;  4JKG B;  4FL9 A;  4N47 A;  4BDY A;  4AQY K;  1MWM A;  4NXM K;  2F4V K;  4LY7 A;  3QML A;  2HNY A;  2Q1N A;  4CGD A;  5GIP A;  3VQQ A;  4S1Y A;  3I56 N;  2OPP A;  3ZX2 A;  1QQO A;  2PAV A;  2QI2 A;  3WEE B;  4Z9O A;  3OY9 A;  3SMS A;  1NWK A;  3T3F A;  1X1P A;  4NCG A;  3VEO A;  1HQE A;  4FLZ A;  3TAN A;  3L2W A;  4O0J A;  4B08 A;  1M90 O;  1RTJ A;  3RMA A;  1TVR A;  2YI1 A;  4JLH A;  1RT3 A;  4BRI A;  1TYQ B;  1ZBH A;  3F5T A;  4PHT X;  4NYF A;  4LUH A;  1N5Y A;  2CGL A;  3MCP A;  5AQM A;  2ITM A;  5AQH A;  5KRT A;  1KW2 A;  4F8R A;  1L3S A;  1MA9 B;  1VQP N;  3RSE B;  4HTU A;  1YVU A;  3A5O C;  3VQI A;  2QM1 A;  2WOM A;  4JK9 A;  2RKI A;  3S9H A;  1U04 A;  5FPD A;  5FPM A;  1L3V A;  4BRC A;  3V1R A;  1NKC A;  3F73 A;  3V1O A;  3KVG A;  1U2V A;  4BR9 A;  2VYP A;  4CGF A;  1KVA A;  4W4U B;  4I6M A;  3QFP A;  4DV0 K;  3OA9 A;  1S72 N;  4L9K A;  3LP1 A;  4CFA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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