5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
5GIPA 3ID6A 3NVMA 3PLAA 4BY9C 3NVKA 5GINA 1NT2B 3T7ZA 3NVIA 5GIOA 3SIUB 2NNWA 3SIVB 3ICXA 3NMUA 3GQXA 3GQUA 2OZBB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KFDA 3H6EA 4TSXA 3KIKA 3AVBA 4IFVA 1K73O 2DBXA 1UAXA 3O3GA 2IAJA 5KPRA 1YITN 3BDPA 2E8AA 4KAZA 3O9TA 3UKRB 3J7YP 4CK2A 1GNIA 2OPPA 1HJRA 2P9LB 4EHUA 1IKWA 4KO0A 1VSHA 3ULDA 2ZGYA 1UA0A 1S6QA 2AA4A 3AO3A 4YORA 2NRXA 1LOTB 3T1YK 1NM1A 3VEYA 3FZHA 3NAEA 1NGIA 4B9SA 3THYB 1TK0A 2B6AA 2O8BA 1W7AA 2ZQBA 1HA2A 1MIVA 2O8EB 3M8QA 1J6ZA 2KFZA 4ZUXV 4CK3A 3CG7A 3F9KA 3SBTA 3RTVA 4F2RA 2BXIA 1BJ5A 2B5JA 3VOVA 2CGKA 3IFRA 2HVHA 2YHAA 4JK4A 2NRWA 4CJLA 4JHDB 4FJCB 5KTQA 3KJLA 1YVNA 1T3VA 4CIGA 2EHGA 4MDAA 2EFCA 1RT4A 2E1ZA 3JRYA 3U6FA 4Z4EA 5CY4A 2EWSA 4BG8A 4JK9A 2HMPA 3O80A 1N5YA 2JLEA 4Z4IA 4NLCA 5C2DA 1CLQA 4DS4A 3RMDA 1C0TA 2HOEA 3ZETB 1T05A 5IWAK 3GDQA 4EMXA 4O8UA 5HRNA 3SQJA 1BI4A 4KB0A 1T6DA 3T19A 1HUXA 4F9OA 3HM9A 1KQSM 3MN7A 5FPMA 1QSSA 4CD3A 1HK4A 1ZBIA 4BRCA 4BR7A 3ID8A 4KPYA 1TGOA 3KLIA 3MHHB 1RT6A 4BVOA 3ZT4A 4IEIA 1GOBA 4IW2A 3CJAA 5KQDA 2BXFA 4FLYA 2QEXN 4C1NI 5TKYA 3VQBA 3CPWM 3L6QA 4O0IA 4CFBA 4BDYA 1HNVA 4M7YA 4RTFD 4ZTFA 2P9NB 3SZ2A 2QA4N 3A5MC 3EY1A 1FK9A 3P4IA 5AQZA 4A62A 3P1GA 3L2VA 3A0IX 5HL7L 4HHTA 3ZX0A 4DMNA 4DV0K 3HPOA 4LF5K 3O4NA 4QS8A 1TVRA 2IGIA 4HWIA 4FK5B 5J2PA 1BQMA 2BGGA 3BY5A 4YDUC 1RDWX 2XY8A 4XH5A 1NJZA 1WNSA 1S5JA 2P5OA 4H0TB 1LAWA 1A5XA 1KDXA 4JYAK 4PQUA 2PFUA 2RE2A 1BISA 3U3GA 4CHNA 4CEAA 3CFOA 3VPZA 3V08A 3M99C 3M1FA 4B8CA 3QEPA 3CX9A 5AQOA 2PY5A 1J78A 3SQ4A 1TK5A 4B1ZA 3RRGA 4M3UA 4N0FD 4E7KA 4IO9L 3TARA 1IKYA 5IJEA 2IC3A 1IBMK 5FPEA 1KSPA 1XMOK 4EFHA 1E7IA 2HW3A 2HBJA 3HSCA 4DQPA 2KHOA 4CEEA 3SQ1A 2AJQA 3JSMA 3J7ZO 3VQ8A 4DV5K 3M3ZA 3NH1A 2D0OA 4PKHA 3RMBA 1TXUA 1VAZA 4YHHK 1V4SA 3CJ9A 3THYA 3KVGA 2QWQA 1JLQA 3HT3A 3FZFA 1KLMA 2OANA 3RSEA 3FZMA 4DSLA 2P9LA 1EKEA 3GQUA 4KHUA 4Z9OA 1NJYA 3CCMN 4EAHD 2VGNA 3OYCA 1RBRA 5AJ3K 4C8KA 3O08A 4EP5A 4BRHA 3IS9A 4CK1A 3OYDA 3KWGA 4IOAL 2A41A 2UXBK 3PO4A 2YHBA 2E6MA 3WXIA 2NZTA 2W42A 2NRRA 1N36K 3SAGA 5E84A 1HPZA 5F1XA 4M70B 2BE2A 3OW2M 1VQ4N 2LQHA 5ELZA 4CJ7A 2I7NA 1ZXOA 4K25A 4FWRA 1Q7YO 1U04A 4O8KA 1SL0A 3DAWA 4M3YA 4AHRA 4CJTA 1UWBA 1HX1A 3LL3A 4JV5K 3PV8A 4MDBA 1OH5A 1X1PA 1EWRA 2GTDA 4CHPA 3WT0A 5FLXO 4DV4K 3RMAA 5CYMA 4E7JA 3NF6A 3OBWA 2KW4A 3F73A 1VQ7N 4PKGA 3GBTA 1W9HA 3G4SN 4LH5A 3ECPA 2QWMA 4BR5A 4AHTA 4A61A 3UKUB 3HP6A 3ID6A 1MA9A 3DLLL 3AAPA 4CJFA 3WNHA 3CXCM 4DTRA 1T03A 4YY3K 2P9KB 4B1YB 4W4UB 4L8UA 4H0OA 4FJNA 4EP4A 4MBEC 2UUBK 3C6AA 4Y1DA 3LAMA 4IXCA 1ATRA 2YJFA 4B3RK 1TV6A 3A8YA 1D9DA 3PO5A 5LMNK 3I33A 5EU7A 4CFAA 1SKWA 2LQIA 5GIOA 4F2SA 3SPZA 4FK2A 1NBWA 4DQRA 1D9FA 4CJ4A 1EP4A 5BN9A 4OPJA 5DBYA 3V9WA 4BRFA 4WF9L 2H3GX 4CJUA 4DLGA 1C0FA 4BROA 1VQ6N 1MA9B 3ATUA 2BXKA 5JVHL 3UKUA 4BDPA 3VESA 4F4KA 2I30A 1EX4A 2JGUA 3NF7A 3HOSA 3V9UA 4FJGA 3ISNC 2HHVA 1RILA 1MU2A 4CEFA 3NVMA 1QSLA 3I0SA 1WBBA 1NGAA 4JEPA 2YJEA 4FO0A 1RT5A 2P9SA 3D2EB 3VF4A 4KTWA 4CCHA 4QCLA 4IO8A 1M90O 4Q0BA 5EXWA 2NNWA 1TUYA 3NMUA 3ZETA 2FBTA 3FE1A 4DFPA 3VQ9A 2DFFA 3V81A 4HGKA 5FDLA 2GEMA 1HK1A 2E4LA 4DV3K 1E7CA 2Q36A 4CGJA 1QE1A 1QS4A 3SBGA 1LCUA 5FPNA 3V1RA 4IFEA 2XO7A 4B1XB 5BR9A 4ILJA 5HBMA 2K0NA 4CFDA 2BX8A 1WSGA 4W5RA 4I9OA 3VGMA 4CJKA 2QK9A 4F5VA 5CE3A 5E41A 4Q5VA 2E2PA 3H46O 1OH7A 1HYVA 1UOCA 3H08A 5JLHA 1TKZA 3NDKA 3BUZB 2XVWA 2E2NA 3O9UA 5M1KA 2E20A 3DM2A 3HSTB 4NCAA 3LM2A 2HMIA 4HTLA 2F4VK 5AZIA 5M1OA 3H45C 2UXCK 4F3TA 4Z4GA 2A40A 3VEOA 3S9HA 3LDOA 1YIJN 4F8RA 1G15A 1YUWA 3C6UA 5FUOA 4DR2K 1QVFM 1RBTA 4OGEA 3K57A 3AVCA 4AM6A 4B9QA 1YTAA 4CJVA 1LAVA 3HJFA 5AQRA 4R5PA 3KLEA 1RTJA 4DG1A 4DSIA 4IWVA 4LA0A 4K71A 2FBXA 1LV5A 4XIUA 1JCGA 1E7BA 3SV3A 3DYAA 1NGCA 2OZBB 1QVGM 1N5UA 1C1CA 3H3OB 4JK8A 4OT2A 2QWPA 1Q8IA 2O4IA 1RTHA 2P9SB 4LB2A 3MXMA 1RNHA 3HYFA 3VQ7A 1IG9A 3KTQA 3CJCA 3TWHA 4OPAA 2KQ2A 2P9IA 1FXXA 2F96A 5KRTA 3HVRA 5KGXA 2YHWA 4MO4A 1U6ZA 3G25A 4AILC 3K0SA 4N56A 5B8HA 2ZM6K 3QERA 2VYPA 1SB0A 3CCEN 1Z05A 3NHGA 4FJHA 4NCGA 1BUPA 5KRSA 2ZF5O 1A5VA 4BWMA 4M45A 1CXQA 1U2VB 3OYIA 4DR3K 1NLVA 2NUBA 4GG2A 3KZBA 4OPHA 4FJIA 4B3MK 4OJRA 4WQ5A 2BH1A 2BXHA 3AVJA 2WOMA 4FIPB 3O9QA 3QBXA 2QWRA 4JI4K 5C2FA 2JUHA 1IO2A 1N8RO 4FVUA 1I94K 3WHSA 3AVAA 4I9QA 1KAXA 5J1EA 1TYQA 3H1QA 1GLFO 2GX9A 1QQOA 4H8KA 3UIQA 3R9PA 2B4JA 4FVMA 2OCEA 3E9LA 1Q18A 3P31A 3C95A 4DHYA 4GVMA 3HP9A 3WQUA 3L2UA 4GDXA 3CM6A 2EFDA 4BR2A 3RR8A 4BRKA 4B9TA 3MCAB 4FJMA 4CBUA 1B9DA 1KVBA 1TUUA 4B8AB 4FWPA 5C25A 4CW7B 4FSVA 1W0HA 1QQMA 4BACA 4EHTA 4X65K 1U4BA 4B3OA 2DFEA 4JRQA 3B8AX 1Q9YA 4UY8O 3VTIA 4WQ4A 1KW2A 3ZEUB 3OYMA 5JMVA 4JKDA 5F2RA 1YXQA 4IEEA 4HCCA 3BPJA 4ILGB 1L5UA 3K9KA 2VUFA 2P9PA 3PIPL 1C0UA 4CF8A 4JLHA 1YJNN 3LDQA 4PL8A 1RDCA 3D45A 5BRDA 4F5TA 4CGDA 4KI4A 1Y64A 1HLUA 1JL2A 3GG4A 1HNXK 1VSDA 4DR5K 4CE9A 4N41A 1B92A 1NKBA 2GWJA 4EZ6A 5EY4A 3SCXA 3L3VA 4MQ3A 4U7BA 3M6GA 1JLAA 3ATVA 1H1VA 1BL3A 3R8EA 4MFBA 3KK1A 5C42A 5H1SQ 4DV6K 3BGRA 4GW6A 2WONA 1ZC6A 3KIOA 2VWJA 5HLFA 1U47A 2YV0X 4BC3A 1QQNA 4YDUA 5AQSA 3UB5A 3V9ZA 3VENA 4FWOA 2OTJN 3KK7A 4B1VA 4HUFA 4BQZA 2NRVA 4CBXA 2QXLA 3THXB 1NG9A 3C7NB 1FOUA 1NK7A 1LWCA 3CCQN 4GDLB 5IFOA 4AF1A 4CZGA 1NK6A 1RT1A 1VQ9N 2ASPA 4BWJA 3SIVB 3EKSA 4H0PA 4IG3A 2OPSA 4IDKA 4DFJA 3LP3A 3A75A 4OPKA 1MIWA 3B9MA 4N0UD 4CVNE 3WXMB 3OYKA 4ISFA 3VETA 2Z1GA 4KHPK 4DLEA 2V52B 4FW1A 1NGFA 3EYZA 3IDHA 4CF2A 4FZYA 2O8CA 4RW4A 1QQCA 4BRNA 3DLHA 3M8SA 2D1KA 3THWB 4TQ0A 5IJFA 4K8XA 3QBWA 4JI5K 4K2CA 3O5BA 3AA2A 5GINA 2QWLA 3VA0A 1D8YA 3A5NC 2F7TA 4OTUA 3VMFB 3D2EA 1NKCA 4WE1A 4A2BA 4RWTA 2Y1JA 4CZIA 4CGIA 3KJVA 4BG9A 4H4MA 4DR7K 4M3RA 4FLXA 2YKMA 5EOYA 3DLKA 1TKXA 4OR0A 4L9QA 4IKFA 4LF8K 3OTOK 3OYGA 1IH7A 1VQ5N 4FXDA 1MM8A 1DTQA 1YJ9N 3L0QA 2HHSA 1NGDA 3KWIA 4I2QA 4J2DA 5JS1A 3CI5A 3AVIA 3LANA 4E7LA 4K8ZA 2WC9A 1XMQK 4M3ZA 3VN5A 4YOWA 1NOYA 1O13A 4CZMA 1HPMA 1U2VA 2BTFA 2OPRA 5AQYA 3V1QA 4DTOA 3QNOA 1IG8A 3A5LC 3O9SA 1NK8A 3C6TA 4OX9K 1E7EA 1KVAA 4GV9A 4LY7A 2XSIA 3SQ2A 2LXTA 3ZCMA 5DMRA 3BZKA 4U67L 5HOZA 2VCPA 1QHTA 4JHDA 2HHXA 1K6YA 4KHNA 3LP1A 5CHIA 4Z4CA 1ASVA 2DBWA 2E2OA 2Q3SA 4O4GA 2YDFA 3F9MA 3IMXA 3D0PA 1HQUA 4JD2B 4G04A 1RDAA 1KTQA 4OVLA 1P90A 4C8NA 4FLZA 4DTUA 1ASUA 4N47A 1BCOA 1GLAG 2Q97A 5AQLA 5JLFA 2ROHA 3ZSQA 2G8HA 3C7NA 4JNEA 3CCLN 4J2VA 3VQ6A 2ATQA 4DSKA 2HHQA 4CHZA 3C94A 3ZSRA 2HF3A 3MHSB 4X66K 3SNNA 5BREA 2BXAA 3VGLA 3SLCA 2G8FA 3S3NA 3ZSVA 4GKKK 1UORA 2JWLA 1HK3A 1S1WA 3PX0A 1X9MA 4DQIA 4PHTX 4WFAL 1LW0A 4OLAA 3MEEA 4GMJB 1DKGD 4GDKB 5I42A 4KH5A 2QWNA 3KLFA 3MCPA 1BA1A 1W97L 3BEXA 3SUOA 4KKOA 5BPMA 3M5RA 1E4GT 3LDNA 1NGHA 1H9ZA 4ELUA 1WBDA 4CI6A 2XY7A 4YOVA 4FOIA 3VEXA 2KBZA 4JAXA 1TL1A 2UUCK 3CFRA 3AO4A 3HL8A 3MX5A 3WHRA 3ZEUA 3NH0A 4BE0A 4LUHA 1CZ9A 4M41A 5AR0A 3TAFA 1ITGA 3DRSA 2QM1A 4G1QA 4ZBQA 4N76A 5LY3A 2X74A 3Q7BA 1J54A 5IJ5A 2IOCA 2BUPA 4J8FA 2XW0A 4FWMA 4DTMA 3VQIA 3HM8A 1J5OA 4H5TA 2BXMA 4LFAK 2Y1IA 4ELVA 2YHYA 4I2PA 5JS2A 2E0YA 2A6AA 2E1YA 3LDPA 4BGAA 1M1KO 4BR0A 3TAMA 1NK9A 2Z8KA 4IFYA 1S72N 2FSNA 4ID1A 3RRHA 2CKXA 5AQJA 3H1VX 4DFMA 4R79A 3GE1A 1CZBA 4OKJA 3TABA 4ZCGA 4D7XA 1Q81O 1HK2A 4GKJK 1D4XA 1VSFA 1GLDG 3FFIA 4E1NA 4WQ4C 1VSLA 3K2PA 1BQNA 1VSJA 3VTHA 4CEZA 1XNRK 1WB9A 3CJ1A 3B6OA 4BKEA 5HP1A 3RWUA 1N33K 1DGKN 3JS6A 5M1PA 4BRLA 4H5WA 4BDZA 1KCFA 4FM2A 2O8FB 4B1WB 3CMAN 5GAHP 4H0XB 5IT9O 3B9LA 1I3AA 4CJEA 1RBUA 4N3ZA 4M63C 3VEZA 3SV4A 1BG3A 3D6RA 3VQ5A 4JS4A 3CC4N 2BANA 4DFKA 3CJ7A 3NGZA 4IOCL 1BA0A 3LU6A 3CIPA 1ATNA 4PO0A 3TTCA 4DF8A 1XC3A 4FZZA 2O8CB 4DUYK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GIP A;  3ID6 A;  3NVM A;  3PLA A;  4BY9 C;  3NVK A;  5GIN A;  1NT2 B;  3T7Z A;  3NVI A;  5GIO A;  3SIU B;  2NNW A;  3SIV B;  3ICX A;  3NMU A;  3GQX A;  3GQU A;  2OZB B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KFD A;  3H6E A;  4TSX A;  3KIK A;  3AVB A;  4IFV A;  1K73 O;  2DBX A;  1UAX A;  3O3G A;  2IAJ A;  5KPR A;  1YIT N;  3BDP A;  2E8A A;  4KAZ A;  3O9T A;  3UKR B;  3J7Y P;  4CK2 A;  1GNI A;  2OPP A;  1HJR A;  2P9L B;  4EHU A;  1IKW A;  4KO0 A;  1VSH A;  3ULD A;  2ZGY A;  1UA0 A;  1S6Q A;  2AA4 A;  3AO3 A;  4YOR A;  2NRX A;  1LOT B;  3T1Y K;  1NM1 A;  3VEY A;  3FZH A;  3NAE A;  1NGI A;  4B9S A;  3THY B;  1TK0 A;  2B6A A;  2O8B A;  1W7A A;  2ZQB A;  1HA2 A;  1MIV A;  2O8E B;  3M8Q A;  1J6Z A;  2KFZ A;  4ZUX V;  4CK3 A;  3CG7 A;  3F9K A;  3SBT A;  3RTV A;  4F2R A;  2BXI A;  1BJ5 A;  2B5J A;  3VOV A;  2CGK A;  3IFR A;  2HVH A;  2YHA A;  4JK4 A;  2NRW A;  4CJL A;  4JHD B;  4FJC B;  5KTQ A;  3KJL A;  1YVN A;  1T3V A;  4CIG A;  2EHG A;  4MDA A;  2EFC A;  1RT4 A;  2E1Z A;  3JRY A;  3U6F A;  4Z4E A;  5CY4 A;  2EWS A;  4BG8 A;  4JK9 A;  2HMP A;  3O80 A;  1N5Y A;  2JLE A;  4Z4I A;  4NLC A;  5C2D A;  1CLQ A;  4DS4 A;  3RMD A;  1C0T A;  2HOE A;  3ZET B;  1T05 A;  5IWA K;  3GDQ A;  4EMX A;  4O8U A;  5HRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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