5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
b'KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
3T7ZA 5GINA 3NMUA 3NVIA 3GQUA 3SIUB 5GIPA 3SIVB 3ID6A 1NT2B 3ICXA 5GIOA 3GQXA 3NVMA 3NVKA 2OZBB 4BY9C 2NNWA 3PLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HQUA 3VQ6A 2W6LA 4DU4A 2AA4A 3AO4A 3DOLA 4PUOA 4BDYA 4DM0A 5HBMA 3RTVA 1T3VA 2HF3A 1JLAA 3THWA 2P9SB 4IOXA 1MU2A 3ZT2A 5AQTA 1L3VA 3VF4A 4JKAA 2VWJA 1IJJA 1HPZA 2PFUA 2QWQA 1V4TA 4HWIA 4CJSA 3ECPA 4YOTA 4HUGA 3EZ5A 3DAWA 3Q7BA 3ZEUA 4QCLA 1BCMA 3C6TA 2YKNA 4EZ9A 1X3NA 2HSTA 3OJSA 4M3RA 4EHTA 2PAVA 3K5MA 1RDCA 3KIOA 4AH9A 2IIRA 4JS4A 4B1VA 1SKSA 2NRHA 4JYAK 5C12A 1VAZA 4PQUA 4CJQA 1UAXA 1YVUA 4NCAA 4JKHA 2DYOA 4BWJA 2KFZA 3K5NA 4CK1A 1BI4B 1VSFA 3FLCO 1YVNA 2P5GA 2VYPA 3WT0A 3O1BA 4XEIA 4B3RK 4C31B 4K2CA 2X6NA 4JI0K 2J4RA 4TQ0A 1HR0K 2P9PA 4Z4GA 1E7FA 3H3OB 3L2RA 4UY8O 3ZT4A 5I42A 1D8YA 5KQ8A 4KB0A 3KJLA 2FXUA 3VMFB 4H0YB 4CZIA 1S6PA 3SPZA 1B9DA 1N5UA 1OVQA 3AVCA 1CXUA 3ASMA 5AQZA 2O8FA 1TVRA 5H1SQ 4NB4A 4KB1A 4WFBL 2AJQA 5A2QO 4Y1DA 2BXBA 5IJEA 5EXWA 3HT3A 2GELA 2Q1NA 3QFUA 2XHBA 1TXUA 2BXCA 1U6ZA 4KI4A 2QWNA 3M6GA 3V08A 2E2PA 3EE8A 4RW6A 2F8SA 4B1ZA 3OS1A 4CGIA 2NZTA 4FLXA 1TKDA 5FRMA 4A62A 3OW2M 2P51A 1K8KA 3P31A 3KK7A 1S6QA 3QESA 4RW7A 1VSLA 4CFCA 4NXNK 3B9MA 3TANA 4W5TA 2OTLN 1Q8IA 3CJCA 2HHTA 2ZJRL 4BQLA 1FXXA 1TKZA 4GV6A 4DMNA 4WFAL 4C8KA 1HJRA 3RSEB 3RWUA 4ILGB 2E6LA 1NMNA 3NVKA 4DSLA 3RMBA 3OA9A 1NJYA 3RRGA 3NF6A 2ZD1A 5AQFA 2QKKA 1KRPA 2BXGA 2PYJA 3NF8A 3SJHA 1RDAA 3ATUA 3BGRA 3P83D 3VQ4A 4NXMK 4GV3A 4IOAL 1E3MA 2HNDA 3LM9A 5D7GA 2IAJA 3EO3A 4FOIA 4BRGA 4BRQA 1RBSA 5BPMA 3LU7A 1SKWA 3O4NA 3DLLL 5BPKA 1QZ5A 1QHTA 3CC7N 1QSLA 1HX1A 4CGHA 5HRNA 5HRSA 4FWRA 2BXMA 4TQ1A 4OO1J 5GINA 1REVA 1RBUA 1MIYA 3LZJA 4KHUA 4F3TA 4Z0UA 2NNWA 2HHQA 1YJ9N 4ELUA 2HVHA 3GDQA 4DF4A 5HP1A 1GLJO 3CJ9A 4B9SA 4FWSA 3WXJA 2NRVA 2BUPA 4PHTX 4CBXA 3SNNA 1BJ5A 2X74A 1T44A 2QKBA 1RT6A 1E4GT 1WAFA 3SBGA 4NCGA 2OPRA 5J2QA 1RDBA 3LALA 1Z6RA 5ADXA 1NOYA 4FWNA 3O6WA 1S1VA 1TUYA 1NJWA 3C0BA 3H1QA 5CY4A 4PL7A 1HMVA 4G1QA 5LJVA 3AO1A 4ZCGA 3C6HA 3IG1A 4CF9A 4H5TA 3VQBA 1BDGA 4FLZA 3BUZB 4JI3K 3BDPA 2BGGA 4IJAA 4JKBA 4EZ6A 4QS9A 3MWPA 3SQ2A 2YJFA 3QFPA 2XVWA 2E8AA 3V9WA 3WEEA 1NBWA 5HOZA 3ZETB 2E2QA 4F9OA 1BIUA 2QM6A 1HQEA 4DR2K 3IMXA 5KGXA 2VGMA 4DQIA 4DTOA 1KVAA 4FVMA 3K2PA 1IKXA 4BC5A 3GG4A 3H3AA 4E99A 1QQOA 3QIPA 3AVJA 4FJIA 3NH0A 1KCFA 4JI7K 2P9KA 1HNZK 3SQ0A 4X62K 3TTDA 1WSHA 5C0YA 1XC3A 3CC2N 3M1FA 1BO5O 1VQ4N 3FWBC 1HLUA 2HHWA 2BDPA 4FJLA 4A61A 4F3OA 2DTUA 2JUHA 1YJWN 4BWMA 4BRKA 4DU3A 4BGAA 3AVAA 2O8DB 4PKIA 5AQQA 1KVBA 3D45A 3ZSRA 4CJ7A 5J2PA 1WB9A 4KRFA 4DQQA 1TAUA 2O8DA 3VA3A 1IG9A 1NGDA 3JYTA 4FIPB 1NK8A 2G8IA 1HYVA 3B8AX 3QINA 1WOQA 1MWKA 3KLIA 3ZT1A 3U9ZA 4DTJA 4BE0A 4YOUA 3CCMN 5F0XA 4CJ4A 2OZMA 3ATVA 4CJPA 2G8UA 3THXB 2E5LK 3H6EA 4DV7K 4CGFA 4YDUA 1MDUB 4CJVA 2O8FB 1RILA 1U47A 3FFKB 1J6ZA 1T6CA 3BZCA 4J2EA 4CI6A 5BPNA 2KWFA 1BU6O 4B1WB 4MQ3A 4I9QA 2ZGZA 4NYNA 2GTDA 2P9LA 2XMOA 3VQIA 3S9HA 3MECA 5FDLA 3NH2A 3U4LA 1Q86O 4JEPA 4IDKA 1U2VA 4BDPA 2K0NA 1CZBA 4LB9A 3GL1A 1UA1A 5CYMA 4FLUA 1O13A 4E7IA 2R7YA 1ZBUA 3DI6A 4IG3A 3PIOL 3EKSA 1DT9A 3H3NO 5HL7L 1WSIA 1OH5A 2PBDA 4KH6A 3O3FA 5FUOA 5HRRA 2ROHA 4X65K 2XY6A 4EIAA 1B92A 1S9EA 3CJ1A 5LL6Z 4RTFD 4FWOA 3I8DA 2OANA 4M70B 3LP2A 4RW9A 4DUYK 2UU9K 4JK8A 1T6DA 2DFFA 1MIVA 1QQCA 4DHXB 3AO5A 3IRXA 1VSKA 1XHXA 3JSMA 4F2SA 5AQXA 3CJ7A 1H1VA 1JLCA 2XRIA 3CM5A 1JXBA 2OPSA 3HJFA 4CJTA 1XMQK 2V52B 1BQMA 1LNSA 2FSJA 4YOYA 3DJCA 5CR4A 1BI4A 2O8EA 4EAHD 1A5WA 3W1SA 4Z9OA 1YUWA 3PX4A 3AGKA 4AHUA 2DFEA 3RMDA 1M90O 4PL8A 4W5OA 4B1UB 3P38A 3F9KA 3TI0A 2D5RA 3I56N 1Y64A 3VQ7A 4NYFA 1BGXT 4JD2A 3THYA 1VQ5N 1GNIA 4LFCK 1BISA 4LC9B 2GUPA 2BXIA 4LSNA 5DMRA 4DTMA 2OPQA 3AGRA 2ETJA 4OLBA 3CCRN 3ID6A 1M1KO 1J53A 4Z94A 4ISEA 2KZMA 5AQPA 3ICXA 3SLCA 4E1NA 1GOCA 1R0AA 4YNQA 3NHGA 2H3GX 1S22A 2HHXA 1K8AO 4H5WA 2RPIA 3VGLA 3F2KA 4Y0WA 3Q7CA 4BRNA 3VERA 1HK4A 4NCBA 1J78A 4BR5A 3SMSA 4BRMA 2P5OA 2LQHA 3J80O 3WXLA 4Q5VA 4IO9L 1N8RO 1E78A 5BR9A 1IJGA 3WXKA 5DM6L 4KREA 3WHRA 3R1XA 4OKJA 4MDBA 4DSFA 2YHBA 2GUIA 3OTOK 4MFBA 3IUCA 3I55N 2KQ2A 4JN4A 3O4QA 1QZ6A 2Q2RA 1N33K 3CETA 3HPHA 1ZBHA 2D0CA 1E7GA 1VZSA 4JS5A 4XH5A 3DRPA 2D0AA 2KKZA 2JWLA 4FWLA 1T03A 4YORA 3RSEA 4DR6K 1XHZA 1IH7A 4DQPA 3MHHB 1TK5A 4FJJA 3A5NC 3EZWA 4CJFA 1TYQA 4FSVA 4KFBA 3D2EB 1T05A 1Q9YA 2I5JA 2BANA 4K43A 4KHSA 4CZKA 3ZSXA 4DTNA 4XH4A 1JCGA 3VEZA 1MA9B 4ZC6A 1K73O 1EX4A 3LP3A 1LW2A 4D7XA 3HTVA 3G71N 4C8OA 3AA3A 4BVOA 4DSIA 4Z4FA 1YF5L 4FK5B 1JCEA 3WXIA 4CHZA 1ZBLA 3VGMA 1ZC6A 5JICA 3HZ6A 4B8AB 3UKUA 1N32K 1W7AA 2QXLA 3LU8A 1VRUA 4IZ9A 1L3TA 3HSCA 4CIEA 2X6SA 3EE9A 4H0TB 3OYKA 1TF0A 4NLCA 3A2FA 5AJ3K 3MXIA 2VWBA 3KD5E 3K0SA 1Z26A 4BC3A 3NVMA 1KFDA 4OPKA 4CHNA 3QERA 2RF2A 3VQ5A 3W0LA 1F21A 3EN9A 1TL1A 5AQUA 4CZGA 5IFOA 2HBLA 5IIUA 3N4PA 2Z8KA 3WXMB 4BRLA 3ZCMA 4KV8A 3L6QA 3AO2A 5J1EA 3ZX3A 1C0UA 1GLFO 5AZIB 1S1UA 5AQVA 1NKCA 3KKSA 3V81A 3HPGA 4B1XB 1W2BM 5AQWA 4DV0K 4LF4K 3DXKB 2KBZA 4A2BA 4MDAA 3ZT0A 3ULDA 3E9LA 3GOIA 3NAEA 3NBPA 1KVCA 1L3UA 4JHDB 1VQ6N 3CXCM 4CCHA 4H5VA 4CEZA 2WC9A 1NWKA 3OYJA 4R79A 3PX6A 2W41A 5JVHL 4F5UA 3PX0A 3ZEUB 3SYZA 2YI1A 2YNHA 2Q36A 3FZLA 3KHYA 2P9KB 4KAZA 4U67L 4CJ5A 3ENOA 5C2FA 3CC4N 1NOZA 2BH1A 4B3MK 2WONA 1I3AA 2F96A 4CZFA 1BKEA 4DSJA 2UXCK 3CCQN 5J2NA 5FPMA 1NK5A 4CHYA 1WBDA 2HW3A 1NU0A 3V9UA 4W4UB 3T69A 3IKMA 3SAHA 2YHWA 4LY7A 5GIOA 1OVYA 4IFYA 1YT3A 2ATQA 1TK0A 4DR5K 1HYSA 4CZJA 3FFIA 3VN5A 3OYMA 2YNFA 3BP8A 1NK9A 1Q18A 4A57A 3VQDA 2P9LB 1I94K 1R59O 4BR0A 3NMUA 5BRHA 4QOZB 3TAPA 1WNSA 2IC3A 1BIZA 3L3VA 1VQ8N 1NGHA 4Z4HA 1NGJA 2XY8A 2YJEA 4KHYA 3M8RA 3CERA 4FJ5A 3LP0A 5CHIA 4H0PA 4ZBKA 3NFAA 3ZSOA 1UOCA 3OS0A 5KRTA 3A75A 4CF1A 2GV9A 2OCEA 3OBWA 2GEMA 2QW9A 4LB2A 4I6MA 4H4MA 3TTFA 1XWLA 2IGIA 3K57A 5JS1A 1LWCA 2EHGA 2Z1GA 2DBXA 4FZXC 5AQYA 5FPEA 4CJWA 4E7HA 3UIVA 2QHBA 3P4IA 3FZHA 4FL9A 2HHHK 1H5WA 4WQ4C 3HM8A 4J2BA 2NQOA 3SK3A 5GHKA 4CERA 1OKJA 4DR4K 4FJKA 5CE3A 1C0GA 2JGUA 1RNHA 2EFEA 4GNIA 2A6AA 1D5AA 1KAYA 1C1BA 4N47A 4E89A 1A5VA 3TPQA 3OYAA 1MWMA 1MA9A 5C24A 4FJ7A 2NRTA 2DPNA 2BTFA 1SB0A 4E1JA 3VQ8A 4B3TK 1X1PA 4B9MA 1RDUA 3ITHA 2E2OA 1NK6A 5KPRA 2I30A 4HCBA 4CJEA 2VUFA 3TAGA 4CBUA 2HNYA 3LDNA 4L3QA 4FJNA 2UXDK 4HUFA 3CYMA 2FBXA 4KTZA 5AQOA 5M1NA 4E19A 4DTSA 3SIVB 5C25A 3DXMA 4R5PA 4A2AA 1XI1A 4JKCA 3LWMA 1JLBA 3SQ1A 2QWPA 1JL2A 2XVVA 3HL8A 4BQZA 4HGKA 1CXQA 3DLRA 1HNVA 2QWRA 4KHWA 1C0FA 3E9PA 1I39A 4NO7A 3GA9L 3PIPL 2YNGA 4BRPA 4CHPA 1SL0A 1XMOK 3NF7A 4XIUA 4JI1K 4KPYA 2G8WA 1ZBIA 1OH6A 3SQJA 3BPJA 4A5AA 3V1OA 1HKGA 1VQPN 4CZLA 3K9KA 2P9UB 4KH4A 4EHUA 5B8HA 3V03A 2ZWHA 3CCJN 4CESA 4U7BA 1GLAG 1AO6A 3DXKA 5CYQA 4LA0A 4LUHA 2NRWA 1NK4A 1XUPO 1WUAA 1SUQA 1NKBA 1WSJA 3QEIA 4IXCA 1GLDG 4CZHA 4NAWB 2QWOA 1NGGA 4YOVA 4JHDA 1Y97A 1RTHA 4I7FA 4CEFA 2BXQA 3QO9A 4E7KA 3ZLJA 2ZGYA 1DEJA 1NGAA 3A8YA 3OY9A 4ZBRA 4J8FA 2G8VA 1BA0A 4IEEA 3LDLA 2LXSA 4CGJA 1KLMA 2HBKA 4O8UA 3ULEB 3VEOA 3ZT3A 5EU7A 1A5XA 4ILJA 4FJMA 3NGIA 5KPTA 2FSNA 5CZ1A 2KW4A 4CZMA 5AFUA 4CEDA 3CFPA 4FJ8A 4H4OA 3FZKA 1TYQB 2HHVA 3SUQA 2V51B 4ZUXV 1GLBG 4FK0A 4DUZK 4H0XB 3ZSQA 4OR0A 1BL3A 2YDFA 2XVQA 3G4SN 2I7NA 1NGBA 3MCAB 3SI6A 3CCLN 4W5NA 3KK2A 4E7JA 3AVKA 2CH6A 3VF6A 4KI6A 5C2DA 4LD0A 5E26A 1XQSC 1C1CA 2NRXA 4RW4A 5AR0A 4B9TA 4DV3K 4NLBA 3WNEA 4FVUA 5ID9A 2ITGA 4JRQA 4DR7K 3UKUB 1C6VA 3BEXA 3O9SA 5M1FA 3CM6A 2HBMA 2ZE2A 4B9NA 3MCPA 5AZJA 1CZAN 3TU5A 3RMCA 1RT4A 3CCSN 2F9TA 5FPNA 1TK8A 1N5YA 1BUPA 3SV4A 1KW2A 5IIHA 3L3UA 2XVUA 2BXOA 3AVMA 4OTTA 2DFHA 5LMNK 5DQFA 2CGLA 3C6UA 3F5TA 3CD6N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  5GIN A;  3NMU A;  3NVI A;  3GQU A;  3SIU B;  5GIP A;  3SIV B;  3ID6 A;  1NT2 B;  3ICX A;  5GIO A;  3GQX A;  3NVM A;  3NVK A;  2OZB B;  4BY9 C;  2NNW A;  3PLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HQU A;  3VQ6 A;  2W6L A;  4DU4 A;  2AA4 A;  3AO4 A;  3DOL A;  4PUO A;  4BDY A;  4DM0 A;  5HBM A;  3RTV A;  1T3V A;  2HF3 A;  1JLA A;  3THW A;  2P9S B;  4IOX A;  1MU2 A;  3ZT2 A;  5AQT A;  1L3V A;  3VF4 A;  4JKA A;  2VWJ A;  1IJJ A;  1HPZ A;  2PFU A;  2QWQ A;  1V4T A;  4HWI A;  4CJS A;  3ECP A;  4YOT A;  4HUG A;  3EZ5 A;  3DAW A;  3Q7B A;  3ZEU A;  4QCL A;  1BCM A;  3C6T A;  2YKN A;  4EZ9 A;  1X3N A;  2HST A;  3OJS A;  4M3R A;  4EHT A;  2PAV A;  3K5M A;  1RDC A;  3KIO A;  4AH9 A;  2IIR A;  4JS4 A;  4B1V A;  1SKS A;  2NRH A;  4JYA K;  5C12 A;  1VAZ A;  4PQU A;  4CJQ A;  1UAX A;  1YVU A;  4NCA A;  4JKH A;  2DYO A;  4BWJ A;  2KFZ A;  3K5N A;  4CK1 A;  1BI4 B;  1VSF A;  3FLC O;  1YVN A;  2P5G A;  2VYP A;  3WT0 A;  3O1B A;  4XEI A;  4B3R K;  4C31 B;  4K2C A;  2X6N A;  4JI0 K;  2J4R A;  4TQ0 A;  1HR0 K;  2P9P A;  4Z4G A;  1E7F A;  3H3O B;  3L2R A;  4UY8 O;  3ZT4 A;  5I42 A;  1D8Y A;  5KQ8 A;  4KB0 A;  3KJL A;  2FXU A;  3VMF B;  4H0Y B;  4CZI A;  1S6P A;  3SPZ A;  1B9D A;  1N5U A;  1OVQ A;  3AVC A; 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