5GIOA

Crystal structure of box c/d rnp with 12 nt guide regions and 13 nt substrates
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
source organism Sulfolobus solfataricus
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 130
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gioA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gioA01
3GQUA 4BY9C 3PLAA 3ID6A 2OZBB 5GINA 3SIVB 3NMUA 5GIPA 2NNWA 3ICXA 3GQXA 3SIUB 1NT2B 3NVKA 3T7ZA 3NVMA 3NVIA 5GIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC2N 3GA9L 5AQWA 1S5JA 4DQRA 4ELVA 4ELUA 2UXCK 2UYTA 5CZ1A 1E7HA 1D9FA 4CJ4A 1KTQA 5EU7A 3A75A 2FBVA 2A42A 2UUAK 5B5TA 4DR7K 4OGEA 4DQPA 1RT2A 2ZD1A 2WFBA 3LM9A 1KRPA 4FLWA 4ICLA 4NCGA 4CBXA 1TKXA 4JKHA 1SZ2A 1P8ZA 1NK4A 3CG7A 3AVGA 3E1YA 4OTUA 1N5UA 3ENHA 3CQXA 5FPMA 2BXPA 2VQFK 1IKXA 1BM0A 3H45C 2WOMA 1HX1A 2HBLA 2ZJQL 3EO3A 4JEPA 3T3FA 1KDXA 4UY8O 4GV9A 3RSEB 4CFBA 3AGKA 3SJHA 2G8IA 3V4IA 5DM7L 3T19A 3AVKA 1T6CA 3PLAA 2XW1A 1KAYA 1Y64A 1ZXOA 1GLJO 3NAEA 3G25A 2B6AA 4BRCA 4YY3K 3AVJA 3AARA 2E0YA 4MDAA 1HK3A 3TI0A 5ID7A 2HHUA 1SS6A 4BR9A 1GLDG 5FUOA 3ZT0A 1YT3A 3MMVA 4AH9A 4JS5A 3AA4A 2FF3B 2O8CA 2O8CB 1GLLO 1NK6A 2GX9A 1EXQA 3GDQA 2EFHA 4DV7K 2F4VK 4JK8A 5IJFA 5C10A 4BQLA 5MLCQ 2WUSA 2VYPA 2PFUA 1Q7YO 4CFCA 3UKRB 3LZIA 3SAFA 4CK3A 1HR0K 1YIJN 2IAJA 3MWTA 3DWLA 4DFPA 3OJSA 3TAPA 4E1NA 4FW1A 4CJPA 1JLGA 2ZE2A 1LAWA 4CIFA 1N8RO 4E7KA 2ITGA 2VUFA 4PUOA 2UXDK 4H5VA 4LF8K 5AQYA 3L4QA 3NH1A 1RNHA 5IFOA 4BACA 3IFRA 3PV8A 5LL6Z 1OVQA 4Z4IA 1HK4A 4BC3A 2V52B 2IVNA 3OS0A 1HQUA 3LDNA 3VQCA 2O8EA 1RTHA 4A59A 3CCVN 4DFMA 2F9WA 1HNWK 3P5JA 2P5GA 1QQCA 4BRGA 2Q1NA 1XQSC 5JLFA 1BQMA 4CCHA 3WNHA 4BC5A 3VQIA 3K5OA 1WAJA 5AZJB 5AZJA 3SAHA 4GW6A 3UKUB 3UKUA 1BKEA 2VG7A 2AGHB 4M3RA 2BXFA 4A61A 2HHSA 4EZ6A 4PKHA 3HSCA 4C31B 3KJVA 4OKJA 2E1ZA 4K25A 2BXDA 1C0GA 1TV6A 4JLHA 3QO9A 4B8AB 3PY8A 3HP6A 3CJBA 2IGIA 4I7FA 3TAQA 4DTNA 4WA6B 1VQNN 4CGJA 3CQ8A 4MO4A 4HUFA 4CHNA 2BXAA 5IIUA 4B9MA 4BR5A 4GVEA 3ZT3A 1IBKK 4DFJA 1NGDA 5DQFA 2OTJN 2XVWA 5AFUH 1MUSA 4JRPA 4N0FD 3VEVA 1Q86O 4OPJA 4K0KK 5DK5A 1BIZA 2HW3A 3U9ZA 4OO1J 4DQ8A 1NOZA 2XVQA 4KHYA 5KPZA 5HL7L 3W1SA 4K42A 4KTWA 5FDLA 4W5TA 1RGIA 1QZ5A 1OH8A 3QDKA 3VEZA 1LW0A 3WXKA 4CW7B 3ZEUB 2GUIA 1VQLN 5D3GA 2NRXA 2Z1IA 3P39A 4A5AA 5SWMA 2V7YA 1TYQB 1UORA 4C1NI 1FW6A 2ETJA 2D1KA 4BRHA 4B3SK 4CJSA 3I33A 1SUQA 3OA9A 4E19A 2O4IA 1SKRA 3T1YK 3ULEB 1MWKA 2GTDA 2IOCA 3AVHA 4CZKA 3H46O 3S3OA 3VTIA 1C0TA 1D9DA 4DR5K 3H3OB 4KI6A 1N33K 2B5JA 1S72N 1VSEA 3ENOA 3CFOA 4IEEA 4X65K 2D0AA 2Q0RA 3QEVA 4RTFD 2IVOA 4DSFA 4FJ9A 3DLBA 4BR7A 3KK7A 4Z94A 5GHKA 4H4MA 4HCBA 1BCMA 2JUHA 5BPKA 2AJEA 4H0TB 4OJRA 4FLTA 3AVCA 5FPDA 4LH4A 4ILGB 1GNIA 4IW1A 2OZBB 2VWKA 3NMUA 3A0IX 1CXUA 2P9LA 4OPHA 3KTQA 3AGRA 4CJUA 5E84A 3HXMA 3VGKA 4HUGA 2F8SA 3WHRA 1VSDA 2WTUA 2KZZA 1HKCA 4H4OA 3KK1A 1KD1O 2CGLA 2BXCA 4FWKA 4CZFA 3DYAA 3QEWA 3MHSB 3VTHA 4E1MA 3NCIA 2PYJA 4FO0A 3W3DA 3HL8A 1UWBA 4W5QA 4CI6A 3CIPA 1EO1A 4JNEA 1JCFA 2UU9K 4YOXA 3QETA 2BXKA 4AHSA 3C7NB 3C7NA 3RR7A 1WSEA 2AA4A 3DAWA 4CEEA 3EE8A 4IW2A 4LFCK 1YJNN 4DV5K 1VQPN 1EKEA 1F21A 4CD1A 4JN4A 4CZMA 1IG8A 4B9QA 4DR2K 1QVGM 1KXPA 1WUAA 2EHGA 4HVJA 3P4IA 2D4WA 4PL8A 3TTDA 4F4KA 4MLEA 5ID9A 2ZQBA 2QKKA 1HKGA 4IBNA 2F9TA 2BXEA 3O6WA 2E6MA 4QS7A 3U3GA 4DR1K 3OYCA 4JRQA 1KVCA 3JQZA 3KK3A 1FJGK 1SL2A 3BDPA 4K41A 2E4LA 3ZYYX 4JI6K 1RT3A 3LPTA 4BC2A 1XMOK 5FRNA 4H0OA 4FWNA 2Y1JA 3IS9A 2Z8IA 3P38A 3THWB 3THWA 3V9WA 3CJAA 2HF4A 2WBNA 1I94K 4Z4CA 1GLEG 4DG1A 1HPMA 3LANA 2P9PB 4JHDB 4FJGA 1XI1A 1IBLK 3FE1A 3T7ZA 4C8KA 2YJFA 3KKRA 4JKCA 1NJIO 3V03A 4KH6A 1RT4A 4CESA 5K14A 3O9SA 2HHTA 4PA1A 2F7TA 3L2QA 4CJEA 2ASMA 4F5SA 3D2FB 3D2FA 4OGCA 4I2PA 1X9MA 5JMVA 1UAXA 3CPEA 1RBTA 4CZJA 3H37A 2KQ2A 3A5LC 1XC9A 3QB0A 3C65A 5C15A 2FBYA 1QSSA 4IFVA 4RW9A 3FFIA 4BDYA 1I39A 4IWVA 4CJRA 2YNHA 3EZ5A 4B9TA 5LMNK 3Q7BA 4H0VB 3WNEA 3DXKB 4FJ8A 3WXMB 2FBTA 5IIXA 2NRWA 3ZETA 4B3MK 4FJ5A 4MO5A 3R6MA 4LUFA 4FL9A 5J2NA 3M1FA 3ALYA 1J5OA 1O1WA 4W5NA 4OPAA 2NUBA 5AQXA 3HP9A 1X3MA 4GVMA 5J2QA 4YNQA 4BC4A 1LV5A 2DYMA 1T44A 5CHIA 1BO5O 2F96A 2VCPA 5JVHL 2NQOA 2GWKA 4LY7A 3HOSA 1WSGA 4RWTA 1IV0A 3V9SA 2QK9A 3CXCM 3GQXA 3HM9A 5DBYA 4Y1DA 3I8DA 3MXIA 4B9SA 3CI5A 3G71N 4F2RA 1B9FA 4LFBK 3RMBA 4WCEL 3SYZA 1OH7A 1VQMN 3TPQA 2QWMA 4DQSA 1E78A 2WONA 3QICA 1E7EA 3PIOL 1R0AA 2OYQA 3O1WA 2P9NB 2P9NA 2UUBK 3OYFA 4H03B 5LMUK 3PO4A 3NH0A 3BPJA 2P9KA 1BISA 5KQDA 4HHTA 3CJ9A 1J78A 2KTQA 2YDFA 1ASUA 3P31A 4CGHA 2YHYA 1OVYA 4AHRA 4HGMB 3O5BA 3RR8A 3DLLL 3SAGA 4DTXA 2NLXA 3MX5A 3J8AA 3HYFA 1NJXA 2LQHA 1A5WA 2DY4A 4M45A 2HVIA 5GIPA 2HNDA 3E9PA 3VEWA 1E7CA 2QHBA 5C25A 3DLKA 3LALA 2PYLA 4FXDA 3QESA 4MBEC 1YI2N 3O4NA 3R8EA 2ATQA 5KPTA 1I3AA 3OTOK 4DM0A 4FZYA 2G8WA 1K73O 4I9QA 2A3ZA 4BKEA 2BXMA 4EZ9A 4FK0A 3DLRA 3JRYA 4JKBA 2PBDA 4DTMA 2YHXA 1JLCA 4Z0UA 4GDLB 4ZBRA 2HHQA 4H0PA 3C6HA 3WQUA 2RF2A 2VG6A 4I9LA 1WSFA 3C6UA 3PSIA 3ZX2A 2HNZA 2FSKA 4IOAL 3OS1A 1SAZA 3KHYA 1BA0A 3I0SA 4FW2A 3A2FA 2BDPA 4OVLA 1SKSA 3L2UA 1P90A 2DFFA 3BF3A 1KFSA 3CC7N 3CJ1A 4BRIA 1N32K 4IXCA 4AM6A 5BRHA 5HOZA 1X9JA 4CZEA 5KGXA 1T03A 4WFBL 4Z4GA 1TF0A 3C95A 4BRKA 1VSFA 4JI3K 3VPZA 3NDKA 3LAMA 3CETA 3SQ1A 5IT9O 4LF6K 4DS4A 4N47A 1XNRK 4CGFA 2I30A 1WNSA 1NBWA 1VQ4N 1GOBA 3SNNA 4B1WB 1ILYA 2RE2A 3RWUA 4E7IA 4PL7A 3WNFA 4DSKA 3SPZA 1TK5A 3SZ2A 4CHOA 1NGCA 4BR2A 4E7JA 1RFQA 2BXOA 3LP3A 1XHZA 1DGKN 3ULDA 4F5UA 4Z4FA 2CH6A 3KKSA 4CGGA 1NKBA 1KSPA 3THYA 4FJ7A 2CGJA 3OW2M 3TR8A 3SBTA 1E3MA 2RN2A 4BDPA 5HRNA 3KWIA 4FK2A 3O3FA 4G9ZA 3EN9A 4S1YA 2KHOA 5EOYA 1YVNA 4FJCB 4CF8A 4ZCGA 4BRQA 4JI0K 4O8KA 5AJ3K 1OKJA 1LAVA 4GNIA 2CKXA 4DF8A 1YXQA 4G01A 1CXQA 4KTZA 1W7AA 2Z1HA 3D45A 4CIGA 3SQJA 5ADXA 3DM2A 2EFEA 4JS4A 3D2EB 3D2EA 4CE9A 1E7BA 4AILC 3I55N 4JK4A 1TL1A 3SUNA 3BF1A 4AM7A 1TGOA 4GKKK 1IBMK 4RG8A 1K8AO 1J9AA 3O3HA 4GV6A 3L2VA 3MCAB 4DHXB 4WYBA 3ZSQA 3N4PA 1NM1A 3A5NC 3NF9A 3JS6A 5GIOA 1XWLA 4BVOA 4FM2A 4Z69A 3AY9A 1YUWA 2G8FA 5CYMA 1GLCG 3FWBC 1RDAA 1S1XA 5SZTA 4M3ZA 1RTIA 4W5OA 1OH6A 3O08A 1EP4A 2XW0A 1MIWA 1HK1A 2BGGA 2Q3SA 4L3QA 3MAQA 2GELA 1RDCA 3WXJA 2IVPA 4CFAA 3E9OA 1VSIA 4CERA 1HQEA 5FPEA 2Q36A 4EIAA 3QIPA 3JXUA 3WT0A 2HBMA 2E6LA 2W41A 3CYMA 5CE3A 5TKYA 3LDQA 2G8KA 1QE1A 1QQOA 3LM2A 4KHUA 1NWKA 2HF3A 4NXMK 3EYZA 2H3GX 3QEPA 1REVA 4ELTA 1DEJA 4PKGA 4L9KA 2DBWA 2YV0X 4MLHA 2AP1A 3V1RA 3K0SA 2GBZA 1EETA 1TL3A 1S6PA 4IJNA 1HYVA 1NJZA 3N4QA 3G10A 3NHGA 2YJEA 5AQKA 4B08A 3J7ZO 2QTDA 5BR8K 4KPYA 2YKNA 2X6SA 2O8EB 1NJWA 5AFUA 3LP1A 4H8KA 1KQSM 4TQ1A 1QSLA 2LXTA 3FNMA 4M70B 4OKKA 1HKBA 4FLYA 1VQKN 1RTDA 1NG9A 3CCRN 4LB2A 1YAGA 3ZX3A 2I7PA 4LF5K 1YTUA 3CC4N 1GNJA 3O3GA 3V9ZA 3J7AP 3VQBA 4Z4EA 4NO7A 4KKOA 4Y1CA 3DLHA 2V7ZA 3NF7A 2KFZA 3DLEA 1S6QA 5M1OA 3SUOA 2IIRA 3HOTA 3TTCA 1YITN 5IJ5A 3HJFA 1BI4A 4LH5A 2DTUA 2Q0UA 4ZC6A 3MX2A 1QHAA 2QWQA 4I6MB 4I6MA 1QVFM 1RT7A 1VAZA 4BRAA 3VF2A 5AQOA 1M90O 3IDHA 3QBXA 5M1FA 3I8BA 1E7AA 5AZIB 5AZIA 1C1BA 5HRRA 1LOTA 3VQQA 5HROA 4GV3A 1HNIA 3ISNC 1NLVA 2QKBA 4FJKA 4B9VA 4M3WA 3L2WA 3VQPA 3VQ5A 1HA2A 2XVUA 1W9HA 3KLIA 3H3NO 4KI4A 1U04A 2KKZA 2E88A 3K57A 5HP1A 1JL2A 1TUUA 3QNOA 2RKIA 3FZHA 2I7NA 3HPOA 2HB5A 3HSTB 4CZHA 1VRUA 1WSIA 1LCUA 1GLBG 3QNNA 1GLFO 3CM5A 4NLCA 2KZMA 4DLGA 3DRSA 1VRTA 5H1SQ 4QOZB 4H5TA 1X1PA 4BQZA 3BZCA 4YOVA 3O1BA 1WBBA 4CJQA 4F5TA 2W42A 2XY5A 5D7GA 1KLNA 3VF4A 1K8KA 4WQ4A 1ATRA 3ATUA 4F8RA 3EZWA 3WXIA 4BDZA 2BXIA 2VWBA 4ILHA 4RW4A 1ZBLA 2A41A 1H1VA 3VQ4A 1N36K 2HMIA 4DF4A 2O8FA 1FKOA 1O9XA 2A1SA 4TSXA 4BGBA 3QEXA 3HRGA 4PKIA 4KAZA 4KV8A 4CF2A 3O80A 4R5PA 4U7BA 3B9LA 4AF1A 3HPHA 4BWJA 3OVNA 1RT1A 1QQMA 5IIHA 1X9WA 3D7EO 4PO0A 4DTJA 3T1AA 4CHPA 2OTLN 4CF9A 4J2EA 3PUFA 4G04A 3OYHA 4I9OA 4Y0WA 5HBMA 4LF7K 2J4RA 1VHXA 5I42A 2D0CA 3SLCA 1RBSA 2QWPA 2P9LB 1H5WA 1NJYA 4FJLA 3MK6A 4Z9OA 1QHTA 3VQ6A 4LA0A 1XUPO 3OYEA 3G9KD 4IG3A 3AVNA 3LU7A 1XMQK 4JKGA 2YNIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  4BY9 C;  3PLA A;  3ID6 A;  2OZB B;  5GIN A;  3SIV B;  3NMU A;  5GIP A;  2NNW A;  3ICX A;  3GQX A;  3SIU B;  1NT2 B;  3NVK A;  3T7Z A;  3NVM A;  3NVI A;  5GIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC2 N;  3GA9 L;  5AQW A;  1S5J A;  4DQR A;  4ELV A;  4ELU A;  2UXC K;  2UYT A;  5CZ1 A;  1E7H A;  1D9F A;  4CJ4 A;  1KTQ A;  5EU7 A;  3A75 A;  2FBV A;  2A42 A;  2UUA K;  5B5T A;  4DR7 K;  4OGE A;  4DQP A;  1RT2 A;  2ZD1 A;  2WFB A;  3LM9 A;  1KRP A;  4FLW A;  4ICL A;  4NCG A;  4CBX A;  1TKX A;  4JKH A;  1SZ2 A;  1P8Z A;  1NK4 A;  3CG7 A;  3AVG A;  3E1Y A;  4OTU A;  1N5U A;  3ENH A;  3CQX A;  5FPM A;  2BXP A;  2VQF K;  1IKX A;  1BM0 A;  3H45 C;  2WOM A;  1HX1 A;  2HBL A;  2ZJQ L;  3EO3 A;  4JEP A;  3T3F A;  1KDX A;  4UY8 O;  4GV9 A;  3RSE B;  4CFB A;  3AGK A;  3SJH A;  2G8I A;  3V4I A;  5DM7 L;  3T19 A;  3AVK A;  1T6C A;  3PLA A;  2XW1 A;  1KAY A;  1Y64 A;  1ZXO A;  1GLJ O;  3NAE A;  3G25 A;  2B6A A;  4BRC A;  4YY3 K;  3AVJ A;  3AAR A;  2E0Y A;  4MDA A;  1HK3 A;  3TI0 A;  5ID7 A;  2HHU A;  1SS6 A;  4BR9 A;  1GLD G;  5FUO A;  3ZT0 A;  1YT3 A;  3MMV A;  4AH9 A;  4JS5 A;  3AA4 A;  2FF3 B;  2O8C A;  2O8C B;  1GLL O;  1NK6 A;  2GX9 A;  1EXQ A;  3GDQ A;  2EFH A;  4DV7 K;  2F4V K;  4JK8 A;  5IJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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