2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3GQUA 3T7ZA 3NMUA 2OZBB 3NVMA 3NVKA 5GIPA 3GQXA 3SIVB 3SIUB 1NT2B 3PLAA 3ID6A 2NNWA 3NVIA 3ICXA 5GINA 5GIOA 4BY9C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSLA 4BQZA 2Z1HA 3ENOA 1Q9YA 1KXPA 3MX5A 3J8AA 4CFAA 4H4MA 4WFBL 2DBUA 1RDAA 2PYLA 3ZLJA 3O3FA 4F2RA 1H1VA 3WNHA 3HM8A 4JI4K 2E2QA 2HVIA 1OH5A 3K59A 1B9DA 4JI1K 2CH6A 4CJ5A 2Q3SA 4AM6A 4DMNA 3VF2A 3O3HA 3M3ZA 5IT9O 2P9SA 1HA2A 2KWFA 4H0TB 2X74A 1BA1A 2O8BA 3ULEB 3EKSA 3SZ2A 1CXQA 4JK7A 4MDAA 3T1HK 1JLBA 3VEOA 4FJLA 1SL2A 2HW3A 4JLHA 3P4IA 3BZKA 2YHWA 2NRVA 3LU6A 3PV8A 4FWNA 4FWQA 1KDXA 4OPHA 2UUAK 5FRNA 1VSHA 3THYA 1C0TA 4YNQA 2O8EB 1U48A 2YHYA 4GVEA 2E88A 4GV9A 3B9LA 3T1YK 2P9LB 4E89A 4L9KA 5M1QA 4BE1A 1YVNA 4FJ9A 1D4XA 4JI2K 3VENA 4M7YA 4RG8A 3DXKB 5CR4A 1Q82O 3BEXA 3HOTA 3R1XA 3NCIA 1SKSA 1NJIO 2VUEA 2LSNA 3VQEA 2DYOA 3RVCA 5IIHA 3C95A 4GDKB 3WXMB 4B3OA 1JKHA 3GA9L 2CGKA 4CF8A 3FGUA 3GE1A 3HTVA 2OPQA 1GLFO 3CCJN 3NDKA 2ATQA 4OVLA 2P51A 1QVGM 2E5LK 2QWOA 1D9FA 4WQ4C 4OGCA 4OO1J 1N5UA 5M1PA 3SCXA 5CYMA 5J2NA 3LALA 4OPJA 4BRGA 1YHQN 4KHWA 1J7EA 3SQ0A 4ZC6A 3C94A 3TPQA 2Q1NA 4CZGA 2BXOA 1YTUA 4NLBA 3S3OA 3MX2A 5A2QO 1QTMA 4CIFA 5HLFA 3BF3A 1KTQA 1VSKA 1QQOA 4WA6B 1J53A 2ZGZA 3RTVA 3QESA 4J2BA 3EEQA 3I33A 4AHUA 3ID6A 5AQMA 5JLFA 1JNBA 1U47A 2D4WA 4JRPA 4QAGA 4OT2A 3U3GA 3QNOA 4E7HA 3HSCA 4I9OA 3MK6A 1EWQA 4GKKK 1J5EK 2RN2A 2QWNA 1A5VA 2VGNA 4K71A 4W5QA 3CPEA 3CCQN 2DYMA 1NGGA 3AVHA 3MN9A 3NF6A 4H0XB 2DY4A 3ATVA 3SMPA 5AJ3K 5HBMA 4LB9A 4DR5K 4J2DA 4FO0A 4DR7K 3G4SN 4O5BA 2Z8IA 1WN7A 3VGKA 4K2CA 3VMFB 3QFUA 3O08A 1HKCA 2KHOA 4DM0A 3TSQA 4Z4HA 1E4FT 4I6MA 3BF1A 5IIUA 2YJEA 2BUPA 4B3SK 1C1AA 2BX8A 1K73O 5SZTA 1GOAA 4HCBA 3O4NA 4BROA 1HK1A 4RW6A 1C6VA 4IXCA 4W5OA 3WNGA 2GTDA 2YHBA 2G8HA 4GV6A 4E7KA 1E3MA 2HBJA 3JAMO 4CK2A 1GOCA 3VEXA 4DR4K 4IFEA 1NG9A 1HNZK 4LF9K 3IMXA 5J2QA 3PO4A 1NK0A 1ZBHA 4YOXA 3K5MA 1N32K 4RCHA 5K14A 2IDOA 1NM1A 3B9MA 1ASVA 4BE0A 1TL1A 1RT7A 4EZ9A 3KLFA 4NAWB 3AY9A 1UAXA 3LZIA 1VQON 4HTUA 5KPZA 3SV4A 4DTRA 1RDUA 4CGJA 3MAQA 4ELVA 4B3TK 1MIYA 4B1VA 3OYMA 4LD0A 5KPRA 1N34K 2QM1A 5AQXA 3OYAA 1BOTO 3CMEN 3SV3A 1QVFM 2A41A 4LUHA 4IKFA 2P9SB 4DU4A 2OZBB 4H5WA 2KQ2A 1H5WA 1NJWA 3UKRA 2O8BB 3QDKA 3QICA 1NGIA 2GV9A 4LSLA 4CFBA 3OA9A 4CF0A 4NCGA 5FRMA 3PX4A 2W40A 3NGIA 1WLJA 1ZC6A 3NGYA 5AQUA 1TYQA 1WBDA 2G8KA 3GL1A 3MCPA 1MU2A 3THYB 4WFAL 3WXIA 1LWFA 4XH5A 4FVUA 4GG2A 3T19A 4DFKA 1BG3A 4DR2K 1RT2A 4RTFD 4MLEA 2E2OA 4KI4A 1QSSA 3PX6A 3MWTA 3NH2A 4DR1K 3VQ9A 5AQQA 4E1MA 5FPNA 2BXMA 4FK5B 3B6PA 4FM1A 5E84A 4Z4CA 1ZBFA 3MEDA 3F9KA 5BRFA 4M3XA 4BR4A 5JVHL 2QWPA 1KVBA 3DLKA 2NZTA 1QQCA 3KD5E 4WQ4A 1B9FA 3HK2A 3AVJA 3HP6A 3EO3A 2BXBA 4IG3A 4DTUA 4CZKA 1BUPA 3HM9A 2ASOA 4KV8A 1VAZA 1E4GT 5KRTA 3P39A 2A40A 4XEIA 1YJ9N 5BRDA 2VWKA 1NGBA 1XMQK 3AA2A 4DS4A 2GWKA 2VCPA 4H8KA 3S3NA 4GMJB 4E3SA 1VSLA 4CZHA 2XY6A 2ZJRL 3P38A 4CGHA 4BDZA 3K9KA 1S6PA 2P9PA 1VRTA 3H1VX 1W7AA 2VWBA 2E4LA 4BRFA 3WHQA 3ZT1A 5BRHA 3SQJA 1UWBA 3P83D 3M8RA 3THXA 3QINA 1NGJA 4CJQA 4DLGA 3ALYA 4FJHA 2O4IA 1ATSA 3W0LA 1NGHA 2NRRA 2KZZA 1J78A 2AGHB 4KH6A 5DM6L 4IWVA 1NNEA 4C8OA 3KIOA 3MN7A 3ZX0A 4MBEC 4CJVA 2EFCA 4JKHA 4C1NK 4GY2B 4N56A 4ICLA 4I6MB 1HK2A 4HGMB 2FBVA 1SL1A 5AQGA 5GHKA 1KCFA 4LFCK 3N4PA 4H5TA 3HBTA 3L3VA 4CEAA 3WXKA 4HVJA 2G8VA 4CEZA 4JKBA 3QBWA 3PIPL 4B9QA 2OPSA 5EVZA 3DLLL 1J54A 3SLCA 4EFHA 2XVWA 3JYTA 2V52B 3KWIA 3DRSA 5LMUK 1QS4A 1BGXT 3CJ9A 3CX9A 5CYQA 4C8MA 2O8CA 4Q5VA 5FPMA 3OYLA 4KHUA 2BXHA 2YHXA 1JLGA 4AILC 1XWLA 4DV7K 4O8UA 1JLAA 1IKWA 4E7JA 1KD1O 3TAPA 1CZBA 4KH5A 4FLXA 4JNEA 3LANA 4EAHD 2V36A 3AVFA 3ZSVA 1FKOA 4H5VA 3CCRN 1IKYA 3KLIA 3CCUN 1KRPA 4DQRA 1T05A 3RSEA 5AQOA 1NK4A 3LP3A 2LQIA 3VQ5A 3S3MA 2Q0UA 5CZ2A 4I9LA 1NOYA 4WCEL 4CF1A 1Z05A 1RTJA 3UKRB 3AO4A 4AHCA 4IO9L 3KKRA 4CHOA 3FZMA 3J81O 3WT0A 4KB0A 2NRWA 1VQ9N 4M3TA 4KREA 2VDBA 5EU7A 3H45C 1TYQB 4OKKA 2YX6A 4DS5A 3SQ2A 3V09A 4C8LA 3CJAA 3O4WA 1BCMA 4CIEA 4F5VA 2D5RA 4O0JA 4CZMA 3DLBA 4LF5K 4MQ3A 3G71N 1M90O 1IJGA 1CXUA 4K8ZA 1NBWA 3NH1A 1TV6A 3E01A 3CJ7A 1T6DA 4OKJA 1VQ5N 3LDLA 1BCOA 2D0BA 3ULEA 1TKXA 4BRHA 5CZ1A 1RT1A 2QWLA 4CW7B 4WF9L 3NE6A 4B9UA 3ZSOA 1JLEA 1S1UA 2YDFA 3NMUA 3E9LA 3SYZA 3NVMA 3LP0A 1NK6A 1XQSC 3A5OC 3HPGA 2QHBA 2QW9A 2YNIA 3SIUB 3HO1A 2A3ZA 1OH7A 3TARA 3F73A 4K42A 3DXKA 3LDQA 2FBXA 5AFUH 4AHSA 1WAJA 3UIQA 3SBGA 3MHSB 3EE9A 4AHRA 5ID9A 2P9PB 4CJ7A 3ZEUA 1JLCA 4BWMA 2VG7A 1YIJN 5B8HA 4PUOA 2KKZA 3ZSWA 1ZBUA 4S1YA 3THXB 1P90A 4F8RA 3F5TA 2PYJA 2IS3A 1BJ5A 4KH4A 3OW2M 4BRQA 2IIRA 2X6SA 5HOOA 4IOXA 4DSKA 2XY5A 4F4KA 1ZBSA 3ZX2A 5LMNK 4KB1A 5IJ5A 2PBDA 3FFKB 3QERA 3TTDA 1U45A 3OBWA 3KK3A 3DLHA 1BWFO 1NLVA 4N5SA 3OY9A 3KLEA 4NCBA 3VPZA 4FLVA 3E9OA 3CFOA 4R5PA 3CD6N 1C0MA 4CZIA 4OGEA 3R6MA 3P1GA 4MDBA 4FK0A 1BDGA 4PL7A 1DLOA 4BC5A 4DQ8A 5BPNA 2P9UB 2HMPA 1FKPA 4ID5A 1ZYQA 3ZSQA 4JKGA 5GIOA 2D0CA 5JS2A 4I9QA 2J4RA 4Z4EA 3C7NA 4ZBQA 1YXQA 4ZBKA 4LB2A 5HL7L 2O8CB 3L6QA 4FWMA 4N0FD 5IWAK 1Z6RA 3VA0A 1NK8A 4TQ1A 2FLOA 4NXMK 4CZEA 4DTXA 1VSFA 4CJWA 1EETA 3VERA 5ADXH 4L9QA 1GLLO 4IOCL 1VQLN 2HHXA 3DI6A 3OBYA 2LQHA 1BA0A 3WUHA 4DV4K 3RSEB 4I2PA 1TKZA 4CBWA 1RCHA 5AR0A 4DTPA 4Y1CA 5AQKA 4FJ5A 2G8UA 3ZT3A 5AQWA 4CK3A 1HK5A 4B9LA 4CEOA 4E99A 3KLHA 4FJKA 1NGFA 3AV9A 1TK0A 3OYGA 1XNQK 3QEPA 5AQHA 1KLMA 3MN5A 5AQIA 1S1VA 1GLDG 2DBWA 2WUSA 1SKRA 4AF1A 4CJPA 4DFMA 1O13A 3RR8A 5LJWA 2O8FB 4M42A 2BXPA 3DRRA 3U4LA 4BRAA 3ATUA 5AQYA 3I55N 2QA4N 2OA8A 1VZSA 1I94K 4FJ8A 4LC9B 4CHPA 3TANA 5GAGP 3HT3A 1Q81O 1JXEA 2F9WA 2QTDA 2O8DA 4A5BA 5AQJA 1D5AA 4B9SA 3SK3A 1K9MO 1VQNN 3TSUA 4CJLA 4B8AB 1WNSA 4BC2A 1Y97A 5ELZA 3DWLA 3O9UA 2HF3A 1HNIA 3BY5A 1W0HA 2XSIA 5AFUA 3AVBA 4JS4A 1VQPN 3C0BA 4B3RK 1YI2N 2BXAA 5JLHA 4DWIA 4QCLA 2KLAA 3CYMA 2HBMA 3OYDA 1LAWA 1RDCA 3LDOA 3CQYA 1OVQA 5C12A 3MEEA 3W1SA 3RMCA 4DV6K 4BR7A 5BR9A 3DOKA 4Z0UA 1K8AO 3ZETA 4HHTA 1A5WA 3SJJA 4G9ZA 1IBKK 4KBOA 3TAQA 3SQ4A 3IAYA 4DUYK 4JHDA 4DTNA 4CEEA 1O1WA 3ZEUB 4JAXA 3MXMA 2P5GA 4W5TA 2HF4A 1CLQA 3GDQA 1U4BA 2AP1A 2ITMA 4DQQA 1GNJA 3DXMA 1VQKN 4E0DA 1C0FA 4AH9A 1JCGA 3MECA 2GUIA 1KQSM 1HK4A 3OYKA 5JS1A 2OPRA 3AA4A 3CQXA 2EWSA 3L4IA 3AVMA 4XIUA 2HHQA 5C2DA 2HVHA 5DK5A 3SPZA 3C65A 3V81A 3EYZA 4WFNL 3NAEA 5M1NA 2UXBK 2B4JA 2E0XA 2GX9A 3C6HA 4M3UA 3QETA 2GWJA 3VQAA 4LY7A 2OPPA 1DEJA 5FLXO 4X64K 3RRHA 3WNFA 2IVOA 4K0KK 3HSTB 1R0AA 4LSNA 1ASWA 2Q31A 3PO5A 3R8EA 4DU3A 4IFVA 3FE1A 4JK9A 4OLAA 1N6QA 2YV0X 1E7HA 3E1YA 3BGRA 3KLGA 3OYIA 5ADXA 4JKGB 1RBSA 4KHYA 5J1EA 3O3GA 3GQXA 4FLWA 3C7NB 3KK1A 3CF5L 3VF4A 3HXMA 1GLJO 2HHVA 3I8DA 3VQQA 2YNFA 4CIGA 1NKEA 2K0NA 3L2QA 2EFDA 3ZSRA 1EQYA 1VQ4N 3T1AA 2ZM6K 2UXCK 2ZWHA 1NMNA 3VA3A 2NRZA 3LAMA 4KO0A 2W6KA 1HYSA 3MXIA 4O55A 3SAFA 2GUTA 3I0RA 2XVVA 2KW4A 2O4GA 5JMVA 1EO1A 4CHYA 3O9QA 2HSTA 4V19S 2B6AA 1L3TA 3LPUA 1WBBA 2XW1A 5T7BA 2RE2A 5BN9A 3ZT2A 2V51B 3N4QA 1KAXA 4N41A 2UU9K 4BR0A 3KJLA 5B5TA 2DFHA 1MM8A 1RDDA 3D2FA 4J2VA 1TL3A 1HPMA 3KJVA 4B08A 4FWSA 1K8KA 3JQZA 1BIUA 3V6DA 1LAVA 3DJCA 5D3GA 4YHHK 3U9ZA 3QEXA 4G01A 4CZFA 2HHUA 1MWMA 3ID8A 1GLBG 2VG5A 4E1NA 3VGMA 4JD2A 4K8XA 4X62K 4B1ZA 4DF4A 4BY9C 4DSFA 4FIPB 2DBXA 4CFDA 4NB4A 3V9WA 1JCEA 4FW1A 1BQMA 4ZHRA 5LJVA 2BTFA 4IDHA 2Q97A 3SQ1A 4DSEA 4YY3K 4ZTFA 2O8DB 2E6MA 1Q8IA 4FLUA 3PUFA 5FDLA 1QZ6A 1VSEA 3AAQA 4FWPA 1KC8O 1N36K 2CGJA 5F1XA 3S9HA 1J5OA 4ISFA 2R7YA 1JJ2M 5BR8K 2Q36A 4YDUC 3TTCA 1GNIA 3M6GA 4IFYA 3GBTA 2JWLA 5HRPA 3V9ZA 1SUQA 4YOWA 1BM0A 5KPTA 1TAUA 1HR0K 5M1FA 2XVUA 3VEVA 4KTWA 4FL9A 2A42A 1QE1A 4DTOA 4JKAA 3ZETB 3ECPA 1Q7YO 1NKBA 3MHHB 3VOVA 4BR9A 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4BRHA 2WC9A 1LOTA 3A5MC 1MA9B 4GDLB 4K43A 2BXLA 3LU7A 2BXFA 1TUYA 4U7BA 2F7TA 4GV3A 2OTJN 2QWLA 2VGMA 3LL3A 1QZ5A 4ZBRA 4H0YB 1TUUA 4BRIA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  3T7Z A;  3NMU A;  2OZB B;  3NVM A;  3NVK A;  5GIP A;  3GQX A;  3SIV B;  3SIU B;  1NT2 B;  3PLA A;  3ID6 A;  2NNW A;  3NVI A;  3ICX A;  5GIN A;  5GIO A;  4BY9 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DSL A;  4BQZ A;  2Z1H A;  3ENO A;  1Q9Y A;  1KXP A;  3MX5 A;  3J8A A;  4CFA A;  4H4M A;  4WFB L;  2DBU A;  1RDA A;  2PYL A;  3ZLJ A;  3O3F A;  4F2R A;  1H1V A;  3WNH A;  3HM8 A;  4JI4 K;  2E2Q A;  2HVI A;  1OH5 A;  3K59 A;  1B9D A;  4JI1 K;  2CH6 A;  4CJ5 A;  2Q3S A;  4AM6 A;  4DMN A;  3VF2 A;  3O3H A;  3M3Z A;  5IT9 O;  2P9S A;  1HA2 A;  2KWF A;  4H0T B;  2X74 A;  1BA1 A;  2O8B A;  3ULE B;  3EKS A;  3SZ2 A;  1CXQ A;  4JK7 A;  4MDA A;  3T1H K;  1JLB A;  3VEO A;  4FJL A;  1SL2 A;  2HW3 A;  4JLH A;  3P4I A;  3BZK A;  2YHW A;  2NRV A;  3LU6 A;  3PV8 A;  4FWN A;  4FWQ A;  1KDX A;  4OPH A;  2UUA K;  5FRN A;  1VSH A;  3THY A;  1C0T A;  4YNQ A;  2O8E B;  1U48 A;  2YHY A;  4GVE A;  2E88 A;  4GV9 A;  3B9L A;  3T1Y K;  2P9L B;  4E89 A;  4L9K A;  5M1Q A;  4BE1 A;  1YVN A;  4FJ9 A;  1D4X A;  4JI2 K;  3VEN A;  4M7Y A;  4RG8 A;  3DXK B;  5CR4 A;  1Q82 O;  3BEX A;  3HOT A;  3R1X A;  3NCI A;  1SKS A;  1NJI O;  2VUE A;  2LSN A;  3VQE A;  2DYO A;  3RVC A;  5IIH A;  3C95 A;  4GDK B;  3WXM B;  4B3O A;  1JKH A; 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