2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
b'FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
4BY9C 2NNWA 3GQUA 3NVIA 3ID6A 2OZBB 3NMUA 3SIVB 5GIPA 3SIUB 1NT2B 3PLAA 3GQXA 5GINA 5GIOA 3NVKA 3T7ZA 3ICXA 3NVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK2A 4DS5A 2VQEK 2DG5A 3CCQN 3LDSA 3KJLA 3VA0A 1NLVA 3OY9A 3V03A 2DY4A 3EZWA 3VF2A 1BL3A 2RKIA 1TYQB 5AQFA 1E7CA 1H5WA 1VQ4N 1JXBA 3PUFA 4QS7A 2XVVA 4CZMA 3ITHA 2GUTA 1V4SA 4KHSA 2BXCA 3KVGA 2DYOA 2HMPA 1RT4A 4DM0A 2P9SA 1WSEA 2BDPA 2O8BB 1RDWX 2O4GA 3LM2A 5BN9A 3WEEB 4FLUA 3V6DA 2NLXA 1SZ2A 5KPZA 4FJKA 3SMSA 4M3YA 4WQ4A 4CJQA 1X9SA 1ZYQA 5AQTA 5AQZA 1EWRA 2KW4A 4IW2A 2IVNA 3TAFA 1TV6A 1HYVA 3CJ7A 2BE2A 4XH1A 4BRPA 3S3NA 1TAUA 2LQIA 1HQUA 4N47A 1X9JA 1U2VB 3AO1A 1DLOA 1S1XA 2VGNA 3A0IX 3TR8A 5C12A 5KI6A 4M45A 1XI1A 2BX8A 1O1WA 3AGKA 5J2MA 1NMDA 4LD0A 3VQEA 3HSCA 5AFUA 3U9ZA 3GG4A 1W97L 4Y1CA 2QW9A 4DR1K 3SAHA 3SQ4A 1QE1A 1SQKA 3DOKA 3EKUA 1QTMA 1S9GA 4BROA 1JLBA 3O5BA 4N56A 3CCJN 5ADXA 1IG8A 3CCVN 4LSNA 2P51A 3LU6A 3T3FA 3WXKA 1ATNA 1YJWN 1E78A 1X9MA 4CFCA 1YTAA 3SIVB 4EHTA 2GV9A 2UXDK 4GDKB 1A5WA 3R8EA 3CCRN 3EE9A 1T05A 5JLHA 1LOTA 1JNBA 4CIGA 1NK5A 4C8OA 2BXGA 1SKWA 4I9LA 3AVNA 5HRNA 2E0YA 2YHBA 4NXMK 3KLEA 5J1EA 3MMVA 4B9VA 4KH4A 1JCFA 1YVNA 3SV4A 1NG9A 4NAWB 4W5QA 1XUPO 4E1NA 3ZYYX 3MXIA 3KTQA 1E7AA 3KD1E 2E4LA 4YOXA 5ID7A 4BRAA 3THXB 5C0YA 1U2VA 2XY7A 5AQIA 3OYAA 2GWKA 5AFUH 2Z1HA 1S3XA 1JXEA 4DTMA 3SPZA 3RSEB 4FWPA 1A5XA 4FLVA 2E8AA 2A1RA 1SL1A 3SQ1A 2NNWA 5ADXH 2YNHA 4IG3A 1EKEA 2DFEA 2VQFK 1RT3A 2VGMA 4CFBA 2RHKA 1TXUA 3FE1A 1EP4A 3LDOA 4KH6A 3TAMA 2HBKA 1Q86O 3O8MA 3EEQA 2P9KB 4CJFA 3SQ2A 3HPHA 5AQGA 3M99C 5BREA 1NKBA 1FJGK 5KTQA 3TAPA 4TSXA 1KLMA 3DLLL 3LP0A 4IZ9A 1FW6A 2ZM6K 2FSNA 1Y64A 4CVNE 3SZ2A 4PKGA 4J2VA 4KHPK 4ZUXV 3TTDA 1KD1O 5AQQA 3P39A 4DLEA 2ZQBA 2I30A 2YNGA 3AVBA 3HVRA 4IBNA 3CCUN 4MDBA 3ECPA 1YF5L 5HL7L 2W6LA 3HYFA 5DMRA 2HOEA 1NGBA 3CMAN 3HRGA 4DV0K 1YAGA 1BQMA 3ZT2A 4DUYK 1VQ9N 5BRHA 4N41A 4CJ4A 5ELZA 5CZ2A 3LALA 3K59A 2E2QA 2VWBA 4DV3K 3H46O 2HMIA 5AQXA 5FPEA 1KAYA 3DYAA 3I56N 1N5YA 3WQUA 3BZCA 2OPSA 1VAZA 3DRPA 1BU6O 1IH7A 4IFEA 3U8XA 4AHSA 5DK5A 3BUZB 3NVMA 4LF8K 2P9KA 3LDNA 4DQQA 1MA9B 2HHVA 1S1UA 4A5AA 2HBMA 3S9HA 1WSHA 4A59A 3K2PA 2BXHA 3SUQA 1Q9XA 1GOCA 1YTUA 4FK2A 4CHNA 1NGIA 3THYB 3NDKA 4PKHA 4I7FA 1YXQA 1KXPD 4DV5K 2A5XA 4GNIA 4FJHA 2AJEA 4CK1A 5BRDA 3HM9A 1QHAA 3CMEN 4KI6A 3M8QA 4KPYA 4M3ZA 4KBOA 4MQ3A 1VSLA 3DXKB 4A2AA 4C1NI 3OS2A 4K8XA 4MLHA 3CD6N 2XY5A 1TUUA 1RTDA 4GY2B 2PYLA 5AR0A 3U6FA 4OPHA 1HNVA 1EETA 3L2QA 1NKCA 4FLWA 1G99A 3CJBA 3KIOA 4M3RA 3N4QA 3QETA 3QIOA 1WOQA 2FSKA 4CF2A 5CHIA 2IGIA 4B9QA 3P83D 2RN2A 3K5LA 1IBLK 3CCSN 2ITGA 1MUSA 3OBYA 1ZBFA 4FWSA 2O8DA 4E7HA 4FWRA 3D2FA 4BRDA 1MIWA 5BPLA 3WNFA 5LJWA 2Z1GA 3K9KA 4FZYA 4Z4IA 4B1XB 3O08A 2YV0X 2UYTA 1MA9A 2E1ZA 4CJRA 4QOZB 3PLAA 1ATSA 4OKKA 2WC9A 1N32K 2GWJA 1B9DA 3IG1A 4BRHA 3H1QA 4A61A 4DQ8A 4CGGA 3DM2A 1RNHA 3ENHA 2QK9A 3THYA 3E01A 1FKOA 5M1KA 5D3GA 4KO0A 2OZSA 2ITMA 4BDPA 1Z25A 1OKJA 4W5TA 5DBYA 4C31B 4DSFA 4YFUA 3O9SA 1XNQK 3CX9A 4JK7A 3NAEA 3DXMB 1RFQA 3DXKA 2G8WA 4CK3A 1QZ6A 4J2BA 4NB4A 3IDHA 3VGLA 4CZLA 2BXFA 4H5WA 3EY1A 4XH4A 1KVCA 5JLFA 2UU9K 2HVIA 4FW1A 4KREA 4H5NA 4OPKA 5IWAK 1NJZA 2F9TA 3AVAA 5B5TA 3VTIA 1RCHA 3RRGA 4FJ8A 1K73O 3OS0A 1XQSC 1Y97A 2DYMA 1ZBIA 1KQSM 5M1NA 1HK1A 1BO5O 3RMAA 4DSIA 1WSFA 2CKXA 2YHWA 3THWB 3L8BA 3M8PA 4CJ3A 3NHGA 3ICXA 4MO5A 1C0UA 3HJFA 4CHZA 4CESA 1XNRK 4PWDA 3C0BA 5CY4A 3TWHA 3OYNA 3WNEA 1J54A 1CLQA 1VQMN 3J7AP 5BPKA 5IJFA 1NMNA 3ZEUA 1NJYA 2QHBA 2O8EB 3F9MA 4G9ZA 5HRPA 3V1RA 4O55A 4ZHRA 4CF9A 3SUPA 2E2PA 1C1BA 1XWLA 2E20A 4M3WA 2KWFA 1KW2A 3A73A 3MX5A 3BEXA 4FLXA 4RW7A 1VQ5N 3SAGA 2P9PB 3AVIA 4IOCL 1MIVA 2W41A 3DXMA 4ID5A 4EP5A 1JKHA 2Q0RA 1HPMA 4LF5K 3ZX2A 1VSEA 2AJQA 3NMUA 2F9WA 4JI6K 4CERA 1KFSA 2PBDA 3AA5X 3M8RA 1V4TA 1FKPA 3F9KA 4H0PA 4IJNA 3ZSOA 3D7EO 4JK8A 3L3VA 2HNZA 3ATVA 2Q36A 4DWIA 5E26A 4BGAA 4CEBA 4DU4A 2EX3A 1SUQA 2EFEA 4JKCA 4BE2A 1WN7A 1QQOA 3P31A 4ZTJA 1HQEA 2BXKA 1LWFA 5AQRA 3Q7BA 2YNIA 1VSKA 4HWIA 4FVMA 1LCUA 3OYFA 2BXAA 3D6RA 2NRVA 3MXMA 2Z8KA 3OYBA 1XMOK 2YKNA 3WUHA 4CK2A 1BA1A 3MDQA 4AHCA 4EP4A 2P9UB 3ZX0A 4R5PA 4M42A 2Z1IA 3CHWA 3TAQA 4B9MA 2OPPA 4I6MA 4CJEA 3D2EA 5AJ3K 3RR7A 3L2UA 2P5GA 4GMJB 4M41A 4BR4A 1SKSA 3B6PA 1RDCA 4YDUC 3NVKA 5AQHA 3NE6A 3NF7A 4FM0A 3MN7A 4YDUA 2EFHA 4LF4K 4IFYA 1TVRA 3K5NA 4OGCA 1LWCA 1KAZA 4HCCA 1JCEA 2IC3A 3QNOA 5I3UA 4B8AB 1T8EA 4LH5A 3CCLN 2HHUA 1NK6A 1XHXA 3B9LA 5I42A 3MK6A 1N6QA 1X3NA 1WB9A 1S1VA 4FCYA 1QS4A 4O5FA 2QWMA 1RDDA 3HXMA 4FJMA 5I9EB 4LH4A 4D7XA 2E2NA 4BQZA 4DQIA 1QHTA 3GL1A 2XHBA 4CI6A 2OZBB 1RT1A 1VSHA 2OCEA 4FWMA 3IMXA 4CEQA 1U4BA 4DV6K 3TPQA 3OHRA 1OVQA 2ZJRL 3VEXA 3T1YK 3O9UA 2VYPA 4BACA 1ITGA 5C24A 5H1SQ 2E2OA 4ZBQA 5AQSA 1TGOA 3KK3A 3NVIA 1KVBA 3EYZA 1W0HA 4H0YB 3VEOA 4XEIA 3V81A 2GEMA 5GADP 3QO9A 2BUPA 4M7YA 5M1QA 5IFOA 1L3SA 3E9LA 1X9WA 4FWOA 5EXWA 5KRTA 2GBZA 2ZD1A 3L6QA 4OO1J 4LB9A 1YT3A 5AQJA 1RBUA 4S1YA 2V7YA 4BC4A 1E7IA 1T6CA 4M3UA 4RW9A 4CJVA 3VQ9A 3VMFB 2VG7A 4NLBA 3OJUA 4DR5K 3D45A 4KI4A 1EQYA 2P9LB 4HUEA 4Z4EA 5JS1A 4CJUA 3OA9A 2GTDA 1ILYA 4FJCB 4Q0BA 1T03A 2G8VA 4BKEA 1IBKK 5KGWA 4YHHK 4JAXA 4PL7A 4GV3A 2GELA 3RR8A 2D0AA 4FJNA 3OYDA 2CH6A 1GLJO 4H03B 1WBBA 3KLIA 4EFHA 4BWMA 4E1JA 3CC7N 2KFNA 4M7XA 3IRXA 1DTQA 1KDXA 3GE1A 4J8FA 3FFIA 4CF0A 4DTRA 1NGAA 1IG9A 4FZZA 1GLEG 1S22A 3HZ6A 4IOAL 5AZJA 2BXNA 1GNIA 2NRZA 4FW2A 1SB0A 1DEJA 1QQMA 1VFIA 4IWVA 4YORA 1RTJA 2HF3A 3G6EN 4E1MA 3RMDA 1VSFA 4JKHA 3U4LA 1REVA 4XIUA 3ZETA 5SZTA 3RMBA 3VGMA 3O3GA 1C0TA 3H1VX 3VQBA 4N76A 4G1QA 3PV8A 4C8KA 1LOTB 4JKGB 3LP3A 4JKBA 4ZBRA 3JRYA 2LSNA 2NRWA 5FPDA 3V9UA 2BXEA 1LW2A 4H0XB 5MLCQ 1S72N 2P9LA 4IW1A 1IJGA 2Q97A 3VEZA 4Y1DA 3DLHA 2FF6A 1VK0A 4OGEA 3AVCA 2E5LK 2UXCK 3KLFA 3PX6A 3FLCO 4PO0A 1L5UA 3K5OA 1WUAA 2BXLA 4G04A 2DFFA 3VQQA 4HVJA 3MEEA 2YNFA 4FLYA 4KKOA 2XY6A 3KLGA 3VERA 1NOYA 1N34K 4F9OA 3KKSA 4FJ5A 1Z05A 2FLOA 4EMXA 3SBTA 1RGIA 3LPTA 2R7YA 4WF9L 3ENBA 3H08A 3SI6A 4ZBKA 1NK9A 4Z4CA 4KTZA 4RG8A 1GNJA 4JS4A 1RBRA 4O4GA 4HUGA 3PIOL 3VGKA 2VG5A 3LP2A 1ZXOA 4GDXA 5CYQA 1SAZA 3DRRA 3G10A 1TKTA 2QWQA 3L3UA 1LW0A 4TQ0A 2DBXA 4JKGA 2JWLA 1BISA 3CIPA 4IDKA 4CBXA 4ELUA 2WBNA 1QVFM 4CJLA 4IJAA 3VEVA 1RT7A 3WXJA 1MWKA 4B3SK 4DQSA 2BH1A 4AHTA 4DSEA 3OYIA 3O6WA 3RWUA 4L9KA 4FJ7A 3ISNC 4JKFA 2QI2A 2WUSA 3CF5L 3BGRA 4FM1A 3R9PA 2Q0UA 3O4WA 5LY3A 4K25A 4BR7A 1JCGA 1BHLA 1HA2A 1H9ZA 2BXOA 4DB3A 1Q7YO 4W4UB 2KTQA 3EO3A 5LL6Z 2V7ZA 1RBTA 4DU1A 3VQ5A 3H3AA 1BCOA 1RT6A 2ETJA 3CPEA 2CH5A 1L3UA 2VWJA 4DTUA 3WXLA 1O9XA 5IIUA 1YJNN 5TKWA 2OA8A 4K71A 1KVAA 3LWMA 3JYTA 1EWQA 1D4XA 2I2ZA 2GX9A 5DQFA 3L0QA 3MXJA 2WOMA 3NGZA 4IXCA 1J6ZA 3OYEA 4UQGA 1U04A 3QEPA 1ZBUA 4MO4A 3V08A 3ALYA 1NK8A 3ZSWA 4FWNA 3FZKA 1U47A 1OH6A 2A1SA 1QQNA 2FC0A 3OJSA 2Z8IA 4FZXC 4WA6B 3CC4N 3SIUB 2QMCA 4NXNK 4DFMA 1VQPN 3TU5A 1YITN 2UUBK 2GUPA 1KRPA 1WSIA 2XSIA 1YIJN 3B6OA 3D0PA 1VSDA 2W42A 2NRTA 5AQMA 4EHUA 1WSJA 2BXQA 3OYGA 3CXCM 4E7IA 4X62K 1Z26A 2WONA 3QFPA 4JEPA 5E41A 1XC9A 4KHYA 4B3OA 4L3QA 3V9SA 1GLDG 3WNHA 3LDLA 2D0CA 2O8DB 3AVFA 3O4QA 4O5BA 3D2FB 2YX6A 1L3TA 3FZHA 2QA4N 4GV9A 3W1SA 3VQIA 4H8KA 2HHHK 4B9NA 1CXUA 4ZC6A 3GOIA 3M5RA 3KZBA 4CW7B 2P1JA 4LFCK 3TSQA 2QEXN 1NU0A 2PY5A 1M1KO 3T1AA 4JKAA 5F1XA 4YOUA 3GDQA 4CHQA 4ILGB 5IT9O 1QSLA 3QBWA 1CXQA 4CGDA 1XHZA 2OT3A 4CEOA 4O0IA 1IJJA 3CM5A 3SBGA 1BGXT 4C23A 2HNDA 4BRGA 4RW6A 4DKWA 3CFOA 3DAWA 1W2BM 1LAWA 2IIRA 3AAPA 4H5RA 3ZX3A 1WNSA 4EAHD 4CGIA 3I55N 1NOZA 4JI1K 1RBSA 3VQPA 3UE5A 1VRUA 3PY8A 5FLXO 3KLHA 4GV6A 4FPBA 1GLAG 1ATRA 2KZZA 4QCLA 1VZSA 3H3NO 4OKEA 3HK2A 5EOYA 3RTVA 1GOBA 3P38A 2AA4A 3A75A 1RBVA 4CZFA 1Q82O 1ESVA 1HNXK 1NWKA 2J4RA 2Z1JA 4JKEA 4LUHA 3LPUA 1NJIO 1NM1A 3ASMA 3HBTA 2VUFA 3FR0A 2G8FA 4W5NA 1ZBLA 3L2WA 3ZSVA 3DLRA 3AVMA 3VENA 4CFDA 4BR9A 3CQXA 4DR2K 4DV1K 3O9TA 4F4KA 1HYSA 1B9FA 3QLHA 1NNEA 1MM8A 3IFRA 4B9TA 4I9QA 1E7GA 5FPMA 1CZAN 5AZIA 1E4GT 3ZEUB 3ULDA 4FM2A 4B3RK 1BG3A 1RDAA 3ZT1A 2O8FA 2XVUA 3NF9A 4JI4K 4BRCA 4NCBA 2G8KA 4ELTA 3SV3A 3DRSA 4WCEL 4DTJA 1MUHA 1TKXA 1KAXA 4W5OA 3F2KA 1JLAA 1NGGA 2EWSA 2RPIA 4FYDA 2DFHA 1JL1A 2YHYA 3UKRB 4CBUA 4GVEA 1ZBHA 3S3MA 3PO5A 3HSTB 4J2AA 4LF9K 4IKFA 4CZKA 2YHXA 4DFKA 3TDLA 4HTLA 3KD5E 3I8DA 3W0LA 4RW4A 2NRHA 3MX2A 5JVGL 3TTFA 1ASVA 2FBTA 4LUFA 4EIAA 4F5UA 1W9HA 4FWQA 4OJRA 1E7FA 3WHSA 4IOXA 4E3SA 4LF6K 4O44A 2OTLN 3EKSA 2CGKA 2HNYA 3V9WA 4BVPA 3B9MA 4FLZA 3O4NA 3ZT3A 4CZHA 3V1OA 3MN5A 3K58A 2YKMA 3V1QA 4N5SA 2G8IA 1Z6RA 3SCXA 4CJ7A 2HHQA 2CGLA 3A5LC 1RILA 4B8CA 1YJ9N 1AO6A 3OYCA 4HGMB 3TARA 4E89A 2LQHA 4A57A 2ZWHA 1VQ6N 4Q5VA 2D5RA 4JYAK 4F2SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BY9 C;  2NNW A;  3GQU A;  3NVI A;  3ID6 A;  2OZB B;  3NMU A;  3SIV B;  5GIP A;  3SIU B;  1NT2 B;  3PLA A;  3GQX A;  5GIN A;  5GIO A;  3NVK A;  3T7Z A;  3ICX A;  3NVM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KK2 A;  4DS5 A;  2VQE K;  2DG5 A;  3CCQ N;  3LDS A;  3KJL A;  3VA0 A;  1NLV A;  3OY9 A;  3V03 A;  2DY4 A;  3EZW A;  3VF2 A;  1BL3 A;  2RKI A;  1TYQ B;  5AQF A;  1E7C A;  1H5W A;  1VQ4 N;  1JXB A;  3PUF A;  4QS7 A;  2XVV A;  4CZM A;  3ITH A;  2GUT A;  1V4S A;  4KHS A;  2BXC A;  3KVG A;  2DYO A;  2HMP A;  1RT4 A;  4DM0 A;  2P9S A;  1WSE A;  2BDP A;  2O8B B;  1RDW X;  2O4G A;  3LM2 A;  5BN9 A;  3WEE B;  4FLU A;  3V6D A;  2NLX A;  1SZ2 A;  5KPZ A;  4FJK A;  3SMS A;  4M3Y A;  4WQ4 A;  4CJQ A;  1X9S A;  1ZYQ A;  5AQT A;  5AQZ A;  1EWR A;  2KW4 A;  4IW2 A;  2IVN A;  3TAF A;  1TV6 A;  1HYV A;  3CJ7 A;  2BE2 A;  4XH1 A;  4BRP A;  3S3N A;  1TAU A;  2LQI A;  1HQU A;  4N47 A;  1X9J A;  1U2V B;  3AO1 A;  1DLO A;  1S1X A;  2VGN A;  3A0I X;  3TR8 A;  5C12 A;  5KI6 A;  4M45 A;  1XI1 A;  2BX8 A;  1O1W A;  3AGK A;  5J2M A;  1NMD A;  4LD0 A;  3VQE A;  3HSC A;  5AFU A;  3U9Z A;  3GG4 A;  1W97 L;  4Y1C A;  2QW9 A;  4DR1 K;  3SAH A;  3SQ4 A;  1QE1 A;  1SQK A;  3DOK A;  3EKU A;  1QTM A;  1S9G A;  4BRO A;  1JLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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