2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
2NNWA 3NVKA 3T7ZA 1NT2B 3SIVB 3ID6A 4BY9C 5GIOA 5GINA 3NVMA 3PLAA 5GIPA 3ICXA 2OZBB 3GQUA 3GQXA 3NMUA 3NVIA 3SIUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BPMA 3HYFA 1M90O 2IIRA 4W5TA 2XO7A 3FWBC 1HNIA 1UA1A 4O5BA 3H45C 1RT3A 4GV6A 1XMOK 4F2SA 3MEGA 4BR7A 4KAZA 4QOZB 4BC4A 4NCAA 3OBYA 1ZBLA 2D0CA 5C24A 1BL3A 2A41A 3DXMB 4MLHA 3P4IA 1FKOA 1Q18A 5EY4A 3U8XA 1YF5L 4FK2A 4I7FA 1S1WA 2I5JA 3DXKB 4Z4GA 2F4VK 1T3VA 2IVOA 2P1JA 2P9PA 4EZ9A 4BE2A 1KD1O 4OO1J 2VG6A 3LALA 4J2AA 2GV9A 3MK6A 2AP1A 1G15A 1HNXK 3UE5A 5HLFA 3G6EN 2F96A 1C1BA 2GELA 1GNJA 3O4NA 2BE2A 4BDYA 2IDOA 1VQ8N 2ZGZA 4KHUA 4LF7K 4KB0A 1FJGK 1EXQA 4F5SA 1LAVA 1RT2A 1FXXA 2BX8A 4FWMA 4NO7A 3CQ8A 2X78A 2VGMA 3NAEA 3RMCA 1E7HA 4JI8K 2G8VA 3K0SA 3KD1E 1N34K 2E1ZA 3A73A 4M7XA 4DUYK 2O8CB 4I6MB 1ITGA 3KIKA 1S1VA 1SZ2A 3FNMA 4KHYA 1DT9A 3AV9A 1KAXA 1DLOA 5GAHP 1BU6O 3CJ9A 3KZBA 2PZSA 1QQCA 4FJKA 4Q5VA 1VQ7N 4K8XA 1I3AA 1WSHA 5AZJB 3CJAA 3IS9A 1SS6A 2OPQA 1VK0A 3O1WA 4AHUA 2YHAA 2FBTA 2BXOA 3MCAB 4GV3A 4DFMA 3MECA 3V1RA 4CFBA 1G99A 3TAGA 1Q82O 2VQEK 4BRAA 4G9ZA 4B9TA 4CJSA 3SBGA 2XVWA 4A57A 3V9ZA 5LJWA 1JXBA 4BRGA 3VQ5A 3MMVA 3G10A 4CZKA 2XY6A 2BXPA 3OYIA 3Q7CA 4Z0UA 1QVGM 3QEVA 1NNEA 3KWIA 2ZD1A 2NNWA 3ATVA 3BF1A 1NGJA 3VOVA 3ZSRA 1VZSA 2DBXA 2CH5A 4CHOA 1GLFO 4J2VA 2QI2A 3LDLA 4C23A 3SIVB 1BCOA 1MWMA 1T05A 2IVNA 4BRLA 1WSFA 5BPLA 3THWA 3L4QA 1KVBA 3VTIA 4FM0A 1OH6A 3UKUA 3PY8A 4AHVA 3TWHA 4JK9A 3NGZA 4CGFA 3ZYYX 3J80O 3CJ7A 4DV7K 2KHOA 2DG5A 5KQDA 1IKXA 4A5AA 4YY3K 2Q31A 1BGXT 2GWKA 3GA9L 4BRMA 5M1QA 4BGBA 1GNIA 1CXUA 2I2ZA 4XH5A 4M3XA 4C31B 4L8RB 3CIPA 1VQNN 5C2DA 1RNHA 2ZQBA 4BRDA 4FJ7A 3A5MC 3JYTA 5FPDA 3LL3A 4NXMK 4DF4A 4KREA 2DBUA 3FFKB 3QBXA 5HBMA 3L2UA 4HUFA 4KH5A 1N6QA 3VPZA 4B9MA 3CCUN 1ASWA 1Y97A 3QNNA 2XVQA 3HZ6A 4MLEA 1NKEA 3KJVA 3G9KD 3J81O 2KZMA 2XVVA 1D5AA 1ZXOA 5AQWA 4E1MA 4EMXA 4ID5A 2BXIA 4AQYK 3ZSOA 2Q36A 3GG4A 1TKDA 1VQ4N 3CC2N 1C0FA 4PQUA 2HHSA 1SKSA 5F1XA 1J53A 3SPZA 1K8KB 4O44A 5K14A 3TAPA 3P39A 3HPGA 2ASOA 4JI3K 4A62A 2B4JA 1S9GA 2IVPA 3HBTA 4MBEC 4A59A 2YNIA 4FWPA 3NGIA 5JVGL 1WAFA 2HMIA 4LH4A 4YHHK 3DLLL 1TV6A 4M42A 3AGRA 3HO1A 2QKKA 4F4KA 4GNIA 2ZJRL 3UIVA 3CYMA 2HHVA 2A5XA 3KLHA 2VCPA 1YTAA 3O4QA 3DLGA 1HUXA 4JHDB 1KAZA 3ZX0A 2QHBA 5DK5A 1NK0A 2I7PA 2OPSA 1ZBHA 1VSHA 1BA0A 4CJ7A 3QEIA 3AVGA 4CZMA 5AFUH 4H0TB 3EKSA 1TKXA 1X1PA 3WUHA 1KW2A 3AA4A 3CCMN 3CC7N 3SPYA 4FJXA 2HHHK 1BQMA 1KCFA 3VGLA 1KTQA 3VEXA 2NRXA 5T7BA 2G8IA 4QCLA 4DTJA 3F5TA 4LY7A 3OHRA 3L3UA 1F21A 4K25A 5FPEA 4CEFA 1UOCA 3I56N 3EEQA 2ITMA 1RDDA 4O0JA 4CJ3A 3ZETB 1T44A 2P5GA 4JYAK 3G4SN 1N33K 1Q9YA 2RHKA 3BY5A 4IKFA 4KI6A 4CGHA 3GQXA 4Z4IA 1HRHA 4JK8A 3SUPA 4LF5K 5IIXA 4O55A 3THYB 1YUWA 3CJ1A 2O8BA 2H3GX 2GX9A 2FF6A 1RT1A 2ATQA 1TKZA 3D2EA 1KVCA 3P31A 4BDPA 4M3RA 1W97L 3LM2A 1HQUA 4FWLA 2E88A 2BXHA 1NGBA 4IJNA 5JICA 1XNQK 2P9IA 3DMJA 4JI7K 1JCGA 5LL6Z 1C0MA 2V7YA 1WBBA 3BDPA 3NBPA 2YJFA 4CEEA 1TAQA 1VSEA 1GLAG 3M5RA 3OYLA 2FSKA 4FWRA 1MA9B 1D4XA 2F8SA 1NGFA 4B3OA 2E2PA 3BPJA 3SLCA 5C10A 1J5OA 2KQ2A 4PHTX 2OA8A 3C7NB 1BO5O 3F9KA 4BRQA 2HW3A 1VQKN 4JAXA 1ZBIA 2G8HA 1BIUA 2HBMA 1NMDA 4L8UA 4FLVA 4L3QA 2BGGA 1JXEA 2QEXN 3MWTA 3R8EA 1DKGD 1XHZA 4XH4A 2UUBK 1H5WA 3E1YA 5JMVA 2FXUA 4WYBA 1S1TA 4B9NA 2A40A 4LC9B 1BWFO 1KXPA 1TK8A 1B92A 2HNDA 5AQIA 2RN2A 4LB9A 4BE0A 3MN6A 3OYNA 2QWNA 4BR5A 4DV3K 3HPHA 5EOYA 4PL8A 3DLBA 1DGKN 3BZKA 4IBNA 4RTFD 3KLGA 2CH6A 3D7EO 5HOZA 4NYFA 2ETJA 2QWMA 2LXTA 4JKEA 2BDPA 4DQQA 1QS4A 4OPAA 5EVZA 1E4FT 4GKJK 2YJEA 3ZEUA 2P9LA 1U2VA 2Q2RA 3AARA 1HKCA 5BRHA 3K5OA 1DTQA 3O8MA 2KWFA 4KH6A 3S3MA 3THXA 4LUFA 1E7FA 1H9ZA 3K9JA 4DV4K 3C0BA 2V52B 1BQNA 5AQGA 5HRRA 3VA3A 3DRRA 3D2EB 4Z4HA 4KTWA 5D3GA 4OLAA 3AVJA 1IBKK 4DFKA 3WNGA 1K8AO 4DTOA 2QWQA 1HJRA 3OYEA 2E2OA 4OLBA 5HOOA 1IG9A 2NRHA 1NK8A 2HNZA 1VQON 3ULEA 1LOTA 4GDXA 1E7EA 2D1KA 3SQ2A 3CMAN 4FPAA 3SAGA 4DHXB 1E78A 2X6NA 1MM8A 5AJ3K 1DTTA 3K59A 4E89A 4YOVA 1SKRA 3V9UA 3ZT0A 2O4IA 3W3DA 1Z05A 3U9ZA 2X6SA 3A0IX 5HRNA 2KW4A 5ELZA 1HYVA 2BH1A 4BY9C 2DFEA 5KGXA 4BRIA 4ICLA 1JLEA 3A2FA 2YNHA 1HQEA 4FWQA 4PWDA 5ID9A 3EE8A 4HHTA 1R0AA 3NCIA 4CD3A 4CJQA 3K58A 4GY2B 4EHUA 3CCRN 1B9FA 2NRZA 3SQJA 3T1YK 3LM9A 4H03B 3DI6A 1U47A 4BRNA 2DBWA 1T8EA 1NJYA 5C42A 3DXMA 1EWQA 2WC9A 5FPMA 1XWLA 1DEJA 4DV5K 1RBRA 3DXKA 3VA0A 3L8BA 3S9HA 5D7GA 4DTXA 1TYQB 2IC3A 1JNBA 4W5NA 4EAHD 1D9DA 2VWBA 1S1XA 3I33A 2A1SA 4FK0A 3ECPA 3TSPA 2P9LB 3WXJA 4HTUA 1N5YA 4CZJA 2ASPA 4X66K 5IJ5A 4RG8A 2VWJA 4LF6K 4DU4A 2O8CA 3QICA 2K0NA 4I6MA 2VQFK 1TF0A 1WSJA 1BKEA 3VQAA 3H3OB 4EP4A 4E7IA 4DQSA 3P5JA 1LWFA 5EXWA 1RTJA 4IDKA 3PUFA 3KWGA 5DM7L 2Q97A 4QS7A 3RRGA 4OX9K 3S41A 2WTUA 5KQ8A 2HNYA 4AM6A 3VF4A 5ADXH 1QSSA 1MDUB 5AQUA 1QE1A 3L0QA 4CJEA 4CK3A 1S72N 1JLBA 3OJSA 1ZBSA 2F8TA 5AZJA 1N32K 1ZBFA 4DMNA 4DR3K 3EY1A 3NHGA 1KDXA 1IJJA 3QLHA 5AQVA 4CEAA 1R59O 3LWLA 1IBMK 4EZ6A 4LF9K 3TAFA 3BEXA 3C6TA 1EO1A 3FZMA 3V4IA 2D0PA 1YJNN 4KPYA 4KI4A 2EWSA 1J7EA 4RW9A 4DM0A 2FF3B 3FLCO 4GW6A 3VTHA 3OS1A 2ITGA 3ZSZA 3MAQA 3H6EA 1RBUA 1YXQA 3SJJA 3WNEA 3R6MA 4RCHA 5DQFA 1FW6A 3M1FA 1HPMA 3PSIA 2CGJA 4JV5K 5B8HA 4K43A 5FPNA 3NVKA 2BXGA 3FZLA 3LDPA 3MDQA 3SAHA 4L9KA 2JWLA 1ZC6A 2KZZA 2HHUA 3T3FA 4JKBA 4F2RA 4PO0A 4BC5A 3ASMA 3C6HA 1NOYA 4ILGB 1QTMA 3ZLJA 1RDCA 4FM1A 3CM5A 1VSFA 4YOXA 1QSYA 1NGDA 3RMDA 1EKEA 1EQYA 4FVUA 4CEZA 1OKJA 3MN7A 3O6WA 1QQMA 4U67L 2ROHA 3KJLA 2AGHB 1QHAA 3SQ1A 4FW2A 3LU8A 2P9SB 1HPZA 3SMSA 3TR8A 4AF1A 3O08A 4N76A 5LY3A 5GIPA 4CW7B 1UA0A 3CCLN 4RW4A 5IFOA 3EN9A 2DYOA 4FZYA 4GG2A 3IKMA 4K42A 1I39A 4B1VA 1S6PA 4ZHRA 3M8QA 3K5MA 3D6RA 1FOUA 1O13A 5FDLA 1L3UA 2DYMA 1IKVA 2UUCK 1U04A 4ELUA 3ID6A 3G71N 3EO3A 3FZKA 3U3YA 2E2QA 4A61A 4FWSA 2GUPA 4DFJA 1U49A 1NKBA 4MDBA 3K9KA 1RCHA 4S1YA 1K8KA 3GBTA 3CXCM 4AH9A 3SV4A 2IGIA 1NLVA 1U45A 1TL3A 3QIPA 3DYAA 1O1WA 4JKDA 4YNQA 2PYJA 2KFNA 3LDNA 4YORA 5AQRA 4GVMA 3NH1A 4K41A 5IJEA 5AQPA 4H4OA 4CK2A 3WXMB 1TK5A 4IOAL 4IFVA 4KFBA 2QK9A 3LP1A 3TI0A 4K0KK 4ZBQA 3JS6A 4F5TA 3DJCA 4JHDA 1BI4A 4IG3A 3LANA 3CX9A 3V6DA 3NF8A 4WCEL 3LZIA 2AJQA 3BP8A 4DR2K 3SBTA 2VUFA 4O8UA 3MEEA 2W6KA 1NM1A 4CJVA 5EU7A 5GAGP 4CJKA 3HVTA 4FO0A 5HROA 3QMLA 3DRSA 1JLCA 3WEEB 3F73A 3U4LA 3CC4N 2XW1A 2HB5A 2VG7A 3BGRA 4D7XA 2ZJQL 2OT3A 4OPKA 1C0UA 3VETA 3R1XA 4CF2A 3KD5E 3R3LA 3ZETA 4DS5A 5AQNA 3ZSWA 1LCUA 2FBXA 3L4IA 3WNFA 1TK0A 4F3TA 4PY5A 3AY9A 2HSTA 2QW9A 4DSIA 5J2PA 5M1KA 4F5UA 3RVCA 1M1KO 1YVUA 1E7BA 3H1VX 3TSUA 2OTJN 1YT3A 3THYA 2XMOA 1QQOA 1HNWK 4KHNA 3O1BA 2FSJA 2CKXA 4DV6K 3SUQA 1E3MA 1Z26A 4WE1A 4CF0A 4PKHA 1ILYA 4BR4A 1C6VA 1TL1A 4CFCA 3M8PA 4H5RA 3L3VA 3NF7A 4U7BA 2P9UB 2PAVA 4XEIA 3VQDA 1CZAN 4CESA 4NLBA 1YITN 1GOCA 5AFUA 3CPWM 1S6QA 4CK1A 1XUPO 4JI6K 4L9QA 4Z9OA 3NMUA 1VSIA 2J4RA 3E9OA 4A5BA 2D4WA 1MA9A 5CZ2A 4BKEA 3WHRA 3AO5A 1E7GA 3HVRA 3VQ8A 3C7NA 4A2BA 3G0ZA 3VF2A 2XHBA 1UWBA 3MXMA 2LQHA 2RE2A 4DV1K 5KPRA 2KKZA 3E01A 3U3GA 1VAZA 2GEMA 4CJLA 4HUGA 2OANA 3HL8A 4UY8O 3Q7BA 3HOSA 1HYSA 5BR9A 1RDUA 5I42A 2KFZA 3TTCA 1CZ9A 4GVEA 4ELTA 1BJ5A 1BI4B 3VQ9A 3VQCA 4DFPA 4PL7A 5LMUK 3CJCA 1K73O 5IJFA 4H0VB 2G8KA 1KXPD 4FLWA 5EX5A 2Z1IA 3J7AP 3DLKA 2OTLN 3O9TA 1NK9A 4TQ0A 4DSFA 4AHSA 3BF3A 3SCXA 4BQLA 3AVIA 2HBLA 1JLAA 1KLMA 4DTSA 5DBYA 2PYLA 3ZT4A 3AO4A 3JAMO 2F7TA 3V1OA 3ITHA 4CZIA 4Z4CA 5CYMA 3ZX3A 1NK4A 1NG9A 4H8KA 4BRKA 2XY8A 3OYCA 1BISA 2F9WA 3L6QA 3VQ6A 3NH0A 5GINA 3FZFA 3WQUA 1X9SA 2O8FB 4JKFA 1UAXA 3FE1A 5CZ1A 1MUHA 1MUSA 1HLUA 2BUPA 4CECA 4OVLA 4KBOA 4B9SA 2VWKA 2A6AA 4CFDA 3O80A 1S1UA 2QM6A 3HSTB 1V4TA 5KGWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 2NNW A;  3NVK A;  3T7Z A;  1NT2 B;  3SIV B;  3ID6 A;  4BY9 C;  5GIO A;  5GIN A;  3NVM A;  3PLA A;  5GIP A;  3ICX A;  2OZB B;  3GQU A;  3GQX A;  3NMU A;  3NVI A;  3SIU B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BPM A;  3HYF A;  1M90 O;  2IIR A;  4W5T A;  2XO7 A;  3FWB C;  1HNI A;  1UA1 A;  4O5B A;  3H45 C;  1RT3 A;  4GV6 A;  1XMO K;  4F2S A;  3MEG A;  4BR7 A;  4KAZ A;  4QOZ B;  4BC4 A;  4NCA A;  3OBY A;  1ZBL A;  2D0C A;  5C24 A;  1BL3 A;  2A41 A;  3DXM B;  4MLH A;  3P4I A;  1FKO A;  1Q18 A;  5EY4 A;  3U8X A;  1YF5 L;  4FK2 A;  4I7F A;  1S1W A;  2I5J A;  3DXK B;  4Z4G A;  2F4V K;  1T3V A;  2IVO A;  2P1J A;  2P9P A;  4EZ9 A;  4BE2 A;  1KD1 O;  4OO1 J;  2VG6 A;  3LAL A;  4J2A A;  2GV9 A;  3MK6 A;  2AP1 A;  1G15 A;  1HNX K;  3UE5 A;  5HLF A;  3G6E N;  2F96 A;  1C1B A;  2GEL A;  1GNJ A;  3O4N A;  2BE2 A;  4BDY A;  2IDO A;  1VQ8 N;  2ZGZ A;  4KHU A;  4LF7 K;  4KB0 A;  1FJG K;  1EXQ A;  4F5S A;  1LAV A;  1RT2 A;  1FXX A;  2BX8 A;  4FWM A;  4NO7 A;  3CQ8 A;  2X78 A;  2VGM A;  3NAE A;  3RMC A;  1E7H A;  4JI8 K;  2G8V A;  3K0S A;  3KD1 E;  1N34 K;  2E1Z A;  3A73 A;  4M7X A;  4DUY K;  2O8C B;  4I6M B;  1ITG A;  3KIK A;  1S1V A;  1SZ2 A;  3FNM A;  4KHY A;  1DT9 A;  3AV9 A;  1KAX A;  1DLO A;  5GAH P;  1BU6 O; 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