2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3T7ZA 3SIVB 3ID6A 2NNWA 3PLAA 3GQUA 1NT2B 5GIPA 3NVKA 4BY9C 3SIUB 2OZBB 3NVIA 3ICXA 3NVMA 5GIOA 5GINA 3NMUA 3GQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5MLCQ 3ULDA 3SIVB 4BC3A 2QXLA 3SQ4A 1V4SA 3BY5A 1OVQA 4JI3K 2BXAA 1JLBA 1JL2A 4CBXA 5IJEA 4BROA 3MN5A 4BRCA 4CJEA 1KVBA 1TAQA 2ETJA 4AHSA 1LNSA 2P9NA 1JLCA 1DTQA 2YDFA 4XH1A 1M1KO 2YNHA 5AQKA 1JCFA 4QAGA 4CZMA 4KREA 1VFIA 2ZQBA 3O4NA 2BXMA 4FYDA 2W40A 4OPAA 4Z4GA 5KQ8A 4GY2B 2IVNA 4FOEA 2HMPA 3HM8A 4DU1A 2P9SB 1YVUA 3SJHA 2JGUA 3MN7A 2EWSA 5AQMA 5HRPA 1VK0A 4KI6A 2ZD1A 3KLGA 2ITGA 4FLTA 4IG3A 4I9LA 1IO2A 1MA9B 1QVFM 5AQYA 3V09A 5AQOA 4W5NA 5GIOA 3RWUA 3C95A 3K59A 3ZLJA 2XMOA 4L8RB 1JLQA 1NGAA 2RHKA 4CK2A 4DQQA 3I56N 2YNGA 3FR0A 3U9ZA 4N76A 3O9QA 3O1BA 3DLLL 4M70B 5SWMA 2EFDA 2FSNA 1P8ZA 2UUCK 4ICLA 5FDLA 4H5NA 1VZSA 2OANA 3ITHA 4HUGA 4JKDA 4JHDA 1E78A 3O5BA 5HOOA 3TAGA 3KK2A 1NJIO 1IKYA 4DB3A 1HNVA 3C7NB 4FWLA 5BPNA 4BE2A 4OTUA 3LP1A 4JD2B 3TTDA 3AVIA 1TKXA 2YHWA 1U47A 5BRDA 3A73A 3S41A 1VSJA 1VQPN 1ILYA 2LOQA 4K41A 4YOYA 2GV9A 4RW7A 3HRGA 1MIWA 2WONA 2AP1A 3AO1A 2O8DB 3ENBA 3ECPA 5AQIA 4BR5A 3CX9A 2UYTA 1XI1A 1JKHA 4NCBA 3OS1A 3CIPA 2GELA 1EP4A 4CCHA 4CJ4A 3VQ9A 1J54A 3CXCM 4JKBA 2VWJA 3VENA 1XUPO 1VSIA 2BXIA 3L4IA 4KHPK 3A2FA 3MN6A 2WC9A 4I6MB 4IWVA 4DU3A 4WFAL 2OZSA 1IJGA 4CJSA 1CZBA 1XMOK 4FVMA 3HPOA 1I3AA 2D0OA 4CECA 4B3RK 3RVCA 3KK3A 2HHVA 1ITGA 3JS6A 4BG9A 4FWKA 1KXPA 4DR7K 1S1VA 4IDHA 4NCGA 2LXSA 1EETA 4LUFA 2HSTA 1HNZK 4DR1K 1NJYA 3CC2N 3IAYA 1D5AA 5HOZA 1N6QA 3MEGA 4KH6A 4IJAA 1CXUA 2FBTA 3ATUA 5E84A 2XY5A 4I2PA 2UXBK 4BR0A 3VF2A 4IW2A 1NK4A 5ID7A 4M3UA 4CJQA 2O8BB 3F9MA 1YHQN 3KLHA 4KRFA 3CFOA 3M8RA 2KZZA 1VSFA 1KAYA 5M1PA 1HK4A 1SL2A 1NLVA 2F8SA 3KIOA 3OYKA 4CJLA 1ATNA 3G9KD 4CIEA 1GOCA 5J2QA 3V81A 5C24A 3D2EA 4AHCA 4JI6K 3O8MA 4BRMA 1G15A 1T8EA 4CFCA 4QOZB 1YI2N 1A5VA 3OTOK 4FJ8A 3T7ZA 2DY4A 2V51B 4JYAK 3BP8A 5T7BA 2HHQA 3RRGA 1E7GA 3SLCA 3QO9A 1T6DA 2JUHA 3ZCMA 1XNRK 5DMRA 2VG6A 2CH5A 3WQTA 4J2DA 2HHSA 4G04A 5IIXA 2EX3A 5J2PA 4HTUA 1NKBA 4M3XA 4ZBKA 3KIKA 4KTWA 4YOWA 2OTLN 2A41A 3D6RA 3ASMA 4WA6B 4F2RA 3B6PA 3OW2M 3VEWA 3OHRA 3MXIA 1K8KA 2E6LA 3JXUA 3QNOA 2OPSA 4JI4K 4BR7A 1OH6A 1KTQA 1BIUA 1N36K 4FO0A 2ZE2A 2FBYA 4ELVA 4CJFA 1LV5A 3NF6A 3NGZA 3AY9A 4DV6K 4S1YA 3NH0A 3CCUN 3THWB 1BQMA 1X9MA 1S9EA 5GIPA 1IBLK 2NZTA 2GTDA 4N47A 3S3OA 4GDXA 3TWHA 3K9KA 1VSHA 3AA5X 2BXCA 3QFPA 3U3GA 4N41A 4HGKA 1RT3A 4H0YB 3PSIA 4A5AA 3FZKA 1N8RO 1QSLA 3KLEA 3KD5E 3T19A 1IG9A 4A61A 2X78A 2BUPA 2UUAK 3PIPL 2QWPA 3QEVA 1ATRA 1DGKN 2QWRA 1MWKA 4FLVA 1NGFA 3WUHA 2V7YA 1GOBA 3QERA 4OO1J 4LF6K 1RDWX 2LQIA 1GLFO 3VQEA 2HBLA 3D7EO 4CERA 3NCIA 2W41A 4B3OA 2VUFA 4QS8A 1HK2A 3AVMA 4CE9A 4CJTA 5AQNA 3DWLA 3NF7A 3P38A 1FXXA 3MK6A 1D9DA 3DLEA 4H5TA 1OH5A 3IDHA 1SKWA 1ESVA 4U7BA 3EE9A 4HVJA 4JKCA 2HF4A 1LOTA 5CYQA 4A57A 3ZX2A 3M6GA 1QHTA 5J2NA 4DTSA 4AHVA 1NK0A 4RW9A 1E7CA 3HZ6A 3KLIA 2NRVA 1VQ7N 5GHKA 2Q1NA 3EO3A 1ZC6A 2OPRA 3QB0A 5E26A 1BOTO 3HK2A 4Q0BA 1KXPD 5KRTA 4CHPA 1S6QA 1Q81O 3TTFA 1I39A 1Z6RA 3SAGA 4D7XA 3LM9A 2VWBA 3DM2A 4Z0UA 3QEXA 2ATQA 2GX9A 4J2VA 3TDLA 3ZSRA 2FBXA 3LM2A 1SL1A 1ASVA 2YI1A 3RMAA 2CH6A 4EHTA 2Q36A 4DV5K 2G8KA 2ASMA 3LDQA 1WBBA 1HJOA 2O8CA 4N3ZA 4DLGA 4CF2A 1LW2A 4N0FD 3ZX3A 3VQBA 2UXDK 1BL3A 2HW3A 1NM1A 4XH4A 2YNIA 2BDPA 4DSLA 5LMUK 3THYB 1NJXA 4JK4A 3ZT2A 4DKWA 4LFCK 1ZBHA 3VETA 1KSPA 3ZETB 1J78A 3FWCC 5JVGL 2QWQA 4C8KA 3HOSA 1B9FA 5AQJA 3LDPA 4FIPB 1JCGA 3CCQN 2OTJN 3LP3A 4FSVA 3LWMA 2VYPA 4A5BA 1SB0A 1NGDA 5I42A 3OYJA 1TK8A 1BO5O 3PV8A 1NK5A 4DTNA 1Q82O 4B3SK 3H37A 4MBEC 3KK1A 3DXMA 3ZSOA 3RR7A 4CBUA 5F0XA 4DSEA 2QHBA 4CK3A 4PKIA 2Y1IA 3WXMB 2F7TA 4Z4HA 4OTTA 3IRXA 4KB0A 5F1XA 2YHAA 1IV0A 5AQVA 1SQKA 4IXCA 4C8NA 3ATVA 1GNIA 4K2CA 1NGCA 1BDGA 3VQAA 5KPZA 4H5WA 3W0LA 2E2QA 3CCSN 1IG8A 3CPWM 1VQ9N 3S3NA 4IFYA 3HT3A 3HXMA 2QA4N 5E41A 3HP9A 3QICA 4E3SA 3A5MC 5HL7L 3DLGA 4DV2K 3NMUA 1Q7YO 2RPIA 5EOYA 1CZ9A 4Z4FA 4MDBA 1HUXA 3P5JA 2D0CA 5LJVA 3KLFA 1DLOA 4UY8O 3CJAA 1TK5A 3KK7A 2PAVA 2X6SA 4OVLA 4JI0K 2NRTA 2E20A 3SMPA 4BE1A 1NK9A 5CZ1A 3SUPA 3H1QA 2ZJRL 3BZCA 1GOAA 3VQQA 4CZFA 3ZEUB 3VPZA 3OYGA 3F73A 4CHOA 3UKRB 1GNJA 4BVOA 3CCVN 1H1VA 2AGHB 5C12A 5M1OA 4ZC6A 3K5NA 3THXA 3I0RA 2Z8IA 4JI1K 1JLFA 5AQRA 1CXQA 4OKEA 2CGKA 2P9IB 3H3AA 5BRHA 4GG2A 3DLRA 3MDQA 4FJMA 1ASWA 4K71A 4CGJA 3AVGA 5BPMA 4CJUA 2ZGYA 2GUIA 4JK7A 3C0BA 3G10A 3V9ZA 4ELTA 5AQPA 5AZJB 2G8UA 3WNFA 4AF1A 3FZMA 4H5RA 2YKMA 2PY5A 4DG1A 2FF3B 3LP2A 4IEEA 5D3GA 3CETA 1BKEA 4PQUA 1ZYQA 4ZBQA 5AQZA 4XIUA 1BISA 4PL7A 4FJXA 1P90A 2PYJA 3KZBA 5IIUA 3I8DA 5GAHP 4PKHA 1EWRA 3R8EA 3AVCA 2R7YA 3AV9A 4DFMA 3B6OA 4KB1A 3ZSVA 1RBVA 1HPZA 2O8EB 3B9LA 4BRFA 3GA9L 4MQ3A 2NRWA 2HF3A 2DYMA 1B9DA 5FPMA 4M41A 2P9LA 1RT6A 4FCYA 1UAXA 3QESA 3SUQA 4O0JA 2KKZA 3JQZA 3AVBA 4BRHA 4LUHA 5KRSA 3A5OC 3C6TA 2V7ZA 2OZBB 4F3OA 3DXKA 4OLBA 4J2AA 2BTFA 4KTZA 2YHXA 3HL8A 2P51A 4Y1DA 3WEEB 1IKVA 3QEIA 3TSPA 4FW1A 4FLXA 4IW1A 2Q0UA 1LWCA 1XC9A 3TARA 4FXDA 4BC5A 2W42A 4YY3K 1KVAA 4Z4CA 2YJFA 3WHQA 3QIPA 1RBTA 1YJNN 4FJKA 4YDUC 1HKGA 1RFQA 5AQHA 2YHBA 1N33K 3WHRA 4H8KA 3LU7A 4M7YA 3BGRA 3K5OA 3IS9A 5AZIA 4B8AB 2BE2A 1KLMA 3VGLA 2KWFA 1O9XA 3SV4A 3IKMA 2B5JA 4BRPA 4KHYA 3CYMA 3BF3A 3HSTB 3V08A 4JKFA 4O8KA 2UXCK 1KLNA 3V6DA 2HHXA 3EY1A 4BGAA 3AAPA 3AVJA 2VQFK 1S9GA 1DKGD 4FK5B 3L2UA 4M42A 2F96A 4BACA 3CPEA 5F2RA 2FSKA 1NMNA 1T3VA 1TVRA 4CJVA 4LF9K 3T1YK 1TKDA 3TAPA 2OA8A 1IKWA 4H4OA 4LF7K 3CQYA 1TV6A 1YTAA 4BRNA 4B1VA 3QEWA 4CEZA 1BU6O 4FM2A 4CZHA 3O9SA 1WOQA 4LB2A 5DBYA 3SQ0A 4JNEA 4Z69A 1RT2A 3TAFA 3H08A 1QHAA 2P9PB 4JAXA 1FKOA 3T3FA 3H46O 4B08A 3TAMA 5LY3A 3NDKA 3LDNA 4LC9B 3RMDA 1U04A 4KH5A 1TYQB 4FK2A 3SQJA 4C1NK 1U2VA 1WAJA 3EZ5A 2UU9K 4LF5K 3VTIA 4B9LA 3WXLA 3ZYYX 3DLHA 1QSSA 1J5EK 4FK0A 3FZLA 5CZ2A 2IS3A 5LJWA 1LWFA 3E9LA 4ZUXV 5TKYA 4DR6K 4BREA 5AQLA 1Q18A 4B1XB 1K73O 2OYQA 2AJQA 2IC3A 2NNWA 2ASPA 3WQUA 4CGGA 5ADXH 1W7AA 4JI5K 3PX0A 4B8CA 3VQ6A 3GQUA 2DBUA 3SCXA 3O4QA 1OH7A 4DR4K 3T69A 1U4BA 1IJJA 1C0MA 3LPTA 3AO3A 4JI8K 4H0XB 1UWBA 3HPHA 4PKGA 5AFUA 1U48A 4BRAA 2VG5A 3EKUA 3LU8A 4IEIA 5EU7A 5HLFA 3RR8A 4X64K 3RRHA 5HROA 4B9QA 1SL0A 4K0KK 4A2BA 3AVKA 2P5GA 2XSIA 2DYOA 4ISEA 1RBSA 5DM7L 3LDSA 4YNQA 3PO4A 4M3WA 5KQDA 1MWMA 3ALYA 4NCAA 2OZMA 1E3MA 2QWLA 3AVHA 1YAGA 2P9SA 4OX9K 1E7FA 3V03A 4FOIA 4EZ6A 2WUSA 3HBTA 4JK9A 4B9TA 4KHNA 3GBTA 2J4RA 3Q7BA 2VWKA 1U6ZA 3HVTA 5HRNA 3OYEA 3MXJA 4Z4EA 1RDUA 2Z1IA 4WQ5C 3VQPA 3G71N 4DQSA 1RDAA 2HNYA 3LAKA 1S1TA 3J80O 5FRNA 1YTUA 4WFBL 4M3TA 3CJCA 1O13A 3K0SA 1HQEA 5AQUA 2YX6A 5FPEA 4E7LA 2KTQA 1MIVA 4ZBRA 3ZSZA 3UKUA 2QWOA 3LPUA 3LALA 3NE6A 1NGGA 1E4FT 5AQGA 2IAJA 1QS4A 3WT0A 3SQ1A 1T05A 1XNQK 1QQCA 1HNIA 4MFBA 3VEVA 3AA4A 4GKKK 2XVWA 1A5WA 2F4VK 4FWMA 3OYMA 2GWJA 4X62K 3O08A 1OKJA 3VOVA 1VHXA 1FKPA 5FPNA 2NUBA 3QIOA 5A2QO 2O8DA 4JS5A 2G8FA 1SUQA 4IKFA 1VQ6N 1ZBUA 1RGIA 1S1UA 4CZLA 3K5MA 3NGYA 1LAWA 2GEMA 4E1NA 2A1SA 4W5QA 2KW4A 4DV3K 5B5TA 1MUHA 2XVVA 2YJEA 1Q9XA 3O1WA 4M45A 3OVNA 3TTCA 3CJBA 4B1WB 3TPQA 2E5LK 1VRTA 4OKJA 4I6MA 4DCHA 4FPBA 5M1KA 3OYLA 3FGUA 3D45A 3KWGA 1EX4A 3KKSA 3VEZA 1BA0A 1HR0K 4LY7A 3MX2A 4F2SA 3ID8A 4NYFA 3OYCA 1HRHA 1D8YA 3R1XA 4EMXA 1K8KB 4KFBA 4IJNA 1E7IA 4ISFA 1RDCA 3QLHA 4G01A 3BPJA 4BKEA 2Z8KA 5C0YA 4ISGA 4CZIA 4B3MK 4K8ZA 3CFRA 3IMXA 1V4TA 1BA1A 4C8OA 3P83D 4CGHA 4X65K 4LFBK 2BXEA 5AQQA 4DF4A 3E9PA 4DSIA 4QCLA 4DTXA 1YIJN 3RSEB 2HOEA 4IO9L 4F5TA 3J7YP 4BRLA 4M7XA 1C0GA 3D0PA 2ASOA 3CM6A 5D7GA 4PO0A 4PA1A 3ZSYA 1HQUA 1WN7A 4ZCGA 1W9HA 4OLAA 3SYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T7Z A;  3SIV B;  3ID6 A;  2NNW A;  3PLA A;  3GQU A;  1NT2 B;  5GIP A;  3NVK A;  4BY9 C;  3SIU B;  2OZB B;  3NVI A;  3ICX A;  3NVM A;  5GIO A;  5GIN A;  3NMU A;  3GQX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5MLC Q;  3ULD A;  3SIV B;  4BC3 A;  2QXL A;  3SQ4 A;  1V4S A;  3BY5 A;  1OVQ A;  4JI3 K;  2BXA A;  1JLB A;  1JL2 A;  4CBX A;  5IJE A;  4BRO A;  3MN5 A;  4BRC A;  4CJE A;  1KVB A;  1TAQ A;  2ETJ A;  4AHS A;  1LNS A;  2P9N A;  1JLC A;  1DTQ A;  2YDF A;  4XH1 A;  1M1K O;  2YNH A;  5AQK A;  1JCF A;  4QAG A;  4CZM A;  4KRE A;  1VFI A;  2ZQB A;  3O4N A;  2BXM A;  4FYD A;  2W40 A;  4OPA A;  4Z4G A;  5KQ8 A;  4GY2 B;  2IVN A;  4FOE A;  2HMP A;  3HM8 A;  4DU1 A;  2P9S B;  1YVU A;  3SJH A;  2JGU A;  3MN7 A;  2EWS A;  5AQM A;  5HRP A;  1VK0 A;  4KI6 A;  2ZD1 A;  3KLG A;  2ITG A;  4FLT A;  4IG3 A;  4I9L A;  1IO2 A;  1MA9 B;  1QVF M;  5AQY A;  3V09 A;  5AQO A;  4W5N A;  5GIO A;  3RWU A;  3C95 A;  3K59 A;  3ZLJ A;  2XMO A;  4L8R B;  1JLQ A;  1NGA A;  2RHK A;  4CK2 A;  4DQQ A;  3I56 N;  2YNG A;  3FR0 A;  3U9Z A;  4N76 A;  3O9Q A;  3O1B A;  3DLL L;  4M70 B;  5SWM A;  2EFD A;  2FSN A;  1P8Z A;  2UUC K;  4ICL A;  5FDL A;  4H5N A;  1VZS A;  2OAN A;  3ITH A;  4HUG A;  4JKD A;  4JHD A;  1E78 A;  3O5B A;  5HOO A; 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