2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
molecule tags Transferase
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3GQUA 3ICXA 3GQXA 5GINA 4BY9C 3NVKA 3NVMA 3ID6A 3SIUB 3T7ZA 3NVIA 3NMUA 5GIPA 3PLAA 5GIOA 1NT2B 2NNWA 3SIVB 2OZBB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K5LA 3CM5A 4ELUA 1BWFO 3SNNA 1YXQA 2NRRA 3FE1A 2QM6A 4E0DA 1TK5A 4K71A 1RTJA 2F7TA 5LY3A 4M7XA 5TKWA 2QWNA 3MN5A 5C15A 5DMRA 4X62K 1E7CA 1RT7A 1Y64A 3JAMO 2ETJA 2P9SB 4B8CA 3GG4A 3QB0A 4FWPA 4YY3K 2P9KB 3VENA 4QOZB 4CK3A 2UYTA 1QSYA 4WFBL 4FWSA 3AO4A 3VQAA 4CEAA 1W0HA 2P5OA 5DBYA 1UA1A 4GG2A 1KVCA 1RFQA 5AJ3K 3CCLN 4F5SA 3KK7A 2EFCA 2KBZA 2P9NB 5HROA 2OANA 2VWKA 4H0YB 5F1XA 4AH9A 5FDLA 1NBWA 4DTNA 3TAMA 3AAQA 3CIPA 3HOTA 1VK0A 1HK3A 3LAMA 5HP1A 4B9NA 5GINA 4IW2A 3DXKA 3LWMA 3H46O 3SCXA 4FL9A 1U2VA 1BHLA 4C23A 2HVIA 2HHQA 4H5WA 4FCYA 4C8NA 4DV2K 5E84A 5JVGL 4B9TA 1HJRA 1YI2N 1MWMA 4YFUA 1C0GA 1N32K 3OYCA 4DWIA 4CJEA 3C7NB 1BA1A 5AQTA 2BXGA 4DS5A 5JLFA 4J2AA 2P5GA 3E01A 1E7BA 4CHQA 1NGDA 2F96A 3TABA 1NLVA 3TAPA 4E7KA 3QETA 4DKWA 3PLAA 2O8BA 4B1VA 3F5TA 3NFAA 5CHIA 4HUGA 4A62A 4H0VB 3HT3A 3PX6A 3AVHA 4WA6B 4H5TA 3DXKB 2F8SA 3SUPA 2OPPA 2O8BB 4EMXA 2BE2A 3LP3A 5HRPA 4ZUXV 1KDXA 1RT5A 2E1ZA 4HUFA 4Y0WA 4H8KA 3MMVA 4FVMA 3TI0A 2E5LK 4W4UB 5K14A 2QWPA 1TV6A 5J2MA 1IH7A 3WXIA 3C94A 4FLTA 2E4LA 4CZKA 3MHSB 1FJGK 3TAGA 1B9DA 4DV1K 4M3UA 1TYQA 5EU7A 3NF7A 4CI6A 5IJFA 3AGRA 3QLHA 5I42A 2HMIA 4Y1DA 4E7HA 1K73O 1GLAG 4CHNA 1VZSA 2E2PA 3RRGA 1WSJA 1BA0A 1BCOA 5AQWA 3O1WA 2V7YA 3QNOA 3V9XA 3ZX2A 4L9KA 4QAGA 3L2RA 4AHRA 1RDWX 3VN5A 5IIUA 3DLBA 1S6QA 3BEXA 2YX6A 4W5QA 2VG6A 4YDUA 3KZBA 3V08A 1Q82O 1W7AA 1TKDA 4JKGA 4LY7A 2G8FA 1RDUA 3OY9A 5M1NA 1XC9A 1JLFA 2ASPA 1J9AA 2YCHA 1SB0A 4QS8A 4FW1A 1HKBA 3SQ2A 3U9ZA 2NRTA 2PYJA 3VOVA 1UWBA 3ZSOA 4LF6K 3ZSWA 4D7XA 3H6EA 1WSGA 5J2PA 4RW9A 4FYDA 4BROA 3TAQA 1E4GT 4CEFA 5GAHP 2W42A 2YJEA 4NXNK 1OH6A 4JHDA 2IAJA 1MA9B 1MWKA 3C6UA 4L8UA 3BDPA 2HHSA 4G1QA 1VRUA 1O1WA 1JCFA 4ZHRA 4S1YA 3OJSA 3D2FB 5KGXA 5KRSA 1YAGA 2RHKA 4CJTA 5AQYA 2D0AA 4CESA 3KVGA 3GBTA 3W1SA 1ZC6A 2BXPA 5LMNK 4DV3K 1U45A 4K8ZA 4LF9K 1SL0A 5C0YA 3HM9A 2OCEA 1HK5A 1VQ4N 2DBUA 1QVGM 3WHRA 4KTQA 2XSIA 3NGZA 3UIQA 2HBMA 1E3MA 5AQZA 4KV8A 5CE3A 1LOTA 1TKTA 4DS4A 4H03B 1SAZA 1YT3A 2F4VK 4DR7K 1U4BA 4E7JA 3JXUA 4MLHA 3SPZA 1F21A 3T7ZA 4IWVA 3R3LA 4LF7K 4YOUA 2HW3A 4EAHD 3BZKA 3VEYA 1E7FA 4KAZA 5DM6L 3SMPA 3SBGA 4RWTA 2D4WA 5DQFA 4DTXA 4H0OA 2VQEK 1Q18A 4MFBA 3HOSA 2Y1JA 3O6WA 2Q2RA 5D3GA 2CGKA 1NK6A 3R1XA 3KK1A 2I2ZA 4BE1A 2IC3A 4I2QA 5SWMA 4LF8K 2ITGA 3JRYA 5BPNA 4JKCA 2F8TA 2OYQA 4WF9L 4LH5A 3DLKA 1C0MA 3ZEUB 1QHTA 4E1MA 5MLCQ 1T03A 1VAZA 3D0PA 1NGHA 4JKHA 2UXDK 4BRHA 4K43A 3CCRN 2P9UA 1KVBA 3TDLA 3FR0A 4WYBA 3OA9A 3HZ6A 3C6TA 4JI2K 3HP9A 3UE5A 4O0JA 2Z8IA 3M99C 1Z6RA 4FLXA 4BDPA 2PYLA 4DSLA 4LF4K 1O9XA 4DTPA 4OPHA 3PX4A 2P9LA 4DFKA 2RN2A 3K5OA 3R8EA 4Z9OA 4WQ4A 3QFUA 4XH5A 2IDOA 3QEVA 4HTLA 1BO5O 4W5TA 1L3SA 3LANA 5B5TA 4DQRA 3SMSA 4CZEA 4CHOA 3PY8A 3L2UA 5GIOA 1FKPA 3O3FA 3GQUA 4W5NA 1IV0A 3CHWA 1WAJA 2QMCA 4JK7A 3CQYA 2BXCA 4C1NK 1HR0K 2UUCK 3D6RA 2QKKA 2GTDA 4GMJB 4JK4A 4M42A 2BXBA 2EFHA 4E19A 4YORA 4I2PA 2Z8JA 1NGJA 5J2QA 4JI5K 3CMAN 4CBXA 4N56A 3K0SA 2E1YA 4OKKA 4DV7K 2NZTA 2ASOA 3RR8A 2OT3A 4FJLA 2DFFA 3FWBC 3ULDA 3AVAA 3LP1A 3I8DA 3SUNA 2P9KA 2VWJA 4B9LA 2WOMA 3LDLA 2I30A 1ESVA 2HNYA 3VEOA 3DWLA 1U48A 4K41A 3NBPA 3KKRA 4DSEA 4K0KK 3VTIA 2V51B 1VQLN 1ZYQA 1TK0A 2NRWA 3SUOA 3QFPA 2CGJA 1NK5A 3U4LA 3LDNA 2HNZA 3VQPA 3BF1A 4HVJA 4IG0A 2XVQA 3SIUB 2JWLA 3H3AA 4XIUA 4KB1A 5C10A 3VEWA 1WAFA 4OPJA 3E9OA 3E9LA 1LW0A 1BISA 2OZMA 4M63C 4ZBKA 1KQSM 4DFPA 5IJEA 5M1QA 4GY2B 4DTSA 3CXCM 2YI1A 1ZBIA 2XMOA 3T19A 5HBMA 3LDPA 3WNHA 4KPYA 4PWDA 3H3OB 4UQGA 1Z26A 4FJGA 3WEEA 4JKFA 4CD3A 4FSVA 3UKRB 2DBXA 4TQ1A 4F9OA 1FW6A 1AO6A 2G8UA 1S1UA 5FPEA 4FW2A 1HLUA 3MWPA 4ID5A 5J2NA 4JI3K 5KQDA 2QW9A 3LDSA 4N3ZA 2YNHA 3HXMA 1YIJN 3HRGA 4IFEA 5J1EA 1RT3A 3HPGA 3U3GA 1IG8A 3EEQA 1DT9A 2RKIA 4JKDA 2XVWA 2EX3A 4DHYA 4M3TA 4C8LA 5EVZA 1YHQN 1NM1A 3O9QA 2UXCK 3PX0A 3F9MA 1W9HA 4WQ5A 3DM2A 2OTLN 4H5RA 3FZLA 3DLEA 3QIOA 1KLMA 4M70B 4FWKA 3QEIA 2ZD1A 4CD1A 1S1VA 3QIPA 4DFMA 4G03A 1E7AA 3KJVA 1VSHA 3MHHB 1GOCA 2AP1A 3KHYA 2W40A 1NU0A 4OPAA 3ZSYA 4OGCA 4NAWB 5FRNA 3D7EO 3QNNA 5BREA 3THYA 4OKJA 1N36K 2Q1NA 4DG1A 2YHAA 2ZGZA 2HHUA 2LQIA 3CJ7A 1FKOA 5AQSA 1C0UA 3VMFB 1TL3A 1KFSA 3KD1E 3ULEB 4CEEA 3ISNC 4HCBA 4JS4A 1P8ZA 2DYMA 4FWNA 3MEEA 4FK5B 1C0FA 1HNZK 4B8AB 1BI4A 3IS9A 3CG7A 5I9EB 3VQIA 5IJ5A 3IFRA 1BUPA 2FLOA 2Q3SA 3AA3A 1WBBA 3L3VA 4NYNA 4C8MA 1J5EK 4QS7A 4OTTA 4BGBA 1KXPA 4KI4A 1E4FT 3U8XA 2OZBB 1NGGA 1HX1A 1MIVA 4DF8A 2HOEA 1TUUA 2W6KA 5HOZA 3TTFA 3WEEB 3CC4N 1JJ2M 4IEEA 2W6LA 1NMDA 2J4RA 4A5AA 4B1UB 4AHUA 4CJSA 2P51A 3LDOA 4AQYK 1RTDA 3KKSA 3VGMA 4I6MA 2VUFA 4W5OA 3B9MA 2G8HA 3CCJN 4CGIA 1RCHA 5AQMA 4OLAA 3OS0A 4JI6K 1CZBA 3FZKA 1L3VA 4J8FA 2ZE2A 5BR9A 4EHTA 1D4XA 3V81A 3QERA 4I7FA 1D8YA 3AVGA 1SS6A 4C1NI 2O8FB 4XH4A 3V03A 5FROA 3BY5A 3CC2N 4CHYA 3V1QA 4YOTA 3DLRA 4FLVA 4DTMA 3MX2A 3F9KA 4F3TA 4CEDA 1NJYA 1IJGA 4DV4K 3AVBA 2DFEA 2QXLA 3VEZA 2JLEA 3SI6A 4HGKA 3RMDA 3VQ5A 3UIVA 5AZIA 5BPLA 1UA0A 2P9NA 4CEZA 1QQCA 1VQ5N 4V19S 2BGGA 4FWOA 1JLBA 5FUOA 3CCSN 2QM1A 2NRHA 3GOIA 4IFYA 5EX5A 1GLFO 3SIVB 2GBZA 4WFAL 3OVNA 3ZT4A 4BRAA 5HRRA 4H0PA 4F2RA 3AVIA 1XI1A 4BR0A 3ZEUA 2BXIA 1Z25A 4CGDA 4BRDA 1VRTA 4I9OA 3QBWA 2HHHK 2WC9A 2LSNA 3AO3A 3K5NA 4O5FA 2Z1HA 4KB0A 4IEIA 1SKSA 3LPUA 2V36A 5GAGP 2X6SA 4CJ3A 3OYGA 4Q0BA 1Z05A 4B08A 3MXJA 4DR1K 1GNJA 4C31B 1E7IA 1KAXA 3C6AA 1RT4A 4B9VA 4CZHA 5IIXA 2YHBA 3AGKA 1BQNA 3VQBA 3LU6A 3A0IX 3A5NC 3F2KA 4R5PA 4PKHA 2XHBA 4I6MB 4M3XA 1N5UA 5M1FA 1U04A 3KD5E 3C6HA 1CXQA 2YJFA 4ILHA 1LOTB 3WNFA 3CERA 4BR4A 3H37A 3LALA 1KTQA 2OZSA 4BG9A 2OTJN 3S41A 5C42A 3CFOA 1X9SA 2JGUA 4IDHA 4DSKA 3K57A 4CJ7A 3QESA 4FJJA 3OJUA 2Z1IA 2HNDA 1RNHA 1RT2A 1VQ7N 4GVMA 4F5TA 1LAVA 4YNQA 5SZTA 1TAQA 2O4IA 4TSXA 4PKGA 3B6OA 1YTUA 3ID8A 1E7HA 2V52B 1ZBFA 4DUYK 3CPEA 4BRKA 3RMAA 3VGKA 5ELZA 2O8EA 1NGCA 4B1YB 4DFJA 1OKJA 3NVMA 2E0XA 4JAXA 3J7ZO 3OYIA 1SL2A 4X65K 5B8HA 3VQDA 3ITHA 4GDKB 4CGFA 2HHVA 2HF3A 4ILJA 2HVHA 5LMUK 4H0XB 1HUXA 3C7NA 1KD1O 2GWJA 4BRFA 4FJXA 5ID7A 1X9WA 5KI6A 1TGOA 2P9UB 1RTHA 4ISFA 5AQOA 3RR7A 3O5BA 2YKNA 5T7BA 5GIPA 5C2FA 4E89A 4CF2A 3TTDA 1RT6A 2E6LA 3L4IA 1VSFA 4BC2A 4JS5A 3NCIA 1QSSA 5E41A 1ZBHA 4Z4CA 3D45A 1BG3A 1JCEA 1WUAA 2FXUA 1WBDA 4DUZK 3EO3A 4IZ9A 5CY4A 4JD2B 1ZXOA 5HRNA 2WONA 2H3GX 3G0ZA 3SJHA 1HQEA 4J2VA 2VG5A 4R79A 4ZTFA 4M7YA 2VGMA 4A2AA 3HPOA 3GDQA 4F8RA 2ZM6K 4ISGA 5AQGA 4EIAA 1FOUA 2E20A 4LH4A 1BCMA 3ZCMA 1J6ZA 3DXMA 4RW7A 1ILYA 1HYSA 3W0LA 3CCEN 1QQOA 1LV5A 4AHSA 4FJ9A 1HNVA 2GWKA 4CJFA 4CGGA 4YOVA 4MBEC 3SQ0A 1TKXA 5LJWA 1S22A 1NK9A 2NLXA 4PHTX 1XUPO 4CZGA 3HBTA 3KWIA 1EKEA 4CCHA 3HO1A 3M8RA 1MU2A 1LAWA 3LP2A 5GADP 4FJCB 3LM9A 4Z4FA 4Q5VA 1ATNA 4IXCA 3MAQA 3WXKA 2PY5A 2YHYA 4N0FD 3V1OA 1RILA 2GV9A 1EO1A 3T1AA 1GOAA 1BL3A 2NNWA 4FM1A 3MK6A 1UORA 2OPQA 3ULEA 3NF9A 1REVA 4EZ9A 4CE9A 4E7LA 3PO4A 5I3UA 1D9DA 3U9DA 1RBTA 1BQMA 3A5LC 3EE9A 3I8BA 2YHWA 3IMXA 1DLOA 1HKGA 3CJCA 3AO5A 2FF3B 3O9RA 3QEPA 3VA0A 1ATRA 1CLQA 1TVRA 1RDBA 3SK3A 1BU6O 1FK9A 3IDHA 3PIOL 1S3XA 2ATQA 3AO2A 2QXFA 1NT2B 1BM0A 1IO2A 3M8PA 3J7YP 3C95A 1OH8A 3BPJA 3ZX0A 3E9PA 3DXMB 3MXMA 3RSEB 5JVHL 1Q86O 4E99A 3EY1A 5C24A 1ZBUA 4BC4A 4HWIA 2OPRA 2AJQA 2W41A 5AFUA 3OYMA 4H4MA 1VQKN 4K25A 4QCLA 3FLCO 4E1NA 2YHXA 1NJIO 1HK4A 3V9UA 3LM2A 3QEXA 1NNEA 1U6ZA 4FJHA 2LOQA 3PSIA 4YHHK 4NXMK 4DLEA 1X9MA 4KH6A 1RT1A 4GDXA 4MDAA 3THYB 1QHAA 4NCAA 3WQUA 4G04A 1NJZA 2QK9A 4RG8A 3P4IA 3TSPA 1KLNA 3J80O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  3ICX A;  3GQX A;  5GIN A;  4BY9 C;  3NVK A;  3NVM A;  3ID6 A;  3SIU B;  3T7Z A;  3NVI A;  3NMU A;  5GIP A;  3PLA A;  5GIO A;  1NT2 B;  2NNW A;  3SIV B;  2OZB B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K5L A;  3CM5 A;  4ELU A;  1BWF O;  3SNN A;  1YXQ A;  2NRR A;  3FE1 A;  2QM6 A;  4E0D A;  1TK5 A;  4K71 A;  1RTJ A;  2F7T A;  5LY3 A;  4M7X A;  5TKW A;  2QWN A;  3MN5 A;  5C15 A;  5DMR A;  4X62 K;  1E7C A;  1RT7 A;  1Y64 A;  3JAM O;  2ETJ A;  2P9S B;  4B8C A;  3GG4 A;  3QB0 A;  4FWP A;  4YY3 K;  2P9K B;  3VEN A;  4QOZ B;  4CK3 A;  2UYT A;  1QSY A;  4WFB L;  4FWS A;  3AO4 A;  3VQA A;  4CEA A;  1W0H A;  2P5O A;  5DBY A;  1UA1 A;  4GG2 A;  1KVC A;  1RFQ A;  5AJ3 K;  3CCL N;  4F5S A;  3KK7 A;  2EFC A;  2KBZ A;  2P9N B;  5HRO A;  2OAN A;  2VWK A;  4H0Y B;  5F1X A;  4AH9 A;  5FDL A;  1NBW A;  4DTN A;  3TAM A;  3AAQ A;  3CIP A;  3HOT A;  1VK0 A;  1HK3 A;  3LAM A;  5HP1 A;  4B9N A;  5GIN A;  4IW2 A;  3DXK A;  3LWM A;  3H46 O;  3SCX A;  4FL9 A;  1U2V A;  1BHL A;  4C23 A;  2HVI A;  2HHQ A;  4H5W A;  4FCY A;  4C8N A;  4DV2 K;  5E84 A;  5JVG L;  4B9T A;  1HJR A;  1YI2 N;  1MWM A;  4YFU A;  1C0G A;  1N32 K;  3OYC A;  4DWI A;  4CJE A;  3C7N B;  1BA1 A;  5AQT A;  2BXG A;  4DS5 A;  5JLF A;  4J2A A;  2P5G A; 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