2NNWA

Alternative conformations of nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box c/d rnps
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
363
structure length
350
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 127
structure length 350
sequence length 363
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 2nnwA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nnwA01
3SIVB 2OZBB 3NVMA 5GIOA 3ICXA 3NVIA 3T7ZA 3ID6A 5GINA 4BY9C 5GIPA 2NNWA 3GQXA 3NVKA 3SIUB 3PLAA 3GQUA 1NT2B 3NMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BXHA 3THYB 3C0BA 4GY2B 2HHXA 2A5XA 1KC8O 2YNIA 3CIPA 1NMDA 4BRMA 2FXUA 4JLHA 2VQEK 3CC2N 1GOAA 4B1ZA 3CMAN 1RCHA 3OYFA 1RDAA 3JAMO 4GG2A 4MO5A 3OY9A 1XNQK 4IJAA 4AHVA 3HVRA 2D0AA 1HKBA 1TYQA 3HP9A 3H3AA 4JK4A 1SQKA 3A5OC 3NGZA 3GOIA 2Q3SA 4H0PA 2XRIA 4EP5A 4CF2A 1TK0A 3KJLA 1AO6A 5BPNA 3EYZA 2ZD1A 1HNIA 4RW4A 4JKGA 3SK3A 4H5WA 2YCHA 2XVVA 1SL2A 5DMRA 4BR5A 3SBGA 3L4IA 4FCYA 3VENA 3O3GA 2B4JA 2ZM6K 1S1TA 1VQMN 1V4TA 4A2AA 1U49A 3CHWA 4KHSA 5ELZA 1L3SA 2AJQA 3MWTA 3TAPA 1XHZA 4M3ZA 3U8XA 2HVHA 1H5WA 3RMBA 3I0SA 4ELUA 2ZJRL 5BPMA 4B9NA 4YY3K 2PZSA 3K5OA 2DBXA 4CHOA 5C12A 1RT6A 3DLGA 3H3NO 4FM0A 3HK2A 3OYDA 3H37A 2P9IA 5IJ5A 4C8LA 4GDXA 5C15A 1U04A 4OPHA 4CJQA 4RW9A 1MA9A 2F9TA 5JICA 2RF2A 1JL1A 2Q0UA 3E66A 3MXJA 4DUZK 2JWKA 3NAEA 4DTJA 4TQ0A 2BXKA 4F3TA 2IVPA 3NHGA 1IBMK 1T6CA 1ASUA 1T03A 2P9PB 1VQ6N 2O8BA 3ASMA 1W97L 4H0TB 4O0JA 5GIOA 3LU6A 3RSEA 5GHKA 4DCHA 1LAVA 3U3YA 1VQNN 2YHXA 4OPKA 5GIPA 4Q0BA 1JLBA 3H6EA 3OBYA 1RDWX 4F2RA 5EX5A 2EFCA 4EZ6A 3F2KA 2HB5A 2DYOA 4PY5A 2W6KA 3V81A 3D45A 3KVGA 2YJFA 1U48A 4W5QA 4DTNA 2P9KA 3L4QA 2OCEA 2HHVA 3HBTA 1FKPA 5KQ8A 1JKHA 4DV3K 1OH7A 3K5MA 1RT1A 3ZSOA 1NGAA 3AVAA 1ZBFA 3CM5A 4O44A 3CC7N 4KI6A 3I55N 4EIAA 3HSCA 2A6AA 5J2NA 3NDKA 1LOTA 5AFUA 1BWFO 2UXBK 1TVRA 3CCQN 2VQFK 5AQPA 4DQ8A 3VN5A 4CBUA 4H5TA 1NGDA 4CK1A 4ZBQA 4BR9A 4LSNA 4WFNL 3DLKA 4BVOA 4JHDA 1XC3A 3CX9A 2IOCA 4FJJA 4L9KA 4FK0A 4E1JA 4DSEA 5KGXA 3N4QA 4AHRA 1NT2B 3M3ZA 5J1EA 2HHTA 2ZE2A 2IAJA 2KFNA 1MIWA 5IT9O 5JVGL 5AZIB 4JD2B 5HBMA 2KHOA 3WXMB 2GEMA 4CECA 1TV6A 2EX3A 4O55A 4M3YA 1NKCA 2XY8A 3KK7A 2BXAA 4OKJA 4H0XB 2QK9A 4H5NA 3LM2A 1TAUA 1VQPN 3KWGA 4BE0A 3MEDA 3I0RA 3LDQA 3WHSA 3AO3A 1N32K 2BXBA 3K59A 5M1NA 1GLBG 1WAFA 3DLHA 1KLNA 1UA0A 3S41A 1SKWA 4B9UA 4JI3K 4CESA 1QZ6A 1T3VA 5BRHA 1Q8IA 3LWMA 5HOOA 4CD3A 4O5FA 5BR9A 4H0VB 3V9WA 1A5WA 5AQJA 5JS1A 4WA6B 1GNJA 1W9HA 3O1WA 4BRKA 4N5SA 4GKJK 1BJ5A 2E1YA 1HKGA 2YHBA 3QNOA 3M1FA 4WF9L 1IKYA 3UIQA 1DT9A 2O8DB 4E7HA 3DXMA 4ELTA 4JKHA 1NWKA 1BOTO 2DPNA 1EX4A 1WSIA 2IS3A 2X74A 4OJRA 4IFYA 5AQRA 3THVA 3QFPA 3SNNA 2BH1A 3LANA 3QEIA 1O9XA 4DFPA 5BPLA 1E7GA 3SIVB 1BQNA 1EKEA 4M41A 4X65K 4CGFA 1CXQA 4FO0A 2YJEA 2KQ2A 1RDDA 2E6MA 3HOSA 4A57A 3NGIA 2RHKA 2BE2A 2WUSA 3V09A 1ATSA 2FLOA 4DLEA 4C23A 4LY7A 2WONA 4FJXA 3O5BA 3PLAA 4XH4A 4DV2K 2HHHK 5AFUH 3G71N 1RTJA 4FL9A 4YOUA 3VQIA 4DS4A 1E4FT 1UAXA 3BZKA 3S3OA 4B9TA 1ASVA 1DTTA 1NGJA 4DTSA 1E4GT 4ZHRA 4HGKA 4LH5A 1VSLA 4K2CA 1JJ2M 3OYNA 3NH2A 4A5AA 2NRXA 3M8SA 1Q9XA 1RBUA 3I8BA 4C8NA 2O4GA 4PUOA 5BPKA 3O9UA 3PO5A 3OS2A 4CJRA 3VA3A 4FK5B 1CZAN 2OT3A 4FJ7A 3SPYA 4WYBA 3VGMA 2NRWA 2B5JA 3ZETB 3ZT0A 1D4XA 2BUPA 4CZFA 4BR4A 1EQYA 3AA3A 2OPRA 1E7CA 3ZEUB 1IG8A 5IIUA 4BRGA 3QEVA 4CJWA 4E7JA 4F2SA 4B1XB 1MUSA 5GAEP 4NB4A 3TTCA 4CEFA 4NAWB 4F9OA 5D3GA 3AVKA 3K9JA 3KD1E 2OYQA 4RCHA 3CCLN 5LJVA 4M3XA 3LDPA 3TSUA 3VF6A 4Z4FA 2ZWHA 3CI5A 4FW2A 4QS8A 3I8DA 2BXNA 1TK5A 3NCIA 3ZSYA 4PA1A 4DSKA 2CH6A 5AQFA 4HCBA 4IKFA 3JYTA 1KD1O 1HPZA 2VYPA 4PKIA 4B1YB 4I6MB 3RRGA 4CE9A 3THYA 1GLFO 3R6MA 5CHIA 5GAGP 4JKEA 3VGKA 4DFKA 4KHPK 1RTIA 1BG3A 5BRDA 4DV4K 1HYSA 3IFRA 4LFCK 2XO7A 4CJLA 2AGHB 2DYMA 3TSPA 3VEYA 1KTQA 3P1GA 3KJVA 4L9QA 5H1SQ 3HOTA 4IOCL 2JLEA 1EWQA 1TAQA 4YDUA 3KLHA 3AAQA 4NXNK 5GAHP 3AA4A 5BN8A 4G1QA 4KH4A 4DR5K 4FOEA 1ZXOA 4BRPA 3D0PA 1KXPA 1NBWA 5AQOA 3U4LA 3WXJA 4C8KA 2KW4A 3VEOA 4CHPA 4I7FA 5KPZA 3A5LC 3V08A 4KHYA 5BRFA 5JVHL 3NF7A 3VQEA 2XSIA 4G01A 5DBYA 2E20A 2QWPA 4BREA 4KV8A 1NK5A 2E0YA 1I3AA 5A2QO 4AHTA 4Z0UA 1NOZA 3L0QA 3OYKA 1BKEA 1QQNA 2HBKA 3SIUB 1J5EK 3K2PA 2FSKA 3V9XA 3MDQA 3H3OB 4MBEC 2P9PA 3M8RA 5CY4A 1HK1A 3ITHA 1NGBA 3NVMA 3VQAA 2P9UB 3JQZA 2NZTA 3AVCA 4FWQA 4FOIA 1X1PA 3AV9A 1FOUA 4BRFA 4IXCA 1NJZA 3CJ7A 3PO4A 4DU4A 3HSTB 3V9ZA 5I3UA 3S3MA 4N47A 1Z26A 3QB0A 3MEEA 3ATUA 4NXMK 1BISA 1QS4A 3QO9A 4KKOA 2VWKA 5SZTA 5LMUK 4XH1A 4KAZA 3AGRA 1RT3A 4M3WA 3CJ9A 4BDPA 3SUPA 1ZBIA 3SCXA 3R8EA 1M1KO 3GBTA 3PSFA 3VF4A 3C95A 3VQPA 1KAXA 1U2VB 4O8UA 4QS9A 1HJOA 2JWLA 4ID1A 3QINA 3V1QA 4HVJA 3T1HK 2F8SA 4PQUA 3K0SA 1YHQN 1BM0A 4F5UA 3RR8A 4YDUC 3MN7A 3CETA 1WSEA 4LD0A 4DV5K 1RTDA 4JEPA 2EWSA 2BXIA 5HLFA 4NCBA 2XY5A 3V6DA 4JI7K 2G8KA 3TDLA 1RBVA 1RGIA 3NF6A 4JNEA 1VSDA 2HF3A 2IDOA 4CIEA 1LWCA 3CF5L 2G8VA 4FWLA 3IS9A 5AZIA 4JD2A 2VDBA 2J4RA 3BF3A 4DB3A 1W0HA 4HWIA 2V7ZA 3OYAA 5F0XA 3CCRN 2HOEA 2RKIA 4M3TA 1HJRA 4L8RB 2BDPA 4DQRA 1SS6A 4FJ5A 1NKEA 1F21A 3AO5A 1SKSA 4LF8K 1JLEA 4KB1A 5F1XA 5E41A 2NRVA 3RRHA 3CG7A 1CZBA 1IV0A 2E2PA 4OR0A 2HMPA 4K41A 4RW7A 4CW7B 2VUFA 2P51A 1KRPA 3SQJA 3DLRA 1C0TA 3TI0A 4CZLA 3OBWA 3BF1A 1T05A 1IKXA 3WQUA 5SWMA 1RBRA 3G25A 1YVUA 2GWKA 1HYZA 4GNIA 4JK8A 4DTXA 1VQ9N 2ITGA 5FLXO 2B6AA 2HNYA 2LSNA 4CEBA 2O8FB 1VQKN 2O8EB 3MWPA 1YUWA 3G0ZA 3AARA 1WN7A 1DGKN 1X3NA 3ZT4A 1HPMA 5C10A 4GVEA 2O8DA 2Q1NA 1KXPD 3P4IA 5FROA 5M1QA 3FZMA 1REVA 2YNFA 1GLAG 4WQ5A 4CBWA 2HHUA 1WBDA 4KH5A 1J5OA 3CMEN 1S9EA 3VMFB 4BGBA 1SKRA 1IBLK 5AJ3K 1YJWN 4LUFA 1ESVA 5AQZA 4FM1A 2QA4N 1XQSC 3IMXA 3LALA 3DLEA 3SJHA 4Z4CA 3D2FB 1KAZA 2QEXN 2F9WA 1X9WA 2VG7A 1ZBUA 3LP2A 4FZXC 3M8QA 1Y64A 2Z1JA 3R3LA 2XVUA 4DR4K 2ASOA 3AVFA 4DU3A 1BDGA 4CGIA 4IW2A 3QNNA 2BXMA 5C2DA 1RNHA 3VTHA 3TR8A 3F9KA 4MDBA 2H3GX 4Z9OA 4FYDA 3ECPA 1TKDA 4FJKA 3AO1A 4DS5A 3M8PA 4DLGA 4YOYA 3C6AA 3TU5A 1Q9YA 3IRXA 2A42A 4HUEA 1IJJA 1BIZA 1NJXA 4UQGA 5HROA 4FLUA 1K73O 3OW2M 2KTQA 3VF2A 1E7BA 4E1MA 4B9MA 4AHSA 4CBXA 4CZMA 4CI6A 1FXXA 5KPTA 1ITGA 3VGLA 1OH5A 2XY7A 4C31B 3A5NC 3NBPA 1NK9A 3ZSQA 4MQ3A 3PX0A 2E6LA 5KQDA 2P5GA 4EP4A 3K9KA 1TL1A 1DLOA 3HP6A 2GUIA 5KRTA 3ZETA 1DKGD 3J7AP 4LUHA 2BGGA 3QLHA 2DFEA 4CHZA 2JUHA 4B3RK 4DQPA 3SBTA 3H08A 4B3OA 3NVKA 3U9DA 3KK3A 3ZEUA 1OH6A 2ZGYA 3G10A 4DTUA 2FC0A 4I2QA 4H8KA 1JCFA 3C7NA 2F96A 2QHBA 4DSFA 2BXQA 1R59O 1W7AA 3IG1A 1SAZA 5AR0A 3LPUA 4DV7K 3C65A 4JRQA 1J7EA 4IDKA 1U47A 2NLXA 4RWTA 4BKEA 4MLHA 2CGKA 4XH5A 5EOYA 3CCVN 3BDPA 2XW1A 1LAWA 2Q31A 3O6WA 4RG8A 3FE1A 1X9JA 1OVQA 2NRZA 2X6SA 2Z1GA 4CEAA 2YI1A 3GA9L 1NGIA 2ITMA 3EE8A 4CFAA 1VAZA 3DWLA 4IEEA 3S3NA 4I6MA 4I9LA 1YJNN 3UIVA 3CFPA 4JKAA 3VTIA 1RT4A 3EKSA 4Z4IA 4HTLA 3WXIA 3PX4A 3SUOA 4BDYA 4K25A 2OZMA 1RT5A 4PL8A 4YORA 2VWJA 4BRNA 3CC4N 3KTQA 4CD1A 5HRNA 3CJBA 4DHXB 4ZTFA 3LZJA 3OYMA 1K8KB 3P5JA 4LH4A 3G6EN 3THWB 4Y0WA 5ID7A 4JK7A 3G4SN 4QS7A 4F4KA 2V7YA 1NG9A 1OKJA 3E01A 3O08A 4L8UA 4WCEL 2G8WA 3MMVA 1YF5L 4YOWA 1K9MO 4M70B 4LFBK 4K42A 3LDOA 3N4PA 2P1JA 4BG8A 3LL3A 3K57A 4AHUA 4OPAA 3GL1A 2P9NB 3LAKA 3ZT2A 3TARA 1HK4A 4OKEA 5AQYA 4JN4A 4FLZA 1J78A 3HM9A 4O8KA 4B3SK 2P9SB 1Z05A 3AVJA 1HNZK 4IFVA 3ICXA 1KVAA 4J8FA 2XW0A 3CCEN 1N5YA 2DTUA 4I2PA 4EZ9A 4GKKK 2FBXA 3SI6A 4IEIA 1S5JA 3KLGA 2BXOA 4ID5A 1N6QA 4BR7A 2LXTA 5D7GA 3T1AA 4CJ4A 5C2FA 4X64K 3QEPA 4EHTA 2IGIA 3D6RA 4CCHA 1RT2A 1E7IA 2QI2A 4EMXA 2RPIA 4Z4GA 1BI4B 4FWPA 3UKUB 4AQYK 2AP1A 3UKRB 2Z1IA 3VPZA 4FK4A 3A75A 4GMJB 2GWJA 3B6PA 1HA2A 2CKXA 2P9UA 3LU8A 5FPEA 5HRSA 3RMDA 3WT0A 4CJTA 3DXKB 1O13A 2ZGZA 2DY4A 1VQ5N 3VQ8A 5TKWA 1GLJO 2KLAA 3KK1A 5KI6A 2I30A 4YHHK 1GLCG 2D0CA 3SUNA 4LF9K 1S1XA 2FSJA 4M42A 4KTZA 1T44A 3OHRA 2Z8IA 1KQSM 1HKCA 1BL3A 1N8RO 2E1ZA 1RILA 1UOCA 4FIPB 3AO2A 5FDLA 3MN6A 3WNHA 1IJGA 4KHQA 3SV3A 2O4IA 4BR0A 2QM1A 3DOKA 2PBDA 2FBYA 4N3ZA 1U2VA 4BRDA 3AO4A 1ZYQA 4ILGB 5J2MA 2YNGA 3EZ5A 1ATRA 3MXIA 1ZC6A 4KRFA 1E78A 3M5RA 1MIVA 4JI6K 4M3RA 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4S1YA 2FF6A 1N5UA 4FPAA 4JKDA 2NRRA 5BREA 1NLVA 3MDQA 2QXLA 2E2OA 2QWQA 2W40A 2WFBA 3H3OB 4FWNA 4H5VA 4K43A 3M99C 5FPDA 5M1KA 3P38A 4MBEC
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIV B;  2OZB B;  3NVM A;  5GIO A;  3ICX A;  3NVI A;  3T7Z A;  3ID6 A;  5GIN A;  4BY9 C;  5GIP A;  2NNW A;  3GQX A;  3NVK A;  3SIU B;  3PLA A;  3GQU A;  1NT2 B;  3NMU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BXH A;  3THY B;  3C0B A;  4GY2 B;  2HHX A;  2A5X A;  1KC8 O;  2YNI A;  3CIP A;  1NMD A;  4BRM A;  2FXU A;  4JLH A;  2VQE K;  3CC2 N;  1GOA A;  4B1Z A;  3CMA N;  1RCH A;  3OYF A;  1RDA A;  3JAM O;  4GG2 A;  4MO5 A;  3OY9 A;  1XNQ K;  4IJA A;  4AHV A;  3HVR A;  2D0A A;  1HKB A;  1TYQ A;  3HP9 A;  3H3A A;  4JK4 A;  1SQK A;  3A5O C;  3NGZ A;  3GOI A;  2Q3S A;  4H0P A;  2XRI A;  4EP5 A;  4CF2 A;  1TK0 A;  3KJL A;  1AO6 A;  5BPN A;  3EYZ A;  2ZD1 A;  1HNI A;  4RW4 A;  4JKG A;  3SK3 A;  4H5W A;  2YCH A;  2XVV A;  1SL2 A;  5DMR A;  4BR5 A;  3SBG A;  3L4I A;  4FCY A;  3VEN A;  3O3G A;  2B4J A;  2ZM6 K;  1S1T A;  1VQM N;  1V4T A;  4A2A A;  1U49 A;  3CHW A;  4KHS A;  5ELZ A;  1L3S A;  2AJQ A;  3MWT A;  3TAP A;  1XHZ A;  4M3Z A;  3U8X A;  2HVH A;  1H5W A;  3RMB A;  3I0S A;  4ELU A;  2ZJR L;  5BPM A;  4B9N A;  4YY3 K;  2PZS A;  3K5O A;  2DBX A;  4CHO A;  5C12 A;  1RT6 A;  3DLG A;  3H3N O;  4FM0 A;  3HK2 A;  3OYD A;  3H37 A;  2P9I A;  5IJ5 A;  4C8L A;  4GDX A;  5C15 A;  1U04 A;  4OPH A;  4CJQ A;  4RW9 A; 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 4FK0 A;  4E1J A;  4DSE A;  5KGX A;  3N4Q A;  4AHR A;  1NT2 B;  3M3Z A;  5J1E A;  2HHT A;  2ZE2 A;  2IAJ A;  2KFN A;  1MIW A;  5IT9 O;  5JVG L;  5AZI B;  4JD2 B;  5HBM A;  2KHO A;  3WXM B;  2GEM A;  4CEC A;  1TV6 A;  2EX3 A;  4O55 A;  4M3Y A;  1NKC A;  2XY8 A;  3KK7 A;  2BXA A;  4OKJ A;  4H0X B;  2QK9 A;  4H5N A;  3LM2 A;  1TAU A;  1VQP N;  3KWG A;  4BE0 A;  3MED A;  3I0R A;  3LDQ A;  3WHS A;  3AO3 A;  1N32 K;  2BXB A;  3K59 A;  5M1N A;  1GLB G;  1WAF A;  3DLH A;  1KLN A;  1UA0 A;  3S41 A;  1SKW A;  4B9U A;  4JI3 K;  4CES A;  1QZ6 A;  1T3V A;  5BRH A;  1Q8I A;  3LWM A;  5HOO A;  4CD3 A;  4O5F A;  5BR9 A;  4H0V B;  3V9W A;  1A5W A;  5AQJ A;  5JS1 A;  4WA6 B;  1GNJ A;  1W9H A;  3O1W A;  4BRK A;  4N5S A;  4GKJ K;  1BJ5 A;  2E1Y A;  1HKG A;  2YHB A;  3QNO A;  3M1F A;  4WF9 L;  1IKY A;  3UIQ A;  1DT9 A;  2O8D B;  4E7H A;  3DXM A;  4ELT A;  4JKH A;  1NWK A;  1BOT O;  2DPN A;  1EX4 A;  1WSI A;  2IS3 A;  2X74 A;  4OJR A;  4IFY A;  5AQR A;  3THV A;  3QFP A;  3SNN A;  2BH1 A;  3LAN A;  3QEI A;  1O9X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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